3WBAA

Rice os3bglu6 e178q with covalent glucosyl moiety from p-nitrophenyl glucopyranoside.
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNQPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Enzymatic and structural characterization of hydrolysis of gibberellin A4 glucosyl ester by a rice beta-d-glucosidase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 6
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 193
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wbaA00
3CHCA 4D6EA 1MVYA 1WZMA 2E9MA 2C8NA 3L4TA 4M29A 2IUZA 1UQZA 1W9UA 5IFPA 1ODUA 3PHAA 4D6IA 2NW0A 5HOSA 3DECA 2WSPA 2BHYA 4F8XA 5CGMA 2O9RA 3GNRA 2ZWZA 4AEEA 2D24A 4AISA 2NT0A 1HX0A 3THDA 1EO7A 1V6WA 1OGBA 2ZX7A 5ABGA 3MSGA 1JFHA 4QLJA 4UZSA 1WDPA 4AZIA 2OSYA 4HU0A 2ESCA 4CD6A 5ABFA 4GZEA 5DEZA 3OZPA 2JIEA 2WAGA 5BXTA 4WKAA 4W8LA 3WQWA 3L4UA 4PMXA 1UH4A 3NCOA 2WMIB 3AMDA 4F66A 1RP8A 1EQPA 1PBGA 3BMVA 1CTNA 2WHMA 2BV9A 2ZX6A 4AD0A 4P7RA 3AIUA 2WWCA 4TXEA 5A8MA 4JL1A 3AZSA 2WMHA 4JKMA 1EHAA 3ARYA 3N12A 4NSBA 5CG0A 3HU7A 3KEHA 3QHOA 1JYVA 4IPNB 2CEQA 4D1IA 5HXMA 4AC1X 3WDPP 3W81A 4MAZA 2GDUA 4OKDA 1HJUA 5ECUA 4L4OA 2CYGA 4CVWA 1BG4A 2OWCA 3RM8A 4GQRA 1GVIA 5FKYA 1XYFA 3CLWA 1HKJA 2GDVA 3MANA 1A47A 1LWHA 4AXNA 4CU7A 3IANA 4JAWA 2A3AA 2W67A 4GIAA 1VEOA 3T0DA 5I0DA 1AQMA 1H2JA 3L4YA 1H11A 3SCVA 4IUGA 1AQ0A 1GZJA 1FH7A 1LL6A 2VZSA 4PMZA 2VNCA 3EYPA 1ZS2A 3SCOA 1I1WA 1UWUA 5A8NA 3ZIZA 4UFKA 1QI5A 1FP8A 1GW1A 3GXFA 3EDJA 1QW9A 4H41A 1GPFA 3DHPA 1E3ZA 3VIJA 2YL6A 4JFUA 2O9TA 5E0CA 3ZT7A 1UR4A 4HTYA 4HU8A 1V08A 2XVKA 4E4PA 1B9ZA 1KGXA 3EDEA 2W5FA 4HA4A 1R7AA 4W93A 5C70A 3TA9A 2WHLA 2HISA 2F2HA 5D8WA 1JI1A 2Z1SA 3VILA 3VTRA 3PZNA 2PWHA 5HPOA 2DIJA 4M24A 4U3AA 3AS0A 2WHJA 3LPGA 1UKQA 5I79A 2J79A 2JE8A 4S3JA 4AMCA 2VQTA 1JZ8A 3W29A 4D6CA 3AS1A 1PX3A 8A3HA 3F5KA 1TG7A 1QNRA 1VENA 1DWAM 3ZMRA 4WF7A 3AJ7A 1X1NA 1MFVA 3WY1A 1E71M 1CGTA 2WZIA 1E9LA 1QI4A 3CO4A 1CEOA 4HA1A 1M7XA 4JZ5A 4Z2GA 5A2BA 2XTKA 2W92A 1GOMA 4NRRA 4MAVA 4UQDA 3A47A 5D4YA 4QFUA 4EAMA 1R85A 4ZXOA 3SUSA 1BYDA 4UOQA 1GQLA 4W85A 4OOZA 3WNNA 5FCZA 1US2A 4MADA 1M01A 3AMLA 2FHBA 4AEFA 5DF0A 4CCCA 2XVNA 3MUY1 2VI0A 2PWDA 2QMKA 2WANA 3AIEA 3AOFA 1CPUA 1Q6EA 1W32A 1SMAA 3FNDA 1WDSA 1E4MM 4OBRA 2VC9A 4ZE4A 4MPKA 3UR8A 3CHEA 2WSKA 2FGZA 2XFFA 1DTUA 1YQ2A 1JDCA 4CN4A 3K8LA 3WELA 3L4XA 3VIIA 4WSJA 5DMYA 1XH2A 3VMPA 2G3JA 1SR0A 3EMQA 6CGTA 3AMCA 1H3GA 4GI6A 1UOKA 3WQVA 5IHSA 3LPFA 1XC6A 2J7EA 1EA9C 2VOTA 4Q7NA 4ZXLA 3ZJ7A 4GZJA 4JKLA 1H41A 4PMYA 1GUVA 7A3HA 1HJXA 3BGAA 3OG2A 2X1IA 5C71A 2O9PA 3AXIA 2DH2A 5M17A 1X6NA 2J78A 1TFVA 3GH4A 1OBAA 3AMGA 3NDYA 1UA7A 1E55A 1QOXA 2X09A 4DUXA 1QNSA 1BTCA 4RE4A 3OLIA 5BWFA 2FGLA 3ZJ6A 2VCBA 1CBGA 3MMWA 1U33A 1OINA 3PTQA 1MW3A 1NARA 3T2PA 4D6HA 1G1YA 1SMDA 2PI6A 2VURA 4PUDA 3TTOA 1VBRA 2WMJA 3VVGA 1JYNA 1HT6A 3SURA 1PAMA 4JFWA 4F9JA 2TAAA 1E70M 3AXHA 2CXGA 4CCEA 4FLOA 2QLYA 2WMIA 4UNIA 4AY1A 1SYTA 5ABFB 2ZUUA 2BVDA 3MS8A 1LG1A 2JEQA 1G5AA 4B9YA 1S46A 3WN6A 1UH3A 2WNWA 3IAQA 4UQAA 5LYRA 3KZSA 5CXPA 3PZTA 1E6SM 4MB4A 3CBWA 1B3ZA 1VF8A 3W25A 2G41A 3S6TA 3ZR5A 1BPLB 2Z1KA 1B2YA 4D6JA 1WE5A 2EO7A 1E4LA 4R5EA 1MW2A 4IM4A 4DWSC 1J18A 4AD5A 4CD8A 4FMVA 4U3CA 1XD1A 3VU2A 1WKYA 1UWQA 1E0VA 1DP0A 2XGBA 3EDFA 2YLAA 4HMEA 3GYCA 2YBTA 1HP5A 1O7AA 5GPRA 1J0KA 3CUJA 1XV8A 3NSXA 4HZ6A 4URIA 2DDXA 2FDMA 1V6YA 4MNJA 5KZ6A 4TX6A 4TX8A 3VD7A 3T0AA 1BVZA 1FHLA 2J47A 1W1VA 1JD9A 3BAIA 1EOMA 3BAYA 1QBBA 2D3LA 2OSXA 2ZOXA 1QHZA 4R27A 4MNMA 2V5CA 2QPUA 3SCSA 2D0FA 3SCQA 2WB5A 4AD1A 1Q6DA 2EBNA 3SEPA 3WQ4A 1C3FA 3FXYA 4P7NA 3A4AA 3ECQA 4CN1A 1GVYA 3OGSA 5AY7A 2JIWA 2BHZA 3AHZA 2FHFA 1RPKA 4ZFMA 1B3YA 1KBBA 2ZUSA 2UY5A 2V3EA 5IXEA 4Z2LA 4DM2A 1KQYA 3B8SA 4PCSA 2WCSA 1B1YA 3WFLA 4E2OA 3BLKA 3ARWA 4TTUA 3EDKA 4FLSA 1CGYA 5FL1A 4PTVA 3RCNA 4AZBA 2XM2A 4AD3A 4AW7A 3TTSA 4XX6A 5EBAA 1GOKA 2JEPA 1VRXA 3A4XA 1QNPA 1H0GA 4EANA 2B31A 5E70A 3BXWA 4OJYA 3WDJA 4CU8A 3WH6A 3WDRA 2V3GA 4MTVA 4UQCA 2J7CA 3OBAA 1P6WA 3MSDA 3BCFA 4B9ZA 2WMGA 3VGGA 3QR3A 5HBFA 3VGFA 1ZBCA 3VPLA 2VVNA 4PTMA 3W53A 3PZQA 3RIKA 5I3DA 3HJEA 3U7VA 1W9DM 4DWSD 3W82A 2Q8XA 3I3BA 4HP5A 1J10A 4BQ2A 1KXVA 2WLZA 3VDCA 2CHNA 3L4WA 1NP0A 3CH9A 4LYRA 5GNXA 5I6SA 3VUPA 1FP9A 2GFTA 3NSNA 3WF0A 3WNKA 3ARTA 3KL5A 2PF0A 1VJZA 2WBKA 4AZHA 1CYGA 4J3XA 4UR9A 3WNPA 2D20A 2WVVB 2YA0A 5CGTA 1KBKA 3GXIA 5A1AA 4UOZA 1XH1A 4CD4A 4CD7A 1AQHA 4J3SA 1HJQA 2VL4A 3PZGA 2GVYA 1XSKA 2VCCA 3VNZA 4X9YA 5IHRA 4JL2A 2J62A 3OGVA 5EMYA 2WM0A 2RGLA 1H0IA 2DT0A 5JUVA 3UG3A 4D6DA 3DYPA 1WNOA 4EE9A 3BMWA 2ZUVA 2ZUNA 3B9DA 2CBIA 1NP2A 1OB0A 1XYZA 4RL3A 1BQCA 3L4ZA 5BYWA 1E6QM 3MU7A 3W37A 1JF6A 2VR4A 3MMDA 4H8VA 2CKSA 4CVUA 1CXHA 2E40A 2J7DA 1UKOA 1BLIA 3PN8A 2GJRA 3AHXA 1HKMA 1EDTA 3AYRA 2VMFA 1CGWA 1NWUA 2XPKA 1WZLA 2WW5A 4YPJA 3CHDA 4PMOA 1UD5A 2D1ZA 5HNNA 3U7BA 2V38A 3ARSA 1DEDA 5C8BB 1US3A 3GZAA 2YJQA 2ZXQA 1DWFM 3VGHA 1KB3A 4MNKA 5A6KA 4GZIA 3T08A 3RO8A 5I78A 2PBOA 2V5DA 3GH5A 4ACZB 4UFLA 4XZWA 5FD0A 1GNXA 4BS0A 5CLWA 1W3KA 4CKQA 1HNYA 2WC7A 4TVUA 1HF6A 1M03A 2FH6A 3RJYA 1VIWA 3AS2A 5M5DA 4WKHA 5BRPA 2BFGA 2DSVA 3ARVA 4U33A 3NYDA 2QHAA 5A8QA 4ML4A 3SCWA 1A3HA 1U30A 3WQ6A 4KRTA 4QP0A 1AMYA 3VD4A 1CNVA 2CHOA 1GJWA 7CGTA 4FLQA 7TAAA 3IJ9A 1IV8A 1FH9A 1GORA 1UD8A 1WB0A 1Q6GA 1FFQA 3BSGA 3WSUA 2DH3A 1JIBA 5GNZA 1MYRA 3KL0A 3PZOA 3T0BA 4LPCA 3BH4A 2BY3A 1WDRA 1KXQA 1OWQA 3HMCA 4N42A 3WH5A 3WMCA 5D9PA 1TCMA 2D3NA 2X2YA 4HPHA 5A6BD 3M46A 3VMNA 1ZB5A 2CKRA 2W63A 3ZT6A 3DC0A 3JUGA 1ESWA 5A2CA 4F79A 1XSIA 4B15A 2X0YA 1CXFA 4UQBA 3L2MA 1D3CA 3WL0A 2QMJA 3N9KA 4CD5A 4PSRA 4U5KA 1G0CA 1CLVA 1MXDA 4LYPA 3VM5A 4YHEA 1J01A 5CZKA 4Y7EA 3VIFA 3M7SA 1J0IA 4Q22A 2EPLX 5FL0A 1JGIA 1ZJAA 2DGAA 3K46A 3I3EA 1KR1A 4WJXA 1L0PA 4BZYA 3WIJA 4W8AA 3WBAA 1CXKA 4B3LA 5ABEA 3OLGA 1XCWA 3GXMA 1HVXA 2ZICA 3O2LA 1DWJM 3TONA 2O9OA 2DSUA 2VRJA 2ZE0A 3AMKA 4IPLA 3WF2A 2BY0A 3U57A 3F5JA 2UY2A 5GNYA 3PZVA 2WYSA 4DUWA 3WL1A 3K4DA 1PZ2A 1EDGA 1EHNA 2XJ7A 4J7RA 3W26A 2J7HA 3OGRA 2DT2A 5E0FA 3N04A 1GQJA 4UZUA 1WCGA 5DFAA 1BYAA 3OA5A 1UZ4A 5GQBA 3W4RA 1OIFA 2JALA 5AC4A 2Y4SA 1C8YA 1JXJA 1HL9A 3TTYA 4W87A 4UOJA 3ARXA 1GHSA 1OD0A 1VFMA 5JIPA 4GO8A 3WNOA 1ZJBA 4F9DA 1JZ6A 3J7HA 4PMRA 1E4NA 1HP4A 1HJVA 1E72M 4DM1A 1R86A 3UEQA 3CMJA 3QOMA 1D2KA 4PYSA 2WVVA 3CZ8A 3S2CA 3VX1A 3F5LA 4QCFA 1BSIA 4H2CA 1HL8A 2Y8VA 1FFRA 2YL8A 4JFTA 1CIUA 1JG9A 2J25A 2J7BA 1QNQA 1C91A 5DT7A 1QI0A 1BFNA 1E6RA 1BG9A 2J7GA 5BXSA 3WD3A 5M03A 4P7LA 1ISVA 1W9BM 3OB8A 4QLLA 1J0YA 1KGUA 1G01A 3HN3A 3BAJA 1PX4A 3ZM8A 1U2YA 2W4XA 4GI9A 4WIWA 3WDIA 1FH8A 2VZOA 1ZL1A 1JXKA 1ZBVA 1EXPA 3SUWA 5A8PA 2XHYA 3UR7A 1PIFA 3THCA 1PJ9A 1UD2A 3WQ8A 1V6UA 4P8VA 4W89A 3SCNA 2FHCA 2GSJA 3FY1A 3T2QA 5IFTA 4JFSA 1VBUA 1UH2A 2VZTA 1GOOA 1NWTA 1VJSA 2AOSA 3AHTA 2WLYA 1EO5A 1UWSA 5CSYA 2UY3A 3VKKA 4P7QA 1B3VA 2YOCA 4AZ7A 4Z2JA 1UHVA 2EEXA 3QOKA 1V02A 3VIHA 1E6PA 3ZSSA 3IK2A 4V28A 3WDQA 1W3LA 1W3JA 2XG9A 2VT0A 1L8NA 1CECA 3N17A 2VX7A 1UD6A 4ACZA 3A3HA 3PTKA 1V0LA 1DWGM 1OCQA 4GQQA 1CDGA 1UR2A 4CGTA 3MV11 3ARRA 1JNEA 4AIEA 3WMSA 1WZKA 2XFYA 4JKKA 1W9VA 1WZAA 4UFJA 4S3KA 1W1TA 2W66A 1RD6A 1UD3A 4M82A 3BAWA 2WMFA 2XWEA 4GO9A 5D8ZA 3GBDA 2WBGA 4N0RA 1QI3A 4KWUA 1M53A 1PEZA 3QGVA 4W86A 4AD4A 2BXZA 1JAKA 4W7VA 2J8GA 2YBUA 3B9EA 1CLXA 3WD1A 1TA3B 1NOWA 4PUEA 1NWRA 4FLRA 1HKIA 5A94A 4H7VA 3UETA 1IT0A 2XVLA 3U5UA 1C90A 2A3CA 1HVQA 2YDRA 3D3AA 3CUIA 4XV0A 3VNYA 4PTXA 3AZTA 3OIHA 5BXRA 2CNCA 3NIYA 2DSKA 1JZ7A 4W5ZA 5JIWA 4J27A 2BS9A 4MJ2A 4HPGA 1ECEA 3RJXA 4QCEA 2PWFA 1K9DA 2J4GA 2OSWA 3VX0A 2DPEA 2WVTA 2ZUTA 3WQ5A 1V3KA 1ODZA 3ALGA 1NWSA 2VCAA 4XZBA 1NM9A 1R8LA 3RDKA 2WVSA 1GONA 3VGEA 3LMYA 3CUGA 3GDBA 2XGIA 1EQCA 2XSBA 1B0IA 2WZEA 4AIOA 4PMQA 4MB1A 5EB8A 3VOCA 3WMBA 5BXPA 3D5HA 1BYBA 3U5YA 3ZR6A 1VAHA 4EKJA 1RP9A 2WWDA 2V3FA 3VGBA 5DO8A 4DWSB 3RM4A 1PZ3A 2QPSA 1TVNA 4LQ1A 4HA3A 1E6XM 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CHC A;  4D6E A;  1MVY A;  1WZM A;  2E9M A;  2C8N A;  3L4T A;  4M29 A;  2IUZ A;  1UQZ A;  1W9U A;  5IFP A;  1ODU A;  3PHA A;  4D6I A;  2NW0 A;  5HOS A;  3DEC A;  2WSP A;  2BHY A;  4F8X A;  5CGM A;  2O9R A;  3GNR A;  2ZWZ A;  4AEE A;  2D24 A;  4AIS A;  2NT0 A;  1HX0 A;  3THD A;  1EO7 A;  1V6W A;  1OGB A;  2ZX7 A;  5ABG A;  3MSG A;  1JFH A;  4QLJ A;  4UZS A;  1WDP A;  4AZI A;  2OSY A;  4HU0 A;  2ESC A;  4CD6 A;  5ABF A;  4GZE A;  5DEZ A;  3OZP A;  2JIE A;  2WAG A;  5BXT A;  4WKA A;  4W8L A;  3WQW A;  3L4U A;  4PMX A;  1UH4 A;  3NCO A;  2WMI B;  3AMD A;  4F66 A;  1RP8 A;  1EQP A;  1PBG A;  3BMV A;  1CTN A;  2WHM A;  2BV9 A;  2ZX6 A;  4AD0 A;  4P7R A;  3AIU A;  2WWC A;  4TXE A;  5A8M A;  4JL1 A;  3AZS A;  2WMH A;  4JKM A;  1EHA A;  3ARY A;  3N12 A;  4NSB A;  5CG0 A;  3HU7 A;  3KEH A;  3QHO A;  1JYV A;  4IPN B;  2CEQ A;  4D1I A;  5HXM A;  4AC1 X;  3WDP P;  3W81 A;  4MAZ A;  2GDU A;  4OKD A;  1HJU A;  5ECU A;  4L4O A;  2CYG A;  4CVW A;  1BG4 A;  2OWC A;  3RM8 A;  4GQR A;  1GVI A;  5FKY A;  1XYF A;  3CLW A;  1HKJ A;  2GDV A;  3MAN A;  1A47 A;  1LWH A;  4AXN A;  4CU7 A;  3IAN A;  4JAW A;  2A3A A;  2W67 A;  4GIA A;  1VEO A;  3T0D A;  5I0D A;  1AQM A;  1H2J A;  3L4Y A;  1H11 A;  3SCV A;  4IUG A;  1AQ0 A;  1GZJ A;  1FH7 A;  1LL6 A;  2VZS A;  4PMZ A;  2VNC A;  3EYP A;  1ZS2 A;  3SCO A;  1I1W A;  1UWU A;  5A8N A;  3ZIZ A;  4UFK A;  1QI5 A;  1FP8 A;  1GW1 A;  3GXF A;  3EDJ A;  1QW9 A;  4H41 A;  1GPF A;  3DHP A;  1E3Z A;  3VIJ A;  2YL6 A;  4JFU A;  2O9T A;  5E0C A;  3ZT7 A;  1UR4 A;  4HTY A;  4HU8 A;  1V08 A;  2XVK A;  4E4P A;  1B9Z A;  1KGX A;  3EDE A;  2W5F A;  4HA4 A;  1R7A A;  4W93 A;  5C70 A;  3TA9 A;  2WHL A;  2HIS A;  2F2H A;  5D8W A;  1JI1 A;  2Z1S A;  3VIL A;  3VTR A;  3PZN A;  2PWH A;  5HPO A;  2DIJ A;  4M24 A;  4U3A A;  3AS0 A;  2WHJ A;  3LPG A;  1UKQ A;  5I79 A;  2J79 A;  2JE8 A;  4S3J A;  4AMC A;  2VQT A;  1JZ8 A;  3W29 A;  4D6C A;  3AS1 A;  1PX3 A;  8A3H A;  3F5K A;  1TG7 A;  1QNR A;  1VEN A;  1DWA M;  3ZMR A;  4WF7 A;  3AJ7 A;  1X1N A;  1MFV A;  3WY1 A;  1E71 M;  1CGT A;  2WZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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