3WEEB

Structure of the full-length yeast arp7-arp9 heterodimer
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
465
structure length
409
Chain Sequence
NRKVVIHNGSHRTVAGFSNVELPQIIPSSYIKRTDEGGEAEFIFGTYNMIDAAAEKRNGDEVYTLVDSQGLPYNWDALEMQWRYLYDTQLKVSPEELPLVITMPATNGKPDMAILERYYELAFDKLNVPVFQIVIEPLAIALSMGKSSAFVIDIGASGCNVTPIIDGIVVKNAVVRSKFGGDFLDFQVHERLAPLIKEKRSTDVWYEASTWIQQFKSTMLQVSEKDLFELERYYKEQADIYAKQQTGSPNNPLVQKKNFLFKPLNKTLTLDLKEYQFAEYLFKPQLISDKFSPEDGLGPLMAKSVKKAGASINSMKANTSSPEQVYSLLLTNVIITGSTSLIEGMEQRIIKELSIRFPQYKLTTFANQVMMDRKIQGWLGALTMANLPSWSLGKWYSKEDYETLKRDRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription regulator
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structure of the full-length yeast Arp7-Arp9 heterodimer
doi rcsb
molecule keywords Actin-like protein ARP9
total genus 113
structure length 409
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3weeB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3weeB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3weeB03
5EVZA 4CZHA 1Z6RA 2V7YA 1K8KA 3UKRB 3KVGA 2E8AA 4K25A 2E20A 3ATUA 4DQ8A 1S3XA 5AQOA 3VERA 1GLLO 3VGKA 4FWLA 2GWKA 5B8HA 5FPMA 3LDNA 1BA0A 1T44A 4IXCA 5LJVA 3TU5A 2YJEA 3ULEB 5BPMA 3VETA 3AARA 1X9JA 3FGUA 3SJHA 1CZAN 1XUPO 4BR0A 4ISGA 4CBWA 1BG3A 4MO5A 4BRCA 2D1KA 3ID8A 2Q31A 4WYBA 1ESVA 2P9NA 1RGIA 2FSJA 5AQRA 4BRIA 3S41A 2ASOA 2W41A 3CJCA 4PKHA 3RSEB 3UKUB 1LCUA 3WXJA 4IZ9A 4CD1A 2E2OA 3C7NA 4PKIA 4F9OA 3QDKA 3U9DA 2ZWHA 5AQUA 4K42A 3JS6A 4M63C 4BRNA 4C23A 3ATVA 3ZETB 3D2EA 2P9KA 3HSCA 4Z94A 3BP8A 4ISFA 3R9PA 5E84A 4BR2A 3DXKA 4CJ7A 2VWBA 1JCFA 1T6CA 4EAHD 2P9PA 1KAXA 4GY2B 3WXIA 2HF3A 4FSVA 5AQVA 3LDPA 1C0GA 1EQYA 4A61A 2P9SB 5AQFA 5AQWA 4EHTA 4BQZA 4H5RA 4H0XB 5E26A 3B8AX 2GTDA 4LC9B 5JMVA 3VF6A 1T6DA 3FZLA 4I6MA 4HTLA 1NGAA 1NWKA 3DXMA 1Q18A 1P8ZA 1DKGD 4B1ZA 3O08A 2HF4A 2ZGYA 3CERA 3W0LA 1ATRA 3KHYA 1NGDA 3WQUA 3WXKA 5AQZA 3U8XA 5I9EB 1MWKA 3L0QA 4L3QA 2UYTA 1NGGA 2Q2RA 2HMPA 4EFHA 2H3GX 4BR9A 4WQ4A 1BWFO 2QM1A 3D2FB 4BGAA 3BF3A 1DGKN 3QB0A 3DWLA 2QWLA 5AZJA 5CE3A 3CQYA 3H3OB 4J8FA 2A3ZA 2QWNA 1RFQA 2YHWA 5BPLA 4FOEA 4MLEA 1NGFA 1ZXOA 1X3MA 4DHYA 1KAYA 4CZEA 1Z05A 3HZ6A 1YAGA 2YHYA 1ATNA 3DJCA 3CJ7A 2Q0RA 1BA1A 1V4SA 2ZF5O 4JD2B 2QWOA 2CGKA 3F9MA 1E4GT 3LDOA 5AQKA 3JXUA 3WEEB 5KQDA 4QS9A 1WUAA 3CETA 4B1UB 1K8KB 4H03B 2E2QA 1G99A 3J8AA 4CBXA 3ZEUA 1NLVA 4FWPA 1SZ2A 1U2VB 2ITMA 4AM7A 1GLCG 3M3ZA 5AFUA 3AAPA 3VF2A 1H1VA 3H6EA 3KZBA 1MWMA 2F9WA 2V7ZA 4FO0A 4WQ4C 3QFPA 3HBTA 1Y64A 3BEXA 4IJAA 5AQHA 4CZIA 3VESA 5KPZA 1KAZA 2FF6A 2FSNA 3LL3A 1U6ZA 4YDUA 2IVOA 5AQYA 4FL9A 5TKYA 4BC3A 4BRFA 5ADXA 1NMDA 4BC4A 5JLFA 4DB3A 1GLJO 4B9QA 1QQMA 3LDQA 3UKRA 3QFUA 1TUYA 5AQJA 4XEIA 3CJ1A 3SLCA 1BUPA 4CZLA 2AA4A 5KQ8A 3SK3A 3D2EB 2P9KB 2P9LB 3GOIA 3QBWA 4JHDB 3BF1A 2QXLA 5AQQA 1C0FA 2D0OA 2GUPA 3DXKB 3ULEA 2HOEA 3CI5A 3VF4A 5BN9A 3EO3A 2BUPA 1HKCA 3GDQA 4FWQA 4BRAA 1GLEG 5EX5A 4DCHA 4QS8A 2YJFA 4BRDA 2E2PA 3UE5A 4BC5A 4B1WB 2P9IB 1QZ6A 1DEJA 1QZ5A 2GELA 4EIAA 4PL7A 3O6WA 2AP1A 3HTVA 5BREA 2A42A 4BRKA 4ISEA 4BQLA 4BRGA 3IFRA 4H0VB 3VEVA 3RSEA 3EN9A 4Y0WA 3UKUA 2E1ZA 2Q0UA 5BR9A 1YXQA 2KHOA 3P4IA 3O8MA 5EXWA 4YDUC 3ZETA 5AQXA 1YUWA 4FWMA 1TUUA 3FFKB 3R8EA 3MK6A 4MO4A 3ZX3A 4BRPA 1MA9B 4CD3A 2Q1NA 3A0IX 4BG9A 2J4RA 3M1FA 4BG8A 3MMVA 3ENOA 4FWOA 2ASMA 4CBUA 2P9SA 2ASPA 3FZHA 4RTFD 3D7EO 3QMLA 3AAQA 3W3DA 1MDUB 1GLBG 2VYPA 3QBXA 1ZBSA 2IIRA 1GLFO 2YHXA 3FZFA 5LY3A 5F2RA 1TYQA 5AQMA 4BROA 1XQSC 3GBTA 3GG4A 5AZIB 3MCPA 2FLOA 2QW9A 4CZGA 4BR4A 3A5OC 3I33A 5BPNA 3VEYA 3CIPA 1BOTO 3EKSA 4H0PA 2P9UA 4QS7A 4H5WA 1NGIA 4BVPA 4BC2A 4NB4A 3H1VX 2QWQA 3D2FA 2YI1A 4NO7A 3EL2A 4CI6A 1D4XA 1HX1A 2DPNA 2I7PA 3L4IA 3WUHA 5LJWA 4KBOA 3WT0A 3L6QA 1QHAA 4B1VA 5KPRA 5AQGA 3ZX0A 3H1QA 3FR0A 3CQXA 2CGJA 3IMXA 3VEZA 3O1BA 1JCGA 5FPDA 4WQ5C 4IO8A 4B1YB 3O1WA 3UB5A 4JD2A 3A5LC 4H5TA 3OHRA 5EOYA 4GNIA 4O8KA 4CZMA 1R59O 2QWPA 2P9NB 1ATSA 3WEEA 2IVNA 3G25A 4FWKA 5FPNA 3FE1A 1GLAG 3SMPA 3H3NO 4FPAA 2F9TA 1BO5O 1U2VA 1JCEA 2YCHA 3A8YA 4CZJA 2V52B 3C7NB 2FXUA 1LOTB 3GE1A 2FF3B 4HWIA 2CH5A 4FOIA 5ELZA 3A5NC 5AQIA 3HM8A 3FLCO 5F0XA 4BREA 3MDQA 4MLHA 2E88A 3WQTA 4BGBA 2ZGZA 2P9PB 4JAXA 1QQOA 3IUCA 3VOVA 5JICA 5AQNA 2A40A 4M7XA 1NGEA 1NGBA 2D0PA 3ZX2A 2EWSA 3CJAA 2D4WA 3FZMA 4PKGA 5AQPA 1NGHA 4BR5A 3EZWA 4JNEA 1GLDG 1E4FT 3CJ9A 4I6MB 2E1YA 2VCPA 4JN4A 3DXMB 3U9ZA 1RDWX 3AY9A 2P9LA 3O4WA 4JHDA 1HKBA 1V4TA 5KPTA 2OANA 2QWMA 1IJJA 3TPQA 1NGJA 1HUXA 5AR0A 5AQTA 3IDHA 1HPMA 4EHUA 4FWRA 1ZC6A 3VEXA 2BTFA 5JLHA 3MN6A 2CGLA 2NRHA 3VGLA 2CH6A 4H5NA 4PL8A 2P9IA 1KXPA 1NGCA 3LDLA 4H0YB 2Q36A 3CHWA 3LM9A 3R6MA 3SMSA 3VEOA 4AM6A 4H0TB 1BU6O 3BUZB 2Q97A 1XC3A 4WQ5A 4XH5A 1YVNA 2NLXA 3H46O 1TYQB 1HKGA 1QQNA 3M6GA 5AZJB 2PBDA 4RCHA 4K43A 4XH4A 4IJNA 4BRMA 1SQKA 2A5XA 3VEWA 4XH1A 4BR7A 2PAVA 3FZKA 3VPZA 3CJBA 2E2NA 1OKJA 3QICA 1S22A 1BDGA 2NZTA 2FSKA 1NBWA 3C0BA 1HJOA 5EY4A 4A62A 3I8BA 2P9UB 1J6ZA 3VENA 5AQLA 2GWJA 4K41A 4BRHA 3U4LA 1HLUA 1IG8A 4FWSA 3GL1A 4H5VA 4FWNA 5FPEA 1SAZA 1WOQA 2W40A 3HI0A 2WUSA 4H0OA 2QWRA 5BRDA 4BVOA 3LM2A 3MN5A 4M7YA 4E1JA 3MN7A 5AFUH 3ZEUB 3VGMA 5AQSA 1NM1A 4A2BA 5F1XA 4CZFA 3O80A 2A41A 2V51B 3ENHA 3H45C 4BRLA 4A2AA 5AZIA 5BRFA 1X3NA 4O5FA 4BRQA 4IWVA 2GEMA 4CZKA 5BN8A 3WXLA 3A5MC 2I7NA 3O5BA 4FPBA 5ADXH 2A6AA 3DAWA 3MN9A 4B1XB 2IVPA 4RWTA 5BRHA 3EKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z6RA 1K8KA 1NJZA 1N32K 1CXUA 3UKRB 2FC0A 3D6RA 3VERA 3PO5A 3ID6A 3DMJA 3VGKA 4RG8A 4C8MA 5HLFA 1K8AO 4FWLA 3C6TA 1N8RO 1ITGA 4GKJK 5FPMA 1BA0A 1Q7YO 4DR4K 3OYFA 2WTUA 2HHTA 2YJEA 3VETA 1X9JA 3FGUA 1CZAN 4ISGA 1VSJA 1BG3A 4MO5A 3PLAA 2HNDA 4FJXA 2Q31A 1NNEA 1TKZA 1ESVA 3CCEN 3LP0A 5AQRA 1VQ8N 3S41A 4HUEA 3CQ8A 4WFNL 2Z1GA 4OLAA 4IZ9A 4CD1A 3C7NA 3QDKA 2VG6A 4LF8K 4BRNA 4M3YA 3F9KA 1YTUA 4JRQA 3TR8A 1HNIA 3D2EA 4BE7B 4Z94A 3P83D 1OH8A 1IO2A 3P31A 4BR2A 3DXKA 3J81O 1RDAA 4ILGB 3HL8A 1KAXA 3NHGA 1RTDA 4FSVA 5AQVA 3HPGA 1ZBFA 3AO2A 3VN5A 1BGXT 5DM6L 5JENA 1C0UA 4KTWA 4EHTA 4CF2A 3B8AX 4PWDA 1YITN 4LC9B 2JLEA 4DU1A 1IBLK 1YJNN 4DTNA 4WFBL 4BE0A 3MWTA 1DKGD 3CMEN 4H4OA 4AHSA 3OS2A 3K5LA 1ATRA 1S9GA 2P5GA 4H4MA 3ZT1A 2QA4N 3WQUA 3U8XA 4AH9A 5I9EB 3Q7BA 4Z4FA 5JS1A 4EFHA 4BR9A 3AA2A 3K5OA 4KHUA 4CEFA 5C2DA 3DLLL 3BF3A 4ICLA 3DWLA 4R79A 3CQYA 3H3OB 3ENBA 4GKKK 5AJ3K 4Z4HA 1XMOK 4M42A 5BPLA 3JSMA 3OTOK 4FOEA 3SAHA 1NGFA 1ZXOA 4B9LA 1KAYA 1Z05A 2ZD1A 4A5BA 1SKRA 3CM6A 4LF9K 2Q0RA 5HRRA 2G8KA 1E4GT 3QEXA 2KFZA 3SYZA 4BY9C 3IRXA 4DFKA 1QVGM 4E0DA 1NKBA 3QESA 2WBNA 5GAGP 3J8AA 4CBXA 2WONA 2KZZA 1U2VB 2NRVA 2R7YA 3TTFA 4AM7A 4YNQA 4B9NA 5K14A 3H6EA 1MWMA 3NFAA 2F9WA 3QFPA 1Y64A 4GV9A 4I2PA 4FW1A 3SUNA 2FF6A 2B5JA 1WBBA 4EP5A 4HCBA 4LF7K 2XY8A 4BC4A 1TV6A 4DB3A 4BEBA 3KIOA 3LDQA 4B3MK 3TAPA 1NK4A 4XEIA 4JKGB 1K73O 3GOIA 2P9KB 2Y1JA 2QXLA 1A5WA 3KK1A 1YIJN 1FW6A 3G4SN 2GUPA 4DV7K 4ID1A 3ULEA 1XNRK 3O9TA 4NXNK 3VF4A 4CIFA 1RT5A 3EO3A 2BUPA 3GDQA 3L3VA 2E4LA 4FWQA 4AHTA 1GLEG 4DLGA 4QS8A 5FRNA 4NYNA 4B9UA 3EYZA 4E1MA 3UE5A 3MAQA 1RBVA 1TAUA 1DEJA 1QZ5A 3OYKA 5BREA 2A42A 4BRKA 4BQLA 4Y0WA 1J5EK 3T69A 2IAJA 3LANA 4FM1A 3ZETA 1HNXK 1YJWN 4W5RA 3TTDA 3R8EA 3PX0A 5DM7L 1M1KO 4CD3A 3A0IX 2ETJA 1SL0A 3ENOA 1X9WA 1VSKA 5C10A 2ASPA 1SKWA 4O8UA 2OPPA 2OCEA 3W3DA 4IFEA 1GLBG 2WFBA 1VQ6N 3NGYA 3E9PA 2IIRA 1GLFO 4M45A 1TKXA 2QKBA 5F2RA 1TYQA 3B6OA 4BROA 3AVNA 4DTOA 1W7AA 1VSLA 2Q3SA 1C0MA 1N36K 3MCPA 2P51A 1A5XA 4CZGA 3U6FA 4FLVA 1U4BA 5BPNA 2PYJA 3QEVA 3J7ZO 3EKSA 1VQPN 3AO4A 4PA1A 4DR6K 3V1RA 4BC2A 3P5JA 3DLRA 4OKJA 3V1OA 1UA0A 2BGGA 4GV6A 1JLCA 3D2FA 1YT3A 1S6QA 4ELUA 1HNZK 4ID5A 4CJWA 3M5RA 2I7PA 5LJWA 4HVJA 3QETA 1N5YA 3KTQA 3L6QA 5KPRA 3L2WA 4JK9A 3O4QA 1S9EA 1JKHA 1OH5A 4DQRA 4FZXC 5FPDA 4IO8A 1KCFA 3RMCA 3UB5A 1NKCA 3A5LC 3OHRA 3DLBA 5J1EA 1ATSA 4BDYA 2HHQA 2IVNA 1GLAG 4JKEA 4JKAA 3C94A 3SMPA 4CJFA 3NCIA 1VSMA 1IV0A 4K0KK 4AHRA 3KJVA 3T1YK 3L2RA 1JCEA 3A8YA 2YNHA 3C7NB 3SUPA 3MXIA 5BR8K 1C0TA 4HWIA 2PZSA 3A5NC 1M90O 3TSQA 1HMVA 1K6YA 4C8NA 4BREA 3TAQA 4FJLA 3IUCA 3ULDA 2HSTA 4YHHK 1NGBA 2D0PA 2F4VK 2YNIA 1WB9A 4NCBA 3BDPA 1NGHA 3G10A 4O55A 5HL7L 3EZWA 4JNEA 5C24A 2KFNA 4NLCA 5KRTA 3TWHA 1F21A 4E1NA 2G8WA 1B9FA 3K57A 3AY9A 1HKBA 3HO1A 1BCMA 2OANA 2O4IA 2E6LA 2PYLA 4M3UA 3VA0A 4OKKA 4DWIA 1EX4A 4EZ9A 2B4JA 3MN6A 2C1GA 1XHZA 4H5NA 1J53A 4M3WA 3TAFA 4H0YB 1BI4B 2IGIA 4DV0K 1IH7A 3BUZB 4WQ5A 4N41A 3SBGA 2VGMA 1YVNA 2NLXA 3M6GA 1HKGA 1IKYA 1RT3A 4K43A 4XH4A 3LWLA 5CZ2A 4BRMA 2UUBK 3FZKA 3OW2M 3ZSWA 3VPZA 4K8ZA 3CJBA 1OKJA 2NZTA 3RRHA 1J6ZA 3QIOA 2GWJA 4FM2A 4FWSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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