The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
127
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sequence length |
500
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structure length |
439
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Chain Sequence |
XXXGLNFYLSYFDDVAKVLPREHYCFIVGGWVRDRILGEPVGYNIDVDFLTTADPVELAKNFAKRIGGHFFVFEPTIASVVLHLPPYRYRFDFSPLKGKDLEKALIEDLKERDFTANAIAVNLDDVLTIVYDPTGGIKDLEQGLLRPVSIENLKRDPVRVLRGFRIAIEKNLQLTEDFYEFVKEDPRIVLKSAVERITHELFKIMKEKTAHKVIRELYEYGVLEAIIPEIGRLREVKDPLDEHTLKTLEYLEQVIEDRAKYLSAELLENFGKKRVLGEFTDVELLKWGALFHDIGKPQTFAFYEHDKVGAQIVREIGERLRWGDEATEFVAKLVRHHLRPFFLREAFKKGELKRRGMANFWRECGDIAPHLFLLSIADAMASGDEEEDIKALMETIAELESFNRNEMKXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Translocation and rotation of tRNA during template-independent RNA polymerization by tRNA nucleotidyltransferase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA (73-MER)
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| molecule tags |
Transferase/rna
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| source organism |
Synthetic construct
|
| total genus |
127
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| structure length |
439
|
| sequence length |
500
|
| chains with identical sequence |
F, G, H
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.72: CCA tRNA nucleotidyltransferase. |
| pdb deposition date | 2013-07-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| E | PF01743 | PolyA_pol | Poly A polymerase head domain |
| E | PF01966 | HD | HD domain |
| E | PF12627 | PolyA_pol_RNAbd | Probable RNA and SrmB- binding site of polymerase A |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Beta Polymerase; domain 2 | Beta Polymerase, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JPO A; 5HRL A; 5J2E A; 4AT7 B; 2ZHA A; 4MF8 A; 2BPG A; 5J0S A; 8ICE A; 5HRB A; 4IQT A; 8ICQ A; 3OVB A; 4KLL A; 4RQ6 A; 4PPX A; 4P4P A; 5DEC A; 5HRD A; 5BOM A; 2PFQ A; 7ICH A; 5HRK A; 4PH5 A; 3V7L A; 5HRI A; 4WC7 A; 5CJ7 A; 4TUS A; 5D46 A; 4EBK A; 4AT9 B; 7ICN A; 4KLF A; 4DOB A; 1ZQB A; 3JPQ A; 4I27 A; 4X4P A; 1BPY A; 1ZJM A; 5IIJ A; 4AT8 A; 1RZT A; 4XRH A; 3WFP A; 1KEJ A; 2BCQ A; 7ICQ A; 3JZ0 A; 4YMM A; 3OGU A; 3JYY A; 4RQ4 A; 2PFP A; 2DR7 A; 3LQC B; 1ZQC A; 2DR9 A; 1MQ3 A; 4NM1 A; 4M2Y A; 4Z6C A; 5J2A A; 3H3A A; 4K4G A; 4R65 A; 4UAZ A; 1MIV A; 4YMO A; 4S3N A; 4PHD A; 5IIL A; 4RWQ A; 4K4H A; 2ZH1 A; 3C2M A; 8ICW A; 2DRA A; 4I28 A; 4MFF A; 4P2H A; 4M04 A; 4WC0 A; 5III A; 4Z6F A; 4X4O A; 9ICE A; 1PX5 A; 9ICG A; 4NKU A; 8ICA A; 9ICT A; 3GDX A; 4M9H A; 4M9J A; 3H37 A; 4X5V A; 8ICN A; 4NM2 A; 1BPX A; 2P66 A; 4X4U A; 4R66 A; 9ICR A; 4RQ5 A; 3WFS C; 5CHG A; 4UBB A; 4I2J A; 8ICB A; 1ZQT A; 1RPL A; 5J0R A; 3AQN A; 4NKT A; 4PGX A; 4I29 A; 1ZQI A; 5HRH A; 1Q79 A; 3MGI A; 2FMS A; 2FMQ A; 3OVS A; 5HRG A; 5J2G A; 4PHE A; 4NLK A; 5J0X A; 1KDH A; 2BPF A; 9ICV A; 1XSP A; 1ZQA A; 4F5N A; 2ZH6 A; 5DBB A; 1ZQE A; 3RJF A; 4YD2 A; 4YD1 A; 3RH6 A; 3OUY B; 1FA0 A; 2VAN A; 4O9M A; 3UXO A; 5DBA A; 1TFW A; 3HIY A; 3OVA A; 2M2V A; 4I2B A; 4TUP A; 4F5O A; 4XQ8 A; 2PFO A; 9ICN A; 4I2C A; 1JN3 A; 9ICI A; 4RQ8 A; 8ICG A; 9ICH A; 4EP7 A; 4KLG A; 3JPN A; 1ZQY A; 4M9N A; 1ZQH A; 7ICU A; 3AU6 A; 3OV7 A; 1ZQU A; 4UB1 A; 4RWP A; 2DVI A; 1BPE A; 4R64 A; 1ZQF A; 2I9G A; 3RJG A; 1ZQP A; 4KLM A; 8ICJ A; 8ICO A; 4M9G A; 4O5K A; 4FH3 A; 4UB5 A; 1R8B A; 4MFA A; 4NY8 A; 1KNY A; 4UB2 A; 2ISO A; 5HHI A; 4X4R A; 1R89 A; 7ICF A; 4X4S A; 3UPS A; 5D49 A; 4QZF A; 4DO9 A; 2BE3 A; 5IIK A; 4AT7 A; 4AT8 B; 4MFC A; 3RJE A; 4KLS A; 4DOC A; 1UET A; 4PHA A; 5J0W A; 5TZV A; 5J2C A; 2DR5 A; 4I2F A; 5J0P A; 4GXI A; 4RQ3 A; 4ATB A; 8ICV A; 5J2F A; 4KLD A; 1ZQM A; 4YMN A; 8ICZ A; 1ZQX A; 5J29 A; 2ISP A; 4RT2 A; 4YCX A; 4RQ0 A; 3JPR A; 4QZI A; 7ICR A; 4PHP A; 2O5A A; 4X0B A; 9ICB A; 8ICF A; 4UBC A; 3UPQ A; 2ID1 A; 3NYB A; 4QZA A; 5J2B A; 4UAY A; 3WFR E; 8ICX A; 3C18 A; 4KLH A; 5HRE A; 5HC9 A; 9ICK A; 4PGQ A; 4Z6D A; 4KLU A; 2ZH5 A; 1ZQR A; 1NOM A; 4JWM A; 7ICO A; 4O5C A; 4JWN A; 8ICP A; 3RJK A; 3MDC A; 2ZH7 A; 4RPX A; 3UXN A; 2ZH2 A; 2DRB A; 1ZQS A; 9ICC A; 3C5G A; 8ICH A; 1JAJ A; 4KLQ A; 3L9D A; 4UD4 A; 2GWS A; 7ICJ A; 8ICK A; 4QZD A; 5DB8 A; 4MF2 A; 4I2D A; 9ICL A; 1UEV A; 4FHW A; 4E80 A; 4QZ8 A; 2BCS A; 4I2G A; 3AU2 A; 2IHM A; 1ZQQ A; 1OU5 A; 3MBY A; 3HWT A; 3ISC A; 4F5P A; 4WC2 A; 4K4I A; 9ICF A; 1Q78 A; 5DB9 A; 3MDA A; 2ZHB A; 5J0Y A; 5CA7 A; 8ICR A; 5J0T A; 3ISB A; 4IQV A; 5DKW A; 4XA5 A; 4E8F A; 1YLQ A; 4WCW A; 1ZQN A; 4M0A A; 3HJ4 A; 7ICK A; 4XUS A; 2ZH3 A; 1MIY A; 1XSL A; 3WFQ E; 9ICA A; 5F2V O; 4QZ9 A; 5BPC A; 1TVA A; 5DB6 A; 4RQ1 A; 4UB4 A; 5J0U A; 5DED A; 4KLJ A; 2M2W A; 9ICP A; 4WBY A; 7ICV A; 7ICL A; 5HRF A; 4WC3 A; 9ICS A; 3PMN A; 4GXJ A; 2M2U A; 3TFS A; 5IIN A; 7ICI A; 9ICJ A; 4X4T A; 3V7K A; 1BPZ A; 4TUQ A; 4M47 A; 1TV9 A; 4YN4 A; 2ZH4 A; 4X4N A; 4IQU A; 5BOL A; 3UXP A; 3AQM A; 3C5F A; 1ZQL A; 5J2D A; 5J0Q A; 5CR0 A; 1VJ7 A; 2PXI A; 4I2A A; 3UQ2 A; 7ICS A; 4NLZ A; 1XSN A; 3WFO A; 5DDM A; 4QZH A; 4RQ2 A; 4LVS A; 9ICQ A; 4GXK A; 2Q66 A; 3AQK A; 3AUO A; 4DOA A; 4KLE A; 4NLN A; 9ICW A; 4F5Q A; 5CB1 A; 4UAW A; 8ICY A; 1WOT A; 7ICP A; 4WBZ A; 4ATB B; 3RJI A; 9ICX A; 5D4B A; 2BCR A; 4LZD A; 2PBE A; 3RH5 A; 4I2I A; 7ICT A; 5HR9 A; 4UD5 A; 1ZQG A; 4R63 A; 4F5R A; 1HUO A; 9ICU A; 2M2T A; 3H38 A; 5IIM A; 4AT9 A; 5DDY A; 1MIW A; 3C2L A; 4LT6 A; 8ICL A; 1F5A A; 4IG8 A; 3PML A; 4Z6E A; 1V4A A; 1R8A A; 1ZQD A; 1UEU A; 4RPZ A; 4WC4 A; 2ZH8 A; 2BCV A; 4RQ7 A; 3RH4 A; 7ICM A; 4XQ7 A; 2NRK A; 3V72 A; 3B0X A; 4KLI A; 9ICO A; 4IQW A; 4M5D A; 3RJJ A; 1BPB A; 3LK9 A; 5DB7 A; 5J2H A; 1MQ2 A; 4FHV A; 4RWN A; 5CP2 A; 2BCU A; 1ZQK A; 3JPS A; 3C2K A; 4KLT A; 4QZC A; 4O5E A; 4EBJ A; 1HUZ A; 8ICT A; 4QZG A; 4PGY A; 2DR8 A; 4P4M A; 4E7X A; 1ZQJ A; 4WC5 A; 4I2E A; 3V7J A; 8ICM A; 1ZQV A; 1R8C A; 2BPC A; 4X4V A; 3K75 D; 4P4O A; 2HHP A; 2RFF A; 4TUR A; 4FHX A; 3RJH A; 2O1P A; 5DBC A; 3MGH A; 3JPP A; 5IIO A; 5CWR A; 1ZJN A; 7ICE A; 2ZH9 A; 5EOZ A; 5J2I A; 4QZB A; 1ZQO A; 9ICM A; 1BPD A; 3B0Y A; 3AQL A; 4WC1 A; 7ICG A; 8ICI A; 4FO6 A; 2W9M A; 2PFN A; 8ICC A; 1TFY A; 4X0A A; 4WC6 A; 1JQR A; 4FHP A; 5J0O A; 8ICS A; 4LZG A; 4RWO A; 1ZQW A; 3TFR A; 5J2K A; 3PNC A; 3HW8 A; 4KLO A; 2FMP A; 3ISD A; 1NO5 A; 3OUY A; 3UQ0 A; 1VFG A; 4RPY A; 4QZE A; 4FHY A; 1ZQZ A; 4NXZ A; 8ICU A; 5J2J A; 3C66 A; 3HX0 A; 3JPT A; 4RT3 A; 4FH5 A; 3HJ1 A; 4I2H A; 4UB3 A; 4M9L A; 5HHH A; 3H39 A; 1JMS A; 4X4Q A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JPO A; 5HRL A; 5J2E A; 4AT7 B; 2ZHA A; 4MF8 A; 2BPG A; 5J0S A; 8ICE A; 4O68 A; 5HRB A; 4IQT A; 8ICQ A; 3OVB A; 4KLL A; 4RQ6 A; 4PPX A; 4P4P A; 5DEC A; 5HRD A; 4NXU A; 5BOM A; 2PFQ A; 7ICH A; 5HRK A; 4PH5 A; 4NXW A; 3V7L A; 5HRI A; 4WC7 A; 5CJ7 A; 4TUS A; 5D46 A; 4EBK A; 4AT9 B; 4WQK A; 7ICN A; 4KLF A; 4DOB A; 1ZQB A; 3JPQ A; 4I27 A; 4X4P A; 1BPY A; 3NKU A; 4NXV A; 1ZJM A; 5IIJ A; 4AT8 A; 1RZT A; 4OAG A; 4XRH A; 3WFP A; 1KEJ A; 2BCQ A; 4OAI Z; 7ICQ A; 3JZ0 A; 4YMM A; 2EWR A; 3OGU A; 3JYY A; 4RQ4 A; 2PFP A; 2DR7 A; 3LQC B; 1ZQC A; 2DR9 A; 1MQ3 A; 4NM1 A; 4M2Y A; 4Z6C A; 5J2A A; 3H3A A; 4K4G A; 4O69 A; 4R65 A; 4UAZ A; 2BBH A; 1MIV A; 4S3N A; 4YMO A; 4PHD A; 5IIL A; 4RWQ A; 4K4H A; 2ZH1 A; 3C2M A; 8ICW A; 2DRA A; 4I28 A; 4MFF A; 4NXT A; 4P2H A; 4M04 A; 4WC0 A; 5III A; 4Z6F A; 4X4O A; 9ICE A; 1PX5 A; 9ICG A; 4NKU A; 8ICA A; 4EEB A; 9ICT A; 3GDX A; 4M9H A; 4M9J A; 3H37 A; 4X5V A; 8ICN A; 4NM2 A; 1BPX A; 2P66 A; 4X4U A; 4R66 A; 9ICR A; 4RQ5 A; 3WFS C; 5CHG A; 4UBB A; 4I2J A; 8ICB A; 1ZQT A; 1RPL A; 5J0R A; 3AQN A; 3OWG A; 4NKT A; 4PGX A; 4I29 A; 1ZQI A; 5HRH A; 1Q79 A; 3MGI A; 2FMS A; 2FMQ A; 3OVS A; 5HRG A; 5J2G A; 4PHE A; 4NLK A; 5J0X A; 1KDH A; 4JLZ A; 2BPF A; 9ICV A; 1XSP A; 5B3P A; 1ZQA A; 4F5N A; 2ZH6 A; 5DBB A; 1ZQE A; 3RJF A; 4O67 A; 4YD2 A; 4YD1 A; 3RH6 A; 4LEV A; 1FA0 A; 3OUY B; 2VAN A; 4O9M A; 3UXO A; 5DBA A; 1TFW A; 3HIY A; 3OVA A; 2M2V A; 4I2B A; 4TUP A; 2BBJ A; 4F5O A; 4XQ8 A; 3EF2 A; 2PFO A; 9ICN A; 4I2C A; 1JN3 A; 9ICI A; 4RQ8 A; 8ICG A; 9ICH A; 4EP7 A; 4KLG A; 3JPN A; 1ZQY A; 5B3Q A; 4M9N A; 1ZQH A; 7ICU A; 3AU6 A; 5CFT A; 3OV7 A; 1ZQU A; 4UB1 A; 4RWP A; 2DVI A; 1BPE A; 4R64 A; 1ZQF A; 2I9G A; 3RJG A; 1ZQP A; 4KLM A; 8ICJ A; 8ICO A; 4M9G A; 4OAF A; 4O5K A; 4K8V A; 4FH3 A; 4UB5 A; 1R8B A; 2B56 A; 4MFA A; 4NY8 A; 1KNY A; 4UB2 A; 2ISO A; 5HHI A; 4X4R A; 1R89 A; 7ICF A; 4O6A A; 4X4S A; 3ER8 C; 3UPS A; 5D49 A; 4QZF A; 4DO9 A; 2BE3 A; 5IIK A; 4AT7 A; 4AT8 B; 4MFC A; 3RJE A; 4KLS A; 4DOC A; 1UET A; 4PHA A; 5J0W A; 5TZV A; 5J2C A; 2DR5 A; 4I2F A; 5J0P A; 4GXI A; 4RQ3 A; 4K99 A; 4ATB A; 8ICV A; 5J2F A; 4KLD A; 1ZQM A; 4YMN A; 8ICZ A; 4EGW A; 1GPJ A; 1ZQX A; 5J29 A; 2ISP A; 4RT2 A; 4YCX A; 4RQ0 A; 3JPR A; 4QZI A; 7ICR A; 4PHP A; 2O5A A; 4X0B A; 9ICB A; 8ICF A; 4UBC A; 3UPQ A; 2ID1 A; 3NYB A; 4QZA A; 5J2B A; 4K96 A; 4UAY A; 3WFR E; 8ICX A; 3C18 A; 4KLH A; 4WQL A; 5HRE A; 5HC9 A; 9ICK A; 4PGQ A; 4Z6D A; 4KLU A; 2ZH5 A; 4KB6 A; 1ZQR A; 1NOM A; 2GAF D; 4JWM A; 2GA9 D; 7ICO A; 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3C5F A; 1ZQL A; 5J2D A; 5J0Q A; 5CR0 A; 1VJ7 A; 2PXI A; 4I2A A; 4MKP A; 3UQ2 A; 4NXX A; 7ICS A; 4NLZ A; 1XSN A; 3WFO A; 5DDM A; 4QZH A; 4RQ2 A; 4LVS A; 9ICQ A; 4GXK A; 2Q66 A; 3AQK A; 4K98 A; 3AUO A; 4DOA A; 4KLE A; 4NLN A; 9ICW A; 4F5Q A; 5CB1 A; 4UAW A; 8ICY A; 1WOT A; 7ICP A; 4WBZ A; 5D63 A; 4ATB B; 3RJI A; 5D4B A; 9ICX A; 2BCR A; 4LZD A; 4FO1 A; 2PBE A; 3RH5 A; 4I2I A; 7ICT A; 5HR9 A; 4LEW A; 4UD5 A; 1ZQG A; 4R63 A; 4F5R A; 5JTG A; 4EV6 A; 4WH5 A; 1HUO A; 9ICU A; 2M2T A; 3H38 A; 5IIM A; 4AT9 A; 5DDY A; 1MIW A; 3C2L A; 4LT6 A; 8ICL A; 4JLX A; 1F5A A; 4IG8 A; 3PML A; 4Z6E A; 1V4A A; 1R8A A; 1ZQD A; 1UEU A; 4RPZ A; 4WC4 A; 2ZH8 A; 2BCV A; 4RQ7 A; 5D62 A; 3RH4 A; 7ICM A; 4XQ7 A; 2NRK A; 3V72 A; 3B0X A; 4KLI A; 9ICO A; 4IQW A; 4M5D A; 3RJJ A; 1BPB A; 3LK9 A; 3CK6 A; 5DB7 A; 5J2H A; 1MQ2 A; 4FHV A; 4RWN A; 5CP2 A; 2BCU A; 1ZQK A; 3JPS A; 3C2K A; 4KLT A; 4QZC A; 4O5E A; 4EBJ A; 1HUZ A; 8ICT A; 4QZG A; 4PGY A; 4XJE A; 2DR8 A; 4P4M A; 4E7X A; 1ZQJ A; 4WC5 A; 4I2E A; 5CHE A; 3JCF A; 3V7J A; 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