3WH6A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 glucose complex
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
MAGERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Metagenomes
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glucosidase
total genus 178
structure length 443
sequence length 443
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh6A00
4AMCA 1V08A 4ATDA 2EQDA 1QW8A 1LLOA 3ZT6A 4H8UA 3RO8A 3AMCA 3SUUA 1W1YA 1GOMA 1GOIA 2Z1KA 3GBEA 3AS3A 1HP5A 1UKTA 5M5DA 5AYIA 3NIYA 1TA3B 3MANA 1I1WA 2VRQA 4TX8A 3IAPA 2PWDA 3SCVA 4HMCA 4L4PA 4P7RA 1FP8A 1CYGA 4ACYA 2X1IA 1B2YA 1CXKA 4Y7EA 3VM5A 1E4NA 4M8UA 5EMYA 1Q6FA 1ZU8A 2J25A 1E5NA 2D20A 4AIEA 3EBVA 1KGWA 3M07A 3WD2A 1BQCA 1G94A 1C93A 1CXHA 1KGXA 1PJ9A 2WPGA 3MV01 4URIA 1VEOA 3CMGA 1AQ0A 1E3ZA 1HT6A 1E1EA 2A3CA 3WDJA 3THDA 4E4PA 3PTMA 1UD5A 3VIKA 3VDAA 1VB9A 2JF6A 3NSNA 5C8BB 3K8KA 3OGSA 1J10A 4C7FA 4ZXLA 3WD1A 3ARWA 4AZBA 1TZ7A 3ZMRA 3IAQA 5GNYA 5I24A 1JGIA 2BNJA 1UOKA 4JZ5A 4AZCA 1V03A 1CNVA 2J7DA 2BHYA 2CXGA 4AD3A 3VD9A 3M6DA 5BROA 2V3GA 1LWHA 2ZXBA 1J0IA 2VX5A 3NYDA 2W92A 3VILA 3W29A 4P8XA 3WH5A 1CTNA 1I1XA 3CUFA 2W62A 1V3JA 1B9ZA 5KEZA 4M80A 4JCLA 1JD9A 1C8XA 1VFFA 4JHOA 4PYSA 2G3MA 2CCRA 2Y5EA 1H0GA 2VZVA 2OYLA 3RJXA 4BZYA 5HXMA 3T2OA 2V5CA 3MS8A 3WKZA 4CCCA 1OT2A 2VI0A 3GXDA 5I6SA 2PWFA 4M1RA 2E8YA 1JF5A 2E40A 3WDRA 1X6NA 1C92A 4PRWA 4ACZB 3BAIA 3W26A 2J75A 4CUCA 2CBIA 3ZJ8A 3K1DA 2J7GA 4EANA 4M81A 1KQZA 3ZJ7A 3N12A 3BMVA 4CD6A 2ZX6A 5ABFA 3MMDA 7CGTA 5A6BA 5I77A 1D2KA 1JNEA 2VURA 5A94A 2VZSA 3ZR5A 5HBFA 4DUVA 2W66A 1ZBVA 4B3LA 5FCZA 5D4YA 4ZE5A 2BVTA 1CLXA 3BLPX 2WMHA 4X0VA 1UH2A 4GPNA 4PMVA 2WAGA 1C8QA 2V3DA 2WW5A 1SMAA 1TUXA 1UR0A 2DEPA 3WL1A 2D24A 3PZTA 4WLCA 2OLHA 1BGAA 1XH0A 3VM7A 2CHNA 3CHEA 4D71A 4AZIA 5I78A 4CN4A 1F4HA 2WZHA 2GK1A 1JL8A 1GZJA 2JFEX 2D0HA 1KQYA 2DSVA 4MPKA 2ZX7A 3WUGA 3WEOA 1VENA 1QNPA 3MUIA 3L4TA 3SCSA 2V38A 3W53A 3WQWA 1QHZA 1J0YA 1CXFA 1V6XA 2GJRA 1OIFA 1WP6A 1WB0A 4OZOA 2VCAA 4J27A 2E9LA 4HOXA 2WSKA 5DO8A 2VMFA 2QF8A 1GOWA 4V2XA 4GZJA 1JZ7A 2CBUA 1AVAA 3T0AA 2Y24A 4U2YA 2XPKA 2VQUA 5IDIA 3HU7A 5TD4A 4B9YA 3K4AA 1EGZA 3THCA 3J7HA 3B8SA 1J9YA 3EDFA 3WFLA 2DGAA 3AICA 3VDCA 5AC5A 4E8DA 3K4DA 2E9BA 3DYMA 2JIWA 4DWSD 4DWSA 1CZ1A 1MXGA 2QPUA 1LWJA 1CPUA 4HP5A 1C8YA 1BVZA 1XH2A 4M29A 1TCMA 3L4XA 4HA3A 3WMCA 2VR5A 1D3CA 2ZIDA 2YJQA 4D6FA 1GW1A 3WSUA 3AXXA 4Q7NA 4FLQA 2AAAA 1QHPA 2VZTA 4KMQA 3B9DA 4AEEA 1H09A 1PAMA 1L0PA 4FK9A 4W87A 1DWGM 1CGYA 3MUAA 4AD5A 1SR0A 5BRPA 4WK9A 2C0HA 2EPKX 4D1JA 1H1NA 5DT7A 8CGTA 5IFTA 4UFMA 4CD7A 4BF7A 2Y8KA 3I3EA 1K9EA 3VDHA 1VJZA 3VTRA 5BRQA 3UERA 1EQCA 1WZLA 1WCGA 4AD2A 5C70A 5M03A 3WH9A 2J7HA 4PCTA 3UEQA 2XWDA 3WMSA 1CXEA 5CGTA 1HJUA 4CVUA 4X9YA 5HPOA 2E3ZA 5IFPA 1X1NA 3MSGA 4DM2A 3PZUA 4TTGA 3BAWA 5DEZA 2OWCA 1UZ4A 3TP4A 4BQ5A 5ABHA 1J0ZA 1EDGA 3SEPA 3LPPA 1GVYA 2VCBA 4QDMA 4JKLA 4X0NA 1OCQA 4WSJA 4V27A 3CHFA 1R7AA 1E6NA 4W7UA 2YL5A 4OOZA 3VNYA 1QOXA 2WWDA 1UWQA 5CLTA 4HOZA 1W3LA 5A69A 1OBAA 3ARYA 4U3CA 4AZ6A 2WANA 2XFRA 4AISA 4KWUA 2UY4A 1XRVA 1UKSA 3GXIA 1PX8A 1B0IA 3PBGA 1OD8A 4MB5A 4CCDA 1E6RA 1W2PA 1H0IA 2YA0A 1XSIA 3SCOA 2F8QA 2ESCA 4GI8A 1M03A 2EEXA 1EOMA 1GUVA 1CBGA 1OGGA 5GNXA 2CKSA 2UY2A 1B3ZA 1RH9A 1BYBA 3CZEA 2E0PA 1LG1A 1ODUA 3ARPA 3OB8A 4AWEA 1KR0A 4MB4A 4U2ZA 3N18A 4AEFA 2PC8A 3WNPA 4QCEA 3FAWA 4W85A 3WDPP 4MB3A 1KCLA 3UESA 1WZKA 3U7VA 2G3NA 5AYBA 3WF3A 4B3KA 4N42A 2J8GA 3RPMA 1MW2A 3BLKA 4XV0A 2X05A 4XZWA 1CENA 5I0DA 3WQ6A 3GDBA 1MVYA 4QCFA 1W9DM 3ZQ9A 4W8AA 3WL0A 4M82A 3AIVA 2QPSA 4AD0A 3PTQA 2QLYA 4Z2GA 2BY2A 1HKKA 3RDKA 2WCAA 1PEZA 1LL6A 4YPJA 3WF2A 2XHYA 2YA2A 1VIWA 1RD6A 2CBVA 3DHPA 1CGTA 3L4UA 4MB1A 4WKFA 2WWCA 1KFWA 4J3UA 3ZJ6A 3ZIZA 3AIWA 4E2OA 3N15A 3AIRA 3RM8A 5CSUA 1UA3A 3AHXA 5A2AA 1V6WA 4IISA 3WBAA 1KB3A 2DH3A 1B3YA 2WXDM 2DIJA 1UWSA 3VIJA 1Z32X 1UWIA 3QOMA 3BAKA 4MDPA 4AD1A 4AIOA 1XGZA 1BLIA 3AIUA 3WY1A 2WBKA 1FHLA 1KCKA 2WB5A 1QI5A 2VQTA 3T09A 4P7QA 1X6LA 4IUGA 4UQAA 3CO4A 3T0DA 2D0GA 2JEQA 1BGGA 1NOWA 3AOFA 1EQPA 3WEZA 5EBAA 4U3AA 3NCOA 1UKOA 3K46A 4DUXA 2J7EA 4YN5A 1XYFA 5LA2A 4UQDA 5A6AA 1QI3A 1ITXA 4HOWA 3W0KA 2W4XA 1GHSA 2WHKA 3AHYA 1EO5A 4J3WA 3WNLA 1H3GA 1LQ0A 2J7FA 1AQMA 1BTCA 4D6GA 5E6ZA 3CIVA 1V3KA 1E4MM 5JBFA 1OM0A 5EFDA 4J3VA 1JG9A 3VIHA 3VD7A 3FN9A 2D23A 4A3HA 4HZ8A 2EPOA 5F7UA 3AFBA 3G6MA 3ZSSA 4HMDA 2WYSA 1GJWA 2D0FA 3AIEA 1N82A 2CHOA 1QNQA 4NRRA 1MYRA 4C7DA 1IT0A 3BCDA 2DQXA 4BS0A 4U5IA 4PSPA 2JF7A 3N1AA 5JUVA 3BSHA 3SUTA 1EHNA 4R5EA 4ZENA 1ISWA 4WSKA 1DWAM 3I3DA 4PMZA 1US2A 1B3VA 5CLWA 1A3HA 3OZOA 1TFVA 1UUQA 2B31A 5HDRA 3WQ5A 1UR9A 3AZRA 4AC1X 1ZBCA 5CG0A 1HJSA 2X2YA 1VEPA 1RP8A 2XIIA 3F4VA 1W32A 2X8RA 1E0VA 2WVUA 3L4ZA 4W86A 3AIQA 3KL5A 3ZSTA 4PTVA 3PHAA 5E6YA 1EIBA 2WSPA 3VO0A 1ZBWA 2UY3A 4CN6A 4ZFMA 5A6JA 3WF4A 2YL6A 5ABEA 3CZGA 2CPUA 4BQ4A 1HVQA 1CDGA 3SCQA 1B1YA 3WH8A 1V3IA 1Q4NX 3KZSA 3I3BA 4FLRA 3UCQA 2WLZA 3BAYA 1MW3A 1UR4A 1E5JA 1C90A 1PBGA 3VD4A 1Q6DA 4PMYA 4NZCA 4UQCA 1VBUA 3NSMA 4WJXA 1R85A 8A3HA 3A4AA 2VC9A 4LYPA 2J77A 2XVNA 4MADA 2ZICA 2DT0A 1ISXA 1GCYA 5A6LA 4TUFA 1JYNA 4D6DA 3FHAA 1HVXA 4D6JA 1GNXA 2DH2A 3FXYA 1E0XA 4PTMA 1U33A 1E6SM 1UZ1A 1ODZA 1HN1A 4UFIA 3RM9A 5BCAA 5DMYA 4B9ZA 3DECA 4UOZA 1E71M 3N13A 3WNKA 3TTSA 4PMUA 3AMDA 2WC3A 4YHEA 3GXMA 3IJ9A 3W27A 3PZGA 1UR1A 2O9OA 3BH4A 1QNOA 2WK2A 1V3MA 4LQ1A 4QLJA 1GQLA 2DSUA 4XUYA 4BQ2A 2EO7A 2E8ZA 2J7BA 5JBEA 4JIEA 3UG4A 2IXVA 2CITA 7A3HA 2BXZA 4WIWA 1HX0A 2W61A 2VVSA 3NSXA 1B3WA 4PUDA 2OSWA 1B30A 1JZ6A 2MANA 1W9PA 1J18A 4OBRA 3VIOA 3AMKA 5A2CA 3RIKA 1JAKA 1EA9C 4W89A 3W37A 1NWUA 3T2PA 1E40A 1GOOA 3KE0A 3RMEA 3W82A 1GOQA 1M01A 3RJYA 5A3HA 3GYCA 1E4IA 3OLDA 1M7XA 1CGWA 2IXUA 1UG6A 1GOKA 2ZX5A 1W91A 1Q6CA 3CUGA 1IZKA 4AY1A 3WNMA 2FGZA 4CD5A 3WELA 3UR7A 1AQHA 3EDKA 3WEMA 5A8QA 2TAAA 3AMGA 1FH9A 3LPOA 4W7VA 2GSJA 2VCCA 1MQPA 2XJ7A 4TXEA 3WFZA 4EAMA 4Z2JA 2ZUSA 3WIJA 3MV11 3S2CA 1JI1A 1ZL1A 4BQ3A 4PTWA 2F61A 3L4WA 1P6WA 4W93A 3FAXA 3OGVA 3GH4A 4CGTA 2G8ZA 4PSRA 1GVIA 3PTKA 3DC0A 2NW0A 3L2MA 1YHTA 2PBGA 1CEOA 4KGJA 3PZIA 5D9NA 1VFUA 1GQIA 5BYWA 3QHMA 4LYRA 1JZ4A 1MXDA 3KWXA 5HOSA 1HJQA 4J28A 5I3DA 1XSJA 2QHAA 4XZBA 4HPHA 4CVWA 5CXPA 1FH7A 3VKKA 2BY0A 5LA1A 3CZLA 3MUY1 1GORA 4GZEA 4LPCA 2ZWZA 3GH5A 1OD0A 1BPLB 3MSDA 1JXJA 4F66A 1XD0A 4AD4A 2XSAA 1GONA 3QHOA 3F5JA 4PUEA 2YDSA 2XYLA 3VMNA 1DWHM 4PN2A 1SYTA 4ZEPA 1NOFA 1C3FA 5DT5A 2FHCA 2OYKA 3F5LA 2XFFA 4HA4A 2CKRA 2VTFA 3VD5A 4F79A 1TR1A 3MU7A 4Z2LA 3PZNA 3WENA 2VZOA 1G9HA 3W6MA 2W91A 3W81A 1CGXA 1V02E 4D6EA 2WZIA 2X0YA 1UD4A 1ZS2A 2W67A 4RE3A 2FGLA 1W3HA 2VX7A 3ZO9A 3HN3A 2VJXA 3ZM8A 2XG9A 2J7CA 4W7WA 3VU2A 1KR1A 1UWRA 2WMIB 2VX4A 4QFUA 4AIUA 2BHUA 5M3WA 4HU0A 3CZKA 2PWGA 4MAZA 4H7VA 3W24A 1ZBKA 4JKKA 4JFVA 2XVKA 1E72M 4M56A 4UQ9A 3AROA 1FA2A 3JUGA 4V28A 4FLOA 5FOOA 1VBRA 2W5FA 1OGBA 1W2VA 3VGEA 2CERA 3WDIA 3NDYA 3WDQA 1AMYA 3F5KA 4UR9A 4Q22A 1WE5A 1UD2A 2DT2A 3GNOA 3VGDA 1XD1A 3WH7A 3AYRA 3CUJA 5LYRA 1E1FA 2BXYA 2J74A 4LYQA 5I2UA 1G5AA 3ZJKA 3WDHA 4GO9A 2GDUA 2Z1SA 1MFVA 4CU6A 1JYVA 1JZ2A 3WMBA 1U30A 1ZB5A 4IPLA 1UD3A 3AHVA 4CN1A 3QOKA 2W63A 4LGXA 3A6OA 2XFYA 2A3HA 4GIAA 2EXOA 4FLSA 2VL4A 2GFTA 3L2LA 3OLEA 2JE8A 1R87A 2A3EA 1BSIA 1TVNA 4FMVA 1DTUA 5A8NA 2A3AA 1VJSA 1UQZA 5FKYA 4UFHA 3DYPA 1PX4A 4PBGA 1E6PA 4CD4A 4H41A 2GJPA 1DHKA 3A4XA 1WDRA 1PX3A 2WMJA 4FF5A 3BSGA 4ATLA 1OINA 1V6UA 4OJYA 1UQYA 1E9LA 1NWRA 2BVYA 1H4PA 1HKMA 3CH9A 3HJEA 3VUPA 1KXQA 4GQQA 2Y2WA 1E0WA 3E1F1 4TVUA 4LXFA 5D8ZA 2ZWYA 3OA5A 1W3KA 1Q6GA 1IV8A 2YKKA 4P7NA 1JIBA 2ZUMA 3WD4A 1DWJM 1W1PA 4H2CA 1H49A 3DYOA 1XC6A 2BY1A 1H11A 1H5VA 2NT1A 1VEMA 3O2LA 1E3XA 4W8BA 3GH7A 7TAAA 2XVPA 5I23A 4HU8A 2YLLA 1UHVA 3SCPA 4QP0A 1UH3A 2WM0A 2VRKA 1QNSA 5D8WA 2CESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AMC A;  1V08 A;  4ATD A;  2EQD A;  1QW8 A;  1LLO A;  3ZT6 A;  4H8U A;  3RO8 A;  3AMC A;  3SUU A;  1W1Y A;  1GOM A;  1GOI A;  2Z1K A;  3GBE A;  3AS3 A;  1HP5 A;  1UKT A;  5M5D A;  5AYI A;  3NIY A;  1TA3 B;  3MAN A;  1I1W A;  2VRQ A;  4TX8 A;  3IAP A;  2PWD A;  3SCV A;  4HMC A;  4L4P A;  4P7R A;  1FP8 A;  1CYG A;  4ACY A;  2X1I A;  1B2Y A;  1CXK A;  4Y7E A;  3VM5 A;  1E4N A;  4M8U A;  5EMY A;  1Q6F A;  1ZU8 A;  2J25 A;  1E5N A;  2D20 A;  4AIE A;  3EBV A;  1KGW A;  3M07 A;  3WD2 A;  1BQC A;  1G94 A;  1C93 A;  1CXH A;  1KGX A;  1PJ9 A;  2WPG A;  3MV0 1;  4URI A;  1VEO A;  3CMG A;  1AQ0 A;  1E3Z A;  1HT6 A;  1E1E A;  2A3C A;  3WDJ A;  3THD A;  4E4P A;  3PTM A;  1UD5 A;  3VIK A;  3VDA A;  1VB9 A;  2JF6 A;  3NSN A;  5C8B B;  3K8K A;  3OGS A;  1J10 A;  4C7F A;  4ZXL A;  3WD1 A;  3ARW A;  4AZB A;  1TZ7 A;  3ZMR A;  3IAQ A;  5GNY A;  5I24 A;  1JGI A;  2BNJ A;  1UOK A;  4JZ5 A;  4AZC A;  1V03 A;  1CNV A;  2J7D A;  2BHY A;  2CXG A;  4AD3 A;  3VD9 A;  3M6D A;  5BRO A;  2V3G A;  1LWH A;  2ZXB A;  1J0I A;  2VX5 A;  3NYD A;  2W92 A;  3VIL A;  3W29 A;  4P8X A;  3WH5 A;  1CTN A;  1I1X A;  3CUF A;  2W62 A;  1V3J A;  1B9Z A;  5KEZ A;  4M80 A;  4JCL A;  1JD9 A;  1C8X A;  1VFF A;  4JHO A;  4PYS A;  2G3M A;  2CCR A;  2Y5E A;  1H0G A;  2VZV A;  2OYL A;  3RJX A;  4BZY A;  5HXM A;  3T2O A;  2V5C A;  3MS8 A;  3WKZ A;  4CCC A;  1OT2 A;  2VI0 A;  3GXD A;  5I6S A;  2PWF A;  4M1R A;  2E8Y A;  1JF5 A;  2E40 A;  3WDR A;  1X6N A;  1C92 A;  4PRW A;  4ACZ B;  3BAI A;  3W26 A;  2J75 A;  4CUC A;  2CBI A;  3ZJ8 A;  3K1D A;  2J7G A;  4EAN A;  4M81 A;  1KQZ A;  3ZJ7 A;  3N12 A;  3BMV A;  4CD6 A;  2ZX6 A;  5ABF A;  3MMD A;  7CGT A;  5A6B A;  5I77 A;  1D2K A;  1JNE A;  2VUR A;  5A94 A;  2VZS A;  3ZR5 A;  5HBF A;  4DUV A;  2W66 A;  1ZBV A;  4B3L A;  5FCZ A;  5D4Y A;  4ZE5 A;  2BVT A;  1CLX A;  3BLP X;  2WMH A;  4X0V A;  1UH2 A;  4GPN A;  4PMV A;  2WAG A;  1C8Q A;  2V3D A;  2WW5 A;  1SMA A;  1TUX A;  1UR0 A;  2DEP A;  3WL1 A;  2D24 A;  3PZT A;  4WLC A;  2OLH A;  1BGA A;  1XH0 A;  3VM7 A;  2CHN A;  3CHE A;  4D71 A;  4AZI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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