3WK0A

Wild-type orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from m. thermoautotrophicus complexed with orotidine 5'-monophosphate methyl ester
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate distortion contributes to the catalysis of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 84
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wk0A00
4Z08A 1YTKA 1TRDA 3O6DA 3S1VA 3GXNA 1K7EA 1WX0A 2A2IA 2P1FA 3S6DA 2NXGA 3PM6A 1T96A 2V2CA 5FF2A 1KBIA 4N02A 4ADSA 1W5PA 1BTMA 3KVMA 3STEA 1VCVA 1A50A 2FPYA 4WY0F 3WJZA 1MEIA 2OT0A 3MP3A 4GFSA 2QJHA 2QJIA 4UTWA 4UUIA 3YPIA 3G18A 5FI8A 3OHIA 1OF6A 2RKXA 4UMAA 2TPSA 5LHFA 3N3MA 3TK7A 1FDZA 2GPTA 2TYSA 4IPJA 2CLIA 1LOSA 2V8ZA 4LRSA 2VEKA 1LLZA 2RH9A 2R91A 3OVPA 4M6QA 4XBSA 3NYZA 4QIUA 4UFMA 1TIMA 1L6SA 3LRLA 3G8EA 5A8GA 3E49A 3A21A 1AK5A 3T55A 5D33A 4DO5A 2YFNA 4TMBA 1O5KA 3N19B 5EY5A 3CWOX 4HHPA 4NJIA 3GVGA 3DXIA 1TPWA 2NXIA 4FNQA 4N4QA 3NQ8A 5ABTA 2Q3RA 1KFCA 5G5IA 3W86A 1M6JA 5EYWA 3W70A 1TPC1 1EPXA 4CCDA 3MBFA 1LOLA 5EL1A 5HMSA 1ME7A 1H63A 3W7QA 5DELA 3G1FA 5DCDA 5TBOA 1QO5A 3E0IA 3LM7A 3M5ZA 2ZTKA 3DH7A 1X1ZA 3L5AA 1DKWA 2KZHA 2B7PA 1JCXA 2ISSA 1KTCA 3FS2A 4DO6A 3UXAA 4KKXA 4BF9A 1ONRA 3W2LA 1F7BA 5EMUA 4NU7A 4RXFA 1TYGA 1NFBA 2CLFA 2VFEA 3S5OA 5G1TA 5AHEA 3W2UA 1W3IA 3M1ZA 4XTDA 3DU0A 5EPDA 2GOUA 3LHWA 1GPWA 3DKLA 4MVAA 5KZDA 4WX2A 3CEUA 3HMJG 1TPUA 1KLZA 1PS9A 3L5LA 4MLRA 2EKCA 3DFPA 2EGZA 1ZAJA 4MJMA 4A29A 1OFDA 4JX5A 1DBTA 1TV5A 2W79A 2ZA1A 2OMAA 1K8ZA 2FPVA 2PRMA 3L68A 5K3VA 3LCLA 4NUWA 1GTHA 1SR9A 3EX3A 3DFNA 3QMTA 2O7QA 3ZWSA 5L9FA 4QNEA 2G97A 1TQJA 1WYIA 2JBMA 3PBYA 3ABOA 1YYAA 3TSMA 5F4SA 2GVGA 3NQFA 3IGSA 3M5YA 2QF7A 3WK3A 2FIQA 3AO0A 5CPOA 5C54A 4N6FA 1D3GA 3HO8A 3NQMA 5T26A 4NZFA 3R2GA 2E68A 2C0AA 4FX6M 5EBUA 7TIMA 3CT7A 1IXPA 1G6CA 1OFOA 3MO7A 1H7RA 1BWLA 3G1VA 3W9ZA 3QPYA 3STFA 4LRTA 1X8FA 3RLVA 4UTLA 1WOAA 2TSYA 4NJHA 4MOZA 2ATSA 4UTTC 4UNLA 4LY8A 5D09A 1VR6A 2DZWA 3LLFA 4DXVA 3UD6A 1EEPA 1A53A 2CW6A 4K6AA 3TQVA 4GNJA 3QEZA 1ZJIA 2ZQ0A 3Q37A 5G2WA 4GE8A 3O8AA 2QCGA 4YCOA 3INPA 4IX2A 2TRSA 1K7FA 5I3KA 1S3HA 4R7JA 2IQTA 2ZTJA 1PV8A 3JRKA 4K7VA 5D37A 3EXTA 3NQEA 5F4XA 3KFTA 3M41A 1P0KA 1SPQA 5BNKA 3ATZA 1FCQA 4AF0A 3I68A 5BRBA 3LTPA 4HSNA 1RQEA 3BW4A 5TIMA 3USBA 3LRMA 4ZZ9A 1EIXA 3W1NA 3TA6A 1NAL1 1O5XA 4HT3A 4A2SA 1LZOA 4LU0A 4AAJA 3SW6A 3S42A 1X6UA 4IWWA 2J27A 3TV8A 3G0UA 1I2NA 3M7WA 4UFJA 3P5ZA 3N9RA 4WY0B 3FLUA 6ALDA 1V7YA 2X16A 2ZZ4A 1FQ0A 2E5DA 2QCCA 3SI9A 3IGUA 4ZQRA 4AF0B 2P10A 4IUOA 1G7VA 2CU0A 1H7PA 4OU1A 4HIBA 2GQAA 4O0KA 4NX0A 2CZEA 3GR7A 1VRDA 4O19A 2DJLA 3M0ZA 2CFFA 1LOQA 4C1KA 1FY6A 4UTWC 1GZGA 3C2VA 5C55A 1OX6A 3PB0A 3P67A 5BW6A 1ZAHA 4IQLA 1W5MA 1FCBA 1W5OA 3W73A 1PIIA 4NXSA 2WPBA 5U7SA 5I3FA 2GVLA 4FO4A 3NOEA 1GVRA 3FOKA 1F6KA 4CNOA 1P5BA 2NX3A 1EWDA 4O4WA 1H1ZA 1EX5A 4UR7A 1TPVA 5DCBA 1W5QA 5G4EA 3UY8A 3LCXA 3N34A 3TCEA 4FIRA 3W7OA 1RVGA 2C13A 3UY7A 3QSRA 3MYOA 1Y0EA 2NV1A 3A5FA 2OCZA 1GVSA 2J9ZA 1YPIA 2YW3A 1LBMA 3K30A 3THAA 4EF9A 4LNYA 3DENA 4K39A 2Y89A 4JTGA 4IPIA 4O12A 4HN4A 1TREA 2ABAA 1SZEA 2X30A 3HF3A 1VS1A 3G1YA 3W71A 1VHNA 1GYNA 1QR7A 2VFHA 3LCWA 3BW2A 3BPWA 4GC4A 4RJEA 5KZMA 4ONVA 3TU9A 4TO8A 1JUKA 2B4GA 3NPXA 4OHQA 1VPXA 2H3DA 3GDKA 1VYRA 4XWUA 1JCMP 3NNTA 1MEHA 1MXSA 1GEQA 3MHUA 1GTEA 1NVMA 4GBUA 3QSTA 3GR8A 1BWKA 4IMGA 1D9EA 2HTMA 3PBVA 2X2GA 1JUBA 4X22A 1DQWA 4JD4A 1WDWA 2W0UA 4I7WA 4R53A 3WJWA 5I3HA 1OFEA 1FWWA 2GQ8A 3R89A 3NR0A 4JTHA 4AH7A 3FJLA 1DJNA 3GLCA 5D2WA 2DZSA 3PB2A 2Y62A 5LNSA 4O1BA 2CLOA 3GXTA 4UTIA 3FIGA 4NVTA 1PL9A 1SO4A 3Q2DA 3EEGA 3N9SA 3P61A 4JDYA 3LGEA 1M5WA 4LS1A 5CSRA 3O63A 1XXXA 4Y6GA 3TQKA 4AEOA 2YXGA 3UYCA 3GB6A 3RK8A 3HG3A 3BG9A 4LS2A 1THFD 1A5BA 1PCWA 4NT0A 4EVZA 3HQ1A 1NEYA 4BWLC 1IXNA 1TJRA 4FXSA 1BEUA 2E77A 1OX4B 4FHAA 1C29A 1K8XA 3LBCA 1ZY9A 1S5WA 4ZQMA 1CX9A 4CCEA 2DZUA 4M7TA 5K9CA 3BV4A 3TW6A 4UFIA 4LW7A 3E9AA 3HGOA 3P80A 1EWEA 1H7OA 4IMEA 3SSJA 2FTPA 1B4KA 3H54A 3LTYA 3TX9A 3C8FA 5D2VA 4A3UA 4JR5A 3W7DA 5FF0A 4HNTA 1BKSA 1PCKA 3I6RA 3M16A 2DZVA 3QJAA 3SR7A 5FF3A 2CLEA 1YXDA 1GVFA 3WK1A 1JR1A 3T4CA 2A0NA 1N7KA 1VYPX 4GUHA 3UPWA 3KAOA 1H60A 4FNTA 4LVBA 1VYSX 4AWUA 1F6PA 2PRHA 4MLJA 3KRSA 3RMJA 1ML1A 2YZRA 2C19A 3SIZA 3P81A 3WJXA 3LI0A 5AC8A 2I14A 4Q33A 1H7XA 4IMFA 1VGAA 1MZHA 3B04A 1O94A 3EX1A 1FXPA 5I3IA 3TC7A 2FJKA 1KFBA 2NX1A 4O17A 1EP1A 4JTEA 1TV8A 4CLMA 5D04C 4OT7A 4W9TA 1JJKA 4H4IA 1YLVA 3EX6A 4O50A 1QPQA 1U5JA 3CM4A 1KFEA 4OE7A 4JIPA 2VC6A 3UPBA 2YCEA 1K7XA 1ZHAA 3L0KA 4TIMA 2ALDA 3R12A 3PVFA 1EA0A 3O07A 5C5YA 5A5WA 3B0PA 3CTLA 1SW0A 1LBFA 1LYXA 2QCMA 2HSAA 5G4WA 3S5NA 3S1XA 1G69A 3EWUA 3M47A 2ZZ2A 2Y7DA 4UTKA 3C6CA 1EP3A 1Z48A 2CZ5A 3BK0A 3E12A 2VEPA 3EWXA 4ADTA 4O1CA 3W7JA 1T0OA 4B5NA 4M7SA 5KINA 2ZRZA 4MIMA 5AN7A 2OT1A 5I3GA 1JRCA 3UNDA 2O7SA 3MWAA 3W74A 2VEMA 2F7FA 3F4NA 1JUEA 3NQ2A 3EXRA 4E2BA 4A2RA 4P61A 1AW1A 3MHFA 3C2EA 4FB7A 4XTIA 5L6UA 1TRIA 3TMQA 2RDWA 2QCFA 3IGXA 1QOPA 2VELA 3PBWA 1B57A 3QPZA 4EOUA 5D02A 1QMLA 1W31A 4LT9A 2V9DA 3CC1A 4O4VA 4MY8A 3PS7A 4EWND 3L2IA 3MI2A 2J24A 2QUUA 1FWNA 3TH6A 5KTLA 4FX8A 1MEWA 3S0CA 1H7NA 1LORA 1B3OA 1S5TA 1XDMA 3QQ0A 3MUXA 4JYFA 1QPNA 2FQIA 4Z0SA 3W3OA 2QDHA 4PL2A 3IIVA 1KFLA 4K36A 5GVJA 1KM0A 2FLIA 4CQ8A 4MKNA 1KM2A 3O06A 5IM51 4QM1A 2BZNA 4JTUA 2V5LA 5E0KA 2Y61A 5CZ0A 2QCLA 4UTJA 4EIVA 2X1SA 1RQBA 3TUUA 3OG3A 4LVAA 3LOTA 3DFOA 4QISA 3VE9A 1OFPA 4WOQA 2Y7FA 4LVGA 5K9DA 5AC7A 3NQVA 1N55A 1WBJA 1ZALA 1DV7A 2OZ0A 4O57A 2B7NA 3MI6A 1TPH1 5AHFA 4NNBA 1M7PA 4JYEA 1WQ5A 4L4LA 3T7VA 3BGGA 1XL9A 3NQ6A 2RDTA 3TQ0A 2ZFAA 3KVJA 3GK0A 2V5BA 1N8FA 2G95A 1GG0A 1KFJA 1OVDA 3G1HA 2HS8A 4GXMA 3W75A 3ZWTA 3QRHA 4H6KA 2QUVA 2WKJA 5K4XA 2ISVA 4JN6A 5BOOA 3MP5A 4XQ6A 2I9EA 2WNZA 1L6YA 2F84A 2QR6A 3M5XA 5AFDA 1DL3A 4IGHA 4ZL1A 1OX4A 2A6LA 3ABRA 3C56A 1KFKA 2WJZA 1XI3A 4Z1AA 1Q6QA 2B7QA 1XCFA 2QUTA 1VH7A 3EWZA 2VOMA 4AWTA 2C15A 1PHWA 5DY2A 3S5YA 1R46A 2X1TA 4LC6A 3TC6A 4GUGA 1Q6RA 4P2VA 3BW3A 3HG2A 2AGKA 3GDRA 3GDTA 3P8IA 3ATYA 2DZPA 4UC5A 2PE4A 3HB9A 3MHGA 3C2OA 2EPHA 3NL6A 1YDVA 4E0CA 2Z6JA 1R2SA 3MBDA 3O6YX 5CPMA 1MO0A 4MZ1A 3W7PA 4X2RA 4WZHA 3I7RA 1OX5A 3KVLA 3GDMA 4IXXA 1LROA 3L0GA 1DJQA 5MHBA 3MMTA 4MYXA 2YFOA 4MFDA 1EP2A 2V30A 2YPIA 4OGZA 1L6WA 5D05A 4Z0JA 4CQ9A 3HIJA 1V5XA 1SZFA 3PSVA 3KVKA 4C1LA 4RXGA 4DBEA 3G1SA 1IF2A 1AMKA 2PURA 5D2YA 4AXKA 3W7RA 2WSRA 3W23A 1U83A 2QKFA 5TQLA 4LVFA 3T44A 4O10A 3N73A 3MP4A 4WXZA 1SUXA 1XFBA 1HO4A 1L9WA 2JGYA 2WOQA 4JYDA 4FEZA 5C2XA 3WK2A 1XBYA 5G2HA 4CNPA 2QAFA 1ZAIA 4GUFA 5BMXA 2DU2A 1G4PA 4UFKA 4DBDA 1SO5A 2ZZ1A 3Q94A 4IMCA 1K02A 3PC0A 2Y6ZA 3BGJA 1TPB1 2A4AA 1H7WA 1OYBA 1QAPA 3FFSA 3LLDA 4UMCA 3B8DA 2PCQA 3UZJA 1ME9A 4NX5A 4ZMGA 4DELA 3FKRA 5DXYA 3PWAA 4FF7A 2BTMA 5AYYA 4JNMA 1YPFA 3SGUA 3KHJA 4JX4A 3QH2A 2JK2A 5SWUA 4O15A 1NSJA 3IVTA 1OG0A 4HNUA 2Y63A 4POCA 1YXYA 2I1OA 3L5MA 4MFEA 3P5YA 2GUUA 4WJEA 3NPVA 4JY9A 2Q8ZA 2WQPA 5LZLA 1IXQA 1DQXA 1MSSA 3TJXA 5J5RA 5AC6A 2BX7A 1FXQA 5D30A 3UQNA 4JX6A 3IIPA 4K38A 4YWIA 2V81A 3LX9A 5DCEA 3W7IA 2OX1A 1TV7A 1HG3A 1LP6A 1WV2A 3G0SA 1W5NA 2X1RA 3GNDA 3LCIA 4LUIA 3OVQA 3TSDA 1XDLA 1JCNA 3PSWA 3NPWA 1HL2A 1LDCA 2Z6IA 1UCWA 2W6RA 3L0NA 2CWNA 1YDNA 3DI0A 2TMDA 2ZZ7A 1QPOA 3LCFA 3NAVA 4Z1CA 2J9YA 3C61A 3M6YA 2J88A 3EB2A 4R34A 2FB2A 4YL2A 5F1UA 3I65A 1LM1A 1ZENA 1SFLA 3HPXA 4N2YA 2Y88A 4HNVA 3V75A 4MJZA 1A5CA 3W88A 1F74A 1K8YA 5FF7A 3W76A 1AL7A 3DGRA 1SSDA 4QAIA 2H90A 4LOCA 2VFIA 3HGJA 1KM1A 4IXHA 3SJ3A 3DZ1A 1AL8A 4LUJA 3LI1A 3TNOA 4GUJA 3TXVA 3G3DA 3W1XA 3HGRA 2VFDA 4JICA 4XUGA 5AB3A 1XM3A 4Y9AA 2R14A 1GWJA 2C3ZA 4TMCA 3EX4A 4ZQOA 2C14A 1TO3A 1Z44A 1KM5A 3W7LA 3GYEA 1ICPA 1P1XA 3EWYA 3LDVA 1WBHA 2Y7EA 1Q3NA 3T78A 4QQ3A 1QCWA 2PC4A 3LRKA 3VI2A 3TROA 3ELFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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