3WMB | Genus

Total Genus 190

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	190
sequence length	572
structure length	572
Chain Sequence	EDVVWRWSCDNGKCVKLKNDPRSSEPALSLEACKMFCNEYGLLWPRPTGEADLGNFLSKINLNSIEVKILKKGATDDLMEAAAKRFKEQVSLAIPRGSTPKLTGKAVDVYLVNENPNEKAFSLEMDESYGLRVSPSGADRVNATITANSFFGMRHGLETLSQLFVFDDIRDHLLMVRDVNISDKPVYPYRGILLDTARNYYSIESIKRTIEAMAAVKLNTLHWHITDSQSFPFVTTKRPNLYKFGALSPQKVYTKAAIREVVRFGLERGVRVLPEFDAPAHVGEGWQDTDLTVCFKAEPWKSYCVEPPCGQLNPTKDELYQYLEDIYSDMAEVFDTTDIFHMGGDEVSEACWNSSDSIQNFMMQNRWDLDKESFLKLWNYFQQKAQDKAYKAFGKKLPLILWTSTLTNYKHIDDYLNKDDYIIQVWTTGVDPQIKGLLEKGYRLIMSNYDALYFDCGYGAWVGAGNNWCSPYIGWQKVYDNSPAVIALEHRDQVLGGEAALWSEQSDTSTLDGRLWPRAAALAERLWAEPATSWQDAEYRMLHIRERFVRMGIQAESLQPEWCYQNEGYCYS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A crystal structure-guided rational design switching non-carbohydrate inhibitors' specificity between two beta-GlcNAcase homologs pubmed doi rcsb
molecule keywords	Beta-hexosaminidase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Ostrinia furnacalis
total genus	190
structure length	572
sequence length	572
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2013-11-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF14845	Glycohydro_20b2	beta-acetyl hexosaminidase like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	3wmbA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	3wmbA01

3L2LA 5FOOA 4H04A 4PMQA 1GCYA 2X0YA 5CG0A 1BLIA 1XCXA 3PZUA 2ZICA 2J25A 1W1VA 2W66A 1SMAA 3WD2A 3WNNA 3T09A 3W4RA 3DYMA 5AY7A 1WDRA 4W5UA 3APGA 7A3HA 5E6YA 3FHQA 4FMVA 2O9OA 4IUGA 1NWTA 1A3HA 4HOZA 1QHPA 2BVYA 2VQTA 1H2JA 4TX8A 2B31A 1XYZA 1BHGA 2W63A 1XC6A 3WD1A 1JD9A 1B3XA 2YA1A 1JD7A 3WDHA 4Z2HA 3CHDA 1J01A 1LG1A 1I1XA 4Q7NA 3D5HA 1H4PA 1CXEA 2QPSA 4W8BA 2WVTA 3CUJA 5FL1A 4BA0A 3VGBA 4ATDA 1W9DM 3POCA 4KGJA 4YHGA 3OGVA 1KWGA 1E6PA 1WKYA 4OKDA 4PTXA 1OM0A 5I0DA 1GNXA 2GVYA 2BY0A 4WF7A 4J3UA 4MB1A 4CD6A 3VTRA 2PWGA 2XJ7A 1E73M 4F9JA 5JBDA 5JUVA 2WANA 4LGXA 4AEEA 5BXTA 4IM4A 3MANA 3UG4A 3AMCA 3ARTA 5A8NA 4J7RA 1ESWA 1Q4NX 4CN6A 4CKQA 4AZBA 3T0DA 4DM1A 3W38A 3K46A 1WO2A 3VX1A 1DHKA 4D6FA 1E6SM 2E3ZA 3ARWA 2EO7A 4AEFA 2JF6A 1KWKA 1G1YA 2WBGA 1UQZA 1V0NA 4AZIA 3TOPA 3AIUA 1UHVA 1EIBA 1BFNA 5HDRA 3PTQA 3VNYA 1PJ9A 2IXVA 1KBBA 1VF8A 1PAMA 3ZM8A 1JXJA 3AMDA 2QMJA 4UZSA 4RE4A 3OGSA 3ZMRA 3CMGA 1PX4A 4M29A 5E09A 4S3JA 3WD0A 4H8HA 3PZGA 1GOKA 3F4VA 5D9NA 3UR8A 4W88A 2VOTA 4K68A 2E40A 1Q6FA 3L4ZA 2W92A 3GBEA 3MUAA 1KB3A 2OLHA 1UR0A 5DFAA 2WSKA 1GQJA 1WDSA 4AZ6A 2XVKA 1WZLA 3TP4A 3T08A 1IV8A 4TVUA 5C70A 5ABHA 3AZRA 1PIGA 4L4OA 1J0KA 4MNMA 3LPGA 3S6TA 3QR3A 3SUUA 4AIOA 3TONA 1UD8A 5ABFA 2J7FA 2CKRA 1UKQA 2VVSA 1NOWA 1HF6A 2FH6A 5EBAA 3VGEA 2VX6A 4XZWA 3OZOA 1PX8A 3IJ8A 1E6ZA 1H0IA 1W9XA 4UTFA 3OBAA 4EE9A 2F2HA 2W4XA 1UG6A 1DWGM 4DWSA 2J8GA 1C7TA 1BSIA 5FKYA 2WW5A 5BRPA 1E3XA 1V3JA 1CPUA 3ZOAA 4P8WA 4X9YA 2FDMA 1OCQA 1S46A 4HOWA 4D6EA 4UNIA 3K1DA 1E5NA 1W91A 3FHAA 2WMHA 2XVLA 2D23A 2E9MA 1Q6DA 4DUWA 3GH7A 1B1YA 5CSYA 4JFTA 4NZCA 2EPNA 3EDKA 3F5KA 3KL0A 3SCQA 1ZJBA 1UH2A 3O6AA 3GNPA 4PTWA 1JFXA 2WZHA 2Y5EA 2YL5A 2YBUA 3OLEA 2DSWA 4W8LA 4PSRA 3FXYA 3AHYA 3IANA 2O92A 2WHKA 1UWQA 3CZ8A 3VVGA 3SCNA 4JFVA 4D6JA 5A94A 4PMRA 2E8YA 2VRQA 2ZWYA 2E9BA 5DF0A 4CCDA 2UY3A 2ZX5A 1XGZA 5KZ6A 1EDGA 3PHAA 3EMQA 2J7CA 2CNCA 1V6UA 1E4MM 3AIVA 3CHCA 9CGTA 4AD3A 2G8ZA 1CBGA 3AXXA 4TXEA 4MAVA 3CUFA 3AICA 1GHSA 1OGBA 3RO8A 4Z2KA 2D0HA 1WE5A 3N12A 2EJ1A 1EOKA 1X6NA 3EMCA 2WKGA 5HNNA 1JDDA 4UCFA 1CXHA 3ZQ9A 5I5RA 2WHMA 2OWWA 1WAWA 2VVNA 2D22A 1M53A 2VZUA 3K4AA 2JF7A 3ZJ6A 5M3WA 2X0HA 2PWFA 1KXTA 1TR1A 4LQ1A 1V03A 5D4YA 2XIIA 5BWFA 1UUQA 1CYGA 1XD1A 3GDBA 4HP5A 3SCPA 3SURA 1EA9C 3WKZA 2ZOXA 3ZJ8A 4EAMA 4HA3A 1XHGA 4X0NA 3CZGA 2XHYA 4W89A 2DQXA 1C3FA 5ABGA 4UQBA 2CERA 2XVNA 5ABFB 1BVNP 1KCLA 2JEQA 1CGXA 3VO0A 5I79A 2WM0A 1UD3A 1JXKA 3VIKA 3RCNA 4CVUA 5I77A 4GZJA 1CWYA 2GUYA 2WB5A 1TMQA 4AIEA 4BQ5A 1LLOA 2G3MA 2QLYA 5A2AA 5IFTA 4MNJA 3FNDA 3EDFA 2V5CA 4UFIA 3N1AA 4DWSB 3CLWA 4P7NA 3AMGA 2VC9A 3GXIA 1QPKA 1V3LA 2D0FA 3AS3A 2TAAA 4LPCA 5HXMA 4F9DA 1E6RA 1H0GA 2W91A 4OUEA 3UR7A 4AZCB 1KXQA 4W7WA 3RPMA 1FHDA 4AIUA 3B8SA 4MJ2A 2X1IA 1V02A 1FH9A 2ZUNA 3AFBA 1MQRA 3ALFA 4AD5A 3WL1A 3WH7A 2DSKA 2AMGA 1KQYA 3SUSA 3NYDA 2BFGA 1VIWA 1WCGA 3VU2A 1G01A 1W9UA 4EK7A 3GXDA 3PZMA 1CIUA 3AIEA 2YOCA 4UOQA 3NUKA 2CBJA 2XGBA 3OA5A 4U5KA 3TTQA 1V0LA 4P7LA 1C90A 1CGWA 4R5EA 3WH9A 1PZ2A 3W6LA 4D71A 2Y4SA 4GI6A 1QNSA 3RJXA 1OSEA 3WFZA 1K9TA 3AYRA 3SEPA 2J62A 1DWAM 5JIWA 1BGGA 2YA0A 1UD4A 5I6SA 1QBBA 1TA3B 1E70M 2E4TA 3AIRA 3SCSA 4BZYA 1FFQA 4D1IA 3DYOA 3NDZA 2BHYA 3ZR6A 2J7EA 4Q22A 1JZ7A 4HZ8A 2G4FA 3CIVA 4V27A 3F5JA 4U5IA 1W32A 1KGXA 3KWXA 2VNCA 1E6NA 1GOMA 4E8DA 4KRUA 3W0KA 2WMIA 1A47A 1IZKA 1MXGA 1HJXA 3CH9A 2EEXA 1FOBA 1PX3A 3GZAA 4GINA 4PCSA 1C8XA 2J4GA 2GJPA 2OWCA 2EPOA 4D1JA 3MO4A 1VFMA 1HKJA 1UR8A 4J28A 1HXJA 4GZIA 5A2CA 4ZENA 1NARA 3A47A 1W3KA 1GW1A 1JL8A 2WC4A 4H2CA 6CGTA 5BXSA 5AYBA 4Z2IA 1B3ZA 3WDPP 3T2PA 3ZT6A 4QFUA 5LA1A 2XFYA 1V0KA 1E4LA 1EQPA 2BHZA 5KEZA 1I1WA 2BY3A 4WSKA 3AIQA 2VI0A 2VRJA 3AHXA 4TOQA 4M82A 3BGAA 3CPUA 2DSVA 3RJYA 1OWQA 5A6LA 4MNLA 5E6ZA 2J8FA 2XYLA 1BAGA 2BS9A 1FA2A 2UY4A 3T0AA 2CITA 2V3FA 4FLRA 2WCGA 2J7GA 1OIMA 1UKOA 1PPIA 1UD5A 3W81A 4DM2A 2D0GA 3IAQA 3WSUA 3JUGA 4URIA 1HL8A 5JBFA 4WKFA 4MADA 3IAPA 2CXGA 2XFRA 1SFSA 4P8XA 4BQ2A 5E70A 3KEHA 1E9LA 4AC1X 1FP9A 1TVNA 4DWSD 3TA9A 4JFSA 2ESCA 2VCAA 1SMDA 2WLZA 4WKHA 2QMKA 1IZJA 3QOKA 4OOZA 3CGTA 1BYDA 3RMEA 3HN3A 3ZT7A 2W5FA 3MU7A 1JYVA 1EHNA 3VGFA 1CXIA 5M03A 1RPKA 1J10A 4ML4A 4D6GA 1G5AA 1GOWA 1GJWA 1X1NA 5A6SA 1LL7A 4BQ3A 2WWDA 4AD4A 3ARYA 5BROA 1JG9A 1LJYA 4TUFA 4J27A 1NOFA 3I3BA 1H11A 3W82A 4B16A 2VCBA 5A8QA 1UR1A 2A3EA 3EBVA 1W2VA 5I23A 4P8UA 3WD4A 1QHOA 4UFJA 4AZ7A 4Z2LA 1VBUA 4PMOA 3WELA 3GH5A 2Y8VA 7CGTA 2WMIB 3AMLA 2FH8A 5LA2A 1JZ2A 3AZTA 1CECA 1ISZA 4PMYA 5A8OA 4HA4A 1E3ZA 3NCOA 2VRKA 1NWRA 1DTUA 1ZBVA 1U33A 1H09A 3WNOA 1VJSA 4L4PA 3WEOA 1W3HA 1LF1A 2VX7A 2ZUTA 5EFDA 3WF2A 4C7DA 1HT6A 4PMZA 1U2YA 1KR1A 2OSXA 2PWEA 2WPGA 1JNDA 4GI8A 1B30A 1XYFA 4OIFA 3UG5A 1QNPA 1HVQA 4D6CA 2JE8A 3VIIA 1QW8A 2DIJA 1JGIA 3WFLA 1JNEA 1F4HA 2CBUA 1YHTA 1MVYA 1EQCA 1JDAA 4V2XA 1HIZA 1EHAA 2BY1A 1NQ6A 3WF3A 3VM5A 1OD0A 1XRVA 2A3BA 3OB8A 3TTSA 4CD7A 4MDOA 4AD2A 1TCMA 1B9ZA 3VOCA 4ATLA 1OIFA 3W29A 2YL9A 1KXHA 3N9KA 4KGLA 4ZEPA 4CUCA 3AQUA 3A4XA 3PZTA 2Y2WA 2X09A 2W62A 1UWIA 4WK9A 4W5ZA 1CLXA 4UQEA 2CBIA 4TTUA 1CDGA 1GHRA 2WMFA 1KR0A 2OSYA 3WQWA 4BQ4A 1BQCA 5DT7A 4UFMA 4PBGA 1W9PA 1PBGA 1GOIA 1TUXA 5CSUA 3PZVA 3VDCA 4DUVA 2ZX7A 1R87A 2WHJA 4C7GA 2VZOA 2CKSA 4LXFA 2DSZA 3VUPA 3AHVA 4GXPA 3T2OA 1M7XA 1AVAA 3WDQA 1JDCA 2EPMX 3L4XA 1W9VA 3BLPX 3LMYA 4H41A 3HJEA 2WMKA 1V3IA 2UY5A 1FP8A 1RH9A 2CESA 4JAWA 5CGTA 2PBOA 1C93A 1NP0A 1UWSA 2D20A 4GIAA 1J18A 3VMNA 4W84A 2WBKA 4AXNA 2D3LA 3VM7A 2E8ZA 5JBEA 3ZJ7A 2O9RA 4HOXA 4OOUA 3WNPA 2OWXA 1QBAA 3VIGA 5A8PA 5IXEA 3MV11 3KZSA 5A6KA 5HOSA 3TTYA 2VCCA 4WLCA 1AQHA 1E71M 1EDTA 1WPCA 3VD4A 1OINA 3HU7A 2CHOA 2YL6A 3RDKA 4QLLA 1BYCA 1LL6A 4W85A 3WY1A 4JL1A 4ZXLA 3WBAA 1ISXA 2BNJA 1UYQA 1HJVA 1XSKA 2VZTA 2XIBA 4AZCA 2XM1A 1UKTA 4MNKA 5DMYA 3II1A 1E43A 1E4NA 3VINA 3CHEA 1NWSA 1MW0A 3VD3A 1EH9A 1D7FA 1BG4A 2WCSA 3B9DA 1ODUA 1IT0A 3WN6A 1VAHA 3GYCA 3OLDA 5BCAA 2WLYA 3WDJA 3ZIZA 4QLKA 3SCOA 1C8QA 4M8UA 4CCCA 2BV9A 1N82A 1VENA 3DHPA 1GORA 4F66A 3VIOA 4U3AA 4E4PA 4ZFMA 1C7SA 1UOKA 1V3MA 3BAYA 3UG3A 4M81A 1BPLB 4W87A 2VX5A 3B9EA 4IPLA 5M17A 3VILA 1HKIA 1C91A 4UFLA 1DP0A 2G3JA 2CIPA 1D2KA 2XSBA 5A6MA 3VGDA 2DT0A 4QP0A 1TA3A 3I3DA 4UQDA 1VB9A 1HX0A 4U3CA 1TZ7A 2YKKA 3CUGA 3WMBA 1E72M 4J3SA 3ARXA 1B90A 1K9EA 1W3LA 3WDRA 4HTYA 3QOMA 2YBTA 1QHZA 3L4VA 3OIHA 1GOOA 4JKKA 5A8MA 3FY1A 4MB4A 1BYBA 1WNOA 3WH8A 4ZXOA 3F5LA 3ARSA 3OG2A 3ZSTA 3QHNA 1MFUA 5AC5A 2VUYA 2WWCA 4BCEA 3VIJA 2WVUA 3PN8A 2D3NA 5A6BD 1CLVA 3NSXA 1VEMA 4AZHA 4CD5A 3BMVA 2GDVA 1OGGA 1UA3A 1ZJAA 3WUGA 4JFUA 3AMKA 4N0RA 4AD1A 4NI3A 3M07A 4A4AA 4C90A 4D6IA 2DT2A 3WL0A 3PTKA 3S2CA 1E1EA 4M80A 2BXZA 5IDIA 1KXVA 4AW7A 2FGLA 2ZXBA 3L4WA 1UZ1A 3DHUA 2EPKX 4LX4A 3CZJA 1QI5A 1XH2A 5A95A 3VD5A 4J3XA 1UQYA 4QCEA 4JCMA 4AYSA 4MDPA 2CETA 2DIEA 1V6WA 2ZUUA 4HMCA 4A3HA 3VDBA 5CQ1A 3CTTA 4H8VA 4WIWA 1DEDA 2X05A 2CHNA 3WMSA 2XWEA 4FF5A 3N04A 3WUEA 2DPEA 1OT2A 1KFWA 2CCRA 3BMWA 3MSDA 4JFWA 2VR5A 4S3KA 5EB8A 3WNLA 1EO7A 4W8AA 1HKMA 1DWHM 2D24A 4RE2A 1AQ0A 2J47A 2YDSA 1H1NA 3O2LA 4W7UA 1WDPA 2WC3A 1JZ6A 5D8ZA 2XSAA 4CN1A 1HKKA 3AIWA 3OLGA 2W61A 1JYWA 4WSJA 2DH3A 4ZE5A 3CHFA 4CU7A 2Q8XA 5LYRA 4B9YA 3WF1A 4B3LA 4PUDA 2JFEX 2GDUA 2XGIA 3NDYA 1UH3A 3GNRA 4KMQA 5BXRA 5C71A 2J7HA 2EXOA 3D3AA 1R8LA 2VL4A 2ZIDA 1MQQA 5BYWA 1FH7A 2XPKA 2J74A 4KRTA 1G9HA 2ZX6A 5GNYA 1V6XA 4QAWA 2FHCA 4PN2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1H41 A;  2WXD M;  3PZN A;  3WQV A;  4H7V A;  4PUE A;  5I3D A;  4JKL A;  3BC9 A;  1F4A A;  1HNY A;  5DO8 A;  3VIP A;  1UR2 A;  2F8Q A;  1V6V A;  5CPT A;  4EKJ A;  3J7H A;  4N42 A;  3K8L A;  5CLW A;  1W1Y A;  3MUZ 1;  4XZB A;  2XTK A;  3WEN A;  1E0V A;  4U33 A;  4GO8 A;  1JI2 A;  1E6X M;  4B15 A;  3SCW A;  3VDH A;  3WNM A;  1E6Q M;  1B31 A;  4CU6 A;  4B9Z A;  4NRS A;  1ZBC A;  2F61 A;  5CPQ A;  3GH4 A;  4NF7 A;  6A3H A;  2UY2 A;  4OJY A;  2J79 A;  3BH4 A;  3SCV A;  3ZJK A;  2ZX8 A;  2YDQ A;  1HN1 A;  3NIY A;  5A6B A;  1UWR A;  4MB5 A;  1E55 A;  1J9Y A;  1JYN A;  5JIP A;  2BHU A;  4LYR A;  3AS1 A;  5D9O A;  2PC8 A;  1B3W A;  1HL9 A;  4KH2 A;  1NOU A;  3N18 A;  3RM4 A;  4W86 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3WMBA

Total Genus

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Chain Sequence

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