3WMKA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme in ph 4.5 sodium acetatewith 1m nacl at 277k
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Crystal structure of Hen egg-white lysozyme in pH 4.5 Sodium Acetatewith 1M NaCl at 277K
rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wmkA00
1IP5A 4H8YA 3EBAB 1RCMA 2HUBA 1F6RA 3WPLA 3A90A 4LYBA 5LXWA 5APCA 2W1MA 1B7RA 4XENA 3TXEA 1HEPA 4DD2A 4NHTA 3HBEX 4B4IA 1LZ1A 3HFMY 4PHIA 1ZVYB 4R6CA 1HERA 2XBRA 4UWUA 2Y8PA 1TBYA 1UIHA 2D4KA 1VDSA 1BGIA 2YBIA 1IIZA 3A93A 3B6LA 1GFHA 1FLUA 4RDSA 2HEEA 4LYTA 4TTDA 5KXNA 1B5UA 4LT0A 5HQ1A 5HLLA 3AZ7A 1GWDA 4NGLA 4ETEA 3WU9A 2BQLA 3AGIA 1NDMC 1IP1A 4D9ZA 2H9JA 4CJ2A 1HFZA 1OP9B 1WQOA 1JJ3A 4HPIA 1JIYA 1YAQA 4RW1A 1B7NA 1LZAA 1HEQA 2FYCA 1JSEA 1CJ7A 3QY4A 1JEFA 1EQEA 2HEFA 2ZIJA 4OWAA 3KAMA 4LYMA 5LAGA 5E4PA 1HMKA 2BLXA 1UIAA 1TCYA 1KIPC 1YIKA 4II8A 4BADA 4H92A 1B7PA 2BQHA 5I5QA 5FCPA 2BQCA 2LZ2A 2BLYA 2LYOA 4HJVA 4XJGA 3CSRA 1LJ4A 2D4IA 4XJFA 4B4JA 3CSZA 5KXYA 3WXUA 4N9RA 4YF2A 1AKIA 4L41A 2ZNXY 4QY9A 1LZ9A 4G49A 4Z46A 1NDGC 4BAFA 5FSTA 4TSCA 1IVMA 4WL7A 1LMAA 1B7QA 1GBWA 2DQAA 1IORA 2DQHY 1D0KA 2MEAA 4XJBA 1HEWA 4XJDA 2BQNA 1DPWA 1IWTA 2BQBA 1IWXA 1LSBA 3P4ZA 1ALCA 4DC4A 2CJLA 4XJIA 3AW7A 3RT5X 3WMKA 1BB5A 1FDLY 3ATNA 4G4CA 2Z39A 1IWVA 3QE8A 4RLMA 4WM5A 5C6JA 4I0CA 4N1EI 2W1XA 2YBMA 5EBHA 3A6BY 1ZVHL 5II3A 1LZ6A 2ZNWY 4ML7A 1DI5A 4HV2A 2A7FA 3BKVA 2HU1A 4DYGA 3WUNA 2BQFA 1IWZA 3LZ2A 1RJCB 4DDBA 3OK0A 5IELA 1I56A 2HECA 2DQIY 1LYYA 1VATA 1ZV5L 1TAYA 1WTMA 3LZTA 4N8ZA 3IWRA 4DD9A 5KXWA 3TMXA 1LJJA 1GB0A 3TXFA 1P2CC 4HTKA 1YAPA 2XJWA 3FI7A 1OUCA 1GAZA 1B7OA 2DQCY 1LJGA 2YBLA 1WQMA 1GF4A 5LVJA 2N5ZA 4ETBA 1Z55A 3D3DA 1JHLA 2WARA 1AZFA 4H9HA 1DXJA 1HMLA 1PS5A 2BQDA 4GLVA 1LSEA 1MELL 1CKGA 2W1LA 4WM1A 1YILA 2BAAA 4NGIA 4QEQA 2ZYCA 1NHEA 4WLTA 4IATA 4ET9A 1IX0A 1KXWA 1RE2A 4OOOA 1NQIA 4OOTA 1NWGA 4J1AA 1HSWA 1LZRA 4HSFA 1LPIA 4G9SA 1LJHA 3A8ZA 1JKBA 4NG1A 5LYZA 1IY3A 5F9XA 1G7LC 1BHZA 4LT1A 1GF6A 4LYOA 4NFVA 5L9JA 3TXKA 2LHMA 1LJEA 1GEZA 5LAFA 4LZTA 4NGYA 1FN5A 1CKCA 3F6ZA 4ETDA 1LYSA 2BQGA 1VDQA 3LYZA 5KXMA 1OQMA 1VAUA 9LYZA 2LZTA 5DN5A 1C45A 1GB6A 4M4OA 1IO5A 5C6LA 1GF7A 5I4XA 2CWIA 1G7IC 1B2KA 4H90A 1BVKC 1LZ4A 1REYA 1GE2A 5A3EA 1LMPA 2DQFC 3D9AC 3AYQA 1LZTA 4WO6A 4H9EA 4E3UA 3EXDA 3BKHA 5HMVA 1G7MC 2VB1A 1UICA 5B06A 1IP6A 193LA 1BB6A 1GBSA 4HPEA 4QDNA 1LSGA 1XEKA 5I54A 1DI4A 1LHKA 1JUGA 4Z98A 1GHLA 1V7TA 4BAPA 5I4YA 3RZ4A 1YKXX 4NGOA 4H9AA 1B5YA 2IHLA 1DQJC 3B72A 4WMGA 1J1PY 2B5ZA 1JJ1A 1HELA 1HSXA 2F4GA 4G4HA 4PJ2C 3RU5A 5IHGA 1W6ZA 2MECA 1B5VA 3VWOA 1HNLA 3WVXA 1GB5A 1LSYA 3TXBA 1GAYA 2Z18A 1LJIA 4GCFA 4J1BA 1J1XY 1WQNA 4TUNA 4WM2A 4AGAA 4ETCA 5ILFA 2YBJA 3WYHA 1UACY 3ZVQA 1EL1A 1WTNA 1XGPC 1BWIA 1GFGA 5D5FA 1LZNA 2LYMA 4WM6A 1O23A 1XFPL 5LVGA 5C6IA 1CJ9A 1D6QA 1I20A 1LZSA 3FE0A 1E8LA 3A96A 4NGKA 5DM9A 1TEWA 1LZBA 1C46A 2LYZA 1QTKA 2BQEA 4NHIA 5L3HA 5KY1A 4J0LA 1OUIA 1IOTA 2MEIA 1PZYA 2W1YA 2EPEA 2YDGA 1WQPA 2C8PA 1IR9A 3TXIA 4NY5A 1HFYA 5A3ZA 1H87A 3E3DA 4GCBA 1GB8A 1CNSA 1GDWA 1NBYC 4ZEEA 1DKJA 4M6DA 1A4VA 1REXA 4B1AA 3TXDA 4CFPA 135LA 1GB3A 4KT3A 5B59A 1UCOA 1BB4A 194LA 1YKZX 1UIEA 1VDPA 5KXZA 3ZVQB 5APDA 4B0DA 132LA 4TX7A 4CFOA 1AT5A 1LCNA 2BQOA 3HBDA 1OUJA 4XJHA 134LA 5APFA 1GE1A 1IP2A 4OWBA 5FEKA 3GXKA 1HHLA 5LINA 3W6DA 207LA 1BQLY 4ZFPA 4YEOA 1LSPA 5KXKA 3HBHA 1UIBA 2MEBA 1GFVA 3J4GA 3M3UA 4HJYA 4U3XB 4WG1A 1GE0A 1BWHA 1XGRC 4B4EA 4NSIA 1CJ8A 1FLQA 3AW6A 1GF3A 1HEMA 3P64A 4XN6A 3AGHA 4WLYA 4DD7A 2YBNA 3WXTA 1H6MA 1YKYX 4WLDA 1LSDA 1XEJA 2AUBA 4WO9A 5DLAA 5KKJA 4N5RA 1LKRA 5L3IA 4H93A 1GE4A 4NG8A 3WL2A 1B5WA 1N4FA 4LYCA 4DD0A 1LMCA 1XSFA 3IJUA 1RFPA 1B5XA 3AZ5A 1FKQA 1LHIA 3CT5A 3CSQA 4KXIA 3CT1A 4N0JA 5D5CA 1IOSA 1BB3A 5B07A 3W6AA 5HNCA 2DKVA 1LZ8A 4XADA 1GB9A 1LMQA 1GF0A 2D4JA 3A94A 1LJKA 5FHWA 5K7OA 1WQQA 3WW5A 2MEEA 2F30A 3P68A 1LZEA 2ZYPA 4YM8A 1ZMYL 2A7DA 1YL1X 2DQDY 1CKHA 4NWHA 3WU8A 1JKAA 3W6EA 1QDRA 4WG7A 1F0WA 1JITA 2BQKA 2DQJY 5ILCA 4DDCA 1EQ5A 1JWRA 1KXYA 2FBBA 2RSCA 1NKHA 4G4BA 4RW2A 1GFTA 1JPOA 1NF5A 1C10A 3N9AA 1IOCA 5LVKA 1LMOA 4NWEA 1B9OA 4XYYA 1LZDA 4CGEA 3IJVA 4DDAA 1IP7A 1GXXA 1HENA 4NGJA 3G3AB 2HEDA 3P65A 1WVVA 1QIOA 2ZQ4A 4RLNA 4DD3A 4DD1A 1LZCA 4WM4A 3QNGA 1BB7A 2H9KA 154LA 1F6SA 1FLWA 2I6ZA 3TXJA 2EIZC 2MEFA 1GPQC 1OUEA 1IR8A 1T3PA 2DQGY 2FBDA 2Z38A 1LAAA 3AJNA 3A91A 4DWXA 1VDTA 4NGZA 1IOQA 2D6BA 4C5FA 1QSAA 5I53A 4LFPA 1KIQC 1LHLA 1LSZA 4GN3A 2ZQ3A 5F81A 1IWWA 1LHJA 4GCEA 5APEA 4NGWA 3WU7A 1UUZC 4PRQA 4H9IA 4PRUA 1OUDA 4H9FA 1DZBX 4NEBA 3W6FA 5LYTA 1T6VL 2Z37A 2BPUA 3LYMA 1C7PA 3MGWA 1OUGA 4LT3A 4NSHA 5KXPA 4BS7A 3B0KA 1YAOA 3RNXA 2DBTA 4NGVA 1JTPL 3AGGG 3TXGA 1JKDA 5AMYA 2XBSA 1LSFA 4NSJA 1GFAA 4WLXA 3EMSA 3EO5A 1A2YC 5FELA 5KXSA 3T6UA 2HEAA 5F9UA 3WVYA 5KKIA 1GB7A 2YSSC 4LYZA 4UWNA 1UA6Y 4KPMA 1QDTA 5F14A 5LA5A 4I8SA 4ET8A 1GEVA 1UIGA 4HTNA 1QTEA 1XEIA 3A95A 1LJNA 3T36A 1INUA 4KL7A 3K3TA 5IDDA 1XGUC 2YVBA 1V7SA 1GF5A 5M1YA 4R0FA 3A67Y 3TXHA 1GD6A 1JSFA 1CKDA 1FBIX 1VFBC 2X0AA 2MEDA 1GBZA 1IC7Y 3ATOA 1D6PA 4H8ZA 3WH1A 1GDXA 2HU3A 4J7VA 3AZ6A 5KXTA 1IC5Y 1LTMA 1C43A 1GF8A 3A6CY 4HJZA 1WVUA 2BQIA 4IASA 1LYOA 1JISA 3LYTA 1LSNA 1JTTL 4X3BA 2HEBA 4MSTA 5B05A 5F16A 3LN2A 4FDYA 2CGIA 4FJRA 4H9BA 1UIFA 4ANRA 3WPJA 3WULA 1GFJA 1D0MA 1LMNA 1IEEA 1GBXA 1GXV2 3CQLA 1IWYA 5LIOA 3M18B 3WW6A 4H94A 2C8OA 2NWDX 4OW1A 4YEMA 3P66A 4CHXA 1SLYA 4H9CA 2DQEY 1LZ5A 2F2NA 1LKSA 1LSAA 4MCKA 1XGTC 1MLCE 1LSCA 1REMA 3W6BA 4AXTA 1HC0A 2CDSA 4NSGA 1SQ2L 4UWVA 4H8XA 4H1PA 2BQMA 1HFXA 3LYOA 1B7SA 3OJPA 4P2EA 2EKSC 4NHQA 3W6CA 1JJ0A 1QQYA 1OUFA 3A92A 133LA 1IP4A 1F10A 1HF4A 2ZILA 1EQ4A 1GFUA 4EMNA 5E9RA 3ULRA 1BWJA 1FKVA 2FYDA 2F4AA 208LA 1YL0X 1B0DA 4YENA 4NIJA 4ZIXA 3N9CA 3W3EA 1JTOL 1J1OY 1TDYA 1D0LA 1B7LA 1LZGA 3B0OA 4GLAA 5KXOA 4LT2A 3RW8A 4WM3A 4Z41A 1UIDA 4OWEA 2YBHA 1C08C 1HEOA 2MEGA 3A34A 3A3QA 1YROA 1UC0A 3WPKA 1YANA 3LHMA 2ZIKA 2ZWBA 5LVHA 5DN4A 1LJ3A 2G4PA 4Z3MA 1LSMA 1GF9A 4EOFA 1OUHA 3G3BB 1GFKA 5KXLA 4QGZA 2Q0MX 3N9EA 1IP3A 1DI3A 1KXXA 1QUSA 1IR7A 4N1CC 5KXXA 4HP0A 2H5ZA 4DT3A 1RI8B 4B49A 4PGJB 6LYZA 2BQJA 2I25L 7LYZA 2Z2FA 1D9UA 4TWSA 3TMVA 1YAMA 5FDJA 4C3WA 5LA8A 1W08A 4WL6A 8LYZA 2D91A 4W96A 1GBYA 1LHMA 3CB7A 3WUAA 4ETAA 5LVIA 2HTXA 1NMMA 4NHPA 1JKCA 1XGQC 2Z19A 2Z12A 1BVXA 1LYZA 1OUBA 5DL9A 5HNLA 3WUMA 4W94A 1AM7A 3TMUA 4GN5C 1IC4Y 1WQRA 4MR1A 1NBZC 2G4NA 2XTHA 3GXRA 4OWHA 4O34A 5JENB 1LHHA 2PC2A 2I26L 2MEHA 2GV0A 3CT0A 3TMWA 1LJFA 2Z2EA 4YOPA 5HMJA 1YQVY 1VEDA 2G4QA 1CKFA 3AB6A 2BQAA 1B7MA 1REZA 1GFRA 1OUAA 3AZ4A 2IFFY 4HV1A 1DKKA 4LFXA 1LZYA 4GCDA 1LMTA 4WOAA 1LOZA 4GN4A 1GBOA 6LYTA 5I4WA 5T3FA 3A3RX 1GFEA 4GCCA 4TSBA 1I1ZA 4IJ4A 5B1FA 1GB2A 5LYMA 1QSWA 1QUTA 3B0IA 4PPOA 3ZEKA 5B1GA 5KXRA 4OWCA 1UBZA 1AT6A 1DPXA 153LA 1KIRC 1G7HC 5J7CA 1B5ZA 2EQLA 4NHSA 5KJ9A 1CJ6A 1G7JC 3J6KA 1IY4A 4LGKA 1IWUA 1GE3A 4HTQA 4A7DA 3SP3A 4H91A 1FLYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EBAB 1RCMA 1QTDA 1F6RA 5APCA 2W1MA 3TXEA 4DKLA 3CDVA 4B4IA 211LA 1L91A 1ZVYB 1ZYTA 4UWUA 2D4KA 3DN0A 2YBIA 4RDSA 3A93A 1GFHA 4AQNA 111LA 5KXNA 1B5UA 4LT0A 5HQ1A 3AZ7A 2NTHA 4CJ2A 1HFZA 1L19A 104LA 175LA 2HULA 1JSEA 3QY4A 3WUAA 5E4PA 1UIAA 1C69A 1YIKA 4BADA 3L64A 4HJVA 2BLYA 2LYOA 2B6TA 1C6MA 3GUIA 1LJ4A 4B4JA 3CSZA 4N9RA 2ZNXY 1C62A 3C7YA 4G49A 4I7RA 3DN6A 4BAFA 1D3MA 1B7QA 1GBWA 2DQAA 1IORA 4XJBA 1HEWA 1IWTA 125LA 1ALCA 4XJIA 4WM5A 2RB0X 2W1XA 1ZVHL 5II3A 2ZNWY 1OVJA 160LA 2BQFA 3LZ2A 2HECA 3HH5A 1LYYA 1VATA 1ZV5L 1TAYA 1WTMA 4N8ZA 4EKRA 3IWRA 4I7PA 3TXFA 3G3VA 1P2CC 222LA 2XJWA 1GAZA 1C60A 1LJGA 1L06A 5LVJA 3D3DA 3QAKA 1HMLA 1PS5A 4GLVA 1MELL 1LI6A 4QEQA 4NGIA 1DYFA 1RE2A 1NQIA 4OOTA 3DN2A 4J1AA 1P2RA 206LA 4HSFA 4G9SA 209LA 4NG1A 1IY3A 1G7LC 2QB0B 1L94A 5L9JA 246LA 1G06A 4NGYA 5KXMA 197LA 1OQMA 1VAUA 4M4OA 2LZTA 1GB6A 2CWIA 1G7IC 2XQOA 1L14A 1LZ4A 1CU2A 1D3FA 1LZTA 193LA 4HPEA 1LSGA 1XEKA 1JUGA 180LA 3RZ4A 4NGOA 1OVHA 107LA 4G4HA 1JJ1A 1HSXA 188LA 1T97A 3HUAA 1PQIA 1LJIA 1CV5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP5 A;  4H8Y A;  3EBA B;  1RCM A;  2HUB A;  1F6R A;  3WPL A;  3A90 A;  4LYB A;  5LXW A;  5APC A;  2W1M A;  1B7R A;  4XEN A;  3TXE A;  1HEP A;  4DD2 A;  4NHT A;  3HBE X;  4B4I A;  1LZ1 A;  3HFM Y;  4PHI A;  1ZVY B;  4R6C A;  1HER A;  2XBR A;  4UWU A;  2Y8P A;  1TBY A;  1UIH A;  2D4K A;  1VDS A;  1BGI A;  2YBI A;  1IIZ A;  3A93 A;  3B6L A;  1GFH A;  1FLU A;  4RDS A;  2HEE A;  4LYT A;  4TTD A;  5KXN A;  1B5U A;  4LT0 A;  5HQ1 A;  5HLL A;  3AZ7 A;  1GWD A;  4NGL A;  4ETE A;  3WU9 A;  2BQL A;  3AGI A;  1NDM C;  1IP1 A;  4D9Z A;  2H9J A;  4CJ2 A;  1HFZ A;  1OP9 B;  1WQO A;  1JJ3 A;  4HPI A;  1JIY A;  1YAQ A;  4RW1 A;  1B7N A;  1LZA A;  1HEQ A;  2FYC A;  1JSE A;  1CJ7 A;  3QY4 A;  1JEF A;  1EQE A;  2HEF A;  2ZIJ A;  4OWA A;  3KAM A;  4LYM A;  5LAG A;  5E4P A;  1HMK A;  2BLX A;  1UIA A;  1TCY A;  1KIP C;  1YIK A;  4II8 A;  4BAD A;  4H92 A;  1B7P A;  2BQH A;  5I5Q A;  5FCP A;  2BQC A;  2LZ2 A;  2BLY A;  2LYO A;  4HJV A;  4XJG A;  3CSR A;  1LJ4 A;  2D4I A;  4XJF A;  4B4J A;  3CSZ A;  5KXY A;  3WXU A; 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 1GF9 A;  4EOF A;  1OUH A;  3G3B B;  1GFK A;  5KXL A;  4QGZ A;  2Q0M X;  3N9E A;  1IP3 A;  1DI3 A;  1KXX A;  1QUS A;  1IR7 A;  4N1C C;  5KXX A;  4HP0 A;  2H5Z A;  4DT3 A;  1RI8 B;  4B49 A;  4PGJ B;  6LYZ A;  2BQJ A;  2I25 L;  7LYZ A;  2Z2F A;  1D9U A;  4TWS A;  3TMV A;  1YAM A;  5FDJ A;  4C3W A;  5LA8 A;  1W08 A;  4WL6 A;  8LYZ A;  2D91 A;  4W96 A;  1GBY A;  1LHM A;  3CB7 A;  3WUA A;  4ETA A;  5LVI A;  2HTX A;  1NMM A;  4NHP A;  1JKC A;  1XGQ C;  2Z19 A;  2Z12 A;  1BVX A;  1LYZ A;  1OUB A;  5DL9 A;  5HNL A;  3WUM A;  4W94 A;  1AM7 A;  3TMU A;  4GN5 C;  1IC4 Y;  1WQR A;  4MR1 A;  1NBZ C;  2G4N A;  2XTH A;  3GXR A;  4OWH A;  4O34 A;  5JEN B;  1LHH A;  2PC2 A;  2I26 L;  2MEH A;  2GV0 A;  3CT0 A;  3TMW A;  1LJF A;  2Z2E A;  4YOP A;  5HMJ A;  1YQV Y;  1VED A;  2G4Q A;  1CKF A;  3AB6 A;  2BQA A;  1B7M A;  1REZ A;  1GFR A;  1OUA A;  3AZ4 A;  2IFF Y;  4HV1 A;  1DKK A;  4LFX A;  1LZY A;  4GCD A;  1LMT A;  4WOA A;  1LOZ A;  4GN4 A;  1GBO A;  6LYT A;  5I4W A;  5T3F A;  3A3R X;  1GFE A;  4GCC A;  4TSB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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