3WNEA

Cyclic hexapeptide pkidng in complex with hiv-1 integrase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
154
structure length
138
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTGATVRAACDWAGIKQESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Hexapeptide mimetics of LEDGF in complex with HIV-1 integrase
rcsb
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule tags Viral protein/peptide
total genus 47
structure length 138
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3wneA00
3A2FA 3TAEA 2Z1HA 3EYZA 3LWLA 3SUNA 4CJ5A 1CXQA 1S1WA 2FBVA 1NK4A 3OYAA 4W5QA 1BQMA 4CJVA 4RW6A 4CJFA 5HRRA 3MEGA 4CJUA 2RN2A 1NK9A 4CJPA 4BWMA 1QS4A 1S9GA 1RT6A 1X9WA 4E7JA 3ALYA 4XIUA 4HTUA 1X9MA 3LP0A 4RW9A 2QKBA 3AVBA 4CGDA 1KLNA 1KVAA 1WSFA 1JLCA 4FK0A 2WONA 3RMAA 1Q9XA 4ELVA 2RKIA 1FKPA 3S9HA 1WAFA 4OGCA 3SPYA 1RBSA 3AVLA 4CJRA 1TGOA 3K5OA 3NF9A 3MXIA 3TAGA 2D0AA 2X6SA 1C0TA 4CJQA 1NK7A 3IS9A 1TKDA 1KRPA 4B9LA 1TKZA 1I3AA 3KD1E 3CYMA 4AHUA 3ITHA 1VSFA 1RT3A 2F96A 3PV8A 1ZYQA 4G1QA 3AA5X 3JSMA 3RTVA 3AA3A 3V1RA 3NF7A 3OYJA 1ASWA 4QCLA 4I9QA 4HUFA 5SZTA 3OYBA 1YTUA 3S3NA 4BE0A 1IG9A 1W0HA 3QETA 3ZSYA 3IG1A 2HHVA 4EZ9A 1JLGA 1JLQA 3OS1A 3V1OA 3TWHA 4Z0UA 2G8WA 4YNQA 1N6QA 3HK2A 1VSDA 1BCMA 1ZBLA 4E89A 2ETJA 3WNFA 3KKSA 5J2NA 4NCGA 4DQQA 2D5RA 4ICLA 3NH2A 2G8VA 5DK5A 2A1RA 4OGEA 1B9FA 4IBNA 3LALA 3VQ9A 3LPTA 4CHZA 4KREA 1Q9YA 4HUEA 4FJJA 2XHBA 4CFBA 1CXUA 3LZJA 2XY6A 3ULDA 3AVMA 2G8HA 1BIUA 1O1WA 4GVMA 2O4IA 1UA0A 3NCIA 3BDPA 1GOAA 1S1TA 5HP1A 1WSGA 1D5AA 1XHZA 4DSEA 3D45A 4PWDA 2B6AA 4IDKA 3O3GA 3TAFA 3HO1A 4AHRA 5HRSA 4DSLA 4M3XA 3M8QA 3G0ZA 3RMBA 1QSYA 4Q0BA 1FXXA 3K5LA 1JKHA 4E7IA 3O4QA 4F3TA 2I5JA 3OYIA 1U49A 2IOCA 2XY5A 3DLGA 3B6OA 1D9FA 1WAJA 5DMRA 3KK2A 3NDKA 2QK9A 4CJKA 4J2EA 4NCAA 4FJHA 1NJWA 4FJGA 2YNGA 4OKJA 1RT5A 3JYTA 4DSKA 1DTTA 1BI4B 2YNFA 4E7HA 2YNHA 4MFBA 1TV6A 3ASMA 3TR8A 1J9AA 3VQQA 1NKEA 4B3OA 5K14A 4JS5A 1BL3A 2P5GA 4FJ5A 5I3UA 3L8BA 3QIPA 3RMDA 2GUIA 2X78A 1UOCA 4H8KA 3HPHA 4KB0A 4DWIA 1UWBA 1B9DA 2QKKA 2ITGA 3CM5A 4CJ3A 3PX0A 1Z26A 4B08A 1WLJA 4HCBA 4DU4A 1B92A 3LANA 1VRTA 2Q3SA 3HL8A 2E4LA 4AHSA 3QEPA 3RR8A 1DTQA 3VA0A 3CFPA 4OLAA 1VK0A 3LP2A 1NK0A 4DTUA 4CHYA 4JRQA 1NOZA 4W5OA 3SQ2A 5HLFA 4BE1A 3DRRA 4CEBA 1ASVA 4LH4A 3C94A 4W5RA 3VQ5A 4CK3A 1C0UA 4Z4HA 4GW6A 3V4IA 4F8RA 3VQ6A 2E6LA 4M3RA 4NCBA 3L3VA 1WSIA 1IKWA 4CGIA 4DMNA 3VQBA 3DRPA 1KVBA 3L2WA 4BWJA 4BDPA 4CJTA 4CERA 4CJWA 1GOBA 4ZHRA 5D3GA 3MXMA 1WN7A 3QO9A 3K58A 4FJKA 4O55A 5CYMA 4N5SA 3AO3A 1NOYA 4CHOA 4DF4A 4DQIA 1A5XA 4O4GA 4N47A 3NE6A 1ZBHA 4RW4A 4H4OA 1TK0A 3M8PA 1RNHA 1IKXA 3DYAA 1NKCA 2ATQA 3VQEA 1LV5A 1BI4A 1J53A 3AO1A 3BGRA 1T03A 2G8UA 1KFDA 4AHCA 3DLHA 4YFUA 2IAJA 4DTNA 4ELUA 2HHQA 3ZT1A 4CGHA 3OYCA 1TAUA 4K8XA 4KHQA 2XY8A 3S3MA 1S5JA 5E41A 4E7LA 1EXQA 4CECA 1L5UA 4IFYA 4FYDA 4E1MA 4CGJA 4FLZA 4DTRA 3DI6A 1LWCA 1ZBUA 5T7BA 1HYZA 2GBZA 1RDDA 1RTIA 4CHNA 4KHUA 3NBPA 4O44A 3CFRA 3AVHA 5EU7A 3D0PA 4DF8A 1U47A 3ZSZA 3ZSVA 2KQ2A 3OS2A 4QOZB 1DLOA 1TAQA 3V9XA 2HW3A 3KLHA 1S6QA 3OYHA 4FZXC 3SZ2A 2EHGA 2X74A 2O4GA 4UQGA 3OYGA 4FCYA 2P5OA 3P1GA 3TARA 3OYDA 2XO7A 3NAEA 5KRSA 2IS3A 3RWUA 2Y1IA 3ZT3A 2DFHA 3PX4A 1ZBFA 2D0BA 1SV5A 4ZTJA 2JLEA 3M8SA 1LWEA 3I0RA 1RBTA 3L2VA 3AA4A 3O3FA 2HMIA 2PY5A 4FZYA 1BGXT 4NYFA 1EX4A 4W5TA 1SL1A 1T7PA 4OVLA 1HYSA 3OYFA 1C1AA 1CZ9A 3KLFA 3PO5A 4KV8A 4B9NA 1S1UA 3QESA 4C8KA 4DQPA 2AJQA 4AHTA 1GOCA 4LSLA 3LZIA 2BDPA 4LD0A 1QSLA 4Y1CA 1JL1A 2G8FA 4KI6A 1S1XA 1RCHA 1XHXA 3C6UA 3V9UA 3OYNA 3SUQA 4M42A 4BE2A 4M41A 4DTSA 4MQ3A 2KW4A 1L3SA 3SCXA 1RT1A 1BHLA 4CFCA 1QQCA 1I39A 4CK1A 4I7FA 3DMJA 5J2MA 1RBRA 3SJJA 1U45A 4B8AB 4PUOA 3AVGA 4FLUA 1T8EA 4EP4A 3HXMA 1NJYA 3WNGA 4CFDA 1TL3A 5HBMA 4CCHA 3IAYA 1RTHA 1QHTA 4FJ7A 1L3UA 3AVAA 3HVTA 3U3GA 1A5VA 4HCCA 1YT3A 2RF2A 1RT7A 3RRGA 3VQAA 1HYVA 1HQEA 2YV0X 3B6PA 3DRSA 5CYQA 1LW0A 1XI1A 2G8KA 4C8LA 4KO0A 3QEXA 3PX6A 3DOLA 4IFVA 2HVHA 1L3VA 4J2BA 3ZCMA 1HPZA 4J2DA 4ID5A 2W42A 3DM2A 4ZTFA 4PY5A 3VQPA 5SWMA 3MEDA 2HHSA 1VSJA 4Q5VA 4M3UA 3QLHA 4CIGA 4DTOA 3SNNA 1NJZA 3AVKA 1KSPA 4N76A 2G8IA 1N5YA 2XY7A 4CF8A 4CEZA 4CEOA 4KTQA 2DTUA 3HPGA 1NJXA 1JL2A 3V81A 1JXEA 4KHNA 4KI4A 4DS4A 1X1PA 4JLHA 4M45A 1SKRA 1SUQA 1BIZA 1F21A 1RDAA 3HP9A 4O5BA 4CJEA 3NH1A 3SV4A 3QEWA 3NHGA 3QEIA 3SPZA 1IH7A 2WOMA 1D9DA 2KFZA 1KCFA 1IKYA 4M3ZA 5C25A 4W5NA 5J1EA 2DFEA 3HT3A 4DQSA 3I0SA 4F2RA 3NH0A 3E01A 4AH9A 2HB5A 2ZE2A 3U6FA 3AVNA 1G15A 1D8YA 1RT4A 3KK1A 4KTWA 4KRFA 1RBUA 3AVJA 4M3TA 3KKRA 1SKWA 1HRHA 3QEVA 4N41A 3QIOA 3QNOA 2HNZA 2YKNA 4CJ4A 1S1VA 3S3OA 1VSIA 3CG7A 3LAMA 4IG3A 1JLAA 2OA8A 5KTQA 1HNVA 2B5JA 3LAKA 4O0JA 4CF9A 4FJNA 1TKXA 1S6PA 4CIFA 3NF6A 3DLRA 4FXDA 5FRNA 1JLFA 1MU2A 4Z4EA 3NF8A 5J2PA 4FLVA 4AILC 2VWKA 5J2QA 3T19A 4E0DA 4DS5A 4CEDA 4C8MA 3NFAA 1XC9A 1KFSA 3ZSOA 2E6MA 1JXBA 3ISNC 4DLEA 3DLBA 4KHSA 2OPRA 5C24A 1SL0A 1J54A 1L3TA 4DSIA 4BACA 3SYZA 3VQ8A 3VQDA 5HRNA 4F3OA 4B9UA 1BQNA 4M3YA 1C0MA 4KKOA 3WNHA 3O3HA 3CM6A 2FBTA 3VN5A 1S9EA 4E7KA 3RRHA 3F73A 5C42A 4DLGA 3KK3A 2OYQA 3MAQA 4OJRA 4OKKA 4RW7A 3DLKA 3MXJA 3SQ4A 4EZ6A 3C95A 5CY4A 4K8ZA 3AVCA 4CEAA 3EY1A 1WNSA 3AO4A 3V1QA 4O0IA 4FLXA 3SQ0A 3RR7A 3KTQA 3AVFA 4JRPA 4HHTA 2HNDA 4DTPA 3TABA 1TK5A 1WSEA 4DU3A 3ZT0A 4FJLA 2OPQA 4N56A 1ITGA 1EKEA 1EP4A 1VSKA 1C1BA 4C8NA 2VWJA 2KFNA 3OJSA 5I42A 1CLQA 4FK4A 3HVRA 3K5MA 4B9SA 2HHXA 1NK5A 4I2PA 4J2AA 3KLGA 1HMVA 5JS2A 1IKVA 3M8RA 4JS4A 4DTJA 3TI0A 3KIOA 1TK8A 4I2QA 3PO4A 2P1JA 3CQ8A 1T05A 3NGIA 4KFBA 4CF0A 4ELTA 3VQ7A 2F8SA 1Z25A 2D0CA 1VRUA 4ID1A 4B8CA 3EZ5A 2OPPA 4PQUA 4CJSA 3OYEA 2HVIA 3SQ1A 2ZD1A 1RBVA 1KTQA 3KJVA 4WE1A 5FROA 4FW1A 1HQUA 4CEQA 3SI6A 1C6VA 4FJ9A 4NYNA 3LP3A 5FDLA 5JS1A 3G10A 1QTMA 3UIQA 1EETA 3VA3A 2OZMA 3P5JA 1LW2A 1VSHA 3DLEA 2R7YA 4FM0A 1C1CA 4IG0A 3K2PA 1RDCA 4PA1A 3TAPA 1UAXA 3LWMA 1IO2A 2KTQA 4FZZA 1Q8IA 2VG7A 5HROA 1U4BA 1TL1A 1JLEA 3V9ZA 3K57A 5KGWA 3OYKA 3HM9A 3QERA 1RTJA 4FM2A 1X9SA 3ZT4A 2OPSA 4Z4FA 2HHTA 4LSNA 1REVA 4DSJA 3OS0A 2YKMA 2X6NA 3F9KA 3SV3A 4DQRA 2NUBA 3V6DA 3AV9A 4TSXA 2FC0A 4R5PA 4DTXA 1VSLA 4CE9A 2VG6A 1NK6A 4FM1A 4AHVA 1Y97A 2GV9A 1TKTA 3PUFA 3ZT2A 2RPIA 5KGXA 3ZSWA 2Y1JA 3DOKA 4E1NA 1U04A 3I8DA 4DTMA 3U3YA 3T1AA 1FK9A 1HJRA 3V9SA 2DFFA 3V9WA 2YHBA 1HNIA 4FJIA 3RMCA 3OYMA 2FBYA 3L2UA 4DFJA 4KB1A 1NKBA 4FK2A 4CF1A 3LDSA 3L2RA 3AVIA 2ZQBA 1VSEA 3K59A 4CK2A 4FJ8A 3AO2A 5KI6A 3HP6A 3K5NA 3TANA 4OPKA 3L3UA 1A5WA 5HRPA 4E3SA 3VQCA 5KRTA 3PY8A 1RT2A 2IC3A 1U48A 2PZSA 1YVUA 3ZSXA 4B9VA 4I9LA 4H4MA 4RG8A 4DSFA 4CEFA 4Z4IA 3KLIA 4OPJA 2IDOA 4CESA 1JLBA 4IKFA 4HUGA 1YTAA 3KLEA 3MEEA 2Z1JA 4EP5A 1VSMA 3HYFA 4CJLA 2PYLA 2EX3A 4FLYA 4KHWA 1KVCA 3ZSRA 4DG1A 3SUPA 1R0AA 1BCOA 2PYJA 4BDZA 1TVRA 3LP1A 3NGZA 1RDBA 4BDYA 3CFOA 3OVNA 2LSNA 4CF2A 1RTDA 1ASUA 3VQ4A 4C8OA 3AO5A 4B9TA 4FVMA 4M3WA 3OY9A 1W9HA 1UA1A 2BANA 2QXFA 3WNEA 1BISA 3OYLA 4F4KA 1K6YA 4CFAA 3HPOA 2B4JA 4E19A 3AA2A 4DFPA 3L2QA 3KD5E 4RW8A 4CGFA 3TAMA 4DFMA 4Z4GA 4Z4CA 1QSSA 1LWFA 4CHPA 5FRMA 2BGGA 2VG5A 4CHQA 4FJMA 4KAZA 4KTZA 4LH5A 2A1SA 4HVJA 3QNNA 1ZBIA 1LAWA 3HJFA 2HHUA 2IGIA 4OLBA 2KZMA 4KPYA 1RILA 2YNIA 4OKEA 3H08A 4CEEA 2FBXA 4CGGA 4DU1A 3SUOA 4B9MA 2HHWA 1SKSA 1KLMA 2BE2A 3OJUA 4DFKA 4LY7A 4Y1DA 4FLWA 3C6TA 4FJXA 1QE1A 1NK8A 3MECA 5CZ2A 1WSHA 3P83D 1SL2A 1J5OA 3NGYA 3ZSQA 2XRIA 5CZ1A 1CZBA 2Z1IA 1XWLA 2YHAA 1WSJA 3O4NA 4F2SA 4QAGA 4KHYA 4CIEA 3THVA 2KZZA 2Z1GA 4FW2A 1LAVA 3IRXA 3HSTB 2DY4A 4GMJB 1FKOA 2HNYA 2OZSA 3LPUA 4FLTA 4L8RB 3FFIA 2F8TA 2JGUA 2P51A 3TAQA 3QINA 3T3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B1VA 2GWKA 2Z1HA 4KBOA 1QQMA 4PL8A 5F2RA 1XMQK 4CJVA 1SS6A 1HR0K 2O8CB 2PAVA 4CJPA 4BWMA 3W3DA 1NU0A 1S9GA 5LJVA 1GLCG 1RT6A 3LP0A 1KLNA 3HRGA 4FK0A 3RMAA 3THYB 1Q9XA 2GX9A 1FKPA 3VEVA 1WAFA 4CJRA 3NF9A 3K5OA 3TAGA 1KRPA 1C0TA 4CJQA 4B9LA 1TKZA 1I3AA 5BR9A 3ITHA 4DR2K 3PV8A 1ZYQA 3JSMA 1N36K 3ZX0A 3BP8A 4QCLA 1WB9A 4HUFA 5SZTA 5BPNA 3OYBA 3EO3A 1W0HA 3D2FB 3ZSYA 5AQVA 4IEIA 3TWHA 3V1OA 4CZIA 2G8WA 2P9PA 3MX5A 3VPZA 3VGKA 4DV3K 5J2NA 4NCGA 1T3VA 3THWA 1NGIA 2ZGZA 3MK6A 4WQ4C 5DK5A 4OGEA 2P9IA 1Q9YA 4JHDB 4JI4K 4FJJA 4GV6A 2XY6A 3AVMA 2G8HA 3LDNA 4GVMA 2O4IA 3I56N 3CCJN 4H0OA 1X9JA 5M1KA 1UA0A 1S1TA 1D5AA 1XHZA 3IFRA 3O9UA 4CZJA 3HO1A 4CZKA 4AHRA 4DSLA 1JKHA 4E7IA 2I5JA 4PL7A 5DM7L 5ELZA 1U49A 3EKSA 2XY5A 3B6OA 2PFUA 5DMRA 2BTFA 3KK2A 3I8BA 3NDKA 4J2EA 1NGDA 1IBMK 5KQ8A 1RT5A 2FXUA 5EX5A 1SZ2A 4E7HA 2YNHA 3C65A 1ATSA 3TR8A 2FF3B 3A5MC 3RMDA 1WBBA 2X78A 2HSTA 4DWIA 3VEOA 1B9DA 5LL6Z 3D2EA 1ILYA 3CM5A 3PX0A 4DU4A 3A5OC 3RR8A 2VGMA 3CFPA 4JRQA 4W5OA 5HLFA 4DHYA 3VQ5A 1NBWA 1M1KO 1HNXK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B1V A;  2GWK A;  2Z1H A;  4KBO A;  1QQM A;  4PL8 A;  5F2R A;  1XMQ K;  4CJV A;  1SS6 A;  1HR0 K;  2O8C B;  2PAV A;  4CJP A;  4BWM A;  3W3D A;  1NU0 A;  1S9G A;  5LJV A;  1GLC G;  1RT6 A;  3LP0 A;  1KLN A;  3HRG A;  4FK0 A;  3RMA A;  3THY B;  1Q9X A;  2GX9 A;  1FKP A;  3VEV A;  1WAF A;  4CJR A;  3NF9 A;  3K5O A;  3TAG A;  1KRP A;  1C0T A;  4CJQ A;  4B9L A;  1TKZ A;  1I3A A;  5BR9 A;  3ITH A;  4DR2 K;  3PV8 A;  1ZYQ A;  3JSM A;  1N36 K;  3ZX0 A;  3BP8 A;  4QCL A;  1WB9 A;  4HUF A;  5SZT A;  5BPN A;  3OYB A;  3EO3 A;  1W0H A;  3D2F B;  3ZSY A;  5AQV A;  4IEI A;  3TWH A;  3V1O A;  4CZI A;  2G8W A;  2P9P A;  3MX5 A;  3VPZ A;  3VGK A;  4DV3 K;  5J2N A;  4NCG A;  1T3V A;  3THW A;  1NGI A;  2ZGZ A;  3MK6 A;  4WQ4 C;  5DK5 A;  4OGE A;  2P9I A;  1Q9Y A;  4JHD B;  4JI4 K;  4FJJ A;  4GV6 A;  2XY6 A;  3AVM A;  2G8H A;  3LDN A;  4GVM A;  2O4I A;  3I56 N;  3CCJ N;  4H0O A;  1X9J A;  5M1K A;  1UA0 A;  1S1T A;  1D5A A;  1XHZ A;  3IFR A;  3O9U A;  4CZJ A;  3HO1 A;  4CZK A;  4AHR A;  4DSL A;  1JKH A;  4E7I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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