3WSJA

Htlv-1 protease in complex with the hiv-1 protease inhibitor indinavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
PVIPLDPARRPVIKAQVDTQTSHPKTIEALLDTGADMTVIPIALFSSNTPLKNTSVLGAGGQTQDHFKLTSLPVLIRLPFRTTPIVLTSCLVDTKNNWAIIGRDALQQCQGVLYLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Structural basis for HTLV-1 protease inhibition by the HIV-1 protease inhibitor indinavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human t-lymphotropic virus 1
total genus 18
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3wsjA00
5P6MA 3OTSA 2I0AA 5P36A 2ZJIA 2PWRA 5P3LA 5P34A 5ENMA 5EZZA 4EQJA 1FIVA 2FDDA 5P64A 3R0YA 3DUYA 5SZ9A 1EPME 4YCKA 1FQ7A 5DQ4A 2VIEA 2QI1A 3CKTA 5P4LA 5P7YA 3O9BA 3S43B 1K1TA 3PEPA 1BXQA 5P3AA 5P4QA 4ER1E 1G6LA 2ZJLA 3EXOA 1QBTA 4OBDA 3ZKQA 4Z22A 1VIKA 1SGUA 5OYSA 5HTZA 4OC6A 2ZHTA 1HWRA 3L59A 1W6IA 5P0DA 4ZSPA 2RKFA 5TOLA 5OZBA 1F7AA 5P0UA 3INHA 4HDBA 3S8IA 3KF0A 1HRNA 2V0ZC 1MRXA 4D89A 1EC2A 5P8NA 4I0EA 2I4WA 1W5WA 4L1AB 1WKRA 4DJYA 5P6LA 1MVPA 1D4IA 3MSLA 5P5ZA 2CENA 5P0MA 3C9XA 3KYRA 5P1ZA 5P0WA 3QRVA 2AOGA 5P6OA 5P7AA 5P47A 2V10C 3PSGA 3KFSA 3D91A 5DR4A 3TPLA 3I2LA 3VSWA 4LBTA 4OD9B 1Z1RA 5P56A 5P0EA 3TL9A 3SM1A 3EKTA 5P7LA 4QJ8A 3PJ6A 2QU2A 1ZSRA 5P4BA 5FIVA 5P0TA 5P2RA 1B6KA 3UDQA 5OZ4A 3WB5A 3OQ7A 3HBOA 1LYWA 3ZOVA 5P1AA 2Q15A 4ZPFA 5OZRA 5P8JA 2G26A 3NLSA 3NU3A 3SO9A 3OU4A 5P84A 4A6BA 1PPLE 2AZ8A 3GGAA 1DPJA 3O9CA 3Q6YA 3LINA 4FAEA 2R9BA 5P8LA 3SABA 2BPVA 5AH9A 5P4IA 4I0FA 5P3JA 5BS4A 4Z4XA 1MT9A 4Y5CA 4NJUA 1LF4A 4I0ZA 5P0PA 9HVPA 5P6JA 1DIFA 5P3YA 3PWRA 2O4PA 2ER9E 1XE6A 5P75A 2NNPA 1HIIA 5OYVA 5P4FA 4Y5KA 2QZWA 2JYSA 1MSNA 5P46A 3EM6A 5P3KA 4OC6B 5P5YA 5P8OA 4CP7A 5P6AA 1HVRA 3N4LA 1EBYA 4HZTA 2VA6A 3EKPA 3Q5HA 2WJOA 4J5JA 2QMFA 5APRE 5P25A 1HXBA 2J9JB 1QS8A 4GYEA 5HDVA 1W5XA 4K4QA 4Y9WA 3ZPUA 5P7XA 1PSNA 3CYXA 4J0VA 4DJOA 4BFDA 3HZCA 1ZLFA 1T7JA 3DV1A 2APRA 4Y4BA 4I8WA 5P69A 3IXOA 3APPA 2NXLA 4Y3RA 4GJCA 5P8PA 3NDTA 4Y41A 3ZLQA 3BGBA 3KT2A 4Y4TA 5P8RA 7UPJA 1QRPE 5HCTA 5P6EA 5IVSA 4HA5A 3SA9A 1K6TA 2ZJMA 4LL3A 4Y4JA 5P1MA 2OAHA 5OYWA 3EL0A 4I0IA 3KDCA 5OZ9A 2VJ9A 1HVIA 1PPKE 1GNNA 3B7VA 5BRYA 5P60A 5P5XA 4CPUA 5P29A 5OZ0A 3UF3A 4I0GA 2VIYA 3GI5A 3BVBA 5P6UA 3ZPTA 5P7WA 4ACUA 5DR3A 2ZYEA 5P0IA 2VNNA 3S85A 5P11A 1W5YA 1HVCA 1EPRE 1MTBA 4QJ7A 4OBZA 5P3NA 2VKMA 5P03A 2G1RA 3HW1A 4ER2E 1FFIC 1ZPKA 1BDQA 3D20A 4RCEA 4NJVA 5DGWA 1Z1HA 3MXDA 5P24A 5P6IA 2P83A 5P8IA 4Y5NA 2FS4A 5P1SA 1E81E 2I4QA 3DM6A 5P6FA 4DJXA 2QI0A 5P63A 1IZIA 5P2VA 3O9DA 4HDPA 3CIBA 3VFAA 1BWBA 4Y58A 1CPIA 3INEA 1BILA 5P6TA 2QZLA 2FIVA 4DQCA 3DV5A 1PPME 2FXEA 5P38A 1B6LA 4H3FA 1HVLA 3OQFA 2BBBA 5KR2A 5OZDA 5P8DA 5P04A 4FLGA 4GMIA 3F9QA 1FG6C 5P5FA 4UPJA 5OZWA 5I3VA 4AUCA 2AZBA 4Y3MA 5OZ1A 1PROA 2O4NA 3HD8A 3FNSA 1GNOA 5P68A 3PGIA 3K5GA 3PBDA 4QJ2A 3UDPA 1F34A 5OZKA 4COEA 3L5EA 5AH8A 5P65A 3L38A 1ODYA 1Q9PA 4YBFA 3TOHA 5T4SA 2IQGA 3VV7A 1GVVA 5P3UA 2G1NA 5P37A 5P4CA 2F8GA 4Y47A 5P5IA 2I4VA 2IKUA 5P3WA 1OEWA 4PPHA 5P12A 5P2DA 1B5FA 2FMBA 5P4HA 5P0VA 2PYNA 1RNEA 1EPOE 4CPTA 1BWAA 3OUCA 1META 1SIVA 4NPTA 4I0DA 4K9HA 2ER0E 4AMTA 5AH7A 3LNKA 5P48A 1UH9A 4DJRA 2XFJA 4H1EA 1MIQA 4QJAA 4OBZB 4WY1A 1HTRB 4D88A 3BUHA 5AHBA 3VEUA 5P3BA 3TNEA 3NU5A 4EXGA 1T3RA 5P6BA 5P08A 5P5EA 1NSOA 5P8UA 4LHHA 4NPUA 5CONA 5P4SA 5P4UA 5P8SA 1MEUA 4FSLA 4Y38A 4LP9A 5J25A 1XL2A 4YOAA 2QHZA 1W6HA 3QIHA 5P7NA 2QMPA 5P82A 4EP3A 4U7VA 4Y3HA 5P0NA 1D4YA 1YTHA 4RGHA 1FG8C 4JOOA 5OZUA 3EKQA 5P5KA 2BQVA 1ZP8A 5AHAA 1MT8A 5SXNA 2XFKA 2A4FA 5P1LA 5P45A 3LZVA 3T11A 1HHPA 4DJWA 4Y3FA 2QP8A 5P5WA 2F3EA 1BBSA 3S43A 4Y5MA 4DH6A 2I0DA 4Y4WA 4FRIA 3OXXA 3QBFA 3SFCA 4B70A 5P8BA 4B00A 1T6GA 1YM4A 5P0CA 1HTFA 2AVMA 5P58A 3GW5A 1HSIA 3BC4A 5P6RA 3KFPA 2QI7A 3OOZA 4MC2A 3KFNA 3NWXA 4FRSA 4FIVA 2NNKA 1RPIA 3OUDA 4FCOA 4FM7A 3SA4A 2AVSA 5P2BA 3EL9A 5I70A 5P59A 1A94A 1HXWA 3TOFA 2QHYA 4BELA 3BRAA 3SACA 1W51A 3QROA 4Y4XA 1B5FB 5P4MA 5P0LA 3OTYA 4ZE6A 4KE0A 2UY0A 1SGZA 3D1ZA 5P0YA 3TKGA 5P27A 2R3WA 1LZQA 3VYDA 2OHNA 4FL8A 1HVJA 3O99A 1M4HA 3LIQA 5P1RA 1DP5A 4K8SA 2FGUA 4EJDA 4DJPA 5IVRA 2OHMA 3NXNA 3OAGA 4PEPA 4FAFA 3EKVA 2PSUA 5P4VA 3IVIA 3Q3TA 2P8HA 2RENA 4Q1NA 4GB2A 4PHVA 3T3CA 5P44A 2F3FA 1LYAA 1W50A 2BKSA 5P8MA 1HEGE 1YT9A 4Y5BA 4DQFA 4DQBA 4Y5AA 3URJA 4EJLA 5P41A 5P6HA 1KJHA 5JG1A 1ODXA 1E82E 1YTGA 2QNPA 5P3CA 5P1BA 5OZ7A 5P74A 4L6BA 3KA2A 4I0JA 4YDGA 3UQWA 3I25A 2J9KA 1HPXA 1IVQA 1FQ4A 2JE4A 3MSJA 3DK1A 5P5VA 5C9DA 1IZHA 1PSOE 4QJ9A 5HE7A 5P5PA 4I1CA 1IBQA 3GGUA 4I12A 2AOJA 4ER4E 2IEOA 5KR0A 4Q1XA 5P4PA 3HVGA 2HPFA 4R93A 3O9AA 3BVAA 1YG9A 4Y4EA 3G70A 1AVFA 1ZAPA 4X2LA 4B0QA 3HDKA 3KDDA 3PSUA 5DR7A 3K5FA 3L58A 3GI6A 2J9JA 3OUDB 1TW7A 4XKXA 4RRNA 2O4LA 4M8XA 2Q11A 5P7MA 5OZTA 2BPZA 5P28A 1W5VA 5OZZA 4B78A 4TVHA 4GJBA 1FGCC 1HIVA 2QI3A 3Q4BA 2OHQA 1DW6C 1HTGA 2NMZA 4Q1YA 1LV1A 1HIHA 4YA8A 3VV8A 4HDFA 3EC0A 4A4QA 3UTLA 3OAGB 3LIZA 1LS5A 2ZDZA 4Y56A 1GNMA 4TRZA 3R1GB 5P7EA 1EPLE 1RL8A 4Y3PA 3KDBA 1XS7D 4CMSA 5KR1A 5OYYA 4MC6A 4L7JA 3L5DA 5C9FA 1LYAB 3NR6A 3K5CA 2RKGA 2QNNA 1FMBA 3QS1A 1AJVA 1AXAA 5P0KA 5KOQA 5OYTA 5P2EA 5P70A 1BV7A 3BGCA 2PWCA 5P3GA 4QGIA 2F3KA 4J54A 1TQFA 5HVPA 2QMDA 5OYQA 3U7SA 5JODA 2QHCA 2PSVA 1HVSA 3BUFA 1TSUA 2JJJA 4Y44A 5OZIA 5P2GA 1HSGA 2Z54A 4Y3JA 3SKFA 4OBJA 2QZXA 3OQKA 2R5PA 2QI4A 4Y35A 3S45A 4YD7A 2G22A 3U6AA 5P77A 5KOSA 2BKTA 5P6PA 3G6ZA 3ZKIA 2WF3A 5P5OA 4EPJA 2PYMA 3SLZA 2B60A 2QI6A 1SDUA 5P4GA 5P3PA 1NH0A 3TLHA 1HSHA 3NWQA 2B7FA 2JJIA 5P2ZA 4EWOA 2BPXA 4Y3SA 2BPYA 2NXDA 3S2OA 5P8TA 2RMPA 3URLA 3PI0A 3OU3A 1AJXA 4AA9A 2QCIA 5P5LA 5DR8A 5JFPA 2QMGA 3VCMA 4Z2ZA 2HS2A 5P6XA 3UHLA 3LHGA 4Y3LA 4F73A 5UPJA 5P3MA 5P7RA 2HB3A 4Y4GA 2PH6A 4IVSA 3ZKMA 1K6VA 3K5DA 5P57A 4DUSA 5P73A 5P88A 3VFBA 3I8WA 4YBIA 4TRYA 4Y3XA 1BVEA 3INFA 5P2IA 2IS0A 3FNUA 2IENA 4Y36A 5P5RA 4ZLSA 5DGUA 3FIVA 2AVVA 1GKTA 4EJKA 4FM6A 3M9FA 2QNQA 3OHHA 5P6ZA 5DQ5A 5OZYA 2ER7E 3ZKNA 4J55A 1B6PA 3ZPSA 2Q63A 1JLDA 3O9LA 1ME6A 3I7EA 1BV9A 4YD5A 5CLMA 4R95A 5IE1A 1KZKA 2UXZA 3KMYA 4YE3A 2I4XA 1NPAA 1PFZA 5OYUA 4J1EA 3PRSA 1GVTA 3WZ7A 5P1PA 2Q64A 4M8YA 1ODWA 4EHCA 2NPHA 5P5BA 1ER8E 3OADA 5OZ8A 3ZKSA 3NU4A 2CEMA 6UPJA 4KUPA 4YD6A 5P67A 2WHHA 1N49A 1AAQA 4LXKA 3OXCA 5P7GA 3TPPA 3CKRA 5P0SA 3LPKA 1LF3A 5P6GA 1EBWA 1C70A 3UPJA 3QVIA 5P1XA 2AODA 3S7LA 1KJGA 3NU6A 2F80A 1YM2A 4BEKA 1FQ5A 5ER2E 5OZ6A 1OEXA 5OZFA 2P4JA 5E5KA 2P3DA 3D1XA 4XX3A 4EP2A 4ZSMA 4Q1WA 5P8GA 5ER1E 3IGBA 5P6QA 3UFLA 6FIVA 5P1FA 3T7PA 4YDFA 2P3CA 4RVJA 1QDMA 3L3AA 3K4VA 5P7QA 2FNTA 5OZXA 1IVPA 4H3IA 5DR0A 5P0FA 2FGVA 5P2AA 5HDZA 4ZPEA 3VSXA 3R0WA 5P7KA 3PWMA 1YTJA 5P1QA 5HE4A 1LF2A 1UH7A 4OBGA 4Y48A 3OHFA 3OK9A 3LITA 1UPJA 1FMXA 2QU3A 3UDYA 4Y3AA 3OXVA 5P7HA 3O9FA 3KN0A 3PB5A 4YHQA 5KR8A 4Y3YA 3AUPA 5P1CA 4F74A 4RRSA 4XX4A 5P5NA 5OZQA 5P5AA 5P1IA 2G1YA 5P5HA 3EM3A 5P4AA 3DCRA 3O9LB 1HTEA 1HPSA 3H0BA 2ANLA 4H3JA 4R8YA 4Y53A 5P7DA 1FB7A 3FKTA 3NDWA 1MSMA 4FRJA 5AH6A 3HAUA 5P0RA 5P22A 5P8EA 2WEBA 2QD8A 4WTUA 3O9EA 4J1IA 4JP9A 4DI2A 2WEAA 3OADB 4HE9A 4RYCA 5DQCA 4RROA 5DR1A 5P8FA 2AOHA 3NDXA 4AZYA 4APEA 4ACXA 3B80A 5DPZA 5OZ3A 1GVWA 4FGXA 5HU0A 5P0JA 5P83A 4EQ0A 3LIVA 3UQRA 3UQXA 3I6OA 1EBZA 4FSEA 3IN4A 1EEDP 5P2QA 4DJVA 2AOEA 2FDPA 3FNTA 1EC3A 5OZGA 2MIPA 3JVWA 3O9IA 2I1AA 2FXDA 3EKXA 2G1SA 4QJ6A 1T7KA 4Y4ZA 5P8VA 4ZEAA 4I0HA 2WL0A 1SDTA 5P07A 3MXEA 4GZFA 1MESA 1G35A 3U71A 1HEFE 5E5JA 1TCWA 4B77A 1C6ZA 3DJKA 1FEJC 5P4OA 3INDA 4U7QA 5P4RA 4ZPGA 3OU1A 5P3EA 5COPA 1T6EX 3VLAA 2XFIA 4Y4UA 5OZLA 1BDLA 3RU1A 5P2TA 1A9MA 4Y3NA 3PMYA 3IVHA 3TKWA 2HC0A 3L5BA 4FS4A 3WB4A 2NR6A 3OY4A 1CZIE 5P2OA 4FE6A 5OZHA 5P0XA 1FLHA 3FX5A 2OHLA 5I3XA 4MC9A 3IXKA 2HIZA 5P5CA 2IL2A 1APTE 1WBKA 5P2FA 5OYZA 2IGYA 5KQZA 4FRKA 3OGQA 4B1CA 5P0HA 3QP0A 4CPRA 3G72A 5P76A 1AIDA 2Q3KA 3A2OA 3IXJA 5KQFA 3WZ6A 4GJ6A 5P6VA 2HAHA 5P30A 4D8CA 3ER3E 3N3IA 3TTPA 5P10A 2PMAA 4DV9A 1D4JA 4XXSA 2QAKA 2AVQA 5P31A 4B1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6M A;  3OTS A;  2I0A A;  5P36 A;  2ZJI A;  2PWR A;  5P3L A;  5P34 A;  5ENM A;  5EZZ A;  4EQJ A;  1FIV A;  2FDD A;  5P64 A;  3R0Y A;  3DUY A;  5SZ9 A;  1EPM E;  4YCK A;  1FQ7 A;  5DQ4 A;  2VIE A;  2QI1 A;  3CKT A;  5P4L A;  5P7Y A;  3O9B A;  3S43 B;  1K1T A;  3PEP A;  1BXQ A;  5P3A A;  5P4Q A;  4ER1 E;  1G6L A;  2ZJL A;  3EXO A;  1QBT A;  4OBD A;  3ZKQ A;  4Z22 A;  1VIK A;  1SGU A;  5OYS A;  5HTZ A;  4OC6 A;  2ZHT A;  1HWR A;  3L59 A;  1W6I A;  5P0D A;  4ZSP A;  2RKF A;  5TOL A;  5OZB A;  1F7A A;  5P0U A;  3INH A;  4HDB A;  3S8I A;  3KF0 A;  1HRN A;  2V0Z C;  1MRX A;  4D89 A;  1EC2 A;  5P8N A;  4I0E A;  2I4W A;  1W5W A;  4L1A B;  1WKR A;  4DJY A;  5P6L A;  1MVP A;  1D4I A;  3MSL A;  5P5Z A;  2CEN A;  5P0M A;  3C9X A;  3KYR A;  5P1Z A;  5P0W A;  3QRV A;  2AOG A;  5P6O A;  5P7A A;  5P47 A;  2V10 C;  3PSG A;  3KFS A;  3D91 A;  5DR4 A;  3TPL A;  3I2L A;  3VSW A;  4LBT A;  4OD9 B;  1Z1R A;  5P56 A;  5P0E A;  3TL9 A;  3SM1 A;  3EKT A;  5P7L A;  4QJ8 A;  3PJ6 A;  2QU2 A;  1ZSR A;  5P4B A;  5FIV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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