3WU7A

Spatiotemporal development of soaked protein crystal; derivative 250 sec
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Spatiotemporal development of soaked protein crystal
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wu7A00
3CT0A 3ATOA 1NDGC 2BLXA 3F6ZA 1CKGA 2YDGA 4NSGA 2BQAA 1GAYA 1LSNA 1OUIA 5I53A 4DD2A 5HMVA 4HJYA 1BWJA 1IP4A 2GV0A 1OUDA 1GBSA 4NHSA 1T3PA 1OUJA 1G7IC 4U3XB 1C7PA 4OWAA 4GN3A 3TXJA 5A3ZA 1OUGA 1LZ6A 4RLNA 5KXYA 1LZNA 4DT3A 1LZ5A 1IC5Y 1NWGA 1IP5A 4E3UA 4I0CA 4DYGA 5LVJA 4H9IA 4IJ4A 1D6QA 4KT3A 2YBLA 2HEFA 5IDDA 1LHLA 4YOPA 1GBOA 4YF2A 5APFA 3IJVA 1DI5A 1TBYA 2ZIJA 1DI4A 1LHJA 1GB8A 4ZFPA 1GXV2 1REZA 1YAQA 2LYZA 3CSZA 1O23A 1GBZA 1LZ4A 1LHMA 1LJ3A 2D4KA 1B2KA 1TAYA 1EL1A 3B6LA 1VFBC 4ET9A 5KXKA 1XEJA 4HJZA 1B5ZA 3WXTA 1LZGA 4RLMA 193LA 1CKFA 1D9UA 4LYCA 1GF5A 1JTPL 3RNXA 2NWDX 5J7CA 2BQOA 4OW1A 1WVUA 4HTKA 2MEDA 3QNGA 5FHWA 3TXEA 1FLWA 4NEBA 4Z41A 1QTEA 4J1AA 2W1MA 4YM8A 3W6CA 1B5UA 4QEQA 3WVYA 2B5ZA 4NWEA 3LYOA 2EPEA 1W6ZA 1XEIA 1JWRA 5D5FA 1LMTA 4WM1A 2HU1A 4N8ZA 3RU5A 1HEMA 1UBZA 5FELA 5KXLA 2YBMA 1GF8A 3A92A 4H8XA 1GB2A 1A2YC 3TXKA 4DD1A 3P65A 4H94A 5F9UA 1YAMA 4IATA 2DQAA 1INUA 5APCA 1LYOA 3IWRA 1HSWA 3HFMY 1IOCA 1GE3A 4HJVA 1BB5A 1GE4A 1LYZA 1UIHA 4NY5A 6LYTA 2HECA 3WW5A 1G7JC 4XN6A 1KXXA 2FYDA 1D0LA 7LYZA 1HEPA 5APDA 1HEOA 3A6BY 4NGLA 1DZBX 1BGIA 4NFVA 2C8OA 1FKVA 3CT1A 4NGKA 2D4IA 2Z2EA 3AJNA 4AGAA 4HP0A 3A95A 1GFRA 5KKIA 4NGZA 1AT5A 2DQFC 4M4OA 5KXTA 1MELL 2Z2FA 2ZQ4A 4BAFA 1WQMA 3G3BB 2BQKA 1LSZA 2ZYCA 2W1XA 1JKBA 5L3HA 4EOFA 3AZ7A 1UIBA 5KY1A 1G7LC 1OUHA 4OOTA 1WQPA 3TXDA 4ETAA 2DQEY 1GE2A 3B0IA 4H9BA 5DLAA 5KJ9A 2WARA 3TXHA 4PGJB 5L3IA 1LJGA 2FYCA 3A94A 5D5CA 154LA 2G4QA 4DD9A 4H9EA 1XGTC 2BQBA 3A8ZA 5B07A 4GLAA 3W6DA 4PRQA 3TXGA 5KXXA 1FDLY 1HHLA 1SLYA 1JJ3A 2BQFA 4XJBA 1QTKA 2D91A 1LHHA 2XBRA 3A3QA 4NGJA 2ZILA 1KIRC 4TSCA 5B59A 3BKHA 5C6LA 2MEEA 4LFPA 1AT6A 1LSBA 4FDYA 194LA 4NG8A 2DQJY 1IWUA 1GFTA 3K3TA 4NHQA 1HFYA 1IY3A 1ZVHL 4RW2A 1KXWA 5FSTA 1JITA 1KIQC 3LYMA 2DBTA 2Z39A 1YKZX 3WL2A 2YBJA 4GN5C 3CB7A 5FCPA 4O34A 1LZ9A 1XGUC 3B72A 3CT5A 1H6MA 2HEAA 4GCFA 4TUNA 3TMVA 2BQGA 1CKHA 3HBHA 4G4HA 4WM3A 1QDTA 4GLVA 4L41A 4J0LA 1UUZC 5F14A 4GCDA 3AB6A 1BWHA 4Z3MA 1C43A 1J1PY 5L9JA 1PZYA 1B7SA 2MEAA 1FLQA 3OK0A 5HLLA 1IWYA 1ALCA 3AZ5A 3WMKA 5KXWA 5APEA 5KXMA 4MR1A 135LA 1UCOA 2IFFY 1VATA 4H9HA 132LA 1GF6A 2BQDA 4B4JA 1AKIA 1IP1A 2CWIA 1JEFA 1DQJC 2CDSA 1OUFA 3J6KA 1UC0A 3WH1A 5I5QA 5T3FA 1J1OY 1OUEA 5HQ1A 5IELA 2A7DA 1QIOA 1HFXA 3IJUA 1HEQA 2VB1A 5FEKA 2AUBA 5ILCA 3ZVQB 3P66A 1XGQC 133LA 1NHEA 1DI3A 4H9CA 2I25L 2BQEA 1HSXA 1LSFA 3QY4A 3VWOA 5LA5A 1KIPC 5F9XA 4NG1A 4C3WA 4KL7A 6LYZA 2W1YA 1NQIA 1ZV5L 2I6ZA 1GF4A 1HMLA 1AZFA 4OWEA 3WU7A 4NGWA 5B1FA 1IWXA 1LMAA 1CJ7A 4UWVA 3LYZA 2EKSC 3TMXA 3TMUA 3A6CY 1MLCE 1UICA 2LHMA 4WLYA 2ZIKA 1GD6A 1LKRA 1LHKA 5F81A 1LCNA 1LYYA 2F4GA 4XJIA 4NSHA 3WYHA 3G3AB 1LMNA 1EQ5A 2G4PA 4OOOA 1JKCA 4W96A 5I4YA 1HFZA 1YKYX 2D6BA 1LSGA 1C10A 3A90A 2LZ2A 1LZTA 4GCBA 4HTNA 4DDBA 3D9AC 1GXXA 4H92A 4QGZA 1XGRC 5B06A 3AW6A 1CKDA 5KXNA 1OQMA 1D0KA 4P2EA 3OJPA 3EBAB 1VAUA 1B5VA 5DL9A 1I56A 2N5ZA 2XBSA 3AZ4A 1P2CC 4XJGA 1GDWA 3WVXA 1LKSA 1UIEA 1RJCB 1GE0A 1WQOA 1B7MA 1B7LA 1T6VL 2BQHA 4J7VA 5E4PA 4ZIXA 2D4JA 4ETCA 2YVBA 5K7OA 1QSWA 2Z18A 3CSQA 3M3UA 1JKDA 1HF4A 4NSIA 4DD7A 1UA6Y 2LYMA 4CJ2A 1JSFA 3N9EA 1CJ8A 2HU3A 4CFPA 2Z38A 4OWBA 1EQ4A 5DM9A 3TXFA 1YAOA 2MEBA 5C6IA 4LYMA 4N5RA 4LYBA 4LYOA 5KXPA 4B0DA 3AGIA 2DKVA 1JTOL 4KPMA 2FBDA 1JJ0A 1V7TA 4XJFA 4DDCA 4GCEA 3ZVQA 1VEDA 1RI8B 2LYOA 5I54A 5KXOA 5LINA 2MEHA 4CGEA 3WPJA 3WU9A 1LZSA 4DD3A 5M1YA 2MEFA 4MSTA 1WTNA 4YENA 1NKHA 2H9JA 1BQLY 1GFJA 1LSDA 2MEGA 1CJ6A 1GFKA 1GPQC 1WTMA 4ETDA 1IWTA 4XYYA 4WMGA 1VDPA 5KXSA 5A3EA 1XEKA 1IO5A 4HPEA 4XENA 4X3BA 1YL1X 1B5YA 2YBIA 1IOSA 1IEEA 1GF7A 5LIOA 1IC4Y 153LA 1B7NA 1BB4A 4PPOA 1WQRA 1GHLA 4NWHA 2CJLA 4WLTA 2HEBA 1C46A 2BPUA 3WPLA 1B7RA 4ANRA 4Z46A 1GBYA 4I8SA 1PS5A 1REXA 2BLYA 2C8PA 2HEEA 1JKAA 4WM4A 4WM6A 5II3A 2ZQ3A 4WL6A 1LZAA 1YILA 2Y8PA 1A4VA 1LJNA 1C08C 1GBXA 2H9KA 1LZEA 4RW1A 1HNLA 5F16A 4TSBA 8LYZA 1IVMA 3T36A 2YBNA 3ULRA 4BAPA 1REYA 1NF5A 4NHTA 1UIAA 1DPWA 4UWNA 1JIYA 1B0DA 1B9OA 1YL0X 2X0AA 3W3EA 4ETEA 2F2NA 4LT3A 1IWZA 3CSRA 1IR8A 1GF0A 2XTHA 3BKVA 3FI7A 4XADA 3P64A 1JISA 4AXTA 1GDXA 4H8ZA 4BADA 1GAZA 3WUAA 1UIDA 4HTQA 2EIZC 1LMPA 1QSAA 1GFEA 3B0OA 3P68A 4RDSA 2EQLA 4Z98A 1B5XA 1FLUA 1LYSA 1B7QA 2H5ZA 1RCMA 3B0KA 1VDQA 1NDMC 1LZCA 1IP2A 2ZNWY 4HV2A 4II8A 3E3DA 1JJ1A 1GFVA 1GFHA 2DQGY 1D6PA 3TXIA 4B49A 4H9FA 1JPOA 1GF3A 3EXDA 2IHLA 4WOAA 2LZTA 3EO5A 4XJHA 1JTTL 4H93A 1BVKC 1DKKA 5LYTA 3KAMA 2BAAA 1I20A 1EQEA 3P4ZA 4R6CA 5KKJA 1LSPA 1OP9B 4G4BA 1LAAA 1LJFA 1YKXX 4TTDA 1IP6A 1G7HC 1IP3A 1D0MA 4WLDA 1C45A 1QDRA 3TXBA 3ZEKA 1LMOA 4N1CC 1OUBA 4WLXA 1QUTA 3N9AA 5LVHA 3CQLA 4D9ZA 4PRUA 4EMNA 4WO9A 3TMWA 3W6BA 4PJ2C 1LSEA 4G4CA 3W6AA 4N0JA 4NHIA 4CHXA 1LSCA 1IIZA 4UWUA 3FE0A 3A96A 2I26L 3WUNA 2A7FA 1YAPA 1GFGA 2RSCA 2DQCY 4NSJA 4J1BA 1GB7A 1WQQA 1GB3A 1I1ZA 2ZNXY 1IOTA 3AZ6A 3EMSA 1B7PA 1F6SA 4DD0A 3RZ4A 4H91A 1YIKA 2Q0MX 4KXIA 1LSYA 4QY9A 4DDAA 1YANA 1HELA 5I4WA 1H87A 1F6RA 1IY4A 4G9SA 3WXUA 1OUAA 5LVIA 2F30A 5HNCA 4W94A 1G7MC 1HC0A 2BQIA 2HEDA 4C5FA 1GB0A 1IC7Y 1TCYA 3AGHA 3LZTA 1ZVYB 1GFAA 1FLYA 1LOZA 1E8LA 1DPXA 3W6FA 3GXKA 3LZ2A 1VDSA 5I4XA 4WG1A 1BB6A 1HERA 5LA8A 4LT0A 1GEVA 2F4AA 3J4GA 4BS7A 1BB7A 2W1LA 3MGWA 3WU8A 3AYQA 1NMMA 4HV1A 5LYMA 3A3RX 1IP7A 4G49A 5B1GA 1LJ4A 4GCCA 1N4FA 4ZEEA 2HTXA 1FKQA 1HEWA 4B1AA 4LGKA 3WUMA 1QQYA 1LJKA 4NGYA 2YBHA 3LYTA 1JHLA 1NBZC 5AMYA 1IWWA 1GE1A 1CNSA 2BQNA 1IX0A 2Z19A 5LYZA 2ZYPA 1IWVA 1GF9A 3WPKA 1IOQA 1JSEA 5LVGA 1LPIA 1QUSA 207LA 4A7DA 1J1XY 1SQ2L 1F10A 2XJWA 3A91A 1YQVY 4WO6A 2DQHY 4YEOA 2BQLA 3D3DA 3N9CA 4LT2A 5LAFA 1GFUA 3A67Y 1BHZA 1XFPL 1Z55A 5DN5A 4MCKA 4NGVA 4HPIA 4ET8A 1UIGA 4FJRA 1CJ9A 1LZYA 1ZMYL 5HMJA 1LMCA 2BQCA 134LA 2DQIY 3HBEX 1V7SA 1IR9A 1WQNA 1CKCA 5HNLA 1BB3A 2Z37A 4YEMA 1HENA 1GBWA 1VDTA 1DXJA 2G4NA 4H9AA 5LVKA 2FBBA 4LT1A 5C6JA 1LZ1A 3RT5X 4OWCA 1LTMA 4R0FA 2MEIA 1GEZA 3A93A 1B5WA 1BVXA 5ILFA 1RE2A 3M18B 4ML7A 4OWHA 4GN4A 5FDJA 1GB5A 2CGIA 3W6EA 5JENB 1LMQA 4PHIA 2PC2A 3A34A 3WULA 4CFOA 4TWSA 4H1PA 1TEWA 4M6DA 1B7OA 5B05A 1LSAA 4LYTA 1LJEA 3T6UA 208LA 4WL7A 3HBDA 1LZBA 1LJHA 4N1EI 1FBIX 4NIJA 3ATNA 1IORA 4QDNA 5EBHA 1REMA 1OUCA 1F0WA 5LXWA 4HSFA 4LYZA 4B4EA 1AM7A 4B4IA 1JUGA 1UACY 1XGPC 5E9RA 1LZRA 3RW8A 2YSSC 1LHIA 2DQDY 5LAGA 1GB9A 1FN5A 1YROA 1GWDA 1WVVA 4WG7A 4ETBA 5IHGA 1KXYA 1GB6A 1TDYA 2BQJA 3LN2A 4LFXA 2Z12A 1LSMA 1NBYC 4DC4A 1BWIA 4WM2A 4NGIA 5KXZA 4LZTA 3WW6A 3GXRA 3QE8A 3SP3A 4NGOA 4NHPA 1LJJA 2ZWBA 4IASA 1IR7A 2MECA 1UIFA 1LZDA 5DN4A 9LYZA 1LJIA 2BQMA 5KXRA 4N9RA 4XJDA 4DWXA 2HUBA 3AW7A 1LZ8A 1HMKA 1W08A 1XSFA 4WM5A 4TX7A 3AGGG 1RFPA 4H8YA 1DKJA 3LHMA 4H90A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ATOA 2BLXA 1L59A 2YDGA 2BQAA 1OUIA 5HMVA 4W56A 4HJYA 1LLHA 1T8GA 102LA 1T3PA 1L54A 4U3XB 156LA 1LZ6A 1NWGA 1IP5A 5IDDA 4IJ4A 5APFA 2RBQA 3IJVA 1TBYA 2ZIJA 1REZA 1T8FA 1LHMA 2Q9EA 1TAYA 4YX7C 3HUKA 1D9UA 4LYCA 1JTPL 4OW1A 2MEDA 4Z41A 4YM8A 1B5UA 3WVYA 1L60A 5KXLA 4N8ZA 1SX2A 5FELA 233LA 125LA 1JTNA 262LA 1C6MA 3GUPA 259LA 3C8RA 3IWRA 113LA 3DNAA 1L0JA 1HSWA 1IOCA 1GE3A 6LYTA 1GE4A 1C69A 1KXXA 4DQ7A 184LA 4NGLA 145LA 4NFVA 2OE7X 1C65A 3A95A 4NGZA 1MELL 2Z2FA 1LSZA 2ZYCA 2W1XA 5L3HA 1QTDA 1LGWA 161LA 200LA 3TXDA 4ETAA 1GE2A 1P37A 5DLAA 3CDQA 3HU8A 2WARA 5L3IA 108LA 1LJGA 154LA 3GUOA 2G4QA 4DD9A 5B07A 141LA 3TXGA 1L77A 1QTKA 2D91A 2XBRA 3BKHA 2MEEA 4GBRB 2DQJY 1KW5A 1L15A 1HFYA 1XJUA 1L62A 1JITA 3LYMA 2Z39A 3WL2A 4I7RA 4ARPA 4GN5C 5FCPA 3EMLA 4O34A 4GCFA 1CKHA 4G4HA 4J0LA 4W52A 1C43A 5HLLA 1FLQA 1G0LA 251LA 4MR1A 178LA 132LA 1GF6A 2CWIA 1CX7A 1L02A 2CDSA 1CU5A 5I5QA 1L46A 1L12A 5T3FA 5HQ1A 1HFXA 3IJUA 1PQJA 1DYEA 2VB1A 5FEKA 3K2RA 4H9CA 143LA 1L79A 5LA5A 1KIPC 4NG1A 1CVKA 1NQIA 220LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CT0 A;  3ATO A;  1NDG C;  2BLX A;  3F6Z A;  1CKG A;  2YDG A;  4NSG A;  2BQA A;  1GAY A;  1LSN A;  1OUI A;  5I53 A;  4DD2 A;  5HMV A;  4HJY A;  1BWJ A;  1IP4 A;  2GV0 A;  1OUD A;  1GBS A;  4NHS A;  1T3P A;  1OUJ A;  1G7I C;  4U3X B;  1C7P A;  4OWA A;  4GN3 A;  3TXJ A;  5A3Z A;  1OUG A;  1LZ6 A;  4RLN A;  5KXY A;  1LZN A;  4DT3 A;  1LZ5 A;  1IC5 Y;  1NWG A;  1IP5 A;  4E3U A;  4I0C A;  4DYG A;  5LVJ A;  4H9I A;  4IJ4 A;  1D6Q A;  4KT3 A;  2YBL A;  2HEF A;  5IDD A;  1LHL A;  4YOP A;  1GBO A;  4YF2 A;  5APF A;  3IJV A;  1DI5 A;  1TBY A;  2ZIJ A;  1DI4 A;  1LHJ A;  1GB8 A;  4ZFP A;  1GXV 2;  1REZ A;  1YAQ A;  2LYZ A;  3CSZ A;  1O23 A;  1GBZ A;  1LZ4 A;  1LHM A;  1LJ3 A;  2D4K A;  1B2K A;  1TAY A;  1EL1 A;  3B6L A;  1VFB C;  4ET9 A;  5KXK A;  1XEJ A;  4HJZ A;  1B5Z A;  3WXT A;  1LZG A;  4RLM A;  193L A;  1CKF A;  1D9U A;  4LYC A;  1GF5 A;  1JTP L;  3RNX A;  2NWD X;  5J7C A;  2BQO A;  4OW1 A;  1WVU A;  4HTK A;  2MED A;  3QNG A;  5FHW A;  3TXE A;  1FLW A;  4NEB A;  4Z41 A;  1QTE A;  4J1A A;  2W1M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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