3WU9A

Spatiotemporal development of soaked protein crystal; derivative 1580 sec
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Spatiotemporal development of soaked protein crystal
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wu9A00
4G49A 1LSMA 3K3TA 3LZ2A 4EOFA 4WLTA 4GCFA 4KL7A 3GXRA 2G4PA 2MECA 1CJ7A 1TDYA 2XBRA 4J7VA 5I4XA 3FE0A 2F4GA 2I25L 5B06A 5LAFA 2Z37A 5KXTA 5LXWA 1OP9B 2LZTA 5FCPA 1IO5A 1IP1A 4RW2A 5FEKA 4O34A 2MEHA 1GFJA 3A67Y 1LAAA 2FBDA 3A90A 3D9AC 1H6MA 4YOPA 3TXJA 1NF5A 1G7HC 1QIOA 4TWSA 1UIFA 1BGIA 1YROA 2IFFY 1B0DA 5I4YA 4H9BA 1GF5A 5KKJA 1MELL 3WMKA 3P68A 2LYMA 4G4HA 4DD9A 3MGWA 4XJDA 3A96A 4H93A 1TAYA 3A95A 3M3UA 1QDTA 5B05A 4LFXA 1GXV2 3GXKA 1JEFA 2MEDA 1LTMA 2Z2EA 1QTKA 4LGKA 1BVXA 2HEFA 5F14A 4H9HA 3TXDA 5ILCA 3EBAB 2BQKA 1B7NA 4LYCA 4WMGA 1HEMA 1JKDA 3A8ZA 4TX7A 4DWXA 4LFPA 4MSTA 1DPWA 1GE4A 1LSFA 1B5VA 1FBIX 1NKHA 1OUHA 4NG1A 2MEEA 1JPOA 3WULA 1GE3A 5IDDA 1UCOA 2ZYCA 2Z19A 1NQIA 1BB3A 4J1BA 1LJ4A 1B7PA 2HEEA 3WU9A 5KXWA 1J1XY 1CJ8A 1ALCA 4M6DA 4N8ZA 1IP5A 1GBOA 2A7FA 4NEBA 1Z55A 5A3EA 4XJIA 4PGJB 3EXDA 1LHMA 5HMJA 5F81A 2H5ZA 4OWCA 2ZQ4A 2BQIA 2ZIJA 3WPJA 1GB9A 1LZ4A 1NWGA 1VATA 2GV0A 3TXFA 5LINA 1UIAA 1YILA 1LMTA 3IJVA 1D0MA 134LA 3J6KA 4WM3A 1LMPA 5DL9A 3J4GA 3LN2A 1HFYA 1VFBC 3AZ4A 1LSYA 4LYZA 4TTDA 1LJJA 4H8XA 4H90A 1FN5A 1JWRA 4NSJA 4ETCA 1KXYA 1B9OA 1IWUA 3HFMY 1OUIA 1DPXA 1HF4A 1D9UA 4OOOA 1GE1A 1HMKA 1GEZA 1YANA 1F0WA 1REYA 2BQMA 2Z18A 1W6ZA 2HEAA 3LYZA 5APEA 5C6IA 1FLUA 1D6PA 1VDPA 193LA 1YAMA 1GBSA 4XN6A 1G7MC 3BKHA 4H8ZA 3IWRA 4NY5A 1AKIA 1B7MA 1JKAA 1QUSA 3P4ZA 4G4CA 3WUMA 1GHLA 1LSBA 1LZBA 1OQMA 5LA8A 4ETEA 5HMVA 1LZ6A 2W1XA 4OOTA 2W1LA 2WARA 3TXIA 1KXWA 3W6CA 1FLQA 2BLXA 4HV1A 4OWBA 1A4VA 4OWHA 1V7SA 4QDNA 1IC5Y 1JKCA 3AB6A 4I0CA 1WVUA 3AGHA 1B5WA 1B7QA 2FYCA 3WH1A 1WTNA 1LZRA 1D6QA 1JJ1A 3WVXA 3ATOA 4NGOA 1B7RA 1BB6A 1BWIA 3B6LA 1UBZA 5LVGA 2ZQ3A 135LA 1LSPA 1UUZC 1XEJA 4WLYA 2MEIA 1N4FA 3LYMA 2EPEA 3CT1A 4WLXA 1LZSA 2ZWBA 3IJUA 2CGIA 3EO5A 5KXYA 1XGQC 1YKZX 4FJRA 3AYQA 4R0FA 1GE2A 1GFHA 1REZA 4CFPA 2HEBA 1C08C 2PC2A 1KIQC 2XTHA 1FLYA 4QGZA 4ANRA 1KXXA 1LMNA 1LJGA 3AW6A 4XJFA 4C5FA 2ZNWY 1J1OY 1LZ9A 5FHWA 5LYTA 4WG1A 3A91A 3TXBA 1WQQA 1DKKA 1OUFA 3N9CA 4UWUA 4ET9A 1DZBX 3G3BB 1HC0A 2NWDX 3TXGA 5LVIA 4X3BA 5I4WA 1FDLY 132LA 4IJ4A 1LJHA 1UIGA 4II8A 3M18B 4TSCA 4DT3A 1JJ3A 4M4OA 1GB0A 1GFEA 1A2YC 1EQ5A 3W3EA 1JITA 4NWHA 5II3A 1DQJC 1REMA 4WM6A 1GPQC 1KIPC 1DKJA 1WQRA 5LVKA 5APDA 1IWVA 5L3IA 2BQHA 4NGLA 5I5QA 4YENA 1IP6A 1LSDA 1GBYA 1PS5A 1VAUA 3EMSA 4YEMA 1WQPA 2ZNXY 3WL2A 3RNXA 1IWWA 2BQEA 1BQLY 2MEAA 4WM2A 3LYTA 4B0DA 1HEWA 1GE0A 1UACY 1UIEA 4PRUA 4WL6A 1LHKA 4B4EA 2HU1A 3WU8A 1LJEA 4XJGA 1JIYA 1GF0A 4GCBA 2H9KA 1EQ4A 4TUNA 3QNGA 4ETDA 5IELA 4HPEA 1IX0A 2F2NA 208LA 2HECA 1RCMA 2XJWA 4AXTA 4EMNA 5B59A 2AUBA 1GFUA 1LZNA 1WTMA 2BQGA 3LHMA 1UIHA 6LYTA 2F30A 1LYZA 4LT1A 2Z39A 2W1MA 4GCCA 1LSGA 1C43A 2LZ2A 1HSXA 2RSCA 4ZFPA 1JSEA 2F4AA 3AZ6A 1DXJA 2CWIA 3TXEA 1I20A 1IR8A 153LA 1UICA 1LHLA 1EL1A 2DQIY 3RW8A 3T36A 4MCKA 1TCYA 1CNSA 4Z98A 1GB2A 4H9FA 5KXMA 4GLVA 1GD6A 1AZFA 1GF7A 2CJLA 1ZMYL 1LSEA 2D4JA 1GEVA 1LZ5A 4OW1A 1D0LA 2YBHA 1YKYX 4ET8A 2IHLA 3E3DA 1BVKC 1WQMA 1GB8A 1MLCE 1IR9A 1LYSA 3N9AA 4DD7A 2DBTA 1LMCA 4LT3A 5T3FA 1G7LC 3QY4A 3RU5A 4CHXA 4PHIA 2N5ZA 5FSTA 4C3WA 1LZDA 1JTOL 3BKVA 3WYHA 4H9AA 4D9ZA 1HFZA 2BQCA 4AGAA 4NGWA 5HNCA 4XENA 1IVMA 1LHHA 5KJ9A 4QEQA 5KXOA 1EQEA 4NG8A 4RW1A 3KAMA 1LJKA 2G4NA 4LT0A 1E8LA 1C7PA 5K7OA 1BHZA 5J7CA 2Q0MX 5M1YA 1XEIA 1JUGA 4DD0A 3HBEX 1GDXA 1QDRA 4L41A 3AGGG 5LA5A 4LYTA 1B5ZA 2CDSA 1FLWA 1LPIA 2BQNA 4H91A 3OK0A 2DQEY 1CKGA 1IOCA 5E4PA 1LSCA 4HPIA 4OWAA 1CKDA 4XYYA 1QTEA 4QY9A 5I54A 1PZYA 1GF6A 1XGTC 4PRQA 2HUBA 5D5FA 1B5UA 1QUTA 3LZTA 2I6ZA 2DQJY 1GF8A 1G7JC 1JJ0A 1LJNA 1LZCA 4ETBA 3RZ4A 1LCNA 4E3UA 1OUEA 1LSZA 2HTXA 4H9EA 3W6DA 2MEGA 1DI3A 1IR7A 4G4BA 1IOTA 3TMXA 3WW5A 2YVBA 4WO9A 1JSFA 2YBMA 4YEOA 4GN5C 1RFPA 2HU3A 5DM9A 9LYZA 1IP2A 1LSNA 4J1AA 3P64A 3W6EA 5LIOA 4HTKA 1XGUC 3W6FA 7LYZA 3N9EA 1GF3A 2D4IA 4WM4A 2D4KA 1YAOA 4B4JA 5A3ZA 1OUJA 3P65A 1CKFA 4NHSA 2YSSC 1HEPA 4DD3A 1HMLA 2DQAA 2LYZA 1KIRC 1INUA 1F6RA 4KT3A 3AZ5A 5HNLA 1UA6Y 1HFXA 1LZGA 3CSQA 1YL1X 5F16A 1IC7Y 3F6ZA 4B1AA 3P66A 3OJPA 1IC4Y 1NMMA 1UIBA 3CQLA 1ZVYB 4HJVA 4MR1A 5KXXA 154LA 194LA 4DYGA 4XADA 1CKCA 4Z41A 1GFVA 1LYYA 3CT0A 1J1PY 1BWJA 1W08A 4J0LA 1T3PA 4HTQA 4YF2A 1C45A 1FKQA 3CSRA 2YBJA 4PPOA 1VDSA 1O23A 1B7LA 1GBWA 3A6BY 4DD1A 3AJNA 3WPLA 1NHEA 3A3RX 3TXKA 1LHIA 1OUBA 1GB3A 1REXA 4BAPA 4BAFA 4KXIA 2FYDA 2DQGY 4CJ2A 2YDGA 1LZ8A 1YL0X 1LZTA 1C46A 3WW6A 2C8OA 4WM5A 2EQLA 5DN5A 1LZYA 1G7IC 1XSFA 3D3DA 2Z38A 3AGIA 4NHPA 4DDCA 4NSIA 4CFOA 1HEOA 4GCEA 4KPMA 4CGEA 4HJYA 4H94A 1GF4A 1LZAA 2VB1A 1GBZA 2MEBA 4HSFA 207LA 2EIZC 4NHQA 4Z46A 1LHJA 3ULRA 5KXLA 1GF9A 1GFGA 1DI4A 3ZVQB 4RDSA 5KXPA 1HELA 1IWTA 1GAYA 1IWYA 1NBZC 2YBIA 4NSGA 2D6BA 4N5RA 2DQDY 4R6CA 4DD2A 1BB5A 5IHGA 1GB5A 1AT5A 3WPKA 1CKHA 1VDTA 3CSZA 4A7DA 4NGZA 1DI5A 2BQDA 4WOAA 4BADA 3T6UA 1F6SA 1GWDA 5KXZA 1HSWA 4NGIA 4NGVA 2DQFC 1IEEA 1SQ2L 4DC4A 5C6LA 2EKSC 4YM8A 2LYOA 4XJBA 1CJ6A 4NSHA 1GBXA 1RJCB 2BPUA 3CB7A 5B1GA 4WM1A 4LYMA 1V7TA 2FBBA 1LZEA 4B49A 2I26L 3B0KA 1VEDA 3CT5A 2ZYPA 4WG7A 5EBHA 4HJZA 4LT2A 4N9RA 3HBHA 1OUCA 3AW7A 5DN4A 5LYZA 1QSAA 1GB7A 1C10A 3RT5X 1YAQA 1UC0A 1XFPL 2DKVA 4LZTA 4NFVA 1LYOA 1RI8B 2ZILA 3SP3A 3TMVA 5C6JA 1XEKA 2XBSA 4N1CC 4OWEA 1I1ZA 1VDQA 5AMYA 133LA 5HLLA 1LJ3A 1IORA 1XGPC 3B0IA 2BQOA 3WVYA 1LJFA 4IATA 4NGKA 5APCA 5B1FA 2Y8PA 3WXTA 4NGJA 4H92A 3FI7A 4GN4A 1LMAA 1LSAA 2YBNA 5LAGA 5L9JA 4N0JA 4P2EA 1XGRC 3A94A 1RE2A 1YKXX 3ATNA 4H9CA 2G4QA 1B7OA 4NHIA 2BLYA 3WXUA 1BWHA 1JTTL 1OUDA 2BAAA 4ZIXA 2YBLA 1H87A 1HERA 3A93A 5E9RA 1B7SA 3TMUA 1LMQA 3W6AA 4TSBA 1IP3A 2C8PA 5F9XA 4UWVA 1AT6A 1YAPA 1IY3A 1FKVA 2LHMA 4NGYA 3TXHA 2Z12A 1JTPL 4ETAA 4XJHA 4I8SA 4NIJA 4G9SA 1JKBA 3LYOA 5JENB 4LYOA 3A3QA 1LKRA 4N1EI 4H1PA 1F10A 1LKSA 1SLYA 2B5ZA 1IOQA 2ZIKA 3WUNA 2DQCY 3B72A 1AM7A 1IIZA 1GDWA 1NDMC 1JISA 2BQLA 5HQ1A 5KXNA 5B07A 5FELA 4RLNA 1CJ9A 5ILFA 5L3HA 3HBDA 1NBYC 1ZV5L 1QSWA 2W1YA 3VWOA 1D0KA 1HNLA 2A7DA 1HEQA 3AZ7A 5I53A 1LOZA 4IASA 2HEDA 3W6BA 1OUAA 5APFA 1UIDA 2DQHY 4FDYA 3WU7A 4LYBA 1BB4A 1GB6A 1P2CC 4GCDA 5KY1A 1T6VL 4DDAA 3G3AB 8LYZA 4W96A 1OUGA 4GN3A 2X0AA 1GFAA 5LYMA 4HTNA 1GFKA 1BB7A 4UWNA 4WL7A 4DDBA 2Z2FA 3WUAA 2H9JA 4ZEEA 4HP0A 1I56A 5DLAA 1HENA 1B5YA 1JHLA 1GXXA 3B0OA 5F9UA 1WQNA 5D5CA 4Z3MA 1LZ1A 2BQBA 1LJIA 1NDGC 4NWEA 4RLMA 3A34A 1B5XA 1IP7A 6LYZA 1IP4A 4H9IA 4W94A 1LMOA 4WO6A 1IOSA 5KXRA 2BQAA 4NHTA 1TEWA 1WVVA 4PJ2C 3ZEKA 1ZVHL 1IY4A 2D91A 1HHLA 1GAZA 2BQFA 2MEFA 1B2KA 5LVHA 1TBYA 5FDJA 4H8YA 4B4IA 1IWXA 1GFTA 1YIKA 1GFRA 3ZVQA 3A6CY 1IWZA 4U3XB 4HV2A 3TMWA 5KXSA 5KXKA 3QE8A 5LVJA 1QQYA 1WQOA 4BS7A 4ML7A 1YQVY 3A92A 5KKIA 2BQJA 4GLAA 4WLDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LZMA 1LSMA 4EOFA 4KL7A 3GXRA 4J7VA 3FE0A 5B06A 1P5CA 1LLHA 5FCPA 1IP1A 253LA 2FBDA 4YOPA 1NF5A 1QIOA 2HUMA 1BGIA 2IFFY 1B0DA 3WMKA 4DD9A 1TAYA 3M3UA 4LFXA 3GXKA 1JEFA 1LTMA 1L69A 2OEAX 3SB9A 1KY1A 1XEPA 1L94A 1G0JA 1B7NA 1HEMA 3GUMA 183LA 3C83A 4DWXA 1DPWA 3SBBC 261LA 1FBIX 4NG1A 1GE3A 2B74A 2ZYCA 1NQIA 3WU9A 1ALCA 1IP5A 1Z55A 4PGJB 4I7JA 1C6FA 2RAZX 1VATA 3TXFA 1YILA 1LMTA 161LA 118LA 1D0MA 4WM3A 3HWLA 1L0KA 3AZ4A 4LYZA 1L73A 2RB2X 201LA 4H90A 1JWRA 4ETCA 1G06A 1OUIA 4W54A 1DPXA 1HF4A 1GEZA 1YANA 1W6ZA 3LYZA 5C6IA 2LCBA 3HT8A 2B73A 3HT9A 1L63A 248LA 1AKIA 3C81A 2RBRA 1LZ6A 1B6IA 1LYEA 1LI6A 4HV1A 4OWBA 1A4VA 3AB6A 3V2WA 1WVUA 1OWYA 1JJ1A 247LA 1LYIA 4I7NA 3WVXA 1B7RA 115LA 1CU3A 1XEJA 4WLYA 1QS9A 1N4FA 1G07A 3IJUA 2CGIA 1C6BA 1YKZX 4CFPA 1LGXA 1KXXA 1LJGA 145LA 238LA 5FHWA 1D3MA 1C6JA 3N9CA 4UWUA 1DZBX 1UIGA 3M18B 4TSCA 1KW7A 3W3EA 5II3A 1L52A 5LVKA 1IWVA 4EKSA 150LA 5I5QA 4PJZA 2QARC 1VAUA 4GBRB 1T8GA 4YEMA 1CUQA 2BQEA 1UIEA 1I6SA 3WU8A 4XJGA 3QNGA 5IELA 4HPEA 129LA 1G1WA 1RCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4G49 A;  1LSM A;  3K3T A;  3LZ2 A;  4EOF A;  4WLT A;  4GCF A;  4KL7 A;  3GXR A;  2G4P A;  2MEC A;  1CJ7 A;  1TDY A;  2XBR A;  4J7V A;  5I4X A;  3FE0 A;  2F4G A;  2I25 L;  5B06 A;  5LAF A;  2Z37 A;  5KXT A;  5LXW A;  1OP9 B;  2LZT A;  5FCP A;  1IO5 A;  1IP1 A;  4RW2 A;  5FEK A;  4O34 A;  2MEH A;  1GFJ A;  3A67 Y;  1LAA A;  2FBD A;  3A90 A;  3D9A C;  1H6M A;  4YOP A;  3TXJ A;  1NF5 A;  1G7H C;  1QIO A;  4TWS A;  1UIF A;  1BGI A;  1YRO A;  2IFF Y;  1B0D A;  5I4Y A;  4H9B A;  1GF5 A;  5KKJ A;  1MEL L;  3WMK A;  3P68 A;  2LYM A;  4G4H A;  4DD9 A;  3MGW A;  4XJD A;  3A96 A;  4H93 A;  1TAY A;  3A95 A;  3M3U A;  1QDT A;  5B05 A;  4LFX A;  1GXV 2;  3GXK A;  1JEF A;  2MED A;  1LTM A;  2Z2E A;  1QTK A;  4LGK A;  1BVX A;  2HEF A;  5F14 A;  4H9H A;  3TXD A;  5ILC A;  3EBA B;  2BQK A;  1B7N A;  4LYC A;  4WMG A;  1HEM A;  1JKD A;  3A8Z A;  4TX7 A;  4DWX A;  4LFP A;  4MST A;  1DPW A;  1GE4 A;  1LSF A;  1B5V A;  1FBI X;  1NKH A;  1OUH A;  4NG1 A;  2MEE A;  1JPO A;  3WUL A;  1GE3 A;  5IDD A;  1UCO A;  2ZYC A; 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 4LYO A;  3A3Q A;  1LKR A;  4N1E I;  4H1P A;  1F10 A;  1LKS A;  1SLY A;  2B5Z A;  1IOQ A;  2ZIK A;  3WUN A;  2DQC Y;  3B72 A;  1AM7 A;  1IIZ A;  1GDW A;  1NDM C;  1JIS A;  2BQL A;  5HQ1 A;  5KXN A;  5B07 A;  5FEL A;  4RLN A;  1CJ9 A;  5ILF A;  5L3H A;  3HBD A;  1NBY C;  1ZV5 L;  1QSW A;  2W1Y A;  3VWO A;  1D0K A;  1HNL A;  2A7D A;  1HEQ A;  3AZ7 A;  5I53 A;  1LOZ A;  4IAS A;  2HED A;  3W6B A;  1OUA A;  5APF A;  1UID A;  2DQH Y;  4FDY A;  3WU7 A;  4LYB A;  1BB4 A;  1GB6 A;  1P2C C;  4GCD A;  5KY1 A;  1T6V L;  4DDA A;  3G3A B;  8LYZ A;  4W96 A;  1OUG A;  4GN3 A;  2X0A A;  1GFA A;  5LYM A;  4HTN A;  1GFK A;  1BB7 A;  4UWN A;  4WL7 A;  4DDB A;  2Z2F A;  3WUA A;  2H9J A;  4ZEE A;  4HP0 A;  1I56 A;  5DLA A;  1HEN A;  1B5Y A;  1JHL A;  1GXX A;  3B0O A;  5F9U A;  1WQN A;  5D5C A;  4Z3M A;  1LZ1 A;  2BQB A;  1LJI A;  1NDG C;  4NWE A;  4RLM A;  3A34 A;  1B5X A;  1IP7 A;  6LYZ A;  1IP4 A;  4H9I A;  4W94 A;  1LMO A;  4WO6 A;  1IOS A;  5KXR A;  2BQA A;  4NHT A;  1TEW A;  1WVV A;  4PJ2 C;  3ZEK A;  1ZVH L; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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