3WUGA

The mutant crystal structure of b-1,4-xylanase (xynas9_v43p/g44e) with xylobiose from streptomyces sp. 9
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
TATLGELAEAKGRYFGSATDNPELPDTQYTQILGSEFSQITPENTMKWQYTEPSRGRFDYTAAEEIVDLAESNGQSVRGHTLVWHNQLPSWVDDVPAGELLGVMRDHITHEVDHFKGRLIHWDVVNEAFEEDGSRRQSVFQQKIGDSYIAEAFKAARAADPDVKLYYNDYNIEGIGPKSDAVYEMVKSFKAQGIPIDGVGMQAHLIAGQVPASLQENIRRFADLGVDVALTELDIRMTLPRTAAKDAQQATDYGAVVEACLVVSRCVGITVWDYTDKYSWVPSVFPGQGAALPWDEDFAKKPAYHAIAAALN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural perspectives of an engineered beta-1,4-xylanase with enhanced thermostability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase A
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces sp.
total genus 130
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wugA00
1MYRA 1EHNA 3A47A 2EBNA 2O9TA 4ACYA 1GQIA 4OOZA 3AIUA 2AAAA 5DT5A 3HMCA 2JIWA 3GM8A 4MAVA 3WEOA 4UQEA 2B31A 2PWDA 5GPRA 1UWUA 4PMZA 3AQUA 1EOMA 1BGGA 1KXTA 3PN8A 1E4LA 1WKYA 1PX8A 3L4WA 3N18A 1RP9A 4TX8A 4PSPA 1CXIA 1UD8A 2BNJA 1ZL1A 3PZIA 4P7RA 5DO8A 2WAGA 4XZBA 4U5IA 3SUTA 3RPMA 2E8YA 4W7UA 1FH7A 2VX6A 1J9YA 2EXOA 3NIYA 2FHBA 1VFMA 5BXRA 2CHOA 1HJQA 2E40A 1NOWA 4V27A 3WEMA 3VGGA 3NSXA 2BV9A 2ZX5A 3WDJA 1XH0A 2WZIA 3BAXA 4P7NA 1UR8A 3TP4A 3WH5A 1K9DA 1GJUA 5D4YA 1XHGA 1JL8A 3AS3A 3VMPA 1BFNA 4QLLA 4EE9A 3VUPA 2IUZA 2V5DA 3AICA 1PJ9A 3BXWA 3VDCA 4GIAA 5A8MA 1QNQA 3BH4A 3CZGA 1VAHA 1UA7A 3AS2A 4AEFA 3N17A 2F61A 2DDXA 2J77A 3J7HA 2YLLA 4V2XA 1TCMA 5KZ6A 1PIGA 2CKRA 3QHOA 1JZ3A 1BPLB 4CUCA 2BHUA 2D3LA 1W2PA 1ZBKA 4IUGA 1RPKA 1PEZA 4P8VA 3GH5A 1M01A 1SMDA 4WKHA 1TE1A 3SCRA 1AQMA 1CLVA 3AXXA 3FXYA 3BCFA 4ATLA 4H8VA 3NJ3A 3JUGA 2RGLA 5IHSA 2FGZA 3SCNA 2E4TA 3IAPA 1GVYA 4UTFA 1XC6A 3W53A 1QNSA 1CGYA 2QPSA 1DWFM 3HJEA 3ARUA 3CHCA 5BXSA 3BAJA 1RP8A 2PI6A 3WEZA 1CLXA 3ECQA 3ARSA 2EPOA 4X0VA 5M3WA 2OYMA 5FL1A 4HTYA 5IXEA 2D0HA 3BAKA 1MW0A 3K1DA 1UD3A 4XUYA 1UR9A 4BQ4A 4Z2IA 4MTVA 2XIBA 4J27A 4Q22A 4BQ3A 1DWHM 4WJXA 4HPGA 3WF0A 4W5UA 2F8QA 4A3HA 1G0CA 4JCLA 5CGTA 3AS0A 1FFQA 1XYZA 3UESA 2Y8VA 1UH3A 5DT7A 1NARA 3NSMA 4M24A 4QLJA 1E4MM 1GQLA 1ESWA 4FLOA 4AEEA 4PYSA 4CCCA 2CITA 4D72A 1U33A 1R7AA 3WMBA 1HP5A 1A3HA 3WH8A 4DUVA 3WL1A 1QW8A 4AZHA 4Z2GA 4TVDA 4MNKA 3VX0A 1OB0A 3AIWA 5I0DA 5I24A 2XUCA 3W37A 4AISA 5BROA 3TTSA 5HBFA 4URIA 2ZUUA 1WB0A 4HMEA 5D9MA 4AZ7A 2VTFA 3FHAA 3D5HA 3WQ5A 3ARVA 4MB5A 3F4VA 2ZICA 4D6FA 1JZ2A 5I78A 4GPNA 3AIRA 2YA0A 3UG4A 3DYPA 3D3AA 4J3TA 1E6XM 3GNRA 3ZT7A 2GK1A 4M56A 3CMJA 1YHTA 4MJ4A 1GJWA 4DWSD 1TG7A 1PZ3A 4U5KA 1OIMA 5HPOA 2G3IA 4HA1A 1W9XA 4CKQA 4PSRA 2W63A 4EAMA 3ZMRA 1XD0A 2WVUA 1ZBVA 4PMVA 2XVLA 5A6BD 3CZJA 3MMUA 5GNXA 1FOBA 1BSIA 3KEHA 3A4XA 3GXDA 3PHAA 5FL0A 2CNCA 1JAKA 1J0YA 1VFUA 1X6NA 5JBEA 2X0YA 3LPPA 3T0AA 5F7UA 3OIHA 4X9YA 2X09A 5E0CA 3BSGA 4GI9A 3VMOA 1H4PA 1KBKA 4HZ6A 1OGBA 5JBFA 4OBRA 1ITXA 4UZSA 3B9AA 3VIKA 4RL3A 1E4NA 5AY7A 3CZKA 5CSYA 3L4YA 5BXTA 1CXEA 4R27A 1E6SM 2WKGA 4YHEA 3T2OA 1H0GA 1Q6EA 2WVSA 4DM1A 5ABGA 3SCVA 3ARRA 3VKKA 1QNOA 1ZBWA 3ALFA 1PZ2A 4LYRA 1H11A 2C0HA 2XM1A 4B15A 2O92A 3BAYA 2GJPA 3QR3A 3VNZA 1QVBA 2G8ZA 4NRSA 3AIBA 1V3MA 1HNYA 3KE0A 5EMYA 2VJXA 2D23A 1QI3A 1K9TA 4M8UA 3M6DA 4W85A 3VGFA 2OLHA 3TTYA 3BMVA 1UKPA 2J7EA 1D3CA 3VU2A 1JF6A 4CD8A 1D2KA 1C7SA 3FY1A 1GHSA 2C7FA 5I3DA 4WLCA 1E55A 1HF6A 1V6XA 2D20A 3ARZA 1X1NA 1HKIA 1U2YA 1VFOA 4AZIA 1JDDA 1BGAA 3LMYA 4DUWA 1EQCA 2YA2A 5A8NA 5E09A 4UCFA 2J8FA 1LL6A 2ZX6A 2QV4A 1W3LA 1UQYA 2G3NA 1GONA 4AD3A 2XIIA 1B3WA 3L4UA 3WQVA 2DT3A 2D0FA 2YIHA 2AOSA 5A95A 1B30A 2GVYA 5CQ1A 2YL9A 1BYBA 2XVGA 2VT0A 2D2OA 1WDQA 1HP4A 5TD4A 3VIGA 3WY1A 4ZENA 2CKSA 3VM5A 3WELA 1JZ5A 2VURA 2JF7A 3WQWA 2WNWA 4PMOA 2J7HA 2XFFA 4PMUA 1WNOA 2W62A 3T2QA 1H0IA 2ZUMA 1H49A 1B3ZA 3GXIA 3KWXA 4PEEA 1AQHA 1BYDA 1KWKA 1JGIA 1W9UA 3VILA 3AHVA 2WZEA 4D6EA 3MO4A 1EGZA 1CEOA 2HVMA 3IJ8A 1M03A 4JFWA 1M04A 4W86A 1US3A 1W1YA 4CCEA 1UKOA 4YN5A 2NT1A 4AZCA 3S6TA 2EO7A 3L2MA 1KGXA 2DSWA 5KEZA 1TMQA 2CETA 4UFKA 2CHNA 3A4AA 1E70M 2FHCA 2VX5A 2DEPA 4JAWA 3VO0A 3SUVA 2C8NA 2WZHA 5ABFA 2DIEA 1B1YA 1VF8A 5A8OA 3U7BA 4Z2LA 2XHYA 4IISA 2J79A 1OGGA 5ECUA 1VRXA 2YBTA 2AMGA 1DTUA 3CHEA 4JFTA 4S3JA 1V0MA 5D9NA 4D1JA 2VCAA 3GXFA 2ZXAA 4H04A 1WO2A 5D9OA 3G6LA 1VJZA 2BY1A 4XX6A 3GBDA 2J75A 2PWHA 5E70A 3PZQA 3SCTA 4HA4A 3RM8A 4D6DA 5A94A 1MQQA 5HDRA 2CBIA 2CCRA 4D1IA 4MB1A 1UZ4A 3NYDA 3F5JA 1E15A 3K8LA 1XGZA 1B90A 4FLRA 2UWFA 1UR2A 3SUWA 1ITCA 1I75A 1ZJAA 3U57A 1B3XA 4J7RA 2G3MA 2DQXA 1E6NA 2WCAA 4JKMA 4FLQA 1XH2A 2ZWZA 4PMRA 4CU8A 3T0DA 4KWUA 1E0VA 3UR7A 3WDIA 1K6AA 3TA9A 1GQJA 3VDHA 1EOKA 1KB3A 3APGA 2UY4A 2XFYA 4NRRA 1C3FA 2WCSA 3WIJA 2XG9A 5A6LA 3W25A 1BVZA 2DSUA 2PBOA 3LPOA 4LYPA 4N42A 1FH8A 1HJSA 2X05A 5C71A 1B9ZA 3E1F1 4FMVA 3HN3A 4OIFA 4IM4A 4MNMA 3CHDA 3RILA 1MQRA 3WUFA 1QBAA 5FOOA 1MFVA 1Z32X 4HPHA 1G5AA 5A6KA 4W87A 4WK9A 2CXGA 5E0FA 2XSBA 1V3JA 4X0NA 5AYBA 3AMCA 1UKSA 3N13A 1WZMA 4W8BA 8CGTA 4UOJA 1B31A 1MXGA 2XSAA 1BYCA 3UCQA 4FF5A 1GOQA 5CG0A 2RGMA 1E72M 1R8LA 1H3GA 4TXEA 1GW1A 1OGSA 3MSGA 2OWWA 4M81A 1WE5A 2X0HA 1DWGM 1UUQA 5EB8A 3OLDA 3CLWA 5I5RA 3VD3A 1W1TA 2BHYA 1NOFA 4J3SA 3CZLA 2CERA 1QW9A 2CPUA 3W24A 2Z1SA 4Z2HA 3EDDA 5CSUA 3ZJ6A 1OM0A 2VRQA 4TX6A 4MB4A 2WANA 4NZCA 4CN6A 4NI3A 2VZTA 4TTUA 3WF3A 3VGBA 1ZS2A 3MSDA 3IK2A 5ABEA 2DT0A 1LQ0A 4A3YA 2TAAA 1R7OA 5IHRA 1SYTA 3GTNA 2YA1A 3VGEA 1PAMA 2ZOXA 1IZKA 3BSHA 4YPJA 1UOKA 1ISXA 5DEZA 2Y5EA 3N11A 4AIEA 4JL2A 2BHZA 2BY2A 3GH7A 1OSEA 3SCOA 1VEOA 4JCMA 2DT2A 2YDQA 2D24A 3AMLA 1S46A 1U30A 4DWSB 1PBGA 2W5FA 1VBRA 3EDKA 5FD0A 4HP5A 1KXHA 1HVXA 4FLSA 3VD5A 3O9NA 2V3DA 4GXPA 4DWSA 1LWHA 4MDOA 5AYIA 1V6WA 1KGWA 1UWRA 1C7TA 4KRTA 3U5UA 3WD0A 1GUVA 3W27A 1HT6A 4GQRA 2XM2A 5HOSA 4LYQA 3THCA 1IZJA 5GQBA 2QMJA 3BGAA 1CXLA 3GXMA 4P7QA 5A6BA 4F9JA 3DYMA 1WAWA 5LA2A 4D6HA 3UR8A 1CXKA 3CH9A 3SUSA 1E0WA 2HISA 3NUKA 6CGTA 3AMDA 2DT1A 1L0PA 9CGTA 1XYFA 4NF7A 2G3JA 2Z1KA 3ZR5A 1ZBCA 2NT0A 1JDCA 4ZXOA 5CPTA 1W9BM 1CDGA 4KGJA 1FHDA 5JIWA 8A3HA 4UQCA 4GO9A 3PTKA 3VPLA 2QLYA 1JD9A 3SIMA 1J0JA 1NM9A 1EIBA 1LWJA 1G01A 3LPGA 3WQ4A 2WVVB 4IPLA 2Y8KA 4AXNA 1ISZA 1MQPA 2VNCA 3GNOA 1GOOA 1G94A 2EQDA 3AMGA 4PMDA 2FHFA 1JNEA 2E3ZA 1J0ZA 4PBGA 1LL7A 2J78A 3WD1A 4GI8A 1UHVA 3EMZA 4K68A 1VB9A 5A6SA 1E71M 2WVVA 2XGIA 3RM4A 3MMDA 2PC8A 1C8XA 4QP0A 3VD4A 2GK1B 3AIQA 3AXHA 3AHTA 4BQ2A 3KZSA 3CPUA 4UQAA 2J7CA 3WUBA 4OOUA 2Y24A 4BF7A 2VRKA 2VR4A 4PRWA 3QGVA 2W66A 2QF8A 1LL4A 3OZPA 1JFHA 3I3DA 5A2AA 1ZB5A 3ZT5A 1M53A 1V0LA 5IDIA 4ZFMA 1R87A 3BLPX 1JI2A 1BG4A 1HJVA 2BVDA 2EPKX 3FAWA 7A3HA 1JYXA 2QPUA 4JHOA 1H41A 1W32A 2DPEA 1QI2A 3OZOA 2DSKA 2WWDA 3IANA 4EKJA 4A4AA 3M7SA 3WH9A 2OSXA 2BVTA 2OYLA 1B0IA 3B9EA 2O9RA 4C7DA 1KXQA 7CGTA 2EPNA 1BG9A 3ZJKA 1UR4A 1C90A 1NWTA 1XSJA 4PN2A 1E4IA 4BCEA 1V3HA 4L4OA 4Q7NA 3VGDA 1J11A 1V3IA 1XV8A 3AXIA 3PTQA 1FP8A 4W84A 1E5JA 5A69A 1MFUA 3AIEA 4AD2A 4NSBA 6TAAA 3SCSA 1D7FA 1UD5A 3TTOA 3VIIA 4ZE5A 3BCDA 5BWFA 1CGUA 3U5YA 3BMWA 3SEPA 2UY5A 2XWDA 2JEPA 2W92A 4LX4A 1V6YA 3VX1A 4ATWA 1WPCA 2PWFA 5FCZA 1MWOA 2WB5A 3AHZA 3W4RA 2J25A 3WN6A 3ARQA 5AC5A 3L4TA 3G6MA 2J7GA 3SURA 1C93A 5E6ZA 1CNVA 3S2CA 4C7FA 3DYOA 4CD4A 3VIHA 1HJXA 2FGLA 4PMNA 1FFRA 1ODUA 4H41A 3RO8A 1EDGA 1PPIA 1WDRA 3DHUA 3WMCA 1WZLA 2CEQA 1UA3A 2BXZA 2JALA 1UWTA 3PZGA 5D8WA 4EANA 3W6LA 4GQQA 1B3VA 4RE2A 4D6CA 1O6IA 2YDSA 1E6ZA 2ZXBA 4UOZA 5EBAA 2VRJA 4F8XA 1P6WA 3WUGA 4QAWA 4U33A 3VM7A 3AHYA 2J62A 4TOQA 1GOKA 4E8CA 3L4ZA 1TVNA 4HZ7A 1VEMA 1KQZA 2J7FA 3OG2A 1NWSA 2WBGA 1W91A 2VQTA 1TZ7A 3EDEA 4OKDA 1EH9A 2GSJA 3AIVA 3VINA 3ARXA 5A8QA 1TA3B 6A3HA 3PZUA 4AMCA 5IFPA 1W3KA 4C7GA 2YL5A 3WDHA 3AS1A 3KL0A 3GYCA 2W61A 1ISVA 3WNKA 3F5LA 4JIEA 4R5EA 5I2UA 3AYRA 1CWYA 2JEQA 4GZIA 3SCQA 2E9LA 3ZSSA 1J0HA 1TA3A 2EJ1A 4UFHA 4H2CA 2WMFA 4HOWA 1JIBA 4PTMA 4WF7A 3WD2A 1QI4A 5CLTA 1GORA 4UZUA 1KGUA 1E56A 2YLAA 5HPCA 2WMIA 1RD6A 4D71A 3UG3A 3CUIA 4AW7A 3I3EA 4TVCA 1BHGA 2WBKA 4W8LA 3WBAA 3WDRA 2BFGA 5HXMA 4Z2JA 1E1FA 4GKLA 5CZKA 3VD7A 4AZ6A 1DEDA 3AOFA 3VIMA 3N04A 3OGVA 1ZU8A 4UQBA 1WP6A 4UQDA 3MUY1 4N0RA 1QHOA 4U2YA 1GPFA 1QNRA 4AZCB 1W2VA 1GOWA 1LG1A 4ZEPA 2VMFA 3THDA 1H09A 5A2BA 3CUHA 4PCTA 3A3HA 3OLIA 1KR0A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MYR A;  1EHN A;  3A47 A;  2EBN A;  2O9T A;  4ACY A;  1GQI A;  4OOZ A;  3AIU A;  2AAA A;  5DT5 A;  3HMC A;  2JIW A;  3GM8 A;  4MAV A;  3WEO A;  4UQE A;  2B31 A;  2PWD A;  5GPR A;  1UWU A;  4PMZ A;  3AQU A;  1EOM A;  1BGG A;  1KXT A;  3PN8 A;  1E4L A;  1WKY A;  1PX8 A;  3L4W A;  3N18 A;  1RP9 A;  4TX8 A;  4PSP A;  1CXI A;  1UD8 A;  2BNJ A;  1ZL1 A;  3PZI A;  4P7R A;  5DO8 A;  2WAG A;  4XZB A;  4U5I A;  3SUT A;  3RPM A;  2E8Y A;  4W7U A;  1FH7 A;  2VX6 A;  1J9Y A;  2EXO A;  3NIY A;  2FHB A;  1VFM A;  5BXR A;  2CHO A;  1HJQ A;  2E40 A;  1NOW A;  4V27 A;  3WEM A;  3VGG A;  3NSX A;  2BV9 A;  2ZX5 A;  3WDJ A;  1XH0 A;  2WZI A;  3BAX A;  4P7N A;  1UR8 A;  3TP4 A;  3WH5 A;  1K9D A;  1GJU A;  5D4Y A;  1XHG A;  1JL8 A;  3AS3 A;  3VMP A;  1BFN A;  4QLL A;  4EE9 A;  3VUP A;  2IUZ A;  2V5D A;  3AIC A;  1PJ9 A;  3BXW A;  3VDC A;  4GIA A;  5A8M A;  1QNQ A;  3BH4 A;  3CZG A;  1VAH A;  1UA7 A;  3AS2 A;  4AEF A;  3N17 A;  2F61 A;  2DDX A;  2J77 A;  3J7H A;  2YLL A;  4V2X A;  1TCM A;  5KZ6 A;  1PIG A;  2CKR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FNP A;  2FPV A;  1Z89 A;  1E6N A;  2YCL B;  2WCA A;  3ENL A;  4HCL A;  1U1J A;  1GEH A;  2DU2 A;  2ZWZ A;  3SY8 A;  3LBM A;  1V93 A;  1IXN A;  3G1D A;  1ICQ A;  3TA9 A;  2UY4 A;  3SO7 A;  5A6L A;  3F2B A;  3W25 A;  1D9E A;  3LPO A;  1SU5 A;  4QE5 A;  4JHM A;  1HJS A;  1YXC A;  3RCY A;  3NO5 A;  3CHD A;  3U0H A;  1MQR A;  1MFV A;  1Z32 X;  1TKK A;  4HPH A;  1G5A A;  5A6K A;  3KDN A;  4X0N A;  4DBW A;  4AMA A;  1AD4 A;  1WDW A;  3CIX A;  8CGT A;  2EHH A;  3LCI A;  2FJU B;  3UCQ A;  1RD5 A;  4FF5 A;  1GOQ A;  1I0B A;  3PPH A;  2RGM A;  1E72 M;  3LGD A;  5XIN A;  1H3G A;  3TQ0 A;  3WZ0 E;  3MSG A;  4XUG A;  2OWW A;  4N4Q A;  3BWW A;  3IEB A;  4DUO A;  4K8E A;  2PDP A;  1K8Z A;  2ACS A;  5I5R A;  4EPK A;  5AHI A;  3W70 A;  3E2R A;  3S1W A;  3RN6 A;  2QGH A;  4F0S A;  3VKB A;  3NWR A;  4RZ6 A;  1XBV A;  1A5O C;  4J3S A;  3T40 A;  3EXR A;  1UP2 A;  2CER A;  4EPB C;  4JX4 A;  4A05 A;  2BB0 A;  2Z1S A;  3ZJ6 A;  1SZF A;  4MB4 A;  4E3T A;  5HJX A;  2WSQ A;  3ITV A;  4NZC A;  3H7U A;  3WF3 A;  2ZZ1 A; 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