3WUMA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Grease matrix as a versatile carrier of proteins for serial crystallography
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wumA00
1LHIA 5IELA 5HNCA 2BQJA 2BQBA 1LOZA 1NQIA 1QDTA 1REZA 3WUMA 1IOSA 1KIPC 1GDXA 1GDWA 1F6RA 3IJVA 1C43A 4NSHA 4LYTA 1RI8B 3WXUA 3A34A 1UIAA 1GB6A 5KXTA 3TXJA 4YEMA 1OUAA 5A3ZA 1LYZA 3ULRA 1PZYA 1G7IC 3A94A 1FLYA 1GB8A 1LSGA 5HMVA 2F30A 2IFFY 2FYDA 1DI4A 2FYCA 4DC4A 1D6QA 4DT3A 4TX7A 3W6EA 3ATNA 1HEPA 4P2EA 135LA 5DLAA 2HEFA 1XGUC 2XBRA 4EMNA 2LYOA 4ML7A 1HEQA 4WLDA 1CKFA 1GXV2 5F16A 2I26L 3WPKA 4H9IA 3OK0A 3D9AC 3T6UA 1LAAA 2HUBA 1HMLA 1GF7A 1YKYX 3IWRA 4J7VA 4LFPA 4OWHA 3WW5A 5LVGA 1GBZA 1IP7A 5LYMA 1LTMA 1NF5A 1TEWA 3TXEA 1LZTA 1IWXA 2CDSA 4DD0A 1JITA 5LAFA 3GXRA 2ZNWY 133LA 3A8ZA 3HBEX 1GFJA 4H9BA 3TXFA 4B4JA 1B7MA 1IP3A 3F6ZA 1WQPA 4G9SA 1LJKA 4IATA 4NHSA 1YROA 4H8ZA 4YENA 4DD7A 4PGJB 4W94A 1B5XA 3AZ7A 2XJWA 5LVIA 4NG1A 4WLTA 1IP6A 5F9XA 3EMSA 3WU9A 1RCMA 4NGLA 4UWNA 4XJGA 1GE3A 2EQLA 3AZ6A 1HEWA 3WPJA 2BQOA 1LHMA 1GBXA 1IEEA 4XADA 4N5RA 2MEIA 1I1ZA 1VAUA 4BS7A 5A3EA 4H9CA 1UIBA 6LYZA 1LSMA 5I4WA 1IVMA 1E8LA 1DI3A 4ETAA 1B7PA 3TXGA 1B5UA 3G3AB 1UC0A 4GCEA 1LZ9A 5I53A 1GAYA 1IY4A 1CKHA 1KIRC 1LJNA 4H92A 3HBHA 3AGIA 5IHGA 3AZ5A 4H1PA 1GE2A 1EQ4A 4NWHA 1JSEA 1A4VA 3LYZA 4HJYA 2I6ZA 3LYTA 4RW2A 1JKBA 1NHEA 1IC5Y 1A2YC 1LZSA 1AT6A 4HP0A 4CJ2A 1CJ6A 4R6CA 1HHLA 3OJPA 1FDLY 1LZAA 3B0KA 1QDRA 4WL7A 4DYGA 4I0CA 1GF3A 2ZYPA 3A92A 4DDAA 1B7NA 2YBJA 1UUZC 3WL2A 2BQMA 4L41A 3WU7A 5LYTA 2IHLA 2F4AA 4DD9A 4PRUA 4NWEA 4U3XB 2YBIA 2LYZA 1LZ1A 1G7MC 4NGVA 2LZ2A 193LA 2C8PA 3ATOA 2EKSC 1F10A 3N9AA 4GCBA 1GB7A 3WMKA 1IWVA 1NWGA 1TAYA 1LMAA 1CJ7A 1JTTL 1XSFA 5DL9A 2CGIA 2BQDA 4LGKA 4G49A 5HNLA 9LYZA 5KXXA 1IWYA 1WTNA 1LMCA 1GFUA 1LSEA 1P2CC 2HEAA 3A93A 3AJNA 4HPIA 1LZRA 4ZEEA 5C6JA 1HFYA 2G4QA 1BQLY 1T6VL 1GE1A 4NIJA 1UACY 1RFPA 1B7LA 5LVJA 1DI5A 1HENA 4B49A 1QUTA 4IJ4A 1B7RA 1LJ3A 5KXPA 4AGAA 3M18B 3AW7A 207LA 4WM3A 1QTKA 2FBBA 1GXXA 1D6PA 5I4XA 1LSAA 3CT5A 4LT2A 4CHXA 4LYOA 1QTEA 3WUAA 1LMTA 1XFPL 4NHPA 3TMXA 2RSCA 4NGOA 1XEIA 1VDTA 4IASA 1OUHA 4ANRA 1D0LA 1YL0X 1B5YA 5F14A 3TXBA 2MEAA 3J6KA 4H9AA 1J1OY 4BADA 5B05A 1O23A 1GFEA 1NDGC 1JTPL 1UA6Y 4WL6A 5E4PA 2D91A 3FI7A 1LZYA 1C7PA 1JISA 4OWBA 1FLQA 1FN5A 4QEQA 2DQHY 1KXYA 1JKCA 3D3DA 3RW8A 2XBSA 4B0DA 4NG8A 4DDCA 5KKJA 2BQAA 3BKHA 3CT1A 4WO9A 1REMA 2XTHA 1UIGA 3B0IA 1RE2A 1GF6A 5T3FA 1LJ4A 1UBZA 1JJ3A 1VATA 1BGIA 1UIHA 2MECA 2W1YA 3TMUA 4I8SA 2BQIA 2BQKA 4QGZA 2DQDY 5AMYA 3CSRA 2DQJY 1GFTA 1F6SA 2DQCY 1W6ZA 1UIDA 4XENA 2X0AA 2YSSC 4NSJA 1B5ZA 5L3IA 3MGWA 2BQNA 2Z2EA 1DKJA 1NDMC 2H9JA 2Z37A 1JJ0A 1PS5A 1B5WA 1CNSA 2ZIJA 3N9CA 1LJEA 2BPUA 1LSYA 3B0OA 1D9UA 2Z2FA 1IX0A 3A91A 1GBWA 4BAFA 1DXJA 2C8OA 4FDYA 1DPXA 1NKHA 1XEJA 4UWVA 4WM4A 4TSBA 4DD2A 4QY9A 2ZYCA 4DD1A 1B2KA 2MEEA 1XEKA 4A7DA 4LYCA 1HSWA 1HC0A 1SQ2L 5KXKA 1LSBA 5D5CA 2Z39A 1AKIA 1YQVY 1G7JC 1VDQA 2BQCA 1GB5A 3TXIA 2W1XA 4RLNA 1MELL 1OUGA 1TDYA 1B7OA 1HFXA 4MR1A 4W96A 1VDPA 1B0DA 5KXZA 3QY4A 4ET8A 5F9UA 1IOQA 7LYZA 5FDJA 5LIOA 4XJIA 5LXWA 1OUIA 1HMKA 1TCYA 5LA8A 4CFOA 4ETBA 3WYHA 1GB9A 1NBYC 5EBHA 1GFKA 2VB1A 2Z38A 1HELA 4CGEA 1AM7A 1HFZA 4NHTA 1QQYA 1GF5A 2CWIA 2ZQ4A 4O34A 1IOCA 5IDDA 5C6IA 4UWUA 4MCKA 1LZ4A 3ZVQA 3BKVA 4LT0A 3EXDA 2LYMA 1G7HC 3LYOA 1YAQA 4H91A 4GN4A 4NHIA 1IWUA 2F2NA 3A96A 4D9ZA 1ZVHL 4N9RA 1KXWA 4N1EI 5L3HA 153LA 1H87A 1IP4A 1B5VA 1XGPC 4J1AA 5KXOA 1NBZC 2HECA 2ZQ3A 3AGGG 5II3A 4LYZA 1BVKC 1JTOL 4NGKA 4XJDA 3B72A 4G4HA 3HFMY 4XN6A 4Z98A 5KXYA 5DN5A 1LZDA 5KXNA 3TXDA 3W6FA 4AXTA 1LJGA 3E3DA 1LHKA 3P65A 1GWDA 1LJJA 3P66A 4WOAA 5I54A 2MEFA 4LZTA 1DKKA 4OW1A 1YAOA 3W6CA 1BB5A 1B9OA 4NSIA 4HJVA 2B5ZA 3CSZA 3QNGA 2NWDX 4GCFA 4ETCA 1CKGA 1WQMA 1CKCA 1QSWA 5KJ9A 2ZIKA 3IJUA 1C46A 4H9FA 2EPEA 4II8A 2G4PA 1XGQC 1WQOA 1LHLA 1QUSA 2BQEA 4LT1A 3TXHA 4ET9A 1LZ8A 1YAPA 3A3QA 1JWRA 4HSFA 5APCA 1T3PA 4H8XA 3WXTA 1LSNA 4GN3A 1EQ5A 2BQGA 1LMOA 1QIOA 1QSAA 2ZWBA 3CSQA 1XGTC 1GF4A 1OP9B 3EO5A 1IC4Y 1UIFA 3P64A 3P68A 4XJBA 4TSCA 4NGYA 1J1XY 1XGRC 2LZTA 3AZ4A 3W6AA 1C08C 2FBDA 1GEZA 4HTKA 4PRQA 2HEEA 3RZ4A 2CJLA 5FELA 4FJRA 5LA5A 5KXMA 4NHQA 3LZTA 1LJFA 6LYTA 5HLLA 1DPWA 1GF0A 1OQMA 1MLCE 5D5FA 2BLYA 5B07A 3WW6A 208LA 4OWEA 4B4EA 1KXXA 5B06A 5FEKA 4Z46A 1ZMYL 5LVHA 5E9RA 3LZ2A 3P4ZA 2BQHA 2DQAA 2YBHA 4WG1A 3WH1A 5KY1A 1LJIA 1IR7A 4H9HA 1LYYA 4NFVA 1ALCA 1IIZA 1HEMA 4KL7A 1OUEA 1IP2A 3M3UA 1OUJA 5K7OA 1GBYA 3K3TA 4Z3MA 2Y8PA 2ZNXY 3A6BY 4CFPA 5LINA 3RT5X 1IY3A 1BB7A 1LMQA 5L9JA 1JHLA 2G4NA 4H90A 2HU3A 1GFGA 4WO6A 3AW6A 5C6LA 2DQFC 1BHZA 2HEDA 3CT0A 1F0WA 5J7CA 4DDBA 4NGZA 4RW1A 4GCDA 1GFHA 1IC7Y 4LT3A 4N0JA 1OUDA 4WM2A 4ZIXA 2DQIY 1LZCA 1YL1X 1LSPA 1IR9A 3HBDA 4PHIA 2MEDA 1IWWA 3A95A 1YANA 2H5ZA 1BB6A 1N4FA 2HTXA 2N5ZA 1YAMA 4OWCA 4OOTA 1GFRA 1GFVA 3ZVQB 4BAPA 1LSDA 1Z55A 4KXIA 4NGIA 4B4IA 5ILCA 5F81A 5DN4A 4OOOA 2HU1A 1JKAA 4R0FA 1WQQA 1YKXX 2LHMA 1AZFA 1BB4A 2EIZC 1FLWA 4HV2A 4TTDA 4ETDA 1I56A 1LZEA 2Q0MX 4HJZA 4LYMA 1LMNA 4YEOA 3W6BA 4RLMA 2DQEY 1LZ5A 1BWIA 3N9EA 1YILA 5LYZA 3TXKA 4GN5C 5FHWA 1LKRA 4MSTA 1IWTA 4NGWA 3T36A 1IR8A 1VFBC 4C5FA 4WLYA 4WM6A 2DKVA 3CQLA 1WVUA 2MEGA 4HPEA 3WULA 134LA 5KXSA 1OUBA 4DD3A 1FLUA 1LKSA 4EOFA 4WM5A 4G4CA 1REXA 2W1MA 5ILFA 1LSFA 1GB0A 4RDSA 1LMPA 1WQNA 5FSTA 3W3EA 1IP1A 1KIQC 4E3UA 1REYA 5LVKA 1GF9A 3EBAB 1WVVA 1LZNA 1LSZA 2A7FA 4PPOA 5LAGA 4M6DA 2BAAA 4TWSA 3WPLA 4YM8A 3ZEKA 2YVBA 4X3BA 4WMGA 3J4GA 1UCOA 5KXRA 1FBIX 3LN2A 3G3BB 5KKIA 5B1GA 2MEBA 4C3WA 1LHJA 2D6BA 1GD6A 4GLAA 3A3RX 1B7SA 132LA 4YF2A 1HSXA 1GPQC 1J1PY 1ZVYB 4H93A 4YOPA 5APFA 3RNXA 1LPIA 1TBYA 2ZILA 1GEVA 1H6MA 2Z18A 4HTNA 1C10A 1D0MA 4N1CC 2W1LA 1FKVA 3WU8A 1IWZA 1C45A 5JENB 1OUCA 2BQFA 4HV1A 3CB7A 4TUNA 3AYQA 4H94A 5I5QA 1WTMA 5I4YA 1BVXA 2DQGY 1UICA 4H9EA 1EL1A 1INUA 5DM9A 1LCNA 4LFXA 1UIEA 2BQLA 4PJ2C 2YBNA 4Z41A 2AUBA 1VDSA 1JJ1A 4M4OA 4WM1A 5KXLA 1V7SA 1IO5A 1LSCA 1JSFA 3QE8A 4KT3A 5HMJA 1OUFA 1ZV5L 3WUNA 3LYMA 4H8YA 1DQJC 1LJHA 3AGHA 2Z12A 1CKDA 1JEFA 1GHLA 1GF8A 2A7DA 1YIKA 1VEDA 1LZGA 1SLYA 2YBMA 4WG7A 4DWXA 5KXWA 2F4GA 3AB6A 1GAZA 1LYOA 1V7TA 3VWOA 1EQEA 4GCCA 1HNLA 2H9KA 1GE4A 1HEOA 2MEHA 2YDGA 5FCPA 2D4KA 1IP5A 1HERA 1B7QA 1D0KA 1LHHA 1NMMA 5APEA 1WQRA 3FE0A 4XYYA 154LA 3LHMA 3A6CY 2D4JA 1CJ8A 1G7LC 4NGJA 3W6DA 5M1YA 3KAMA 3SP3A 5HQ1A 1AT5A 4HTQA 1FKQA 1JKDA 5APDA 1JUGA 2D4IA 1GBOA 8LYZA 1GBSA 4N8ZA 4NEBA 3B6LA 2Z19A 1LZ6A 1IORA 4ETEA 4XJHA 1CJ9A 1JPOA 2PC2A 1GFAA 4KPMA 4OWAA 4WLXA 1HF4A 5B1FA 2WARA 1DZBX 3TMWA 1W08A 1BB3A 4QDNA 3WVXA 2YBLA 3RU5A 2HEBA 4J1BA 4NY5A 1YKZX 2I25L 1LYSA 1GB2A 2BLXA 5B59A 4B1AA 4GLVA 4ZFPA 2GV0A 1IOTA 1RJCB 1LZBA 1GE0A 194LA 3A90A 4G4BA 4XJFA 3GXKA 1JIYA 4NSGA 3WVYA 3TMVA 4J0LA 1GB3A 1BWJA 2DBTA 1BWHA 1I20A 4LYBA 3A67Y
chains in the Genus database with same CATH superfamily
226LA 235LA 2BQJA 1REZA 3WUMA 1CX7A 1K28A 1GDWA 4NSHA 3IJVA 3WXUA 1RI8B 1UIAA 1GB6A 2B72A 4YEMA 1L83A 1PZYA 3C7ZA 1FLYA 1C6MA 2FYDA 1DI4A 3GUPA 4K5YA 4TX7A 1HEPA 4P2EA 135LA 3SB9A 3WW5A 1GF7A 5LVGA 3DN1A 5LYMA 2CDSA 4H9BA 1B7MA 1WQPA 4NHSA 4W94A 2XJWA 4NG1A 4WLTA 5F9XA 3EMSA 2HUMA 1LYFA 2EQLA 1LHMA 1IEEA 1L51A 162LA 1QT8A 1VAUA 4H9CA 1LSMA 1P2RA 3DN8A 1UC0A 1GAYA 2RBSA 1L02A 3HBHA 1QUOA 1EQ4A 1KY1A 3LYZA 4CJ2A 4EPFA 1C6NA 1CJ6A 1P2LA 1NHBA 3B0KA 3HTBA 4DYGA 1L12A 2ZYPA 1L47A 175LA 3WU7A 4PRUA 1G7MC 2RH1A 193LA 3ATOA 3N9AA 1L63A 1T8GA 110LA 1NWGA 1TAYA 1LMAA 1CJ7A 1XSFA 1G0QA 1WTNA 4ZEEA 1HFYA 2G4QA 1DYBA 227LA 1P5CA 4ARQA 1B7RA 3AW7A 1D2YA 5I4XA 1T6HA 4LT2A 244LA 4CHXA 1QTEA 3TMXA 1D0LA 1YL0X 2F32A 1B5YA 4H9AA 4BADA 1J1OY 1L71A 1L60A 4WL6A 253LA 1C7PA 4QEQA 1C6AA 7LZMA 2BQAA 5T3FA 1L05A 3HH5A 1XEPA 142LA 2MECA 1L80A 4QGZA 1L44A 2DQDY 1JTMA 3CSRA 152LA 1G0LA 1F6SA 4XENA 2X0AA 1B5ZA 2BQNA 1DKJA 151LA 239LA 3OE6A 1LJEA 2Z2FA 1GBWA 4BAFA 1DXJA 2C8OA 103LA 4FDYA 4GRVA 4DD1A 2NTHA 1D2WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LHI A;  5IEL A;  5HNC A;  2BQJ A;  2BQB A;  1LOZ A;  1NQI A;  1QDT A;  1REZ A;  3WUM A;  1IOS A;  1KIP C;  1GDX A;  1GDW A;  1F6R A;  3IJV A;  1C43 A;  4NSH A;  4LYT A;  1RI8 B;  3WXU A;  3A34 A;  1UIA A;  1GB6 A;  5KXT A;  3TXJ A;  4YEM A;  1OUA A;  5A3Z A;  1LYZ A;  3ULR A;  1PZY A;  1G7I C;  3A94 A;  1FLY A;  1GB8 A;  1LSG A;  5HMV A;  2F30 A;  2IFF Y;  2FYD A;  1DI4 A;  2FYC A;  4DC4 A;  1D6Q A;  4DT3 A;  4TX7 A;  3W6E A;  3ATN A;  1HEP A;  4P2E A;  135L A;  5DLA A;  2HEF A;  1XGU C;  2XBR A;  4EMN A;  2LYO A;  4ML7 A;  1HEQ A;  4WLD A;  1CKF A;  1GXV 2;  5F16 A;  2I26 L;  3WPK A;  4H9I A;  3OK0 A;  3D9A C;  3T6U A;  1LAA A;  2HUB A;  1HML A;  1GF7 A;  1YKY X;  3IWR A;  4J7V A;  4LFP A;  4OWH A;  3WW5 A;  5LVG A;  1GBZ A;  1IP7 A;  5LYM A;  1LTM A;  1NF5 A;  1TEW A;  3TXE A;  1LZT A;  1IWX A;  2CDS A;  4DD0 A;  1JIT A;  5LAF A;  3GXR A;  2ZNW Y;  133L A;  3A8Z A;  3HBE X;  1GFJ A;  4H9B A;  3TXF A;  4B4J A;  1B7M A;  1IP3 A;  3F6Z A;  1WQP A;  4G9S A;  1LJK A;  4IAT A;  4NHS A;  1YRO A; 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 1UIE A;  2BQL A;  4PJ2 C;  2YBN A;  4Z41 A;  2AUB A;  1VDS A;  1JJ1 A;  4M4O A;  4WM1 A;  5KXL A;  1V7S A;  1IO5 A;  1LSC A;  1JSF A;  3QE8 A;  4KT3 A;  5HMJ A;  1OUF A;  1ZV5 L;  3WUN A;  3LYM A;  4H8Y A;  1DQJ C;  1LJH A;  3AGH A;  2Z12 A;  1CKD A;  1JEF A;  1GHL A;  1GF8 A;  2A7D A;  1YIK A;  1VED A;  1LZG A;  1SLY A;  2YBM A;  4WG7 A;  4DWX A;  5KXW A;  2F4G A;  3AB6 A;  1GAZ A;  1LYO A;  1V7T A;  3VWO A;  1EQE A;  4GCC A;  1HNL A;  2H9K A;  1GE4 A;  1HEO A;  2MEH A;  2YDG A;  5FCP A;  2D4K A;  1IP5 A;  1HER A;  1B7Q A;  1D0K A;  1LHH A;  1NMM A;  5APE A;  1WQR A;  3FE0 A;  4XYY A;  154L A;  3LHM A;  3A6C Y;  2D4J A;  1CJ8 A;  1G7L C;  4NGJ A;  3W6D A;  5M1Y A;  3KAM A;  3SP3 A;  5HQ1 A;  1AT5 A;  4HTQ A;  1FKQ A;  1JKD A;  5APD A;  1JUG A;  2D4I A;  1GBO A;  8LYZ A;  1GBS A;  4N8Z A;  4NEB A;  3B6L A;  2Z19 A;  1LZ6 A;  1IOR A;  4ETE A;  4XJH A;  1CJ9 A;  1JPO A;  2PC2 A;  1GFA A;  4KPM A;  4OWA A;  4WLX A;  1HF4 A;  5B1F A;  2WAR A;  1DZB X;  3TMW A;  1W08 A;  1BB3 A;  4QDN A;  3WVX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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