3WVXA

Structure of d48a hen egg white lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTAGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title The role of Asp48 in the hydrogen bonding network involving Asp52 of hen egg white lysozyme
rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wvxA00
1GB2A 4NSGA 1B7NA 194LA 1GXXA 3N9AA 1G7MC 1LZ9A 4GCBA 5LYTA 4NGIA 2B5ZA 4KL7A 1UIEA 3P4ZA 4YENA 1LPIA 1H6MA 1GFAA 5HNLA 4XJGA 4XJFA 1OUAA 1NMMA 2DQDY 4II8A 2DQHY 5IDDA 3N9CA 5HMVA 2Y8PA 4XJIA 5FHWA 1GBWA 4PRUA 4HTKA 4EOFA 3AGGG 2D4JA 4DD2A 3AW6A 2XTHA 3WU7A 2D4KA 2ZYPA 1OUEA 5AMYA 1LMPA 4H8ZA 1JWRA 4RLNA 1D0MA 4ET9A 5B07A 4ETEA 1GF7A 1CKDA 1WVUA 1LYOA 1BB4A 1XEIA 1LZCA 4WM6A 1XGRC 4TX7A 5KXNA 3WVYA 1FLWA 4DD3A 3LYTA 4G49A 1RCMA 4B1AA 2DQFC 4PJ2C 1OUHA 1GE4A 2BQCA 1FLQA 4KPMA 3LHMA 4C3WA 4RW2A 3EO5A 4H91A 3EMSA 5FSTA 2CJLA 3WL2A 3AB6A 2BQOA 1AZFA 4B0DA 1GDXA 1BB3A 1LSMA 1B5WA 1ZVHL 4NSIA 1WTMA 4OWAA 4P2EA 2F4AA 4NGOA 1HMLA 1D9UA 3AZ7A 4QEQA 5IHGA 1IWVA 1QSWA 3A6BY 3K3TA 4CGEA 1TAYA 2MEFA 4HPIA 3WPJA 2Z37A 4HP0A 1WVVA 2Z2FA 4DD7A 2BAAA 4OWHA 1LOZA 4PPOA 3RZ4A 1IWTA 1NKHA 1F0WA 1IP6A 1GWDA 1LZYA 5DN4A 1XSFA 1LMCA 1TEWA 4ZFPA 5KXWA 3LN2A 4M4OA 1D0KA 3ATOA 1GF9A 1LZDA 1GEVA 1REMA 1GF8A 2DQJY 1W08A 2MEGA 1JSFA 2ZNXY 5FDJA 1GE1A 1YANA 1GB5A 1GBSA 4LYZA 1VATA 4WM4A 2YBIA 132LA 4WO9A 5KJ9A 4LT1A 1RJCB 2BQGA 3AYQA 133LA 5LVKA 5E9RA 4PHIA 5LAGA 1JTTL 1LZ5A 3BKVA 1G7IC 1YL0X 3WULA 2A7FA 4YF2A 4LGKA 1LYSA 4N9RA 2YDGA 4NGZA 4NGKA 3P64A 1IC4Y 2NWDX 1VDTA 1JIYA 1RFPA 1CJ6A 1GE0A 2ZILA 4WM5A 5LVIA 4WM1A 1B9OA 1GFVA 3WH1A 2GV0A 1CKFA 4B4EA 1DQJC 3WPLA 1GFHA 1AT6A 1AKIA 1JJ1A 3TXFA 2EKSC 4QDNA 1D0LA 4XYYA 1AT5A 1W6ZA 4J0LA 4B4JA 1OUCA 1LJIA 3HBHA 4NG1A 3TMVA 2YBLA 4IATA 1D6PA 4GCCA 3W6EA 2LYOA 4DD0A 5LYMA 4GCDA 1IX0A 3CB7A 5IELA 1GHLA 4CFOA 4NWHA 1BVKC 2Z2EA 1NWGA 3WUMA 4FDYA 2LZ2A 5ILCA 4ET8A 1HNLA 4WLYA 5B06A 4N8ZA 1NDMC 4HV1A 4DDBA 2A7DA 1LHIA 4ML7A 1EQEA 1LSGA 1VDSA 1B5UA 4R0FA 3WXTA 4YEMA 5APDA 1XGQC 1LKSA 3HBEX 4NSJA 3G3AB 2IFFY 3N9EA 4WLTA 4DYGA 4IASA 4YM8A 2HEFA 2LYZA 1FLUA 3KAMA 4J1AA 5I54A 5I4XA 2Z38A 1CNSA 1JTPL 1LZ4A 3CSZA 4L41A 3VWOA 4HV2A 3TMXA 3WXUA 2DKVA 5KXRA 5LA5A 2G4PA 1KIQC 1F6RA 1CJ9A 2IHLA 4DD1A 4GN5C 1J1OY 1LZEA 5C6JA 1JKDA 4XADA 3LZ2A 4NHTA 1BHZA 2ZQ4A 1SQ2L 1GB3A 2BQJA 1GDWA 1PS5A 1DI3A 4IJ4A 4AGAA 5K7OA 5LVGA 1IP3A 5D5CA 1UIHA 5HQ1A 1GFRA 1JJ0A 1G7HC 1REXA 3A95A 4NGWA 1QIOA 3A3RX 4NSHA 3WU8A 4O34A 4G9SA 1LJ3A 5KXTA 5LAFA 4NIJA 5JENB 3W6AA 5M1YA 1GFEA 1H87A 1JUGA 1WQMA 4J1BA 4Z41A 2FYDA 1UIFA 1UIBA 3A34A 2D4IA 1VFBC 1GE2A 3A92A 3B72A 4LYTA 3A3QA 4QY9A 1BB7A 1C43A 1GBZA 2YSSC 4HJVA 1IVMA 3AZ4A 2ZNWY 1HFYA 1IC7Y 3OK0A 4HJZA 5L9JA 1HSWA 3TMUA 3AZ6A 5A3ZA 1UC0A 1OUIA 4NEBA 2EIZC 4W94A 1V7SA 1LKRA 3FE0A 2H9KA 5DL9A 4CJ2A 1XEKA 2W1LA 1LJGA 2AUBA 4G4CA 4LYOA 4UWUA 3RW8A 4DT3A 2HECA 1DI5A 5A3EA 1J1PY 1KIPC 2BQAA 1GB8A 1UICA 1JEFA 1G7JC 4YEOA 1E8LA 1LSZA 1FLYA 3A67Y 5KXZA 1YQVY 4WG1A 2N5ZA 5LVJA 1LSBA 1YKZX 1GB7A 2I26L 2XJWA 3AGHA 3RT5X 3ZVQA 4OOTA 1NF5A 1XFPL 4E3UA 4DDCA 2WARA 4BS7A 1GB6A 1FKVA 4TUNA 3A93A 1LHKA 1GFUA 1XEJA 4B4IA 3M3UA 3GXRA 1KIRC 2BQBA 4HTQA 4NG8A 2LHMA 4WOAA 4NGYA 5LVHA 4PRQA 4AXTA 2CWIA 2Z12A 1WQPA 1LMNA 1YKXX 4H90A 4RW1A 2BLYA 2EPEA 2W1YA 3CT1A 1GF6A 4WG7A 1GPQC 5B05A 3RU5A 2MEDA 5F9UA 2I25L 4TWSA 5LA8A 1IP1A 1GAYA 4OW1A 1LHHA 4D9ZA 4H93A 3T36A 5KY1A 2BQHA 4G4HA 1FN5A 3CQLA 1CKHA 1QDTA 1KXXA 3P68A 5LIOA 3ZEKA 2H5ZA 1LZRA 4HPEA 1IO5A 5I53A 1UUZC 1GXV2 1IP5A 1JKBA 1HEOA 4NY5A 2MECA 3EXDA 3RNXA 1BB5A 1LZ8A 3P65A 4ETDA 4NGLA 1RI8B 5I5QA 4BAFA 1C10A 4H9IA 2BQKA 1KXWA 2F2NA 1C08C 1B7MA 1PZYA 2F30A 6LYZA 1TBYA 1LJKA 2CGIA 1HMKA 3E3DA 1DI4A 1IWZA 4N0JA 2MEIA 1LMQA 1HFZA 3WUNA 5F14A 1LJFA 5B1FA 4WM2A 1ZV5L 1D6QA 2BQMA 1GB0A 4NHPA 1DPXA 3CT0A 5II3A 1IP2A 1IP4A 4NGJA 4I8SA 1HEQA 1EL1A 1OUBA 1UIGA 2W1XA 4LT3A 3WW6A 4OOOA 1YKYX 1C7PA 1WQQA 1ZVYB 1HSXA 1LHLA 1C46A 1UCOA 5FEKA 3TXEA 3B0OA 4Z3MA 5DN5A 1BWJA 1IR9A 4H9HA 4DC4A 2F4GA 1JITA 1XGUC 1P2CC 2ZWBA 1VDQA 2MEEA 1GFGA 1LCNA 3IWRA 4N1EI 2BLXA 2D6BA 1I56A 1LMOA 1TDYA 4H8YA 1Z55A 2HU3A 4GCFA 4NHQA 4WM3A 1B5ZA 3GXKA 3AZ5A 1DKJA 1BGIA 1RE2A 4EMNA 1XGTC 5KXSA 1IIZA 1YAMA 1JISA 2BQIA 1OUGA 1IWUA 3A91A 1IR7A 3W3EA 1LSEA 3WU9A 3OJPA 4LYCA 4B49A 3TXJA 2Q0MX 1UBZA 4H9CA 4NHSA 5FELA 4H9BA 3W6CA 2Z19A 4ETCA 1EQ5A 5F16A 1MELL 2Z18A 3IJUA 1B2KA 4RLMA 7LYZA 1IOSA 2FBDA 4BAPA 153LA 1B7SA 4U3XB 1QTEA 1HENA 3B6LA 2YVBA 1GF5A 3WMKA 193LA 1IWWA 1QTKA 4ETAA 135LA 1IR8A 1BVXA 1LTMA 1F6SA 1QUSA 2LYMA 4G4BA 3WW5A 1LYZA 1I1ZA 5KXKA 2I6ZA 2RSCA 3HBDA 4XJDA 4R6CA 1LJEA 1WQRA 1JJ3A 1JPOA 4KT3A 2BQEA 4WL6A 3D9AC 2HEBA 2XBRA 2HUBA 1G7LC 1LZTA 3D3DA 2HTXA 3G3BB 1B5VA 3A8ZA 1UIAA 3B0KA 4RDSA 4TTDA 5DLAA 1CJ7A 1GF3A 1YIKA 2DQEY 3TXHA 3B0IA 5KXXA 5L3IA 1B7QA 1BWHA 4UWVA 3TXIA 5I4WA 2MEBA 2MEAA 2HEDA 3J6KA 1NDGC 4OWBA 5C6IA 3W6FA 2YBHA 4NWEA 8LYZA 1TCYA 4LT2A 5KKIA 1DXJA 1BWIA 1GFKA 1CKCA 2C8OA 4Z98A 3A90A 5APCA 3T6UA 1T6VL 2D91A 4H9FA 1YL1X 2X0AA 4HSFA 3QNGA 9LYZA 4J7VA 207LA 5APFA 5L3HA 1FKQA 1LMAA 1HFXA 1OUFA 2ZIKA 3ZVQB 1NBZC 5EBHA 1VEDA 2C8PA 3BKHA 1QSAA 3LYMA 1JKCA 1JSEA 5F9XA 1QQYA 1LSAA 4H1PA 1YAOA 2EQLA 1IY4A 1GF0A 2HU1A 3ATNA 4XENA 4Z46A 1DPWA 2W1MA 2YBMA 3F6ZA 1GD6A 1LSDA 4XJHA 4FJRA 1LZNA 3CSQA 1LAAA 4LFPA 4WMGA 5KXYA 1FBIX 1GBYA 4CFPA 1A4VA 1F10A 1LJNA 1OP9B 3J4GA 1T3PA 1LJHA 4XJBA 1LJJA 3AJNA 5B59A 4WLXA 1NQIA 4TSCA 1YAQA 4N1CC 5HMJA 1O23A 1GF4A 4GLAA 5HNCA 4LFXA 2YBNA 5J7CA 1QUTA 3WPKA 1IC5Y 2PC2A 1A2YC 1QDRA 4WLDA 1SLYA 1HEPA 1GFTA 134LA 1GAZA 3P66A 5KXOA 4LYMA 3LZTA 154LA 1B7RA 4TSBA 1IORA 5T3FA 3W6BA 4X3BA 5KXMA 1NHEA 5KXPA 1LYYA 3A6CY 2XBSA 1C45A 2BQLA 2Z39A 3TMWA 4KXIA 5DM9A 2DQCY 3WVXA 1I20A 3WYHA 4CHXA 1B0DA 2BQNA 2ZIJA 5LINA 1IP7A 1HC0A 4N5RA 3EBAB 4OWEA 3CT5A 6LYTA 1DZBX 1OQMA 3M18B 4OWCA 5APEA 1REZA 2BQFA 4H92A 4H8XA 4A7DA 1FDLY 1REYA 2HEEA 1LZSA 1IOCA 1INUA 2DQIY 1LSPA 2MEHA 3LYOA 1WQOA 2LZTA 1B5XA 1YROA 1B7LA 1JHLA 5C6LA 2VB1A 4I0CA 3CSRA 4BADA 3WUAA 5LYZA 1GBOA 4UWNA 1WQNA 1CKGA 1DKKA 1LZ6A 2G4QA 4GCEA 4HJYA 3A96A 2DQAA 4ANRA 1LZAA 1GE3A 1LMTA 1BB6A 4ZEEA 4NGVA 4GN4A 1ALCA 1EQ4A 4MR1A 1MLCE 4NFVA 3W6DA 3SP3A 5LXWA 1GEZA 4ZIXA 1ZMYL 1OUDA 1JTOL 3TXDA 4DDAA 5B1GA 1UIDA 5ILFA 5F81A 4LT0A 4WO6A 1UACY 4GN3A 1KXYA 3TXGA 1HEWA 4MSTA 4DD9A 1OUJA 1NBYC 1J1XY 1V7TA 3ULRA 2H9JA 1GFJA 2BPUA 4H9EA 4NHIA 1B7PA 4H9AA 1YILA 1VDPA 1LZGA 1YAPA 4YOPA 3TXKA 3TXBA 4LYBA 4C5FA 4HTNA 1AM7A 1IY3A 1LHMA 208LA 3HFMY 5FCPA 1XGPC 1VAUA 2HEAA 3QY4A 1GBXA 1LSYA 2ZQ3A 3AGIA 3MGWA 4PGJB 1B7OA 1LSFA 1CJ8A 2ZYCA 1HHLA 4MCKA 4WL7A 5D5FA 5KXLA 4GLVA 3QE8A 1IWYA 1HERA 2CDSA 2DBTA 2DQGY 2FBBA 4ETBA 1LSCA 4DWXA 2YBJA 1JKAA 1HEMA 1B5YA 1IOQA 1HF4A 1IEEA 1LHJA 3AW7A 4W96A 4LZTA 1IOTA 3IJVA 2BQDA 4XN6A 1LZBA 1UA6Y 5KKJA 3LYZA 1WTNA 1LSNA 4H94A 4M6DA 1IWXA 1BQLY 1HELA 3FI7A 5I4YA 1N4FA 3A94A 4QGZA 1LZ1A 2FYCA 5E4PA 1LJ4A 5HLLA 1GB9A 2G4NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
194LA 1GXXA 5LYTA 1LPIA 1H6MA 1GFAA 5HNLA 1L62A 2DQHY 1L38A 1GBWA 1JTMA 3AW6A 111LA 2ZYPA 4RLNA 4H8ZA 4ET9A 1CU0A 1LYOA 5KXNA 3SB8A 4LDOA 1L13A 1L03A 1L46A 2DQFC 4PJ2C 1GE4A 4KPMA 1FLQA 1L33A 4RW2A 1KY0A 115LA 3EMSA 1C63A 3DMZA 3AB6A 2BQOA 128LA 1AZFA 2RAZX 1B5WA 4AQNA 1ZVHL 3RUNA 2Z37A 2Z2FA 4OWHA 131LA 1LOZA 3UONA 107LA 1IWTA 1DYEA 1LMCA 5KXWA 4M4OA 1GF9A 1REMA 1GF8A 1L21A 2DQJY 1JSFA 213LA 5FDJA 1YANA 238LA 132LA 4WO9A 5KJ9A 4LT1A 3AYQA 133LA 5LVKA 1JTTL 1CV3A 4LGKA 148LE 156LA 1VDTA 2NWDX 1L77A 1T8AA 4WM5A 5LVIA 2ZILA 1P5CA 2LCBA 5LZMA 3TXFA 1CV4A 4ARJA 1L82A 3HBHA 2YBLA 1L32A 1C6TA 4DD0A 5LYMA 3DN2A 1OV5A 1IX0A 1CV5A 3CB7A 5IELA 1GHLA 4CFOA 1L29A 2Z2EA 1KS3A 4ET8A 4WLYA 4HV1A 1B5UA 4R0FA 1LWGA 1LKSA 2IFFY 2LYZA 4I7LA 5I54A 3VWOA 4L41A 3PDSA 2IHLA 4GN5C 3CDTA 1C6JA 181LA 3LZ2A 1SQ2L 1L27A 1GDWA 2BQJA 1L84A 1L31A 146LA 1GFRA 1JJ0A 1G7HC 3A3RX 1C6BA 4G9SA 5JENB 1JUGA 3A34A 1PQDA 1QT6A 3G3WA 1CX6A 4EKQA 2YSSC 3AZ4A 1HSWA 5A3ZA 1OUIA 2Q9EA 1V7SA 1LKRA 4ARLA 4DQJA 4G4CA 259LA 1XEPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB2 A;  4NSG A;  1B7N A;  194L A;  1GXX A;  3N9A A;  1G7M C;  1LZ9 A;  4GCB A;  5LYT A;  4NGI A;  2B5Z A;  4KL7 A;  1UIE A;  3P4Z A;  4YEN A;  1LPI A;  1H6M A;  1GFA A;  5HNL A;  4XJG A;  4XJF A;  1OUA A;  1NMM A;  2DQD Y;  4II8 A;  2DQH Y;  5IDD A;  3N9C A;  5HMV A;  2Y8P A;  4XJI A;  5FHW A;  1GBW A;  4PRU A;  4HTK A;  4EOF A;  3AGG G;  2D4J A;  4DD2 A;  3AW6 A;  2XTH A;  3WU7 A;  2D4K A;  2ZYP A;  1OUE A;  5AMY A;  1LMP A;  4H8Z A;  1JWR A;  4RLN A;  1D0M A;  4ET9 A;  5B07 A;  4ETE A;  1GF7 A;  1CKD A;  1WVU A;  1LYO A;  1BB4 A;  1XEI A;  1LZC A;  4WM6 A;  1XGR C;  4TX7 A;  5KXN A;  3WVY A;  1FLW A;  4DD3 A;  3LYT A;  4G49 A;  1RCM A;  4B1A A;  2DQF C;  4PJ2 C;  1OUH A;  1GE4 A;  2BQC A;  1FLQ A;  4KPM A;  3LHM A;  4C3W A;  4RW2 A;  3EO5 A;  4H91 A;  3EMS A;  5FST A;  2CJL A;  3WL2 A;  3AB6 A;  2BQO A;  1AZF A;  4B0D A;  1GDX A;  1BB3 A;  1LSM A;  1B5W A;  1ZVH L;  4NSI A;  1WTM A;  4OWA A;  4P2E A;  2F4A A;  4NGO A;  1HML A;  1D9U A;  3AZ7 A;  4QEQ A;  5IHG A;  1IWV A;  1QSW A;  3A6B Y; 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 4I0C A;  3CSR A;  4BAD A;  3WUA A;  5LYZ A;  1GBO A;  4UWN A;  1WQN A;  1CKG A;  1DKK A;  1LZ6 A;  2G4Q A;  4GCE A;  4HJY A;  3A96 A;  2DQA A;  4ANR A;  1LZA A;  1GE3 A;  1LMT A;  1BB6 A;  4ZEE A;  4NGV A;  4GN4 A;  1ALC A;  1EQ4 A;  4MR1 A;  1MLC E;  4NFV A;  3W6D A;  3SP3 A;  5LXW A;  1GEZ A;  4ZIX A;  1ZMY L;  1OUD A;  1JTO L;  3TXD A;  4DDA A;  5B1G A;  1UID A;  5ILF A;  5F81 A;  4LT0 A;  4WO6 A;  1UAC Y;  4GN3 A;  1KXY A;  3TXG A;  1HEW A;  4MST A;  4DD9 A;  1OUJ A;  1NBY C;  1J1X Y;  1V7T A;  3ULR A;  2H9J A;  1GFJ A;  2BPU A;  4H9E A;  4NHI A;  1B7P A;  4H9A A;  1YIL A;  1VDP A;  1LZG A;  1YAP A;  4YOP A;  3TXK A;  3TXB A;  4LYB A;  4C5F A;  4HTN A;  1AM7 A;  1IY3 A;  1LHM A;  208L A;  3HFM Y;  5FCP A;  1XGP C;  1VAU A;  2HEA A;  3QY4 A;  1GBX A;  1LSY A;  2ZQ3 A;  3AGI A;  3MGW A;  4PGJ B;  1B7O A;  1LSF A;  1CJ8 A;  2ZYC A;  1HHL A;  4MCK A;  4WL7 A;  5D5F A;  5KXL A;  4GLV A;  3QE8 A;  1IWY A;  1HER A;  2CDS A;  2DBT A;  2DQG Y;  2FBB A;  4ETB A;  1LSC A;  4DWX A;  2YBJ A;  1JKA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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