3WXJA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol 3-phosphate
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule tags Transferase
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 158
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxjA01
1KAZA 2FLOA 3FFKB 4JN4A 3VEWA 1NM1A 5AZIB 3ZEUB 3UKRA 1XUPO 5AQUA 1XQSC 5AQWA 3WXJA 4B1YB 3VF2A 2OANA 3CQXA 4MO4A 1TYQA 4FWNA 3AARA 4PL8A 3R9PA 3VERA 4QS9A 3UB5A 5AQOA 4PKHA 4BG8A 3VESA 4E1JA 3GBTA 3M1FA 4HWIA 5BPNA 4JNEA 2YJEA 4IWVA 3VOVA 1U6ZA 1GLDG 2HF3A 2ZF5O 3GDQA 3HBTA 4PKGA 5AQQA 3DJCA 1T6CA 3MDQA 5KPZA 4BREA 2P9PB 2F9WA 1BG3A 1JCGA 2WUSA 2QWNA 2P9NB 2P9KB 4RCHA 5AQPA 5AQVA 1RDWX 4H0PA 3UKUB 1JCEA 2E88A 1U2VB 3MMVA 1NGGA 4FPAA 3QDKA 5EX5A 3VGMA 1Y64A 4CZIA 2CGKA 1BA0A 2YHYA 2QM1A 4WQ5A 4FOEA 5AQYA 2FSJA 4CD3A 2A40A 3MK6A 1BWFO 2CH6A 2YI1A 2AP1A 1EQYA 4H0YB 1H1VA 4M7XA 1MWKA 3C0BA 3R8EA 3FZKA 3VGKA 5JICA 1BOTO 3JS6A 4IJAA 4FWPA 4BRMA 2DPNA 3AY9A 3MN6A 3ATVA 3DWLA 4I6MB 2PBDA 3VGLA 1ZC6A 3QFUA 4BC5A 4BC3A 3H6EA 5AQFA 1ATRA 1BUPA 3QB0A 4JAXA 3O80A 3SMSA 3MCPA 1NGIA 1NGDA 2FXUA 3LM2A 3LDQA 3ZETB 4XH5A 4EAHD 3TU5A 3LDNA 2NZTA 3FZMA 3ZX2A 3EN9A 5LJWA 1S22A 3RSEA 1KXPA 3AAPA 3QMLA 4JHDA 4MLEA 3FZHA 2QWRA 3IDHA 5AQZA 4WQ5C 5AQKA 3FGUA 3A5OC 4JD2A 2Q0RA 3VEZA 3U4LA 3FZFA 2QWPA 1NGHA 2P9SA 1MA9B 3LDLA 1WOQA 3DXMB 2IVPA 4FWQA 2BUPA 4BR5A 4FO0A 3LL3A 3BUZB 4IO8A 4ISFA 4BR9A 5E26A 4IZ9A 1Q18A 3CQYA 5KQDA 5LJVA 5AQRA 1NBWA 3L4IA 4M7YA 3S41A 2HMPA 4BR7A 3DXMA 1GLLO 5CE3A 3HTVA 3C7NA 4A2AA 1WUAA 4H03B 4FL9A 3EO3A 5I9EB 2D4WA 3R6MA 3OHRA 4H0VB 3O5BA 1MWMA 1E4GT 3CJ1A 1ZXOA 3MN5A 5AQJA 4Y0WA 2VCPA 1GLEG 3ZX0A 5BPLA 2GELA 4CI6A 4DCHA 1Z6RA 4CZGA 5BRHA 3SK3A 1D4XA 3CJAA 1ZBSA 4H0XB 4EIAA 3WQUA 3RSEB 4B1WB 5F0XA 4IJNA 4B1XB 3I33A 3D7EO 3O1BA 1QQOA 3SJHA 1BU6O 3VETA 3DXKA 4FWMA 2P9IA 4ISGA 4BG9A 4GY2B 3H1QA 5ADXH 4F9OA 4FWKA 3A5LC 4EHTA 4RWTA 2NRHA 3G25A 3C7NB 4A62A 5BRFA 3CERA 4Z94A 1ESVA 1NGEA 3WEEB 5AQGA 1HX1A 5AZIA 3ZEUA 3A8YA 1ATNA 4B9QA 1GLCG 4QS8A 3WQTA 4BRKA 4H5TA 5KPRA 4BC2A 2P9NA 5AQHA 4PKIA 1DEJA 2E1ZA 1KAXA 3WUHA 2VWBA 2V7ZA 1NMDA 3D2EA 2ASOA 5JMVA 5BPMA 2P9LB 4L3QA 4C23A 4KBOA 2IVNA 2QW9A 3L0QA 1T44A 3M6GA 5BREA 3QBWA 4K42A 1NGJA 3WXLA 2ZWHA 2QWMA 1LOTB 3ENOA 5TKYA 3FR0A 5AQTA 3KHYA 1NGAA 3ZETA 3QFPA 3W3DA 3A5MC 4BQLA 2A6AA 3D2EB 4BC4A 2V52B 3QBXA 3VEVA 4BRCA 1ATSA 3EZWA 2CGLA 1GLAG 3I8BA 5BR9A 1V4TA 3D2FA 4A61A 1GLFO 4BVOA 3BF3A 2V51B 1RGIA 1JCFA 4WQ4C 2W41A 3DXKB 2P9IB 2D0PA 4CZLA 5AQLA 2HF4A 5F2RA 3ATUA 5AQIA 1SZ2A 2ASMA 3CJ9A 3EKSA 2FSNA 3ULEA 1C0FA 3IFRA 2IIRA 2GWJA 1J6ZA 3GG4A 4JHDB 3SMPA 2PAVA 3VEYA 2BTFA 1HUXA 4CZHA 2Q31A 3M3ZA 3FE1A 3JXUA 3CJBA 2YHWA 5LY3A 1BO5O 3O8MA 3H46O 4BRLA 4WQ4A 1P8ZA 1GLJO 1RFQA 2P9UB 2EWSA 3AAQA 5BN9A 3J8AA 5F1XA 1IJJA 3WT0A 4CD1A 3HI0A 1QHAA 2P9LA 1K8KA 3UKRB 1NGFA 3WXIA 3CHWA 5EVZA 3U9DA 1OKJA 5FPDA 3H3NO 4A2BA 1HKCA 3CJ7A 3VEOA 4BRHA 2HOEA 3MN9A 4H5WA 1C0GA 3H45C 3BF1A 4XEIA 1NLVA 2AA4A 3BEXA 2VYPA 3O4WA 2ITMA 3H3OB 3CJCA 3D2FB 3L6QA 3DAWA 1TUYA 1G99A 2A42A 2YCHA 4HTLA 2Q0UA 1U2VA 3KVGA 5FPNA 3UE5A 2H3GX 4J8FA 1QQNA 1BA1A 3CETA 4BR2A 5AZJB 4BR0A 5AFUA 3TPQA 2QWQA 5KQ8A 5JLFA 3ENHA 5ADXA 1V4SA 3O08A 4FSVA 2CH5A 1HKGA 1XC3A 4LC9B 3LM9A 2A41A 5EXWA 3FZLA 4IXCA 3W0LA 3VPZA 4BRQA 4NO7A 1SAZA 4BRNA 1HJOA 4GNIA 4YDUC 3CI5A 4BQZA 3ZX3A 5AZJA 3SLCA 4AM7A 4MO5A 4CJ7A 3FLCO 1T6DA 4XH4A 3O1WA 2GEMA 4DQ8A 5AFUH 2QWOA 4EFHA 3WEEA 3VENA 4XH1A 2I7NA 2D1KA 3HZ6A 5AQNA 5EY4A 1DGKN 2GWKA 2ASPA 4BRAA 3GL1A 3B8AX 5ELZA 2Q2RA 5KPTA 3P4IA 4CZKA 4BGBA 1CZAN 3HSCA 3H1VX 5JLHA 2YHXA 4PL7A 4K41A 4H0TB 2Q97A 2GTDA 3LDPA 2QWLA 3KZBA 1KAYA 2F9TA 3VF4A 2W40A 4FOIA 4O8KA 1YAGA 5AQXA 4CBUA 2ZGYA 1LCUA 1NGCA 3A5NC 3HM8A 4FPBA 4B1ZA 3EKUA 2Q1NA 1X3NA 4JD2B 1HKBA 1S3XA 1HLUA 2E2OA 4FWOA 2NLXA 4MLHA 2P9SB 4FWSA 4WYBA 4BRGA 3IUCA 2J4RA 1TUUA 1Z05A 4K43A 4DB3A 3QICA 2ZGZA 3IMXA 1X3MA 1YXQA 4YDUA 4BROA 5AQMA 2A5XA 1HPMA 4O5FA 4I6MA 1QZ6A 4NB4A 3A0IX 5EOYA 1YVNA 4H5RA 1E4FT 4AM6A 1NWKA 4QS7A 4H0OA 4M63C 1IG8A 3WXKA 1X9JA 2FF6A 2GUPA 1MDUB 1TYQB 4EHUA 3U9ZA 2E2QA 4FWRA 3ULEB 2FF3B 4BRFA 2V7YA 4H5VA 4BRPA 1GLBG 2I7PA 4BGAA 3F9MA 2E2NA 3CIPA 4DHYA 4BRDA 2E8AA 4CBXA 2YJFA 1QQMA 5BRDA 5FPEA 4ISEA 5B8HA 5AQSA 3GE1A 4BR4A 4CZJA 2E1YA 2E2PA 4B1VA 2QXLA 5AR0A 2CGJA 1NGBA 3MN7A 4BRIA 2A3ZA 2E20A 1BDGA 4CZEA 3ID8A 3BP8A 1SQKA 2IVOA 5FPMA 3VF6A 3EL2A 5E84A 2D0OA 2FSKA 2Q36A 4BVPA 4FWLA 1K8KB 3VEXA 4CZMA 4RTFD 2P9PA 3LDOA 2KHOA 4CBWA 4CZFA 2P9KA 4H5NA 3UKUA 1QZ5A 2P9UA 3U8XA 5BN8A 3O6WA 1YUWA 3GOIA 1DKGD 4B1UB 4K25A 1R59O 2UYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZSVA 3HJFA 3VEWA 4KI4A 1JXBA 3OYEA 3UKRA 4JS4A 3DOLA 3VF2A 4PY5A 5DMRA 2IGIA 4FWNA 1KFSA 3VERA 5CR4A 2D0AA 1IBKK 3NGIA 3Q7CA 1IKVA 3GBTA 2YJEA 1GLDG 4OGEA 3DJCA 3MDQA 4GMJB 5JS1A 2D5RA 4CK2A 3OYLA 2OTJN 3RWUA 2ATQA 3BZCA 1QS4A 2LSNA 4FPAA 4JI4K 4A57A 1RDAA 3SUNA 1EKEA 2YHYA 2QM1A 4FOEA 3CCUN 3AVFA 4I7FA 1BWFO 2CH6A 2YI1A 1UA1A 3D6RA 2QEXN 1WAFA 3CCJN 3DLKA 3C0BA 3OYNA 2VQEK 3S9HA 4JI1K 3HO1A 3HP9A 3HT3A 3VGKA 5JICA 2HBKA 2F96A 4R5PA 2PY5A 2DPNA 3AY9A 4FJ9A 1S1XA 3AGRA 3LP0A 1EO1A 2VG7A 1ZC6A 1RDBA 5HROA 3QFUA 3K59A 4OGCA 1VSMA 1I3AA 3SMSA 1NGIA 1L3TA 4CEFA 4BY9C 4FLYA 3LDQA 3KK7A 4XH5A 3TU5A 1RDUA 4DQRA 4DMNA 4MLEA 1QE1A 1RT4A 2RPIA 4CK1A 3AVIA 1ASWA 5AQZA 1RBUA 4FJKA 3A5OC 4IG3A 5IT9O 4FYDA 1K9MO 3U4LA 2YKMA 4KRFA 3FZFA 3SJJA 1MA9B 4O0JA 2BUPA 3J7YP 2PYJA 1C1CA 4BR5A 4FO0A 4GW6A 1Q18A 3EY1A 4NLCA 5KQDA 2OA8A 2WFBA 2ZJPL 1E3MA 2WOMA 1NOZA 2HNZA 4F2SA 2HMPA 4DTPA 1BCMA 4H03B 4N56A 4KHUA 3SV4A 3ZT4A 3TARA 2D4WA 1X9MA 5GIPA 3C95A 4JI7K 3QIOA 4JK8A 2X6NA 3VQ6A 3CJ1A 5A2QO 2VCPA 1N6QA 3VTIA 4DCHA 4LD0A 3CCLN 4B08A 1RNHA 3SK3A 3CJAA 1WNSA 5CHIA 3NCIA 4EIAA 1EXQA 1VSIA 4B1WB 5F0XA 4B1XB 1NK8A 1S9EA 3VQ8A 3PV8A 1RBTA 3Q7BA 2X6SA 3NDKA 3LPTA 4FWKA 4KAZA 3CCSN 3A2FA 3C6UA 4E19A 1BQNA 3AVKA 1ESVA 4CGHA 4DSKA 3WEEB 5AQGA 3ZEUA 1XMOK 3AA2A 4B9QA 1TKZA 4QS8A 1LAWA 3O9UA 1VQON 4H5TA 4KHNA 2WTUA 5FRNA 3NH1A 1WB9A 2VWBA 4JKEA 3OYIA 3D2EA 4FCYA 3E9PA 2KFNA 5BPMA 4A59A 4L3QA 2IVNA 3L0QA 3M6GA 5BREA 1NGJA 3NH2A 1YJNN 3FR0A 2G8FA 1TKTA 1NGAA 1XNRK 3SQ4A 1TL3A 3S3NA 2ZD1A 2V52B 1C0UA 4QAGA 3CPWM 3DMJA 1YIJN 4E7HA 4J2EA 4IFVA 5EU7A 5KGXA 4DWIA 4CE9A 1KQSM 1TL1A 1JCFA 4O0IA 3DXKB 4DV1K 4CHOA 1BIUA 1VQ5N 3ATUA 5AQIA 1SZ2A 2ASMA 3CJ9A 3HL8A 1L3VA 4DUYK 3IFRA 4WE1A 3AVAA 1OVQA 3TSUA 1VQ4N 1B9DA 2PAVA 4DFMA 3CFOA 2VG6A 5FDLA 1NNEA 3JXUA 2YHWA 1WSFA 2NNWA 1RFQA 2P9UB 3CCVN 4KTQA 2EWSA 3CFRA 4CHNA 1ILYA 1VK0A 1IBLK 2QTDA 5C25A 1K8KA 1OKJA 2YNGA 4A2BA 3VEOA 3EYZA 1WSJA 3THWA 1C0GA 3H45C 4CGJA 4O5BA 4LF7K 1NLVA 1RTJA 4RG8A 2HBMA 3BEXA 5LL6Z 2ITMA 1NJYA 1N8RO 3ZSXA 4KO0A 1JL2A 3D2FB 4YOXA 1TUYA 1G99A 1SS6A 2O8EA 4JI0K 2YCHA 1YJ9N 3N4PA 3CM5A 3OS0A 5FPNA 3UE5A 1VQPN 5AZJB 2O8FA 1RT6A 1YHQN 3RR7A 2HMIA 3ENHA 4QCLA 2W6LA 3LZJA 1HKGA 3TABA 5K14A 1S1UA 3KJVA 3LM9A 2A41A 4IXCA 4BRQA 1SAZA 4BRNA 1ZYQA 4GNIA 5T7BA 2F7TA 3J81O 3O1WA 4Q0BA 1TK5A 3OVNA 5AFUH 2QWOA 3T1AA 4EFHA 3SAHA 1W2BM 1VQ6N 3VENA 4XH1A 3ASMA 5AQNA 5EY4A 4FM1A 1LV5A 4BGBA 4CJFA 4HUEA 4K41A 4MDAA 3VA3A 3J80O 1M1KO 1NK9A 4CEQA 3QESA 2QWLA 2A1SA 2W40A 3PSIA 5M1OA 1YAGA 5AQXA 4CBUA 3C6HA 3ZSZA 4C1NI 5KGWA 1LAVA 2JLEA 4B1ZA 2BDPA 4LF9K 4V19S 1S3XA 4FJLA 4FWOA 2NLXA 4JI5K 3SYZA 3O4NA 1TUUA 1WAJA 4DB3A 1LWEA 4DTJA 2ZGZA 2YKNA 3L2QA 1YXQA 4DKWA 4Z4IA 3H08A 4O5FA 3ULDA 4Y1DA 4C8LA 4CJVA 4H5RA 1NWKA 2OPPA 4CIGA 4DR1K 3I55N 2FF6A 1HNXK 4EHUA 3MXJA 3AVLA 3U9ZA 1DTQA 2YNIA 2E2QA 3QEPA 3EEQA 4E7KA 2FC0A 1N5YA 1QSSA 2UUCK 1XNQK 2G8WA 1SL2A 3MWTA 4N76A 4G1QA 4B8AB 4DHYA 3OYDA 4Z4HA 4CBXA 1NK0A 1C0TA 1QQMA 4BR4A 2E1YA 4FXDA 3TAEA 4E7LA 4BRIA 4CZEA 4OJRA 1KLNA 3TR8A 1VSHA 4CFAA 4LFBK 1HYZA 1SQKA 3AA5X 5FPMA 3KD5E 5CY4A 5JS2A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KAZ A;  2FLO A;  3FFK B;  4JN4 A;  3VEW A;  1NM1 A;  5AZI B;  3ZEU B;  3UKR A;  1XUP O;  5AQU A;  1XQS C;  5AQW A;  3WXJ A;  4B1Y B;  3VF2 A;  2OAN A;  3CQX A;  4MO4 A;  1TYQ A;  4FWN A;  3AAR A;  4PL8 A;  3R9P A;  3VER A;  4QS9 A;  3UB5 A;  5AQO A;  4PKH A;  4BG8 A;  3VES A;  4E1J A;  3GBT A;  3M1F A;  4HWI A;  5BPN A;  4JNE A;  2YJE A;  4IWV A;  3VOV A;  1U6Z A;  1GLD G;  2HF3 A;  2ZF5 O;  3GDQ A;  3HBT A;  4PKG A;  5AQQ A;  3DJC A;  1T6C A;  3MDQ A;  5KPZ A;  4BRE A;  2P9P B;  2F9W A;  1BG3 A;  1JCG A;  2WUS A;  2QWN A;  2P9N B;  2P9K B;  4RCH A;  5AQP A;  5AQV A;  1RDW X;  4H0P A;  3UKU B;  1JCE A;  2E88 A;  1U2V B;  3MMV A;  1NGG A;  4FPA A;  3QDK A;  5EX5 A;  3VGM A;  1Y64 A;  4CZI A;  2CGK A;  1BA0 A;  2YHY A;  2QM1 A;  4WQ5 A;  4FOE A;  5AQY A;  2FSJ A;  4CD3 A;  2A40 A;  3MK6 A;  1BWF O;  2CH6 A;  2YI1 A;  2AP1 A;  1EQY A;  4H0Y B;  1H1V A;  4M7X A;  1MWK A;  3C0B A;  3R8E A;  3FZK A;  3VGK A;  5JIC A;  1BOT O;  3JS6 A;  4IJA A;  4FWP A;  4BRM A;  2DPN A;  3AY9 A;  3MN6 A;  3ATV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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