3WXJA

Crystal structure of trypanosoma brucei gambiense glycerol kinase in complex with glycerol 3-phosphate
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular basis for the reverse reaction of African human trypanosomes glycerol kinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 158
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2014-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3wxjA01
1J6ZA 4M7YA 3AAPA 4ISFA 1X3NA 4QS7A 1NGEA 5KPZA 4MLEA 1BO5O 4FWLA 1HUXA 5F0XA 3DWLA 1NBWA 3QBXA 4QS8A 1MA9B 3SJHA 3U8XA 3O1WA 4BR2A 4EAHD 1WOQA 2ZF5O 3VF4A 3VEXA 2V7ZA 1YAGA 1P8ZA 3D2EA 4RWTA 1XQSC 5I9EB 1DKGD 1HLUA 3CETA 3O80A 3UKRB 4K43A 2ITMA 3B8AX 2V52B 3SMPA 1BU6O 3CIPA 4XH4A 4MO4A 5AFUH 1IJJA 3O08A 3A5MC 3J8AA 2P9PA 5BRFA 3IUCA 4FWQA 5BREA 2E20A 2ZGZA 4BRLA 1V4TA 2E88A 1V4SA 2YHYA 5ADXA 2P9UA 1D4XA 3A5OC 2QM1A 5LY3A 3WUHA 2GWJA 4CD3A 2CH6A 2F9TA 3KVGA 4AM7A 4H5VA 4ISEA 4CJ7A 3ENHA 2UYTA 2GELA 3ATVA 4IJAA 1C0GA 2H3GX 5EX5A 3LM2A 2Q31A 4H5NA 3VEWA 3HTVA 3WEEA 1NGCA 3BF1A 5EY4A 3UB5A 1S3XA 3JXUA 2YHWA 1BWFO 2Q36A 1QZ5A 3C0BA 4IWVA 4PL8A 1E4GT 1U2VA 1R59O 5JLFA 2IVPA 3BF3A 3HBTA 2E2NA 1SAZA 3ID8A 2IVNA 4BRFA 4XH5A 4ISGA 2D0PA 4BC4A 3W3DA 1QQOA 2QW9A 2AA4A 2QWOA 1Y64A 1NGGA 4FPBA 5BN9A 2BTFA 3ZEUB 4B1WB 3W0LA 4BRNA 4XH1A 2E2PA 4H0PA 4XEIA 4RCHA 4JD2B 3BEXA 3CI5A 4H0YB 3GL1A 2F9WA 3CJAA 5FPNA 1HPMA 1G99A 2FLOA 4JN4A 4BRAA 5AZJA 3VPZA 3ATUA 5E26A 3UKRA 1QQMA 3VF6A 3DXKB 4BRPA 4WQ5A 3MN7A 3AAQA 2VYPA 2QXLA 1JCGA 1GLCG 2Q0RA 2HOEA 3VEOA 3ZETB 2W41A 3AY9A 4CZLA 2QWLA 2P9IB 3DAWA 3DXMB 2NLXA 2P9LB 3M6GA 3AARA 4BRDA 4PL7A 4MLHA 4L3QA 3LDOA 2QWRA 3H46O 5KPRA 3I8BA 5KQ8A 4EHUA 4F9OA 2A41A 2YHXA 4CZMA 1NWKA 1ESVA 3VOVA 5BPNA 4PKHA 3ULEA 4DCHA 4BC2A 2VWBA 4A2AA 3BP8A 3O1BA 4I6MB 1JCEA 3ZX0A 1T44A 3VENA 2E8AA 4EHTA 5AQPA 4BRQA 5AQXA 3D7EO 4EFHA 2PBDA 5JMVA 1YXQA 1YVNA 2CGLA 2P9KB 4NO7A 5FPMA 3QICA 4H0XB 1GLFO 5AQIA 4CBUA 1QHAA 4FWPA 1NGJA 1Z05A 3D2FB 3L6QA 3GG4A 1NGDA 1K8KB 1H1VA 1ZC6A 3F9MA 1JCFA 4A61A 2E2OA 5AQQA 4FWMA 2P9SA 2GUPA 3SMSA 3M1FA 2A40A 4BC3A 3C7NA 1LOTB 1YUWA 3A8YA 3MN9A 4BRHA 3L0QA 4BR5A 2KHOA 4B1VA 1NM1A 3TPQA 4DHYA 4BGAA 1GLLO 2FSJA 4A2BA 3VEZA 1BUPA 3FZHA 5JICA 3MN5A 5AQMA 2ASPA 4CZFA 4WQ4C 5B8HA 3ZETA 1ATSA 4BVPA 4CZJA 4K25A 1TYQB 2I7PA 1DEJA 3ENOA 2GWKA 2GTDA 3CQYA 4AM6A 2Q2RA 1NLVA 5AQWA 3BUZB 3VERA 1E4FT 5AQRA 2D4WA 4BGBA 3LDNA 4BVOA 2YJEA 4RTFD 3IMXA 2WUSA 4JHDA 2NZTA 5AQOA 2QWNA 4BRIA 1KAXA 1NGIA 4K41A 5AQLA 4BR7A 4CBWA 5KPTA 5AZIA 5EVZA 2D1KA 2E2QA 3RSEB 2I7NA 3WQTA 1GLEG 3IFRA 3VEVA 3O5BA 3IDHA 1BDGA 3O8MA 3LDPA 5JLHA 3CJBA 5ELZA 4WYBA 1ATNA 1KAZA 1GLBG 1Q18A 1T6DA 4M7XA 5ADXH 3EZWA 1EQYA 3QFUA 5E84A 3D2EB 4IJNA 2YJFA 4BROA 4BC5A 2Q1NA 3VGKA 1TUYA 3WQUA 3GBTA 4E1JA 4BRGA 4CZKA 4BRCA 1KAYA 2V51B 2P9PB 2HF4A 2J4RA 2NRHA 3FZKA 3LDLA 5BPMA 1QZ6A 4KBOA 2FF6A 2IIRA 3CJCA 3KZBA 1RDWX 4FOIA 5AFUA 3HI0A 4B1YB 1S22A 1C0FA 4FWOA 1X9JA 3MDQA 4BRKA 5TKYA 1XUPO 5AR0A 2YI1A 4B1UB 4QS9A 3GE1A 2BUPA 1ZXOA 1GLJO 1MWMA 5KQDA 1XC3A 3ZX2A 2EWSA 1GLDG 3DJCA 3MMVA 3GDQA 4JNEA 1T6CA 3VETA 4YDUC 3WEEB 2E1YA 3KHYA 4DQ8A 1ZBSA 3FZFA 3S41A 4O8KA 5AQGA 3UKUB 3VF2A 4BQZA 4HWIA 3HZ6A 2QWQA 3WXKA 4CBXA 3A0IX 1U2VB 3FFKB 4Y0WA 4FWRA 4FWNA 3FLCO 3ZEUA 2PAVA 4FWSA 3VGMA 4H03B 2CGKA 1OKJA 3QMLA 3EKSA 3QDKA 4JD2A 3EL2A 4CZEA 1IG8A 4WQ4A 3FGUA 1ATRA 5BRHA 1HKBA 3R6MA 4CZIA 3QBWA 3GOIA 1X3MA 3ZX3A 1DGKN 1BA1A 1RFQA 3DXKA 3FR0A 5F1XA 3LL3A 1NGHA 2Q97A 4IZ9A 4BG8A 4CD1A 2OANA 3FZLA 4GNIA 5LJVA 5AZJB 5AQKA 1NGBA 3O6WA 4JAXA 2QWMA 4CZGA 2AP1A 1U6ZA 2A6AA 2E1ZA 1CZAN 4K42A 2FF3B 1Z6RA 3O4WA 4H5RA 3QB0A 1KXPA 5LJWA 5AQYA 2P9IA 3DXMA 4EIAA 2A5XA 2P9LA 1MDUB 5AQSA 2A42A 2YCHA 3QFPA 5AQTA 4B1XB 5FPDA 2FSKA 1NGAA 5AQZA 2VCPA 4LC9B 3U9ZA 1TUUA 2DPNA 3MN6A 3HM8A 3H3OB 3L4IA 3OHRA 3P4IA 1QQNA 3H1VX 3H3NO 3G25A 2FSNA 1BG3A 2P9NB 5AQHA 3MK6A 2ASMA 1GLAG 2A3ZA 5AQJA 5FPEA 4FPAA 4PKGA 3TU5A 4NB4A 4I6MA 3UKUA 3ULEB 3WXLA 4M63C 2QWPA 3FZMA 2FXUA 2HF3A 3M3ZA 5EOYA 4MO5A 2GEMA 1RGIA 4CI6A 3A5NC 4BR4A 3VGLA 3CHWA 2ZGYA 3R9PA 1LCUA 3SK3A 3VEYA 3R8EA 3CQXA 2P9KA 1MWKA 5AQFA 3WXJA 3FE1A 3EN9A 3H6EA 3MCPA 1HX1A 5EXWA 3D2FA 4H0VB 4BQLA 4B1ZA 1K8KA 3EO3A 4H5TA 3LM9A 5AQUA 4FSVA 4BG9A 1HKCA 4HTLA 1HKGA 1NGFA 3CJ9A 3UE5A 4BREA 2CH5A 1BA0A 1HJOA 2V7YA 4Z94A 5AQVA 3WT0A 4CZHA 2ASOA 3VESA 5BR9A 5BN8A 2P9SB 1WUAA 4GY2B 4YDUA 3U4LA 3C7NB 3I33A 3HSCA 2P9UB 4IO8A 4J8FA 4H5WA 5BRDA 1TYQA 1NMDA 4FWKA 4IXCA 2CGJA 3SLCA 3JS6A 4BR9A 3LDQA 4BR0A 4B9QA 4A62A 3CJ7A 3H45C 5AQNA 4H0OA 4FO0A 2Q0UA 4DB3A 3CERA 4FL9A 3CJ1A 4FOEA 3H1QA 4WQ5C 2W40A 4C23A 5F2RA 5BPLA 1BOTO 2ZWHA 2HMPA 3U9DA 2P9NA 4PKIA 2IVOA 2D0OA 3EKUA 4H0TB 4O5FA 5CE3A 3A5LC 3WXIA 4BRMA 3RSEA 4JHDB 1SZ2A 1SQKA 5AZIB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FBXA 1JL2A 4QS7A 1X3NA 1NJZA 5KPZA 3LDSA 4I2PA 3AVIA 1ITGA 2KFNA 1NBWA 3U8XA 2PZSA 4JI7K 3O1WA 1WAFA 1T8EA 2V7ZA 1TKZA 1FJGK 1P8ZA 3CFOA 5I9EB 3N4QA 3HK2A 4CGDA 3OYHA 3SBGA 4ILJA 4CJWA 4IEEA 5JS2A 1L5UA 3TTDA 1D5AA 4OX9K 2ZGZA 1M1KO 2WBNA 1D4XA 5LMNK 2QM1A 4IFEA 5LL6Z 3R1XA 3VQ7A 4Y1CA 3T1AA 3OYBA 3KLIA 3DLHA 4UQGA 2GELA 1C0GA 3K2PA 4NYFA 3HTVA 1NGCA 3NFAA 3P83D 1JXEA 4IBNA 5TKWA 2WONA 3AO1A 4CGHA 4DQQA 4CFDA 4B3OA 1TGOA 1XHXA 1VSJA 2X78A 5JLFA 3PLAA 3BF3A 4DSJA 3HBTA 5BR8K 1SAZA 3ID8A 4XH5A 1JL1A 1S1TA 2D0PA 1WLJA 4BC4A 1QQOA 4KTQA 4HUFA 3IG1A 2BTFA 3SAHA 4BRNA 4XH1A 4H0PA 3SBTA 1S1VA 4JD2B 1Q86O 4ELUA 4G9ZA 4H0YB 1RILA 2XO7A 4CK2A 3LZIA 3QESA 1YHQN 5E26A 3UKRA 3EYZA 1NOYA 4O4GA 3PSFA 3VQ6A 4BRPA 4FLWA 2GUIA 2HNDA 3WNEA 3E9OA 3DLGA 1JCGA 1GLCG 4CEEA 3QERA 3P1GA 3AY9A 4HVJA 4KTWA 2QWLA 2Z1IA 1YJWN 2P9IB 3DXMB 2P9LB 4J2AA 3OY9A 4FZZA 3I0SA 1TK0A 5KQ8A 5DM7L 3QETA 3OS2A 5I42A 4CZMA 1NKEA 1RDUA 1ESVA 1RBSA 4YOVA 4BC2A 4AHVA 4FM0A 4M3XA 2KFZA 3BP8A 3O9SA 1X1PA 3ZX0A 1IKYA 3VENA 4X65K 4W5TA 3CCMN 4JV5K 4JKAA 1U04A 4EFHA 2PBDA 1QSSA 3CCEN 4CJLA 5FPMA 3T7ZA 5SZTA 1GLFO 4JKFA 4CBUA 1NGJA 1Z05A 3D2FB 3GG4A 4H8KA 1ZC6A 1JCFA 3M8PA 1KFDA 1BI4A 3NE6A 3QINA 2UUCK 2GUPA 3M1FA 3CCUN 1BCOA 2A40A 4BC3A 4JI6K 4FZYA 2KHOA 4OKJA 3PIOL 3THWA 1TL1A 3PX0A 4CERA 3TPQA 2UUAK 2X6NA 1ASWA 4DHYA 1GLLO 3SI6A 1LV5A 3VEZA 1LWCA 3TSPA 3OW2M 1RT3A 1YJNN 4CZFA 3LAMA 3ZETA 3CM5A 4AQYK 1X9SA 4CZJA 1HRHA 3TAGA 1VRTA 1TYQB 1DEJA 2GWKA 1E4FT 4PY5A 4J2BA 1EKEA 3LDNA 1ZBLA 4ID5A 3S9HA 5HROA 3KLGA 2YJEA 3MCAB 1JLGA 2NZTA 2QWNA 5KPTA 1KAXA 1NGIA 1TKDA 5EVZA 2D1KA 3AO4A 3KKSA 4DTPA 2I7NA 3WQTA 2VWKA 3CM6A 1UA0A 3O5BA 4FJKA 3NVKA 2GX9A 3AVJA 1FKPA 4KHUA 3OYJA 3O3HA 3AA2A 2KZZA 1ATNA 1GLBG 1T6DA 3CF5L 2HHUA 4N76A 4B9LA 3L2WA 3SV3A 1U49A 3EZWA 4HCBA 3QFUA 2HHSA 3AO5A 3JSMA 3VGKA 2OTLN 3WQUA 3GBTA 2G8VA 1WSHA 4PHTX 1WBDA 4X66K 3FFIA 1L3VA 2HF4A 2E5LK 3QEVA 2E6LA 3FZKA 4O44A 4KBOA 4FLXA 2IIRA 3CFRA 1RDWX 3CMEN 4CHYA 4FJ9A 3ID6A 3VQBA 1X9JA 4B9NA 3TAFA 1QQCA 3NH2A 3CPEA 2HVHA 4B1UB 1ZXOA 1HYSA 1XC3A 1ASUA 1GLDG 3MMVA 2IC3A 3RR8A 5HRSA 4YDUC 3WEEB 3KTQA 2E1YA 4DQ8A 4F3OA 3OYFA 3VF2A 4BQZA 1E3MA 4FJJA 1RBUA 4G1QA 3CFPA 2O8CB 4CF8A 3AVGA 5HL7L 5JS1A 4C8MA 3T1YK 4FK0A 3J7ZO 3LWMA 1KD1O 1ASVA 4IG0A 4AHUA 3FLCO 2PAVA 4FWSA 3VGMA 1LAWA 3SQ0A 2CGKA 4NYNA 3ZSOA 1OKJA 1WSEA 3QDKA 1S1XA 3MX5A 3RMCA 1ATRA 5BRHA 3NF8A 3THYA 3QBWA 4PQUA 3VN5A 3ZX3A 3DXKA 4BG8A 4LF7K 3AVCA 4CIGA 3THXB 3FZLA 1WSGA 1RT2A 2HBMA 2PYJA 4AH9A 1KVAA 4CZGA 1X9MA 1RDBA 1VSMA 1Z6RA 3J7YP 4NLCA 1IKXA 3AV9A 1KXPA 2F8SA 4DR2K 3MX2A 3N4PA 5LMUK 4F3TA 4KB1A 4KV8A 3G71N 3O4NA 3KD5E 4F2SA 1VQMN 4DU3A 3TTFA 1Y97A 3TSUA 3U9ZA 3P38A 1TUUA 2BE2A 4CJEA 3H1VX 3AVNA 3H3NO 2HHWA 1DTTA 5AQHA 4FJ8A 4TSXA 5M1NA 1YIJN 4FPAA 1QSLA 3QO9A 3ALYA 4I6MA 2LSNA 3UKUA 3ULEB 1SV5A 2FXUA 2HF3A 1VSKA 1G15A 4OGCA 4DR4K 3G4SN 1RGIA 3K9KA 4CI6A 4KH4A 4BE2A 4KHNA 4CJ4A 2ZGYA 1B9FA 2HBJA 4CIFA 3IAYA 4I9LA 3FE1A 4C1NK 2KTQA 3R3LA 1OVQA 1TAUA 4A59A 1JJ2M 3E66A 3C6HA 1NGFA 3CJ9A 1BA0A 2V7YA 2ETJA 3WT0A 4JI3K 3VESA 1B9DA 4JS4A 1UOCA 4KI6A 3SQ4A 4CJUA 3U4LA 1QTMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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