3WYHA

Structure of disulfide bond deletion mutant of ostrich egg white lysozyme
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTGSYGDVNRVDTTGASSKSAKPEKLNYSGVAASRKIAERDLQSMDRYKALIKKVGQKLSVDPAVIAGIISRESHAGKALRNGWGDNGNGFGLMQVDRRSHKPVGEWNGERHLMQGTEILISMIKAIQKKFPRWTKEQQLKGGISAYNAGPGNVRSYERMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme g
publication title Structure of disulfide bond deletion mutant of ostrich egg white lysozyme
rcsb
source organism Struthio camelus
total genus 75
structure length 185
sequence length 185
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3wyhA00
2BLXA 1BWJA 2D6BA 1CKGA 4XJIA 1UIHA 5I4WA 3RU5A 5LA5A 1UA6Y 3ATOA 1FKVA 3AGHA 4OWAA 4TSBA 1LSYA 3TMUA 5B05A 1EQ5A 1W6ZA 2NWDX 1LJFA 2F2NA 4WM1A 5E9RA 1DPXA 4HTKA 4LT3A 5EBHA 3W6BA 3AW7A 1LYZA 1LZ6A 1OQMA 1IIZA 5KXSA 3WU8A 1JKCA 5DN5A 4XADA 1GF3A 4TSCA 4YOPA 1LMPA 1DI3A 3W6CA 1FLWA 4Z98A 4DD2A 1LMOA 1NDGC 5HMJA 5M1YA 1DQJC 3ATNA 1CJ6A 3TXGA 1YL1X 3FE0A 1AKIA 1XGQC 1HHLA 3AZ5A 3CT5A 5KXLA 4A7DA 4Z3MA 3IJVA 2Y8PA 4B49A 1IVMA 3BKHA 2HECA 4R6CA 5I5QA 1GPQC 4GCDA 1JWRA 2N5ZA 1IOSA 1GBSA 1QUSA 3WXTA 4J1AA 5LAGA 1TCYA 4X3BA 1JKDA 1IO5A 1B7OA 1LZAA 1HMKA 1QDTA 4H9CA 4H9EA 3A6CY 4NSJA 3TXEA 1B7PA 1O23A 4LT2A 3B0OA 1GDWA 1LOZA 2DQGY 5B06A 4BAFA 3EO5A 5IELA 4LYCA 1IOQA 1LJ4A 4OWBA 5A3ZA 5IHGA 4XJBA 4CFOA 2LHMA 3B0IA 1VDSA 1XEKA 4NHPA 2D4KA 1IY4A 4OWEA 5I53A 3A96A 3LZTA 3AZ6A 2MEDA 3AZ4A 1GF7A 4WO6A 5KXMA 2DQIY 1BB5A 3TXJA 1LSMA 2C8PA 3CSRA 1GFGA 1LMAA 1NWGA 3WYHA 1GE3A 2LYZA 1CKCA 2HEEA 4NGLA 2XBRA 4NSIA 1NBZC 1KXXA 1XGRC 4MCKA 4WO9A 1LZDA 1GFTA 2Q0MX 1IC5Y 1KXYA 1LHIA 2W1YA 1LZYA 3AYQA 4TWSA 1QSWA 1UIDA 4WL6A 3WW5A 2DQCY 3HBEX 1N4FA 3A3QA 2YBNA 1UIEA 1MLCE 4NG1A 1D0LA 5LVJA 1GEZA 193LA 4WLTA 1UC0A 2ZYPA 4H90A 1GE2A 2H5ZA 4TUNA 4ZIXA 3A94A 2ZNXY 2XTHA 2YBJA 208LA 2IHLA 1IP6A 3EMSA 3TMXA 4HJZA 3G3AB 4XYYA 4OWCA 1GB8A 1GB0A 2BQDA 1E8LA 1LJ3A 2BQIA 1NF5A 1GF0A 4GN5C 1GEVA 4J1BA 1LSGA 1OUGA 1VEDA 4U3XB 8LYZA 194LA 1AT5A 1IP7A 2Z12A 2BQNA 4CHXA 1CJ8A 1G7HC 1YANA 3TXKA 2CDSA 4HTNA 3WH1A 4E3UA 3P64A 2BQHA 3P66A 1IWTA 1A4VA 2MECA 1B0DA 1FKQA 4UWNA 2BQAA 4N5RA 4W96A 4B1AA 3A90A 1IORA 1RE2A 1GFKA 2LYOA 4PRQA 1SQ2L 4HTQA 2YBHA 3WUMA 2HU1A 3WVXA 5KJ9A 1GB6A 2FBDA 5LAFA 1HEQA 2B5ZA 2BAAA 2EIZC 1UIBA 1NHEA 2D91A 4LYMA 5KXTA 3F6ZA 1JEFA 2DBTA 4DD0A 4O34A 5B1FA 2CJLA 1GBZA 2GV0A 4J0LA 5KXPA 2I6ZA 5ILCA 1IY3A 1ZMYL 5I4XA 3IJUA 1GBXA 3LN2A 2ZWBA 1LHMA 3A34A 1FN5A 1YL0X 1YIKA 3D9AC 4DD9A 4ETBA 4DD7A 5DL9A 4NWEA 4ETEA 5L3IA 2LZ2A 4PPOA 1REXA 1AM7A 2CGIA 4GN4A 1KIRC 1UUZC 4RW1A 5FEKA 5FHWA 3QNGA 4NGZA 2EPEA 1MELL 3WUNA 2YVBA 3TMVA 5KXYA 3ZVQB 4DDCA 1GF6A 1BHZA 1B2KA 4ETDA 5C6IA 4LYBA 4LFPA 2A7DA 4OOTA 1GB7A 1B7SA 4W94A 3B72A 5F16A 2HU3A 3WPJA 3T36A 1IP1A 1DXJA 4MR1A 1IOCA 1XEJA 1RJCB 1GB9A 4QGZA 1IWYA 2EKSC 2Z19A 3RW8A 3IWRA 154LA 3AGGG 3A95A 4HPEA 3RT5X 3HBDA 1DPWA 1GF8A 1IX0A 1GDXA 1HENA 1Z55A 2I25L 1B7LA 3AZ7A 5L9JA 2XJWA 1IWZA 4WLDA 3WW6A 2W1LA 4EMNA 4N1CC 1OP9B 3WPLA 1GFEA 1JSFA 4IASA 4C5FA 1IP5A 4H8YA 4WM5A 1LSBA 4NHSA 4IJ4A 4I8SA 1NBYC 3AW6A 3J6KA 1XFPL 1LHHA 1LHLA 1JPOA 1JTTL 4LYTA 3CT0A 1BB4A 3OK0A 4AGAA 2AUBA 5HLLA 1OUBA 3W6EA 1GE0A 4WM6A 3WVYA 4RDSA 4CGEA 3AGIA 2Z2EA 1TBYA 4OW1A 4II8A 5C6JA 1UBZA 2ZNWY 1W08A 2A7FA 3BKVA 2MEFA 2BLYA 1YAOA 4XN6A 1JTPL 4RLMA 1XGTC 1GBYA 1GB3A 3ZEKA 1LTMA 1A2YC 5LA8A 4WG1A 3W6DA 4D9ZA 1LZCA 1LSNA 4XJGA 5LVGA 4PRUA 2ZILA 2Z18A 4QEQA 1OUIA 1CNSA 1YILA 5DLAA 5KKJA 3OJPA 4NY5A 5HNCA 1JITA 1KIQC 3B6LA 4N0JA 1BB6A 4XJFA 1WVVA 1YKYX 1C45A 2YBLA 1H6MA 1UIFA 2YSSC 4ML7A 1KXWA 1LZ1A 1ZV5L 4PGJB 5KXZA 5F14A 3TMWA 4BADA 2BQJA 1QTEA 1F6RA 4H93A 1LZ9A 1LKRA 2DKVA 4GLAA 5HMVA 1RI8B 1D6PA 3LYMA 3N9CA 2Z37A 1IP4A 1PS5A 1VAUA 1VFBC 1P2CC 1D0KA 1OUEA 1YKZX 1OUAA 4H8ZA 1LJNA 4KXIA 1DKKA 5LVKA 2G4PA 3A3RX 3N9AA 4NGOA 1I1ZA 1WQMA 4P2EA 4RLNA 2BQKA 2MEEA 4HV2A 5F9UA 1GFUA 4Z46A 4NGJA 3TXDA 1H87A 1LMQA 4NGWA 1F10A 1GBWA 5KXKA 1RCMA 1GB2A 1IWVA 4R0FA 2EQLA 1G7JC 4WG7A 4GCCA 1LSAA 5K7OA 4B4JA 2WARA 5KXNA 2BPUA 4LT1A 4ETCA 1OUCA 4KL7A 4ANRA 5FCPA 1C46A 5APFA 5F81A 5KXRA 3LHMA 4DC4A 4H9AA 1KIPC 1NMMA 4XENA 5T3FA 3W6AA 1B5WA 1HEWA 2G4QA 3EBAB 1LZBA 4WLXA 1QIOA 1GBOA 1HFXA 4C3WA 1BGIA 1OUJA 1YAMA 1F0WA 1JJ1A 4G4HA 4NSGA 2LYMA 4YEOA 3G3BB 4FDYA 1LMTA 3D3DA 4DDBA 2RSCA 1HEOA 3TXHA 4CFPA 2DQFC 4GN3A 1B7QA 1WQPA 4J7VA 4N9RA 1HNLA 1B5ZA 4H9FA 1LYSA 3VWOA 1HEPA 1GXV2 2DQDY 5LYTA 4HP0A 1TEWA 1HSWA 2IFFY 1JTOL 4N8ZA 3A92A 1GF9A 1LPIA 4G4BA 1LZ5A 1GFVA 3SP3A 1AT6A 4ETAA 4H9BA 5APEA 2W1XA 3P4ZA 3CQLA 1LSFA 3CSZA 3QE8A 4HJVA 1UACY 3LZ2A 5HNLA 1GD6A 1G7LC 4G4CA 132LA 5I54A 2HTXA 4I0CA 1YAQA 2ZIJA 1FLUA 1LMCA 4NHIA 1ZVHL 4KT3A 5B07A 2BQOA 4H9HA 1WQNA 1QDRA 4M4OA 3WPKA 1WQRA 2X0AA 3CSQA 2H9JA 1LJIA 1VDTA 3TXIA 1GFAA 1XGUC 4MSTA 2MEGA 4TTDA 4WLYA 2Z38A 3RZ4A 2D4JA 3WULA 1JJ0A 1YQVY 1EQ4A 1B5UA 2Z2FA 4H1PA 3TXFA 1JUGA 1LZNA 1LZRA 1G7MC 2BQCA 1LZTA 4QY9A 1GWDA 4FJRA 1DZBX 1GF4A 4HPIA 2D4IA 1J1XY 2F4AA 1VATA 4HSFA 1YROA 3ZVQA 1JHLA 4NGKA 9LYZA 5KKIA 2FYCA 1REYA 5LIOA 4H8XA 1BQLY 3GXKA 4DDAA 1B5YA 1B7RA 1LZEA 4WMGA 2BQEA 1GFRA 1LJEA 1J1PY 1WQOA 1OUFA 3HBHA 1HF4A 1EQEA 1J1OY 4H9IA 1IEEA 4TX7A 4DYGA 5B1GA 1UIGA 1D6QA 1IC7Y 1BVKC 5HQ1A 5I4YA 1IP3A 1GE1A 3CB7A 1SLYA 1UCOA 4H92A 1FDLY 207LA 1LZ8A 4NGYA 4XJDA 5D5FA 4DWXA 1LYYA 1CKFA 1HMLA 1BB7A 1GAZA 1BWIA 2DQHY 1LCNA 4NHQA 4NSHA 4DD3A 1RFPA 3LYOA 4YENA 1CKDA 1IOTA 3A67Y 5J7CA 2CWIA 1LJKA 1IP2A 5APDA 3AB6A 3M3UA 5DM9A 2DQJY 2HEBA 1C43A 5L3HA 3P68A 4IATA 1GFHA 2MEHA 5FSTA 1HFZA 4WM2A 2LZTA 2BQFA 1B9OA 4N1EI 1GF5A 4GLVA 4PHIA 4UWUA 3K3TA 5AMYA 1GB5A 1HERA 1QQYA 2F30A 1DI4A 4NGIA 3M18B 4B0DA 4WOAA 1HC0A 4ZEEA 1LZSA 4NFVA 5E4PA 1VDQA 4NWHA 5D5CA 4XJHA 3WU7A 5KXXA 1BVXA 5LVHA 1JSEA 1LYOA 1YAPA 2PC2A 4LT0A 2W1MA 4QDNA 4YM8A 4H91A 4BAPA 1OUHA 4LYZA 1B5VA 4NIJA 2BQBA 1OUDA 5LXWA 5IDDA 4ET8A 1REZA 1TDYA 2MEIA 1V7SA 3CT1A 3ULRA 5F9XA 4DD1A 4CJ2A 3J4GA 1LJJA 1GXXA 1LKSA 3QY4A 3E3DA 3AJNA 1LAAA 1EL1A 4EOFA 1T6VL 6LYZA 2HEDA 4G49A 4WL7A 1G7IC 2HEFA 3A93A 2BQGA 5A3EA 1IWXA 1D9UA 5JENB 1NKHA 5KXWA 4HJYA 1HEMA 3WUAA 3WMKA 1AZFA 3TXBA 1WQQA 1LSEA 1WTMA 4M6DA 1XGPC 5FELA 1I20A 1WVUA 5LINA 1BB3A 3WU9A 5II3A 1IWUA 3N9EA 2YBMA 2ZYCA 1LSZA 1B7NA 4YF2A 3T6UA 1LZGA 1UICA 1FLQA 2HEAA 4HV1A 4B4IA 2MEBA 2FBBA 5DN4A 3WXUA 134LA 1JJ3A 7LYZA 5LYZA 2MEAA 1JKBA 3EXDA 4NHTA 2VB1A 4WM4A 1JIYA 4B4EA 2ZQ4A 1C7PA 4LFXA 1LSPA 3GXRA 1INUA 3LYTA 1B7MA 1BWHA 3WL2A 2BQMA 1REMA 5KXOA 4PJ2C 1IR9A 4GCEA 2I26L 1CJ7A 4DT3A 1IR7A 133LA 1F6SA 1YKXX 3KAMA 4BS7A 3B0KA 1QSAA 2H9KA 1CJ9A 2ZIKA 3A6BY 2DQEY 2YDGA 3FI7A 1NDMC 3RNXA 5ILFA 1LMNA 1ZVYB 1WTNA 2G4NA 4KPMA 5B59A 5KY1A 4RW2A 153LA 1UIAA 4ZFPA 1GAYA 2BQLA 3MGWA 2C8OA 4NEBA 5LYMA 3P65A 1LHKA 4OOOA 135LA 1XEIA 1LHJA 1D0MA 2F4GA 4H94A 5APCA 4YEMA 1I56A 2YBIA 4UWVA 1FLYA 1DI5A 1B5XA 1LJGA 4GCFA 4LYOA 1IWWA 1LJHA 1LSCA 5LVIA 5C6LA 1ALCA 1HFYA 1V7TA 1GFJA 3W6FA 2XBSA 3HFMY 1C08C 1HSXA 2HUBA 1GHLA 1TAYA 4AXTA 2DQAA 4NGVA 6LYTA 1NQIA 1PZYA 2ZQ3A 4L41A 4WM3A 1C10A 4Z41A 4NG8A 1LZ4A 1LSDA 1QUTA 1DKJA 4OWHA 4GCBA 4LZTA 1T3PA 2Z39A 1VDPA 1CKHA 4ET9A 3W3EA 1FBIX 4LGKA 1XSFA 1GE4A 1IR8A 1IC4Y 3LYZA 5FDJA 1QTKA 4G9SA 3A91A 3A8ZA 1HELA 2FYDA 1JISA 1JKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D6BA 4XJIA 1UIHA 3ATOA 1FKVA 4OWAA 1LSYA 185LA 4WM1A 2NWDX 1DPXA 4LT3A 3AW7A 3WU8A 1JKCA 1L03A 5I14A 1CJ6A 1L41A 1HHLA 1T8GA 5KXLA 4W51A 3IJVA 1CV4A 107LA 5I5QA 4GCDA 145LA 183LA 1IOSA 3UONA 1L54A 1L77A 1PQJA 4H9EA 1B7OA 1HMKA 3A6CY 5B06A 3B0OA 1LOZA 3C7YA 229LA 1P2LA 1VDSA 3HUKA 1L92A 1L98A 3LZTA 2MEDA 4LDOA 4WO6A 3TXJA 1LSMA 2C8PA 147LA 1NBZC 3SN6R 1LZDA 4TWSA 1LHIA 2W1YA 1QSWA 1OVHA 4I7SA 2YBNA 1D0LA 3HUQA 4LDLA 1UC0A 198LA 1L87A 1L55A 1WTHA 1GE2A 4TUNA 4ZIXA 1P37A 3A94A 3EMSA 3TMXA 1L89A 1GB8A 1SSWA 231LA 1L62A 1E8LA 1QUGA 2BQIA 1NF5A 1GEVA 2RAYX 1LSGA 187LA 2B6TA 4CHXA 1L44A 1L50A 2HUKA 3WH1A 3P66A 1IWTA 1B0DA 3HTFA 2BQAA 1L31A 4W96A 2LYOA 4HTQA 2YBHA 1LI6A 5LAFA 2B5ZA 3F6ZA 1JEFA 1SWYA 262LA 163LA 4DD0A 1GBZA 1L27A 5I4XA 3C8SA 1LYGA 184LA 1YL0X 4PPOA 4RW1A 5FEKA 1L63A 1D3FA 3WUNA 3TMVA 3ZVQB 4DDCA 1BHZA 1KW7A 1QT3A 228LA 3CDOA 1L43A 1L97A 4W94A 5F16A 3B72A 3DNAA 2HU3A 1DXJA 4MR1A 1IOCA 2EKSC 3AGGG 3HBDA 1DPWA 164LA 2I25L 2B6XA 2XJWA 3WW6A 2W1LA 1JSFA 1L47A 4H8YA 4WM5A 4NHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BLX A;  1BWJ A;  2D6B A;  1CKG A;  4XJI A;  1UIH A;  5I4W A;  3RU5 A;  5LA5 A;  1UA6 Y;  3ATO A;  1FKV A;  3AGH A;  4OWA A;  4TSB A;  1LSY A;  3TMU A;  5B05 A;  1EQ5 A;  1W6Z A;  2NWD X;  1LJF A;  2F2N A;  4WM1 A;  5E9R A;  1DPX A;  4HTK A;  4LT3 A;  5EBH A;  3W6B A;  3AW7 A;  1LYZ A;  1LZ6 A;  1OQM A;  1IIZ A;  5KXS A;  3WU8 A;  1JKC A;  5DN5 A;  4XAD A;  1GF3 A;  4TSC A;  4YOP A;  1LMP A;  1DI3 A;  3W6C A;  1FLW A;  4Z98 A;  4DD2 A;  1LMO A;  1NDG C;  5HMJ A;  5M1Y A;  1DQJ C;  3ATN A;  1CJ6 A;  3TXG A;  1YL1 X;  3FE0 A;  1AKI A;  1XGQ C;  1HHL A;  3AZ5 A;  3CT5 A;  5KXL A;  4A7D A;  4Z3M A;  3IJV A;  2Y8P A;  4B49 A;  1IVM A;  3BKH A;  2HEC A;  4R6C A;  5I5Q A;  1GPQ C;  4GCD A;  1JWR A;  2N5Z A;  1IOS A;  1GBS A;  1QUS A;  3WXT A;  4J1A A;  5LAG A;  1TCY A;  4X3B A;  1JKD A;  1IO5 A;  1B7O A;  1LZA A;  1HMK A;  1QDT A;  4H9C A;  4H9E A;  3A6C Y;  4NSJ A;  3TXE A;  1B7P A;  1O23 A;  4LT2 A;  3B0O A;  1GDW A;  1LOZ A;  2DQG Y;  5B06 A;  4BAF A;  3EO5 A;  5IEL A;  4LYC A;  1IOQ A;  1LJ4 A; 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 2MEB A;  2FBB A;  5DN4 A;  3WXU A;  134L A;  1JJ3 A;  7LYZ A;  5LYZ A;  2MEA A;  1JKB A;  3EXD A;  4NHT A;  2VB1 A;  4WM4 A;  1JIY A;  4B4E A;  2ZQ4 A;  1C7P A;  4LFX A;  1LSP A;  3GXR A;  1INU A;  3LYT A;  1B7M A;  1BWH A;  3WL2 A;  2BQM A;  1REM A;  5KXO A;  4PJ2 C;  1IR9 A;  4GCE A;  2I26 L;  1CJ7 A;  4DT3 A;  1IR7 A;  133L A;  1F6S A;  1YKX X;  3KAM A;  4BS7 A;  3B0K A;  1QSA A;  2H9K A;  1CJ9 A;  2ZIK A;  3A6B Y;  2DQE Y;  2YDG A;  3FI7 A;  1NDM C;  3RNX A;  5ILF A;  1LMN A;  1ZVY B;  1WTN A;  2G4N A;  4KPM A;  5B59 A;  5KY1 A;  4RW2 A;  153L A;  1UIA A;  4ZFP A;  1GAY A;  2BQL A;  3MGW A;  2C8O A;  4NEB A;  5LYM A;  3P65 A;  1LHK A;  4OOO A;  135L A;  1XEI A;  1LHJ A;  1D0M A;  2F4G A;  4H94 A;  5APC A;  4YEM A;  1I56 A;  2YBI A;  4UWV A;  1FLY A;  1DI5 A;  1B5X A;  1LJG A;  4GCF A;  4LYO A;  1IWW A;  1LJH A;  1LSC A;  5LVI A;  5C6L A;  1ALC A;  1HFY A;  1V7T A;  1GFJ A;  3W6F A;  2XBS A;  3HFM Y;  1C08 C;  1HSX A;  2HUB A;  1GHL A;  1TAY A;  4AXT A;  2DQA A;  4NGV A;  6LYT A;  1NQI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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