The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
110
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structure length |
110
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Chain Sequence |
b'HHHHHMSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPIRDVLQEIKYCYRNGFEGYVFVPEYCRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGVSDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKIA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of Alphacoronavirus Tgev Nsp1 Has Implications for Coronavirus Nsp1 Function and Evolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
NON-STRUCTURAL PROTEIN 1
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| source organism |
Porcine transmissible gastroenteritis coronavirus
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| molecule tags |
Viral protein
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| total genus |
29
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| structure length |
110
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| sequence length |
110
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2012-11-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ZBD A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QHS A; 4JS5 A; 5IT9 E; 4BY6 C; 3HL8 A; 2EYX A; 2L2P A; 4PJM A; 1NEG A; 2DIQ A; 1N8R C; 1ZSZ C; 1JO8 A; 5LJ3 g; 4F16 A; 5IXF A; 1M90 C; 3LGF A; 2X4W A; 4BE0 A; 1PSE A; 1VIF A; 3I35 A; 3LGL A; 1PD1 A; 3UAT A; 1VYV A; 3M0U A; 2H3E B; 5FU7 B; 4N4I A; 2HL5 C; 4E6R A; 2X4J A; 1BK2 A; 3MEW A; 4FIB A; 4OMM A; 5IAY A; 3NPF A; 2EYY A; 3RKW A; 4LE9 A; 4BAC A; 5I2M A; 2EGC A; 3NHN A; 4J83 A; 3CXC S; 3BW1 A; 4XTU A; 3CCV A; 1PG5 B; 1VQ4 Q; 4FM4 B; 3HPW A; 2E4H A; 5KH6 A; 4RCB A; 4PJO B; 1WI7 A; 5HY6 A; 2NUP B; 2DM1 A; 2BTT A; 4ELZ C; 2KY9 A; 4HCK A; 2HEQ A; 2J6O A; 2AKK A; 1WHL A; 4J9G A; 3DLM A; 3OBW A; 2DFU A; 5GAO p; 4OMQ A; 3UF4 A; 2IPO B; 5KYU A; 2EGE A; 2CYZ B; 2GGR A; 1QKW A; 1WLP B; 4M77 G; 2LNH B; 2FG0 A; 4XK8 E; 4EMK A; 1YJN T; 2F5T X; 2XIC A; 4XTW A; 1ZLM A; 2D6F A; 3JB9 H; 4C92 B; 2CT3 A; 3TEE A; 1RLP C; 2DA9 A; 3BDU A; 3OYC A; 2JZ2 A; 1YJW T; 3BE3 A; 2CP5 A; 5I2S A; 1B7T A; 5I22 A; 1IGU A; 2IG0 A; 4OB0 B; 1OX8 A; 2LZ6 B; 1VQM Q; 2SEM A; 4RG8 A; 3EGX B; 2GQI A; 2L5Q A; 3OYK A; 4F7U G; 1KJW A; 2HQE A; 4B9W A; 2MWP A; 2RI2 A; 1W4S A; 1IRX A; 3OMG A; 3PNW C; 4J9F A; 3EG9 A; 1WQ7 A; 3KXT A; 1G3W A; 4IIM A; 3FB9 A; 3QWY A; 1UGR B; 3NTK A; 1VA7 A; 2RJE A; 1H64 1; 2XG8 D; 4M7A G; 1TH7 A; 2I0N A; 4M77 E; 2NYS A; 2OTL Q; 2C06 A; 2P4R A; 3CCU Q; 2PQW A; 3P8D A; 1C6V X; 3CBP A; 1OZ2 A; 1U5S A; 2XHC A; 3QO3 A; 1VQ6 A; 4MDW A; 4OML A; 2LCC A; 2P0K A; 4CC3 A; 3OA6 A; 1KQ1 A; 3REA B; 3J7A F; 4KT0 E; 2CS7 A; 1OU9 A; 3GOX A; 1IO6 A; 3VS6 A; 1WX6 A; 1PCX A; 1WFW A; 4R55 A; 1LNX A; 2P84 A; 5CKE A; 2XDB A; 3GF5 A; 2CZ0 B; 4XQ3 A; 2M02 A; 4O6J A; 2RHU A; 5LJ5 h; 4C0Z A; 2LT4 A; 3MP8 A; 4M7A E; 2CGH A; 4ZGE B; 4NL3 A; 1VQ9 Q; 2FHD A; 2D1X A; 4IUP A; 2M9U A; 3QDF A; 3H6Z A; 2L3Q A; 3QJ6 A; 1JEG A; 2LX9 A; 2XDP A; 4LXC A; 3EG2 A; 1UEB A; 4OB2 B; 4LN2 A; 2RD1 A; 2CP7 A; 1KHC A; 1JJ2 P; 5FRM A; 3CPW P; 3PIP A; 1IRE B; 2CP6 A; 2RM4 A; 2OAW A; 2LMJ A; 1FMW A; 3NGP A; 1YI2 Q; 1YCS B; 2GF7 A; 4ZTF A; 2JM9 A; 2ESW A; 4PJL A; 3I56 T; 3G6E Q; 4J9C A; 5GAN 7; 1Q86 R; 3JCM Q; 3JCM J; 2DIL A; 4JRQ A; 3JCM d; 2VWF A; 3CCM T; 1OI1 A; 1SSH A; 1UFF A; 3HRU A; 3OW2 P; 1QWE A; 2HD0 A; 1VQK T; 4M7D C; 4II1 A; 5KYN A; 5GAN j; 2HKN A; 1V76 A; 2GFA A; 3QII A; 5KYX B; 2C0O A; 1N6A A; 1ZX6 A; 1Q81 R; 2A0F B; 2AHJ B; 3HP9 A; 4PJN A; 5GAN f; 2G3R A; 1QW1 A; 1OX9 A; 3CCR T; 5KYY A; 3H9N A; 1UUE A; 3JCM g; 1SHG A; 3JB9 J; 1N9R A; 3RMQ A; 1LOJ A; 1RAB B; 4M77 B; 4A4E A; 2DYI A; 2EKO A; 2AZV A; 1Q7Y U; 5GMK e; 1OYX A; 2FEI A; 2O4X B; 4PLI A; 3GPL A; 3JB9 I; 2QAZ A; 3EG3 A; 4M7D F; 1GBQ A; 4PFP A; 2KT1 A; 3H0F A; 2RNA A; 1BIB A; 3EGD A; 1JXM A; 2MI6 A; 2YLC A; 3MO8 A; 1VQM A; 1AVZ C; 1S72 T; 3LW5 E; 2DEU A; 3PVQ A; 2EAY A; 2MIO A; 1NPR A; 4V2S A; 1HYO A; 4EPC A; 4MZP A; 3CBM A; 3LH5 A; 2CUD A; 4F7U B; 3ZEH A; 3CC7 T; 4OGC A; 4OMP A; 2FL7 A; 3HTR A; 3CXC P; 3HFO A; 2V1Q A; 4OF1 A; 3M4Y A; 3M0T A; 4GBQ A; 1KG1 A; 2OTL A; 2JVV A; 3QDR B; 3ER0 A; 1Q95 G; 2FZK B; 4M7A B; 3CCU A; 1R0B G; 1ZUY A; 4M75 G; 4E7I A; 1X01 A; 2RHZ A; 1UGV A; 4RTV A; 2QQB A; 3GP8 A; 4N4G A; 1WIE A; 4PFZ A; 2DYB A; 2DD4 A; 3OBY A; 2HQX A; 5GMK l; 3G1J A; 1M9S A; 1N9S A; 1M8V A; 3QBY A; 4X9D A; 2M1H A; 2JUF A; 2BKD N; 3KBG A; 1U3O A; 3MET A; 1MV0 B; 3HFN A; 2OX7 A; 1NJI U; 1Y71 A; 2HMA A; 5L8R E; 3CPF A; 5CKH A; 3G4S T; 5GAO q; 1VQ9 A; 1JQQ A; 3VYH B; 2JTM A; 2EJ9 A; 1QWF A; 1UGP B; 4HT8 A; 3CD6 Q; 2QA4 Q; 3QSU A; 2KNB B; 2NLU A; 3EFO B; 2XK0 A; 1JXO A; 4M75 E; 4FSS A; 1UTI A; 2ZPB B; 2HDA A; 4R56 A; 4AT1 B; 3I5R A; 2MMP A; 3ME9 A; 1AWW A; 1YBY A; 1YI2 A; 4UC4 A; 1C0M A; 3THK A; 1BKB A; 3G6E A; 3A8O B; 5A0L A; 1YN8 A; 1AWO A; 2RHI A; 1B34 A; 4KUI A; 3EGU A; 1I4K 1; 2E10 A; 2JM8 A; 2RQV A; 4C5H A; 1PC0 A; 4IKF A; 1N5Z A; 2LDM A; 3A1P A; 1U06 A; 2VGM A; 4ZNX A; 3FEO A; 4IUQ A; 4LDY A; 3VRZ A; 2LX7 A; 3SFM A; 1YFN A; 2K5I A; 5DLO A; 5KCH A; 2YRD A; 3S6W A; 2LJ0 A; 5HCK A; 2LP5 A; 1GFD A; 5GJV B; 1JU5 C; 2KEA A; 2YXY A; 2RF0 A; 2EQI A; 2O9V A; 2V1R A; 3CCL Q; 4OP0 A; 2VXE A; 3NTI A; 2K3X A; 3X25 B; 4FYV B; 4C5E A; 4Y91 A; 3QJY A; 1AWJ A; 1TTH B; 4Z88 A; 2QEX A; 2EJG A; 2E65 A; 2EQM A; 3OS2 A; 1U1T A; 4E47 A; 3H0I A; 2CUB A; 2SRC A; 3QZ5 B; 1QP2 A; 2CP0 A; 5J39 A; 4QT7 A; 3M58 A; 4F17 A; 3OYJ A; 1K73 R; 2EQJ A; 1UE9 A; 4M78 A; 1X43 A; 3VS0 A; 4C8Q A; 1MV3 A; 4XU1 A; 2G6F X; 2D0N A; 1SRL A; 3V7R A; 3HRT A; 2RQT A; 2YT6 A; 5GMK h; 2PZ1 A; 5D6W A; 1VQP T; 3M0P A; 1SEM A; 4JLG A; 2D9T A; 1EZZ B; 3JCM V; 4CI0 C; 2DL8 A; 3FJP A; 2EQK A; 2COZ A; 4JJC A; 2DF6 A; 4A4K A; 4M75 B; 2EQU A; 2E41 A; 3INZ A; 1EFN A; 2RPN A; 5IN1 A; 5GAN e; 4LDX A; 1XTD A; 2ZZD A; 4OVA A; 4Y28 E; 1TOV A; 3JCM c; 3UDC A; 1Y57 A; 2DRK A; 5IHI A; 3LWH A; 1YHQ T; 4RTY A; 3RMS A; 4PFO A; 1ABO A; 3MJX A; 4E7H A; 5GMK m; 5CKD A; 1NPP A; 2QDL A; 2JS0 A; 1WHG A; 2RHX A; 4D6W A; 2DTH A; 4HT9 A; 2LCL A; 3GLX A; 4F14 A; 3UA6 A; 3CC2 T; 5L23 A; 5GAM d; 3CPW S; 3L42 A; 4J9E A; 1VQO T; 2DXU A; 3OY9 A; 2OAU A; 2CZ7 B; 3SWN C; 4M78 F; 4Z02 A; 3CD6 A; 2OTJ T; 2WSE E; 2QK0 A; 1YJN Q; 4C8Q F; 1YIJ Q; 2DPP B; 2V8I A; 2KRS A; 1I5L A; 1R77 A; 2VXF A; 5DM7 R; 2EJF A; 3BFM A; 5CR2 A; 1M90 U; 1K9M R; 3OYY A; 3V7S A; 1ARK A; 2W10 A; 4EMH A; 2EYW A; 1I8F A; 1W70 A; 1ZUU A; 1BYM A; 3I55 T; 3RNJ A; 3CEY A; 1M3B A; 2DXC A; 2X35 A; 2ZCF B; 2F5K A; 2FRW A; 2DKG A; 4NOY A; 1RI9 A; 2DE0 X; 2O9S A; 3E9G A; 3QYH B; 5CKF A; 1B3Q A; 2RN8 A; 3MEA A; 8ATC B; 1H92 A; 4C0F A; 1R0C B; 1VQ7 T; 1XOV A; 1TUG B; 2KBT A; 2RJC A; 2DL3 A; 1M2V B; 5CVI A; 3E19 A; 3SWN B; 1PKS A; 2CZ6 B; 3CCV T; 1G5V A; 2RQW A; 1G3T A; 3CCL A; 2I2L A; 4C92 A; 2VKN A; 2X9H A; 3RKY A; 2KRN A; 2C0I A; 1WHJ A; 4JLI A; 2LJ1 A; 1WPY A; 2FPE A; 4KBM B; 1F1B B; 4B6M A; 3CQT A; 5IXB A; 3G71 Q; 5J3B A; 2BZ8 A; 2QGF B; 2D8J A; 3J81 E; 3ZFJ A; 1YJ9 Q; 3MPU B; 2K5L A; 2KI7 A; 2R58 A; 1NEB A; 3RIR A; 1QCO A; 2K5F A; 1BIA A; 2J6F A; 3TCJ A; 1OEB A; 4JZ4 A; 1GL5 A; 1OUL A; 4WCI A; 4BI8 B; 2FYK A; 4BY6 B; 3PTA A; 1WDX A; 1M1K R; 1E7O A; 1ZSZ B; 3M57 A; 1IGQ A; 1AD5 A; 1Y96 A; 2HZY A; 2KVQ G; 4D8D A; 1GCP A; 5KE2 A; 2DXB A; 2RA2 A; 3AT1 B; 3FJ5 A; 2DXT A; 1VQN Q; 1K8A R; 2O01 E; 1SHF A; 1KSW A; 4J6X A; 2R5M A; 3TU4 K; 4OMF B; 3DLL A; 2H3J A; 1Q86 U; 2DTI A; 3H0H A; 1IHV A; 2K7A A; 3QPH A; 2FPF A; 1OOT A; 2LQ8 A; 3OB9 A; 4PKC C; 1WHK A; 3CC4 Q; 4M7D G; 1J3T A; 4EMK C; 4KUD K; 3P8H A; 2XID A; 1PM3 A; 4PLL A; 2E70 A; 1Q81 U; 2K9G A; 1VUB A; 1VQ6 T; 4E2F B; 4LDU A; 4C0D C; 3N5B B; 5AT1 B; 4N0A A; 2COY A; 2JJ9 A; 1MMN A; 3EHQ A; 2JN0 A; 1YJN A; 1QVP A; 4GY5 A; 3E9F A; 4E7K A; 1E6G A; 4JZ3 A; 3M4G A; 1YIJ A; 2DVE A; 1NG2 A; 3V8K A; 3MHX A; 1WJR A; 1AWX A; 1Q86 C; 1QKX A; 1XNI A; 3FLG A; 4AFZ C; 2KXC A; 4QKU A; 1M3C A; 4DBH A; 1JRI A; 2FVU A; 4KH0 B; 3DB3 A; 1WXU A; 1RAF B; 3IQL A; 3MEV A; 5FWC A; 2AK5 A; 2KRO A; 4HVW A; 5KYU B; 4N0A C; 3EG1 A; 2LQK A; 2EGA A; 4M7D E; 1Q81 C; 1I1J A; 1UHF A; 2K3Y A; 1SF9 A; 3QYG B; 4EMK B; 3MCA B; 4XTV A; 5KYX A; 3FRN A; 2E6Z A; 4BUG A; 3LWI A; 1PHT A; 4C0D B; 1UGS B; 4OB1 B; 3VS2 A; 1FWZ A; 3M56 A; 2Y4X A; 2DZC A; 1K76 A; 3EG0 A; 3L1A A; 1VQ4 T; 1WJQ A; 2VB6 A; 4KGZ B; 2ATC B; 4FW2 A; 5D6Y A; 1WQW A; 4DBR A; 1D3B A; 2AZS A; 1OZ3 A; 2O4X A; 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3L2W A; 2V26 A; 2HL3 A; 3M0S A; 4DQ2 A; 3OQ5 A; 2HQH A; 1ZSG A; 1I07 A; 1RAI B; 2BE9 B; 2RH2 A; 2HAX A; 3JCM b; 4D8K A; 2NWM A; 2CDT A; 4RG2 A; 4EMG A; 3UPU A; 1SG5 A; 3OSS C; 2MOX A; 1GCQ C; 1VQ9 T; 3M53 A; 1S72 A; 3PFS A; 1RAG B; 3D7S B; 2QQR A; 5GAN 5; 5CCA A; 2F69 A; 4BDZ A; 5LJ5 d; 4L5G A; 5KYY B; 1K73 U; 1FX7 A; 1X75 C; 2KGT A; 2M16 A; 3JCM e; 3L2U A; 4ESR A; 4PJO D; 2JS2 A; 5CQY A; 2QQ9 A; 1HJD A; 1HSQ A; 3L2R A; 3CCS T; 3CCE Q; 2QXF A; 3TRE A; 3CCQ Q; 1T0J A; 1YI2 T; 1YNZ A; 3M59 A; 1RAH B; 2P0Q A; 4HKE A; 2HBP A; 3G6E T; 4M4Z A; 2RI5 A; 2HSP A; 3EGD B; 3TQ7 P; 5LJ5 g; 5LL6 S; 3ULR B; 5D6X A; 1U8R A; 1KC8 R; 3H8Z A; 1YIT A; 4AFU C; 4JRK A; 3R6N A; 4M78 G; 2IVW A; 1A0N B; 3QWX X; 5GAM j; 4C92 D; 1PNJ A; 1RAE B; 1K73 C; 5FRN A; 4MZM A; 3FIF A; 3CMA A; 1RL2 A; 5GAM f; 4RTX A; 3U23 A; 4FYW B; 2AT1 B; 1WZO A; 4HVV A; 2QYZ A; 4N4H A; 1Y0M A; 1VQ8 Q; 3RBB B; 2JTF A; 3DKM A; 5GAO n; 2RK2 A; 1Q7Y R; 4K11 A; 1SKU B; 2RI3 A; 1OV3 A; 4XTZ A; 5LJ3 j; 2B86 A; 2KDS A; 2JOY A; 2MF2 A; 2FPD A; 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