The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
269
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sequence length |
766
|
structure length |
765
|
Chain Sequence |
EDVLIPKRFRPAKDPLDSPQAAAQFLKDNKYRILRPRAIPTMVELETDAALPRLRQMVEDGKLKDTVSVPEGTTAFYPKYYPFHKPDHDEVGTFGAPDITLLKQLTFFLLENDFPTGPETLRQVREAIATLQYGSGSYSGQLNRLLAMKGVATGRNPNKTPKTVGYTNEQLAKLLEQTLPINTPKHEDPDLRWAPSWLINYTGDLSTDKSYLPHVTIKSSAGLPYIGKTKGDTTAEALVLADSFIRDLGRAATSADPEAGVKKTITDFWYLSCGLLFPKGERYTQVDWDKKTRNIWSAPYPTHLLLSMVSTPVMNESKLNITNTQTPSLYGFSPFHGGMDRIMTIIRDSLDNDEDLVMIYADNIYILQDNTWYSIDLEKGEANCTPQHMQAMMYYLLTRGWTNEDGSPRYNPTWATFAMNVAPSMVVDSSCLLMNLQLKTYGQGSGNAFTFLNNHLMSTIVVAEWVKAGKPNPMTKEFMDLEEKTGINFKIERELKNLRETIVEAVETAPQDGYLADGSDLPPIRPGKAVELDLLGWSAIYSRQMEMFVPVLENERLIASAAYPKGLENKALARKPAEIAYQIVRYEAIRLVGGWNNPLLETAAKHMSLDKRKRLEVKGIDVTGFLDDWNNMSEFGGDLEGITLSEPLTNQTLVDINTPLDSFDPKARPQTPRSPKKTLDEVTTAITSGTYKDPKSAVWRLLDQRTKLRVSTLRDQALALKPASSSVDNWAEATEELAQQQQLLMKANNLLKSSLTETREALETI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a Vp1-Vp3 Complex Suggests How Birnaviruses Package the Vp1 Polymerase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
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| source organism |
Infectious pancreatic necrosis virus
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| total genus |
269
|
| structure length |
765
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| sequence length |
766
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-12-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04197 | Birna_RdRp | Birnavirus RNA dependent RNA polymerase (VP1) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Infectious bursal virus vp1 polymerase fold | Infectious bursal virus vp1 polymerase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1O9H A; 4Q6G A; 4BWA A; 4CS4 A; 1G6U A; 2ZCE A; 2JVD A; 4CH4 A; 2YIB D; 2YIA A; 4CS2 A; 2Q7G A; 2ZIM A; 2R70 A; 4CS3 A; 2YIB A; 2ZNJ A; 2QJ1 A; 2YI9 A; 2YI8 A; 4TQF A; 2RJZ A; 5K1X A; 2ZIO A; 4CH3 A; 3BHP A; 2PGG A; 2Q7E A; 2HEP A; 3VQW A; 3ZED A; 2PUS A; 4CH5 A; 2RQ6 A; 4ZIB A; 4CH6 A; 2E3C A; 3VQY A; 2R72 A; 2ZIN A; 3DSQ A; 3VQX A; 2ZNI A; 4BW9 A; 3QTC A; 5K1P A; 3VQV A; 4TQD A; 1O9G A; 2Q7H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2B1I A; 5IWA O; 1AR5 A; 1R6T A; 3B8N A; 2ZCE A; 3CHX A; 3ZMU A; 5GTH Z; 1BGY H; 2WWW A; 1QWN A; 4NKG B; 1XUQ A; 4LF5 O; 5E84 A; 3FKS G; 3B2E E; 3JD2 A; 2UUB O; 1V9P A; 2EIL C; 3DX0 A; 2ZT9 B; 4O2A B; 4DR4 B; 5BXZ A; 2YC0 A; 1G8M A; 4PA3 A; 5CA1 B; 1IUR A; 2BSK A; 3ASN B; 2JGD B; 3ABM B; 2V4D A; 3BPZ A; 4X8A A; 5KUM A; 3CXH F; 1FXK A; 3JAS A; 1Q82 W; 3JSN A; 4DYL A; 2PYJ A; 3M3W A; 4WFE A; 5KHG A; 5EBM C; 2CAZ C; 5L3C A; 4DK1 A; 4MT8 A; 3W7T A; 5JJE B; 2LO1 A; 2Q0A A; 2YDE A; 3AG1 C; 3OD4 A; 1SU8 A; 5J2T B; 2H94 A; 3B51 X; 4AZI A; 3UKM A; 4R6Z A; 1P84 F; 3FYI B; 1I0H A; 3W7U A; 3J7A U; 2X5C A; 3L9D A; 3E86 A; 1JA8 A; 2E75 B; 2Z0V A; 1I94 O; 2FML A; 5B1N A; 2LW1 A; 1XBL A; 1V54 B; 2JS5 A; 3QO8 A; 3JAW B; 5LA6 A; 3CRQ A; 3A0B Z; 4X62 O; 3OR6 C; 1A32 A; 2IBZ H; 3OEH G; 4ABM A; 3BUD A; 1US6 A; 4LF5 B; 1K4D C; 5KLV H; 4I7Z B; 5FLX N; 3K9A A; 4AI8 A; 2AXT Z; 3FX7 A; 5IYZ B; 4IL6 Z; 1SET A; 3OW2 U; 3W7X A; 4OPA A; 4RQE A; 5C5B B; 2O0I 1; 1JQK A; 1TQV A; 2YUA A; 4JZ2 A; 4AZC A; 1EFR G; 2VS0 A; 1JJO A; 3M99 B; 2VQE O; 1MA1 A; 1H2N A; 4HR1 B; 4GZR B; 4O4L B; 1IBK B; 3CAZ A; 3H1L H; 4R5K A; 1N0N A; 2WLI A; 4J7J A; 4L8J A; 4CS4 A; 1QBZ A; 4K35 A; 2JRI A; 3CC4 V; 1KKD A; 5IT9 N; 1K97 A; 2YI8 A; 3JD3 A; 4JF3 A; 3L3P A; 4YHH B; 1PPJ H; 2NNU A; 1VQ7 V; 1XL6 A; 2Y48 A; 2BOB C; 2A79 B; 2DQ0 A; 2MK3 A; 1SA0 A; 2R9R B; 4ZBM A; 3ASN C; 2EZP A; 3FAV A; 1I49 A; 1YVW A; 2JK5 C; 3ABM C; 3OTF A; 3T46 A; 3B8M A; 1WJZ A; 4MSW C; 1U96 A; 3H1H H; 4QPK A; 3CE2 A; 1F23 A; 2Q7E A; 3BA8 A; 4G28 B; 3O3O B; 2ZDI C; 4PDV A; 2CK3 G; 2PMR A; 4X1Y B; 4EZR A; 4LFA O; 2VRZ A; 1BHB A; 2H3O A; 5IYD O; 3D3I A; 1GM9 A; 4DV7 O; 1S76 D; 3LDE A; 3WG7 C; 3ZRV A; 4AZ7 A; 3MHH C; 1HXK A; 4NPH A; 1N34 O; 1XNQ B; 2VQE B; 2RT6 A; 1I4L A; 4CH3 A; 3E22 B; 1UJW B; 4FLV A; 3ABT A; 4JI1 O; 4CH5 A; 1SQB H; 1S72 V; 2QFF A; 2CTQ A; 1V54 C; 1D5A A; 3ZHQ A; 4U7O A; 3RW0 A; 1WLE A; 3BAB A; 4TQD A; 3I01 A; 2UXX A; 1XI1 A; 1KBH A; 2F7Q A; 5LMU B; 2LP7 A; 1U97 A; 2F1A A; 3CMA V; 2IJI A; 2JS3 A; 2Z0O A; 3BVT A; 4UCU A; 2X6C A; 4DR5 O; 5L3D A; 4B3S O; 2Q8V A; 2D2C B; 5CBH A; 1R3J C; 2YL5 A; 4JL9 A; 2OBM A; 3ZN0 A; 1VQO V; 1H2L A; 4LF9 B; 5C8Y B; 3T1Y O; 2OW6 A; 1WB7 A; 1HNZ O; 4DV1 O; 3UT5 B; 1HR0 B; 1JCH A; 3JD1 A; 3G6B A; 1VAR A; 4DR2 O; 1R3I C; 2ZR2 A; 2AGA A; 2PY6 A; 4EB6 B; 4DUZ O; 5EC2 C; 5GTI Z; 3LSS A; 4YJ3 B; 4FLU A; 1KD1 W; 4LFA B; 1TUB A; 4U3J A; 3KCX A; 5EZY B; 4UCS A; 1B3Q A; 2XAH A; 3OUF A; 2ZR3 A; 3CD6 V; 4BNE A; 3HKD B; 2RCV A; 4JI5 O; 2XND G; 5FIG A; 1QVF U; 5E1A C; 3WFV A; 1AP6 A; 2XT9 A; 3HKB A; 2YL8 A; 3OK8 A; 4HNA A; 2DWE C; 3F5T A; 3GWO A; 2XAQ A; 2FYV A; 4B9Q A; 2XAS A; 2F7P A; 1IZ3 A; 3C3T A; 4LWS A; 5IJ0 A; 2ZQM A; 4OGQ B; 4BIO A; 2ZNI A; 3HKE B; 3WB0 A; 1IVS A; 1ZLZ A; 1HDJ A; 1NT2 B; 2WSS G; 4MS2 A; 1J95 A; 1R5E A; 4LF8 B; 1SU6 A; 1KMI Z; 5JH7 B; 5BMV A; 1URF A; 3RYF B; 4DR5 B; 4FM1 A; 2AHZ A; 3PLT A; 4EZU A; 1W0J G; 4I55 B; 3J80 N; 2Q5Z A; 1NTZ H; 5H6Q A; 4FLW A; 4Q20 A; 2MI7 A; 3SYA A; 5IY5 B; 2HKO A; 4GX5 A; 1NVP B; 2P22 C; 3EJS A; 3J81 N; 1Y66 A; 3FFQ A; 3X2Q B; 1EZJ A; 4KFM A; 5EYP B; 3F5W C; 4JI4 B; 1Y74 B; 3E35 A; 1YIJ V; 4MVS A; 2OO2 A; 4MW8 A; 1YJW V; 4KIK B; 2QKS A; 4LNU B; 3BUQ A; 1CEZ A; 4EZT A; 3Q84 A; 4H33 A; 3JAR B; 5EC1 C; 2ZE6 A; 1K9M W; 1FPO A; 4YY3 O; 4NQI A; 2ZXW B; 1FXH A; 4JI5 B; 4E2L A; 4WF9 V; 3ZRW A; 4X20 B; 3CEI A; 1BL8 A; 3H1J H; 4UCR A; 2P90 A; 3KAV A; 2WLM A; 3VBB A; 3IC9 A; 1COW G; 1SUF A; 2Q7G A; 3TJT A; 4O2A A; 2QSA A; 3FB5 C; 1ZX3 A; 2Q69 A; 4DV0 B; 2OIE A; 2ZNJ A; 4IWO A; 4TQF A; 3TXS A; 3P30 A; 5L3B A; 1BQ0 A; 3DX3 A; 1R3L C; 1OCR B; 2PGG A; 1Y2O A; 4FJC C; 1QLE B; 1VF6 C; 5CA1 A; 2EX3 B; 3VQX A; 3ABL B; 2OW7 A; 2JGD A; 5D5P A; 1O9G A; 4H6H A; 1WDZ A; 2UXN A; 4JV5 O; 3T2M A; 4WBN B; 4GX0 A; 4I4T B; 2EIN B; 3A0R A; 4GYC B; 2GAF D; 1UPX A; 1TQW A; 4PA4 A; 3RT3 C; 4RAI A; 2UU9 O; 2HJD A; 3BVU A; 3K58 A; 3T48 A; 2OYQ A; 2Y69 B; 1BCC H; 2EIK B; 2RDC A; 4RQF A; 1GM8 A; 3MAQ A; 1G4Y B; 4DR1 B; 1AI4 A; 5DED A; 4DV5 O; 3SYQ A; 3JD0 A; 4JZG A; 4WFF A; 2F18 A; 1YXB A; 2HP8 A; 5DM6 V; 2LXY A; 5IY5 C; 1DF5 A; 1I5Y A; 2F7O A; 4WFH A; 4OX9 O; 1JQ0 A; 1HNW O; 3N2G A; 4JTD B; 3QA8 A; 4TOI A; 5CN0 A; 1R73 A; 5IYZ A; 4MVO A; 5KMG B; 2F7R A; 5C5B A; 2PF4 E; 1F4M A; 4H37 A; 3G9G A; 1WPB A; 2F1B A; 3LSU A; 3LDD A; 4QJF B; 4GKK O; 2RAJ A; 1EN6 A; 4UV8 A; 4AQY O; 5DEC A; 1H8E G; 3E89 A; 5K1X A; 1OCO B; 5EK0 A; 3ZHR A; 3B52 X; 3A98 A; 3AG3 C; 5EBL C; 2HG5 C; 4HR1 A; 2ODM A; 4O4L A; 4G2K A; 1F4N A; 4JV5 B; 1KUQ A; 4ASU G; 3CC2 V; 1YTF D; 1GH6 A; 2W6J G; 4J41 A; 1D2D A; 4IYH A; 4B3R O; 1OZ0 A; 1Q86 W; 2XAJ A; 1BE3 H; 2P06 A; 2EFK A; 1B6Q A; 3K9S A; 3CJH B; 4WFG A; 2Z3Y A; 1OCR C; 1GMG A; 5EIB D; 2HLD G; 1PV0 A; 1QLE C; 2KB1 A; 4NYK A; 4LF4 B; 2QWQ B; 1NI8 A; 1T5E A; 3UIT A; 2ND0 A; 1GM7 A; 1VEW A; 4AIL C; 4Q6G A; 5CA0 B; 3SOG A; 3DDG A; 2OTL V; 2EIN C; 2H8P C; 4JYB A; 1TQU A; 3KDR A; 2YIB A; 2AHY A; 3SDL A; 2YS8 A; 1HNW B; 4X1Y A; 1JMK C; 4PD4 F; 4LFC O; 1GN4 A; 4N21 A; 3FB6 C; 4GKK B; 2EIK C; 2M7W A; 4LFB O; 1Q5O A; 3QE6 A; 3ER8 C; 3E22 A; 5GON B; 2YL6 A; 2CE4 A; 4BW5 A; 3BHP A; 3EXA A; 1VQ6 V; 2F4V O; 3OTO B; 5FNV A; 5CA3 A; 2VQF O; 4IM2 A; 3E8F A; 1BS3 A; 4X89 A; 3VOU A; 1H2K A; 2QWP B; 4LF6 O; 3VKH A; 5JWP A; 2V1D A; 4IW0 A; 2NN4 A; 3CCU V; 3T4A G; 3CV5 A; 3D4Y A; 1WNS A; 4KHP B; 3BUP A; 3VEB A; 4RUF A; 3CCV V; 4J42 A; 5ITZ A; 4JAV A; 3D50 A; 5C8Y A; 4MVR A; 2NR5 A; 1RM1 B; 3DSQ A; 4P30 A; 3SPJ A; 3UT5 A; 5KA6 A; 2G38 A; 1N36 B; 1OCC B; 4DR3 O; 1Q8I A; 3SYV A; 4EB6 A; 3SPI A; 2Z5U A; 4YJ3 A; 4HYB A; 1SQG A; 4LCU C; 3T1H B; 4U7N A; 5AG2 A; 3KCY A; 3D4Z A; 4K0K B; 1VF6 A; 1QNM A; 1L8D A; 4P2Z A; 5DN6 G; 2DYS B; 1TAE A; 4FM2 A; 3OM3 B; 4NR1 A; 4XDL A; 2PUS A; 4ZHQ B; 3HKD A; 2WYI A; 4EZS A; 3SPC A; 1W0K G; 5KAF Z; 1S0V A; 3JAL B; 3CVR A; 1QU7 A; 3BA9 A; 4N23 A; 3WU2 Z; 2YKT A; 1TA8 A; 2KQX A; 3OMN B; 2ZD9 A; 1ROP A; 3OR7 C; 1O7D B; 3O9O A; 2VQF B; 2HHH B; 2ZXQ A; 4R5I A; 5FPO A; 1DKX A; 3PN1 A; 4MTF A; 4ATM A; 1U00 A; 3LNM B; 3HKE A; 3ZED A; 2N04 A; 2X6A A; 3A8T A; 3CZN A; 2UUA O; 3ER9 B; 1LUW A; 3OAA G; 4PDR A; 4NXN O; 1MSW D; 3HB3 B; 1LQ7 A; 1YCI A; 5JH7 A; 1QR9 A; 3RYF A; 2YID A; 2CTW A; 1RPR A; 2MW2 B; 4I55 A; 1M57 C; 4O4I B; 1YJN V; 2YIB D; 3I56 V; 2CDY A; 1G1X B; 3IC7 A; 2CH7 B; 2Z0N A; 1V55 B; 3ASO C; 3BRC A; 2DOS A; 3B77 A; 1Y4M A; 1QWU A; 4C7U A; 3ZN1 A; 4JI2 O; 3VQY A; 5EYP A; 3JAK A; 1EN5 A; 3QNI A; 1SZT A; 1DGS A; 1X59 A; 4DW0 A; 3SPH A; 4KIK A; 4LNU A; 5B3S C; 5LMN B; 2P4V A; 3JAR A; 3STZ C; 4FLX A; 5BR8 O; 3EJR A; 1VQP V; 4X20 A; 4I0X B; 5LXT B; 2RAK A; 4JYC A; 2F1M A; 3ZIA G; 3LVT A; 3L74 H; 4WFA V; 5IWA B; 2E3C A; 2PZS A; 1RM1 C; 5H9C A; 3MHS C; 4PHZ A; 4R5L A; 1ZTE A; 3ZMS A; 1QLN A; 1OCC C; 1QR8 A; 1GKF A; 3RYC B; 2UUB B; 3AK2 A; 1E1D A; 4DV4 O; 2OTJ V; 4H44 B; 1B06 A; 2Y4U A; 2UUA B; 4O4J B; 2QKC A; 4NXM O; 2AZ2 A; 2EX3 A; 2LW7 A; 3H01 A; 2X3X A; 3T1C A; 4PO2 A; 2A9H A; 4AVM A; 3RVY A; 1VMG A; 4QE7 A; 2FB5 A; 3ZX6 A; 5LGT A; 2YLL A; 3K5O A; 2XTA A; 1KU9 A; 2ZE5 A; 4I4T A; 4IIJ B; 5EIB C; 3RN4 A; 3ZRS A; 4F6R B; 4TSF G; 2R9I A; 4DV6 O; 2P5O A; 2E74 B; 4JI2 B; 1IBM O; 3AK3 A; 3LDC A; 4I50 B; 4GLX A; 2IH3 C; 1H2S B; 1SF9 A; 4EZY A; 4ICG A; 5KA5 A; 2CGO A; 4LC1 A; 3UO2 A; 1K8A W; 4YJ2 B; 4W4L A; 3UCS C; 5KX5 B; 2ADQ B; 1M9N A; 3L3O M; 3S3X A; 1OAO A; 2EBO A; 4Z1V A; 4QNH B; 1MMM A; 3K79 A; 1H2M A; 5L3E A; 1Q6I A; 2DW4 A; 1K3E A; 4GKJ O; 4LR3 A; 1I94 B; 1XIL A; 1RFY A; 2ZM6 O; 1V55 C; 4X62 B; 3K04 A; 5H5N A; 3P3N A; 1NH2 D; 4JAS A; 2R72 A; 5KMG A; 1F7Y A; 3HAH A; 3ZCC A; 4X64 O; 4PJ0 Z; 3BAA A; 1Q3E A; 2ALW A; 5FPR A; 3HR0 A; 2QTS A; 4Z1M G; 1Y6X A; 1R33 A; 1HWW A; 3WB2 A; 1NVP D; 4CS3 A; 3AG2 B; 3FB8 C; 3ZJZ A; 4FM0 A; 4NVP A; 3AEI A; 4LF7 O; 1AJN A; 1UFI A; 3FD9 A; 4JI3 O; 1HTY A; 3S3W A; 3OWG A; 3K5L A; 1BZK A; 1BSM A; 1F51 A; 4IYI A; 2XAF A; 3SYC A; 1IBM B; 5KHK A; 1PL4 A; 3Q0K A; 5LBQ A; 4JWC A; 3CJH A; 3RYH B; 2OCC B; 5J2U B; 1FS0 G; 3D8C A; 3RV1 A; 3SYP A; 1FFX A; 2WYH A; 2E5L O; 2EFL A; 4RO2 A; 4UCT A; 2QR4 A; 3CCL V; 2WLL B; 1ORQ C; 4I9Q A; 3U10 A; 2RAI A; 2X3W A; 5CA0 A; 4HAM A; 1UPG A; 2HFE C; 2ZE8 A; 4X1K B; 3O65 A; 3ETQ A; 3E83 A; 2EJR A; 5FL7 G; 4X65 O; 1E1R G; 1EBO A; 2HJF C; 4JGS A; 1VQ8 V; 5LL6 Y; 2YL9 A; 2ITC C; 4L87 A; 1VIB A; 2JGU A; 4TV8 A; 4WPE A; 3EJQ A; 5B1A B; 1WA8 A; 3RYI B; 4DUY O; 1AJP A; 4JAU A; 2DWD C; 2Z0A A; 3M7M X; 3FB7 C; 3OMA B; 1PP9 H; 4TV9 B; 4O2B B; 4DV7 B; 4LH6 A; 3KZI Z; 4BIZ A; 3BUB A; 4NB5 A; 4EZP A; 3CRC A; 5LYJ B; 1N34 B; 5GON A; 3CP1 A; 2EIJ B; 1P7B A; 1YHQ V; 3BUI A; 3G71 V; 4FM3 A; 4WFB V; 4JI1 B; 3AG4 B; 2N74 A; 4EEQ A; 2GTS A; 4FZS A; 4XBF A; 2OBL A; 2FTK A; 2JNK A; 3G67 A; 1FJG O; 1URU A; 1OV9 A; 2F95 B; 4A5U B; 3L71 H; 3B53 X; 1NQT A; 4FFB B; 5BZB A; 3BY6 A; 4AZ5 A; 2WIN M; 5KBP A; 3ICX A; 4B3S B; 5CBG A; 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