3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
molecule tags Hydrolase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
4B9QA 3UKUB 2F9WA 4MO4A 5JLHA 2YCHA 3D2FB 5E26A 1XUPO 2A3ZA 1D4XA 2P9SA 1MA9B 4BROA 4QS8A 1T6CA 3A5MC 3C0BA 5F2RA 4CI6A 5AQJA 4IO8A 5KQDA 1K8KA 4FWRA 3VEYA 4K41A 4B1WB 1KAYA 1ATNA 3IFRA 2GWJA 4M7XA 1H1VA 3EKUA 3CJ1A 2ZGYA 2Q2RA 5EOYA 1TYQA 5AFUH 4H0XB 1MDUB 3HBTA 2HOEA 3VEOA 4BG8A 4LC9B 3QICA 3CJ9A 4H5RA 4DHYA 3UKRB 4Z94A 4AM6A 3GG4A 5AQYA 2D4WA 2D0OA 3VGLA 4FPAA 3CJCA 3VPZA 4QS9A 1G99A 5EVZA 3WT0A 2J4RA 4BR7A 3EL2A 2PBDA 4PKIA 4YDUC 3R8EA 5AQQA 3B8AX 2NRHA 3H6EA 2GTDA 4CD1A 3QB0A 2P9IB 5KPTA 4JNEA 1ZXOA 1GLCG 4CZKA 1MWMA 1IJJA 3EN9A 4JN4A 2V7ZA 3TPQA 4FL9A 1DEJA 3C7NA 1E4FT 3VGMA 4H0PA 4H03B 4QS7A 3ZETA 3CJ7A 4BVOA 1LCUA 3GDQA 3W0LA 4B1VA 3F9MA 1ESVA 4FWQA 3I33A 4EHUA 5BPNA 1SQKA 1GLFO 3SJHA 4XH5A 5AQHA 4H0TB 4JD2A 1TUYA 5KQ8A 1WOQA 4FOEA 4BC3A 5AFUA 2QWMA 4IJAA 4A62A 4FWMA 5EY4A 5TKYA 2ZF5O 2ZWHA 1X3MA 3KZBA 3AAPA 1ZBSA 3UKUA 3BUZB 3MDQA 4WQ4A 5BRDA 4E1JA 3O80A 3D2FA 3JS6A 1T6DA 5BN9A 3CERA 3VETA 2CH6A 4BR5A 2ASPA 4DCHA 1HKCA 5AR0A 4FWNA 4BGBA 1KXPA 1NLVA 5FPNA 4BR9A 2D0PA 1NGGA 5I9EB 4ISFA 3SMSA 3L6QA 2HF3A 1IG8A 2A41A 2ITMA 5AQPA 3FGUA 3MCPA 1XC3A 1T44A 3P4IA 5AZJB 3QBWA 1JCFA 3IDHA 1NGEA 3A5OC 1BG3A 5AQOA 4J8FA 4BG9A 1QZ5A 1U2VB 2YJFA 4FWPA 2QWNA 1KAXA 4JD2B 4XH1A 4BREA 5BPMA 1QQNA 3AY9A 4H5WA 1YXQA 3QFPA 4CZJA 1LOTB 4C23A 3UKRA 2YI1A 4FWSA 4ISEA 3O1WA 4BC5A 4FWOA 1QHAA 4A2BA 3SLCA 1KAZA 1NGHA 4BRKA 2A6AA 2HF4A 2E88A 5AQLA 3CJAA 3O6WA 2PAVA 3WXKA 5BRHA 1GLJO 3AARA 2QWRA 5BR9A 1Z05A 3O8MA 2IIRA 2OANA 1RDWX 3HSCA 2P9IA 1QQOA 1NBWA 3A5NC 4BR0A 1GLDG 5ADXA 3VEZA 3LDOA 4H5VA 5AQXA 3VERA 2KHOA 5FPEA 3SK3A 3MK6A 4YDUA 1WUAA 1NGAA 1GLEG 1U6ZA 2HMPA 1XQSC 3M6GA 3ULEB 1RFQA 2P9NB 3J8AA 2QXLA 3BF1A 3BF3A 3CIPA 3FZKA 3R6MA 3EZWA 3LDLA 3IMXA 3O5BA 4BRFA 2P9LB 3HTVA 4H5TA 3GE1A 3UE5A 4DB3A 2IVPA 5BPLA 3ENHA 3WUHA 4WQ5C 4FOIA 4CZEA 4EAHD 5ELZA 2V51B 5AQTA 3L4IA 1BU6O 5LJVA 4BRCA 4FPBA 3ZEUB 2QWLA 2Q1NA 3GOIA 4BRDA 4BQZA 4PL7A 3EKSA 2FSJA 3FZHA 5EXWA 2FLOA 2GUPA 1JCGA 2YHYA 4H0OA 4CD3A 1HUXA 2GWKA 3FZFA 4Y0WA 4K42A 3HZ6A 3RSEA 4BRQA 3ZX0A 2D1KA 2E2NA 1JCEA 3LM9A 3HM8A 5AZJA 2E20A 3U9ZA 2NLXA 1U2VA 3U8XA 3VF4A 4I6MB 4M63C 3LL3A 3QMLA 2FF3B 3FFKB 1HLUA 2CGLA 4EIAA 2A42A 1OKJA 3QFUA 1NGFA 1X9JA 4BC4A 3FLCO 3CETA 3IUCA 2FXUA 1NGIA 4JAXA 4A61A 3TU5A 2P9KB 4PL8A 1HPMA 3ID8A 2Q97A 5KPZA 1DKGD 4K43A 5LY3A 3H1QA 3U9DA 2FSKA 4NO7A 4MO5A 2QM1A 3ENOA 2IVOA 1BUPA 3VOVA 1ATSA 4CBWA 3DXKB 1V4SA 2NZTA 2QWQA 3RSEB 3CQXA 5AQMA 3U4LA 3DAWA 2BTFA 5FPMA 5BRFA 3CQYA 2QWOA 4B1YB 2CH5A 5AQSA 1C0GA 1QQMA 1RGIA 5F1XA 2QWPA 2E2OA 3A8YA 3ULEA 3WXJA 5FPDA 1Y64A 2P9NA 1Z6RA 1NGJA 1X3NA 4BQLA 5AQIA 3MN9A 2VYPA 3CI5A 1NM1A 1S3XA 3H3NO 2P9LA 5F0XA 4FO0A 2E2QA 2YJEA 4B1UB 4FWLA 1HKGA 2W40A 2YHWA 3AAQA 4H0VB 1GLLO 4FWKA 1ATRA 4RTFD 2UYTA 3LDPA 4BC2A 4BR2A 3H46O 5AZIB 3O4WA 2P9UB 5KPRA 4H5NA 4KBOA 2F9TA 3I8BA 3ZEUA 4BVPA 4CZIA 4MLEA 3DWLA 3DJCA 3DXMB 1SAZA 2E2PA 3D2EB 2ASOA 3KVGA 3GL1A 5EX5A 4WQ5A 3VGKA 4O5FA 4BRIA 3VEWA 1MWKA 3D7EO 4O8KA 2Q0UA 3FE1A 2V7YA 2DPNA 1R59O 1BOTO 4DQ8A 1P8ZA 1QZ6A 4BGAA 2YHXA 3UB5A 3VF2A 3LM2A 1HX1A 2ZGZA 4ISGA 4B1ZA 2P9PB 4I6MA 2I7PA 4CZHA 5AQRA 3WEEB 1GLBG 1NWKA 3MN7A 2H3GX 3OHRA 3QDKA 4XEIA 4JHDB 3CHWA 2WUSA 3W3DA 4HWIA 3M1FA 4WYBA 1SZ2A 4F9OA 4IWVA 2IVNA 3KHYA 4NB4A 3LDQA 2A5XA 4CJ7A 4K25A 2I7NA 4M7YA 3VEXA 2E8AA 3A5LC 1BO5O 1YAGA 1EQYA 1NMDA 2FF6A 4CZGA 1E4GT 4PKGA 2P9KA 5AQZA 3JXUA 3ZX3A 4EFHA 3FZMA 1V4TA 2ASMA 5AQUA 1NGBA 4BRAA 4CZFA 2Q36A 3H3OB 2Q31A 1NGCA 2E1ZA 4GY2B 2GELA 4FSVA 1YUWA 2P9SB 4BRHA 1BWFO 3VF6A 3DXKA 3MN6A 5AQWA 5JICA 5JLFA 1ZC6A 1HJOA 2VWBA 3MN5A 3O08A 1K8KB 5BREA 5AQGA 4B1XB 1Q18A 3GBTA 2BUPA 4RWTA 5E84A 1TYQB 3G25A 1YVNA 5AQNA 4BRPA 4CBXA 4CBUA 2E1YA 4BRGA 3SMPA 4L3QA 5AQFA 4GNIA 3WXIA 5AQKA 3CJBA 3O1BA 4H0YB 1TUUA 5AZIA 2CGJA 2P9UA 2GEMA 3FZLA 3WQTA 4HTLA 4A2AA 5B8HA 2AP1A 4BR4A 2QW9A 3VEVA 3M3ZA 3MMVA 5CE3A 4CZMA 3DXMA 3D2EA 5ADXH 3H1VX 3VESA 2AA4A 5BN8A 2EWSA 4BRLA 3R9PA 4CZLA 2V52B 1C0FA 1S22A 4XH4A 3FR0A 3VENA 3L0QA 1HKBA 3C7NB 2VCPA 4IJNA 1NGDA 3WXLA 1BDGA 3ATUA 3QBXA 5LJWA 2Q0RA 1CZAN 3ZETB 2A40A 5JMVA 2P9PA 2FSNA 1BA1A 3ATVA 4BRNA 3WEEA 3HI0A 4IZ9A 4MLHA 1GLAG 4BRMA 3A0IX 4RCHA 4JHDA 1J6ZA 3S41A 3BP8A 3LDNA 4AM7A 4EHTA 4WQ4C 3ZX2A 1DGKN 4IXCA 3EO3A 3BEXA 5AQVA 1BA0A 2CGKA 3H45C 2W41A 4PKHA 3WQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YF5L 1U4BA 3UKUB 1YJWN 4MO4A 1BQMA 1XUPO 2YHAA 1D4XA 1KVAA 2P9SA 3H08A 4BROA 4WFBL 4OO1J 1C1CA 4PQUA 3LWLA 3C0BA 4M3WA 3TTDA 3WNGA 4CERA 1N36K 2PZSA 4CI6A 3AO4A 3J7ZO 2IDOA 4A5BA 2HBKA 4AHVA 3C6TA 4DUYK 4J2AA 5M1OA 3HPGA 3IFRA 2GWJA 4M7XA 3V1QA 4WE1A 3CJ1A 2ZGYA 5EOYA 3EZ5A 1U49A 4DV0K 1Q9YA 1EWQA 4Z94A 4AM6A 1VQKN 3KK3A 3O3HA 3QIPA 2D4WA 3HVTA 3VPZA 4O0JA 1DTTA 5JVGL 5JS1A 4LH4A 1VQ9N 3EL2A 4YDUC 4CE9A 4YOWA 3C6AA 3H6EA 2GTDA 3V1OA 2P9IB 4OKJA 3ENBA 3NE6A 2NRZA 1MWMA 2QKBA 1VRUA 3EN9A 4JN4A 2O8FB 4FL9A 4CEEA 1DEJA 3K59A 4KI4A 1S9EA 1QHTA 1TL1A 4H03B 4QS7A 4CJUA 3AVKA 3GDQA 1RCHA 4EHUA 3SJHA 4KB1A 3OYKA 2R7YA 4CF1A 3OYCA 2KLAA 4B9NA 4BC3A 2HHXA 3OY9A 4DV6K 1FW6A 2PY5A 3F9KA 4FWMA 4JRQA 1IV0A 4DFMA 1X3MA 3KZBA 2WBNA 4KTWA 1ZBSA 2X78A 4Y1CA 2HHWA 3OA9A 3D2FA 3JS6A 4NXMK 5CR4A 1TKTA 2ASPA 2ETJA 4CHYA 1HKCA 4HUFA 4BGBA 4CFAA 3LPTA 4YOYA 3VMFB 3SMSA 3ZYYX 4BDZA 1IG8A 2YX6A 4KH6A 4FM0A 1FKOA 1S1WA 5KRSA 4TSXA 1NGEA 3A5OC 1BG3A 4BG9A 4J8FA 3I55N 1ZBLA 4FZXC 1QZ5A 2QWNA 4CJKA 1TKDA 3RVCA 4BACA 2Y1IA 1NJIO 2GBZA 4H5WA 1YXQA 3QFPA 1VSDA 3SPYA 2JLEA 3UKRA 1OVYA 5J2NA 2OTJN 3R1XA 3OYBA 4R5PA 2QXFA 4FWOA 4A2BA 3QINA 3SLCA 3VQQA 4W5TA 1MU2A 1BQNA 2A6AA 2UUAK 5AQLA 3CJAA 4FW2A 4R79A 1VSIA 1RTIA 3O6WA 3F5TA 3WXKA 5CHIA 3RR7A 4JI7K 1GLJO 5J2MA 2F8SA 5BR9A 2I5JA 3BDPA 3SBTA 1KQSM 2OANA 1P90A 4EZ6A 3QIOA 4LH5A 3J81O 5AQXA 3DOLA 4JI8K 1QE1A 2IAJA 4DQQA 1GLEG 1TL3A 1HJRA 4C8MA 2OPQA 2G8VA 3M6GA 4LF7K 3ITHA 4CEQA 1RFQA 2JGUA 3VQ9A 3J8AA 4FZZA 2QXLA 3BF3A 2NRTA 3R6MA 3EZWA 1RBRA 3LDLA 3CCJN 3SAGA 2XY8A 3QO9A 3HTVA 4H5TA 2YHBA 3NBPA 1EXQA 4DB3A 4CEAA 4UQGA 4CJ4A 3RR8A 3M8QA 5FDLA 4AHUA 1BU6O 5LJVA 5CYQA 3ZSOA 2VQFK 4CEZA 4BRCA 3GOIA 4X64K 3OYGA 3I8DA 4BQZA 2NRVA 4JI6K 3EKSA 4B3SK 3V6DA 5CYMA 4DTXA 1WSHA 3THXA 1CZ9A 1DT9A 4DS5A 2YHYA 2F7TA 3FZFA 4Y0WA 4K42A 1JCEA 3LM9A 2O8BA 2D0AA 5AZJA 3MX2A 2OPRA 1KCFA 4PUOA 2A42A 4DTMA 1JLFA 1F21A 1K6YA 5LMUK 4DV2K 3CETA 5J1EA 4IOAL 2FXUA 4JAXA 4A61A 3KJVA 4F4KA 4N41A 3ID8A 1RBTA 1JLCA 3PUFA 4PA1A 5MLCQ 4B9VA 3NFAA 1BISA 4DUZK 2NZTA 2EX3A 1WSIA 4DSEA 3CQXA 3NMUA 3P1GA 3U4LA 3DAWA 4CGDA 1D9DA 1VHXA 5BRFA 1VQ6N 2A1RA 5GIPA 4B1YB 2CH5A 5AQSA 1C0GA 4KHNA 4CF8A 2OCEA 3ULDA 5GAGP 3CPWM 2HNZA 3WNFA 1NJYA 1Z6RA 1X3NA 5AQIA 2VYPA 3OW2M 1NM1A 3NH1A 4DR2K 4CJTA 1YIJN 4W5NA 4FWLA 1CXQA 2F96A 4AHRA 3PX0A 1NKBA 3N4QA 4OX9K 4RTFD 4NCAA 3KLIA 4KAZA 3D0PA 3H46O 4OJRA 5AZIB 4E19A 3PX6A 1NJZA 3I8BA 3EEQA 3ZEUA 4JKEA 3CCMN 4BY9C 4EZ9A 2B6AA 4DR7K 3DJCA 1SAZA 3D2EB 3KVGA 5EX5A 4O5FA 4BRIA 3VEWA 2OZMA 3HL8A 3D7EO 4O8KA 4L8RB 4N56A 3FE1A 3MX5A 2DPNA 4CF0A 1KTQA 1VQNN 1R59O 2F4VK 2RF2A 1VQ7N 3AVNA 1WSJA 4Y1DA 3V9SA 2G8HA 3O9RA 3UB5A 4ELTA 1C0TA 3VQDA 4KRFA 4I6MA 3ZSYA 5AQRA 1XHZA 1NWKA 3MEDA 4X66K 2RPIA 4HUEA 4JHDB 3CHWA 3M1FA 2UUCK 1EP4A 4F9OA 4IWVA 2IVNA 5CZ2A 4HVJA 1Z26A 4AILC 4K25A 2I7NA 4M7YA 4A57A 3A5LC 3LWMA 3TABA 3K5OA 2VG7A 4PKGA 5AQZA 4CZGA 4OLAA 1V4TA 4BRAA 3H3OB 2G8KA 1VAZA 3J7YP 4CEFA 4CECA 2GELA 1WAFA 1XI1A 4F3TA 4HCBA 3MN6A 2E6LA 1ASVA 4GV6A 2VWBA 1K8KB 5AQGA 3GBTA 3NF7A 4KHWA 2LSNA 3M8RA 5AQNA 4BRPA 3L8BA 3B6PA 4DV4K 5JVHL 1KVCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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