3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
b'MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule tags Hydrolase
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
2Q0RA 2KHOA 3CETA 3MN6A 3DWLA 3KHYA 1JCFA 5FPNA 1GLBG 1WUAA 5AFUA 4IO8A 1X3NA 4CBWA 2CH6A 2CGLA 4A2BA 1ATSA 5AQQA 3MN5A 4CZMA 5AZIB 2YJEA 4L3QA 1MWKA 3VGMA 1X3MA 4BQLA 3H45C 1NGHA 4DHYA 2E88A 3O6WA 1ATRA 4BR9A 4BRHA 3H3NO 3VPZA 2A40A 3BEXA 4QS8A 2P9PA 2P9IA 2IVPA 2F9WA 2Q36A 3LDQA 3S41A 4CZGA 1IJJA 3ULEA 3CHWA 5BRDA 4PKHA 4H5RA 4QS9A 4CD1A 2QM1A 4BC5A 2QXLA 4M7XA 4FWRA 1NBWA 3ID8A 3BF3A 1NGJA 4FWNA 2VYPA 4FWMA 3WQUA 3I33A 3ATVA 4CZFA 4CZHA 2FSKA 1HKCA 3H46O 1KXPA 4WQ4A 4QS7A 5AQUA 4CZKA 4Y0WA 3G25A 1MWMA 1H1VA 3CIPA 2UYTA 3UB5A 3M6GA 1LOTB 3EL2A 3A8YA 3WXJA 2E2OA 3CQYA 4O5FA 5EVZA 4JD2A 3U9ZA 3EKUA 3VEVA 4CBXA 1BUPA 2YHWA 3R6MA 5LY3A 3A5OC 3B8AX 4BQZA 3CQXA 4B1WB 3P4IA 2V7YA 3C7NB 3UKRB 1HX1A 3O8MA 2FSJA 1BA1A 4IXCA 3AY9A 3H3OB 1Z6RA 1S22A 1QQNA 4ISGA 3ATUA 4BR7A 3CI5A 2IIRA 5BRHA 4CZJA 4JN4A 4BG9A 4A62A 5AQZA 3IFRA 3IUCA 5AFUH 4BRCA 5AZJA 2YCHA 4BREA 4FWLA 3LL3A 5BN9A 3EO3A 4NB4A 4B1XB 5AQSA 1S3XA 4MO4A 5EOYA 2DPNA 1NMDA 3UKUA 1YXQA 2E1YA 2D0PA 3AARA 4DQ8A 3O5BA 3EN9A 4HWIA 4XEIA 4CZEA 3ZEUA 4K41A 2YHYA 3FZLA 5AQKA 4EFHA 5AQIA 2ZGYA 3O80A 2BUPA 5E84A 1TUYA 3D2FA 4BC2A 3ZX3A 5AR0A 4BGAA 2Q97A 1XC3A 3HSCA 3CJBA 2P9NA 5AQTA 3OHRA 4BROA 3L0QA 3C7NA 3UKRA 1EQYA 5BPLA 4BRQA 2P9PB 1QZ5A 4H0VB 2P9IB 5AQJA 2A42A 3H6EA 2D4WA 3FZKA 3ULEB 4BR2A 4BR0A 3LDOA 4NO7A 2GWKA 3VETA 1QQMA 3FR0A 2GELA 2QWQA 3TPQA 1T6DA 2D1KA 3U9DA 3HZ6A 3H1VX 3MK6A 4A61A 5AQXA 1U2VA 3L6QA 2ZWHA 5AQOA 2V7ZA 5AQRA 4B1ZA 4JD2B 1BU6O 3LDPA 3GBTA 4MO5A 1Z05A 4F9OA 1QZ6A 4JHDA 3BP8A 1NGGA 1BDGA 4FWOA 3DJCA 4H0TB 5JLFA 4J8FA 4Z94A 3FE1A 3O08A 3MDQA 1ESVA 4FWSA 5FPEA 4RWTA 3F9MA 4C23A 2YHXA 1Y64A 3ENOA 2IVNA 2CGJA 2QWLA 3HM8A 5EXWA 3M1FA 1X9JA 1IG8A 2P9LB 1MDUB 3VERA 4PL7A 1RGIA 3MCPA 1TUUA 3CJ7A 3UE5A 1GLLO 3AAQA 2IVOA 1E4FT 1ZBSA 4FSVA 2FXUA 4M63C 5AZJB 1RDWX 5KPTA 1GLJO 3SMSA 3WQTA 3JS6A 3QBWA 4BRIA 4H5TA 5B8HA 1GLEG 4MLEA 3UKUB 4CJ7A 1XUPO 3GG4A 5AQGA 3IDHA 3RSEA 2I7NA 2GEMA 3ZEUB 1QQOA 4DCHA 3SLCA 3LDLA 3D2FB 4M7YA 4BR4A 2V51B 3AAPA 2FLOA 5AQWA 2NLXA 2ITMA 5AQPA 5KQ8A 1DGKN 1GLAG 3QBXA 3DXKA 3VF2A 2P9NB 5ADXA 3ZX0A 5TKYA 2YI1A 4XH5A 1U6ZA 3WEEB 3VGLA 3FFKB 4I6MA 3DAWA 1BWFO 4XH4A 1KAYA 3GDQA 4GY2B 5FPMA 2HF3A 3GE1A 3KZBA 2P9LA 3A5NC 3FZMA 3CJCA 4ISEA 2Q0UA 4B1VA 5LJWA 4BRNA 3J8AA 5KPZA 5AQMA 4O8KA 3VEWA 1T44A 2PBDA 2H3GX 4HTLA 4H5VA 4WQ5A 4BRKA 4CZLA 4BC3A 5AQYA 5EY4A 2QWNA 2HMPA 1BOTO 2HF4A 1U2VB 3VESA 2I7PA 4WYBA 2F9TA 3CJAA 1TYQB 2FF6A 1G99A 3WXKA 3C0BA 4FOEA 1NGCA 3HTVA 4PKGA 4RTFD 4JNEA 2QWPA 4JHDB 4BVOA 3DXMA 4E1JA 3A0IX 3I8BA 4K42A 2FF3B 1HUXA 4MLHA 4BR5A 3ZETB 3QFPA 1NGBA 2AA4A 4CD3A 4WQ4C 4IZ9A 1T6CA 4XH1A 2J4RA 3W3DA 3A5MC 3QB0A 3WEEA 2E1ZA 1QHAA 3FGUA 2A6AA 4YDUC 4FWKA 4H5WA 1DKGD 4FPAA 2A3ZA 3M3ZA 3BUZB 2CGKA 4H0PA 3D7EO 5F0XA 5I9EB 4IJNA 3CERA 3JXUA 4IJAA 4FO0A 2P9UA 1NLVA 5AQVA 3RSEB 3FLCO 3ENHA 4H03B 2VWBA 5ADXH 5EX5A 1TYQA 4B9QA 4BGBA 3DXKB 2W40A 1C0FA 1ZXOA 1NGDA 2GTDA 2E2PA 3FZFA 1SAZA 3O4WA 5BPNA 5BREA 3TU5A 5F1XA 4I6MB 3ZETA 1K8KA 4RCHA 2P9SA 3LM2A 3MMVA 5ELZA 2BTFA 4CZIA 1MA9B 3R8EA 4GNIA 1SQKA 3QDKA 2Q1NA 5BPMA 3LM9A 4FL9A 2V52B 2NZTA 5JICA 3GOIA 5LJVA 1V4SA 2A41A 3SK3A 5BRFA 4LC9B 1BO5O 2QWOA 2W41A 2ZF5O 1JCEA 2P9KB 3SMPA 3VENA 4DB3A 3CJ1A 4FWQA 3VEYA 5CE3A 1YAGA 2Q31A 2ASOA 3MN7A 3DXMB 1XQSC 1R59O 1GLDG 1NGIA 5AQHA 3WUHA 1C0GA 2NRHA 2QW9A 3HBTA 4BRPA 2YJFA 2GUPA 1V4TA 5JLHA 4A2AA 3KVGA 2ZGZA 1ZC6A 4K43A 5BR9A 4K25A 3D2EB 3MN9A 4BRDA 1KAXA 3EZWA 5AQNA 4H0YB 3L4IA 1NM1A 1CZAN 2PAVA 4YDUA 4B1YB 3ZX2A 4AM7A 3SJHA 3VEZA 1GLFO 2E20A 4BVPA 2EWSA 3O1BA 2ASPA 4CBUA 5AZIA 2HOEA 2GWJA 3BF1A 1WOQA 2ASMA 2P9UB 3VGKA 3VF4A 1RFQA 3CJ9A 4EIAA 3A5LC 4FPBA 2AP1A 4H0OA 4BC4A 4BRGA 2P9KA 2Q2RA 4EAHD 1NGEA 3VF6A 1HJOA 1HKGA 1HPMA 3H1QA 1GLCG 4PL8A 4BRFA 3WXLA 1BG3A 1BA0A 4FOIA 4BRMA 4EHTA 1NGAA 1ATNA 4JAXA 2E2NA 4BG8A 1LCUA 3GL1A 3FZHA 4H5NA 3R9PA 1K8KB 3WT0A 2CH5A 3IMXA 5KPRA 2P9SB 3EKSA 1OKJA 3VEXA 2E2QA 1HKBA 2WUSA 1SZ2A 4ISFA 2E8AA 1D4XA 3U8XA 1Q18A 5F2RA 3QICA 2D0OA 1NGFA 3D2EA 2OANA 4KBOA 2FSNA 5KQDA 3QMLA 5FPDA 3QFUA 3WXIA 5JMVA 4AM6A 4BRLA 5AQLA 1HLUA 4CI6A 4FWPA 3HI0A 4PKIA 3O1WA 1YUWA 4EHUA 5AQFA 5BN8A 2QWRA 3W0LA 2VCPA 3U4LA 3VEOA 3VOVA 1DEJA 1J6ZA 1YVNA 4BRAA 1E4GT 3LDNA 1KAZA 4WQ5C 2QWMA 4IWVA 4B1UB 1JCGA 1P8ZA 5E26A 1NWKA 4H0XB 2A5XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q0RA 5HOOA 2KHOA 1A5XA 4CEQA 3ENBA 3MN6A 3KHYA 4J2BA 1JCFA 5FPNA 5C25A 2Z1HA 3OYBA 1GLBG 3CM6A 1QE1A 4CJWA 1XC9A 3K2PA 4CBWA 2CH6A 4FJKA 1MU2A 1QSSA 2VG6A 1U49A 3TAMA 4E89A 2WC9A 2E4LA 5AZIB 1C1AA 2YJEA 4L3QA 1MWKA 5C0YA 1W0HA 1DTQA 1NGHA 1N8RO 4DHYA 2E88A 3O6WA 3TAPA 1ATRA 4DU3A 3EEQA 2F9WA 4IFVA 3S41A 4B08A 4N5SA 4GKJK 3CHWA 4FM0A 3AVNA 3AVMA 4DS4A 4CF9A 4M3YA 3VQBA 4FWRA 1NBWA 3WQUA 4FWNA 1YITN 2FSKA 3S9HA 4E3SA 4QS7A 3G25A 4DR7K 4J2AA 1H1VA 4JRQA 4C1NK 4IKFA 1SKWA 4V19S 3A8YA 4KH4A 3V1OA 3V9WA 2E2OA 4G1QA 3QESA 4U7BA 3VEVA 3O9UA 5LY3A 4M45A 1EETA 2ZE2A 3UKRB 3Q7CA 3SZ2A 2FSJA 1K8AO 4IXCA 4FJ8A 1ASVA 2F4VK 3UIQA 1S22A 3HP6A 3VQ8A 1VQNN 3SAGA 1KCFA 3CI5A 1NJYA 4CIEA 4CZJA 3I55N 2PY5A 4KHUA 1EKEA 1X9MA 3IFRA 5AFUH 2A1SA 2YCHA 2YNFA 1XHXA 5BN9A 3L2RA 4B9LA 4LF7K 3HOTA 2DPNA 1NMDA 1YXQA 4N47A 3G10A 2XY8A 1C0TA 4XEIA 4CJ4A 2BGGA 4K41A 4CEDA 4WF9L 2OPRA 3FZLA 5H1SQ 4QCLA 4CFBA 3H08A 5E84A 3AA2A 1CXQA 3CJBA 4RW7A 3OHRA 3ZT2A 3C7NA 1EQYA 4B9VA 4H0VB 5LMNK 4H8KA 2E6LA 4EP5A 2O8BB 4LF5K 3FZKA 1Q86O 3OS2A 4KI6A 3MECA 3LDOA 3OS1A 4NO7A 3L2VA 3SV4A 1QQMA 3FR0A 3TPQA 3KKSA 3KK7A 1VQ8N 3HZ6A 4A5BA 3V1RA 1M90O 3MK6A 3TARA 3ZSWA 1UWBA 1UA0A 4RW4A 4DG1A 3SPZA 2Z1JA 5CY4A 3LDPA 4MO5A 1RDCA 2QKKA 4DSIA 4JHDA 3BP8A 1BQMA 1BHLA 1C1CA 1NGGA 1GOAA 4F3OA 1VSIA 4FWSA 3F9MA 2WFBA 2G8HA 1YTUA 1X9JA 3VERA 1WAJA 1TUUA 3CJ7A 2X6NA 3MCPA 5C12A 2QTDA 4YNQA 4AQYK 1B9FA 1D5AA 3WXMB 1C0UA 2XRIA 3T1HK 3CPWM 1RDWX 5KPTA 4JKCA 1IO2A 4HCCA 4W5NA 4JK7A 1BQNA 3DOKA 4MDBA 4MLEA 4CJVA 1LWCA 1FJGK 1XUPO 4ELUA 3ZSRA 5AQGA 1NJIO 3AVLA 4DFKA 4CESA 3SLCA 3LDLA 4DR4K 3OYGA 2WBNA 2NLXA 1Z25A 1DGKN 1GLAG 4HHTA 5HBMA 1NJWA 2FBVA 2QK9A 4XH5A 1U6ZA 3G6EN 3VGLA 2QI2A 3NAEA 1NJZA 4GY2B 5FPMA 3KZBA 1J53A 2P9LA 3IS9A 3FZMA 3K58A 3D6RA 2I5JA 4ISEA 3TTCA 5FDLA 5AQMA 4O8KA 2G8IA 4WFAL 4GKKK 4KTZA 4LFBK 4M41A 3KJVA 5AQYA 4LSNA 4DR3K 4WFNL 1BOTO 1RTIA 3AO1A 3OYAA 1VSLA 3CJAA 3O4NA 4R79A 1G99A 4FOEA 1T7PA 3EYZA 5CYMA 2PZSA 4JNEA 4JHDB 4BVOA 1EP4A 3DXMA 3T69A 4E1JA 1W9HA 4HTUA 3RMCA 1I3AA 1C1BA 4JI0K 4CJEA 3ZETB 2AA4A 4CD3A 1DT9A 3NMUA 3HRGA 4FW1A 4GV3A 5M1OA 4KI4A 3OYKA 4JKFA 3A5MC 4DSFA 1CZ9A 4B9MA 1NK6A 3HVTA 3ZT0A 3T1YK 3BUZB 2CGKA 4H0PA 1CZBA 3LP0A 4NCBA 1KSPA 4LY7A 4FLZA 4H03B 3LDSA 1YJNN 4B9UA 2VWKA 4BGBA 1QTMA 3AVCA 4OPJA 3AA3A 4ILHA 2W40A 3MEDA 3RMDA 4N56A 1C0FA 4X64K 1ZXOA 4K0KK 3PSIA 5BREA 3O4WA 5J2PA 2WTUA 3J7AP 4CZIA 3IRXA 4JI3K 3QDKA 2V52B 2NZTA 4CJFA 3SBGA 4CEBA 2QEXN 4G9ZA 3SMPA 1XI1A 4F2RA 3CJ1A 1YAGA 4CFCA 3DXMB 1XQSC 5FLXO 2G8WA 3WUHA 1QS4A 2NUBA 2QW9A 3DLGA 3U3YA 4W5OA 3ISNC 4CJSA 3KK1A 3RR7A 2QKBA 4WFBL 1RBSA 2ZJPL 5JLHA 5KI6A 1FK9A 3L4QA 4A2AA 2YNIA 1NU0A 5BR9A 2HHXA 3EZWA 4JKHA 5AQNA 3NF9A 3L4IA 1NM1A 3IAYA 3CG7A 2W6KA 1VQ9N 2E20A 2HOEA 4CJLA 2VG7A 1Q8IA 3IKMA 3MWPA 2ASMA 4AHCA 2EX3A 4FPBA 4BRGA 2Q2RA 1HJOA 4Y1DA 1N33K 3AVAA 4NLCA 3V81A 3OA9A 4BRFA 1BG3A 3E01A 1B92A 4EHTA 1YI2N 1SS6A 2E2NA 1LCUA 1WSEA 1HMVA 1EWRA 3WT0A 3KD1E 5KPRA 4C8KA 4DTOA 4C8NA 3VEXA 4UQGA 4ISFA 2ZQBA 4IOCL 4JKEA 3PO5A 5KRTA 3O9RA 2D0OA 4ZTJA 3OVNA 2D5RA 3D2EA 3CFRA 1KFDA 3HT3A 3QFUA 3ZT4A 4YOWA 2Y1JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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