3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule tags Hydrolase
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
5BRHA 3FZFA 5LJVA 1TYQB 4GNIA 5AQOA 3WQTA 4BR7A 1HUXA 5AR0A 1YUWA 4IO8A 3DJCA 4WQ4A 5E84A 5KQ8A 1NGBA 3WT0A 2W41A 4WYBA 1JCEA 2P9IA 3H1QA 3VENA 3LL3A 4BVOA 3A5NC 3VERA 3VGMA 4KBOA 3GBTA 2UYTA 3H3NO 4FWSA 1V4SA 4DCHA 2YCHA 2FSNA 3AARA 2P9KA 1S22A 5AQXA 3ATUA 2QWMA 4CD3A 1MA9B 3J8AA 2Q36A 4H0XB 4A2AA 5KPTA 2YI1A 2IIRA 4WQ5A 1DKGD 3B8AX 3C7NB 1YAGA 2P9IB 3VEYA 3FLCO 1X3MA 4XEIA 4FOEA 2A3ZA 2QWNA 4BGAA 1LCUA 3ZEUB 1HKBA 3UKUA 2F9TA 4BR5A 2YJEA 5AQLA 2P9KB 5LY3A 2IVOA 3SJHA 1RGIA 5AQJA 3AY9A 1NGHA 4I6MA 4CBUA 3H45C 4IXCA 2FLOA 2YHWA 5FPNA 1DEJA 4PL7A 3ATVA 3FFKB 4BRNA 2FXUA 2QM1A 2Q2RA 1Q18A 1X9JA 2DPNA 4H5TA 4BC3A 1D4XA 4H5NA 4CZFA 5EX5A 4EHUA 2ASPA 3RSEA 3UKUB 5AZJA 1V4TA 5AQSA 2GEMA 3BUZB 3QBWA 1TUYA 3O5BA 4GY2B 2A6AA 1E4GT 3I8BA 5BN9A 4BRGA 5JLFA 4H0TB 2H3GX 5ADXA 5TKYA 4I6MB 3CJ7A 2VYPA 1QHAA 2D1KA 2Q1NA 3VGLA 4BR2A 3O08A 4CJ7A 5F0XA 1GLBG 2I7PA 1Z05A 4C23A 3O80A 4HWIA 3RSEB 5AZJB 4H5VA 4Y0WA 2P9UA 1ATNA 4JN4A 1U6ZA 2E2QA 4NO7A 3VF6A 3VETA 3FGUA 1XQSC 1YXQA 3BF1A 5LJWA 1Z6RA 2PAVA 5JMVA 1T6CA 3M6GA 3EKUA 3W0LA 4DHYA 2A42A 3AAPA 4JNEA 2NZTA 4EFHA 5AQUA 4RWTA 1HJOA 2NRHA 1XUPO 1T6DA 4RTFD 3D7EO 5AQQA 5AQKA 1BU6O 3ZX0A 2P9UB 4DB3A 3A5MC 4CZIA 4BRLA 4EAHD 2CGLA 3ULEA 5EOYA 4A62A 5BPMA 3WUHA 3FZHA 2ITMA 4PKIA 3QICA 1KXPA 3VEXA 5BN8A 3R6MA 5AQGA 2GTDA 4BRMA 1NGAA 1ZC6A 1K8KA 2FF6A 1GLAG 1HPMA 4HTLA 4BC5A 3FZKA 1Y64A 2I7NA 4BRFA 2CGJA 4CI6A 2P9LA 3O1BA 2ZGYA 3QB0A 4RCHA 4K25A 2D0PA 1QQMA 3QFPA 4H03B 3C7NA 3ULEB 3JXUA 5AQVA 5BREA 3MDQA 4B1ZA 3O8MA 3LDPA 1BG3A 3UE5A 2E1YA 3HSCA 2NLXA 3C0BA 2ZGZA 4QS8A 4IWVA 3ZETA 2YHXA 2YHYA 3KVGA 2W40A 1MWKA 1NMDA 3GE1A 5ELZA 3ZEUA 3LM9A 1NGIA 1K8KB 2D4WA 2F9WA 1QZ5A 4FPAA 1P8ZA 2P9LB 3DAWA 5BPLA 2P9PB 1IJJA 4FWKA 1ZBSA 5AFUH 2GWJA 4DQ8A 1GLEG 5BRFA 3UKRA 2E1ZA 2OANA 3JS6A 1BA1A 1JCGA 3GDQA 3IDHA 4IZ9A 3G25A 3A8YA 2ASOA 2D0OA 3ZETB 3WXKA 1KAYA 4E1JA 1QZ6A 2QWPA 4FWPA 2VCPA 3I33A 3MCPA 4FWQA 2KHOA 5AQMA 3EO3A 3A5OC 2QW9A 1U2VB 2QWQA 3DWLA 3HTVA 3ZX2A 3DXKA 1WOQA 3U4LA 1ATRA 5FPMA 4YDUC 3QBXA 1SQKA 3UKRB 3H46O 1SAZA 4H0VB 2ASMA 5BR9A 1GLDG 2AP1A 5AQTA 5EY4A 5EXWA 4FO0A 5F1XA 2P9NA 2Q97A 3VEZA 1MWMA 4BG8A 3DXKB 2FSJA 3BF3A 2Q0RA 4AM6A 4ISFA 3O1WA 1NGFA 5KQDA 3MN5A 4MLHA 3CI5A 3H3OB 5F2RA 2ZF5O 3VEVA 1TUUA 3GG4A 5AQFA 4YDUA 3CJ9A 2QWRA 2V7ZA 2FSKA 4BVPA 2E2OA 2CH6A 3CIPA 2E88A 4A61A 1X3NA 2P9NB 4ISGA 3ENHA 3EN9A 5EVZA 3CQYA 4B1UB 5AQIA 3IFRA 3CQXA 4B1YB 2QWLA 4K43A 5AQZA 4BROA 4BR9A 4BRAA 3EZWA 4FPBA 4PL8A 3BP8A 3SLCA 4JAXA 3L0QA 4BR0A 4Z94A 4B9QA 2WUSA 3DXMA 4PKHA 2E2NA 4IJAA 3LDNA 3A5LC 4CZMA 2BTFA 3VEWA 1GLCG 1ATSA 4BGBA 1KAZA 1NGEA 2QXLA 4BC4A 1S3XA 1RFQA 3SK3A 2Q31A 2V52B 1H1VA 3KHYA 3WXJA 4BR4A 2ZWHA 3W3DA 2CGKA 3R9PA 3VEOA 1C0FA 3IMXA 4LC9B 3DXMB 2HOEA 4IJNA 3CJCA 5AQWA 4JHDA 2P9PA 3U8XA 1CZAN 1NBWA 2A41A 2E2PA 3M1FA 3WEEA 2YJFA 3F9MA 4A2BA 4O8KA 2GUPA 4NB4A 4CD1A 4B1XB 4M7YA 4J8FA 3M3ZA 2PBDA 4XH5A 3ID8A 2FF3B 1ZXOA 3EL2A 3UB5A 3VPZA 1NGGA 4EIAA 5AQPA 5KPRA 3CJBA 1GLLO 2VWBA 4WQ5C 3WQUA 4H0YB 3R8EA 3FE1A 4JHDB 1U2VA 1HX1A 3D2EA 3A0IX 4M63C 3VESA 3WEEB 3ENOA 1NGJA 3SMPA 3GOIA 1R59O 5FPDA 2QWOA 4CBXA 2A5XA 4XH1A 1WUAA 1YVNA 3VOVA 3U9DA 1G99A 1NLVA 4BG9A 2E8AA 3HM8A 5I9EB 1BWFO 4BC2A 5E26A 2Q0UA 1NM1A 4EHTA 3CETA 1HKGA 1HKCA 5AZIA 3P4IA 4FWOA 2GELA 4MLEA 5AFUA 3D2EB 4CZJA 1ESVA 3HBTA 3VF4A 3WXLA 1T44A 3FZMA 3BEXA 3KZBA 4BREA 1DGKN 1XC3A 4FL9A 4FWNA 1SZ2A 1BO5O 1QQNA 1BDGA 1BA0A 4JD2A 2AA4A 3CJ1A 3H1VX 4BRKA 3QFUA 4BRQA 1C0GA 5JLHA 3IUCA 3FZLA 1E4FT 5BPNA 2HMPA 5AZIB 4BQZA 3LDLA 3WXIA 1JCFA 3U9ZA 4AM7A 4CBWA 3MN6A 2EWSA 2IVPA 3CHWA 2CH5A 4PKGA 1GLJO 4BRIA 5ADXH 3O6WA 4FWLA 2V7YA 3L6QA 3S41A 4JD2B 2A40A 1OKJA 1BUPA 3VF2A 5CE3A 4K42A 2J4RA 2GWKA 4H5RA 1NGCA 4L3QA 1NWKA 3HI0A 5BRDA 3LM2A 3FR0A 1NGDA 4MO4A 3OHRA 5AQYA 4CZHA 3D2FA 4BRDA 2P9SA 4FWMA 3O4WA 4ISEA 4CZLA 3CJAA 4FSVA 4CZEA 4H0PA 2IVNA 3LDQA 1QQOA 3MN7A 4BRPA 5KPZA 4B1WB 1GLFO 2E20A 4H0OA 5AQNA 4BRCA 4B1VA 3LDOA 3L4IA 2BUPA 4M7XA 2HF3A 3VGKA 1MDUB 4FWRA 5AQRA 3AAQA 3D2FB 3MK6A 3EKSA 2P9SB 4BQLA 1J6ZA 3TU5A 1KAXA 1IG8A 1TYQA 3GL1A 4WQ4C 4CZGA 4XH4A 4F9OA 1LOTB 3HZ6A 1BOTO 1HLUA 3SMSA 4K41A 3TPQA 5JICA 5B8HA 1RDWX 5FPEA 3MMVA 4BRHA 4H5WA 3ZX3A 4MO5A 2HF4A 4FOIA 1EQYA 3MN9A 3QDKA 5AQHA 2V51B 4QS7A 4O5FA 4CZKA 3QMLA 4QS9A 3H6EA 3CERA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BRHA 3CC4N 3R3LA 4CJSA 1TYQB 4JI1K 3WQTA 3AVLA 1C0UA 5M1KA 1DTTA 1YUWA 1JLGA 5C42A 5E84A 1D9FA 2P9IA 3H1QA 4CEEA 3LL3A 3A5NC 2ZE2A 3VERA 4DFMA 3VGMA 4KBOA 1C1BA 3G6EN 3CCMN 1S9GA 2QI2A 2PFUA 1V4SA 2F4VK 2GUIA 4DSEA 5AQXA 3ATUA 1S6QA 2QWMA 5KPTA 2YI1A 1RT7A 4JRQA 2JWLA 5C24A 3FLCO 1VSIA 2Z1JA 3OBYA 3CFOA 4BGAA 5CHIA 4LSNA 3ZT0A 3CCUN 2YJEA 2P9KB 1VQ5N 3RVCA 4Z4IA 2G8VA 4H4OA 4DQQA 5JS2A 3G10A 1NJXA 3MXJA 1S72N 4I6MA 2XY6A 4PHTX 2FLOA 4BWMA 1KCFA 1WSJA 4FLVA 3FFKB 1TV6A 3AA5X 4CF9A 2UUAK 1L3TA 3V1RA 4BC3A 3HK2A 2AJQA 4AHUA 4EHUA 3HOTA 1K8AO 1KSPA 4JKCA 4DKWA 5BN9A 3CCLN 5KRTA 1RT4A 3ZT4A 4LF5K 4W5QA 4WFBL 1QSSA 4DSFA 3SUNA 5CZ2A 2O8FB 2RF2A 3O08A 2NRZA 3OS2A 1Z05A 4C8KA 3D0PA 4DTNA 4HWIA 3RSEB 1HNWK 5AZJB 1CLQA 5I42A 2P9UA 5T7BA 4FW2A 4KHQA 1U6ZA 2VWKA 3LPUA 1XQSC 5LJWA 3DI6A 2KLAA 1QSLA 4DF8A 3M6GA 3VQQA 1TL1A 3AAPA 1HJOA 2NRHA 4JK7A 4PUOA 1HMVA 4RTFD 1A5XA 3QIOA 5C10A 3CC7N 5AQQA 3C95A 3ZX0A 1KQSM 3A5MC 2F96A 3N4QA 1N34K 4EAHD 2G8UA 3VQ6A 1JLBA 3ULEA 3P39A 1BIUA 3MEGA 3TAFA 4Y1DA 3RR7A 3OTOK 5D3GA 3SUOA 3VEXA 4JI3K 3LP2A 4W5RA 4CGGA 3C6AA 2HMIA 1N8RO 5IWAK 4J2DA 1YIJN 3QB0A 4K25A 2BE2A 1SL0A 3JXUA 2HSTA 1YVUA 5AQVA 3MDQA 4JI0K 1IBLK 1RT1A 1SUQA 4IOXA 4C8MA 2ZGZA 4IWVA 3ZETA 2YHXA 3AO3A 3OYIA 3GE1A 3ZSRA 5GADP 3LM9A 4ELVA 1JLAA 4FPAA 1P8ZA 3DAWA 4PWDA 1G15A 1VSJA 4KV8A 3NFAA 2WC9A 3AVHA 1ZBSA 5C12A 2GWJA 1WAJA 4FJ8A 5BRFA 5GIPA 1Q7YO 1BA1A 3GDQA 3HPHA 4IZ9A 2ZM6K 3A8YA 2D0OA 4KHWA 3LAMA 1CZBA 4DFJA 2ATQA 2YNHA 3I33A 3MCPA 3V9WA 4KHYA 1RDDA 2QWQA 3TAMA 3DWLA 3ZX2A 4I9QA 3KD1E 4B3RK 3SV3A 4Q0BA 3CCEN 3QNOA 3KK1A 1T7PA 4QCLA 3C6HA 3QBXA 3UKRB 5DK5A 3H46O 4CIGA 3VQ4A 4CGIA 2HBKA 5EXWA 4CFAA 2OCEA 3VQ5A 1IO2A 1RT6A 2P9NA 2Q97A 4KO0A 1SS6A 1YJWN 2YNIA 3SZ2A 3VA0A 2QXFA 4CJRA 4DV1K 4E7JA 1Q86O 4U7BA 3NH0A 2ZF5O 1YHQN 4CJTA 1OH5A 1B92A 2OTLN 2FC0A 2FSKA 4I9LA 3CIPA 2DFFA 1X3NA 3AV9A 4KHUA 5EVZA 3TARA 3CQYA 2IGIA 4YY3K 5AQIA 2X78A 3CQXA 1RTHA 4BRAA 3EZWA 5H1SQ 1X9WA 4GVMA 1U4BA 1VQKN 4B9QA 4JKGA 2E2NA 1IKXA 4O55A 1RBTA 1JL1A 1VRUA 4CZMA 3VEWA 3TAPA 1GLCG 5C2DA 1ATSA 4CJUA 4BGBA 4W5NA 4KI4A 1RFQA 3SK3A 3QESA 2FBTA 2Q31A 1H1VA 3RMDA 4LF9K 5SZTA 1VQON 1RTJA 3R9PA 4Q5VA 1C0FA 1SL2A 2E6MA 2HOEA 4E7IA 3U8XA 4RW9A 1IKWA 3F9MA 2WONA 4O8KA 3T7ZA 4B1XB 1XMQK 4R5PA 3OYGA 4GVEA 4C8OA 3R1XA 1HYVA 2FF3B 4NCBA 1VSKA 1NJIO 3G0ZA 4H0YB 1L3VA 3AVAA 4M63C 3A0IX 3WEEB 4M3WA 3ENOA 1NKBA 2HHXA 2F7TA 3SMPA 1WSFA 4JI7K 4CBXA 1WUAA 1YVNA 1NLVA 4CFCA 4GMJB 2B4JA 5I9EB 1BI4B 3HT3A 1Y97A 4FWOA 3C94A 2GELA 4MLEA 1N6QA 2RE2A 4CZJA 1ESVA 3CQ8A 3E9LA 3HBTA 1T44A 3VQAA 3BEXA 4DSJA 3K5NA 4FJ5A 3SAGA 1XNQK 4JD2A 4K8XA 1JKHA 2VQEK 4M3YA 5JLHA 2KFZA 5BPNA 2XRIA 3PIPL 3LP3A 2UXDK 4YFUA 4ELUA 1U45A 4CBWA 4CJEA 3JAMO 3MN6A 4O44A 4Y1CA 3OYHA 4N76A 4OO1J 4BRIA 5A2QO 3L2QA 4NYFA 3O6WA 4KHNA 3QINA 4FLWA 2KZZA 3L6QA 4OKKA 4DR7K 3CCSN 3L2WA 1BUPA 1WNSA 2P5OA 5M1PA 5C2FA 2NRWA 2J4RA 4CHOA 1VSMA 3O3GA 4I2PA 3DLBA 3HI0A 3HOSA 4OPAA 1C0TA 4W5TA 4CE9A 2XO7A 4NXNK 4BE1A 3U3GA 5BRDA 4MO4A 1D9DA 3HVTA 3PSFA 4AHTA 4HCBA 2IVNA 3VQPA 3LDQA 1QQOA 1JLQA 4BRPA 3OYFA 3PO5A 4X66K 1X1PA 1SKRA 3RMCA 4KTWA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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