3ZETB

Structure of a salmonella typhimurium ygjd-yeaz heterodimer.
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
337
structure length
337
Chain Sequence
MRVLGIETSCDETGIAIYDDKKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKEAGLTASDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWNVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPMLSKMASQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRSNGGDEQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALESTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMQKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGVTADLGVTVRPRWPLAELPAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords PUTATIVE M22 PEPTIDASE YEAZ
publication title Crystal Structure of the Dimer of Two Essential Salmonella Typhimurium Proteins, Ygjd & Yeaz and Calorimetric Evidence for the Formation of a Ternary Ygjd-Yeaz-Yjee Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. st4/74
molecule tags Hydrolase
total genus 113
structure length 337
sequence length 337
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3zetB01
3BUZB 4RTFD 3LDLA 3FE1A 3ZX2A 1HKBA 2HF4A 4JD2A 2A6AA 4ISEA 2D4WA 3BF3A 4ISFA 4BC3A 4H5WA 5KQDA 1ZC6A 4CD3A 2HF3A 1H1VA 4CZGA 3HZ6A 4XH4A 3CETA 4CZHA 1GLJO 2E8AA 4BGBA 2P9UA 3VPZA 2E1ZA 3LDPA 3VEVA 4WQ5C 1GLDG 3R8EA 3MN9A 5AQOA 3BF1A 2P9SB 4IJAA 3VETA 4JN4A 1JCEA 4QS7A 3WQTA 5KPTA 3H6EA 4CZEA 1ZBSA 1XQSC 2NLXA 1GLBG 3HSCA 2BTFA 3BEXA 4JD2B 5AQIA 4BR5A 5LJVA 2E20A 2OANA 3VEYA 3A5MC 1NM1A 3SJHA 3H3OB 4H0TB 3BP8A 2ASMA 1NWKA 4A61A 4H0VB 1SQKA 3O80A 2P9PA 4CBWA 2P9UB 3C7NA 4CD1A 5BN8A 3UKUA 1DEJA 2P9KA 5AZIA 4FWQA 3IMXA 5BPNA 4BR9A 5AQUA 4BG8A 3O5BA 5BN9A 1T6CA 1Q18A 2GEMA 2A3ZA 1RDWX 2QW9A 3QMLA 2ITMA 2I7NA 3EO3A 4CZJA 4EHUA 1GLLO 3EZWA 1X9JA 1ESVA 2GELA 4K41A 3JS6A 5F0XA 2A42A 3EL2A 1V4TA 4RWTA 1U6ZA 2CGLA 1HJOA 1HX1A 2P9LB 2P9PB 3GG4A 4BRHA 1NBWA 3C7NB 4BC5A 3DXKA 3ZETA 3O8MA 2P9KB 3QFPA 3UKUB 4BRNA 5AZIB 1KXPA 4EIAA 4JHDB 2QWQA 2J4RA 2QWNA 4BRGA 2DPNA 3FZKA 3D7EO 3ID8A 4E1JA 4IWVA 3CERA 4ISGA 3EKSA 5AR0A 1J6ZA 2YJEA 4FWKA 5BPMA 4DQ8A 2ASPA 1HPMA 3VOVA 4C23A 1OKJA 1BO5O 4DHYA 4CBXA 2IIRA 4CBUA 3DXKB 2A41A 3SMPA 1NGDA 1S22A 5AQGA 3ZETB 5BRDA 3W3DA 1CZAN 4RCHA 1BG3A 2V7ZA 1GLAG 1BWFO 3TPQA 1NGBA 4BREA 2W41A 3MMVA 2KHOA 4I6MA 1BOTO 3MN6A 4GNIA 4MLEA 5AQMA 3LM2A 3H1VX 3LL3A 1JCGA 1HUXA 1K8KA 3FR0A 4B1ZA 2A40A 3LDNA 3AY9A 3IUCA 4DB3A 1R59O 4B1WB 4H0PA 4KBOA 5KPRA 3O4WA 2YHXA 1NGHA 5CE3A 3L6QA 2F9WA 2VCPA 3ATVA 1E4GT 4BQLA 3M1FA 4HTLA 2FXUA 2BUPA 4J8FA 5ADXA 5AQPA 3U4LA 5FPMA 1BUPA 1WOQA 2E2PA 2W40A 1V4SA 5LJWA 3ENHA 4I6MB 4JAXA 3FLCO 3M6GA 4FWLA 1HKGA 3QBWA 3HM8A 2QWRA 3ZX3A 3WXLA 1K8KB 5AQYA 4NO7A 2FSNA 4QS8A 3TU5A 1XUPO 4NB4A 5AQNA 1ATRA 3VEWA 2F9TA 1WUAA 2IVNA 4M63C 2NZTA 5FPEA 4EAHD 5EXWA 3H46O 3D2EA 1MWKA 1XC3A 2QWOA 3A5NC 3QB0A 4BRFA 3C0BA 4BRCA 1EQYA 4O5FA 3CI5A 4EHTA 5EY4A 2P9LA 5AQXA 3GDQA 3O1BA 5JLHA 2PBDA 1T6DA 3VESA 1HLUA 4CZKA 4IZ9A 2YI1A 2FF6A 4BRPA 2CGJA 1NLVA 4JHDA 3CQXA 1TUUA 4BGAA 2QXLA 2NRHA 1Y64A 3J8AA 4LC9B 4CZMA 3WXIA 4M7XA 5BRHA 3DXMA 3A5OC 4BRAA 5EX5A 4H0YB 4B1VA 3D2EB 4FWOA 3FZHA 4IO8A 4K43A 4MLHA 2WUSA 2E2OA 2E2NA 3H3NO 2Q31A 5AZJA 2FLOA 5AFUA 3U8XA 4FL9A 3R6MA 4BVPA 3UKRA 2UYTA 4A2BA 4BG9A 1ZXOA 3FZLA 2Q97A 4GY2B 3VEXA 3I33A 4BR7A 1X3MA 3O6WA 3D2FA 3DXMB 1ATSA 1GLFO 1YAGA 2GTDA 1DGKN 3EN9A 4PKGA 2AP1A 2ZF5O 4BR4A 3FZMA 5AQWA 1NGEA 4PKHA 3MN7A 1NGJA 3H45C 3WEEA 3AAPA 4EFHA 3U9DA 1IG8A 1QQMA 5AZJB 3ULEA 3UE5A 1HKCA 4Y0WA 5AQRA 4B9QA 1RGIA 1BA0A 1YXQA 3CQYA 2AA4A 2Q2RA 1NGGA 5E84A 3UKRB 4CI6A 2YJFA 1C0GA 5E26A 3D2FB 2CH6A 4FWPA 1NGIA 5BR9A 3CHWA 4XEIA 3CJAA 3QDKA 2ZWHA 3ENOA 1Z6RA 3CJ7A 4BR2A 3QBXA 4H03B 5AQHA 3VEOA 2IVOA 3QICA 3GL1A 3GOIA 4B1UB 3AARA 1NGCA 3WEEB 3WUHA 5AQZA 4JNEA 3ULEB 1X3NA 3VGMA 4H5NA 5KPZA 3VEZA 3WXJA 3WQUA 3DJCA 4FO0A 2CGKA 4Z94A 4FPAA 4IXCA 4A2AA 1IJJA 5AQQA 4BRLA 4BC2A 3WXKA 4CZIA 2D1KA 3VENA 1C0FA 3KHYA 4H5RA 5JICA 3VERA 2E2QA 3VGKA 2V52B 1DKGD 2FSKA 3S41A 2Q36A 3ZX0A 4FWSA 1BDGA 4BRIA 3FZFA 4XH1A 1JCFA 1QQNA 2P9IA 1U2VA 1NGAA 2QM1A 4FWRA 3GE1A 5ADXH 3L0QA 4XH5A 2EWSA 1E4FT 1ATNA 2Q1NA 4PL7A 3CJBA 4M7YA 2A5XA 1NMDA 2ZGZA 3VF6A 1RFQA 2FF3B 4PL8A 4WQ4A 3LDQA 3SK3A 2ASOA 4K42A 3F9MA 3OHRA 4FOIA 1TUYA 2CH5A 5AQKA 2P9IB 1U2VB 4YDUA 3W0LA 3IDHA 1QHAA 5BREA 2I7PA 1GLEG 5KQ8A 1LOTB 3CJCA 1D4XA 2Q0RA 3SMSA 1SAZA 4DCHA 5AQLA 3CJ9A 4MO4A 5ELZA 4FOEA 3HBTA 2D0PA 4BVOA 3DWLA 5EOYA 4O8KA 4FPBA 5BPLA 1TYQA 5B8HA 1MWMA 2YHYA 5I9EB 4A62A 2V7YA 4WQ5A 3U9ZA 4BRKA 3DAWA 2Q0UA 5FPNA 4MO5A 4F9OA 3EKUA 3I8BA 5TKYA 1G99A 4HWIA 4BRDA 2YHWA 2IVPA 3P4IA 3AAQA 5JLFA 3SLCA 2QWPA 2GWKA 3CJ1A 1LCUA 5AQFA 4CZLA 3O1WA 2QWMA 1QQOA 3R9PA 4CJ7A 3CIPA 3HI0A 4FSVA 4BR0A 2V51B 5AFUH 1NGFA 5BRFA 3A5LC 1TYQB 2H3GX 2P9NA 4H0XB 4WYBA 4FWMA 5F2RA 4PKIA 3LDOA 1QZ5A 3A0IX 2QWLA 3JXUA 3B8AX 3RSEA 5LY3A 4IJNA 3VGLA 2FSJA 3GBTA 3KVGA 3FFKB 1Z05A 2ZGYA 4CZFA 1P8ZA 2YCHA 4H5TA 5EVZA 1SZ2A 5JMVA 3MDQA 3ZEUA 4H0OA 3H1QA 3VF2A 2HMPA 4AM6A 3A8YA 1QZ6A 1MDUB 3MN5A 3L4IA 3VF4A 1BU6O 5AQVA 1KAZA 2P9NB 3MK6A 2GUPA 1YUWA 2GWJA 3LM9A 1KAYA 1S3XA 2E1YA 2E88A 4B1XB 3WT0A 3M3ZA 1MA9B 3RSEB 3ATUA 4QS9A 1YVNA 4AM7A 1BA1A 5AQSA 5AQJA 4FWNA 4WQ4C 3O08A 3KZBA 4K25A 4B1YB 1GLCG 5F1XA 4BRQA 4BC4A 3ZEUB 1T44A 2HOEA 3FGUA 4BQZA 5AQTA 2D0OA 4L3QA 3UB5A 1KAXA 3G25A 2P9SA 4YDUC 4H5VA 3MCPA 2VYPA 4BROA 3QFUA 4BRMA 2PAVA 3HTVA 2VWBA 3IFRA 5FPDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RTFD 4Z0UA 3V81A 3ZX2A 2HF4A 2A6AA 3VMFB 4ISEA 5KQDA 4CD3A 4JK9A 3LAKA 3HZ6A 4XH4A 3KD5E 1IBLK 3TR8A 3CCQN 3HVRA 1UA1A 2E1ZA 3LDPA 3NBPA 3VEVA 1HNXK 5AQOA 4BWJA 4KRFA 1RDCA 1NK8A 4FZZA 3VETA 5M1KA 4GV6A 5KPTA 4DV3K 3H6EA 1RTDA 2NLXA 1GLBG 5M1FA 2BTFA 5AQIA 5LJVA 1YIJN 3BZKA 1NM1A 1SL2A 3H3OB 4H0TB 3BP8A 3KLIA 4A61A 1RT1A 4RW6A 1JLAA 3O80A 2P9PA 3F5TA 3OVNA 3L4QA 2XY5A 3SV3A 3UKUA 1DEJA 2F7TA 5BPNA 4TSXA 3QLHA 5DMRA 4JI0K 1T6CA 2GEMA 2A3ZA 3QMLA 5I3UA 1WSIA 4CZJA 3THWA 5C15A 1GLLO 3OYJA 1X9JA 3HOSA 2RKIA 4E7IA 3CC2N 3F9KA 3J81O 3AA3A 3GG4A 3C7NB 4DSFA 2UUBK 3QEXA 4DV2K 4JI4K 1TAUA 4EZ6A 4AILC 4CHNA 1N34K 2IGIA 5M1PA 4CK3A 3L3UA 4BRGA 2QWNA 1CXUA 2DPNA 3FZKA 3ID8A 4IWVA 4ISGA 2PYLA 4F2RA 4A59A 4DQ8A 1HPZA 4U7BA 4CESA 1HPMA 3QERA 1OKJA 1JJ2M 4AHSA 1SKRA 5CZ1A 3K5MA 3I0SA 1RNHA 3O3GA 3D45A 1NGDA 1BHLA 3ZETB 1C1AA 1RBSA 4ILGB 1SKSA 5D3GA 2AJQA 2HB5A 2OZSA 2NRXA 4OGCA 1VSDA 3MMVA 3NGYA 4CF2A 3SPZA 2KHOA 4I6MA 3MN6A 4GNIA 4CF1A 4MLEA 2VQEK 4DV5K 3LM2A 2HVHA 1UAXA 1K8KA 5KRSA 4DTMA 2KZZA 4B1ZA 1LW2A 3LDNA 3P83D 3IUCA 4ILJA 3PX6A 1X9SA 4H0PA 4JKFA 1VSMA 3ZT4A 4A5BA 2VCPA 3ATVA 2E5LK 4BQLA 2WONA 3ISNC 3M1FA 2FXUA 3WNEA 2BUPA 1RT3A 4FJIA 1NMNA 3QEIA 5LJWA 4JAXA 4FWLA 4DU3A 5TKWA 4DTOA 4CHZA 3LAMA 3HM8A 4E89A 5AQYA 3NGIA 4CF8A 2FSNA 1XUPO 2WFBA 4Z4EA 3SAGA 3O3HA 2O8FA 4CFCA 4KHPK 3TTCA 3VQDA 2NZTA 5FPEA 4EAHD 5EU7A 1QSSA 1MWKA 3QB0A 4BRFA 4ILHA 5JS1A 4BRCA 2W6LA 4I9LA 2O8CA 4EHTA 5EY4A 3GDQA 3KIOA 1HLUA 4M41A 1JLBA 3WNGA 4BRPA 2FF6A 1IBMK 4JHDA 3VQBA 2VQFK 4FJLA 3CQXA 1TUUA 4BGAA 5FDLA 3JAMO 4LC9B 4M7XA 5BRHA 3A5OC 4HHTA 3ZSZA 1QVGM 4LF9K 4H0YB 1OVYA 1U04A 4B1VA 1KLMA 1NJZA 2OPPA 3D2EB 1VSLA 1RTIA 4IO8A 3THXA 4NLBA 2WUSA 4CGFA 4IOCL 4C8KA 3MEEA 4B08A 3C6HA 1O1WA 5AFUA 4HCCA 4BVPA 3KLGA 4CJTA 3PLAA 4A2BA 4BG9A 5FRMA 3FZLA 1VRUA 3OBYA 4GY2B 3VEXA 4CJSA 4DKWA 3DRRA 4O55A 2GTDA 2PY5A 1DT9A 4MDAA 1DGKN 3EN9A 1D9FA 1VHXA 4DS5A 3NAEA 5MLCQ 4BWMA 4FM0A 1NGEA 4WE1A 3MN7A 1OH6A 4AHTA 3U9DA 3HP9A 2YNIA 1BL3A 4JKEA 3ULEA 1HKCA 4W5RA 4E19A 5KRTA 5E84A 1EXQA 1ZBIA 3ZSVA 4Y1CA 4CJLA 3DMJA 3OYAA 4FLZA 3NF6A 5E26A 2VWKA 4FWPA 5BR9A 3MECA 2ZWHA 3AVAA 3ENOA 3ASMA 2NRZA 2G8UA 3GOIA 4B1UB 5LL6Z 1VSIA 3QO9A 2KLAA 3WEEB 2KFNA 3AVBA 4M45A 3ZSRA 1WSJA 3HP6A 4B8CA 4FPAA 4E1MA 4FJJA 4ELTA 1S1WA 3P31A 2OPQA 4CEOA 2WTUA 5LMNK 3KHYA 5HRPA 1U4BA 3VERA 3VGKA 1DKGD 2FSKA 4CJEA 3L2QA 5C24A 1BIUA 4B9LA 4XH1A 2P9IA 1HNWK 3H08A 3THVA 4DFMA 4RW9A 1RDAA 4FWRA 1M1KO 3GE1A 5ADXH 3KK1A 3V1OA 3ID6A 1NJIO 5J2MA 1TK5A 3KKRA 1RFQA 2FF3B 3LDQA 4N5SA 3Q7BA 1ITGA 3KKSA 5K14A 1EP4A 2FBYA 4PY5A 4OPHA 1QVFM 2CH5A 3ZCMA 1QHAA 5BREA 2O4GA 1GLEG 1YT3A 1LOTB 3SMSA 1SAZA 4CGGA 4RW7A 4CJPA 2HHHK 1FXXA 4MO4A 4FOEA 3HBTA 4BVOA 4E7KA 4B9UA 4HUFA 1LWCA 2GV9A 3OYCA 5CYQA 5B8HA 5H1SQ 2O8BB 4DSJA 4AHCA 4YY3K 4WQ5A 5JVHL 3U9ZA 4H4MA 1JLGA 2Q0UA 3BZCA 4CE9A 2WOMA 1RBUA 4DV6K 3T1HK 4DR3K 4BDPA 3EKUA 1G99A 4DTUA 5I42A 3HOTA 3AAQA 2OZMA 2X74A 4WFAL 3SLCA 1YI2N 2GWKA 4FCYA 1LCUA 4CZLA 3CMAN 3O1WA 3R9PA 3TAMA 4CJ7A 3HPOA 4DV4K 1VQON 4FSVA 3AA5X 3AVJA 2V51B 3D0PA 3V4IA 4JI1K 4ID5A 3SUPA 1G15A 4FWMA 4B9NA 4PKIA 4DQRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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