The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
145
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sequence length |
391
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structure length |
390
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Chain Sequence |
MSDEWEQLTVELRKIPRGTEAAPQYLRHLMKMFVADFETAVSKRFDVKFWNKLKSMMDEITKAMENDRLVNHNVQNLAIGFLTDLSLLVHYHYEIPNYGNDISKQLTWTPDVFLNRKPIKSKKNSRVFMAYVLLRMGDLMRYKENYPKAQEYYEQSCRINPADGAVWNQLGLISSLGAKNLESVYFHTRALHATMEFPTASGGLTNIFKNFANRDISRPMPIKDLYLSCLGRIHFLLEIEDSSVHLQKIGEEAATSKEMIVPLMSVYKHLEDGTELEQRAVEYVKTIWCTAYRSLLKTLDDYKEESKKLADVPHLLHILALLLCAPKLLRGIEDQTEDEVTSICEWLLCACDEKIKDSDAFGYFHCLQRIQYPLTRTQLAQKLVEIEDED
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An Unusual Arrangement of Two 14-3-3-Like Domains in the Smg5-Smg7 Heterodimer is Required for Efficient Nonsense-Mediated Mrna Decay.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Mrna-binding protein
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| source organism |
Caenorhabditis elegans
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| molecule keywords |
NONSENSE-MEDIATED MRNA DECAY PROTEIN
|
| total genus |
145
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| structure length |
390
|
| sequence length |
391
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-12-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Delta-Endotoxin; domain 1 | Delta-Endotoxin; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R9A B; 3MV3 B; 4XI9 A; 2FBN A; 3BEE A; 5KJM A; 3ZN3 A; 3LCA A; 2FEZ A; 3Q49 B; 2QFC A; 2XCC A; 3GW4 A; 4JA7 A; 4NQ0 A; 3WXX A; 2VQ2 A; 5CCM A; 5A7D B; 5KJN A; 1HH8 A; 2UY1 A; 4UI9 K; 3EDT B; 4CGV A; 3Q15 A; 3K9I A; 1ELR A; 3AS5 A; 3CKC A; 4AY6 A; 4U0Z A; 2JLB A; 2C0L A; 3ASD A; 4BTB A; 3CV0 A; 4JA9 A; 3Q5M A; 2OOE A; 3KAE A; 4N3A A; 5LCW C; 2E2E A; 4U0U A; 4Y6C A; 5CHE E; 2C0M A; 3MKR A; 5AYW D; 5BNW A; 2XEV A; 5FTP A; 4HOT A; 4WNE A; 5D0Q D; 4G2V A; 4W9R A; 4Y6W A; 4HOU A; 1WAO 1; 4BTA A; 1HXI A; 2LSV A; 3ULQ A; 4U0S A; 2HYZ A; 1QQE A; 4GYO A; 4JHR A; 4HOR A; 4GPK A; 1IHG A; 2VGX B; 4G24 A; 1NA0 A; 2V5F A; 4KBQ A; 5M72 A; 2FO7 A; 2PQR A; 3TG5 A; 1KLX A; 3VTX A; 5BW8 C; 2YHC A; 3RO3 A; 2VSN A; 4I17 A; 3KS2 A; 4YND A; 4GZ3 A; 3CK8 A; 3NF1 A; 4J8E A; 3UQ3 A; 5EKQ D; 4N5C A; 5LCW J; 4G25 A; 3OXL A; 2FI7 A; 5D0O D; 4A1S A; 4HOQ A; 4IN3 B; 2HR2 A; 3OXF A; 3MA5 A; 4KXK B; 4B94 A; 4N2Q A; 3QOU A; 5C1D A; 1W3B A; 3N71 A; 3AS4 A; 2VGY A; 2NC9 A; 2Y4T A; 4G23 A; 4WND A; 4N2S A; 4EQF A; 1PC2 A; 1NA3 A; 3ASH A; 5JJ6 A; 1FCH A; 3CVL A; 3RO2 A; 3PE4 A; 5HQ8 A; 2VGX A; 1ZBP A; 4H7X A; 5FJY A; 5KJK A; 3LYA A; 3HYM B; 4GYY A; 1ELW A; 1B89 A; 3RJV A; 5ARF A; 2DBA A; 3QWW A; 4H7Y A; 2XCB A; 5FZR A; 3TGO A; 2Y4U A; 4BWR A; 3U4T A; 2AVP A; 5BT1 A; 5DBK A; 4U07 A; 5ARG A; 4UI9 J; 4LEU A; 4WNF A; 3PDN A; 4GZ6 A; 3QWV A; 4AY5 A; 3MEK A; 2LNI A; 3QDN A; 4GCN A; 4J8F A; 4BT8 A; 4NRH B; 4AM9 A; 4GCO A; 2FF4 A; 2XGM A; 4GA0 A; 4RG6 A; 3LY7 A; 1WM5 A; 3RU0 A; 3RKV A; 5JJ7 A; 2KAT A; 3ESK A; 2I6H A; 4JL0 A; 3O48 A; 4ME2 A; 4I2W A; 4UQZ A; 4GA2 A; 4APO A; 3IEG A; 3S7D A; 2KCK A; 4ABN A; 4AIF A; 1NZN A; 3QWP A; 1HZ4 A; 3ZHE B; 3ZPJ A; 1IYG A; 4UI9 C; 3JYS A; 4XIF A; 3LY8 A; 3VTY A; 5EX0 A; 3ZFW A; 1KT0 A; 3LPZ A; 4CDR A; 4N39 A; 4G26 A; 3GZ2 A; 4WUY A; 2PQN A; 2VYI A; 3URZ A; 3LKU A; 5G05 C; 2PL2 A; 2WPV A; 3ASF A; 4I9E A; 5FZS A; 4I2Z A; 3ASG A; 2C2L A; 3UPV A; 3PE3 A; 1E96 B; 3SF4 A; 4F3V A; 3MV2 B; 2MHK A; 2L6J A; 2VSY A; 3CK7 A; 2KCV A; 5G04 J; 3ZGQ A; 3S7B A; 3CVP A; 4J8D A; 5JJT A; 3FFL A; 4G1T A; 5DIZ A; 1XNF A; 2LSU A; 2KC7 A; 1ZU2 A; 5KJL A; 1A17 A; 4BT9 A; 4KYO B; 2XGO A; 3KD7 A; 3CVN A; 3UUX A; 2IFU A; 2XGS A; 4GZ5 A; 3FWV A; 3Q47 B; 4UQX A; 4O6F A; 1OUV A; 2UWJ G; 4J0U A; 1QZ2 A; 5HI7 A; 2R5S A; 1TJC A; 3SZ7 A; 3GZ1 A; 5A6C A; 4GA1 A; 1Y8M A; 4XI0 A; 3ZHE A; 4N3B A; 4HOS A; 1P5Q A; 3CEQ A; 2PZI A; 2Q7F A; 5FT9 A; 3FP3 A; 4YVO A; 2J9Q A; 3U3W A; 3OXG A; 1KT1 A; 3CVQ A; 5EX3 A; 2XPI A; 3LY9 A; 3CK9 A; 3S7J A; 3AS8 A; 5G04 C; 5FZQ A; 2OND A; 4I9C A; 4GYW A; 5G05 J; 1YA0 A; 2UY1 B; 4RG9 A; 3RIB A; 2P58 C; 4U04 A; 2KCL A; 3TG4 A; 2GW1 A; 3TAX A; 4I1A A; 2HO1 A; 4YVQ C; 5CCL A; 4WNG A; 3CKB A; 4CGW A; 2BUG A; 3Q4A B; 3S7F A; 2WQH A; 4UQY A; 2IF4 A; 3QKY A; 4N3C A; 3E4B A; 2YQ8 A; 3GYZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EU5 A; 3R9A B; 5AQ9 A; 2HM8 A; 4EZL A; 2J08 A; 2A4Z A; 1TR4 A; 4LRZ A; 2OVF A; 3EJN A; 3D9N A; 3ZN3 A; 2J07 A; 3LCA A; 3SMO A; 1S0P A; 3V2X A; 2QFC A; 3AG3 E; 5D66 A; 2DZO A; 4JA7 A; 2OEW A; 4CYM D; 3C3R A; 5CCM A; 3C5R A; 4DHU A; 2XS8 A; 5KJN A; 2WQ7 A; 2XRZ A; 1HH8 A; 1S63 A; 4NUR A; 1V55 E; 4CGV A; 2PM7 A; 4JVS A; 3Q73 A; 3UX0 A; 3JXI A; 1ELR A; 1H2V C; 3CKC A; 4AY6 A; 2RG8 A; 3EU9 A; 1O9C A; 3HG0 D; 3HDX A; 1D8D A; 3RRU A; 5HF3 A; 3P1U A; 4BTB A; 1O9F A; 2P2C P; 4F6R D; 3TWW A; 4W8J A; 2IOS A; 4GTP A; 4JC3 A; 3KAE A; 3X0U A; 4KT6 B; 3QAQ A; 1IKN D; 2WXP A; 5CHE E; 3G2U A; 3MKR A; 1HX8 A; 2V0P A; 4Q94 A; 4HOT A; 4WNE A; 3P2B A; 4W9R A; 2VTB B; 2WVI A; 2WM9 A; 3B7S A; 1HXI A; 2LSV A; 3I4R A; 3FTY A; 3CVY A; 3MHR A; 5AJD A; 4RVB A; 2X6H A; 4HFG A; 4L9P A; 1IHG A; 3MZL B; 1YYH A; 3I3N A; 2RD0 A; 4LNU D; 5JHA A; 2HE0 A; 2PQR A; 3E6Y A; 4HVB A; 5ENP D; 3RRN B; 3E33 A; 3SI5 A; 5BXO A; 4UWG A; 3L82 A; 1YCS B; 4ATG A; 1OCO E; 2MOW A; 1BI7 B; 2H6G A; 3UQ3 A; 3DRA A; 4ZHB A; 4N5C A; 1BU9 A; 2DCP A; 1OWN A; 3L16 A; 3FTX A; 5FQ6 A; 5FIO A; 4KXK B; 5ITZ F; 4CDM A; 1N4Q A; 3FEX A; 2V8S E; 2P9S G; 5JA4 D; 3N71 A; 3MYV A; 4YDY A; 3Q79 A; 5ENN A; 3CVU A; 4A3V A; 3G2T A; 4N2S A; 1MYO A; 3PH0 C; 3W9G A; 1LTX A; 5JJ6 A; 3FTV A; 3HVE A; 1IXV A; 3BG0 B; 1FCH A; 2ZXW E; 3LJN A; 3TWV A; 4BFR A; 2WXQ A; 5KJK A; 3FTW A; 2LUH A; 2ZGD A; 3D9M A; 2MYO A; 5ARF A; 2WXM A; 2DBA A; 3RK6 A; 3UMV A; 4GTO A; 4HI8 A; 4I6E A; 4H7Y A; 5T8I A; 5FZR A; 3TGO A; 1O5M A; 5DBK A; 3L17 A; 3PZ2 A; 1MJ0 A; 4WNF A; 4TRQ A; 3SD5 A; 3MEK A; 5AJL A; 4DX6 D; 3ENE A; 3EHM A; 2LNI A; 4DHT A; 5EID A; 3FU3 A; 4A3T A; 3OTN A; 4GZD A; 3FUK A; 4GB9 A; 4BT8 A; 4XKC A; 4M3O A; 2FF4 A; 2ZGG A; 3RKV A; 2WXK A; 1FT2 A; 1OWO A; 4DHN A; 3P1R A; 4JEH A; 4IUL A; 2I6H A; 1IQR A; 1E8W A; 1LF8 A; 4F1P A; 3ZKJ A; 3EIJ A; 3BG1 B; 4WWO A; 2KCK A; 3CHP A; 1OWL A; 3D9O A; 3NB2 A; 1Z6T A; 5EYP F; 1H6K A; 2EIL E; 5CEC B; 4BEP A; 4XX5 A; 1IYG A; 4UUC A; 3PEU B; 2QY7 A; 1E7V A; 5EX0 A; 1KT0 A; 4JW1 A; 1MQS A; 3LPZ A; 3F6Q A; 1A4O A; 1SVX A; 3LKU A; 3PE3 A; 2GRR B; 2IQC A; 5BY9 A; 5HRY A; 3AU5 A; 2L6J A; 3ESL A; 3S7B A; 4J8D A; 3FFL A; 3IQU A; 4E85 A; 1XNF A; 1A17 A; 3L22 A; 4DI4 A; 5AAR A; 2F0Y A; 4J6I A; 3KD7 A; 4FLB A; 2XGS A; 4GZ5 A; 4MBG A; 1SW6 A; 1Q2Z A; 4O6F A; 5AAO A; 3T0L A; 1DLC A; 4LCT A; 3FU0 A; 5T4Y A; 4ATZ D; 4HBD A; 1TNZ A; 2YNQ A; 4GA1 A; 3SY2 A; 1H0A A; 3PNL B; 2L0I A; 4N3B A; 1S64 A; 4GTM A; 3UIP C; 5LU2 A; 1VDY A; 3AG2 E; 3L54 A; 1JWF A; 4C0M A; 4Y3B A; 3OXG A; 1KT1 A; 5FQ8 A; 5EX3 A; 3SHF A; 3JQ1 A; 1D8E A; 3LY9 A; 3S7J A; 3ABL E; 5G04 C; 3FH8 A; 3FUH A; 3QK0 A; 3B7R L; 3O4Z A; 4F7A A; 3RIB A; 4AV7 A; 4KVO A; 5JMN D; 4EPZ A; 2LXL A; 3MCX A; 3LXU X; 5E76 A; 1JCR A; 3T8M A; 3TXM A; 4BER A; 2RFM A; 4I6J A; 5EXA A; 2EIM E; 1K1B A; 3PRE A; 2DYS E; 2GW1 A; 4Y5I A; 3B7U X; 4I1A A; 2HO1 A; 3EB7 A; 4WNG A; 1U2V G; 2BUG A; 2YIN A; 3DSS A; 2WQH A; 2WXN A; 4GAA A; 2CFU A; 2XHE A; 2Y69 E; 4G8K A; 4N3C A; 3CVW A; 2FBN A; 3Q9N C; 4B8C B; 3B7T A; 5FQ4 A; 3CIA A; 1NFI E; 3PNT B; 5FWQ A; 3I4R B; 1SZ9 A; 2F8Y A; 3CHQ A; 2FUL A; 4AJW A; 3ZXS A; 1A5E A; 5AN8 A; 4IEA A; 1UW4 B; 1O1R A; 4JPS A; 1N95 A; 2GRM A; 2QC9 A; 4XEI G; 4FLH A; 2RFA A; 3UKR G; 2UY1 A; 4UI9 K; 3UT8 A; 3Q15 A; 3AJI A; 1O9E A; 4MOA A; 1KZP A; 3VLE A; 3IKO B; 2NSZ A; 5CED B; 4PDX A; 1QJB A; 3FUM A; 3SGH A; 3CSF A; 2BED A; 3SMN A; 1E8X A; 5HS0 A; 2C0L A; 5HKP A; 4OVV A; 5B1A E; 3R7R A; 4PS7 A; 2AXU A; 2P9L G; 3Q5M A; 3FDH A; 3SO8 A; 2OOE A; 3TWR A; 2L6B A; 2C74 A; 2I1K A; 5EIL A; 5LP0 A; 1HU3 A; 4Y6C A; 5BNW A; 1FVH A; 3UBW A; 2BQ0 A; 4G2V A; 1HF8 A; 4Y6W A; 2BTD A; 4G11 A; 4CT4 A; 4RSY A; 2WMO A; 1UG3 A; 3MGB A; 5LVZ A; 2HYZ A; 2R17 C; 4HNA D; 3HVE B; 4HQD A; 5EWZ A; 1DVP A; 1QYM A; 1BLX B; 2AW6 A; 3P1N A; 1FT1 A; 5A23 A; 3UI2 A; 1NA0 A; 1O1S A; 4FR3 A; 4N5Q A; 5IY5 E; 4KBQ A; 4QQI A; 2X6K A; 2ILR A; 3TG5 A; 4DPR A; 3VTX A; 2RKK A; 5EYL A; 5BW8 C; 4GML A; 4JEU A; 3FTS A; 4I17 A; 3T9K A; 4U7E B; 2KXP C; 3FUI A; 3NBN B; 3NF1 A; 4QX3 A; 1OWM A; 5G55 A; 4WRQ A; 3CQC A; 5D0O D; 4IN3 B; 5ENT D; 1HG2 A; 3OXF A; 3MA5 A; 2GRP B; 5AQA A; 1GW6 A; 4N2Q A; 4G8L A; 2VGE A; 2I9C A; 2P9K G; 1W3B A; 3AS4 A; 1IQU A; 2Y4T A; 4GMJ A; 4G23 A; 4K5B A; 4EQF A; 1S70 B; 3ASH A; 4XE0 A; 4GMR A; 4O1P A; 3MKQ A; 4UWL A; 3DST A; 4BG6 A; 3W9F A; 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