The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
63
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sequence length |
190
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structure length |
190
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Chain Sequence |
IPGYTYGETENRAPFNLEDLKLLKEAVMFTAEDEEYIQKAGEVLEDQVEEILDTWYGFVGSHPHLLYYFTSPDGTPNEKYLAAVRKRFSRWILDTSNRSYDQAWLDYQYEIGLRHHRTKKNQTDNVESVPNIGYRYLVAFIYPITATMKPFLARKGHTPEEVEKMYQAWFKATTLQVALWSYPYVKYGDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Iron-binding protein
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| molecule keywords |
PROTOGLOBIN
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| publication title |
Structure and Haem-Distal Site Plasticity in Methanosarcina Acetivorans Protoglobin.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanosarcina acetivorans
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| total genus |
63
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| structure length |
190
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| sequence length |
190
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF11563 | Protoglobin | Protoglobin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Globins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BLJ M; 4MQG A; 1F5O A; 3GKV A; 1Y31 A; 2OHB A; 2G0R A; 1NXF A; 2O5Q X; 2MGF A; 3HRW B; 5EU2 A; 2GKN A; 2ZLU B; 1B0B A; 4HRR B; 4MQJ A; 1O1M A; 2D2M B; 1Y5F A; 1CH4 A; 1NS9 B; 3ASE A; 1QXD A; 1DTM A; 3GQP B; 3LR9 A; 5HY8 A; 4N7O B; 3BA2 A; 2HHB B; 3QZX A; 2DXM B; 4UUR A; 2PEG A; 2R4Z A; 3ZJL A; 3MKB B; 1MWB A; 2QRW A; 1YMA A; 3PT8 A; 2VHB A; 3UHS A; 2VYW A; 3A2G A; 3GLN A; 2MGA A; 3A0G B; 3OZU A; 1GJN A; 2GL3 A; 1HDA A; 3DHR B; 3OJ1 A; 2R50 A; 2HCO A; 1H97 A; 2YRS B; 1XZ7 B; 1SHR B; 3OO5 A; 1A00 B; 1WVP A; 3BCQ A; 1YFF B; 1Y0T A; 1YOH A; 1THB A; 2D2M C; 4MQK A; 3D17 B; 1NS6 B; 1GCV A; 1N9X A; 3BJ2 B; 1CPW A; 4NXA A; 2EKU A; 4N8T A; 2R1H A; 1MYJ A; 3QJD A; 3FS4 A; 1N9I A; 1MKO A; 1YIE A; 2ZSY A; 1FHJ A; 4ZVA A; 4N7P A; 1CH2 A; 1NPF A; 1BZ1 B; 2MYE A; 1LH3 A; 5MBN A; 1QSI A; 4YU4 B; 1G0B B; 2OIF A; 1KD2 A; 2R4Y A; 2ZT4 A; 5HLX A; 3VRF A; 4ODC A; 1J7Y B; 1GDI A; 3UHD A; 2HBF B; 1K0Y B; 2QFK A; 3AG0 A; 7HBI A; 3V2V A; 1QSH B; 2G0V A; 2Z6N A; 4U8U D; 3MJU B; 1RTX A; 1NGK A; 1Y09 A; 1COH B; 6HBI A; 5CHQ A; 1CG5 B; 3O7N A; 1URV A; 1ECO A; 1LA6 A; 1VXC A; 1VXF A; 2GTL A; 4HBI A; 1DLW A; 3QZZ A; 1MOH A; 1FN3 B; 1MNH A; 3UHT A; 1Y0C B; 1QPW A; 3WCU C; 5EOH A; 2M6Z B; 4H2L B; 3OVU C; 1Y4V B; 2CMM A; 1HBH B; 3A59 B; 1XY0 B; 1HBG A; 1X3K A; 1DO4 A; 4ROL A; 3ZJJ A; 3OGB A; 3WCW A; 1RTE A; 2MGE A; 2QMB B; 1YIH B; 2FRK X; 1XZ4 B; 1YEV B; 2ZST A; 3WCV D; 3GQG A; 1DXC A; 1JPB A; 1GBV A; 1BZR A; 2PGH B; 4FWZ A; 1MLG A; 1IT3 A; 3ZJQ A; 2HBC A; 1Y8W B; 3WR1 B; 1V4X B; 1V9Q A; 1Y5J B; 5JDO F; 5KKK A; 3HRW A; 1Y46 B; 2G11 A; 3LB2 A; 2SPL A; 1MBA A; 1CO9 A; 1NS9 A; 3A5A A; 3WFW A; 3GQP A; 2H8F A; 1HBS A; 3ZJM A; 2R80 A; 4N7O A; 3QM6 A; 1RVW A; 1S56 A; 1YGD A; 1GCW A; 1A6M A; 1GZX B; 3G53 A; 3KMF C; 3MKB A; 1L2K A; 2V1K A; 1MOA A; 4F6B A; 4M4B B; 3SDH A; 2QFN A; 4O35 A; 2QU0 B; 3S1I A; 1VXA A; 2GNV A; 2NX0 A; 1MYT A; 2DC3 A; 107M A; 1HGC B; 3A0G A; 6HBW B; 5HBI A; 1BZZ B; 1KR7 A; 1S69 A; 1MYM A; 2DN3 B; 1Y5K B; 2YRS A; 1SHR A; 1SI4 B; 3WI8 A; 1FLP A; 1VXB A; 3VAU A; 3IC2 A; 2O5M X; 1JW8 A; 1DXD A; 1FAW B; 3D17 A; 1NS6 A; 1Y4R B; 4IT8 A; 1EBT A; 4MQI B; 3UHQ A; 1S0H B; 1A01 A; 4L2M A; 2ZFO C; 1UMO A; 1RQ4 B; 1S5Y B; 1YH9 B; 2LH7 A; 3QQR A; 3MVC A; 1YEN B; 1YE2 B; 3P5Q B; 1O1P B; 3ONZ A; 2DHB A; 1BZ1 A; 1IRD B; 1MLH A; 2HZ3 A; 1YMB A; 4OOD A; 3GOU A; 5JDO E; 1HJT A; 1ABS A; 3M3B A; 1YZI B; 1G0B A; 1HHO B; 3WCT C; 2Z85 A; 1MLF A; 1VXG A; 1YEU A; 3BJ3 B; 2ZSQ A; 1S6A A; 1J3Z B; 3A5G A; 4WCH D; 1X9F D; 1A0U B; 1YVT B; 1A6N A; 3MJU A; 1DM1 A; 3UHK A; 2WTG A; 4F4O B; 2MB5 A; 2ZT3 A; 1T1N B; 1Y2Z B; 1DLY A; 1CIK A; 5E29 B; 3ZJN A; 1RQA B; 1Y8K A; 5MBA A; 1JEB B; 5SW7 B; 1C40 B; 1MLR A; 1FN3 A; 3S65 B; 1U7S A; 3G4U A; 2V1I A; 1ECD A; 2M6Z A; 5EYJ A; 1XZV A; 1Y4V A; 1YOI A; 3AT5 B; 4FWY A; 3A59 A; 5CNF A; 4BJA A; 2GRH A; 1HBA B; 3ECZ A; 4X0L A; 1YEV A; 1YDZ A; 3UBV A; 1Y35 B; 3CY5 B; 1JWN A; 3KUO A; 1XZU A; 1UFJ A; 2PGH A; 2XKI A; 4L7Y B; 2VLZ A; 2D5X B; 1Y4G A; 1YHE B; 3GDJ A; 1Y5J A; 4ESA A; 1XZ2 B; 3ZH0 A; 3UHG A; 1G09 B; 1QI8 A; 3ARJ A; 4HHB A; 4ROM A; 2EVP A; 3NL7 B; 2LH6 A; 2Z8A A; 1DUK A; 1JP6 A; 4PQC A; 1ECA A; 1Y4P B; 1NZ4 A; 2RAO B; 1CO8 A; 1DWT A; 3LHB A; 4O4Z A; 5HU6 A; 2GKM A; 1DWR A; 3PI4 A; 3S48 C; 3E5O A; 3UHR A; 3UHX A; 2MGJ A; 1DXU B; 1IWH B; 2XYK A; 3WHM A; 1YHR B; 2W6V B; 2O58 X; 1Y0W A; 1XQ5 A; 1GZX A; 1G0A A; 1GDJ A; 1LTW A; 1HDS B; 3LQD B; 1HLM A; 1R1X B; 2ZSO A; 2QU0 A; 3PI8 B; 1NEJ B; 2MGG A; 1MNJ A; 4F6I A; 5JDO D; 3HEN A; 4KMV A; 1YHU B; 1O1N A; 1MOB A; 1K1K A; 1RPS A; 3IC0 A; 2NRL A; 1U7R A; 1QXE B; 2O5T X; 2W31 A; 1B86 A; 3BJ1 B; 3G4Q A; 1OUT B; 3E4N A; 1LH1 A; 1BIN A; 1JZM A; 4NI1 B; 1FAW A; 4FC3 A; 1MBO A; 3B75 A; 4MQC B; 1GVH A; 1SDK A; 1EWA A; 1Y4R A; 3WTG B; 3D1K B; 111M A; 1S0H A; 1Y8H B; 2D2N B; 5C6E B; 1X9F A; 4PQB A; 1S5Y A; 1NZ5 A; 1YH9 A; 5HLQ A; 5AZQ A; 2QSP B; 1VRE A; 2ZFB B; 1R1Y B; 3NFE A; 1Y7D B; 4KN3 A; 5IKS A; 2RI4 B; 4H0B A; 2BK9 A; 2R4X A; 4F69 A; 3K3U A; 1SPG A; 3HEO A; 3W4U A; 1MLU A; 3ZJH A; 3MN0 A; 2EB8 A; 1XYE A; 2IG3 A; 5F2A A; 1J41 A; 1HLB A; 1H1X A; 2G10 A; 3BJ3 A; 1A3O B; 3HHB B; 2ZT0 A; 1TU9 A; 3ORD A; 3S66 A; 2ZS0 D; 3PEL B; 5JGG A; 1HGA A; 1CLS A; 2ZT2 A; 1A0U A; 1MLL A; 1YVT A; 4O1T A; 1BAB B; 3G4W A; 2W6X A; 3GK9 A; 5E29 A; 3BOM B; 4FH7 A; 1DXV A; 5SW7 A; 1HBR A; 1BBB B; 1Q1F A; 2GTL D; 3S65 A; 2MYB A; 1J52 A; 1MCY A; 2AV3 A; 1MGN A; 1C7D B; 1HCO B; 5EE4 D; 2LH3 A; 1Y83 B; 3WCP A; 2BW9 M; 3UHC A; 5EET A; 1CH7 A; 3HYU B; 3G52 A; 5EV5 A; 3WCW D; 1J7S B; 2LHB A; 2W72 B; 2QLS B; 1CG8 B; 1LFT B; 2ZSN A; 3MYN A; 2QSS A; 2G0S A; 4IRO B; 3QJB B; 1XZ5 B; 3H57 A; 3K8B B; 1OBM A; 1AJ9 B; 1YE0 B; 1M9P B; 3DHT A; 3NL7 A; 3QM7 A; 3A9M A; 1OUU A; 1YEO A; 2OH9 A; 1Y4P A; 3PI2 A; 2RAO A; 3KUN A; 1IBE B; 2HBE A; 1J3Y A; 4WJG 1; 2V1G A; 3OO4 A; 1O1J B; 1F63 A; 2FAL A; 1DXU A; 3G4V A; 3PI9 B; 1S5X B; 4KJT A; 4MXL A; 2C0K A; 2V1E A; 1NWN A; 4PNJ A; 1HDS A; 3ARL A; 3G4R A; 3NMM B; 3UH5 A; 1MOD A; 2Z6T A; 2ZLW A; 2W72 C; 3NG6 A; 1YHU A; 4F6D A; 3FH9 B; 3UH7 A; 4MPM A; 1QXE A; 3AT6 A; 4U8U B; 3QJC A; 4JYQ A; 1BZ0 B; 1CBM A; 2MGI A; 3WCU B; 1BIJ A; 3BJ1 A; 4G51 A; 2ZS1 A; 3UHZ A; 3PT7 A; 4NI1 A; 3DR9 A; 5AZR A; 2G12 A; 1IT2 A; 3UHI A; 1BVC A; 1Y22 B; 2HBS B; 3OZW A; 1HGB B; 3GQR B; 2ZS0 A; 3CIU B; 4TYX A; 3UHY A; 2HHD B; 3QMA A; 1OJ6 A; 2D2N A; 3D1A A; 3A5B A; 4VHB A; 1EBC A; 1HAC A; 2OLP A; 1MBS A; 110M A; 3MJP B; 1LFZ B; 1G9V B; 3D7O A; 2BNL A; 1VRF A; 1ABW B; 5E6E B; 2BMM A; 1Y7D A; 4N7N B; 3VRG B; 4MQH B; 2OHA A; 1YMC A; 4C0N A; 4HRT B; 1MYF A; 2D60 B; 1DTI A; 1CH3 A; 1V4U B; 2HHE A; 4U8U C; 3UI0 A; 3LR7 A; 5EUI B; 5HLU A; 5CHR A; 1G08 A; 3M3A A; 1O1O A; 1OR4 A; 112M A; 3HHB A; 1LFQ B; 1HSY A; 1BUW A; 1HV4 A; 4NI0 B; 2MYA A; 3PIA B; 1J40 B; 1I3E A; 1Y0A B; 1HDB A; 102M A; 2WTH A; 1LFY B; 4B3W A; 1MBN A; 3BOM A; 4YU3 B; 3U3E A; 1CBL A; 1GBU B; 1A0Z B; 1UX8 A; 1MLM A; 4DC8 A; 2ZLU A; 2H35 B; 4ILZ A; 4HRR A; 1HCO A; 4NXC A; 2D2M A; 3WCV C; 1WMU B; 4DWT A; 1OR6 A; 1OFJ A; 2ZFO B; 2G0X A; 1IRC A; 4KMW A; 1GDL A; 2SPN A; 2HHB A; 2DXM A; 1GLI B; 2HZ1 A; 1MNO A; 4XS0 B; 1MYH A; 1XXT B; 2V1J A; 3HXN B; 5AB8 A; 1UC3 A; 3ECX A; 1M6C A; 3WFT A; 3QQQ A; 1JP9 A; 2VLX A; 3QM5 A; 2O5O X; 4IRO A; 4TWV A; 1BVD A; 2MHB B; 3QJB A; 2VYZ A; 1FSL A; 1A4F B; 3K8B A; 5ILR A; 2HBD B; 1AJG A; 1M9P A; 3QJE B; 4PQ6 A; 3DHR A; 3ZOL A; 3WFU A; 4M4A B; 1XZ7 A; 2AUR A; 3WCT B; 1A00 A; 4OF9 A; 1IBE A; 1YFF A; 1O1J A; 1JF3 A; 2E2Y A; 3PI9 A; 3BJ2 A; 1DXT B; 1FSX B; 1JY7 B; 1MYI A; 1MLO A; 1MTJ A; 2O5L X; 3R5I B; 1V75 B; 1EMY A; 3FH9 A; 1LFL B; 1LFV B; 1S61 A; 1MLS A; 104M A; 1UX9 A; 4G1V A; 4YU4 A; 1BZ0 A; 3WCU A; 2DN1 B; 2B7H B; 3NML A; 1ABY B; 1HAB B; 3ZJP A; 5JOM A; 2AUO A; 3SZK B; 1Y22 A; 2HBS A; 1J7Y A; 1RQ3 B; 3GQR A; 2HBF A; 1K0Y A; 1NIH B; 3CIU A; 5EQM A; 3H58 A; 1C7B B; 2HHD A; 3AQ9 A; 2EF2 A; 1QSH A; 2DN2 B; 3D4X B; 3AQ7 A; 2MBW A; 1AJH A; 1COH A; 3ZOM A; 1CG5 A; 1ABW A; 3OK5 A; 5E6E A; 1O1L B; 1O1I B; 4N7N A; 1J7W B; 2ZLT B; 1XCH A; 3VRG A; 4O2G A; 2D6C A; 108M A; 2WY4 A; 1Y0C A; 3UGZ A; 1A6G A; 5D1V A; 1MOC A; 5CN7 A; 5EUI A; 4MQG B; 4H2L A; 2ZSZ A; 1CP0 A; 1Y7G B; 3GKV B; 3KMF A; 1LFQ A; 1HBH A; 1Y31 B; 4NI0 A; 1XY0 A; 1A9W E; 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1YGF B; 1NAZ A; 3M38 A; 2ZS1 D; 1HHO A; 1YCA A; 1UIW B; 1VWT B; 1LA6 B; 2G14 A; 2GTL B; 1Y85 B; 5CNG A; 1J3Z A; 2D2N D; 2ZLV B; 1MLQ A; 1A6K A; 3D4X A; 1SDL B; 2O5S X; 1JL6 A; 2ZSR A; 1QPW B; 4F4O A; 1NZ3 A; 1T1N A; 1Y2Z A; 1O1I A; 1RQA A; 1JEB A; 3QM9 A; 1C40 A; 4SDH A; 4ROL B; 3V2Z A; 1FCS A; 2GLN A; 1DO1 A; 1OFK A; 3ZJR A; 1GBV B; 2HBC B; 1Y7G A; 3MBA A; 3AT5 A; 1HBA A; 2GTL C; 1O1K B; 1Y35 A; 3CY5 A; 4MU5 A; 4L7Y A; 1Y0D A; 3G4Y A; 2H8F B; 1HBS B; 2D5X A; 3GYS B; 2R80 B; 5EE4 C; 1YHE A; 1RVW B; 1CQ2 A; 1YGD B; 2JHO A; 1GCW B; 1XZ2 A; 1ITH A; 1DKE A; 1MBI A; 3K9Z A; 1G09 A; 5C6Y A; 4XDI A; 1DO3 A; 1UVX A; 2GDM A; 3VRE B; 3WCW C; 1PBX B; 1DUO A; 1Y4Q A; 5ILM A; 2D2M D; 2D5Z B; 1MLK A; 1IWH A; 3ZJO A; 1YHR A; 2W6V A; 1MYG A; 1LJW A; 3LQD A; 4MBN A; 3S1J A; 1R1X A; 2MGD A; 2ZSS A; 3HF4 A; 3IC2 B; 4F6J A; 3PI8 A; 1NEJ A; 3UHU A; 1DO7 A; 1A01 B; 5EYS A; 5CN4 A; 2BLH A; 1V4W A; 4FH6 A; 1A9W A; 1OUT A; 1DWS A; 1LH2 A; 2MYD A; 4MQC A; 5M3S A; 3ONZ B; 2MGL A; 1Y8I A; 2DHB B; 3WTG A; 3D1K A; 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