The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
b'VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTVLNLFIGIIVDAM'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of the C-Terminal Domain in the Structure and Function of Tetrameric Sodium Channels.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ION TRANSPORT PROTEIN
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| source organism |
Magnetococcus marinus mc-1
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| molecule tags |
Transport protein
|
| total genus |
33
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OCC C; 1M57 C; 3AG2 C; 4JTD B; 2BOC C; 2QKS A; 3SYQ A; 5B3S C; 1XL6 A; 4J9Z B; 2EIL C; 4EKW A; 1P7B A; 2IH1 C; 2ZXW C; 2ITD C; 4JTC B; 4LBE C; 4PA7 A; 4WFG A; 4G27 B; 3FB8 C; 4PA6 A; 4MW8 A; 3ABL C; 3HPL C; 3AG4 C; 1OCC C; 2EIK C; 4KFM A; 4MTF A; 4F4L A; 1JVM A; 4TWK A; 4UUJ C; 3SPJ A; 4GX2 A; 3AG3 C; 4I9W A; 3F5W C; 4MSW C; 3ABK C; 5EC1 C; 3RW0 A; 2Q6A A; 2A9H A; 3RVY A; 1LNQ A; 2WLH A; 4R8C A; 3E89 A; 3EFF K; 3SYO A; 4RUE A; 2DYR C; 3SPH A; 2YEV A; 3STL C; 5B1B C; 5EBL C; 3E8B A; 3PJS K; 4G28 B; 4RAI A; 4CBC A; 5EK0 A; 4P9O A; 3T1C A; 3LUT B; 4MVZ A; 1QLE C; 3E83 A; 2HJF C; 2EIM C; 4PDM A; 4XDK A; 1G4Y B; 3FB6 C; 3SYC A; 1R3K C; 2P7T C; 2HVJ C; 4MS2 A; 3K0G A; 2A79 B; 3BEH A; 4LP8 A; 1OCR C; 3GB7 C; 2HFE C; 3SPC A; 2R9R B; 4H37 A; 4PA4 A; 4QE9 A; 5CBH A; 2ZD9 A; 2X6C A; 4GX0 A; 3T4D A; 4HZ3 A; 3F7Y C; 3E86 A; 2K1E A; 4P30 A; 3R65 A; 2Q68 A; 4R50 A; 2JK5 C; 3T2M A; 1J95 A; 4BW5 A; 2Q69 A; 4MVQ A; 4PA3 A; 2WLJ A; 2WLN A; 3LNM B; 4QE7 A; 3KG2 A; 4PDR A; 4OXS A; 1R3I C; 5EBW C; 2H8P C; 3ABM C; 2NLJ C; 3K0D A; 4MVO A; 3IFX A; 3K06 A; 3K08 A; 5KUM A; 1R3L C; 3AG1 C; 3IGA C; 4MVS A; 4P9P A; 1OCZ C; 2DYS C; 3OR7 C; 3F7V C; 3JYC A; 3SPI A; 4P2Z A; 5J9P C; 4XDJ A; 1XL4 A; 2AHZ A; 2BOB C; 2KB1 A; 3E8F A; 3FB5 C; 4PDL A; 2WLI A; 3TCU A; 2ITC C; 3FB7 C; 3OGC C; 1V55 C; 4R7C A; 5KUK A; 3UM7 A; 2WLK A; 4X8A A; 5B1A C; 1KKD A; 4MTG A; 5IY5 C; 3SPG A; 2EIN C; 4MW3 A; 2ATK C; 4MVM A; 3ZJZ A; 1K4D C; 4GX5 A; 1V54 C; 3ZRS A; 3ASN C; 1S5H C; 3RVZ A; 4J9Y B; 4XDL A; 3X2Q C; 5CBG A; 3E8H A; 2DWD C; 3OUS A; 4MVR A; 2Q67 A; 4JTA B; 3UKM A; 5BZB A; 3RBZ A; 3STZ C; 3E8G A; 4MVU A; 1BL8 A; 3K03 A; 4RUF A; 3SYP A; 4GX1 A; 4R6Z A; 3TET A; 4QNH B; 3LDC A; 3LDD A; 4WFF A; 4WFH A; 4X89 A; 2WLM A; 4MTO A; 4X88 A; 3ASO C; 2EIJ C; 3SYA A; 2WLL B; 3OUF A; 2WLL A; 4PA9 A; 4H33 A; 2AHY A; 2W0F C; 3OR6 C; 4RO2 A; 5E1A C; 2DWE C; 5EBM C; 2QTO A; 4ZBM A; 2WLI B; 1OCO C; 2Y69 C; 5CBF A; 4PDV A; 3WG7 C; 3SJQ C; 1R3J C; 5EC2 C; 1ORQ C; 1K4C C; 1ZWI C; 2X6B A; 2HG5 C; 2HVK C; 1M56 C; 2A0L A; 4LCU C; 3T4Z A; 2IH3 C; 2X6A A; 3LDE A; 4HYO A; 4WFE A; 4DXW A; 3K04 A; 3VOU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N32 O; 1WPB A; 3ZED A; 5C93 A; 4GUN A; 3CXC U; 4JI5 B; 4UCU A; 4PV1 B; 5CA1 B; 2PGG A; 3CHX A; 1NTM H; 4LR3 A; 3UO2 A; 2P67 A; 1IBK O; 1X59 A; 4DR5 O; 5CB4 B; 2XAH A; 4Z1M G; 1VF5 B; 5KHJ A; 1UPG A; 1WNS A; 5B1B C; 1Q81 W; 3JD1 A; 5EBL C; 1BMF G; 4JYY A; 3L71 H; 2JS5 A; 3KCY A; 2HJF C; 4JI4 O; 5FNV B; 2QM8 A; 2M6Y A; 4D7T A; 1QVG U; 4JI2 O; 1Y4M A; 5IY5 B; 3DGE A; 1AR5 A; 1HW7 A; 3CRR A; 3OFN G; 3N2K A; 4B3R B; 2UXB O; 3K5O A; 2QA4 V; 2JK5 C; 5LL6 Y; 4BW5 A; 4YJ2 A; 2XND G; 3A8T A; 1QR8 A; 3JAL B; 3K57 A; 1P49 A; 1SET A; 1SER A; 3JAK A; 3K08 A; 4YJ3 B; 2UU9 O; 1MSW D; 3AG4 B; 3E2E A; 1H8E G; 2W0X A; 3AG3 B; 4X66 B; 4O4J A; 1JQ0 A; 3T1Y O; 1XNR B; 2QEX V; 4X8A A; 1NVP B; 3DC5 A; 2CAZ C; 4FJC C; 3AG2 B; 1S77 D; 4O2A A; 4DV6 B; 4KL1 A; 1BL8 A; 1RPO A; 5EYP A; 2BSK B; 1IXM A; 1OZ0 A; 1JOY A; 1ZUQ A; 4RO2 A; 2WLI B; 1R3J C; 2ZT9 B; 4JV5 B; 1K4C C; 2KG7 A; 3JAT B; 1N36 B; 4LCU C; 4X1K B; 4LF5 B; 2Q0O C; 2OCC C; 2UXD B; 2QE7 G; 1GN6 A; 1WLE A; 1XMQ B; 4FZ1 A; 2XT9 A; 3N2G A; 4DR1 B; 2HHH B; 5JJE B; 3ABL C; 1SQG A; 3HKE A; 3I55 V; 3UCS C; 2E3C A; 5GTI Z; 1IVS A; 4DO2 A; 4LF4 B; 1CP9 A; 4UCO A; 4GKJ O; 3STL C; 1H2N A; 4G28 B; 1F7Y A; 3B40 A; 3HKC A; 1Z5V A; 1GMG A; 2AW9 A; 4H13 B; 1PP9 H; 4F6R B; 1YIJ V; 4O4H A; 3WG7 B; 3EHB B; 3VQW A; 2M7W A; 2ZE8 A; 3JAS B; 2Q69 A; 2P4K A; 4YXW G; 4JI8 O; 1YEW A; 5HFL A; 1AP5 A; 2L35 A; 4LFA B; 5IYZ B; 2AXT Z; 3W7U A; 2QWQ B; 3BY6 A; 3OTF A; 3JYC A; 4CS3 A; 4XDJ A; 2MW2 B; 4AHC A; 3JSN A; 2ZE5 A; 4LNU B; 4E4E A; 4OX9 B; 1M9N A; 3ETE A; 3L70 H; 3OUS A; 4UVB A; 5TIS Z; 2IW5 A; 3OMI B; 4QJF B; 5IWA B; 3O65 A; 1Y76 A; 1EFR G; 5EBM C; 2Y4U A; 2Q4P A; 1PM9 A; 5BMV A; 2CH7 B; 4U3J A; 1YXB A; 4CC6 A; 1FAF A; 1K3E A; 4CZZ A; 3JAR A; 1VAR A; 4QPJ A; 2W6J G; 2Y0I A; 4TOI A; 5JH7 B; 3LDE A; 1NZ6 A; 4X65 O; 5D5P A; 1ZL8 B; 1BZK A; 2BOC C; 1WJZ A; 4JF3 A; 3QO8 A; 5J2T B; 2EIL C; 3OGI B; 4UB6 Z; 2ZXW C; 2WA3 A; 2QWR B; 1DF5 A; 3SJB C; 1NR1 A; 3MHH C; 3FB8 C; 1B04 A; 5CA1 A; 4JI6 B; 3L73 H; 1V54 B; 4J7J A; 4GX2 A; 1IXB A; 1JPX A; 3K3W A; 5GW7 A; 1B6Q A; 3QF7 A; 3E89 A; 1VMG A; 5IYC O; 1VQ5 V; 3CCV V; 5EK0 A; 1M1K W; 2ZIO A; 2ZNI A; 2EIM C; 2EJR A; 3BAB A; 1IBM O; 4MT8 A; 4NKG B; 2XUM A; 3TK1 A; 4LFC O; 2XOK G; 1NTK H; 2JGD B; 2HFE C; 5LMU B; 1QR9 A; 1L0N H; 1QHT A; 1ZAU A; 5IJ0 B; 1BQZ A; 1JR9 A; 3DXR B; 1NS1 A; 2HLD G; 4MVQ A; 4OGQ B; 2YEV B; 3OT7 A; 3QVN A; 4LF8 O; 3K06 A; 2DOS A; 5EZY B; 4DV4 B; 3CE2 A; 4YJ3 A; 3CP1 A; 4DV3 B; 3G4S V; 4LFB B; 4FLT A; 3QG5 A; 2UXX A; 1GRJ A; 1KC8 W; 2BOB C; 2QM4 A; 5IE9 A; 3CCR V; 4GKK O; 2RMK B; 3TCU A; 2ODM A; 4FFK A; 1XMO O; 5IY5 C; 4LF6 O; 5IYB O; 3B8M A; 1K4D C; 2UXC B; 1S72 V; 4FVM A; 2Q67 A; 4JTA B; 3DC6 A; 5LOV A; 5JVD B; 1E79 G; 4MVU A; 1TVK B; 3QO7 A; 4WFH A; 5BR8 B; 4EEQ A; 2BSK A; 5B66 Z; 1JCH A; 2W0F C; 3IJ4 A; 3L72 H; 3FD9 A; 2X6B A; 4HNA B; 1NJI W; 3U11 A; 1QBZ A; 1JX9 A; 1Y74 A; 4DW1 A; 2XAF A; 4X1K A; 3AG2 C; 4BIU A; 3FX7 A; 2IU0 A; 3T1H B; 4CH6 A; 2QKA A; 5LXT B; 4DRX A; 4IYI A; 1FYJ A; 4B3M B; 3JCU Z; 1HNX B; 1KB9 F; 2Q9L A; 1ROP A; 3OAA G; 1Q7Y W; 4J80 A; 5AG2 A; 4UCS A; 3L75 H; 4RUE A; 4UCT A; 1OCZ B; 2DYS B; 2RJZ A; 1R6T A; 2IJI A; 1G8M A; 5LHH A; 2P22 C; 1R3K C; 4F6R A; 2W6I G; 4LP8 A; 2KSD A; 4NXM B; 4EB6 A; 4UFZ A; 1PKX A; 1P7G A; 2GV9 A; 4X64 B; 1K97 A; 3OMA B; 4LF7 B; 4QPK A; 1N33 O; 4JPR A; 3TXS A; 2Q0A A; 3R66 A; 5BXZ A; 1SS3 A; 4QE7 A; 3S3X A; 3S3W A; 2XAS A; 5EBW C; 1K34 A; 1Q86 W; 5IYZ A; 1NH2 D; 4H44 B; 1VQN V; 1W59 A; 2ZQM A; 3OMN B; 4P2Z A; 5H5N A; 4UCR A; 2F4V O; 5H2F Z; 2IU3 A; 1M56 B; 4ZHQ A; 1XDC A; 5KUK A; 1TUE B; 1W2B U; 1KKD A; 4TV9 A; 3K5L A; 3RGB A; 4B3T B; 4LNU A; 1R73 A; 3X2Q C; 4GCZ A; 3A0H Z; 2V4D A; 1MOF A; 3STZ C; 3ETD A; 3JAK B; 1NI8 A; 4GX1 A; 4QNH B; 2VQF O; 3LDD A; 4WFF A; 1MG1 A; 2H3O A; 4DV5 B; 2WLM A; 3LNN A; 3OUF A; 1PNM A; 4JAV A; 4DV7 B; 1NH2 B; 2OWO A; 2ZDI A; 4O4J B; 2CH7 A; 2F43 G; 4YY3 B; 3NR7 A; 5ITZ A; 4DXW A; 1L8D A; 4I7Z B; 1YVW A; 5IDJ A; 4Q6G A; 5EYP B; 2JS3 A; 3BA8 A; 3ML0 A; 4FLV A; 2DW4 A; 2ITD C; 5J2T A; 2MK3 A; 3ZX6 A; 1N34 O; 4DR2 B; 4PI0 A; 2DQ0 A; 3M8A A; 1ZLZ A; 3KCX A; 2BTQ A; 2EIK C; 3C3S A; 1AR1 B; 1H2M A; 2KG7 B; 2ZE6 A; 3F5W C; 4CH5 A; 1DF4 A; 4B3S B; 2UUC O; 3SYO A; 3ZMV A; 4FFB A; 1K5Q A; 4UV9 A; 3ABU A; 1KD1 W; 2R9R B; 3HKE B; 2F66 C; 5KAF Z; 2EUL A; 3ICX A; 5IJ0 A; 4X20 A; 2KQX A; 1FFT B; 1I7F A; 3IC9 A; 2YDE A; 3KG2 A; 1R3I C; 5LA6 A; 2HJD A; 3HKC B; 4JAU A; 5EZY A; 1PL0 A; 1AI7 A; 1OCC B; 2OCH A; 2GHY A; 2VQE B; 1F4N A; 4RQE A; 3ZHU A; 3UM7 A; 3CRM A; 2EIN C; 4KHP O; 2ATK C; 1M57 B; 3ZJZ A; 3ZMZ A; 4J9Y B; 1K73 W; 2DWD C; 2ZKO A; 2FTK A; 4JAA A; 4I4T A; 4DR4 O; 3G67 A; 4JZ2 A; 2QR4 A; 2AZ0 A; 2RCV A; 3P3P A; 5J2U A; 4DR7 B; 1KYO F; 3CCM V; 2PYJ A; 3VOU A; 1QLN A; 2FKX A; 4LH6 A; 1JJO A; 1LR1 A; 4DV1 O; 2B1I A; 1RP3 B; 4U7O A; 1VQP V; 5LXT A; 5L3E A; 5LGN A; 3C3T A; 4FLZ A; 4G2K A; 4FZ0 A; 2QWN B; 4DR6 B; 3H1I H; 1VIB A; 4U3J B; 1FJG O; 3JD3 A; 5L3D A; 1THZ A; 3D36 C; 3JAR B; 3ABK C; 2Q6A A; 2ETN A; 4J42 A; 1AJN A; 1VQ6 V; 5B1N A; 4TQF A; 2P4V A; 2IBZ H; 4DUY B; 2VWK A; 3PJS K; 4K0K O; 3T1C A; 1YIT V; 1QLE C; 3TGU H; 2VS0 A; 1G4Y B; 1SQF A; 1KBH A; 4OPA A; 2CTQ A; 3RT3 C; 3SJC C; 4B08 A; 2CGN A; 5L3B A; 5LP6 A; 3OTO B; 1COW G; 3P32 A; 4PDR A; 2AGA A; 2AZ2 A; 4MVO A; 4ABM A; 1PPJ H; 3ZBH A; 1I08 A; 1K9M W; 4X62 O; 4JI1 O; 1OCZ C; 2DYS C; 4DV2 O; 1MZE A; 1GAX A; 4LF9 O; 4ZI7 B; 1EBO A; 3FB7 C; 1V55 C; 1N4C A; 1F51 A; 2QGN A; 1URF A; 1G1X B; 1N32 B; 1XBL A; 3ZRS A; 3RYH B; 1OJH A; 5BZB A; 4DR3 O; 1VQ7 V; 4R6Z A; 2FYU H; 1HNW O; 1KP3 A; 2ZCE A; 1IBK B; 4AQY O; 4DR5 B; 1WP7 A; 4H33 A; 2BE3 A; 3MD0 A; 3H1J H; 1NR7 A; 1M56 C; 4OPH A; 2DMX A; 1VQK V; 3WB1 A; 1FPO A; 4JI4 B; 4IGG A; 5LOV B; 1R1B A; 5LYJ A; 2PF4 E; 3ZMS A; 4JI2 B; 4J11 A; 1XL6 A; 3JD0 A; 1XNQ O; 2UXB B; 2GBO A; 1XIL A; 1S76 D; 4IYH A; 1TAE A; 2WPD G; 3AEI A; 3APQ A; 4R8C A; 2XAJ A; 1Y74 B; 3W7T A; 2UU9 B; 3E8B A; 1TUB B; 2CTW A; 3TJT A; 4ICG A; 1GO3 F; 4JGS A; 4DRX B; 3G80 A; 3T1Y B; 1XHX A; 1US6 A; 2ZD9 A; 1NQT A; 3TXQ A; 3ASN B; 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1FFX A; 2HP8 A; 1WB7 A; 1GN3 A; 1NT2 B; 4YHH O; 3G71 V; 4UVC A; 5KHI A; 4PDV A; 5EC2 C; 2D2C B; 3T4Z A; 2QWO B; 4JTD B; 4Q20 A; 4PEL A; 1IBM B; 4I4T B; 4LFC B; 3CX5 F; 3CCS V; 3CXH F; 2XAG A; 4G27 B; 1HR0 O; 3BHP A; 3LSS A; 1KU9 A; 3ZHV A; 1SRY A; 1MMM A; 4O4I B; 3AG4 C; 4YIP A; 2JIZ G; 3AG3 C; 4I9W A; 5EC1 C; 5J2U B; 3RW0 A; 4IL6 Z; 4LF8 B; 2F1M A; 4WFA V; 2QSA A; 4DUZ O; 4JYA O; 1L1F A; 3I56 V; 1TUB A; 4ZOL A; 3RYI A; 2LP7 A; 1PNK A; 4DK0 A; 3C90 A; 4GKK B; 3MAQ A; 2R70 A; 4J10 A; 3BEH A; 1XMO B; 1AI6 A; 4UCV A; 2ZM6 O; 1GM7 A; 4LF6 B; 1SQP H; 2GUZ B; 3HKD B; 3F7Y C; 2F93 B; 1O9H A; 4K8X A; 2E5L O; 1SQX H; 4QIW F; 3CS5 A; 2A3Q A; 1D2D A; 4JZG A; 3ASO B; 1VF7 A; 3CB2 A; 2DJV A; 4WBN B; 3CCU V; 4P9P A; 3F7V C; 3SDL A; 2Y69 B; 4I50 A; 2LFS A; 4A5U B; 1XL4 A; 2AHZ A; 2PTM A; 5IJ9 A; 1Q43 A; 1RFY A; 1Z5W A; 4R7C A; 1JJ2 U; 5B1B B; 4NTX A; 2WA4 A; 3ZMT A; 3CC2 V; 1NBM G; 5LP6 B; 2B1G A; 1S5H C; 3ASN C; 5CBG A; 3UKM A; 4GT1 A; 1HNZ B; 3E8G A; 1E1R G; 5H6Q A; 5C8Y A; 2NR5 A; 4K3A A; 1BQ0 A; 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