3ZKGA

Bace2 mutant apo structure
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
384
structure length
364
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIFSDGFWTGSQLACWTPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 364
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkgA02
3HBOA 5P3NA 5P30A 1META 4D83A 3OOZA 1CMSA 1LYAA 2QMPA 1MPPA 4YDGA 5P4PA 5ENKA 2AVVA 4Y4WA 4DJOA 1Z1HA 2OHNA 3PSUA 3TPJA 2R3WA 5P2CA 3SO9A 3FIVA 5P7RA 3LPIA 1NPAA 4ZEAA 2G24A 5P1IA 3D1ZA 1A30A 4MC9A 5HU0A 4K8SA 3OAGB 3OU1B 3L59A 2HS1A 1D4JA 5P87A 5P81A 3ZKMA 4QJ7A 3ZMGA 5P0SA 4EJKA 5P11A 4BFDA 3PVKA 3O9AA 1ZPKA 3S7LA 4Y4EA 1M4HA 1PSAA 5P4QA 5P5QA 5P3OA 2SAMA 2IQGA 3KFSA 5P6XA 4DVFA 1IZDA 5DR4A 4RRSA 5P3MA 3PJ6A 5OZGA 3BVAA 1GVTA 3OHFA 1HIVA 5P4EA 4YDFA 5I3YA 5OZLA 3S56A 2G26A 1APUE 3N4LA 2Q54A 5P8OA 4OD9B 1XDHA 5DR8A 4L1AA 5DQ5A 2QZWA 3K4VC 2ER0E 5BRYA 5OYTA 3UPJA 1FQXA 4H3FA 4RVXA 2CEMA 2QMDA 5P88A 3TLHA 1LV1A 5P8PA 1UPJA 5P45A 3TOGA 4J55A 2G1NA 3TPPA 2PSVA 3IN3A 3UDMA 5P32A 1B6KA 4Y5BA 2XFIA 5P31A 1B6JA 3QROA 3PBZA 4NJSA 3EKTA 3Q70A 1NSOA 5OZZA 4RVIA 3I8WA 3BC4A 1SIVA 3MSJA 1DIFA 5P33A 1QBUA 3NUJA 5P6IA 1MRXA 4BFBA 5P6QA 1SIPA 2HAHA 4Y4GA 3ZPUA 2VKMA 1ENTE 5P8JA 2O4PA 1BXQA 1FQ8A 1SDUA 5P5CA 4JECA 4OBFA 5OZJA 5IVRA 2V13A 1FQ7A 3PSYA 3TOHA 5P3VA 3LIXA 3TTPA 1HWRA 4YD6A 2B60A 1T7JA 2RMPA 5P7XA 1ZAPA 1SDTA 1W51A 4DPIA 2QNPA 2FXDA 2J9KA 5OZ0A 1TQFA 4Y3LA 1HVIA 3O9IA 3GGUA 5P0KA 2BJUA 5P85A 4PPHA 4OBZB 3UDYA 5P59A 4J1EA 3UDKA 1HVSA 3D91A 4D88A 5P00A 3O9LA 3IAWA 3OU3A 2AOGA 5P35A 4U7QA 5P0XA 3RTMA 1BBSA 2BPWA 4RGHA 3SKFA 5P53A 3KMYA 5C9DA 3GI5A 4R92A 2AOCA 3ECGA 5HD0A 1ER8E 1XN3A 5P5PA 2Q3KA 3SA5A 5OZTA 3TNEA 1D4IA 5P6JA 5P6FA 4R93A 5OZIA 3EL5A 1FGCC 3JVWA 4U7VA 3ZKSA 4F74A 4AZYA 4X7IA 2HIZA 5P8IA 5DPZA 3INEA 3O9BA 1WBKA 3PM4A 2QD8A 3BHEA 2NXDA 3ZKGA 3PB5A 3RSVA 1HPVA 5P1SA 4DJWA 4CPTA 3EKQA 2P8HA 5P6EA 5P4SA 1BXOA 2I1AA 3OU1A 4Y53A 1SMRA 5P2FA 3SQFA 3UQWA 2QI7A 5P0HA 5DQCA 1FG6C 4ZPFA 2VA6A 5OYSA 3I7EA 1T6GA 4F75A 1OEWA 3OU4A 3SFCA 3LZUA 3PMUA 1LZQA 1CZIE 3IXOA 3NLSA 1MT9A 5OZ9A 3APRE 4FL8A 4QJ8A 5P7VA 2H6SA 3EXOA 2R43A 5P26A 3UF3A 5COOA 2ZE1A 5P0ZA 5P48A 5OZ2A 5OZEA 4HVPA 3SM1A 3UDJA 4Z50A 3SLZA 3TH9A 5P3IA 3JVYA 3R0WA 1MUIA 3ZKXA 1MTRA 2P3CA 2G27A 1D4SA 4Z2ZA 5DR1A 2V0ZC 5P2GA 5P77A 5DR3A 3FSMA 5OZQA 4D85A 3NWXA 3VSWA 1W5XA 5P74A 4FSLA 4Y3NA 5P7UA 4QGIA 4Y5MA 5OYRA 5HE4A 1KJ4A 3VV7A 3NU3A 5P4JA 2QHYA 5P7GA 5P8RA 5P4HA 5P0FA 4IVTA 5P6NA 4EJ8A 3OXWA 5P2IA 3CYXA 2FLEA 1T3RA 3DV1A 5HCTA 5P23A 4I0DA 2CEJA 4I0EA 1ZSFA 5P1WA 5P54A 3MSLA 2G20A 6UPJA 1EBKC 5P52A 3Q4BA 3S45A 3UCBA 3ZL7A 3U6AA 4YD4A 3CMSA 5P2WA 2AVSA 5P0IA 5P3WA 1Z1RA 4YOBA 5P1EA 5P0MA 4Y5GA 5P4IA 5P8FA 4I0JA 3G6ZA 4L7JA 1HPSA 4B0QA 3L3AA 3T7QA 4XX3A 2ER6E 5OZSA 2AIDA 4OBZA 5P10A 1AVFA 4DPFA 3URLA 3MWSA 4OBDA 2WF4A 3QS1A 4CPUA 5P1UA 5P42A 3IXKA 5EZXA 1EBYA 2WHHA 5P58A 5P6TA 3S85A 5P36A 4HDPA 3L38A 5P0TA 1A94A 4FRSA 4FSEA 3OQ7A 2G1OA 2UY0A 5P6KA 1A8KA 5IVTA 4QJ2A 1XL5A 4K9HA 2H6TA 1FG8C 3UFLA 5P7OA 4GJ8A 4B77A 1BVEA 1AIDA 5P8CA 2I4DA 2OHTA 5P44A 5P13A 2RSPA 5P6CA 3L5BA 3NU6A 5P1CA 3EC0A 2JJIA 4J17A 2P83A 1E5OE 1FQ6A 1PPKE 4B05A 8HVPA 3ZOVA 5P0EA 2ZDZA 3INDA 4Q1YA 4QLHA 5P84A 3NU4A 3ZKQA 3FNTA 1MSMA 1W5WA 5P5BA 5P6RA 5P2YA 2V11C 2VJ9A 5P55A 1LF3A 2BB9A 3EL9A 5EZZA 1KJ7A 5I3XA 4OBGA 3QBHA 2RENA 5PEPA 3GGVA 3BRAA 2ZGAA 3NDXA 5OZDA 4ZPEA 1HVLA 3OTSA 5DGWA 1SH9A 3OUAA 5P38A 4B70A 5FIVA 4H3IA 1RV7A 5P62A 4M8YA 1HOSA 4YD3A 1TSUA 4YA8A 4CPSA 5OYZA 1SBGA 2WECA 3PMYA 5P5GA 4D8CA 3HD8A 5DQ2A 1FQ5A 2ZJIA 5JFPA 2EWYA 2AOJA 5P7KA 1D4LA 4DQCA 5P5EA 2PMAA 3OTYA 3OXVA 1BAIA 4QJAA 1GVVA 2OHSA 1HVHA 2J9JB 5P6OA 3INFA 1APWE 4NJUA 2G69A 2XYEA 3LIVA 1QS8A 5P3TA 2JYSA 4KB9A 5P3CA 2R9BA 5OZUA 4Y5EA 4Y3SA 2HB3A 5UPJA 1F7AA 1ME6A 5P3PA 5OYYA 5KOSA 1HSIA 4BEKA 4GMIA 4LHHA 5P8QA 4Y5CA 3L5EA 4Y3TA 4NPUA 1AJXA 1EPNE 5KQFA 4Z4XA 2B8VA 3LIZA 4APEA 3PBDA 5P4ZA 1HTRB 4Y38A 1MERA 4HZTA 5ER1E 1TCWA 2RKGA 3LZSA 1IDAA 2OHKA 1GNMA 1GVWA 3R0YA 1WKRA 3RVIA 4J0PA 3N3IA 3Q5HA 5P89A 2OHQA 2RKFA 4DJVA 1FFIC 5P0OA 4AA8A 4I0HA 4Q1WA 2F3KA 4Q1NA 3OUBA 5P8SA 5OYXA 3WZ8A 4DJPA 7UPJA 4Y3RA 1BIMA 1Z8CA 1GVXA 4L7HA 4OBKA 4Y3AA 5P8GA 1FMXA 2ZJHA 4B00A 1FLHA 5P6PA 5P1MA 3CKRA 1W6IA 4PEPA 5P51A 3CKTA 5J25A 1K6VA 2VJ6A 4OC6A 2BQVA 2P3BB 3UHLA 5P37A 5P1NA 5P02A 5P4DA 3IN4A 1NPVA 1YM4A 3UTLA 5P5VA 4EHCA 4ZSMA 4Y3XA 1G0VA 5AHBA 3I6OA 5P2UA 2OHPA 5DQ4A 4ZPGA 1ZP8A 4Y3ZA 5P1HA 2IGYA 3IXJA 4EXGA 1BDQA 5P5NA 1BDRA 1HIHA 5OYWA 1GNOA 5BS4A 2OHMA 2P3AA 2B7FA 1YTHA 1RQ9A 2PSUA 2ZJJA 5P71A 2HB2A 5P5WA 3ZKNA 4H3GA 4TVHA 1MSNA 1QBSA 5P0BA 2IL2A 1B6PA 2AOEA 2FS4A 5OZ7A 5P7AA 3S2OA 1FEJC 4MC1A 1TZSA 1KZKA 1AAQA 4M8XA 2ZHVA 1MTBA 2PYNA 4I11A 1B5FB 5P29A 2QZLA 2AOHA 3SKGA 3GW5A 4OBHA 4Y6MA 2VIZA 5P2AA 3EKWA 2F3EA 3GI0A 1HPOA 5P19A 4Y3EA 5P4XA 3D20A 3AUPA 5HE5A 5P5MA 3LPJA 5P17A 1DW6C 2CENA 4B1DA 5P2XA 2AVQA 2OHLA 5ENMA 5P66A 4LAPA 5P01A 3R1GB 5P15A 5P8EA 5OZBA 3LITA 5P18A 2NMYA 3VYFA 3OY4A 3BUFA 5P3SA 1MT8A 4B1CA 3K1WA 1D4YA 2BPYA 2ZHSA 3VSXA 4FM7A 4JP9A 4DV9A 5P4AA 5OZ1A 5SY2A 5ISJA 5OZ3A 5P86A 1LYWB 1T7KA 3O9EA 3Q6YA 1HSHA 5P6HA 3OUDB 1SP5A 4APRE 3ZKIA 4J5JA 4LL3A 1HIIA 4Y41A 4UPJA 4Y58A 3ZPSA 2PQZA 4NPTA 4Y35A 1IZEA 1BWAA 2AVMA 3T3CA 3WZ6A 1FQ4A 2BKTA 4Y3WA 4PZXA 3VF3A 3LNKA 3H5BA 2XFKA 5ISKA 1CPIA 5P4UA 2WEDA 3TPLA 4Q1XA 3VLAA 4K4PA 5P6UA 4ER1E 3KDDA 5DR0A 3GGAA 4I8WA 2IEOA 3HVPA 4Y4AA 3WB5A 2ZHTA 3I2LA 1PROA 2VS2A 4HE9A 5P3YA 3VF7A 3CIDA 2BPXA 3OGPA 5P2HA 1HHPA 4Y47A 3BVBA 4YE3A 3ZLQA 1PPME 2QI5A 4EQ0A 4WY1A 4QJ6A 1EBZA 2FNSA 4A6CA 2AOIA 2ER9E 2VIEA 3SACA 1AM5A 5APRE 5P1YA 1HXBA 2HPEA 2Q15A 3GI4A 3LIYA 2G94A 1LF4A 3T6IA 5P7ZA 5P0QA 1ZJ7A 5P50A 5P6YA 1G6LA 4YCKA 2P3BA 3OAGA 5P7BA 3K4VA 4PHVA 1E81E 1KJGA 1BDLA 4FM6A 2MIPA 4I8ZA 5P6BA 1AXAA 3OOTA 5COKA 1DP5A 5P41A 3TKWA 5P1LA 1EC1A 3G70A 5P1GA 4FS4A 1XE5A 2QCIA 3Q3TA 4N00A 2VIJA 5AHAA 4FRIA 2VNMA 4J0YA 1QBTA 1VIKA 1MVPA 5P3EA 1W5VA 4GJ7A 2R38A 3URIA 5P3QA 3C9XA 5P46A 2Q64A 4I10A 3B7VA 1DMPA 5P2LA 1APVE 5P5FA 4U8WA 5AHCA 4LXKA 3VYDA 1IVPA 3SA9A 2NNPA 4DQFA 4EQJA 2Q55A 3VV8A 4FLGA 1FF0C 4OD9A 4PYVA 3S43B 1YX9A 5P3BA 1B5FA 5P2NA 2WEBA 3FNUA 6FIVA 4Y4DA 3UDNA 4Y9WA 1K6TA 3TL9A 3BGBA 3EL4A 3QI1A 4DQHA 2PK5A 3DOXA 3CYWA 3AIDA 3NR6A 1K2BA 5SXNA 2FXEA 1YTJA 5OZVA 3K5FA 2BPZA 4R8YA 5P2KA 5P5IA 2AZ9A 3KFNA 5P1KA 4TVGA 1GKTA 1FB7A 3LZYA 1IBQA 3UDHA 5HU1A 1J71A 1M0BA 3PEPA 1FIVA 1ZBGA 5B18A 1K2CA 2I0DA 4LXAA 3M9FA 4Y50A 5P4GA 2O4NA 4CPWA 5P4CA 3G72A 2Q63A 5IS4A 4J1FA 1HEGE 4ZSQA 3APPA 4YBFA 3OHHA 4EWOA 2NTRA 5P20A 4YD5A 3LHGA 3EKPA 4FAFA 3S54A 4GJDA 5P57A 3UDPA 5P1PA 5F01A 1BV7A 5IE1A 5P7IA 1GVUA 4RVJA 5P7MA 5P3LA 1MIQA 3ST5A 3FX5A 1KJHA 4Y3YA 3O9FA 6APRE 3PLDA 5P64A 2HPFA 1HRNA 1E82E 4ZSRA 1LYAB 3TPRA 4ZIPA 5CLMA 2JE4A 5P3DA 2NNKA 3JW2A 1AZ5A 3EMYA 5P06A 4ACUA 4GIDA 5P2ZA 5P65A 1ZTZA 5P28A 5HDZA 5P5RA 2WEAA 5P0NA 5P1RA 1EAGA 3EM6A 4XX4A 3PGIA 3U71A 2I0AA 4EYRA 5P0YA 2HC0A 5P7LA 1SGUA 1VIJA 4EP3A 4H3JA 5P1BA 5P4RA 4B1EA 4J1HA 5HDXA 3DJKA 3R2FA 2FDDA 2Q11A 5OZXA 3RTNA 2Z4OA 5OZWA 2WL0A 5P6LA 4YOAA 5P7NA 4FE6A 2HB4A 4Y54A 3H0BA 5OZ8A 1EPME 5P1VA 4R5NA 1WBMA 2F3FA 5P5LA 1SGZA 5OZOA 4B72A 1JLDA 2AZCA 3NXEA 4J1CA 4R91A 2ZYEA 5P5KA 4RYCA 3EKYA 2B8LA 5P0WA 5BWYA 2QI6A 3DCRA 3ER5E 3SABA 2NMZA 3OQFA 5JODA 5P14A 4ZSPA 4S1GA 1C70A 2A1EA 5P3KA 2FIVA 4Y51A 4L1AB 1G35A 5P78A 2BKSA 4DH6A 5AH9A 2QP8A 4L7GA 5P6SA 2G22A 3OXCA 4Y37A 3EBZA 4DUSA 2PH6A 1YTIA 3PRSA 4EJDA 3KFRA 4J0ZA 3QBFA 5P1DA 3K5CA 3BGCA 5P8KA 5SZ9A 3LZVA 2JXRA 4LC7A 5OZ5A 1K6PA 1NPWA 1W5YA 1ODWA 1HBVA 3RU1A 3WZ7A 5P2OA 4MC6A 4Y5AA 1EPQE 5OZNA 4D89A 1MT7A 5IVSA 5P0CA 5P2VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HBO A;  5P3N A;  5P30 A;  1MET A;  4D83 A;  3OOZ A;  1CMS A;  1LYA A;  2QMP A;  1MPP A;  4YDG A;  5P4P A;  5ENK A;  2AVV A;  4Y4W A;  4DJO A;  1Z1H A;  2OHN A;  3PSU A;  3TPJ A;  2R3W A;  5P2C A;  3SO9 A;  3FIV A;  5P7R A;  3LPI A;  1NPA A;  4ZEA A;  2G24 A;  5P1I A;  3D1Z A;  1A30 A;  4MC9 A;  5HU0 A;  4K8S A;  3OAG B;  3OU1 B;  3L59 A;  2HS1 A;  1D4J A;  5P87 A;  5P81 A;  3ZKM A;  4QJ7 A;  3ZMG A;  5P0S A;  4EJK A;  5P11 A;  4BFD A;  3PVK A;  3O9A A;  1ZPK A;  3S7L A;  4Y4E A;  1M4H A;  1PSA A;  5P4Q A;  5P5Q A;  5P3O A;  2SAM A;  2IQG A;  3KFS A;  5P6X A;  4DVF A;  1IZD A;  5DR4 A;  4RRS A;  5P3M A;  3PJ6 A;  5OZG A;  3BVA A;  1GVT A;  3OHF A;  1HIV A;  5P4E A;  4YDF A;  5I3Y A;  5OZL A;  3S56 A;  2G26 A;  1APU E;  3N4L A;  2Q54 A;  5P8O A;  4OD9 B;  1XDH A;  5DR8 A;  4L1A A;  5DQ5 A;  2QZW A;  3K4V C;  2ER0 E;  5BRY A;  5OYT A;  3UPJ A;  1FQX A;  4H3F A;  4RVX A;  2CEM A;  2QMD A;  5P88 A;  3TLH A;  1LV1 A;  5P8P A;  1UPJ A;  5P45 A;  3TOG A;  4J55 A;  2G1N A;  3TPP A;  2PSV A;  3IN3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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