3ZKLA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with xylotriose
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
total genus 143
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zklA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zklA02
2DWHA 1YAEA 3TTMA 3RGYA 2H25A 4NF6A 3E3KA 1T0KA 1M5CA 3DP8A 3KOSA 3S2VA 4H67A 1RYXA 1LFHA 2I4CA 2E0SA 1OQHA 1MY0A 3IJXB 1R9LA 1S9TA 3VLUA 2PX1A 4NF5A 3FVOA 5AA4A 3UGWA 1SVXB 4JB7A 1N84A 4U4SA 4GF8A 3MJNA 3TMGA 1AL3A 3N6UA 3G3GA 4AB6A 4OESA 2PT2A 5B7DA 4FE8A 3C31A 4DIGA 5ITOA 4KYEA 3TZAA 2Q2AA 4XXUA 4O3CA 1ANFA 3B6QA 4WXJA 5H8SA 2XXYA 2A5SA 4P0IA 1LCTA 5DYHA 4GQOA 4LATA 3IOWA 4U4XA 3K6UA 5CMMA 4Q30B 1BKAA 2ZXTA 2OBGA 3OO7A 3MZ1A 1P1NA 2Q9TA 2XXHA 4FIMA 2RC9A 5H8QA 5JTYA 3LSWA 4LVQA 4F1VA 1TXFA 3EHSA 1OLAA 3CSBA 3PUWE 3RTFB 2LAOA 1BIYA 3LSLA 4U1ZA 4IO6A 5HBCA 2DWIA 2D3IA 1UQWA 5TU0A 3O97A 3OSQA 4ZEBA 2HAUA 3TTLA 1MXYA 3FXRA 3M3KA 3HO7A 4ZZEA 3K6WA 3SERA 3PUVE 2ONSA 4GVOA 4JBZA 3VVDA 4YMAA 1LLSA 3EPEA 1URGA 4O3BA 4R6YA 5F1QA 4YZZA 4U23A 5TPAA 2YPNA 2HFBA 3PPOA 2OWTA 2UYEA 3BFUA 1NFTA 3IOVA 5CMBA 3O6HA 1A55A 1B40A 4BLAA 4BDOA 2Y7RA 1QKAA 3PD9A 3W9WA 2PVUA 3FXQA 1A40A 1PEBA 1I6BA 1Q1KA 4ZS9A 4F31B 4BDLA 4ZEFA 1MPBA 2V3QA 4I9DA 2I0BA 4YKJA 4LQ2A 3IK6B 3S9LC 2ZYNA 3T66A 4ZEKA 3EHTA 5CMCA 1LGBC 1OIBA 1DTZA 1IXHA 1XOCA 5AA2A 2DVCA 3DELB 1H44A 3E13X 4U22A 4TOZA 4F3BA 2O7UA 5AA3A 1DMBA 1ATGA 2VOZA 3R7XA 3TAJA 4XIGQ 4GD5A 1Z7ME 4GL0A 2B3BA 2XX8A 3Q26A 3OMBA 4C1UA 2GHAA 3MP1A 5EYFA 3O2AA 1GGGA 4YKKA 1EZOA 3OXNA 1SQYA 4MBPA 4I62A 2DXYA 3TQWA 3RT8A 2DWAA 4IB2A 4I8CA 3LSXA 2NXOA 4QFNA 3I6VA 2PYYA 3V83A 2PT1A 3K2DA 4G68A 1MDQA 1FTJA 3SEYA 2Q2CA 3DLNA 1B52A 2UXAA 3V89B 3G3FA 2YJPA 5HM4B 2UVIA 1DPPA 4JSOA 4MLVA 4OEUA 1SW2A 2DWJA 1IEJA 1B5HA 4KI0E 3EHUA 2XXVA 4F29A 1FQEA 1QW0A 1O63A 1OQGA 5J1DA 3UP9A 4GXAA 4ZZAA 3VV5A 3RT6B 1R9QA 3VXCA 2O1LA 4WEPA 3H06B 5FHMA 3TTNA 1PBPA 4F1UA 3B6WA 1QULA 4NWDA 2R9JA 1B32A 2QS1A 3C34A 3L6HA 3G3IA 2IEEA 1N0TA 3T9UA 1UTHB 3PMXA 1FQCA 3DP6A 5HPQA 1PB9A 2NVUB 4X1BA 1SYHA 2D5WA 5H8HB 1B5JA 3K02A 3TPAA 4R6KA 1QKBA 4U1OA 4NF8B 3MAMA 1RYOA 3HSTA 3KEIA 3HPIA 1XVYA 5F7VA 2I48A 3CG1A 1IXIA 3H6TA 1IITA 3UN6A 3IJOB 3U1OA 4JWYA 2OJTA 3A3UA 2NWJA 4DXCA 1P99A 4PQJA 1J1NA 3BFTA 3MQ9A 3RTWB 1D3KA 1TFAA 3Q27A 3FASA 3IOUA 4H8JA 1HSLA 1N3WA 1ZTYA 5CM6A 4F1YA 3KSJA 3M8UA 2DVZA 3I5OA 4ECFA 3A09A 4IO7A 5ICTA 4KQPA 4U21A 1H43A 1JW4A 1FTKA 1UIUA 1LB8A 2O6AA 2X7PA 4R73A 2H9BA 3ODBA 2Y7PA 4KYSA 4POWA 3PMWA 1M5DA 2I3WA 4OWDA 4RK9A 1URDA 3MPKA 1M5FA 2Z8EA 4GFRA 1A54A 5DEXB 2FNCA 4QFKA 1NKXA 3U93A 1IIWA 4HCWA 2ZYKA 2ZYOA 3G7WA 4F2OA 4EUOA 3B7DA 5KCJB 1BP5A 2F78A 3USDA 4FATA 5H8FB 2DQVA 2DE2A 2ZNSA 3O9PA 1ELJA 4ISUA 3VVEA 3SDFA 5DVFA 4OMBA 1N76A 1Y3PA 4QSCA 3UORA 4OQOA 4ESWA 2ONRA 3FUZA 3PPPA 1IXCA 1O7TA 1UIVA 2ZNTA 3VXBA 3RQTA 3CVGA 3KSXA 4H1XA 2A5TB 4OFOA 1B3EA 4OFJA 4YKPA 3GXAA 1CB6A 4GWOA 4IO3A 3U72A 1P1OA 3Q29A 1Y4TA 4P0GA 2Y7KA 3H6UA 3SEVA 3K6XA 3QIMA 2DE4A 4RY1A 4HCYA 3S9NC 1US5A 2H99A 4H65A 1JW5A 5ELVA 3N26A 2VP1A 1FQDA 3OEKA 4F2QA 3KN8A 3T93B 1N04A 1OMPA 1MQDA 1POTA 1S50A 4RPOA 3MUQA 1URSA 5I57B 2REGA 4K3FA 4U2RA 5TP9B 5K2YA 2CZLA 1SBPA 1DTGA 1Y3QA 4FAJA 4TLMB 1ZLQA 4LA9A 3R26A 1OLCA 3RLFE 1BLFA 4EQ7A 3IR1A 3O28A 3OEMA 3FJMA 2F6GA 3O29A 4G4PA 3VDFA 3V8XB 3W9VA 1FQAA 1MH4A 1QVSA 3FXUA 3VFJA 3E4RA 4P11A 2QL3A 4JWXA 4H8IA 4AB5A 2NUVA 4ELRA 4L17A 3K4UA 3MWBA 3OELA 1TT1A 4Q0CA 1UTHA 4FORA 1FQFA 1UTBB 4XTCQ 4IGTA 2Q8JA 3SEXA 2M8CA 3GZGA 3VVFA 3KN7A 2E1SA 4O3AA 4OVJA 4ND9A 3G3JA 1P1UA 4Z7EA 3EQ1A 2ABHA 2Z23A 3N6TA 4G2ZA 2QS4A 2F7AA 5KDTB 4H5GA 5BWJA 4OEVA 1MXUA 3KZGA 1MY3A 3QYTA 2H98A 4RYAA 3FATA 2P1SA 1I6AA 5ICQA 4F3SA 3HV1A 5ITPA 1F9BA 1AMFA 4EQ9A 1JETA 3K6VA 2F36A 2VD3A 5B70A 4MF3A 4YB7A 4ELOA 1SD3A 1BTJA 3PPQA 3D4CA 4XKPA 3TFLA 1II5A 3TCFA 1HSJA 1IXGA 4QFLA 4EF1A 1B7ZA 1SI0A 1M5EA 5I59A 4IO4A 2UVJA 4ZDMA 1A8FA 4POXA 1QUKA 2W7YA 2XXXA 5IKBA 4OFLA 3R6UA 4BDNA 4X48A 2B3FA 1NMUA 4OETA 1VR5A 3S4UA 1ZJLA 2XX7A 3KG2A 2GHBA 5A5XB 4Z0IA 5K2XA 4NEDA 1MDP1 3UIFA 3H4ZA 3PPNA 1MQHA 4NF6B 2QMWA 3MW0A 2XD3A 3H6VA 4EDPA 2KLFA 1OVBA 4OTEA 1CE2A 4RPNA 3HHFA 4PE5B 2WKYA 3FJ7A 1JQFA 5CBSA 1POY1 1VE4A 4DE8A 1PB8A 1WVJA 5I2NA 4NF5B 4GOTA 3K0VA 1NL5A 4N13A 2RF1A 3DP4A 1MG1A 5I2KA 5AA1A 3MBPA 4OZ9A 3ZSFA 3T9VA 4LONB 5DVIA 2P2AA 2V3TA 4F19A 3LBSA 5I58B 4YKIA 3LUYA 1MH3A 1MPDA 1MY2A 1ZIUA 3MZBA 2REJA 3VLVA 1FW0A 1MM7A 2I0CA 4RNSA 4R72A 2OCUA 1N3XA 2RC8A 4OYVA 3K00A 3PU5A 3T9HB 4EXLA 4ZEIA 3JYRA 1P1QA 3D4GA 2XXTA 2PMSA 4R9GA 3G3KA 3UK4A 4KHZE 3FVGA 4KYDA 1TFDA 3IL1B 5JTYB 2DP8A 1GVCA 3OO8A 3U92A 1MY4A 1TWYA 3RNNA 4F39A 3PGFA 3CR9A 3MVYA 3JZJA 4NMYA 3I3VA 2F34A 4F22A 2I49A 3QUJA 3HHGA 3TODA 1XC1A 3SKPA 3UA8A 3M3FA 1S7YA 1LAFE 4MH5A 5EHSA 4QFOA 3CFLA 1NH7A 2I4BA 1Y1MA 2Y7WA 3AXFA 5TP9A 2ZMBA 1MPCA 2NOOA 4X9TA 3FGSA 4FEBA 4FEDA 4QRZA 3ZKKA 3QXMA 3L6GA 4PETA 4M4GA 5CC2A 1B3HA 4GIZA 4FJPA 4ZE9A 2X26A 3T22A 1AOVA 5FHNA 4GL8A 2OWSA 3Q25A 4XKQA 5TPAB 2ANJA 1P1WA 1SW1A 4ELQA 3PD8A 1LFIA 1QUJA 3CSGA 4H6DA 4G68C 1LSTA 4ZEDA 3T96B 2HQ0A 2Y7IA 3K1MA 2DSFA 3KGCA 4KR5A 4PFYA 1MXVA 2P0SA 4F3PA 2ONKE 3C9HA 1SW5A 2F35A 2O84X 4E0WA 1MY1A 1DSNA 3ECRA 5BUUA 5KDTA 3BBRA 1SYIA 2HZLA 4TLLB 4PFWA 3QSLA 4ELPA 3RUMA 1B4ZA 4LZ8A 2ZYMA 4NTLA 2V25A 2UVHA 1B2HA 2QPQA 5JK4A 3FVKA 3KJTA 1MQJA 4THIA 4F18A 4G8HA 1PBQA 4IO2A 4N6PA 5L9OA 1YPNA 5FTHA 4C1TA 2QS3A 1A99A 4R9FA 1PC3A 1FCKA 2H4IA 1YCJA 1JVYA 4BDRA 3FV2A 5DTBA 1EZ9A 3VE1B 1FTMA 4JDFA 2V93A 4G8NA 4R6HA 2QJEA 3C33A 3TTRA 4IY6A 1A8EA 4DLDA 4ZE8A 3IX1A 2F5XA 1USYH 1XS5A 2G93A 4UACA 3JV9A 1ZU0A 2O51A 3PUZE 4QF9A 3RN8A 4G68B 1D9VA 1B3GA 2OK2A 1EU8A 2XXWA 5A5XA 1SW4A 4RJZA 1H76A 3TELA 1XVXA 1D9YA 5I56B 1DOTA 4RK2A 2HAVA 4RA1A 3GBBA 2UYFA 3DM0A 4G77A 3QAXA 2G29A 3P7IA 2GH9A 2THIA 3OSRA 1B6HA 3PUYE 4EQBA 1MXWA 4WKMA 2I3VA 1SI1A 2XXPA 4DXUA 3S9MC 2QS2A 3TDJA 2HEUA 1LAGE 1Y9UA 3G3HA 1H45A 1MM6A 2XD2A 1QUIA 4PP0A 5I58A 4HW8A 3LSFB 5AA2D 1IZ1A 4YB6A 4YICA 4TQUQ 1NNPA 3RY3A 4QHQA 2B65A 2I58A 4FECA 4LQ5A 2X7QA 3W15C 2V3UA 1A7LA 3K1PA 2XXIA 3O66A 1B5IA 3MVWA 2V84A 3EF7A 3PPRA 2XXQA 3MC2A 2GRVA 4GLIA 3A3CA 1NNFA 2ESNA 2Z8FA 3IORA 4JXIA 1LBBA 4QSDA 5CI5A 4R2FA 1B3LA 3TKDA 1LCFA 1MQIA 4IO5A 5H8HA 4R74A 5H8NB 2F8DA 4NF8A 2VD2A 1D4NA 3TTKA 2BJJX 3K1NA 3TUSA 5CBRA 5ISUA 2R71A 3U8QA 1OVTA 3GLBA 2R6GE 4OERA 3SESA 2QRYA 4YU0A 1N7XA 1LB9A 1B1XA 1B05A 2AYSA 3CFZA 2O7IA 3TEPA 1GR2A 4N07A 3QUFA 4QSEA 3N94A 3CI8A 3MP8A 3ZS6A 1FQBA 2XHDA 3H7MA 1Z7NE 3N5LA 1JEUA 3FV1A 1DPEA 3MVZA 3OD7A 5FTIA 3PMVA 4MFIA 4ZECA 1IQ7A 1O64A 4I1DA 3WAEA 5CMKA 1SDXA 5DVJA 2XXRA 5L9MA 1LAXA 4LP2B 4NF4B 1MQGA 3IAZA 2XXUA 2D21A 3CG3A 5DEXA 1Y20A 4DZ1A 3MP6A 3RPWA 4JWOA 2Z8DA 3O6IA 3SEUA 1VFEA 4OHNA 1XHYA 5KCJA 3C36A 5H8FA 4BDQA 3HN0A 2VGQA 4AQ4A 1B4HA 4PFUA 2RCAA 2IA4A 3OOAA 1B1HA 2Y84A 4YMBA 3GBAA 3C4MA 3HCQA 3S9EA 1VSOA 1LAHE 1GV8A 3H6WA 2CMOA 5AA4B 1H3DA 1I6QA 2HZKA 3FJGA 2AL4A 4DXBA 4HTGA 1KWHA 3ONMA 1M5BA 3CFXA 3TQLA 1WODA 1QJMA 2DXRA 5EHMA 1GTKA 4XKRA 1PDAA 2A5TA 2ZNUA 1JEVA 4OXVA 4Q8RA 3QK6A 3LR1A 3PUXE 3TCGA 4KCDA 5I56A 2RKMA 3CRBA 3H3GA 3IO4A 2Q88A 4JSDA 3V5AA 3TCHA 5DT6A 4G8MA 1USYE 1VFDA 5H8QB 4R75A 3FD3A 3CIJA 4H0WA 1B0LA 2DS9A 4E0XA 1N7WA 3O6GA 4HS7A 4MLQA 2HCAA 3FIRA 2DYXA 3B6TA 3LC8A 2DOJA 2FYIA 1Y3NA 3TYHA 4LUBA 2ALUA 5I57A 5LOMA 5I84A 4UA8A 2AIXA 3OO6A 4YB5A 1MXZA 5JEIA 3E9XA 1B9JA 1R6ZA 1NH8A 3EN3A 4GXSB 4KPTA 2Z22A 4PFTA 4KD5A 1B0HA 4KFQA 1ZMGA 2F7BA 3C35A 4LZ7A 4DDDA 3IOTA 4Q5TA 3FZVA 2F6PA 1ZKBA 2AL5A 2DE3A 4F3GA 3ZKLA 3SEWA 3KN3A 2Q89A 2PBWA 3IO6A 1MRPA 2RINA 2RCBA 2YLNA 3THIA 1L5TA 1AH5A 5KZTA 3F11A 3WAFA 4LZ5A 3MVXA 4NWCA 1Y1ZA 3KJ7A 4DCXA 2I6EA 1Q35A 2OLBA 3IB0A 4KCCA 3VLWA 1US4A 2QSXA 4R2BA 4RXLA 1UTBA 2O69A 1B58A 5CRYA 1ZBMA 3ILUB 2VHAA 5L9SA 4IY5A 4QFPA 2F97A 1HSEA 3FVNA 2UVGA 1FTOA 1AIVA 5M2VA 5H8NA 1B3FA 4M1VA 3ILTB 2OZZA 1EZPA 3KFMA 3OO9A 1IUDA 1FTLA 2HXWA 3C32A 5IAIA 3M3LA 1JVXA 3BKIB 3PV0E 2H5YA 4YAHX 2O1MA 5I59B 5AE4A 5FHOA 3IB2A 1MS7A 5AA2B 3OENA 4XKNA 1B46A 5L8DA 1NNKA 4EXKA 3U94A 1R1NA 2FA7A 3SETA 2QMXA 1LFGA 4WEDA 3T9XB 2O68A 1B7HA 4DCYA 1EH3A 1MXXA 4BDMA 1PB7A 4NE4A 1WDNA 1JNFA 3K01A 1NNTA 4H5FA 1YTVA 4EF2A 3MZ9A 4IGRA 4ESXA 3Q28A 1Y4CA 3KOTA 4GRKA 1B51A 1I69A 5I2NB 4NF4A 2GFEA 3MPLA 2RC7A 3H03A 1XT8A 2F7CA 2XX9A 1B7UA 4OENA 4X1DA 1RKMA 5I2KB 4ONYA 3IB1A 1JW1A 3KBRA 4C0RA 1LBCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DWHA 1YAEA 3TTMA 3RGYA 3KC0A 2H25A 1NUZA 4NF6A 3E3KA 1T0KA 1M5CA 3DP8A 3KOSA 4O7MA 2HHMA 1FTAA 3S2VA 4H67A 5FBPA 5IZ1A 1RYXA 1LFHA 2I4CA 4O8MA 2E0SA 4PE3A 1OQHA 1MY0A 3IJXB 3BIHA 1R9LA 1S9TA 3VLUA 2PX1A 4NF5A 3FVOA 5AA4A 3UGWA 1SVXB 4JB7A 1IMFA 1N84A 4U4SA 2WBBA 3IFCA 4GF8A 3MJNA 3TMGA 1AL3A 3N6UA 3G3GA 4AB6A 4OESA 2PT2A 5B7DA 4FE8A 3C31A 1FBPA 4DIGA 4LN5A 5ITOA 4KYEA 3TZAA 2Q2AA 4XXUA 4O3CA 1ANFA 3B6QA 4WXJA 5H8SA 2XXYA 2A5SA 4P0IA 1LCTA 5DYHA 4GQOA 4LATA 3IOWA 4U4XA 4IR8A 3K6UA 5CMMA 4Q30B 1BKAA 2ZXTA 2OBGA 1FJ6A 5IGAA 3OO7A 3MZ1A 4HE0A 1P1NA 1IMDA 4GWYA 2Q9TA 2XXHA 4FIMA 2RC9A 5H8QA 3MSTA 5JTYA 3LSWA 4LVQA 1NV1A 4F1VA 1TXFA 3EHSA 1OLAA 3CSBA 3PUWE 3RTFB 2LAOA 1FPEA 1BIYA 3LSLA 4U1ZA 4P1LA 4IO6A 5HBCA 2DWIA 2D3IA 1UQWA 5TU0A 3O97A 3OSQA 1FJ9A 4ZEBA 2HAUA 3TTLA 1MXYA 3FXRA 1NV0A 1FPKA 3M3KA 3HO7A 4ZZEA 3K6WA 3SERA 2OX3A 1FBDA 3PUVE 2ONSA 4GVOA 4JBZA 3VVDA 4YMAA 3U65A 1LLSA 3EPEA 1URGA 4O3BA 2P3VA 1RDYA 5F24A 4R6YA 5F1QA 4YZZA 4U23A 4FBPA 5TPAA 2YPNA 2FHYA 2HFBA 5IZ3A 3PPOA 2OWTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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