3ZKLA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with xylotriose
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
b'DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE SUGAR TRANSPORTER SOLUTE-BINDING PROTEIN
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
molecule tags Transport protein
total genus 143
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zklA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zklA02
1Y4CA 3VLWA 3EF7A 5F1QA 3LSXA 3OEMA 4N07A 2V3TA 1NNFA 2ONRA 2ZYKA 3H03A 1SW1A 2QMXA 1NFTA 1B6HA 1B5HA 4QFPA 2ONKE 1S50A 2WKYA 3MZBA 4ZECA 3DM0A 2O51A 2UYFA 4POWA 2R71A 4ONYA 4F1VA 1BP5A 4ZEIA 2HAVA 4NF6B 2QS3A 1URDA 3G3HA 2RCBA 3LC8A 5I57B 2I3WA 4FEDA 4EQ7A 3Q29A 5A5XA 1PBQA 4RJZA 3S9LC 2DVZA 2R6GE 4KPTA 3UGWA 4ECFA 2YPNA 4YAHX 2H5YA 2HXWA 4PP0A 1MH4A 5CRYA 1L5TA 3BFTA 1SYHA 3FVOA 3IOVA 3SEXA 4G8MA 4WEPA 3PUWE 4OETA 3QAXA 3VE1B 2XXTA 1LAFE 3FV1A 3H3GA 3OOAA 4Q0CA 2D21A 1IXCA 3B6WA 4NTLA 1S9TA 2DQVA 2RC9A 5CC2A 3FJMA 1M5BA 4HCYA 3U1OA 4TLMB 5B70A 2THIA 4I62A 4LZ8A 4RA1A 4I9DA 4R6YA 3KFMA 4U1ZA 2PT2A 4OFOA 3C9HA 1B46A 3FD3A 2DE4A 4TQUQ 1B4HA 2ALUA 5KCJA 1XC1A 4XIGQ 1M5CA 2DE3A 4BDLA 4GQOA 4H6DA 1FQCA 2Q2AA 1YPNA 2IEEA 2A5TA 2AL4A 4ISUA 4M4GA 3KSXA 5TU0A 4F29A 3AXFA 3MP8A 4WXJA 1OLCA 5I2KB 4XKRA 4R9GA 4DDDA 3I6VA 3MZ1A 4THIA 5CMMA 2XXIA 4OWDA 3M8UA 1IQ7A 1VSOA 5IKBA 5I56B 4H5FA 2UYEA 4GXAA 3TMGA 3USDA 1PC3A 1MPBA 2QL3A 5KDTA 1BIYA 4YKPA 2HZLA 1M5DA 3IO4A 4NF5B 4C0RA 2Y84A 1B7HA 3O29A 3UK4A 1D9VA 3MJNA 4LUBA 1NKXA 1XT8A 2YLNA 3RY3A 1US4A 3TTKA 4YU0A 4QRZA 3O6HA 5CBRA 3KBRA 4EXLA 3K02A 5ELVA 1I6BA 3LSLA 4YKJA 3GBBA 2F97A 3FXQA 4IGTA 1AMFA 2I6EA 5BWJA 4NF8B 2Q8JA 4ND9A 3MW0A 1MPCA 1R9QA 2HEUA 2LAOA 4O3CA 4TOZA 3BKIB 2F7BA 1B3LA 4LATA 3E4RA 4H5GA 3CFZA 3K6UA 4OEVA 2XXVA 4GF8A 3S9MC 3KN3A 3PPPA 5M2VA 3H4ZA 3A09A 5TP9A 3IX1A 2F36A 1MY2A 3IB1A 2NUVA 3MUQA 3ZS6A 3FXRA 4HTGA 2HQ0A 4BDNA 4OHNA 3K6WA 1IXIA 3M3FA 1LB9A 1B58A 2A5SA 4OQOA 4YMAA 2Y7PA 3TKDA 2P2AA 4XKNA 5HPQA 3HCQA 2XXXA 4O3BA 1I69A 1SQYA 2R9JA 1MH3A 2F34A 3UP9A 1B3GA 1FTJA 4RK2A 3B7DA 1QULA 3PPRA 3IOUA 3ONMA 2OCUA 3PMXA 3RT6B 3HHFA 5H8SA 3U8QA 3TCGA 4GL8A 3T9VA 3GXAA 2XXWA 3KEIA 3GBAA 5CM6A 1LBCA 4R72A 4IO2A 2Y7KA 4FE8A 4F22A 5H8NB 1ZLQA 4MFIA 5AA2B 1N7WA 2X7QA 1FQFA 1NMUA 4I8CA 4Q30B 3T22A 3MVWA 5H8HB 1MQJA 4F19A 3IJXB 4BDOA 3IOTA 2REGA 3BFUA 2P1SA 3K1NA 5AE4A 2XD2A 3KG2A 1ZJLA 1B51A 3TPAA 3MVXA 3FXUA 5AA4B 3KOTA 4RPNA 3THIA 3Q26A 3RTWB 4JXIA 1EU8A 1NNKA 2DP8A 4IO3A 2I49A 5TPAB 2F6GA 2HFBA 4F3GA 1AL3A 3OO7A 1GGGA 2P0SA 4RNSA 1PB9A 3O9PA 5DTBA 3EHSA 3WAEA 1JW5A 5L9OA 1B7ZA 2O68A 5JEIA 4KI0E 3WAFA 1B0HA 1B3HA 2DOJA 5FHNA 2Q2CA 1B52A 3IR1A 1Y4TA 4F3PA 2Z23A 2ZNSA 3W9VA 2REJA 2V25A 3EHTA 2G29A 4RPOA 4DIGA 3IL1B 4P11A 3TUSA 2DWIA 3S9EA 1B3FA 3PV0E 5I58A 1I6QA 2XX8A 2NWJA 3FUZA 2AL5A 3UA8A 1NNPA 4KR5A 2O84X 3C4MA 4NWDA 1D4NA 1Y3QA 3ILTB 1B05A 4KCCA 3PPOA 1FCKA 1JQFA 1P1OA 5ICQA 3JV9A 4GWOA 5DT6A 5ISUA 2O7UA 1II5A 1EZOA 1R6ZA 1MS7A 1ZBMA 4C1UA 3E9XA 1BLFA 1QKAA 2PX1A 4ZE9A 1FW0A 3OO9A 5JTYB 3RN8A 4ZZEA 5CMKA 4X1BA 2XD3A 1XVXA 4QFOA 1B5IA 4AQ4A 5I59A 3IAZA 3A3CA 1CB6A 1SW4A 2O1LA 4NWCA 3MVYA 3O97A 2I0BA 1MXWA 2DXYA 4DCYA 1POTA 3RGYA 4TLLB 3CR9A 1MXXA 4R9FA 1B0LA 1Y3PA 4Z7EA 1UTBA 2OLBA 4PQJA 4X48A 3PMVA 3BBRA 4KD5A 1H43A 4KYEA 2I0CA 3MZ9A 3CG3A 4DZ1A 1MDP1 2O6AA 3RUMA 4IO5A 1LSTA 3H6TA 2I48A 1B32A 4N13A 2NOOA 3FV2A 2B3BA 3FIRA 1OVBA 3EQ1A 3PUZE 1WDNA 1UTHA 3FZVA 3H06B 4YKKA 1DTGA 2H98A 1Y3NA 4MF3A 3I3VA 3IB0A 4YZZA 2I4CA 3DP4A 3JYRA 3C32A 4LA9A 4MBPA 2UVHA 3C33A 3S9NC 1CE2A 4KFQA 5F7VA 5K2YA 3TEPA 2ZYOA 3SERA 5DEXA 1HSJA 1NNTA 2B65A 4HCWA 4FATA 1J1NA 3I5OA 4EUOA 1JEUA 5FHMA 2DWAA 1PBPA 3TTNA 4X9TA 3RPWA 1SW5A 3TAJA 3SKPA 2ZMBA 3TELA 3W9WA 1USYH 1KWHA 2Q89A 3PU5A 2RINA 1VE4A 1IUDA 1LGBC 3F11A 1MY4A 3VV5A 3SETA 4NMYA 4R6HA 3VVEA 2VOZA 3G3IA 1ATGA 3KSJA 4ZEBA 3T93B 1JNFA 2Q88A 3OEKA 1P1UA 3TCFA 2UVIA 1GR2A 1EZ9A 4EF1A 3EN3A 5A5XB 4KHZE 4R2FA 4QHQA 2XXQA 3H7MA 2OJTA 1H45A 1OMPA 4JB7A 5IAIA 3K1MA 3C35A 4G68A 3M3KA 2DVCA 4IY6A 1NL5A 4G4PA 1Z7ME 3V89B 1B2HA 1A55A 3U93A 4ZEDA 2XXPA 3OO8A 4RXLA 1GTKA 3TCHA 1P1QA 1US5A 3CVGA 3ZSFA 3TTMA 2RKMA 4U23A 2ZYNA 1PEBA 2Z8EA 4BDRA 2XX9A 3CSBA 4GOTA 2DSFA 4U2RA 1OQGA 1Y9UA 1A54A 4IY5A 5AA2D 4F2OA 5I2NA 2ZYMA 4LQ5A 1QVSA 4OVJA 3VVDA 1TXFA 4MLQA 2RC7A 4FORA 1B7UA 2XXYA 2VGQA 3PUXE 4LP2B 4WKMA 1VR5A 5DVFA 1IIWA 3H6VA 3RT8A 4O3AA 5KCJB 4YMBA 3IORA 5CMBA 2RF1A 1B5JA 3M3LA 5DVIA 2QPQA 2XX7A 3O6GA 4PFYA 4OFJA 5B7DA 5H8QA 4JSDA 1WVJA 2A5TB 2ONSA 1QUKA 3KOSA 1N84A 4RY1A 3K01A 3SDFA 4GRKA 4G8HA 3HPIA 4XTCQ 3OXNA 3N6TA 2AIXA 1TFAA 1XVYA 3KN7A 3CFXA 1LCTA 3FJGA 2X7PA 1GVCA 2QS2A 2VP1A 4NF4A 4Q5TA 3QUJA 3CG1A 5KDTB 5EHMA 3SESA 2ZXTA 4PFWA 2GFEA 3QUFA 2D5WA 3PPQA 4QFKA 2E0SA 3K00A 4UA8A 4EXKA 1UQWA 1N3WA 1PB8A 3PUYE 1LCFA 1LAHE 3SEUA 3OMBA 1ANFA 1XOCA 2KLFA 1EZPA 1LLSA 2D3IA 4ELPA 1PDAA 4OENA 1ZU0A 4GIZA 2V93A 2NXOA 1OQHA 4KCDA 4MH5A 1MRPA 3K4UA 3ZKLA 4R74A 3U72A 3U94A 1MQGA 3R26A 3PD9A 3MAMA 4FEBA 4Q8RA 1D3KA 5TP9B 3FVKA 1OIBA 5K2XA 2F7AA 3N6UA 3MBPA 4QF9A 4H67A 4RYAA 1S7YA 3Q28A 3QXMA 5KZTA 3VDFA 4BDQA 5CMCA 5DYHA 1FTOA 4IO7A 5L9SA 1IZ1A 2RC8A 1SI0A 5LOMA 1MQIA 2QS4A 1QKBA 4RK9A 1QUIA 3KZGA 1M5FA 4F39A 2O7IA 2PMSA 3GZGA 1GV8A 4YICA 1SVXB 4F1YA 4H1XA 3SEYA 4EQ9A 2OBGA 2Y7IA 1LBBA 3V8XB 2ANJA 4AB6A 3E13X 4JWXA 1TFDA 3PGFA 2M8CA 1QW0A 3DP8A 3C34A 1SW2A 1MM7A 1P99A 1M5EA 1RYXA 3VLVA 1POY1 5H8FA 1OVTA 4H8JA 3H6WA 2CZLA 2GHAA 4GXSB 4F2QA 4U1OA 1RYOA 4OMBA 2F78A 4U4SA 3TODA 1MXVA 2DWJA 4XKQA 3CI8A 1A8EA 1MPDA 2DWHA 3T66A 4R75A 2QJEA 3LSWA 1AIVA 4DLDA 1FQDA 4JDFA 4YB6A 1A99A 4GFRA 5ITOA 2BJJX 3IOWA 5AA3A 1MY1A 5CI5A 1WODA 1Y20A 3IK6B 4U21A 3LUYA 2FYIA 2FNCA 4N6PA 4EF2A 4IO6A 2O1MA 1HSLA 1B1XA 3IB2A 4ZEFA 3HV1A 1P1NA 3B6QA 3TQLA 3K2DA 3T9UA 3W15C 4OZ9A 3P7IA 1FQBA 1PB7A 3MPKA 4GLIA 1JW4A 3SEWA 3EPEA 3FASA 2XXUA 1RKMA 4NF6A 1LAXA 1D9YA 1I6AA 5I57A 3OO6A 3TYHA 2DS9A 3RQTA 3HSTA 1O63A 3ILUB 4ESXA 3FVGA 5I58B 2HZKA 1IEJA 4IO4A 4ZEKA 3TTRA 4JBZA 2H9BA 2I58A 4LQ2A 3G7WA 2DXRA 2GHBA 2AYSA 1QJMA 4ZDMA 3G3KA 2H99A 4OEUA 4AB5A 5BUUA 1H3DA 1ZMGA 2NVUB 1FTMA 2X26A 1SYIA 1AOVA 4PE5B 3N26A 4U22A 3UIFA 2ZNTA 3O66A 1Z7NE 2ABHA 5I59B 3B6TA 3DLNA 1USYE 3DP6A 4NEDA 2VHAA 5L9MA 1Y1ZA 4HW8A 4ESWA 5ITPA 3FVNA 1F9BA 3LBSA 4H0WA 4H65A 1TT1A 2UVGA 4WEDA 1VFDA 5JK4A 4FJPA 4P0IA 2Y7WA 2QMWA 1LFIA 1UTBB 4LZ7A 2B3FA 1MQHA 2E1SA 1DTZA 3N5LA 3L6GA 4UACA 1FTKA 2PVUA 4C1TA 5I2KA 3MVZA 2OWSA 3ZKKA 1B1HA 4YB7A 4POXA 2XXRA 3GLBA 3VLUA 3QIMA 1QUJA 4DE8A 5I56A 3OSQA 3PD8A 4EDPA 4P0GA 3LSFB 1UTHB 3SEVA 4JWYA 4OTEA 4QSCA 3VXBA 3D4GA 4FAJA 3MC2A 4NF5A 2GRVA 3PPNA 3T9XB 4OFLA 3OSRA 2F5XA 1ZIUA 1JW1A 1YTVA 4QSDA 5DVJA 5DEXB 1SDXA 2V84A 4OXVA 1LFGA 3MWBA 2G93A 2VD2A 1ZKBA 3CSGA 4JWOA 4OYVA 4NF8A 2V3UA 4JSOA 5FHOA 4LZ5A 2ZNUA 1IXHA 3MP1A 3OENA 3MPLA 3EHUA 1BKAA 2QRYA 2Z22A 4YB5A 2H25A 1JETA 2DYXA 4K3FA 1Q1KA 5HM4B 4DXUA 3R6UA 1T0KA 2F8DA 2OZZA 4R2BA 4BLAA 2W7YA 4G68B 4XXUA 1MXUA 1DPEA 4OERA 4H8IA 3VXCA 4F3BA 5EYFA 1Q35A 2DE2A 2HAUA 3K6XA 1LFHA 1A8FA 4R73A 3O2AA 1ZTYA 2HCAA 2F6PA 1FQEA 3IO6A 3TQWA 3O6IA 5FTHA 1IITA 2Q9TA 4Z0IA 4ELRA 3QK6A 5ICTA 5I2NB 1R9LA 3CIJA 2F35A 3KJTA 3JZJA 3TZAA 4MLVA 4F31B 3HHGA 4PFTA 3K0VA 2XHDA 2V3QA 1B9JA 4QSEA 5H8QB 4G77A 4U4XA 5CBSA 4L17A 3TFLA 4XKPA 5H8NA 5AA2A 1NH8A 3A3UA 1Y1MA 4ZS9A 3FJ7A 5EHSA 5H8HA 4G8NA 2Z8DA 1JEVA 1YAEA 4LVQA 1YCJA 5J1DA 4DXBA 2F7CA 3UORA 1N76A 1JVXA 4EQBA 2FA7A 1N7XA 3FGSA 1UIUA 5I84A 3Q25A 1N3XA 1A40A 5AA4A 3VFJA 2O69A 4NF4B 1B3EA 2PBWA 1DPPA 3T9HB 1XS5A 3V5AA 1IXGA 4KQPA 3MP6A 4HS7A 2XXHA 5TPAA 4F18A 2OWTA 2UXAA 4OESA 3VVFA 1R1NA 3TDJA 3QYTA 3HN0A 4IGRA 3PMWA 5HBCA 1DMBA 4PFUA 4FIMA 1SD3A 1AH5A 2QSXA 5FTIA 2ESNA 1ELJA 4F3SA 3QSLA 3FATA 3G3FA 3KJ7A 4G2ZA 2PYYA 1TWYA 3ODBA 1LB8A 4LONB 1O64A 3HO7A 3CFLA 3PUVE 1DOTA 3T96B 3CRBA 5AA1A 3K6VA 2H4IA 2IA4A 1P1WA 1SBPA 4YKIA 3LR1A 1MXYA 2OK2A 3KN8A 1SI1A 4F1UA 1JVYA 1XHYA 4ZE8A 4R6KA 1N04A 4PETA 3G3JA 4E0WA 3C31A 1HSEA 2YJPA 5L8DA 1H44A 3D4CA 4GL0A 1O7TA 3H6UA 2RCAA 3R7XA 3E3KA 2I4BA 1H76A 5JTYA 3ECRA 2QS1A 1MXZA 3N94A 3O28A 2CMOA 4BDMA 1OLAA 4M1VA 1FQAA 4FECA 3OELA 1MDQA 2UVJA 1VFEA 4I1DA 4GD5A 1A7LA 3S4UA 3V83A 4GVOA 1EH3A 4DCXA 1N0TA 1LAGE 3U92A 4X1DA 4NE4A 2I3VA 3KGCA 3TTLA 3IJOB 3L6HA 3G3GA 4ELOA 2Y7RA 4KYDA 1B40A 4ZZAA 3K1PA 4G68C 4ELQA 5H8FB 1MY0A 3MQ9A 1DSNA 1UIVA 3DELB 4KYSA 1URSA 1B4ZA 3RLFE 1URGA 3S2VA 2VD3A 3OD7A 2Z8FA 3C36A 1MY3A 1MQDA 4E0XA 3UN6A 1FTLA 1NH7A 4QFNA 4IB2A 2GH9A 3Q27A 3RTFB 1BTJA 1MM6A 2PT1A 4QFLA 1MG1A 4DXCA 3RNNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Y4CA 3GYYA 3VLWA 3EF7A 5F1QA 3LSXA 3OEMA 4N07A 2V3TA 4OVRA 1NNFA 2KR0A 2ONRA 2ZYKA 3H03A 1SW1A 2JJKA 2QMXA 1NFTA 4GX4A 1B6HA 1B5HA 2P3VA 4QFPA 4MJOA 2ONKE 1S50A 3HFUA 2WKYA 3MZBA 4ZECA 3DM0A 2O51A 2UYFA 4POWA 2R71A 4ONYA 4F1VA 1BP5A 4ZEIA 2HAVA 4HXVA 4NF6B 2QS3A 1URDA 3G3HA 2RCBA 4KXPA 3LC8A 3NOHA 5I57B 3PTYA 2I3WA 4FEDA 4EQ7A 3Q29A 5I7IA 5A5XA 1PBQA 4RJZA 3S9LC 2DVZA 2R6GE 4KPTA 3UGWA 4ECFA 2YPNA 4YAHX 2H5YA 2HXWA 4PP0A 1MH4A 5CRYA 1L5TA 3BFTA 1SYHA 3FVOA 3IOVA 1FJ6A 3SEXA 4G8MA 4WEPA 3PUWE 4OETA 3QAXA 3VE1B 2QVRA 2XXTA 1LAFE 3FV1A 3H3GA 3OOAA 4Q0CA 2D21A 1IXCA 3B6WA 4NTLA 1S9TA 2DQVA 2RC9A 5CC2A 3FJMA 1M5BA 4HCYA 3U1OA 4P8BA 5IZ3B 4TLMB 5B70A 4PDHA 2THIA 5ET6A 4GWSA 4I62A 1NV2A 4LZ8A 4RA1A 4I9DA 4R6YA 3KFMA 4U1ZA 2PT2A 1K9ZA 4OFOA 3C9HA 1B46A 3FD3A 2DE4A 4TQUQ 1B4HA 2ALUA 5KCJA 1XC1A 2B4LA 2WX9A 4XIGQ 1M5CA 2DE3A 4BDLA 4GQOA 1FPEA 4H6DA 1FQCA 1EYKA 2Q2AA 1YPNA 5ET5A 2IEEA 4P3LA 2A5TA 2AL4A 4ISUA 4M4GA 3KSXA 5TU0A 4F29A 3AXFA 3MP8A 4WXJA 3LUZA 1IMEA 1OLCA 5I2KB 4XKRA 4R9GA 4DDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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