3ZL7A

Bace2 fynomer complex
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
382
structure length
363
Chain Sequence
LAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 74
structure length 363
sequence length 382
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zl7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zl7A02
5DQCA 5KAOA 4A6CA 4Y5EA 5FIVA 5P5TA 1D4KA 5P88A 3OHHA 2Q64A 2FMBA 3BVAA 5AH7A 2QU2A 3IVHA 1HVLA 2V11C 2CEMA 2F8GA 2F81A 5P44A 3IAWA 5AHBA 3ST5A 4Z22A 1XN2A 3HBOA 4ZSMA 3INDA 5IS4A 2QAKA 4PHVA 5EZZA 3IN3A 1B6JA 2P8HA 3Q5HA 4LXAA 3ZKIA 1LF2A 5P1QA 5OZ1A 3L5DA 1HTRB 1Q9PA 2HS2A 5P8GA 4OBGA 2RKGA 3EKQA 2ZHVA 2HPFA 5SY3A 3JVWA 4OBHA 5IE1A 5P2XA 5I70A 3GGXA 4CP7A 3BHEA 1FFIC 5P34A 4JPCA 5P3CA 3ZMGA 3O9EA 5HDVA 3QRSA 1K1UA 2ZE1A 4RVJA 3K1WA 5HDXA 5P0AA 3BGCA 5P7IA 3JVYA 4BELA 3EL9A 2ER0E 1ZTZA 5PEPA 2H6TA 1BDLA 2PH6A 1T6EX 5P35A 1KJHA 1T7JA 4HA5A 4Y57A 2ER6E 3QRMA 2JJJA 5P4OA 1SIPA 4J55A 5P1OA 2VNMA 5HU0A 4HDPA 5P7MA 5P5XA 5ER1E 2G24A 1AJXA 5P50A 5OZXA 3VV6A 2HB4A 1HVJA 4FAEA 1YTGA 5EZXA 5HVPA 2ZYEA 5OZ5A 5P64A 5P8IA 3DV5A 5P5PA 5P4MA 5HTZA 1ZP8A 5P6JA 1W5WA 1BVGA 3UQPA 2BPZA 1SP5A 1ZBGA 5P2HA 4EXGA 3QS1A 3SLZA 3O9FA 3ER3E 3OUCA 3G72A 3UHLA 3OU3A 5IVQA 5P3WA 4X2LA 3M9FA 4HDBA 5DGUA 5P49A 3VF7A 2IEOA 2B7FA 4DQHA 5P4EA 3GW5A 1EAGA 5P2OA 3LIXA 4NPUA 4BEKA 3DK1A 5OZLA 5J25A 2G20A 5P5NA 4PZXA 2OHRA 2P4JA 5COPA 1N49A 3Q70A 3AIDA 4GJDA 1IZHA 4Y37A 4J17A 3OGPA 2Q63A 3NLSA 3UDPA 2QZKA 2QMGA 3LNKA 5OZRA 3QBFA 2AOHA 3QROA 2P3BB 2FGUA 1APUE 3KDDA 3ZKNA 3UDKA 5P5BA 1EPRE 5P26A 2FDDA 4J1EA 4GJ6A 4I11A 1MVPA 4H3FA 5P4IA 3TKGA 2AIDA 3OHFA 5P61A 5P7KA 4DPIA 2ZHTA 2ZJHA 1ER8E 5P5AA 3CKTA 1QDMA 3N3IA 2QNNA 3BUHA 2AODA 3EM3A 5P1IA 4DJPA 5P4WA 5P7SA 3VYDA 1T7KA 4GZFA 3QVCA 3HZCA 1C70A 4DJQA 3QP0A 5P8LA 2NMZA 3QVIA 2VA7A 3VCMA 4Y4TA 2QD6A 3OOZA 5P32A 5OZKA 3ZKMA 5P74A 4Y5CA 2NXDA 4JPEA 1EBWA 3UQWA 1EPOE 1K6VA 4EQJA 2V16C 4FRJA 3EM4A 5DPZA 1HTEA 2WKZA 2AQUA 5HE7A 3RSXA 4APRE 3L5FA 1SMRA 5HDUA 2EWYA 3UDYA 3L58A 3R4BA 3K4VC 5P5LA 4AZYA 5P13A 2QI6A 4R92A 4F73A 4Y3FA 4Y3XA 5OYQA 5P6ZA 4DJWA 1LYAB 5P7FA 5P0WA 4YCYA 5P3NA 4Y47A 3IXOA 3NUJA 1U8GA 3TKWA 3EKVA 4Y53A 2QP8A 1FQ8A 2RENA 2R3TA 5OZWA 4UPJA 2OHQA 1TW7A 5P54A 2I4WA 4KE1A 5P0TA 1YM4A 3MXDA 3SABA 2I4DA 3NXEA 5P5OA 2IL2A 1RPIA 5P66A 5P8MA 3LHGA 1MUIA 5JODA 3VLAA 1SDVA 1GVWA 2JYSA 1HHPA 5ENKA 4B72A 3S85A 1IZDA 4PEPA 5P1LA 2ZJIA 4YHQA 1QBUA 4HLAA 3MXEA 5P2EA 3LINA 4RZ1A 5KQFA 2PSVA 4Y3NA 1XN3A 5P6QA 4RROA 2IGYA 5P1WA 4Y4DA 3OQ7A 5P2GA 3RU1A 5P5DA 5P4JA 5P7CA 3QPJA 3KT2A 4DH6A 3WB5A 1UH9A 2NR6A 1ENTE 5P1GA 5TOLA 1HVSA 3NYGA 4WY6A 4OBFA 1WBMA 2HIZA 3KN0A 5P6BA 5OZAA 5DGWA 5P8RA 5P2KA 5P5IA 1FMUA 3TPRA 2VJ6A 5HDZA 1TZSA 3HDKA 4Y3HA 2VIZA 3HLOA 2VNNA 3QI1A 4DV9A 5P45A 5P3MA 1C6ZA 5P27A 4ZLSA 3URJA 1FMBA 3B7VA 3KFNA 3EKYA 3BGBA 3L5BA 2R3WA 4U7VA 4RRNA 1D4LA 1D4IA 1IDBA 3PWWA 5P08A 3TPPA 3UDRA 3IVIA 5OZDA 4FM6A 1K1TA 5JG1A 5P8UA 5P81A 5P6RA 4X7IA 5P87A 4EJDA 5P8BA 4RVIA 4Y4XA 3ZPUA 1LS5A 2OHLA 4EQ0A 5P4LA 4R93A 5P18A 5P0EA 2JXRA 1NSOA 5P1FA 2ZHUA 3S43B 4I0IA 5ENMA 3BC4A 5P3LA 5P6UA 5P4AA 3PSUA 1KJGA 1MESA 1SMEA 1HIHA 4I0FA 2I0AA 4J0PA 3O9GA 2Z4OA 4Y3DA 2QNQA 3UF3A 4RVXA 5P2QA 2FS4A 3GGUA 4Y36A 1HEFE 2PSGA 3D20A 3SA9A 2WF1A 4LP9A 3EL1A 2ZGAA 5P4FA 1APWE 2XFIA 4QJ6A 5P3KA 1SGZA 5P1MA 4B0QA 2I4UA 1ODYA 3EL0A 3S56A 4FL8A 3TOGA 2QMDA 2IENA 3NSHA 2VA5A 1B6LA 1QBRA 4U8WA 4Y5PA 5P7PA 4Y58A 3OOTA 3O9BA 4CPSA 1G2KA 5P6NA 5P01A 5P73A 2WEDA 3L38A 1W6HA 2QCIA 2MIPA 2R9BA 1TCWA 5P24A 4DJRA 1HOSA 1W5YA 5OZNA 1GVUA 4NKKA 4Y51A 2FXDA 3A2OA 1HVRA 2QHZA 4J54A 2IDWA 3HVPA 4YD6A 1ZLFA 5P2MA 1FIVA 3SO9A 4QJ7A 2AOJA 5KQXA 4QJ8A 4I0HA 1C6XA 2BPVA 5P07A 4A6BA 2QD8A 2OHKA 3EKWA 5P1JA 4FAFA 5P57A 5P2RA 1AAQA 4U7QA 4DQGA 4HVPA 5P4DA 2SAMA 4ER4E 3KF0A 1QS8A 5OZEA 4FSEA 3MSLA 3BXRA 5DR1A 2RKFA 4EJLA 4L7HA 2ZHRA 2B8LA 2BPWA 4I8ZA 3TPJA 3LITA 3UFLA 3R0YA 2AVQA 5OZJA 1PROA 4COEA 2OHMA 5P0OA 2QD7A 1XE6A 2IKUA 2VIJA 4TVHA 4CMSA 5OYVA 3NR6A 4J0ZA 5P8CA 5P6CA 2Q5KA 2O40A 5P86A 5P6GA 4OBZB 5P0KA 1SGUA 2P3DA 1YTIA 2IS0A 1WBKA 4Y6MA 1HSIA 2IKOA 2ZJNA 2AOCA 3ER5E 3OADA 2ANLA 2F80A 4NJTA 5P00A 2Q11A 4I12A 3UQRA 3MSJA 5OZ6A 2PYNA 4KUPA 4S1GA 3R1GB 2AZ9A 5HE5A 5P77A 1HTGA 4EJKA 1SDTA 4H3GA 5IVTA 1NPWA 2IRZA 2R5PA 5P1EA 5P40A 1HRNA 5E5JA 5P7LA 3DV1A 2QZWA 4R95A 3K5CA 5P2AA 4GIDA 5P37A 3CYWA 5CLMA 3WB4A 4FRKA 4DJYA 3WSJA 4RGHA 1BXQA 5P1YA 5BS4A 5COKA 4I0JA 1SBGA 5P6DA 2ZJJA 1IBQA 4H3IA 3KDCA 5P2ZA 1LYAA 4YA8A 4Q1XA 1HSGA 3LPIA 5KR1A 3EBZA 1EC0A 4FM7A 3D91A 3FNSA 4J0VA 1B11A 4I10A 3NU5A 4AA9A 1MPPA 3BVBA 3PWMA 1HVCA 1YG9A 1T3RA 2IQGA 5T4SA 4APEA 5P7BA 1ZJ7A 2UPJA 2I4XA 5P6SA 1MTRA 5P42A 1W5VA 1QBSA 1M4HA 5P3ZA 7HVPA 2O4SA 3O9HA 5P3AA 1APVE 5P3BA 3OXWA 4YDFA 5P38A 5P4RA 1MIQA 5I3VA 4CPUA 1ZPKA 1E80E 4GJAA 3KYRA 3VG1A 1MSMA 4MC1A 3WZ8A 3UDMA 5P0NA 4J0TA 3SAAA 1MTBA 3FX5A 5P06A 5ISKA 5P3XA 4B00A 5I3YA 5P6HA 5HCOA 4B78A 1MSNA 2PMAA 5P4XA 3PSGA 4H3JA 3GI4A 4DPFA 1PPKE 2A1EA 3SFCA 4ZIPA 4B77A 1FF0C 4LXMA 3I2LA 4ZSRA 3ECGA 1M43A 4K9HA 4YBIA 4Z50A 2RMPA 4B05A 2ZJMA 4Y5MA 1HPXA 2PYMA 1TSUA 2I4QA 3GGVA 3UDHA 5P5SA 3OGQA 4Y3RA 3ZKGA 1PSOE 2PSUA 4L1AB 1YTHA 5P7QA 5OZ2A 4Y3TA 3LZVA 3NWQA 5P55A 4DI2A 2XFJA 4Y50A 5OZZA 5P4ZA 4Y4GA 1G6LA 1HXBA 5P25A 1CMSA 5P5QA 5C9FA 1D4JA 5P2UA 3KDBA 1DIFA 2J9JA 3DJKA 2AZ8A 5P7HA 2AVOA 5AHAA 3SA8A 5OZPA 3PLDA 2V13A 1NH0A 3S43A 5P4BA 5C9DA 1SH9A 5OZTA 5P8VA 2WL0A 2QNPA 1A9MA 4I1CA 5P5ZA 1PPME 4I0ZA 4BFDA 3PI5A 5P4QA 4LAPA 5OZIA 1HVHA 2QI4A 2BPYA 3EL4A 3OADB 3PLLA 3SA7A 4RYGA 2BJUA 4ZPGA 1GKTA 3Q6YA 3NXNA 4J1CA 4A4QA 2QZXA 1E5OE 2G27A 1IZIA 5P59A 1KJ7A 1DMPA 1F7AA 5P1BA 1QBTA 1ME6A 2B8VA 4DJOA 4Y4JA 3OTYA 2I4VA 2AOEA 4D85A 4Y4EA 5P03A 1IDAA 3URIA 4J1FA 5P23A 5E5KA 3O9AA 4Y9WA 3N4LA 3NU4A 4Y38A 5ER2E 2PC0A 3KMYA 2AVMA 4RYCA 3KMXA 4YOBA 5P3JA 3SA5A 3LIZA 4Y5GA 3IXKA 5P0GA 5P7XA 2QI5A 3KFSA 5OZGA 1GVTA 1ODXA 5P1NA 5P1HA 4EHCA 5P69A 5ISJA 4Q1NA 3EM6A 1DAZC 1IVQA 3TPLA 5P04A 2FNTA 4FS4A 3SA6A 3PMYA 2R38A 2QZLA 4BFBA 1GNMA 4YD3A 3U7SA 3GI5A 5CONA 3O9LB 1EC3A 2HPEA 3PI0A 5P8FA 4DQCA 5DQ5A 3PBZA 4NJUA 2F3EA 4Y3JA 5P4NA 4AMTA 1META 3FIVA 5P41A 4HEGA 1K6TA 5I3WA 4RCEA 5OZQA 5P7AA 2ZJLA 4RCDA 4OBDA 5P7JA 3EKPA 5P3PA 2A4FA 5P6IA 4Y39A 4YCTA 4FM8A 3SM2A 3PJ6A 4OBZA 5P19A 4F75A 1BV7A 5P0UA 5P56A 2WECA 5P7VA 2V10C 3RSVA 2OHNA 1XDHA 3TLHA 3GGAA 1EC1A 2NTRA 5P3UA 5P4KA 5P58A 4EP3A 4Y54A 1A30A 1LYBA 2R5QA 4YDGA 5IVRA 1YM2A 4FCOA 5OYRA 1BXOA 4Y48A 4EWOA 2I0DA 1BWAA 5P1AA 2NXMA 1BBSA 5P20A 3ZKXA 2O4NA 1MT9A 3OAGB 4PZWA 2QMFA 4FLGA 3QN8A 1EPME 4DVFA 5P3HA 1FB7A 1RQ9A 6APRE 5P7WA 3S54A 3IXJA 4ACXA 3C9XA 1B6KA 3ZPTA 3SA4A 1WKRA 2NNPA 5P46A 4J1HA 3AUPA 5HCTA 5P4YA 3VF3A 2J9JB 1HIVA 2WJOA 5KR8A 5OYZA 5P75A 5P3TA 1UH7A 4Q1YA 5P22A 3T7PA 5OZFA 3UDQA 3PSYA 5P0HA 2Q15A 5KQZA 3B80A 3EC0A 2F3KA 1EPLE 5F01A 1ZSFA 3KM4A 3PBDA 5AHCA 4Y3EA 5P7DA 3OUAA 1KZKA 5P8KA 5COOA 5OZCA 2ASIA 5P2BA 2P83A 5P47A 2CENA 4B70A 2V00A 3KFRA 3KFPA 3O9CA 3SPKA 1BV9A 1HVIA 2ZHSA 5P6MA 1MT7A 5P31A 3IN4A 3PWRA 5BWYA 3OQFA 3TTPA 4GYEA 3UPJA 4R5NA 4YD5A 2Q54A 3MSKA 3K5GA 1AM5A 3PGIA 4EJ8A 2VIEA 4Y5BA 3T3CA 2AVSA 5P4UA 3DUYA 5P6KA 2PK6A 1TCXA 5P1XA 5DR8A 1MERA 2PK5A 2WF2A 1AIDA 4DQEA 4AUCA 4MC9A 5P3DA 5KQYA 1T7IA 4J0YA 5P4HA 3OXCA 3RTNA 3I25A 2PH8A 2WHHA 2V0ZC 3Q4BA 3OQDA 2QI0A 2OF0A 3LZSA 1FG8C 1EEDP 3NU3A 3OQAA 4Y5LA 2AOIA 4K4QA 5OZYA 4Q1WA 5P1ZA 1FG6C 2QHCA 3UDNA 3ZPSA 4CPRA 3U6AA 4B1CA 4L1AA 5P0YA 1K6CA 5DQ1A 5JFPA 5P5JA 5P0FA 2G1SA 3O99A 3S8IA 4OC6A 5P53A 5P85A 5DR7A 1BDQA 1XL5A 1TQFA 5KOSA 3LPKA 5P0LA 4HDFA 5P5GA 3UCBA 5P6EA 2O4PA 5OZBA 1EBZA 4FRIA 5P0MA 4CPXA 2HB3A 3EMYA 3VLBA 2G21A 4KB9A 5P71A 4EPJA 4Y4UA 2HAHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQC A;  5KAO A;  4A6C A;  4Y5E A;  5FIV A;  5P5T A;  1D4K A;  5P88 A;  3OHH A;  2Q64 A;  2FMB A;  3BVA A;  5AH7 A;  2QU2 A;  3IVH A;  1HVL A;  2V11 C;  2CEM A;  2F8G A;  2F81 A;  5P44 A;  3IAW A;  5AHB A;  3ST5 A;  4Z22 A;  1XN2 A;  3HBO A;  4ZSM A;  3IND A;  5IS4 A;  2QAK A;  4PHV A;  5EZZ A;  3IN3 A;  1B6J A;  2P8H A;  3Q5H A;  4LXA A;  3ZKI A;  1LF2 A;  5P1Q A;  5OZ1 A;  3L5D A;  1HTR B;  1Q9P A;  2HS2 A;  5P8G A;  4OBG A;  2RKG A;  3EKQ A;  2ZHV A;  2HPF A;  5SY3 A;  3JVW A;  4OBH A;  5IE1 A;  5P2X A;  5I70 A;  3GGX A;  4CP7 A;  3BHE A;  1FFI C;  5P34 A;  4JPC A;  5P3C A;  3ZMG A;  3O9E A;  5HDV A;  3QRS A;  1K1U A;  2ZE1 A;  4RVJ A;  3K1W A;  5HDX A;  5P0A A;  3BGC A;  5P7I A;  3JVY A;  4BEL A;  3EL9 A;  2ER0 E;  1ZTZ A;  5PEP A;  2H6T A;  1BDL A;  2PH6 A;  1T6E X;  5P35 A;  1KJH A;  1T7J A;  4HA5 A;  4Y57 A;  2ER6 E;  3QRM A;  2JJJ A;  5P4O A;  1SIP A;  4J55 A;  5P1O A;  2VNM A;  5HU0 A;  4HDP A;  5P7M A;  5P5X A;  5ER1 E;  2G24 A;  1AJX A;  5P50 A;  5OZX A;  3VV6 A;  2HB4 A;  1HVJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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