3ZMGA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
391
structure length
385
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Beta-Secretase (Bace1) Inhibitors with High in Vivo Efficacy Suitable for Clinical Evaluation in Alzheimer'S Disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 385
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zmgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zmgA02
2PYNA 4LL3A 5P6XA 4OC6B 3NU5A 1TQFA 4CPXA 5AHCA 2AVMA 1E5OE 3UQUA 1M43A 5P7MA 3ZKIA 4DQCA 5P3HA 2AVOA 5P1CA 3QVCA 5OZSA 3KT5A 4FRJA 4FS4A 4YD5A 5P3UA 3VFAA 2SAMA 5P2HA 3LZVA 4B0QA 1VIJA 3GI0A 2OAHA 5P6RA 2IGYA 2XFIA 5DQ1A 4Y4DA 4ZEAA 3TLHA 5P8CA 2EWYA 5OZ8A 4Y5BA 5P38A 3ZL7A 3O9EA 2P8HA 2VJ7A 2I1AA 3T3CA 1IDBA 2WF3A 4FGXA 4D83A 2F3KA 4GJ5A 4J1EA 2R3TA 2JXRA 4EQJA 5P0YA 5P76A 2JJJA 3T11A 5P1LA 4FM8A 1IVPA 1IDAA 3CMSA 3QRVA 4EXHA 4EPJA 4DV9A 3OUDA 4D88A 4PEPA 3NLSA 1K6VA 3M9FA 1XN2A 3OXVA 3ER5E 2B8VA 2ZYEA 3INEA 5P4FA 1MIQA 3VSWA 4Y48A 2NMYA 3PWWA 1SMEA 1PSNA 1G6LA 5P6JA 4LP9A 1B5FB 2AZBA 4JPEA 3VF7A 1AVFA 5P8RA 1SP5A 3EL4A 4Z50A 3VYEA 5P0KA 1XL2A 5P8AA 2UPJA 4K9HA 5P45A 3SKGA 5P8KA 1NH0A 5P48A 5OYWA 5P1KA 1DMPA 2V16C 2RMPA 3TPPA 1BVGA 3B7VA 2I4UA 3ZPUA 5P3EA 2OHPA 3QVIA 2OHUA 4NJVA 5KOSA 5OZQA 4Y3ZA 3N4LA 3KM4A 3IVHA 4J0YA 5P5GA 2QP8A 3QROA 1EBZA 3ZKGA 4FAFA 4OBZA 1UH8A 3ZKXA 3OHHA 2FGUA 2P3BB 1EPLE 4GJCA 5ER1E 3SM2A 3BC4A 5KQXA 1YM2A 2AOGA 3GI4A 3QIHA 5P80A 3MXEA 5P0CA 5P1OA 3OQDA 2R8NA 5P35A 4Y3GA 3INFA 1A30A 4RRSA 4L7JA 2QMFA 3UFNA 1SBGA 3OGPA 2J9JA 3TOGA 5P5HA 3PCWA 4I0FA 5C9FA 1PSOE 5BS4A 1HVSA 1LYBB 1AJXA 4A6BA 5P4DA 5SY2A 5OYYA 1SH9A 3HD8A 5P4WA 5P7CA 1YG9A 1HTGA 1DAZC 4L1AB 1W5XA 5P68A 2AZCA 1FG6C 3S45A 1HVIA 2P4JA 5HDUA 3DUYA 5OZYA 5P7YA 2Q63A 5OZEA 4FRIA 3IGBA 3INDA 1MRXA 1XS7D 3FNUA 2J9KA 4H3JA 5P51A 1FIVA 1PFZA 3EXOA 1DPJA 5P12A 5DR1A 2QD7A 2G1RA 1BV7A 2OHTA 3C9XA 3PHVA 4YD6A 4Y4AA 4PYVA 3EL1A 4YHQA 1T7IA 1ZP8A 5ENKA 5P70A 5P2DA 5P64A 4EJLA 4ZSQA 4CMSA 2G21A 3IN3A 3DK1A 5P3MA 5ENMA 5P25A 3O9LA 5ISJA 5IS4A 4Y3LA 5P7EA 4YE3A 1LV1A 1A8KA 3L5DA 1FFIC 4J0PA 2H6TA 3NWXA 4OC6A 3EM4A 3FX5A 3OU4B 3H0BA 4DQEA 5P1MA 5KAOA 1BV9A 3O9HA 5P4QA 4BEKA 4F74A 1NPWA 1ER8E 1K2CA 4H3GA 3FIVA 4J0TA 4EHCA 2HPEA 5KR8A 2AODA 3SA9A 2WECA 4MC6A 3QPJA 4Q5MA 5P58A 1EC1A 2Q3KA 2BPYA 4OBHA 3BGBA 5AH6A 4APRE 1W6HA 2VIZA 5P4SA 5P6OA 4Y3DA 1E82E 3FNTA 3KYRA 2NTRA 4Y47A 3O9BA 1LS5A 5P5RA 2Q5KA 3PSGA 1GVWA 2G1YA 3Q70A 1HRNA 2RSPA 5P1WA 4XX4A 2QU3A 3SM1A 5OZIA 1B6PA 3GW5A 5OYSA 4I8ZA 4YCKA 2B8LA 4TVHA 4AA9A 5E5KA 2WEZA 2FNTA 4FSLA 3LZSA 4I0EA 4KE0A 5P5KA 1FG8C 3SA6A 1GKTA 3SAAA 4IVSA 1UH7A 5AH9A 4R8YA 2G27A 3HAWA 3PWRA 4CPSA 4JECA 5DQ4A 5P8DA 3ZPTA 5PEPA 4I0ZA 2WL0A 4JPCA 4FAEA 3EC0A 1B5FA 2ZDZA 2CEMA 2OHQA 1NPVA 3VV6A 1E81E 3TKWA 1W6IA 1HSHA 3FV3A 3NSHA 1IZIA 2HPFA 4Y3AA 3S54A 3RTMA 3SQFA 5I3XA 5P18A 1HPSA 2V0ZC 3I2LA 5HDVA 4R95A 3HLOA 1BAIA 5COKA 1M0BA 1HIVA 4Q1YA 3S85A 4UPJA 4AUCA 3DCRA 5P46A 3Q3TA 1EPRE 3S43B 1HTRB 5P22A 3BXSA 5P04A 4EXGA 2WEAA 3K4VC 3TTPA 2O4LA 3KA2A 4ZSPA 5P4YA 5P2OA 3MXDA 2Q11A 4K8SA 4FRSA 2ASIA 5P7PA 5P5MA 5HVPA 2P3BA 3RVIA 1ODWA 2NMZA 1EAGA 4EYRA 4HDBA 4Y51A 3SPKA 3UDPA 4YD3A 3OADB 1BWBA 3VLAA 1IZDA 3L58A 5P0UA 3FNSA 2I4QA 2QU2A 3UDRA 4XKXA 5P6FA 5AHBA 3ST5A 3UQPA 5P3RA 5P05A 5OZZA 2ZJLA 1CMSA 3QN8A 2OHSA 1LYBA 5DR7A 2NNPA 1LF4A 5P0VA 2G24A 5JFUA 4L1AA 2OHNA 1RQ9A 5OYXA 5P2CA 1IBQA 2ER7E 3EKWA 2Q54A 5P8PA 1META 1BDQA 1G0VA 4RGHA 4B77A 1KJFA 2FNSA 2ZJIA 2G22A 3OXCA 5P8JA 3RTHA 3SFCA 3UFLA 5P1AA 1TSUA 4IVTA 1ZSFA 2H6SA 3NDXA 1AM5A 4RCDA 2QI1A 2IKOA 1T7JA 5P0FA 1JLDA 3SA5A 5P3TA 3TPLA 1HIHA 4ACUA 5OZ7A 2BB9A 5TOLA 4Y3XA 1PROA 3WB5A 1BVEA 4FE6A 4KB9A 4ACXA 4BFDA 3S7LA 3G72A 3PMYA 3R4BA 5P20A 3SABA 4ZE6A 5JG1A 1EPME 5P5EA 5P0RA 2PC0A 5P0SA 3WZ6A 3BHEA 5DQ2A 5P5AA 5P34A 3O9AA 3TPRA 2I4VA 5P29A 3OU4A 5P7SA 1YTGA 3QS1A 7UPJA 5COOA 2I4XA 3IXKA 4RRNA 2O4SA 1SDVA 3S7MA 5P5WA 3DV5A 4OBFA 5KQYA 2R3WA 4Y4WA 1QBSA 4Y45A 5P0XA 5P4KA 5C9BA 4FIVA 2G20A 2V00A 4K4RA 4TRYA 5HDZA 5P57A 3TNEA 3BVAA 4GMIA 5P7KA 4Y39A 2R5PA 4A4QA 3VV7A 3VSXA 1HSGA 3KFSA 4Y4GA 5P59A 5OZLA 3IXOA 4L6BA 2ZE1A 3D1YA 4DJUA 1SDUA 2AOFA 2VA7A 3LNKA 5P0PA 3KF0A 1TCWA 1Z1RA 2NPHA 5OZMA 1MEUA 4R5NA 5P62A 5P6BA 2QMGA 3CKTA 2BQVA 5P6VA 4AMTA 3VG1A 5P2QA 3R2FA 4NPUA 4GJDA 2IS0A 3OY4A 3H5BA 5OZRA 2HB3A 2QI3A 1XL5A 2B60A 2QMPA 4GZFA 2ZJKA 5P8BA 3HZCA 2O4NA 3BXRA 4FCOA 1RL8A 3GGAA 2VIEA 3ZKSA 2PYMA 1A94A 5P6ZA 4Y5GA 5P2YA 1ZAPA 1EEDP 4QJ9A 3MSJA 1OEXA 3LZYA 2XYFA 2MIPA 2WJOA 2A4FA 4WY1A 4DJXA 1IIQA 2HC0A 5P5PA 3VCMA 1TZSA 4LBTA 2UY0A 5B18A 1FQ5A 5P2TA 5P2NA 2HS2A 2QI5A 4JOOA 5ISKA 2QHYA 1BDRA 4Y5LA 2NXMA 2VIJA 3MSKA 2G1OA 4J0VA 3S43A 5P2IA 5P6YA 1D4SA 3KFRA 4U7QA 5P0OA 4Y3JA 3OU1B 3GGXA 2AVSA 5OZWA 1WBMA 5P1RA 4HDPA 3Q5HA 4HZTA 1E80E 2AOHA 5P3PA 5P7TA 5P0TA 5P1PA 4Y3QA 2AQUA 5P0WA 5P4EA 4OBJA 3Q6YA 3RTNA 3K4VA 3KT2A 2ER0E 4QJ8A 5IVTA 1T3RA 3QBFA 3NR6A 1B6LA 4ZPEA 4HA5A 1QBTA 5P1YA 5P01A 3OADA 5P0IA 2ZJJA 5P82A 3OU3A 1SDTA 4X7IA 3EBZA 5P11A 4ZPGA 2WEBA 3CIDA 1FGCC 5P54A 1C6XA 4NKKA 5P3IA 1YTJA 1F34A 1XE5A 3KFNA 5JODA 4YCYA 2R9BA 2AOCA 5P1HA 4DJWA 1KZKA 1DIFA 2BBBA 5P1ZA 2F8GA 1HTFA 2RKGA 3OXWA 1HVLA 5P6DA 4J1HA 5P36A 3OWNA 2R5QA 4CPTA 3D1XA 2ZJMA 4RZ1A 3KFPA 3PRSA 5P2EA 1W5VA 3GGUA 1BWAA 4HEGA 5P2BA 3OK9A 5CLMA 5P65A 2XFJA 3CICA 5P50A 1KJ4A 3PB5A 1HHPA 3VYFA 4AZYA 1OHRA 1PSAA 2APRA 1G2KA 5P7ZA 5P0EA 5OZ9A 1PPKE 5OZHA 5P4ZA 3WZ7A 4Y3YA 3T7QA 9HVPA 4CPRA 3UCBA 5P42A 4Y3MA 5P6CA 5AH8A 4Y5PA 2XYEA 3VF3A 2AZ8A 4R91A 2QZLA 5P4BA 3ZKQA 1A8GA 4MC9A 4XX3A 5P6HA 1MRWA 4YD7A 2JJIA 4RYCA 1N49A 3Q4BA 1AIDA 4H1EA 3T7PA 4ZIPA 3O99A 2NR6A 5P77A 3AIDA 2VA6A 5DQ5A 3EKPA 4OBDA 4LXAA 5HE7A 2OHKA 2ZHVA 5P6QA 5P16A 3T7XA 1NPAA 3ZPSA 3JVWA 5P02A 2QI6A 3APPA 4Y3EA 3KDCA 4Y44A 3I6OA 2B42A 4ER2E 5P8NA 1APVE 2BPXA 2F80A 2PH8A 4GB2A 4ZLSA 3KMXA 4Y4ZA 1RV7A 5OZOA 4Y3HA 1C6ZA 4R92A 3TPJA 4FRKA 1FMXA 5P1IA 1DP5A 5P3ZA 5P1JA 4CP7A 5P52A 4GYEA 1D4JA 3O9IA 5OZ0A 3EKYA 3UDYA 5P3NA 3D20A 5P2WA 2OHLA 4Y53A 2ER9E 4DJQA 5P7NA 5P2KA 1EC3A 5P32A 1W5YA 5P7OA 5T4SA 4NJTA 1Q9PA 2PWRA 3LIQA 4J1CA 5P5DA 4ZSMA 1YTHA 3IN4A 3SA8A 2ZHRA 2RENA 4GJAA 3LHGA 4PZXA 4AA8A 2FMBA 5OZVA 3N3IA 3PI0A 4D8CA 2QZXA 1EPOE 1T7KA 5P4GA 1C6YA 5P13A 5OZ5A 4TVGA 4Y5CA 1SIPA 5P55A 1FB7A 2O4PA 5SZ9A 5P3BA 2PQZA 3HVPA 2OHMA 4DJVA 1VIKA 5P3YA 4EJDA 5F00A 4ZSRA 3I25A 1GVXA 5P89A 5P6AA 1OEWA 4RLDA 4QLHA 3OU1A 4J1FA 3NU9A 1LZQA 1EBYA 1WBKA 5OZDA 3B80A 1B6JA 4Y3FA 4EJKA 2I4WA 5I3YA 4U8WA 3K5GA 5OYUA 2QZKA 5P71A 1ODXA 5P8VA 1HXBA 2FXDA 2P3CA 3U71A 1FLHA 3APRE 3U6AA 5OZ6A 2QNPA 2V10C 4Y35A 2O40A 5P0JA 2R43A 4DPIA 5P4LA 5P56A 5P78A 2A1EA 2ZGAA 1FMUA 1FMBA 3LIYA 5P3SA 1MESA 1BILA 4LHHA 5ER2E 2WF2A 1HPVA 4YA8A 4EJ8A 2XFKA 5DPZA 5BRYA 3GI6A 4I0HA 4I0DA 4RYGA 1SIVA 5P8GA 5DR0A 5P26A 4GJ8A 5J25A 1HXWA 2VNNA 3L5BA 4TRZA 1MT8A 4K4PA 1EPQE 2IEOA 3NU6A 2NXLA 2G69A 3IA9A 1WKRA 1HSIA 2IL2A 2VIYA 4Y5AA 1CZIE 3MWSA 3UQWA 3URJA 5P1VA 2PK6A 2QK5A 5DR3A 4COEA 3PSYA 3R0WA 4I0GA 5E5JA 5P19A 3OUBA 5P5VA 5P75A 3OQFA 3K5DA 3UTLA 5I3WA 4Y4BA 5P4JA 5P6NA 4Z4XA 5P0BA 3O9FA 5P5CA 4E43A 1AXAA 2R38A 1FEJC 2VKMA 5P33A 3UDJA 4PZWA 3BUGA 4GJ9A 5P41A 3ECGA 4H3FA 4JP9A 5IVQA 1QBRA 1K6CA 5P5QA 4NJSA 5P8TA 3L38A 4CPWA 1XN3A 5I3VA 4Q1XA 5P37A 1LEEA 2ZJHA 5IE1A 3EM3A 3D1ZA 4DFGA 3KMYA 5OZCA 5P2FA 4FSEA 2AOJA 3K1WA 5OZ4A 3URIA 3OUAA 4TRWA 2G26A 3PBDA 3LIXA 1EBWA 2QD8A 3DV1A 5P2AA 5SXNA 2ZHUA 3LZUA 3QBHA 1BXQA 4YBIA 4B72A 4DI2A 4Z2ZA 3VUCA 5P4MA 2VA5A 5DQCA 4OBZB 3WZ8A 5P5NA 4Y43A 2OHRA 4Y3SA 4J17A 3UQXA 2HB2A 3S53A 3VV8A 2PK5A 4ER1E 1FQ6A 1D4KA 4WTUA 5P06A 4CPQA 3NDWA 2WF4A 4Y5KA 5P6MA 5UPJA 4D85A 5P3AA 1GVVA 3OAGB 3LPIA 2WHHA 5KR2A 5AHAA 3LPJA 1GNNA 5P4VA 4R93A 1APTE 4KE1A 5P1BA 5P7XA 2Q64A 3UPJA 5P5SA 5KR0A 5COPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PYN A;  4LL3 A;  5P6X A;  4OC6 B;  3NU5 A;  1TQF A;  4CPX A;  5AHC A;  2AVM A;  1E5O E;  3UQU A;  1M43 A;  5P7M A;  3ZKI A;  4DQC A;  5P3H A;  2AVO A;  5P1C A;  3QVC A;  5OZS A;  3KT5 A;  4FRJ A;  4FS4 A;  4YD5 A;  5P3U A;  3VFA A;  2SAM A;  5P2H A;  3LZV A;  4B0Q A;  1VIJ A;  3GI0 A;  2OAH A;  5P6R A;  2IGY A;  2XFI A;  5DQ1 A;  4Y4D A;  4ZEA A;  3TLH A;  5P8C A;  2EWY A;  5OZ8 A;  4Y5B A;  5P38 A;  3ZL7 A;  3O9E A;  2P8H A;  2VJ7 A;  2I1A A;  3T3C A;  1IDB A;  2WF3 A;  4FGX A;  4D83 A;  2F3K A;  4GJ5 A;  4J1E A;  2R3T A;  2JXR A;  4EQJ A;  5P0Y A;  5P76 A;  2JJJ A;  3T11 A;  5P1L A;  4FM8 A;  1IVP A;  1IDA A;  3CMS A;  3QRV A;  4EXH A;  4EPJ A;  4DV9 A;  3OUD A;  4D88 A;  4PEP A;  3NLS A;  1K6V A;  3M9F A;  1XN2 A;  3OXV A;  3ER5 E;  2B8V A;  2ZYE A;  3INE A;  5P4F A;  1MIQ A;  3VSW A;  4Y48 A;  2NMY A;  3PWW A;  1SME A;  1PSN A;  1G6L A;  5P6J A;  4LP9 A;  1B5F B;  2AZB A;  4JPE A;  3VF7 A;  1AVF A;  5P8R A;  1SP5 A;  3EL4 A;  4Z50 A;  3VYE A;  5P0K A;  1XL2 A;  5P8A A;  2UPJ A;  4K9H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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