3ZOVA

Crystal structure of bace-1 in complex with chemical ligand
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
390
structure length
371
Chain Sequence
RGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVASIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 371
sequence length 390
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zovA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zovA02
3SA3A 3TPJA 5P2LA 5HU0A 3LZVA 5P0AA 3RTMA 1UH8A 1AIDA 4B78A 1A8GA 4R92A 2I4XA 2PWRA 2NTRA 2JJIA 2QMPA 3VLAA 3NU9A 4OBGA 4QGIA 5P0UA 4GJAA 1TCXA 1MSMA 5P68A 3OU4B 4GJBA 2P3AA 2WEAA 1FLHA 3EL5A 4BFDA 1OEWA 2IENA 4RYCA 1K1UA 5P8UA 4Y3WA 3KDBA 3VV7A 4L7JA 5OYZA 5UPJA 3LZYA 1D4SA 5P1YA 2AZCA 2WECA 2BKSA 2FNTA 4Y5AA 2V0ZC 5KR2A 3OUDA 5P4DA 3S54A 2B7ZA 1U8GA 4RVIA 3UFNA 1YM2A 5OZOA 5AHAA 4I0HA 4OBFA 5P4YA 4NJSA 2ZE1A 1ER8E 4LXKA 5IVRA 4I12A 5AH6A 1K6TA 2G27A 5DR8A 2ZJHA 3VF3A 5P80A 5P7AA 5P81A 3RSXA 3D91A 2G1NA 3LPJA 5SY3A 3BGBA 2QI6A 3R2FA 1AJXA 5JODA 4YBFA 5P2FA 2ER7E 3N4LA 5OZHA 5P34A 2BPWA 3OADB 5P0OA 4GJ7A 3K4VC 5P1QA 5P3OA 3CMSA 4DPFA 4LL3A 5E5JA 2IKOA 5OZFA 5P06A 5SY2A 4Y54A 5P1IA 1QS8A 2WF3A 1GNMA 5OYQA 4Y5PA 1MT8A 3OU4A 5P5OA 3NU4A 4X7IA 2ZJNA 5P7BA 4J1IA 2BBBA 5P7TA 4ACUA 5OYRA 5I70A 3MXDA 3DOXA 3FNSA 5P5MA 1TQFA 5P3MA 5OZ7A 3S7MA 4R8YA 2WF2A 1EEDP 1B5FB 3TOHA 5P18A 1HWRA 2AOFA 3O9HA 3UDRA 3EL9A 4EQ0A 5P3WA 5KQYA 4Y3RA 1LYWB 4DJQA 2R3WA 1EBKC 4IVSA 5OZDA 5P54A 3INHA 1PROA 4ZE6A 1WKRA 2OF0A 5P65A 3D1XA 2FDDA 3SPKA 2QU2A 3QBFA 5P3BA 3VYFA 3OHFA 4EP2A 3S2OA 4TVGA 5P2HA 2BPVA 2IEOA 2O4KA 3OADA 1FQ5A 4Y3GA 5P83A 3QRVA 5OZEA 2AOJA 5P57A 2OHTA 2FLEA 2I4UA 1EAGA 2QI1A 1T3RA 2QAKA 1N49A 5OYVA 4Y3PA 3DM6A 5P01A 5OZXA 4K9HA 5P5VA 1B11A 3HAUA 4QJ8A 4Y3NA 1E82E 1M0BA 1C6XA 4X2LA 5P74A 2IDWA 1ZSFA 4J1FA 5P0BA 1IVQA 4LXMA 4I0DA 3Q4BA 3OQKA 2ZHVA 2JYSA 2QZLA 5P37A 3INEA 1HVIA 3MSKA 4NKKA 3VV8A 5DPZA 5P1SA 3KA2A 1BILA 1ZTZA 3BVBA 4B77A 2PC0A 3GI5A 2P3CA 1LYWA 5P0DA 5P43A 3K5CA 1T6EX 3LHGA 5OYTA 5OZ3A 1HVJA 4K4PA 3VG1A 1BV9A 5HTZA 5P52A 4EYRA 4OBZB 5P36A 2QP8A 5P3GA 1HRNA 1K6CA 3CIBA 3BUGA 5P66A 3QVCA 4Y3JA 2HAHA 4L7GA 2RENA 1SGUA 1W5YA 5P5XA 2BJUA 2J9JB 3M9FA 5P2EA 1EC0A 3QS1A 4Y3YA 4GYEA 4Y38A 4Y3EA 4Y6MA 1APUE 5P88A 1BVEA 4WY1A 2O4PA 5P89A 5P4MA 4Y53A 2QNNA 3LIVA 5P6GA 4JOOA 1HVSA 1FKNA 3QIHA 4R95A 1FF0C 4D85A 5DR7A 5P6VA 3TKGA 4YD5A 3QPJA 5P2ZA 3PSGA 2FIVA 4HEGA 3EKPA 3RTNA 3OGQA 3O99A 5OZAA 3DK1A 4TVHA 3O9CA 5P53A 5P4XA 3KF0A 1HPXA 5OZSA 1AM5A 2F80A 2G22A 5P5WA 1XN2A 4Y3XA 4I0ZA 5P33A 4LXAA 2Z54A 4DJVA 5P5JA 1MRWA 1F34A 1NPWA 4OBZA 6APRE 1G6LA 5P8NA 3U71A 4XX4A 3GI6A 2B7FA 4D8CA 5COKA 5P8DA 1EPPE 5P2CA 1HTEA 2ZHTA 2J9JA 1AZ5A 3EL1A 2HPFA 5OZIA 1HTFA 2OHUA 4NPTA 1EBWA 1BBSA 5HVPA 1MUIA 2QMGA 1GVXA 1IZHA 3EC0A 1G2KA 2WF0A 5P2MA 1ZPKA 3K1WA 1D4LA 3HVGA 3DV1A 5KQFA 3OXVA 4JPEA 5P2WA 3TPLA 4F75A 4DJPA 5P5PA 4H3FA 4DUSA 5P49A 2NMYA 5HCTA 3KYRA 1W50A 5P4VA 5P7OA 1K2BA 3URIA 5F01A 2OHNA 4K4QA 4D89A 3OOTA 3L5DA 1FIVA 2QZWA 5P84A 3NU5A 5P2XA 3PVKA 1W5XA 2IGYA 1ZAPA 4TRYA 4DJWA 4Q1WA 6FIVA 4I0JA 4BFBA 4JECA 4GJ6A 3EM3A 4Y41A 4L1AB 3O9EA 4GIDA 5P1GA 1K1TA 3I2LA 5KAOA 3PI0A 4Y43A 5HDZA 1MERA 5P07A 4EJKA 5AGZA 1W51A 1FMUA 3FSMA 2QMDA 3LIXA 2HPEA 2HS2A 5P31A 3ZMGA 2QI4A 3UQRA 1Z1HA 4EXGA 4MC9A 4I8WA 3PCWA 1ZP8A 5P86A 1SDVA 2NMZA 3OXCA 4J0ZA 4R93A 5P8IA 5P6YA 1ODWA 5P3YA 3UDHA 1BXOA 5HU1A 3EXOA 5P1HA 5P4PA 3HAWA 5P62A 3TTPA 1MSNA 5P26A 5P7DA 4GZFA 4TRZA 4ZSRA 5P6LA 5P8PA 3IVHA 1IZIA 3NU6A 5P4BA 3CYWA 2AIDA 3TOGA 1GVUA 4DJUA 4FCOA 1GVTA 3CYXA 3DUYA 4APEA 2XYEA 2HB4A 1C6YA 2WKZA 3OK9A 1IBQA 3ZKMA 4XKXA 1BDRA 1ME6A 5P1LA 1FMXA 3Q3TA 1FG8C 1SMEA 4FLGA 4GMIA 1F7AA 4J0TA 4YDGA 2Q54A 4L1AA 1A9MA 4RCEA 1YTIA 5P32A 5P2VA 1BV7A 4ZPGA 3I7EA 5P1AA 3OHHA 5KOSA 4KB9A 2G20A 1Q9PA 4Y3LA 2I4VA 4QLHA 4I11A 1MTRA 1XL5A 2WHHA 1QBTA 1SP5A 1EC3A 3KT2A 5OZ8A 4RVJA 5P5EA 5P70A 5KR0A 5P7SA 2QHYA 5P7VA 5P0MA 4D83A 5P6AA 5P82A 5DR3A 3S85A 5P3QA 1SIPA 4OC6B 5P1FA 5P8OA 5IVQA 1YTHA 1GVVA 4I10A 2NPHA 4DQGA 1FFIC 5P2BA 3O9LB 2UPJA 3EBZA 2OHRA 1LF4A 5P8RA 3BXSA 3PWWA 3BHEA 4NJTA 1W5WA 3IXOA 3K5GA 2CENA 5P5ZA 3S8IA 4FM7A 3BUHA 1KZKA 5P87A 3VCMA 4ZSPA 2P8HA 5P17A 3KMYA 4CP7A 2PYMA 1PFZA 2V13A 4OBKA 2I0DA 4A6CA 5P3DA 4JPCA 3VEUA 2Q3KA 5P8AA 2NXLA 1KJ7A 3QRSA 4Y9WA 3CKPA 5P5TA 5ENMA 4CPUA 3ZLQA 2R5QA 1RPIA 4OBHA 5DR4A 5F00A 3FNUA 1HTRB 1FQ8A 4DI2A 4YCKA 4KE0A 5OZ1A 5P19A 5P6UA 4U7QA 4Y56A 4CPTA 3OUCA 3PSYA 2AVVA 5P40A 5ER1E 3IVIA 3T6IA 4Y51A 3PMUA 3NWQA 3S53A 4HA5A 1SDTA 5P4FA 2AOIA 5P4GA 3FX5A 2G26A 4H3JA 3RVIA 5P79A 3G70A 1MEUA 5P1BA 5ISKA 4OC6A 4ER4E 3QRMA 1BDLA 4J1KA 5KQZA 3BXRA 4DFGA 4GJDA 1FGCC 4UPJA 2PSUA 1TZSA 1VIJA 4IVTA 1D4KA 3O9LA 4E43A 4ER2E 3VFBA 2IKUA 5KR8A 5P11A 5P2DA 5P4AA 2PWCA 4HZTA 1ZLFA 2APRA 4NJVA 5P14A 3PI5A 2XFIA 5P63A 4I8ZA 5IVSA 2FGUA 4EWOA 2AVQA 5P7EA 5P7YA 3UDNA 1YTJA 3VV6A 3SO9A 3KN0A 3BGCA 4QJ9A 3TPPA 3N3IA 5P3UA 2ZYEA 5P4ZA 3OQFA 5P0WA 2FXEA 5KR1A 1OD1A 4YE3A 2AOGA 4RCDA 5OZYA 3KFRA 2CEJA 5P3ZA 3UFLA 3S43B 3CKRA 1W6HA 5P5AA 2R43A 5P4OA 3GGVA 2VIZA 2G94A 2QI5A 4ZSMA 1META 4LC7A 5P12A 4F74A 5OZ0A 3SACA 4HVPA 1LV1A 3TL9A 5P3LA 2VJ6A 4FAFA 2VJ9A 1EPOE 4YDFA 5C9DA 5DQCA 3H0BA 2FMBA 4J0VA 3UPJA 2PMAA 5P3FA 4ZEAA 1FQ7A 2BQVA 3OTYA 1G35A 1LEEA 3OU1B 2A1EA 2F3KA 2WEDA 1MESA 4ACXA 3WB4A 2NNKA 2R38A 3S56A 3SA5A 4EJDA 2WEZA 1CPIA 4Y4EA 1LYBB 5P7QA 3GGAA 5P1EA 3PBDA 3PB5A 4RLDA 4LP9A 2IS0A 4PPHA 3D3TA 4Y4BA 3GW5A 5DGUA 3CKTA 3OOZA 1BVGA 5C9BA 5P6HA 4NPUA 1UPJA 3BC4A 5P56A 3WZ7A 1WBMA 3NDXA 3L5FA 3PLDA 3O9DA 5P5LA 5OYUA 3K4VA 3L5EA 1NPAA 2V11C 1GNNA 1KJ4A 5P23A 1Z8CA 5P6WA 3NR6A 5OZZA 3AUPA 4KUPA 4COEA 5OZPA 3S43A 2VS2A 4DV9A 1HXWA 1APWE 3IAWA 5P8MA 5P8FA 3KDDA 5I3VA 1ZPAA 4FE6A 1SMRA 4PYVA 2VNNA 5P7JA 1HSIA 4ZPFA 1MIQA 2QCIA 1SGZA 1HVRA 3MWSA 5JFUA 2HB3A 5P20A 3L58A 2HM1A 3PM4A 4YD4A 5COOA 2AOCA 2VIJA 4EP3A 2JE4A 3PEPA 2V16C 5OZQA 5P1TA 5OZCA 3OU1A 4XX3A 5HE5A 5P7ZA 4K8SA 4R91A 5P78A 4I0FA 5P67A 3DCRA 4Y47A 5P7HA 3TH9A 1LYBA 5P10A 3TOFA 2WF1A 4RCFA 5ENKA 4LBTA 3OGPA 5P2SA 2AODA 4EXHA 4Y50A 3IN3A 3LINA 4YBIA 5OZKA 3OY4A 3GGUA 4Q1NA 1LF2A 2PH8A 5JFPA 4GJ5A 3KT5A 5P5FA 2VNMA 5P7LA 3NXEA 3FV3A 3R0YA 4AUCA 5P7IA 2F8GA 2R5PA 5AHCA 2WJOA 1FFFC 5AH9A 2G1RA 3OTSA 1KJGA 2AVSA 5P0YA 2QD8A 3QP0A 5P05A 4HDFA 4DJYA 5P8KA 4DQBA 2XYFA 5P28A 4TRWA 5P2KA 2ASIA 3T7PA 3WZ6A 1HPSA 2ZGAA 5P7UA 2QZKA 2QU3A 2JJJA 4MC2A 3UDJA 2Q5KA 5IS4A 3O9FA 4PEPA 3PJ6A 3QROA 1M4HA 5P3PA 1YT9A 4APRE 4AZYA 1MT7A 4Y5EA 3URJA 3EKYA 5P30A 3MSLA 5P1KA 2VA6A 4CKUA 4J1EA 3HLOA 4Y3DA 1XE6A 2VJ7A 4KE1A 5P3KA 5P6SA 1GKTA 4Y5NA 5P0ZA 3EM6A 5P0PA 1AAQA 4AMTA 5P1NA 3L5BA 5P3NA 1DAZC 5P55A 6UPJA 5I3XA 2OHLA 4FS4A 1EPRE 5P7XA 1YG9A 1QRPE 2FXDA 5P4JA 4Y35A 3NUJA 5P29A 3UQPA 1LS5A 3ST5A 3LIZA 4FRSA 2QD6A 5P1MA 3EM4A 2IQGA 4I0IA 5P41A 3UQWA 1BWAA 2QK5A 1ZJ7A 2RKGA 3F9QA 5P3CA 1A30A 4NJUA 1WBKA 5P3SA 1BXQA 1PPLE 4I1CA 4DJXA 4L7HA 1IIQA 5P4HA 2Q55A 5P5SA 2ZDZA 2VIEA 5KQXA 3PRSA 5OZ5A 1BIMA 2R8NA 3KFSA 3GI0A 3IGBA 4F73A 4QJ7A 5OZUA 3PGIA 2F81A 4Y5CA 1K2CA 5P61A 5P08A 5P6DA 2I4QA 1EBZA 3ZKGA 1TSQA 3SA9A 2ZHUA 4Y4AA 3O9IA 1PSAA 3VFAA 2V10C 5P0SA 5P1PA 1AJVA 2BPYA 3QBHA 4YOAA 4J0PA 4Y4XA 2IRZA 4FM6A 4L6BA 1MT9A 1Z1RA 5OZ2A 3S45A 3I8WA 5P1OA 2B8LA 5P3JA 3UDQA 3NUOA 2HS1A 4ZLSA 2SAMA 1D4HA 3ER3E 3RSVA 4Q5MA 4B70A 4BEKA 5P38A 5OZ9A 3VSXA 4PZWA 4Y48A 5P46A 1A94A 2ER0E 1ODYA 3ZPSA 4ZPEA 3QVIA 5P16A 3VF7A 3L38A 3UHLA 4FRKA 2V00A 3DCKA 2XFKA 5C9FA 1OHRA 5P8SA 5P2AA 3KMXA 4GJ9A 3H5BA 1EPME 5HD0A 1MTBA 4LHHA 3ER5E 3R0WA 5P48A 5P8TA 5P8JA 4RGHA 2HIZA 1DIFA 4Y37A 4Y4WA 4Y4DA 2PSGA 2RMPA 1KJFA 1OEXA 4CPQA 1HBVA 1C6ZA 3LNKA 4AA8A 3JVWA 5P60A 5P4UA 4CMSA 5P0EA 5P5HA 5I3YA 3MSJA 2ZJJA 4FRIA 5OYWA 3OQDA 4FM8A 3KFPA 5P2TA 2FGVA 4Y3FA 5P4QA 5P5BA 5P0HA 1K6VA 3FKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA3 A;  3TPJ A;  5P2L A;  5HU0 A;  3LZV A;  5P0A A;  3RTM A;  1UH8 A;  1AID A;  4B78 A;  1A8G A;  4R92 A;  2I4X A;  2PWR A;  2NTR A;  2JJI A;  2QMP A;  3VLA A;  3NU9 A;  4OBG A;  4QGI A;  5P0U A;  4GJA A;  1TCX A;  1MSM A;  5P68 A;  3OU4 B;  4GJB A;  2P3A A;  2WEA A;  1FLH A;  3EL5 A;  4BFD A;  1OEW A;  2IEN A;  4RYC A;  1K1U A;  5P8U A;  4Y3W A;  3KDB A;  3VV7 A;  4L7J A;  5OYZ A;  5UPJ A;  3LZY A;  1D4S A;  5P1Y A;  2AZC A;  2WEC A;  2BKS A;  2FNT A;  4Y5A A;  2V0Z C;  5KR2 A;  3OUD A;  5P4D A;  3S54 A;  2B7Z A;  1U8G A;  4RVI A;  3UFN A;  1YM2 A;  5OZO A;  5AHA A;  4I0H A;  4OBF A;  5P4Y A;  4NJS A;  2ZE1 A;  1ER8 E;  4LXK A;  5IVR A;  4I12 A;  5AH6 A;  1K6T A;  2G27 A;  5DR8 A;  2ZJH A;  3VF3 A;  5P80 A;  5P7A A;  5P81 A;  3RSX A;  3D91 A;  2G1N A;  3LPJ A;  5SY3 A;  3BGB A;  2QI6 A;  3R2F A;  1AJX A;  5JOD A;  4YBF A;  5P2F A;  2ER7 E;  3N4L A;  5OZH A;  5P34 A;  2BPW A;  3OAD B;  5P0O A;  4GJ7 A;  3K4V C;  5P1Q A;  5P3O A;  3CMS A;  4DPF A;  4LL3 A;  5E5J A;  2IKO A;  5OZF A;  5P06 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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