3ZPSA

Design and synthesis of p1-p3 macrocyclic tertiary alcohol comprising hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Design and Synthesis of P1-P3 Macrocyclic Tertiary Alcohol Comprising HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zpsA00
5DGWA 2ER6E 4NPTA 5P5PA 5P33A 1YTGA 3OQ7A 3TOGA 3Q6YA 1DP5A 2FXDA 1LEEA 3OY4A 5P3RA 5AHBA 5P4PA 1M43A 3PMYA 3OXCA 4RGHA 4B0QA 4Z22A 1IVPA 2B8LA 1ZTZA 3UTLA 3UQUA 2V11C 3H0BA 5P46A 5P5LA 5P78A 3S43A 4I8WA 4KE1A 4BEKA 2O4SA 3U7SA 3ZPUA 1OHRA 4FRJA 2PYMA 4I0DA 3FSMA 2IKOA 3T7QA 4Y3TA 5P01A 5KQYA 3INDA 4J0VA 1BWAA 5P2HA 4Y4JA 4R92A 2WF2A 2G27A 5P4OA 1B5FA 1MT7A 5P8IA 4H1EA 1FQ5A 5C9FA 3N3IA 4JOOA 5P1OA 3OHFA 4COEA 3QRVA 1EPRE 4CPXA 2QD8A 5JG1A 5P29A 2Z54A 1B11A 5PEPA 1HVLA 5P4IA 2QNPA 5P4WA 1HPVA 5OYZA 4I0HA 5OZBA 4F75A 1TZSA 5P5FA 3HDKA 2I1AA 2OHKA 2AZBA 2ZJKA 5P4SA 2WHHA 3KF0A 4D85A 4EWOA 5P7IA 5P7LA 5P5QA 1F34A 5HCOA 2FNTA 1GNMA 3HAWA 1YTIA 5P6NA 2AOFA 3BGCA 5P5AA 3PWRA 1FMUA 5P76A 3HVPA 3O9IA 4AZYA 5P2XA 3LZUA 2QNNA 4U7QA 4Y3EA 1GVUA 3DJKA 1K2BA 5FIVA 3OOZA 3FX5A 3BXSA 4Y5MA 4I0ZA 2F3EA 1AAQA 2AVMA 3UDQA 4OD9B 2PSVA 2ER0E 2IDWA 3PHVA 3L5EA 5P6UA 4I0GA 4OBDA 2ANLA 5P08A 4FAFA 5P0EA 4RCFA 4OBKA 2QAKA 5OZYA 5P6IA 2G1RA 4I0JA 5OZFA 2H6SA 3GGXA 1IDBA 4QJAA 2BPVA 4GJ7A 5P2QA 4Y45A 3LPIA 4D89A 3S2OA 3I6OA 5P6DA 5IS4A 3CMSA 3OUDB 2I4UA 5B18A 1QS8A 5P4EA 4ER4E 1EBWA 2NXMA 3L38A 3PJ6A 2VIZA 2AZCA 1TCXA 3NLSA 5HE5A 1GKTA 3TPPA 1M0BA 5P3PA 5P4TA 1EC1A 2P83A 2XFKA 5DQCA 3SQFA 1WBKA 4RYGA 4CMSA 5P02A 5P6EA 1FQ8A 3AIDA 3EKXA 5P63A 4FM7A 5P1TA 3QI1A 3VLBA 5ISKA 3K5GA 3KYRA 1FLHA 2ZHTA 3CKRA 5KQZA 1HOSA 4CKUA 4Y9WA 4YD5A 5I70A 3FNUA 2G20A 5I3YA 2I4WA 5OZNA 5P89A 3F9QA 4RZ1A 4Y43A 3PSYA 1G6LA 2MIPA 1VIJA 4Y4ZA 5P0GA 4DPFA 4CPWA 1QRPE 1IVQA 3VEUA 4Y37A 5P1LA 4YD6A 2Q64A 3NU6A 5P49A 4Y6MA 3KMYA 2FDEA 4K8SA 5OYTA 4ZPEA 3G6ZA 4X7IA 4QJ7A 1Z8CA 4Y5LA 5P16A 2VNMA 3MWSA 3O9LB 3LZYA 5P5WA 4CPRA 2WEBA 4RCDA 5P1QA 4I1CA 3URJA 3WB4A 4CP7A 2ZJMA 8HVPA 4LAPA 4Q1XA 4QGIA 2Q55A 2RSPA 5P44A 3EKYA 1QBSA 5P4XA 4GJ5A 3BVBA 3PI5A 5KQXA 5P19A 5P66A 3CKTA 5KR1A 3OK9A 5OYVA 5ER1E 2VIJA 3WSJA 2WECA 5OZRA 3EM3A 1HEFE 5P0VA 1XN2A 2CEMA 3HD8A 4Y3QA 3UDYA 1AXAA 2NXDA 5P2DA 5P5CA 5P7UA 3PCWA 3O9GA 1FMBA 1SMRA 3SKFA 5P2NA 2PH6A 4ACXA 3EKVA 2G24A 1TSQA 1EPQE 4LBTA 3PLDA 5P35A 1M4HA 1HBVA 4B1EA 5DR4A 5J25A 2RMPA 5P26A 3Q5HA 1HPSA 1GVVA 3UDJA 3UF3A 4FCOA 1AM5A 4K4QA 1BDLA 1D4SA 2HB3A 3L5DA 4I10A 3Q70A 3R4BA 5OZMA 5BWYA 3BXRA 1HWRA 1MTRA 4OBHA 1SDVA 5DR0A 5AGZA 2Q5KA 2QMFA 4Y5BA 5P2FA 1ODYA 4YD4A 2HB4A 3GI5A 4J55A 5P0BA 2F8GA 2FNSA 4FRSA 5UPJA 4ZE6A 4Z50A 1ENTE 2FDPA 3LHGA 3PGIA 5P7RA 4BFDA 3IGBA 1HVCA 3KFPA 2NPHA 3LIXA 4A4QA 1ODXA 3ECGA 3OAGA 1FG8C 1ZSFA 2J9JA 1F7AA 1W50A 4Y57A 3L5CA 5HE4A 4OBGA 1E5OE 2WF3A 1WBMA 3BHEA 5P6BA 3PM4A 3R0YA 5P8PA 5P5YA 4MC6A 4FS4A 2QI7A 3SA8A 1YT9A 1YX9A 5KAOA 3UDPA 2QI4A 2HC0A 3K5DA 1FEJC 3R2FA 3EL1A 2BJUA 5DQ5A 3SABA 3NU9A 5OZVA 3U6AA 3TPLA 2IKUA 1YTJA 4ZSRA 5IVRA 5P2YA 2WEAA 5P8JA 5P8RA 2HIZA 1FIVA 2IS0A 1NPWA 5OZLA 3QP0A 2WEDA 5OZTA 5P42A 2P3CA 1NPVA 5P4GA 4DH6A 3INHA 4XX4A 5P75A 3K5FA 5P14A 3LZSA 1HIIA 1SDTA 4EYRA 4J5JA 4FGXA 4ZPGA 2B7ZA 1DPJA 4EQ0A 3BUHA 1IIQA 3MSJA 4FRIA 2QI0A 4JP9A 5P3KA 2AVQA 2FXEA 4YCTA 5P54A 4R93A 5P25A 5P5DA 2JJIA 5P6KA 4PZWA 1MESA 3RTHA 5I3XA 5P3CA 2G94A 3OADB 5P60A 4H3IA 3PCZA 1KZKA 3SO9A 5P3MA 2R3WA 1IBQA 4HDFA 5P18A 1BXQA 5P5MA 2BPYA 1W5VA 1G0VA 3LPKA 2ZJNA 2XYEA 5P6XA 5OZGA 3I2LA 5AH6A 1HSIA 5DQ4A 3UQRA 5HD0A 2QHZA 3UCBA 3BRAA 5DQ1A 5P39A 4Y3XA 1LS5A 3U71A 3NWXA 5TOLA 5P5EA 1K6CA 3UDKA 1W5WA 9HVPA 5P0XA 5P6AA 5E5KA 5P8QA 2ZJHA 4PHVA 3N4LA 3R1GB 1C6XA 1YM4A 4AA8A 5OZQA 3UQXA 3A2OA 5P8GA 3EL9A 3EXOA 2PK5A 3TH9A 2QK5A 5OYYA 2F81A 5OZ4A 1HRNA 5HE7A 5P7KA 3Q4BA 3LINA 2ZJJA 1A94A 3OQKA 1HVKA 4Y51A 2HPFA 6FIVA 3S7MA 2R38A 2IEOA 5P0MA 1A8KA 2FS4A 5P6ZA 3INFA 1SIVA 4EP2A 3GW5A 1RL8A 1AJXA 3CICA 5P7MA 3HVGA 3OXXA 2PK6A 5P6FA 2IGXA 1MRWA 3ZKIA 3QBHA 5I3WA 3LPJA 5IVTA 5P48A 1BBSA 1EPNE 3VV6A 5P77A 4Y4EA 2QD7A 5P43A 3OUDA 1Q9PA 2V12C 4Y3LA 1GNNA 2EWYA 2JJJA 3M9FA 3TPRA 1DMPA 1YM2A 3VFBA 1AVFA 2VS2A 1W6HA 5P1JA 5P2ZA 5OZPA 3KFNA 3DCKA 4RCEA 3KM4A 3FKTA 4DPIA 4ZEAA 4Y5NA 1MPPA 5P1SA 3CKPA 3OUCA 4FSLA 5P3YA 3OQFA 1NPAA 1FFIC 3R0WA 2AOEA 5P7ZA 5P83A 4GJ9A 4EJ8A 2IQGA 4YA8A 4Y54A 2PMAA 1GVXA 5P5ZA 1ME6A 3ER5E 5P05A 2FGVA 4HA5A 3ZKMA 4GJBA 2SAMA 3VSXA 1OEXA 4Q1YA 5COOA 4JPEA 5P7BA 4DQFA 5KR8A 5P7QA 5P7OA 2JE4A 5P4ZA 4D83A 5P4NA 2AOCA 5P0QA 5P79A 3L5FA 4PZXA 3WB5A 1W5XA 4J1FA 4FL8A 5OZJA 4DJVA 3TPJA 4A6CA 1XE5A 4Y3RA 1PROA 5HDVA 1KJGA 4HVPA 4XXSA 1AIDA 1VIKA 1ZPAA 3EL4A 1DW6C 4B00A 5P86A 2IENA 5P6HA 4J0TA 5P68A 1HIHA 2QHYA 4DI2A 1ZLFA 3RSXA 3OWNA 2ZGAA 3L59A 1FB7A 3PI0A 4Y4BA 5P2RA 5P6OA 3S56A 1NSOA 2A1EA 2AVOA 4R95A 1FQ6A 5HCTA 5P2VA 3KT2A 5T4SA 2G22A 1APVE 1PSOE 3MSLA 4RRNA 5P6VA 3NDTA 4H3GA 5P3JA 3EL5A 1LZQA 2HS1A 4X2LA 2OHLA 3OUBA 4ACUA 2QZWA 3KN0A 3VV7A 2G26A 1ZAPA 4RVJA 5OYQA 3TKGA 3IVHA 4Y4XA 1E80E 1MTBA 2QZLA 3JVYA 1HXWA 4L1AB 5P7EA 5F00A 4YOAA 5P7HA 4Y47A 2BPZA 1A30A 5DGUA 3OQDA 4XX3A 4Y36A 5P5BA 3T7PA 3VF5A 5P58A 3IXJA 1FQXA 2FLEA 3PMUA 1HTRB 4Y41A 2AODA 2Q54A 4OC6A 3QRMA 5P85A 2AIDA 5P4MA 5P8CA 2NNKA 1T7JA 4EQJA 4FM8A 2HAHA 1EC0A 4RVIA 5P4QA 5P57A 2AVSA 4PPHA 1SIPA 4I0FA 5P87A 3VFAA 4APRE 5OYRA 2UY0A 4Y48A 3PSGA 4QJ8A 2G69A 3HZCA 5DR1A 5P2AA 4N00A 4ER2E 4WTUA 3OU1A 3SA4A 3ZKSA 5P8VA 3WZ8A 4DJXA 4Q5MA 1MERA 1TQFA 5P6SA 3S43B 5P8AA 5P3BA 5JFUA 5P6PA 3UHLA 3JW2A 1MT8A 2VIEA 3QS1A 3I8WA 3NSHA 1IZDA 3HLOA 3DM6A 3UDMA 2Q63A 3EL0A 2WF4A 5P0KA 4JPCA 5P5OA 4U7VA 3IAWA 4HEGA 3QVIA 2AOHA 3S54A 2AOIA 1HSGA 5KQFA 1AJVA 3FNTA 4HE9A 2QI3A 3H5BA 4FRKA 3URLA 5CLMA 2ZJIA 3GI6A 2ZE1A 2A4FA 5P4YA 3SACA 2QD6A 1EEDP 4CPQA 5P7YA 3L5BA 3OGPA 5APRE 3S53A 1LYAA 1QBUA 5P8FA 1TW7A 1BVEA 3PBZA 4Y4AA 3LIQA 3MSKA 1YTHA 5IE1A 5P5JA 2QU3A 3BGBA 3NWQA 2XFJA 4L7HA 5P7SA 5P82A 1HTEA 3INEA 5OZ6A 1APTE 3T6IA 4GJ6A 4M8XA 3SA9A 2R9BA 1RV7A 4LC7A 4D8CA 2AOGA 3PSUA 5P0AA 5P47A 2Q11A 5P6GA 4DJQA 5P1PA 2HS2A 5DR7A 3OXVA 5P3NA 2NNPA 4A6BA 4Y35A 2NR6A 4DFGA 4GJ8A 3EBZA 3L58A 2BB9A 1IZEA 1D4JA 3LZVA 5P1BA 5P69A 1LF4A 1EPLE 3DOXA 5P3FA 1FFFC 2WF1A 4LL3A 1FGCC 3NUOA 5P28A 5P4BA 5P5XA 3PLLA 1E82E 2B8VA 3O99A 3QROA 4LP9A 4MC2A 3OTSA 3G70A 5P5UA 4KE0A 1D4LA 5AHCA 5P5TA 4Y3NA 5ENMA 1IDAA 2IRZA 2PWCA 4Y3YA 5HVPA 1GVWA 4Y44A 4Y5PA 3VG1A 4GZFA 1EPME 5P5GA 1D4KA 2B60A 1D4IA 2I4QA 4Y3PA 1FQ4A 2HB2A 2O4NA 3RVIA 1BV7A 1KJ4A 1TCWA 4ZSMA 3O9HA 4IVSA 4AUCA 3EC0A 5P0TA 2HM1A 1EPOE 3KDCA 4NJUA 3D1XA 5P6TA 3NDUA 2QCIA 4F76A 2UXZA 4CPSA 1ER8E 5P8LA 5P0LA 3RU1A 1G2KA 1NH0A 5P0PA 5P2JA 4M8YA 2OF0A 2I0DA 5P4UA 4NJVA 1B6MA 3VYFA 1GVTA 5P20A 1FF0C 4WY1A 3GI0A 4H3FA 5P0SA 5P73A 2UPJA 5P45A 3SA6A 3VCMA 5P0DA 5OZ8A 5P1HA 5P4JA 5P8BA 4GYEA 5P04A 1MEUA 5CONA 5P67A 4OBJA 2G1YA 3O9AA 1Z1HA 5KR2A 4GJAA 3VYDA 5ISJA 4NJSA 4YCYA 3VV8A 5P2LA 1D4HA 4I0EA 3VYEA 2ZJLA 3O9DA 1EAGA 3EKPA 3ZPTA 1K6PA 3D20A 1B6KA 3K5CA 1HVRA 3FNSA 1JLDA 5P8EA 1MVPA 1UH9A 2I4DA 4TRZA 4Y5EA 3T7XA 3OQAA 1XS7D 2OHMA 5P81A 2Z4OA 5P71A 4IVTA 4I0IA 1K1TA 4LXMA 4OBFA 2ZHVA 4Y3MA 5P11A 4Y3AA 4EP3A 2V10C 5AH9A 1FQ7A 3B80A 4Z4XA 3ZLQA 2OHQA 5P3ZA 5P6QA 4ZSQA 5OZ2A 3TOFA 4DQBA 5P2KA 5AH7A 4R8YA 5P2SA 4B70A 1LYWB 2BQVA 2QNQA 3VLAA 5P2EA 4AA9A 5P1XA 5HDXA 5P55A 4Y4UA 5P6CA 3UQWA 4D88A 5P4RA 4Y38A 1SH9A 3SFCA 5ER2E 3UFLA 4HLAA 3KMXA 4B78A 4GJDA 1C6ZA 3KDDA 1PPME 4NJTA 3SA7A 2O40A 4JECA 5P37A 4EXHA 4Y53A 3O9BA 2WEZA 1EBZA 4EJKA 4Y3SA 2F3KA 3FV3A 4DJYA 4J0YA 5OZUA 5P0OA 4HDPA 1W5YA 5OZOA 1ZP8A 1FMXA 4HDBA 4Y58A 1UH7A 4Y56A 4B1CA 3CYWA 4Y5AA 5SY3A 3IXOA 4Q1WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DGW A;  2ER6 E;  4NPT A;  5P5P A;  5P33 A;  1YTG A;  3OQ7 A;  3TOG A;  3Q6Y A;  1DP5 A;  2FXD A;  1LEE A;  3OY4 A;  5P3R A;  5AHB A;  5P4P A;  1M43 A;  3PMY A;  3OXC A;  4RGH A;  4B0Q A;  4Z22 A;  1IVP A;  2B8L A;  1ZTZ A;  3UTL A;  3UQU A;  2V11 C;  3H0B A;  5P46 A;  5P5L A;  5P78 A;  3S43 A;  4I8W A;  4KE1 A;  4BEK A;  2O4S A;  3U7S A;  3ZPU A;  1OHR A;  4FRJ A;  2PYM A;  4I0D A;  3FSM A;  2IKO A;  3T7Q A;  4Y3T A;  5P01 A;  5KQY A;  3IND A;  4J0V A;  1BWA A;  5P2H A;  4Y4J A;  4R92 A;  2WF2 A;  2G27 A;  5P4O A;  1B5F A;  1MT7 A;  5P8I A;  4H1E A;  1FQ5 A;  5C9F A;  3N3I A;  4JOO A;  5P1O A;  3OHF A;  4COE A;  3QRV A;  1EPR E;  4CPX A;  2QD8 A;  5JG1 A;  5P29 A;  2Z54 A;  1B11 A;  5PEP A;  1HVL A;  5P4I A;  2QNP A;  5P4W A;  1HPV A;  5OYZ A;  4I0H A;  5OZB A;  4F75 A;  1TZS A;  5P5F A;  3HDK A;  2I1A A;  2OHK A;  2AZB A;  2ZJK A;  5P4S A;  2WHH A;  3KF0 A;  4D85 A;  4EWO A;  5P7I A;  5P7L A;  5P5Q A;  1F34 A;  5HCO A;  2FNT A;  1GNM A;  3HAW A;  1YTI A;  5P6N A;  2AOF A;  3BGC A;  5P5A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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