3ZPTA

Design and synthesis of p1-p3 macrocyclic tertiary alcohol comprising hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Design and Synthesis of P1-P3 Macrocyclic Tertiary Alcohol Comprising HIV-1 Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zptA00
3SKGA 4WY6A 3AIDA 4H3JA 3BVAA 5P7VA 4OBJA 4WTUA 3EKVA 1T7JA 1SDVA 3NDUA 5P64A 3OXVA 4EXGA 5KR1A 3BHEA 4B05A 1EPOE 4Y48A 3JW2A 5P1PA 5APRE 3VSWA 2BQVA 4ZPEA 5P13A 5P28A 4L1AB 1NPWA 1HVSA 4NJSA 4OBZA 5P5NA 3B80A 5P11A 1EBKC 2FS4A 5P3UA 5P4UA 1IBQA 3RTNA 4A6CA 3SA8A 4RCDA 2OHTA 5P5FA 1RQ9A 4ZPFA 5OZSA 5P2OA 3D91A 1CMSA 2XFIA 2NTRA 4LL3A 2B60A 3FV3A 3LIYA 3L59A 3O9BA 5P20A 1YT9A 3D1YA 3PSYA 1IDBA 1PPLE 1HEGE 4Q1XA 4ZIPA 3VG1A 4J55A 5P70A 3UQWA 1EC0A 4I0GA 1FF0C 1K2CA 5DQ5A 5P8UA 1BXOA 4Y36A 4DJXA 5P2YA 4RVJA 3NU4A 5P1XA 3ECGA 3INFA 5OZKA 3UFNA 3OU1B 1HVJA 4Y3LA 5BS4A 5P0RA 4Y3RA 4J1EA 3CKPA 2MIPA 5P2NA 1LYAA 3INDA 4Y5GA 5P85A 1EPME 5P69A 1HVIA 1C6ZA 4EXHA 1NPAA 2QHCA 5P3LA 3QS1A 5P54A 1MTRA 1ZAPA 3APPA 2WF4A 3U7SA 4K4QA 4FL8A 4DPIA 5P8IA 3LIXA 3PCZA 3K1WA 2ZJLA 2AZ9A 5OZPA 1MT9A 1HSIA 4J1KA 5P6CA 3T7XA 1W5VA 5P4NA 3OTYA 2ER0E 2QU3A 2BPXA 5P6SA 1KJGA 3IXJA 4FE6A 1FMUA 4Y41A 3IXOA 5OZIA 3RSXA 1HXBA 5P0FA 5P1SA 2HC0A 2BPZA 2I0AA 1GNMA 4EHCA 5P1GA 4Y38A 5C9DA 3QPJA 4NJVA 4Y3AA 3SAAA 2HB2A 5P4ZA 4YOAA 3LPIA 5OYTA 5EZXA 1MIQA 4N00A 5FIVA 1HBVA 2ZHSA 4F74A 1RL8A 5KQXA 2ZJJA 2Q54A 2I4UA 3KF0A 2APRA 2R5PA 1APUE 3UDYA 2UPJA 4JPEA 4KE0A 1META 3ZKGA 1UH9A 1BBSA 3OXXA 1QBSA 2OHKA 1IZHA 1LYWA 4CPSA 2FNTA 4APRE 4H3GA 5DR0A 4EP2A 5OYQA 5P0LA 1FGCC 5HE4A 5P1LA 3IA9A 4PPHA 2AODA 5P82A 2Q11A 3VV7A 5IS4A 4OC6B 4Y4DA 1BXQA 2IL2A 5P07A 3EXOA 1KJ7A 3NWQA 5P63A 3PGIA 1APTE 4DFGA 5P4VA 2ZHRA 5P4EA 2FDPA 2NMYA 3FSMA 4CP7A 3QRMA 3BUHA 5OZ2A 4AZYA 3EL1A 4LC7A 3T7QA 1HVHA 3TPPA 4H3FA 3I2LA 3CMSA 4EYRA 5OZRA 5P0YA 2AZCA 2NXMA 2Z4OA 3ER5E 3OAGB 2FNSA 2HB3A 5P4XA 1EBZA 5P6WA 1FIVA 5HU0A 5EZZA 1APVE 4BFBA 1LF3A 3L38A 4Y4ZA 4Y5KA 5P6HA 5CONA 2OF0A 1ODWA 5DPZA 4Y3PA 5P4PA 3GI6A 5P0NA 3EL0A 5P6KA 2QMFA 3FNTA 4XX4A 3PMYA 4Y47A 4R91A 3O9FA 4FRJA 5P3BA 2VJ6A 5IVTA 3MSLA 5P3FA 5P65A 3NWXA 2G1OA 4Y5CA 1DAZC 5P8RA 5P7WA 3VUCA 3PCWA 5P3OA 4Y5AA 3O9LA 2I1AA 2VA7A 3JVWA 3LZUA 3L3AA 1XE6A 4LBTA 1PSNA 3KMYA 1QRPE 4L1AA 1Q9PA 1FFIC 4X2LA 4Y3FA 3TKGA 5P8GA 2QNNA 3VFAA 1B5FB 2R8NA 2V13A 3GI0A 3G72A 5P1HA 4QJAA 2B7ZA 1IZDA 4GJ8A 5P33A 5P6QA 5P3ZA 2P4JA 4EPJA 5DQ2A 3K5DA 1XN2A 3ZKSA 4Y3MA 2A1EA 4YD4A 5P43A 3DCKA 3IVHA 2ZE1A 5OZHA 5AGZA 3HVPA 3PBZA 1ME6A 3VF7A 2G94A 4EWOA 5P00A 1D4YA 4HE9A 3KDCA 5P2AA 5P7EA 4EJLA 5P4QA 1TZSA 3BVBA 3PEPA 4NJTA 2F81A 4GJ9A 1T6GA 2H6SA 5SXNA 4EJDA 1QS8A 5P8AA 3FNUA 3OU1A 5P3YA 5P4OA 4KUPA 2ZJMA 3OUAA 5OZ7A 5P40A 2VIEA 5I3YA 5P0TA 1EPLE 5P71A 4CPUA 2WEAA 2B42A 5P89A 5P04A 5P7LA 2V10C 5P2VA 4J54A 5SY3A 4FLGA 4Z50A 1EPQE 3OY4A 4U7VA 1LYAB 1BWBA 5OZ8A 2R5QA 2V11C 7UPJA 4PYVA 2WECA 2QNQA 1BILA 3NUOA 1T3RA 4APEA 1KZKA 1EPRE 5P4KA 4RVIA 1B6KA 5HTZA 5P6XA 2PWRA 1B6JA 5OYRA 4Y6MA 1MRXA 1ZPKA 3BGBA 1ODYA 3QAAA 5P34A 5P8PA 4GB2A 1BV9A 5P23A 3Q70A 5BRYA 5ENKA 1GVXA 4QJ9A 5DGWA 5OZEA 5AH8A 5KOQA 4YHQA 3U71A 5P4TA 4CPQA 4J17A 1W5WA 5P3KA 4M8XA 5P5AA 4RVXA 1APWE 2AOCA 2F3EA 5OZWA 1EC3A 5SY2A 4AA9A 5E5KA 4RRNA 5P61A 2RENA 5P36A 5P6GA 5P8EA 3VFBA 3ER3E 2CEMA 2B7FA 4XKXA 3R4BA 4Q1WA 1SMRA 2VNMA 1LF2A 5OZ1A 5COKA 3H0BA 1C6XA 5P27A 4DQBA 1BIMA 3K5CA 4OC6A 5KR2A 1HVCA 3RTMA 5OZJA 3MXEA 5DQCA 4RCFA 3BUFA 3RTHA 3HZCA 5P0WA 3L5DA 2V0ZC 3PI5A 4QJ2A 4D89A 2QZKA 5OZUA 2BKSA 3INHA 3BXSA 3IXKA 5P0XA 5P3CA 3I25A 2I4QA 3PVKA 5P0UA 4Y3YA 1B11A 1JLDA 3UTLA 1PSOE 1DW6C 1VIJA 5P3SA 4Y3XA 4Y4TA 5P5WA 1HPSA 3L5EA 2HAHA 2ZJKA 5I70A 5KQYA 5P4LA 4Q5MA 1FQXA 1F7AA 3HLOA 5P3EA 4JECA 2IQGA 3D1XA 5P7KA 1EPPE 2AVQA 4GJBA 1GKTA 4GJ7A 3O9EA 2WEZA 1FQ8A 5OYVA 3S54A 3ZOVA 1HWRA 5OZFA 1D4JA 2WKZA 5P7XA 5P2MA 1ZSFA 3SQFA 4YD6A 5P3RA 3LNKA 4Y3JA 3BRAA 5HCTA 4PHVA 4FM7A 3CIDA 2QK5A 3IVIA 5P88A 1BVGA 3KFSA 3SABA 5OYZA 5P1EA 3OU3A 5P4DA 3WB4A 4HDPA 4I0FA 5OZZA 4DJWA 4K4RA 3D20A 5P6FA 5P15A 2OHRA 3L5CA 4Y39A 4DQFA 1B5FA 3PRSA 1ZTZA 4GYEA 3OUCA 1HIVA 1OEWA 4LXAA 5OZ6A 3O9LB 5P6JA 3KFNA 1PPME 4ZEAA 5P87A 4HDFA 1BDLA 1K1TA 1K6CA 2IENA 1LF4A 5P2FA 1TCWA 5P1CA 2FLEA 5P7YA 2AZ8A 5HU1A 5P76A 2PK6A 4TRWA 2HS2A 3OADA 3LZYA 5UPJA 5P1ZA 3LIVA 5P0BA 3S53A 4J0PA 1SBGA 1HTEA 1K1UA 2IGXA 5P5QA 3DK1A 4R8YA 4Y35A 3KDBA 5P18A 3QRVA 5P86A 5P31A 4HEGA 1IZEA 2VJ7A 1CPIA 4OBDA 3GGXA 1K6VA 5P3MA 3QBHA 2F3KA 3TL9A 3M9FA 3S43A 3IN4A 1IDAA 2P3CA 5SZ9A 3OQFA 2WF1A 3OHHA 4LP9A 3O9HA 4TVGA 3OU4B 4XX3A 2Q55A 5AH9A 5P51A 2WF0A 3QI1A 5I3XA 5P6IA 2I4VA 5P08A 2BPVA 3SA4A 1BV7A 1FMXA 4Q1YA 2NNPA 4Y3ZA 4GJ6A 3RVIA 5P3IA 4L7GA 1C6YA 1HIIA 2HPFA 5P6YA 5P6TA 1W5YA 5P1AA 5P8OA 2P3AA 5P5RA 3S85A 5TOLA 3Q5HA 3O9CA 4M8YA 2V16C 3OXWA 3S7LA 1MESA 2VKMA 3T11A 2CEJA 4B00A 5P0IA 3TPRA 1HIHA 2Q15A 4FM6A 5P17A 1FQ7A 4NPTA 5P2QA 2G24A 1MERA 3FKTA 5P5PA 4Y3GA 4QLHA 4X7IA 2CENA 3WSJA 4AMTA 4Y5LA 5P8MA 5P44A 5P8CA 5P8DA 2ZJIA 5DR7A 1XL2A 5P3NA 1IZIA 1G35A 5P4CA 5J25A 3Q6YA 2VS2A 5P56A 4FSLA 5ISJA 5P26A 5DR4A 8HVPA 3NU6A 4B1EA 1HXWA 4Y4GA 5P6RA 4FAEA 5ENMA 2WEDA 3MXDA 1SDTA 1FB7A 3UDHA 1AM5A 4Y5MA 5P0KA 2RMPA 3PSGA 1LEEA 5OZBA 3T3CA 5P0DA 5JODA 1YX9A 3IAWA 4ER4E 2QI6A 2ZYEA 4JP9A 4CPRA 4R5NA 1QBTA 5P0JA 2QZXA 4Y43A 4I0HA 3ZKMA 4NKKA 5OZCA 4R93A 4DJRA 4Z2ZA 4EQJA 5OZOA 5HVPA 5E5JA 5P2BA 4U8WA 3URIA 5P1FA 3GGUA 5P32A 4Y3WA 3UQUA 3NYGA 4OBGA 5P5MA 3R2FA 2G26A 1MEUA 3BC4A 4ZE6A 1PPKE 4AUCA 3KFPA 3URJA 1KJ4A 3OQDA 3EL9A 2JXRA 5P8KA 1BWAA 1Z1RA 2I4XA 5P19A 1ZJ7A 4Y56A 4Y3EA 3HBOA 2QHZA 2OHUA 2XYFA 3VYFA 4A6BA 4YDGA 4IVTA 5P5DA 4Y57A 2QI0A 2QI4A 5P6UA 3GGVA 2FDEA 4ZPGA 5P84A 2HPEA 3QRSA 2QP8A 1WBMA 5P8FA 2B8VA 2QI7A 2VA5A 3T6IA 5P1QA 4EQ0A 3TOFA 1VIKA 5P2ZA 4B77A 3VF5A 4RCEA 5OZVA 3A2OA 2G1NA 1B6LA 2IKOA 5P1YA 1BAIA 2PSGA 3EL5A 5COPA 3S8IA 3KN0A 4GJAA 4Y4UA 1WBKA 5HD0A 3CICA 2IGYA 1ZP8A 3SA5A 3L5FA 5P1DA 4ZSPA 5JG1A 1SIPA 5KOSA 4Y51A 3GW5A 1ZPAA 2RKGA 5OZ4A 3UCBA 2SAMA 4KB9A 3HAWA 5P02A 5P7DA 3OOZA 5P7UA 1EBWA 3N4LA 2NXDA 5C9BA 5P83A 5P79A 5IVRA 5P1WA 1OEXA 4Y4JA 5P1JA 4JOOA 5P3XA 1LZQA 3G70A 1M43A 1AXAA 5P5KA 4Y4AA 5P2WA 3UDRA 4YBIA 1HPOA 5P2RA 2Z54A 5OZ9A 5P1BA 3UDPA 4I8WA 1GNNA 4DV9A 2WF3A 5P2UA 4FIVA 5P5UA 3OADB 5IVQA 3OGQA 5P4YA 2PH6A 4OBKA 5ISKA 4ER2E 5P7BA 4DJVA 4TRZA 3TLHA 3ZKIA 3I8WA 3OU4A 3KM4A 3KT5A 4FSEA 3OK9A 2NMZA 1LYBB 5HE5A 5P8LA 2VIYA 7HVPA 1SGZA 4CPXA 4YD3A 1UH7A 3OUDB 4GZFA 1MSNA 3OOTA 4NJUA 2G69A 2PK5A 4Y4BA 3S43B 2G1SA 1FFFC 1D4KA 1KJHA 3ZPTA 2O4LA 3PLLA 5P29A 3L5BA 4Y5NA 5KR0A 3LHGA 2G20A 5P0HA 4DJYA 4RYCA 5P1RA 1GVVA 2BPWA 5HDUA 4L6BA 3QVCA 5OZ3A 1K6TA 1CZIE 1NSOA 2FGUA 1K2BA 4A4QA 1A8KA 2AVMA 1HOSA 1BDRA 4HA5A 3OUBA 4DJPA 4MC9A 5P6AA 1RPIA 5P45A 2PYNA 1XS7D 1YTHA 3PWWA 5P53A 1FQ6A 1AJVA 2V12C 3EL4A 3WB5A 1W51A 1TW7A 3O9AA 4ACXA 1G2KA 1QBRA 5P3PA 1E82E 1YTGA 2QHYA 3ST5A 2IEOA 4RZ1A 5P2KA 1UPJA 4QJ6A 3KFRA 1QBUA 1HPVA 4S1GA 4J1HA 4HVPA 3APRE 4GJCA 5P3WA 3VSXA 5P3DA 4YOBA 3OQKA 5OZTA 3QP0A 5OZGA 5P7OA 4Y3SA 1HSGA 1MTBA 1HVLA 3MWSA 4Y5PA 3HVGA 5P0PA 3LITA 1HSHA 4MC6A 1B6PA 1GVUA 1LV1A 1PSAA 5P5YA 4YCYA 5P52A 3K4VA 2HB4A 1EPNE 1MUIA 3NU9A 5P8QA 3PB5A 3PBDA 2QAKA 5P16A 1C70A 1ZLFA 4BELA 5I3WA 3EM6A 4R95A 2AOEA 3FNSA 3LZVA 4DJQA 1TSUA 4I0DA 4J1IA 4FAFA 5P6MA 5P1OA 3DOXA 3VYDA 4F76A 4B78A 5AHBA 4K9HA 3INEA 1BVEA 4OBFA 2ZJNA 4OD9A 5OYWA 2ZGAA 1ZBGA 4I8ZA 2O4NA 4MC1A 3EMYA 5P66A 4Y3HA 3GGAA 3UDMA 2AVSA 3TTPA 2WL0A 3DJKA 2I0DA 4YDFA 3NXNA 3OQAA 1A94A 4D85A 1GVWA 1AAQA 2ZHUA 3KYRA 1HHPA 1AJXA 5P4MA 5AHCA 3SO9A 1FEJC 4TVHA 5P24A 5P38A 5JFUA 9HVPA 2QD6A 2BKTA 3C9XA 5P6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SKG A;  4WY6 A;  3AID A;  4H3J A;  3BVA A;  5P7V A;  4OBJ A;  4WTU A;  3EKV A;  1T7J A;  1SDV A;  3NDU A;  5P64 A;  3OXV A;  4EXG A;  5KR1 A;  3BHE A;  4B05 A;  1EPO E;  4Y48 A;  3JW2 A;  5P1P A;  5APR E;  3VSW A;  2BQV A;  4ZPE A;  5P13 A;  5P28 A;  4L1A B;  1NPW A;  1HVS A;  4NJS A;  4OBZ A;  5P5N A;  3B80 A;  5P11 A;  1EBK C;  2FS4 A;  5P3U A;  5P4U A;  1IBQ A;  3RTN A;  4A6C A;  3SA8 A;  4RCD A;  2OHT A;  5P5F A;  1RQ9 A;  4ZPF A;  5OZS A;  5P2O A;  3D91 A;  1CMS A;  2XFI A;  2NTR A;  4LL3 A;  2B60 A;  3FV3 A;  3LIY A;  3L59 A;  3O9B A;  5P20 A;  1YT9 A;  3D1Y A;  3PSY A;  1IDB A;  1PPL E;  1HEG E;  4Q1X A;  4ZIP A;  3VG1 A;  4J55 A;  5P70 A;  3UQW A;  1EC0 A;  4I0G A;  1FF0 C;  1K2C A;  5DQ5 A;  5P8U A;  1BXO A;  4Y36 A;  4DJX A;  5P2Y A;  4RVJ A;  3NU4 A;  5P1X A;  3ECG A;  3INF A;  5OZK A;  3UFN A;  3OU1 B;  1HVJ A;  4Y3L A;  5BS4 A;  5P0R A;  4Y3R A;  4J1E A;  3CKP A;  2MIP A;  5P2N A;  1LYA A;  3IND A;  4Y5G A;  5P85 A;  1EPM E;  5P69 A;  1HVI A;  1C6Z A;  4EXH A;  1NPA A;  2QHC A; 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 3NWQ A;  5P63 A;  3PGI A;  1APT E;  4DFG A;  5P4V A;  2ZHR A;  5P4E A;  2FDP A;  2NMY A;  3FSM A;  4CP7 A;  3QRM A;  3BUH A;  5OZ2 A;  4AZY A;  3EL1 A;  4LC7 A;  3T7Q A;  1HVH A;  3TPP A;  4H3F A;  3I2L A;  3CMS A;  4EYR A;  5OZR A;  5P0Y A;  2AZC A;  2NXM A;  2Z4O A;  3ER5 E;  3OAG B;  2FNS A;  2HB3 A;  5P4X A;  1EBZ A;  5P6W A;  1FIV A;  5HU0 A;  5EZZ A;  1APV E;  4BFB A;  1LF3 A;  3L38 A;  4Y4Z A;  4Y5K A;  5P6H A;  5CON A;  2OF0 A;  1ODW A;  5DPZ A;  4Y3P A;  5P4P A;  3GI6 A;  5P0N A;  3EL0 A;  5P6K A;  2QMF A;  3FNT A;  4XX4 A;  3PMY A;  4Y47 A;  4R91 A;  3O9F A;  4FRJ A;  5P3B A;  2VJ6 A;  5IVT A;  3MSL A;  5P3F A;  5P65 A;  3NWX A;  2G1O A;  4Y5C A;  1DAZ C;  5P8R A;  5P7W A;  3VUC A;  3PCW A;  5P3O A;  4Y5A A;  3O9L A;  2I1A A;  2VA7 A;  3JVW A;  3LZU A;  3L3A A;  1XE6 A;  4LBT A;  1PSN A;  3KMY A;  1QRP E;  4L1A A;  1Q9P A;  1FFI C;  4X2L A;  4Y3F A;  3TKG A;  5P8G A;  2QNN A;  3VFA A;  1B5F B;  2R8N A;  2V13 A;  3GI0 A;  3G72 A;  5P1H A;  4QJA A;  2B7Z A;  1IZD A;  4GJ8 A;  5P33 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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