3ZS6A

The structural characterization of burkholderia pseudomallei oppa.
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
LADQQDLTRQVPAEVESLDPAHIESWTGNTIGLDLFEGLARIDASGAVVPGVAQAWEHKAPDTWIFKLRRDAKWSNGQPVTAADFVYAWQRLADPKTGSKYTILVEFVKNASAIIAGKQPPGDLGIRAIDPYTIEVKTEVPVSYFPELTAMAPLTPVNKDAVAKFGDAWTRPKNIVSNGPYTLVDWQPNNRIVMAKSDKYWNARNVVIRKVTYLPIENDETALRMYQAGQIDYTYSIPAGGFGQISKQFGKELRPGLQLATYYYYLKNSDPALKDKRVREALAMVLDREILTSKITQAGEVPMYGLMPKGVKGVQRPFTPDWASWPMARRVDYAKNLLKQAGHGDANPLTFTLTYNTNDLHKKVALFAASEWRTKLGVTAKLENVEFKVLMKQRHDGKVQIARDGWFADYNDAMTFFDLIRCGSSQNTVGYCNPKVDSLVAEANQKLDDGARAALLTQAHDLAMNDYPMVPLFQYSADRLVKSYVGGYTLTNYIDMRASQDMYLIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Structure-Based Strategy for Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Oppa Antigen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
molecule tags Peptide binding protein
source organism Burkholderia pseudomallei
total genus 177
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3zs6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zs6A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3zs6A02
5ICQA 2ZXTA 4YKKA 2XXYA 5CBSA 3ECRA 1M5FA 4EQ7A 4FJPA 1N3XA 3QSLA 4F1UA 1I6BA 3PMWA 5DEXB 3C34A 5I84A 3K1NA 1PBQA 1ZJLA 1EH3A 2R6GE 3IAZA 4GLIA 1MXUA 4ZEDA 1NFTA 2B65A 1IZ1A 2ZNUA 5H8NB 4OENA 1UTHA 1MM7A 1MXXA 1Y9UA 4R2BA 3BFTA 2VHAA 5B7DA 3MUQA 1AIVA 1TWYA 4GIZA 5DVIA 4MFIA 4N6PA 3ZSFA 2I4BA 3T22A 2NVUB 1XVYA 4I62A 4H67A 3CSBA 4BDNA 3QAXA 3RUMA 1MM6A 4KYSA 4I8CA 4DXUA 4NWCA 2VGQA 4TLLB 3MPLA 4QSDA 3EN3A 1Y3QA 4N13A 4KYEA 3VE1B 4XKQA 2XX7A 4ZZEA 1MDQA 3RPWA 4NWDA 3IOUA 3P7IA 2HXWA 1MPDA 3ILTB 3QUFA 1NL5A 1P1QA 3C31A 2IA4A 1LAHE 2YLNA 1O64A 2HQ0A 4OTEA 2XD3A 4ECFA 3U92A 1LLSA 2QMWA 3C35A 3KN8A 1LB8A 4G8NA 2QRYA 4R2FA 3MPKA 4ZEFA 2LAOA 3DRFA 3FVKA 4F31B 3O97A 4KYDA 2X7PA 1US4A 4E0XA 3EQ1A 3U72A 2NWJA 3MQ9A 3PPRA 1D4NA 3Q26A 4X9TA 5H8FB 2F7BA 4FATA 2ONRA 3C36A 1OLAA 1PB8A 3VLWA 3SETA 3GBAA 4X48A 1DTZA 4OESA 4WXJA 2GHBA 1LCTA 2P1SA 3VLVA 1XHYA 3U93A 4ELPA 1OIBA 3BBRA 2UVHA 3PUXE 4LP2B 4QFNA 4WKMA 5CC2A 2Q8JA 2A5SA 1DTGA 4IY5A 3G3HA 2YJPA 3FIRA 3MC2A 3OEMA 3B7DA 4RXLA 5CI5A 2Z23A 3GLBA 4IO5A 3IJOB 2QS3A 2QS1A 3E9XA 4G68C 3OSQA 2B3BA 3VDFA 1MXWA 1B05A 4LONB 2GHAA 5H8QB 4YB6A 4HCWA 1L5TA 3ZS6A 2F6GA 4ELRA 1IUDA 5I56A 3TMGA 3FTOA 2E1SA 3N6TA 1TFAA 1H44A 5KDTB 1IXCA 3M8UA 3DP4A 4IB2A 1B3EA 3S4UA 5CMBA 3RGYA 2PT2A 3VVEA 4OVJA 1POY1 2DWAA 3GBBA 5HM4B 3DP6A 3KFMA 4NF5B 2DE3A 3W15C 3EHUA 2Y7RA 5FHMA 4NE4A 2P2AA 3K0VA 2V84A 4KCDA 1MG1A 2IEEA 3TTMA 1MY1A 2Z8FA 2QPQA 3USDA 2WOLA 3O6HA 5M2VA 3T96B 4WEPA 1ELJA 4H8JA 4ZEBA 1MH3A 4PETA 2RC9A 4JB7A 4F1YA 2CMOA 4GL0A 4OEUA 3MZ9A 4QFKA 2XD2A 2DWJA 2B4LA 2XX8A 5FTHA 5F7VA 5A5XB 2DE4A 1SW1A 4H5FA 4AQ4A 2UYFA 1LB9A 2O51A 3H3GA 3FGSA 4H1XA 4U22A 5AA4A 1SW4A 1Z7NE 4RNSA 1B7UA 4MLQA 2I4CA 1N7XA 2NOOA 4RPNA 1USYH 4HCYA 3JZJA 1UIUA 4KD5A 3DRGA 4OWDA 1SW2A 2PMSA 1MDP1 1FTOA 3LBSA 2NUVA 5I57A 4G4PA 3DRJA 1IEJA 4U1ZA 3MVWA 5H8HA 3KN3A 5L9MA 1N3WA 4JDFA 4NMYA 1EU8A 3R7XA 4TOZA 1IXHA 3I3VA 1B46A 1UTHB 3N94A 1IIWA 2FYIA 3WAEA 3MBPA 1WDNA 3TCFA 2XXVA 4FEBA 4Q5TA 3QUJA 5DYHA 3LC8A 3TQLA 1ANFA 1II5A 2E0SA 2UYEA 4QF9A 1GTKA 3OELA 3N26A 3HO7A 5K2YA 3F11A 4GD5A 4PE5B 3S9MC 2QL3A 4E0WA 1M5BA 4U23A 2DWHA 4Q30B 3UK4A 1QKBA 1MXYA 1TT1A 1S50A 4RK2A 3D4GA 4ZEKA 4ZZAA 1LAXA 4LATA 3PPOA 1PDAA 3LSWA 2RCBA 5BUUA 4F29A 2Y7PA 3PU5A 1OLCA 4KR5A 2ZMBA 4P0IA 3MP8A 3E4RA 1FQBA 2F7AA 1B40A 3KJTA 1B5HA 3E13X 3RLFE 2Z8EA 2ZYMA 3O9PA 4NF6A 3K00A 2H5YA 4LZ7A 4QFLA 1N7WA 4EUOA 2G93A 3K1PA 4IO3A 4Z7EA 3HCQA 5CRYA 2VD3A 2ZYNA 2PBWA 2Y7WA 2QS2A 3KN7A 1OQGA 1MRPA 3IB2A 2NXOA 3L6HA 1HSEA 2I3VA 5DT6A 4LQ5A 3MZBA 2DSFA 4KQPA 1B3GA 4ELOA 5F1QA 3LSFB 3KBRA 2DP8A 1N84A 1JEVA 4KFQA 2H9BA 5ITPA 4FORA 4ESWA 4F18A 1A40A 3PD8A 3N5LA 1A55A 4GFRA 4YMAA 3TTKA 3TZAA 3FUZA 4YICA 2I3WA 4BDOA 3O6PA 3CFZA 4EF2A 4O3CA 3SEYA 5I56B 4YB7A 4ONYA 3V83A 3K1MA 3T9XB 4KCCA 1XC1A 1EZPA 4F1VA 1USYE 1B0HA 1NNFA 4OFOA 2F6PA 5TP9A 3V8XB 4QFPA 3OO8A 1NNKA 1BP5A 1R6ZA 3TUSA 1A8EA 1H3DA 1B3LA 1SI0A 4OETA 1B52A 2QS4A 5CMKA 4F39A 1FW0A 1Y1ZA 1B9JA 3PPQA 3OOAA 2REJA 2QSXA 2ZYOA 2XXUA 4NF4A 4LZ8A 1UQWA 2UVIA 3KGCA 1PB7A 3FXRA 2PVUA 4ZECA 3DLNA 3DP8A 3FVOA 1ATGA 2ONSA 1XOCA 4KI0E 1M5DA 5AA2B 4PFWA 4RPOA 4JSOA 3KZGA 4C1UA 4OFJA 2RINA 2HZLA 2WOKA 4OMBA 1PEBA 2RF1A 2ALUA 3RTFB 4F3SA 3A09A 1B0LA 5AA4B 3OENA 4OQOA 5J1DA 3HSTA 4R6KA 1P99A 1I6AA 4FEDA 3M3KA 4O3BA 3IL1B 5FHOA 1URGA 4TQUQ 4FE8A 3D4CA 1B5JA 1PBPA 2OWSA 2I49A 2GH9A 5I57B 2FNCA 3FATA 3IOTA 3PV0E 2Y7IA 3IO6A 3FASA 4BLAA 5H8HB 3UIFA 1SDXA 1P1WA 2V3TA 5L9OA 3RYAA 4IO2A 1MQHA 3TELA 2QJEA 3U8QA 3MP6A 2UVGA 2Y7KA 1P1UA 1QJMA 4YKJA 4H6DA 1SYHA 1JNFA 2Q2AA 4FIMA 1ZBMA 3RNNA 2Y84A 1D9YA 4GXAA 4QRZA 1FQDA 1MY4A 1YPNA 3B6QA 4R9GA 1A99A 4XXUA 3B6TA 3KSXA 1ZTYA 2PYYA 1R9QA 2DVCA 1B32A 1ZLQA 3IB1A 2RC7A 4ZE9A 4BDRA 3U1OA 3TDJA 3K2DA 2WKYA 3PUZE 2DWIA 1Z7ME 3UP9A 2F34A 3EHTA 1XVXA 4LQ2A 3GZGA 3M3LA 3DRIA 5AA1A 4R73A 1LGBC 3LVUA 2DOJA 2CZLA 5CBRA 2W7YA 4FECA 1RYOA 1LBBA 3C9HA 3RY3A 3K02A 5ISUA 2HAUA 3KG2A 1SI1A 3FD3A 4NF6B 4IY6A 2ZYKA 4U1OA 3SDFA 3IX1A 5ELVA 1B6HA 3PUYE 3H6TA 3C4MA 4UA8A 5ITOA 4AB6A 4ZEIA 5I2NB 3OMBA 2B3FA 4DIGA 3UGWA 1ZU0A 2B4MA 1GVCA 4THIA 2OZZA 1MQJA 5CM6A 5JTYA 4NTLA 2I6EA 4IO4A 1FQEA 2H4IA 2O6AA 4QFOA 3H6VA 1NMUA 4GWOA 4Z0IA 3CI8A 3DELB 1SQYA 4G68A 3PAMA 2F8DA 5DVJA 1YCJA 3TQWA 2PT1A 5I2KA 1QKAA 4IGRA 5JEIA 2X26A 4WEDA 2AL4A 3QXMA 1NKXA 3T9UA 2XXIA 4PP0A 1QVSA 4LVQA 1OQHA 2O1MA 4QSEA 3OSRA 4R74A 5LOMA 3ONMA 5KCJA 5TP9B 2H98A 4RYAA 1LAGE 3TTRA 3KOSA 2F7CA 5EHMA 1I6QA 4L17A 2F35A 4ZDMA 3V5AA 2F36A 4GOTA 3T93B 4HTGA 2XXTA 1Q1KA 3VVFA 1B2HA 1A54A 2O1LA 4MBPA 2HFBA 1DSNA 1ZMGA 3FJ7A 3H06B 2P0SA 3K01A 2GFEA 4NF4B 1B3HA 4DZ1A 1A7LA 1MY0A 1PC3A 4HS7A 4JBZA 1B51A 2ANJA 1MH4A 2F97A 1SD3A 4IO7A 1VR5A 3RN8A 4UACA 3CHGA 5TU0A 3IOVA 3SEVA 1SW5A 2KLFA 3VXCA 1H43A 4EQ9A 2AYSA 5ICTA 4F2OA 3UA8A 1MPBA 1B58A 3FVGA 3A3CA 3FXUA 2DVZA 3T9HB 3TTLA 3H6WA 5CMMA 1VSOA 1P1NA 1M5CA 4FAJA 1LFHA 5I58A 3ZKLA 3G3FA 3PD9A 3FXQA 2G29A 2ZNSA 4DXBA 1QUKA 1XS5A 1F9BA 3MVXA 5DVFA 5H8QA 1J1NA 3G3JA 3PMXA 4R9FA 1OVTA 3QK6A 3QIMA 5AA3A 4G2ZA 1VFEA 4OERA 1MXZA 1DMBA 1Y3NA 2DXRA 5KZTA 1YTVA 2I0BA 4R6YA 3LUYA 2XXQA 3HN0A 4OEVA 3HHGA 1SBPA 1TFDA 1LSTA 3S9EA 1M5EA 1AMFA 2AIXA 3K6XA 1LFIA 1FTKA 1US5A 1DPPA 1LFGA 2XXRA 1MY2A 2I48A 3VVDA 4JWYA 3PUVE 3MVYA 3FV2A 3VLUA 3VXBA 4G8HA 2DXYA 4XKNA 3MAMA 3KJ7A 2OCUA 3CFXA 1JVXA 3FVNA 1B4ZA 3PPPA 4OXVA 1AH5A 3KOTA 3FJMA 4TLMB 4F3BA 2V25A 4PFTA 4N07A 4YU0A 2H25A 3O2AA 4F2QA 3CR9A 2OK2A 3FJGA 1RYXA 1JETA 3CG3A 3CRBA 2O69A 2VOZA 3K4UA 1B4HA 4GVOA 4JXIA 3TODA 1QUIA 3SEUA 2I0CA 3MWBA 4GF8A 1R9LA 2ESNA 3TYHA 4XKPA 2Q9TA 3LR1A 2HCAA 4JWOA 3IORA 3JYRA 2M8CA 2OWTA 2RCAA 1BLFA 4XTCQ 2ONKE 2O7UA 3SEXA 1HSLA 1MQDA 1B7ZA 5B70A 2XXXA 3FV1A 5CMCA 3V89B 1N76A 1Y4CA 3R26A 2D5WA 5JTYB 5I59A 5JK4A 2ABHA 1FCKA 1JEUA 1EZ9A 4MLVA 5TPAA 1S9TA 1LCFA 3IR1A 2F78A 3MVZA 1URDA 2Q2CA 3G3IA 3LSLA 4M1VA 5BWJA 3SERA 5EHSA 5FTIA 3IK6B 4G68B 4RA1A 2DE2A 3Q25A 3Q29A 3RT8A 1VFDA 1NH8A 2V3QA 4DXCA 4YZZA 2A5TA 5I2KB 1O63A 3EPEA 2AL5A 4P0GA 3TTNA 1IQ7A 4G77A 1GGGA 4POXA 3W9VA 1GR2A 1MQGA 4YKIA 1FQAA 3OD7A 5KCJB 1Y20A 1AOVA 3DRHA 2H99A 1N0TA 1N04A 2Q89A 1LAFE 5EYFA 3I5OA 4OZ9A 3MZ1A 2PX1A 4LZ5A 4RJZA 3SEWA 1JQFA 2XXHA 1IXIA 3PUWE 4GRKA 3O28A 2VP1A 4X1DA 1UTBA 1YAEA 2V93A 3A3UA 1I69A 2XHDA 3IJXB 1H45A 4YB5A 4F3PA 3ILUB 2O68A 3O29A 1T0KA 4G8MA 4F3GA 3TEPA 2VD2A 3OO6A 4EF1A 4NF8A 2R71A 5FHNA 2HZKA 3ODBA 1ZIUA 4R75A 2V3UA 3G3KA 1D9VA 2FA7A 2XX9A 4XIGQ 4JSDA 4U4SA 2X7QA 3EF7A 4H65A 1DOTA 2XXWA 3MJNA 4ND9A 4AB5A 4IO6A 3IOWA 2HEUA 4XKRA 4P11A 1D3KA 2F5XA 2Z22A 1UIVA 5I58B 4ZE8A 2DYXA 3KSJA 3OXNA 3MP1A 3HV1A 3O6GA 2YPNA 5HBCA 4DCYA 1JVYA 1JW5A 4DLDA 1QW0A 3IB0A 3LSXA 4KHZE 1IXGA 3S2VA 4EXKA 1OVBA 1GV8A 1ZKBA 3CG1A 2OBGA 3RTWB 3FZVA 4ESXA 3THIA 2THIA 1EZOA 1B3FA 1PB9A 3VFJA 4GL8A 3K6VA 5DEXA 3L6GA 1VE4A 3HHFA 5AA2D 3E3KA 1RKMA 3OEKA 1FTMA 3O6IA 1CE2A 1SVXB 1S7YA 3HPIA 3TAJA 2UVJA 5H8NA 4MF3A 4ELQA 3PPNA 2QMXA 4MH5A 5IKBA 3T66A 4EXLA 4OYVA 4LUBA 1B5IA 2D3IA 1O7TA 3RYBA 4YKPA 5AA2A 3CFLA 4KPTA 1B7HA 1Y3PA 2HAVA 4GQOA 4PFUA 3IO4A 5IAIA 3AXFA 4Q8RA 1MXVA 1WODA 3KEIA 3DRKA 3EHSA 5AE4A 3ZKKA 2XXPA 1H76A 3RQTA 1LBCA 4EQBA 1OMPA 1QUJA 1QULA 4IGTA 4F19A 4GXSB 2DQVA 2ZNTA 3K6UA 5H8SA 4ZS9A 4X1BA 3OO7A 4POWA 4PFYA 3H03A 3PMVA 1BIYA 2WOPA 4I1DA 3BKIB 1XT8A 3H7MA 4RK9A 3Q27A 2UXAA 4DCXA 5H8FA 3PGFA 3G7WA 4DE8A 2BJJX 1AL3A 5I59B 3CSGA 5TPAB 1NNPA 1NH7A 4QSCA 4QHQA 3TPAA 2RKMA 2O84X 4R6HA 1NNTA 5L9SA 2OLBA 3CVGA 3SESA 4HW8A 4EDPA 3WAFA 4PQJA 3I6VA 3O66A 1FTLA 3TCHA 2A5TB 3U94A 4JWXA 1MY3A 1Y1MA 3SKPA 2OJTA 1FQCA 3Q28A 4M4GA 3QYTA 3TCGA 3UN6A 4K3FA 1URSA 1WVJA 4YMBA 4O3AA 1B1HA 1MQIA 2D21A 1TXFA 3TKDA 4BDLA 4DDDA 4Q0CA 3H4ZA 4ISUA 4YAHX 1HSJA 1Q35A 1Y4TA 4H0WA 5DTBA 1JW1A 3BFUA 4U21A 3T9VA 3GXAA 1UTBB 5KDTA 4OFLA 4LA9A 1JW4A 1BTJA 3OO9A 1B1XA 5K2XA 2RC8A 3R6UA 4U2RA 3N6UA 3C33A 4RY1A 4NF8B 3K6WA 2REGA 4OHNA 5L8DA 4NF5A 3M3FA 1A8FA 3VV5A 3C32A 3H6UA 5HPQA 5I2NA 3JV9A 1SYIA 1DPEA 1P1OA 3W9WA 2Q88A 4I9DA 1MS7A 2DS9A 4U4XA 4H5GA 4F22A 1CB6A 3MW0A 2GRVA 4H8IA 1KWHA 1POTA 1MPCA 3B6WA 2I58A 2Z8DA 1IITA 2R9JA 4BDQA 3G3GA 1R1NA 3RT6B 3DM0A 5A5XA 1BKAA 4C1TA 3CIJA 4C0RA 4R72A 2O7IA 1FTJA 3S9LC 1FQFA 3S9NC 4BDMA 3UORA 4NEDA 3TFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5ICQA 2ZXTA 2WBBA 3HFUA 4YKKA 2XXYA 5ET5A 5CBSA 3ECRA 1M5FA 4EQ7A 3ISPA 4FJPA 1N3XA 3QSLA 4PC9A 2GQ1A 4F1UA 1I6BA 3PMWA 5DEXB 3C34A 5I84A 2KQZA 3K1NA 1PBQA 1YYZA 1ZJLA 1EH3A 4XFEA 2R6GE 3IAZA 1FBEA 4GLIA 1MXUA 4ZEDA 1NFTA 2B65A 1IZ1A 2ZNUA 5H8NB 4OENA 1UTHA 1MM7A 1MXXA 1Y9UA 4R2BA 3BFTA 2VHAA 5B7DA 1FRPA 3MUQA 1AIVA 1TWYA 4GIZA 5DVIA 4MFIA 4N6PA 3ZSFA 2I4BA 3T22A 2NVUB 1XVYA 3KC0A 4I62A 4H67A 3CSBA 4BDNA 3QAXA 3RUMA 5I5PA 1MM6A 4KYSA 4I8CA 4DXUA 4NWCA 2CZHA 2VGQA 4TLLB 3MPLA 4PF6A 4QSDA 3EN3A 1Y3QA 4N13A 4KYEA 3VE1B 4XKQA 2XX7A 4ZZEA 2XA5A 1MDQA 3RPWA 4N6DA 4NF0A 4NWDA 3IOUA 3P7IA 2HXWA 4JVCA 1MPDA 3ILTB 3QUFA 1NL5A 1P1QA 3C31A 4OA4A 2HPGA 2IA4A 1LAHE 2YLNA 1O64A 2HQ0A 4OTEA 2XD3A 4ECFA 3U92A 1LLSA 2QMWA 3C35A 3KN8A 1LB8A 4G8NA 2QRYA 4R2FA 1RDXA 4PFRA 3MPKA 4GX3A 4ZEFA 2LAOA 3DRFA 3FVKA 1FBPA 4F31B 3O97A 4KYDA 2X7PA 1US4A 4MIJA 4E0XA 3EQ1A 3U72A 2NWJA 3MQ9A 3T1BA 2KR0A 3PPRA 1D4NA 3Q26A 4X9TA 5H8FB 2F7BA 4FATA 2ONRA 3C36A 1OLAA 1PB8A 3VLWA 3SETA 3GBAA 4X48A 1DTZA 4OESA 4WXJA 2GHBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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