3ZS6A

The structural characterization of burkholderia pseudomallei oppa.
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
LADQQDLTRQVPAEVESLDPAHIESWTGNTIGLDLFEGLARIDASGAVVPGVAQAWEHKAPDTWIFKLRRDAKWSNGQPVTAADFVYAWQRLADPKTGSKYTILVEFVKNASAIIAGKQPPGDLGIRAIDPYTIEVKTEVPVSYFPELTAMAPLTPVNKDAVAKFGDAWTRPKNIVSNGPYTLVDWQPNNRIVMAKSDKYWNARNVVIRKVTYLPIENDETALRMYQAGQIDYTYSIPAGGFGQISKQFGKELRPGLQLATYYYYLKNSDPALKDKRVREALAMVLDREILTSKITQAGEVPMYGLMPKGVKGVQRPFTPDWASWPMARRVDYAKNLLKQAGHGDANPLTFTLTYNTNDLHKKVALFAASEWRTKLGVTAKLENVEFKVLMKQRHDGKVQIARDGWFADYNDAMTFFDLIRCGSSQNTVGYCNPKVDSLVAEANQKLDDGARAALLTQAHDLAMNDYPMVPLFQYSADRLVKSYVGGYTLTNYIDMRASQDMYLIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
publication title A Structure-Based Strategy for Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Oppa Antigen.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
molecule tags Peptide binding protein
total genus 177
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3zs6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zs6A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3zs6A02
4DXBA 1IXIA 2DSFA 3FV1A 4G68A 1P1QA 3MBPA 1Y9UA 4GLIA 4G4PA 3MZ1A 2DE4A 1LFHA 3DRKA 2P0SA 1AOVA 4M1VA 4QSEA 1JW1A 2F6PA 3K0VA 1OMPA 1EZPA 2XX9A 4NMYA 3JYRA 4F1YA 4YU0A 3CG3A 3TQWA 3FATA 3VDFA 1B4ZA 4R74A 1OIBA 3UGWA 3CHGA 2DWAA 1LAFE 4PQJA 4AB6A 5TU0A 4XKPA 2RCBA 4LUBA 1LLSA 4KI0E 3KSJA 5F1QA 1Y1MA 1P1OA 4HW8A 5IKBA 3M3LA 1MQJA 1D9VA 2HAUA 3PPNA 5EHSA 1QUIA 1F9BA 3OD7A 4HS7A 1N3WA 3HHGA 3VLWA 1CE2A 4RA1A 1ZLQA 2E0SA 4X1BA 1A55A 4BDQA 3QUJA 4RXLA 4U4XA 4ZZAA 3JV9A 2BJJX 1SQYA 1XS5A 1IXCA 4O3CA 1FTJA 1PB9A 1FTOA 3FVNA 2OCUA 3R7XA 3KSXA 4IGTA 1MY2A 1B46A 1QW0A 2ONRA 1MDQA 2Z8EA 3C9HA 4O3AA 5FHOA 5HM4B 1VFEA 1SVXB 4MLQA 2NUVA 4NE4A 3LSWA 3T9HB 5H8SA 3U92A 4UA8A 3T96B 1GTKA 2Y7PA 4XKRA 3VVEA 3L6HA 2A5TA 4EUOA 2QMXA 2B65A 1MY0A 2NXOA 4FECA 2ONKE 1QVSA 2XD3A 2DE3A 4LATA 4DIGA 2HEUA 2O1LA 1P99A 3S4UA 4QSDA 3G3KA 2F34A 3G3HA 3N6TA 4JWXA 3TMGA 4I62A 3FJ7A 1Y3NA 2XXTA 3Q28A 2Q88A 4H1XA 2F7AA 4H67A 1ZMGA 5LOMA 3S2VA 3AXFA 3K6WA 3HV1A 4F18A 1SYHA 3LSLA 5I57B 3W9WA 4ELOA 3U94A 3G3JA 2OWSA 5B7DA 1M5EA 3CRBA 4U22A 4WXJA 3EF7A 4OEUA 2H25A 3ONMA 3IX1A 3D4CA 1R9QA 4RK9A 3H6TA 4ZDMA 1R9LA 1FQFA 4KYEA 1UQWA 2I0BA 1LB9A 2F5XA 3VLVA 2FA7A 1FTMA 5I2NB 1TT1A 2V84A 3MP6A 2DVZA 2OJTA 3TCGA 3FVKA 2DWJA 2F8DA 3TTNA 4F3GA 2Z23A 4OWDA 3GXAA 4ELRA 5TP9A 5EYFA 4YMBA 3O97A 2Q9TA 4PETA 3W15C 1B51A 2I3VA 3GBAA 5TPAB 3LVUA 1USYE 3H06B 1NNFA 4QFPA 1H44A 3TDJA 2PMSA 4G8MA 3H7MA 3K01A 2PVUA 1D9YA 1PBQA 1CB6A 3TTKA 1MY1A 3MVXA 2Z22A 4WEPA 2R9JA 4H65A 2W7YA 3GZGA 3V8XB 3THIA 1OLCA 1I6BA 1B3HA 5AA1A 3RN8A 3IJXB 3KJ7A 1IZ1A 4YB7A 3MAMA 1N7WA 4F39A 5I56B 1FQDA 1LFIA 2QMWA 3TPAA 3DM0A 1B5IA 5M2VA 1B4HA 4OENA 2HCAA 2DXRA 1USYH 1WODA 3GLBA 1MXZA 2H5YA 1XT8A 1B7ZA 3BFUA 3DELB 4PFYA 3FTOA 3P7IA 3C34A 4NF6B 5KCJB 4GXSB 1POY1 1RYOA 3CSGA 5H8NA 1B40A 2PX1A 3QSLA 3EN3A 3ILUB 3A09A 2ALUA 4ZEKA 3H6UA 3OSRA 4IGRA 1DTZA 4RNSA 3MP1A 4R6HA 3DP4A 4G77A 2HZLA 3HO7A 4NF6A 4OMBA 5DVIA 3MQ9A 1QJMA 4F19A 1N84A 4DLDA 3MPLA 1LAXA 1S50A 3HCQA 3K02A 4R6KA 3SDFA 3R26A 3OENA 4NWDA 1UIVA 3TKDA 4EQ9A 3VE1B 4F31B 1Y3QA 3I3VA 3RPWA 3H4ZA 2ONSA 2ZYNA 3Q25A 1H76A 4JBZA 2X26A 2UVIA 3CFXA 2I49A 2X7PA 1L5TA 1OQGA 3OMBA 4IO3A 1UIUA 1MPBA 2O6AA 2VD2A 1NNKA 1QKAA 5H8QB 4YKKA 1ZIUA 4KQPA 4MH5A 3BKIB 3U8QA 2UXAA 2R6GE 5AA2A 1B52A 4F3PA 4FEDA 4DE8A 4XIGQ 2B3BA 3PV0E 1POTA 2GHBA 3TAJA 2VHAA 5H8QA 4DDDA 3FXUA 1M5DA 2XXUA 5BUUA 3HSTA 3ZKLA 4PFUA 2Z8FA 1MQDA 1B7HA 2QS4A 4H5FA 4R75A 2DWHA 5CRYA 4TOZA 1DSNA 4GFRA 4O3BA 1MXUA 3U72A 4LZ8A 1B5JA 3FVOA 5CMMA 3OEMA 4LZ5A 2D3IA 1B2HA 3L6GA 2UVHA 2RKMA 3LBSA 3KOTA 4FORA 3TODA 3SETA 4BLAA 2OZZA 2I58A 3UN6A 4RYAA 3E4RA 3O6GA 1Y4TA 3WAFA 1JW5A 4N13A 1OQHA 2HQ0A 1LAGE 4LVQA 2PYYA 1II5A 1MDP1 4L17A 5H8HB 5AA2D 1D4NA 3FASA 3M8UA 4DZ1A 1M5BA 4NF4B 5CC2A 5EHMA 2F7CA 3SEXA 4LZ7A 4RJZA 5FTIA 1Z7ME 4ZE8A 4EQBA 2PBWA 1XVXA 2OLBA 5KDTB 4LQ5A 4Q5TA 1TFAA 4H0WA 4NF8B 2F97A 2KLFA 4NF4A 1DPPA 4IY5A 5A5XB 1Y20A 3G3GA 1PEBA 3C35A 4HCWA 5DVJA 2F7BA 1UTBA 2UVJA 3T9XB 5I58A 1XHYA 1B3LA 5JTYB 4ELPA 1MS7A 5CI5A 4P0GA 4QFLA 4MFIA 4JXIA 3VVDA 1P1NA 3UK4A 4PE5B 3PD9A 4X9TA 4FATA 1LAHE 2ESNA 1M5FA 3T9VA 2QJEA 2VP1A 4POXA 5ICTA 4NEDA 1WVJA 3V89B 3BFTA 3F11A 2YJPA 3B7DA 3KFMA 4P0IA 3TCHA 4YZZA 3PAMA 3LUYA 4LONB 2CZLA 3KG2A 5DEXB 3JZJA 4G8HA 1NL5A 2ZMBA 3MJNA 5ISUA 4ZEBA 3RYBA 2RC9A 1B1XA 3C4MA 4IO6A 3C31A 3DRGA 1FTLA 4XTCQ 3G3FA 3E13X 3LC8A 5HPQA 3TYHA 4OZ9A 5DEXA 4ISUA 3QAXA 4RK2A 1H3DA 2GRVA 2V93A 3O6HA 3IOVA 2WOKA 5JEIA 2XXIA 1MY3A 3K1PA 2ZYOA 4G2ZA 4GL8A 1GGGA 2HXWA 3MVWA 4F29A 2G93A 1R6ZA 4F2OA 4KHZE 1XOCA 3IB0A 3N6UA 5J1DA 3CI8A 4OYVA 1EZ9A 1FW0A 2YLNA 2I3WA 3VXCA 3E9XA 1IEJA 4C0RA 1P1UA 4H8JA 4ONYA 2DYXA 4EF1A 3DLNA 3O29A 3CG1A 5I2KB 1SYIA 4AB5A 2XX8A 4R72A 1MH4A 5CM6A 2PT2A 4DCXA 3H03A 1IXHA 3O9PA 3C36A 4F3SA 2V3UA 3PUXE 4OQOA 3BBRA 3VLUA 1FCKA 3TTLA 2ZYKA 2QPQA 2I48A 1LCFA 4U21A 1MM6A 1LCTA 3PUZE 2X7QA 2O84X 5L9OA 2Y84A 3FIRA 4HCYA 1N0TA 4F22A 5I57A 2WKYA 3SEYA 2ZNTA 4KPTA 3PUVE 3U93A 1A8FA 1TWYA 3OO7A 3CSBA 4GD5A 4TLMB 5FTHA 2QS2A 3OO6A 5KZTA 3QK6A 1SDXA 2XXPA 1SI0A 3HPIA 2RC7A 1B32A 3KJTA 4YKJA 3W9VA 3LSFB 5FHNA 3KZGA 1MG1A 3EPEA 5I2NA 1ATGA 1N76A 4ZEFA 3O6IA 2O7UA 2THIA 3IJOB 2QRYA 4XXUA 2IEEA 3K6UA 1GVCA 2HAVA 2WOPA 4NF5B 3TUSA 2Q2CA 5TPAA 1N7XA 4OTEA 2XXHA 2VGQA 1US4A 1A8EA 3TFLA 3DRIA 3O6PA 3K00A 1O64A 3TZAA 3ILTB 2DXYA 3IAZA 2HFBA 4E0WA 1SD3A 4WKMA 1NH7A 2HZKA 1S7YA 3UA8A 1DMBA 1LSTA 4YICA 2RF1A 4IO4A 4OXVA 3QYTA 3B6WA 1I6AA 4TLLB 3FD3A 3IO4A 3D4GA 2M8CA 4FE8A 5I56A 4R6YA 4C1TA 1EU8A 4ESWA 3N5LA 4KR5A 1VFDA 2XXWA 3DP6A 2I4CA 1BP5A 1A99A 3PPQA 5K2XA 1URDA 1FQEA 1B3FA 4XKNA 4MLVA 1PDAA 3SEUA 3TCFA 3LSXA 3EHUA 1B5HA 5KCJA 1NH8A 2D5WA 4H6DA 1A54A 2B3FA 2NWJA 2LAOA 1ANFA 1YCJA 1M5CA 4ZEIA 1I69A 2QS1A 2Y7KA 4IO2A 1MXXA 3H3GA 4RY1A 1OVTA 3UIFA 5I59B 3RTWB 1T0KA 1AIVA 2DQVA 4HTGA 4ELQA 3IB2A 3PMXA 4KCDA 5DT6A 1JQFA 3DRHA 1ZJLA 5L9SA 4Z7EA 3MP8A 3RTFB 1MRPA 3Q27A 4I9DA 3VVFA 1B05A 3QUFA 3V5AA 5I59A 2DWIA 2QL3A 1LBCA 4IB2A 1QULA 3RUMA 1YTVA 3A3UA 4GQOA 2UYFA 1R1NA 3B6QA 4ZE9A 5I84A 1LBBA 3OXNA 3ECRA 3PMWA 4GVOA 4JSDA 3OO8A 3MUQA 4YKPA 4U2RA 5ITOA 3A3CA 2OWTA 3K1NA 3DP8A 5AA3A 2XXVA 4DXCA 2H9BA 3ODBA 4QRZA 3Q29A 4G68C 3O28A 4ZEDA 4N6PA 4WEDA 3MVYA 3TELA 2F78A 3CR9A 1MQHA 4GL0A 1SW4A 3CFZA 3RY3A 4Q8RA 4IO7A 1Z7NE 3KOSA 4X1DA 4QHQA 2Y7RA 2O7IA 1B0HA 3PGFA 3RYAA 5CMBA 4OFOA 2QS3A 5ICQA 1JEVA 4THIA 3LR1A 1LGBC 4F1UA 3FUZA 3K2DA 4YMAA 2H4IA 3G3IA 4YB5A 1B1HA 1QUKA 3T66A 4EF2A 4F2QA 4U23A 4ECFA 2NVUB 1GV8A 4JSOA 2DE2A 5DVFA 4RPNA 5F7VA 4R73A 1IITA 4Q30B 2OK2A 2P1SA 5BWJA 5H8HA 3FJGA 3PUYE 4G68B 3G7WA 2UYEA 3S9MC 3OO9A 3DRFA 4OFJA 1NKXA 5CBRA 3KN8A 1NNPA 2XHDA 3IK6B 2UVGA 4TQUQ 2ANJA 4OERA 1Y1ZA 4YKIA 5KDTA 3H6WA 1MQIA 4DCYA 1MH3A 4ND9A 1MM7A 4NF8A 5AA4B 2OBGA 4ZS9A 5A5XA 3IOUA 3IL1B 3SESA 4PFWA 4K3FA 1QUJA 1HSEA 2I4BA 4GIZA 3M3KA 4P11A 2D21A 1JEUA 1XC1A 3T93B 5JTYA 3FV2A 3OSQA 1IUDA 2DOJA 3EHSA 5AA4A 2DVCA 2Z8DA 1PB8A 4KYSA 1N3XA 2AIXA 3I6VA 3FXRA 3K1MA 4U1OA 3CIJA 4JWYA 2Q2AA 4GWOA 3HN0A 3ZSFA 4G8NA 5CMCA 2B4LA 3FGSA 1VE4A 2AL4A 3GBBA 2F6GA 1MXVA 2R71A 3USDA 1TXFA 4ZECA 4PFTA 1PC3A 4R2BA 4BDMA 3VXBA 4OHNA 1ELJA 3FXQA 4BDLA 2QSXA 2FNCA 2GFEA 3RT8A 4LP2B 3PPRA 3HHFA 2ZYMA 3IR1A 1Q1KA 1JVXA 3KN3A 4QFNA 3OELA 2GH9A 4OETA 2XXRA 3MPKA 2FYIA 1SW5A 2A5TB 4KFQA 2O68A 4M4GA 3RT6B 4NTLA 1FQCA 3N94A 3T22A 3S9EA 2F35A 1GR2A 5IAIA 3FZVA 3IB1A 2RINA 4OEVA 4RPOA 3DRJA 3EQ1A 4FIMA 4H8IA 3PD8A 3MZ9A 2ABHA 5CMKA 5K2YA 2RC8A 1DTGA 3UP9A 3KEIA 4QFKA 1MXWA 5H8FB 2O69A 1N04A 5I2KA 3C32A 1WDNA 1URGA 1MQGA 5ITPA 2XXYA 4EXLA 4EQ7A 4EDPA 1IIWA 1RKMA 1RYXA 5H8FA 1MXYA 4GXAA 4LA9A 3MZBA 5TP9B 4EXKA 3RQTA 1HSLA 1Y4CA 1IXGA 4MBPA 3E3KA 2ZNSA 4KD5A 4XKQA 2O51A 3OEKA 1AL3A 4KCCA 4BDNA 1P1WA 1PB7A 2V25A 1UTHB 1B6HA 5JK4A 2NOOA 1BTJA 4JB7A 1S9TA 3S9NC 2PT1A 5ELVA 2REGA 1YPNA 2WOLA 3VV5A 1FQAA 1B0LA 1SW1A 2H99A 1SBPA 2P2AA 4JWOA 4BDRA 4KYDA 1UTHA 1AH5A 4F3BA 1H45A 4U1ZA 2Q8JA 4NF5A 3T9UA 1B58A 1NFTA 4H5GA 3PPOA 3U1OA 1KWHA 4R2FA 4BDOA 2XX7A 1AMFA 1EH3A 4IO5A 3B6TA 3PU5A 1FTKA 1B3GA 5H8NB 2Q89A 5HBCA 4YAHX 3RLFE 3TEPA 1O63A 2E1SA 3CFLA 3ZKKA 1A7LA 4Q0CA 3PUWE 3TQLA 3SEVA 1D3KA 2I0CA 5CBSA 4AQ4A 1PBPA 3O66A 5L9MA 3IOTA 4FEBA 3FJMA 3M3FA 3K4UA 1ZBMA 3RNNA 3N26A 4FJPA 1B9JA 2IA4A 2O1MA 1DOTA 4N07A 3PPPA 4JDFA 3K6VA 3PMVA 3OOAA 3Q26A 1BIYA 5DTBA 3SKPA 3QXMA 2DS9A 4LQ2A 1J1NA 1IQ7A 3KBRA 3S9LC 1OVBA 1NMUA 4QF9A 1SW2A 4NWCA 1MPCA 5L8DA 1ZTYA 1EZOA 4C1UA 1OLAA 2REJA 2VOZA 1FQBA 4DXUA 1SI1A 4E0XA 1VSOA 5AA2B 1JW4A 2F36A 3VFJA 3MW0A 1URSA 3FVGA 2AL5A 4UACA 2GHAA 4GRKA 3RGYA 4QFOA 2Y7IA 2V3TA 1I6QA 3IO6A 1HSJA 3R6UA 4GOTA 3K6XA 4I1DA 3MVZA 1JNFA 5B70A 2XD2A 1US5A 3SERA 3O2AA 1LFGA 1QKBA 1BLFA 2YPNA 1DPEA 3H6VA 3SEWA 4OFLA 1TFDA 1ZU0A 1H43A 1LB8A 3MC2A 2DP8A 1O7TA 1YAEA 1XVYA 2V3QA 1B3EA 4OESA 4PP0A 4ZZEA 2A5SA 3IORA 4I8CA 3QIMA 3V83A 1MY4A 2XXXA 4MF3A 1Q35A 2B4MA 1MPDA 4YB6A 4X48A 4F1VA 1Y3PA 2I6EA 1VR5A 5FHMA 5DYHA 2ZXTA 4POWA 4OVJA 3EHTA 3IOWA 3TTRA 4Z0IA 4R9FA 1NNTA 1B7UA 1JVYA 2XXQA 4QSCA 1BKAA 4FAJA 2AYSA 3MWBA 4R9GA 3UORA 2VD3A 2Y7WA 3CVGA 2H98A 3ZS6A 3TTMA 3I5OA 4ESXA 1A40A 1UTBB 3KN7A 3WAEA 4IY6A 3KGCA 2CMOA 2G29A 2RCAA 5I58B 4GF8A 3C33A 2ZNUA 5AE4A 1ZKBA 1JETA 4U4SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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