3ZS6A

The structural characterization of burkholderia pseudomallei oppa.
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
LADQQDLTRQVPAEVESLDPAHIESWTGNTIGLDLFEGLARIDASGAVVPGVAQAWEHKAPDTWIFKLRRDAKWSNGQPVTAADFVYAWQRLADPKTGSKYTILVEFVKNASAIIAGKQPPGDLGIRAIDPYTIEVKTEVPVSYFPELTAMAPLTPVNKDAVAKFGDAWTRPKNIVSNGPYTLVDWQPNNRIVMAKSDKYWNARNVVIRKVTYLPIENDETALRMYQAGQIDYTYSIPAGGFGQISKQFGKELRPGLQLATYYYYLKNSDPALKDKRVREALAMVLDREILTSKITQAGEVPMYGLMPKGVKGVQRPFTPDWASWPMARRVDYAKNLLKQAGHGDANPLTFTLTYNTNDLHKKVALFAASEWRTKLGVTAKLENVEFKVLMKQRHDGKVQIARDGWFADYNDAMTFFDLIRCGSSQNTVGYCNPKVDSLVAEANQKLDDGARAALLTQAHDLAMNDYPMVPLFQYSADRLVKSYVGGYTLTNYIDMRASQDMYLIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Structure-Based Strategy for Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Oppa Antigen.
pubmed doi rcsb
source organism Burkholderia pseudomallei
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
total genus 177
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3zs6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zs6A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3zs6A02
1B4HA 5ICQA 4DZ1A 3TTLA 1MPDA 4JWOA 2E0SA 3RYBA 2XXWA 4RPOA 4TLMB 3TZAA 3T9XB 3Q26A 3K01A 2B3BA 1B6HA 2XX9A 2ONRA 3N26A 2CZLA 3N94A 1ZIUA 4IB2A 4IGRA 2QJEA 4R9FA 1TT1A 5CC2A 2Q9TA 2VHAA 4XTCQ 2XXRA 3CHGA 1Y4CA 1USYH 2DXRA 1NNKA 2OWSA 2RCBA 3PV0E 5FTIA 3TTNA 1MQDA 3N6UA 1BP5A 3JV9A 1NH8A 3DRKA 2V25A 1IITA 1US5A 2OK2A 2AL5A 1N7XA 1P1UA 2Y7IA 1LFIA 1MG1A 2UVJA 3K6WA 4HCWA 4U4XA 1MXVA 2XXPA 3IK6B 4BDRA 2PYYA 1HSJA 2XXUA 1MXWA 2G29A 3FXUA 4H5FA 4ONYA 4EUOA 2ONSA 3TCGA 1ZJLA 5JK4A 2YLNA 1QVSA 1LFHA 2VD2A 5I58A 4JSDA 3I6VA 1II5A 1B1XA 3IX1A 1MXUA 2XD2A 3FZVA 3ECRA 5H8FA 2XXIA 4F1VA 1B1HA 4QFOA 3HO7A 2RC8A 2RINA 1A55A 4I8CA 1POY1 1QJMA 1URGA 3DLNA 4U4SA 3ILUB 4DLDA 1MXXA 4E0XA 4F3SA 1P1QA 2RCAA 3IJOB 3V83A 4NEDA 4WEPA 3TTKA 1RKMA 4JBZA 4IGTA 4NWDA 3TTRA 5J1DA 5H8QA 1AL3A 1D9YA 2ZNUA 4X1DA 3CFXA 4LQ2A 3FVKA 3PPPA 4FAJA 2A5SA 2A5TA 2D21A 3BFUA 3IJXB 5AA3A 5CM6A 4KR5A 4PFWA 4KYDA 3MVZA 1MDP1 3DP8A 4H0WA 1MS7A 1LB8A 4H8JA 1JQFA 1MQIA 1QULA 5I56A 4R2BA 3U94A 4R2FA 5ICTA 4FATA 2YJPA 3FIRA 3MZ1A 3OEKA 1ZTYA 4LATA 1MY2A 3TDJA 4GF8A 2XXXA 1PDAA 2ONKE 2Q88A 3O2AA 4FEDA 4N6PA 5H8QB 3SETA 3VVDA 2THIA 3QSLA 2DWAA 2H9BA 3ONMA 1ZMGA 2ZYKA 3LC8A 4JXIA 4BDLA 3A3CA 1Y1MA 2V3TA 4QFLA 2DVCA 4KPTA 1NNTA 3OEMA 1SYHA 5AA2B 1TFDA 3SEWA 3PU5A 3VVEA 1UTBA 3TMGA 1H43A 2CMOA 1NH7A 5H8FB 2O51A 4GFRA 4QFKA 5EYFA 3TODA 5FTHA 4XKPA 5CMBA 2O1LA 3M8UA 1QW0A 3MUQA 4FE8A 3GBAA 2X26A 3S4UA 3UP9A 3TPAA 4BDNA 1MXYA 4XKRA 2XXQA 3U1OA 3BKIB 4IO4A 4RA1A 3MZ9A 3KG2A 1YTVA 5JTYB 4ELOA 2HCAA 3I5OA 4DCXA 2I0BA 2KLFA 2QRYA 4GIZA 1MH3A 1A7LA 1ZBMA 2DQVA 3E9XA 4OHNA 2H25A 4EQBA 4EDPA 4M4GA 2X7PA 4MF3A 5CMMA 3TTMA 3PUWE 2QPQA 3VVFA 4IO6A 5KCJB 4R73A 2RC7A 4EQ9A 3TCHA 4WKMA 4YZZA 3CSBA 3SEXA 3OO8A 3UK4A 4G8NA 4F18A 4WXJA 1POTA 1IQ7A 3S2VA 1FTKA 1D4NA 4KCDA 2QS3A 5FHOA 3IO6A 3PUVE 4F3GA 1MPCA 5H8HA 5DT6A 1LB9A 3L6GA 4RY1A 2F7CA 4GD5A 5AA2A 4OXVA 3G7WA 1XHYA 2RC9A 1A40A 4GLIA 5L8DA 1SVXB 4H67A 4QHQA 5B7DA 3V89B 1S50A 3OENA 3OOAA 3OO7A 2F35A 4GL0A 2DS9A 3KEIA 1Q35A 5CMKA 1Z7NE 1R1NA 4KQPA 1R9QA 4KHZE 3PPNA 2O68A 4JDFA 3H6TA 3PPQA 2XX8A 3O6HA 4MLQA 1FQCA 2AL4A 4RYAA 3VFJA 3T22A 4I9DA 4OEUA 4EF2A 4QSEA 1LAXA 2VGQA 4F1YA 3FVNA 5ITOA 4ZZAA 4LZ8A 1B3FA 1XT8A 5IAIA 2Z22A 5I59A 3O66A 4NWCA 4F2QA 2O6AA 3H6VA 3E4RA 3MAMA 2UVHA 4EF1A 2ZYNA 3UA8A 4F31B 1DTZA 4OYVA 2Y84A 2AYSA 1VFEA 2ZYOA 3FV1A 3M3LA 1IZ1A 1Y9UA 3R6UA 1N04A 1NL5A 1OQHA 3FJMA 1N3WA 4OMBA 3KN7A 1H44A 4ZDMA 2Q8JA 3K6UA 2X7QA 2F8DA 3PMWA 3N6TA 1CE2A 1XVXA 2I6EA 2PVUA 1ELJA 3PPRA 1MRPA 1IXCA 4O3CA 4BDOA 1IXIA 2IEEA 3FGSA 4ELPA 3U92A 4RJZA 4YU0A 4NF5B 4H6DA 3K00A 4ESXA 2WOLA 3FVOA 3HSTA 4TLLB 3TELA 1HSLA 2H98A 3LSFB 5I58B 4XXUA 4GQOA 1N84A 3K2DA 4O3BA 3T9UA 4THIA 4F19A 5EHMA 2NUVA 2VD3A 2XHDA 3UIFA 2D3IA 2H4IA 2B4LA 4Z0IA 5L9OA 4YKKA 2F7BA 4FORA 3LUYA 4Q5TA 2OJTA 1JVXA 4MH5A 3SDFA 5DTBA 1MQGA 2UVGA 5ELVA 3T9HB 4R6YA 3PMVA 5HPQA 5I57A 2P1SA 5IKBA 3A09A 1ZKBA 1Y1ZA 3S9EA 3QIMA 4YB5A 3K0VA 2B4MA 3IR1A 3KOTA 4UACA 1B3LA 3UORA 1MM6A 1SDXA 4JWYA 2AIXA 2RF1A 4YB7A 4GRKA 4RXLA 3LVUA 1B58A 1OVTA 1WDNA 4R74A 1B0LA 1F9BA 3V5AA 5I57B 2FNCA 1FQDA 1SBPA 2I3VA 1PB8A 4DCYA 1LSTA 4F39A 3MZBA 4X1BA 2RKMA 3IOWA 1N7WA 2I58A 1URSA 3C35A 3H03A 4FEBA 4UA8A 3TFLA 2P2AA 2F78A 1Z7ME 1GTKA 2ZXTA 1Y4TA 3R26A 1FTLA 4LA9A 3KZGA 4MFIA 4YKIA 2F34A 2HZKA 3C33A 1UTHA 4RPNA 2V3UA 1MM7A 2F5XA 1OLCA 3RYAA 1DTGA 2H5YA 1SW2A 4ISUA 1NKXA 3CG3A 1Y20A 2NWJA 3GBBA 2NVUB 4Q8RA 4IO3A 4KYSA 4MBPA 3KN8A 2F36A 1JEUA 3ZSFA 4AB5A 3ZS6A 1YPNA 4BDQA 3O97A 4KYEA 3D4GA 3E13X 3H3GA 1B3HA 3C9HA 3PUXE 1WODA 3G3IA 2E1SA 1TWYA 3PPOA 4OERA 4RK9A 4F22A 5B70A 3MW0A 4WEDA 2NOOA 1IXHA 3DRJA 3U93A 4PFYA 3EF7A 5FHNA 5KZTA 5JTYA 4M1VA 4I62A 2XXVA 3FV2A 1GR2A 3EHSA 4NF6A 3JYRA 1XOCA 2DYXA 3RY3A 3IOTA 4YMAA 3FJ7A 1FQFA 3OSRA 5AA1A 1EH3A 1FTMA 1H76A 3FUZA 3QUJA 1PC3A 2ANJA 1J1NA 1DOTA 1XS5A 3UGWA 4GL8A 4LONB 4NTLA 2D5WA 4YICA 4QFPA 5CBRA 3U72A 5LOMA 2REGA 3G3HA 3QYTA 1A8FA 3IB1A 3LBSA 4R72A 4X48A 1L5TA 4PQJA 5KDTB 1PBPA 1MDQA 2G93A 3N5LA 3BBRA 3AXFA 4GWOA 4NF4B 4U22A 1M5FA 1SQYA 2V3QA 1MQJA 2REJA 3WAEA 1AIVA 5DVJA 1NNFA 4H1XA 5DYHA 4ZEFA 2UYFA 1ZLQA 1D9VA 1PB9A 1AOVA 2I3WA 1BTJA 3OD7A 3OELA 1BKAA 5CI5A 2O84X 3RGYA 3MVYA 4OFJA 4OZ9A 1KWHA 1ANFA 4E0WA 1EU8A 1B5HA 1FTJA 3M3KA 1OIBA 1B2HA 2ZNSA 5L9MA 3SEVA 1IUDA 3K1NA 2QMWA 2DWJA 3IAZA 2HEUA 1B5IA 1OLAA 3IL1B 1O63A 5KCJA 3RT8A 5FHMA 1A8EA 4Z7EA 2DE3A 4HS7A 2O7UA 1IXGA 4OESA 3CFLA 4DE8A 4DXUA 3CG1A 3TKDA 2I49A 3T66A 1SI1A 2V93A 4IO5A 4LVQA 4Q0CA 5H8NA 1EZPA 1B7ZA 3W9WA 1VR5A 1SD3A 4OFOA 2I4BA 1I6QA 4JB7A 3OO6A 1EZ9A 4L17A 4LQ5A 4YKJA 3O6IA 4G2ZA 4YKPA 4ZS9A 3RUMA 4N13A 3FJGA 1I6AA 2DWIA 1B3GA 1QKAA 4U2RA 3FD3A 1AH5A 3JZJA 3HN0A 4G4PA 2O7IA 4NF5A 3O6PA 3MP1A 1NNPA 1UTHB 1B32A 1JVYA 1TXFA 5AA4B 1B7HA 4KI0E 1UQWA 1LAHE 1MY0A 2DVZA 3SEUA 3TYHA 3TEPA 4N07A 2OCUA 3Q25A 3WAFA 2UXAA 3KSXA 1B9JA 4JSOA 4AQ4A 3DP4A 1M5BA 5BWJA 1B51A 3VV5A 4HTGA 2O69A 4GXSB 2LAOA 1OVBA 3MBPA 3O9PA 4G77A 4I1DA 4KFQA 3KOSA 4H65A 3W15C 1P1OA 3T9VA 3CIJA 1NMUA 3EPEA 3H6WA 4IY5A 4MLVA 4P0GA 5DVIA 3CSGA 1JW4A 5HBCA 1BLFA 3ZKKA 4POXA 4F3BA 2BJJX 4RNSA 3B7DA 1BIYA 5K2XA 4KD5A 2R9JA 3V8XB 4PE5B 1UIVA 3SESA 2Y7KA 1R6ZA 3KN3A 1P1NA 4PFTA 1MY1A 2VOZA 3MVWA 4ESWA 4OENA 4F1UA 5H8SA 4OETA 3TCFA 2Z8DA 3DP6A 3IOUA 3MC2A 1LLSA 4FIMA 3SERA 4XKQA 1ATGA 2UVIA 3FATA 5DEXA 4C0RA 5L9SA 5HM4B 4QSCA 2HAUA 3TQLA 3RLFE 2R71A 2XXHA 4G8MA 2PT1A 2Q89A 2QMXA 1IEJA 1QUJA 3HHGA 3K4UA 1USYE 3LSLA 3RTWB 3CFZA 3SEYA 3GZGA 1URDA 3MP8A 3T93B 2OBGA 5DVFA 3RPWA 4IY6A 5EHSA 3HCQA 1QUKA 1PEBA 4R75A 3EHUA 2QS4A 3KGCA 3O6GA 1P99A 3PGFA 1O64A 3IB0A 4NF8A 1S7YA 3IORA 4U21A 3TAJA 4G8HA 3MP6A 2PMSA 2XX7A 2PT2A 3DM0A 3FASA 3B6QA 4ZE8A 1B7UA 1B46A 3K6VA 3O28A 1RYOA 4R6KA 4R6HA 4YB6A 4R9GA 3K6XA 3Q28A 1H3DA 1OQGA 2QL3A 3EQ1A 2HZLA 4NMYA 3OO9A 3KSJA 5JEIA 2F97A 4P11A 3PUYE 2DE4A 1DMBA 3C34A 1DPPA 4OFLA 1LCTA 3H6UA 1H45A 1VSOA 5AE4A 2GH9A 4TOZA 4QRZA 2FA7A 3R7XA 3SKPA 2XXTA 1Y3PA 4HW8A 3I3VA 5DEXB 5ITPA 1CB6A 4G68A 4G68B 1M5DA 4U1OA 3PD8A 2Q2CA 5TU0A 5I2NB 2Z23A 3MPKA 3CRBA 3K1MA 4OWDA 4F3PA 1JW5A 2F7AA 1A99A 2Z8FA 3H7MA 1B40A 3MVXA 3MQ9A 1MH4A 1XC1A 3DRFA 2ZYMA 3CVGA 3HPIA 2HAVA 3K1PA 3OMBA 4GXAA 4LZ7A 5M2VA 2GRVA 1VE4A 4LZ5A 2I4CA 3GLBA 3G3GA 3G3FA 1B5JA 3KJ7A 3E3KA 1SI0A 2XD3A 5F7VA 4DDDA 1JETA 1YCJA 3FXRA 2Y7WA 4LP2B 5AA2D 1D3KA 2Q2AA 1FQAA 4ZE9A 1FQBA 4ND9A 5CRYA 4ELRA 1SW4A 4NF6B 3BFTA 4ZEBA 2A5TB 3EHTA 3THIA 4ECFA 5TP9B 3H4ZA 4XIGQ 4AB6A 5I2KA 4JWXA 1PB7A 3LSXA 2DXYA 2R6GE 4BLAA 2H99A 4KCCA 1B4ZA 4U1ZA 1RYXA 4OVJA 4ELQA 2NXOA 4P0IA 3B6TA 3LR1A 4K3FA 3ZKLA 3DRGA 1OMPA 2ALUA 3DRHA 3ODBA 3U8QA 5A5XB 3FXQA 4ZEIA 3GXAA 3G3KA 4DXCA 1JNFA 3FTOA 1SYIA 1Y3QA 3TQWA 4GVOA 2Y7RA 2F6GA 4RK2A 2F6PA 3DRIA 2WOPA 3HHFA 2XXYA 3HV1A 3O29A 3Q27A 1UTBB 5CMCA 1N0TA 1LBBA 1NFTA 3B6WA 1QUIA 1WVJA 5F1QA 2DSFA 5A5XA 1B3EA 1I6BA 1VFDA 3CI8A 4GOTA 4O3AA 2DE2A 4OTEA 4TQUQ 3VE1B 3QUFA 3OXNA 5K2YA 2Z8EA 5H8NB 1M5CA 3F11A 4OEVA 1US4A 4DXBA 2I48A 1S9TA 4ZZEA 2P0SA 5I2KB 5TP9A 2ESNA 4C1UA 4EXLA 1N3XA 5I59B 3VLVA 1Q1KA 3PAMA 1LAGE 3QK6A 3C31A 2ZMBA 1LCFA 5I56B 3RTFB 1O7TA 1IIWA 1LAFE 1MY3A 2FYIA 2HXWA 2Y7PA 2W7YA 4H5GA 3KFMA 4YAHX 3RT6B 5CBSA 1LFGA 1UIUA 3DELB 3MJNA 3MWBA 2QS2A 2B3FA 1LBCA 2ZNTA 3C32A 3K02A 2OLBA 3RQTA 4YMBA 1MPBA 3QAXA 2I0CA 2UYEA 2B65A 4F29A 2DP8A 4BDMA 4X9TA 5I2NA 1DSNA 3PUZE 3KBRA 4DIGA 4IO2A 4FJPA 2ABHA 3RNNA 1ZU0A 2WOKA 3OSQA 2V84A 4LUBA 4C1TA 4FECA 4EQ7A 5I84A 3TUSA 1HSEA 3C36A 5H8HB 3S9NC 1A54A 1TFAA 3M3FA 4QSDA 5AA4A 1JEVA 2HQ0A 2OZZA 3D4CA 1SW1A 1FW0A 3RN8A 3PMXA 1QKBA 3S9MC 1JW1A 1I69A 2IA4A 2YPNA 3LSWA 4ZEDA 1Y3NA 3Q29A 4IO7A 1MY4A 1XVYA 3G3JA 4POWA 2HFBA 4QF9A 4ZECA 4QFNA 1GVCA 3ILTB 3L6HA 1FCKA 1N76A 4EXKA 4ZEKA 3PD9A 4PETA 1EZOA 2VP1A 3QXMA 2M8CA 3FVGA 4Q30B 1LGBC 2O1MA 3UN6A 3VXBA 3MPLA 1YAEA 4NF8B 4NE4A 1FTOA 1T0KA 3T96B 2GHAA 3C4MA 1GGGA 3IO4A 4U23A 3IB2A 3VLUA 4PFUA 3VLWA 2QSXA 4PP0A 1MXZA 1SW5A 2GFEA 2OWTA 5ISUA 2PBWA 2WKYA 3IOVA 1AMFA 4HCYA 3A3UA 2QS1A 4XKNA 4OQOA 3P7IA 1R9LA 1PBQA 1B0HA 4G68C 5TPAA 4F2OA 1FQEA 1P1WA 1B52A 3EN3A 2DWHA 1M5EA 2DOJA 4NF4A 3VXCA 5KDTA 4H8IA 3S9LC 1DPEA 5TPAB 1MQHA 2GHBA 2PX1A 3H06B 3USDA 1GV8A 3W9VA 5BUUA 1B05A 3VDFA 3KJTA 3CR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B4HA 1NI9A 2E0SA 4RPOA 3TZAA 2XX9A 2ONRA 4IB2A 5CC2A 2VHAA 3CHGA 3PV0E 3TTNA 1BP5A 3DRKA 1IITA 2OK2A 3LUZA 1LFIA 2UVJA 4G61A 4XEQA 2XXPA 1RDXA 1HSJA 2G29A 4H5FA 4ONYA 2ONSA 5JK4A 2YLNA 3ECRA 4H46A 3HO7A 1FPBA 2RINA 4U4SA 3DLNA 1MXXA 2ZNUA 3CFXA 3FVKA 3PPPA 2D21A 3BFUA 5CM6A 5AA3A 1LB8A 1QULA 4R2BA 4R2FA 1KZ8A 1PDAA 2ONKE 5H8QB 2THIA 3ONMA 1ZMGA 3LC8A 4JXIA 4P47A 1NNTA 5AA2B 1UTBA 5H8FB 3TODA 4QFKA 4FE8A 1MXYA 3BKIB 2CEYA 5LTCA 2HCAA 4DCXA 3E9XA 4OHNA 4MIJA 3TTMA 5IM2A 4YZZA 4PBQA 3OO8A 3UK4A 1FPIA 1FSAA 4KCDA 3IO6A 2QFLA 5DT6A 4OANA 4MNPA 2RC9A 2PFZA 2F35A 1R1NA 3PPNA 3PPQA 2XX8A 3VFJA 3T22A 4EF2A 4F1YA 3FVNA 4ZZAA 4LZ8A 5IAIA 1XT8A 2Z22A 4NWCA 4F2QA 4EF1A 3H6VA 3E4RA 3MAMA 4P8BA 1DTZA 5ET6A 1FPDA 3R6UA 1Y9UA 3FJMA 2Q8JA 1EYIA 2R8TA 1CE2A 2PVUA 1ELJA 5IZZA 4ELPA 3U92A 3TELA 1N84A 4O3BA 4F19A 2XHDA 5L9OA 2F7BA 3SDFA 5DTBA 1MQGA 5ELVA 3PMVA 5HPQA 5I57A 5IKBA 1Y1ZA 3QIMA 2XA5A 2B4MA 3IR1A 3KOTA 3UORA 4YB7A 1Q9DA 1NV3A 2FNCA 1SBPA 1PB8A 4DCYA 1LSTA 4F39A 4X1BA 1N7WA 2P3NA 4FEBA 3H03A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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