3ZS6A

The structural characterization of burkholderia pseudomallei oppa.
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
506
structure length
506
Chain Sequence
b'LADQQDLTRQVPAEVESLDPAHIESWTGNTIGLDLFEGLARIDASGAVVPGVAQAWEHKAPDTWIFKLRRDAKWSNGQPVTAADFVYAWQRLADPKTGSKYTILVEFVKNASAIIAGKQPPGDLGIRAIDPYTIEVKTEVPVSYFPELTAMAPLTPVNKDAVAKFGDAWTRPKNIVSNGPYTLVDWQPNNRIVMAKSDKYWNARNVVIRKVTYLPIENDETALRMYQAGQIDYTYSIPAGGFGQISKQFGKELRPGLQLATYYYYLKNSDPALKDKRVREALAMVLDREILTSKITQAGEVPMYGLMPKGVKGVQRPFTPDWASWPMARRVDYAKNLLKQAGHGDANPLTFTLTYNTNDLHKKVALFAASEWRTKLGVTAKLENVEFKVLMKQRHDGKVQIARDGWFADYNDAMTFFDLIRCGSSQNTVGYCNPKVDSLVAEANQKLDDGARAALLTQAHDLAMNDYPMVPLFQYSADRLVKSYVGGYTLTNYIDMRASQDMYLIK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Structure-Based Strategy for Epitope Discovery in Burkholderia Pseudomallei Oppa Antigen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PERIPLASMIC OLIGOPEPTIDE-BINDING PROTEIN
source organism Burkholderia pseudomallei
molecule tags Peptide binding protein
total genus 177
structure length 506
sequence length 506
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3zs6A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zs6A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3zs6A02
4C1UA 5ITOA 3K2DA 3RQTA 2I58A 2O1LA 4R2BA 1OIBA 4I9DA 3EQ1A 2RC8A 2M8CA 5DVFA 3IB0A 4POXA 3FXRA 4NF6A 1YCJA 3MPKA 5ICQA 2XXVA 3C34A 5FHNA 2RCBA 2DWIA 1DSNA 3RPWA 2F7BA 1Q35A 1SW5A 1XT8A 3G3GA 1Y1ZA 3PD8A 3QYTA 4WEDA 4H1XA 1O64A 2NXOA 1QVSA 4H6DA 1MS7A 4P11A 4DXUA 3W15C 1O7TA 3U92A 3EHTA 1QJMA 1PB7A 2ALUA 2RC9A 3SEYA 4ZZAA 1R9LA 3T96B 4F19A 1AH5A 2ZNTA 4H5GA 1OQGA 3HV1A 3N26A 3KN3A 4JDFA 2OCUA 5CI5A 3T9UA 2OLBA 5I2NA 1B5IA 2UVHA 1FTKA 2QS1A 4GD5A 1B6HA 2OJTA 4JB7A 1Y3QA 4IY6A 1BTJA 5FTIA 3ZSFA 1T0KA 3VVDA 4KI0E 1RYXA 2ZYOA 4EQ9A 3ZS6A 3AXFA 2O7UA 3MP6A 3TQWA 4JXIA 1A7LA 4JWYA 3PAMA 4YB7A 4G2ZA 1ZLQA 3U94A 2G93A 2H5YA 3KGCA 4RA1A 1NMUA 4LATA 4MLVA 4KYSA 2IEEA 5KCJA 2HXWA 3QAXA 4AB6A 2FYIA 1MH4A 2VD2A 4QFLA 1XOCA 3OO6A 1D3KA 2XXQA 2D21A 2UXAA 1EZ9A 1OLCA 2XXRA 4PFUA 5I56A 4U4SA 4Z0IA 3B6QA 5KCJB 2UYFA 2XXPA 1MY1A 4BDOA 2DE4A 2NWJA 1UTHB 2ANJA 3MP1A 4XKPA 3GBAA 5F7VA 3Q25A 3VVFA 3R6UA 4FAJA 1MY3A 4EDPA 1YPNA 1ZTYA 2HZKA 4ZEFA 2Y7RA 1QW0A 1FQEA 3TCHA 4MH5A 5H8HA 4P0GA 1LAFE 3KG2A 1MXWA 1SW2A 1B0HA 4ND9A 2A5TA 2F35A 1JQFA 2B4MA 1CB6A 2RINA 1YTVA 5I84A 2W7YA 3K02A 3Q28A 4NWDA 4F29A 1XS5A 4GRKA 3K4UA 3EF7A 3DLNA 4RJZA 2A5TB 3Q27A 3OO7A 3UP9A 5IKBA 1TT1A 4N6PA 4YMAA 1IIWA 3VXBA 1ZBMA 1XVXA 3VV5A 3D4CA 3RT6B 1S9TA 3TEPA 2BJJX 2NVUB 1GTKA 3C4MA 4DIGA 3W9VA 1AOVA 4HCYA 1GR2A 2QS4A 2F5XA 4F1UA 1SDXA 4ESWA 5HM4B 3PMWA 3FVKA 1DPPA 3FUZA 2VOZA 2OWSA 1US4A 3CFZA 4H8IA 3DRFA 2UVGA 4RXLA 1VSOA 2OK2A 4F1YA 1D4NA 5F1QA 1P1NA 3MBPA 2I48A 1MPCA 2PT1A 1NNPA 3WAFA 4F3GA 3IX1A 1IXHA 1IXIA 2NOOA 1IITA 3IB1A 4JWOA 1H3DA 4RK9A 3RGYA 2QS2A 4WKMA 4QFPA 2B3BA 4KYDA 1AIVA 2XXWA 1FQCA 3TTMA 3DRGA 2XXYA 4IGTA 3O6IA 4Q8RA 3FVGA 4DZ1A 3FATA 2UVJA 3H7MA 2ZNSA 4U21A 4X48A 3VFJA 4FEDA 4OERA 3T9XB 4OWDA 2YJPA 1N84A 5HPQA 2V3TA 3FXUA 4FORA 1B5HA 1LFIA 2RCAA 1TWYA 3HO7A 4ELOA 4HTGA 1MQIA 3EHSA 3VXCA 2DWJA 1JW1A 3O97A 4THIA 3QSLA 5L9OA 3KZGA 2HEUA 5AA2B 1M5CA 3O29A 1KWHA 1NNKA 1B7UA 3LUYA 3VVEA 2AIXA 4LUBA 2E1SA 3A09A 3IOWA 4X1BA 1FQDA 3S9EA 2CZLA 2A5SA 3ECRA 3H4ZA 1OQHA 4OFOA 4ZS9A 4YKJA 3VE1B 3C35A 4OYVA 3TTKA 2VGQA 5KDTB 4FEBA 3V89B 3K1PA 4YAHX 4LZ8A 1PC3A 1LB9A 1HSJA 5EYFA 4ECFA 1MY4A 4ZEIA 3ONMA 4N07A 1D9VA 4X9TA 1GVCA 2DXRA 1MH3A 2XXXA 3QUJA 3QXMA 2B65A 4GLIA 4IGRA 3I6VA 1MQDA 1P1OA 2XXHA 1B9JA 4GQOA 4RYAA 1TXFA 3TUSA 3MVZA 3MPLA 4QF9A 4ISUA 3OEKA 4F3PA 3W9WA 3FASA 5TU0A 3QK6A 4IO5A 3IOUA 1MPDA 4XKQA 1A40A 1B1HA 3CG1A 4YU0A 3B6WA 4IO7A 2O69A 4IO2A 1JETA 1AMFA 3GBBA 4YKIA 4LVQA 3TZAA 3TTNA 3VLWA 1A54A 1A55A 4XIGQ 3SDFA 4H0WA 2XD2A 2DE3A 2GFEA 2QPQA 4NF5B 4FATA 3S4UA 1MRPA 3K1MA 1NH8A 1RKMA 1GGGA 1SYIA 4KYEA 3THIA 1MPBA 4ONYA 4NMYA 5CMKA 4R74A 2H4IA 3OSQA 3DELB 2I49A 3O28A 1ZJLA 4IO4A 2F34A 3MZ1A 4DLDA 5I58A 3LVUA 4ELPA 4MLQA 5AA4A 3DP4A 3RN8A 2DQVA 1EH3A 1QUJA 1ZU0A 2QJEA 4EF1A 5DEXA 4G8MA 3DRKA 5CBRA 3CFLA 2DWAA 3RLFE 4H5FA 1UIVA 2WKYA 1POY1 3O66A 3ZKLA 1FQFA 3N6TA 4PQJA 3LSFB 4N13A 1XC1A 3HN0A 1MQGA 5I58B 1VFDA 2Z8FA 1M5BA 1FQAA 3PUXE 4NF6B 4U4XA 4Z7EA 3O9PA 3M8UA 3IB2A 3K00A 3H06B 5HBCA 3C33A 3MW0A 1VFEA 4ESXA 3G3FA 2ONKE 2LAOA 2O68A 3CR9A 3VDFA 5AE4A 3LSXA 4YICA 3KBRA 1B51A 2GRVA 4YB6A 2Q8JA 2F36A 5ITPA 3D4GA 3MVXA 3EN3A 5DT6A 2PT2A 2B4LA 3SEVA 1US5A 3FJMA 3MVWA 3TMGA 3V8XB 2ABHA 5J1DA 5I2NB 3FGSA 4LA9A 4ZZEA 2VP1A 3KJTA 5TPAA 3SETA 2P0SA 3U72A 2R71A 1SW1A 2X26A 4KR5A 4H8JA 1XHYA 1JVYA 4YZZA 1GV8A 3Q26A 3B6TA 3H03A 3C31A 3H6VA 5B70A 5CBSA 4YB5A 3G3JA 2I6EA 1R6ZA 2ZYNA 2QSXA 1MY2A 3CSBA 3HHFA 2QMXA 1Y3NA 3C9HA 4EXKA 2DSFA 2PX1A 3T93B 4EXLA 2HZLA 1MDQA 1ZIUA 1MY0A 4PFTA 5I56B 3M3LA 3DRJA 1MQHA 1SYHA 3K0VA 4TLMB 4ZDMA 1LFHA 3B7DA 5H8SA 3A3UA 1B3HA 3EPEA 2ONSA 3A3CA 1DPEA 2RC7A 1BP5A 2DVZA 1I69A 5H8HB 1RYOA 4ZEBA 4G68C 3FVOA 3H6UA 2IA4A 3OSRA 1ELJA 2F8DA 3G3IA 4KFQA 2Q89A 1B3LA 4R6KA 2QMWA 3T22A 4I1DA 1M5EA 3FIRA 1LBCA 4R73A 1II5A 5KZTA 1Y20A 3IK6B 3LR1A 4ZE9A 1LCTA 3CSGA 4IY5A 3TODA 5BUUA 5K2XA 1FCKA 3DM0A 4ZECA 1IXGA 1S50A 1A8EA 1N3WA 4WXJA 3IJOB 3GXAA 3RT8A 3H6TA 1R1NA 3LC8A 4GF8A 2AL5A 4EUOA 3K6VA 3KSXA 3LSWA 4G77A 1MXUA 3TELA 3CFXA 3MJNA 3KEIA 3PUWE 2P2AA 2Q2CA 1UIUA 1ZMGA 3CRBA 3TYHA 1H76A 1Y4CA 4KD5A 3OD7A 1B3EA 4R6YA 2O51A 2D3IA 3F11A 1Q1KA 3G3KA 3K6UA 3S9LC 4DCXA 5L8DA 3GLBA 1B2HA 2AYSA 3UA8A 2ZMBA 1P1QA 4C1TA 3SESA 3O6HA 3I5OA 4NF8A 1N04A 5DTBA 3PPRA 5K2YA 1A99A 1S7YA 1URGA 1SBPA 5ELVA 4RPOA 4X1DA 3K01A 1CE2A 4UACA 1UQWA 1P99A 4NF8B 5FHOA 4NTLA 5FHMA 3PMXA 1USYH 4LONB 2F97A 1PB9A 1JW4A 3USDA 1H43A 3OELA 3L6HA 1MG1A 4I62A 5H8QA 2CMOA 4NE4A 1NNTA 4M1VA 4RY1A 3U1OA 5CRYA 1FTJA 3CHGA 4GOTA 1B46A 1N3XA 1WDNA 1Y9UA 5TP9A 3OMBA 4QFNA 3S2VA 2UVIA 4F31B 5ISUA 2YPNA 2I0CA 2VD3A 5H8QB 2H25A 4NF4A 3SEUA 2V3QA 2Q88A 4R9FA 2I4CA 3CG3A 3TPAA 1EZOA 4DCYA 4EQ7A 2F6GA 4XKNA 3EHUA 4ZEKA 2RF1A 1FTMA 5A5XA 5TP9B 1J1NA 4NEDA 2G29A 4FJPA 4Q0CA 3RTFB 2I4BA 3KSJA 3ODBA 4NF4B 1ATGA 2FNCA 4E0XA 1QUIA 5EHMA 1OMPA 1EZPA 4TLLB 2Y7IA 3TQLA 1B4ZA 2QRYA 1I6AA 2RKMA 4TQUQ 4OFLA 4R72A 4F1VA 4R6HA 3QIMA 4OQOA 1LAXA 5H8FA 2REJA 1DOTA 4H65A 4OFJA 3T66A 3MWBA 3FTOA 4GWOA 4O3AA 4RK2A 1LB8A 1LCFA 3K1NA 1URSA 4FECA 4ZE8A 4IO3A 3IO4A 1URDA 3S9MC 1F9BA 3E4RA 5H8FB 1PBQA 3BBRA 3IL1B 3RUMA 3PMVA 1NL5A 4PP0A 1B32A 1USYE 5L9MA 3U8QA 4U1OA 2FA7A 4QSEA 3MP8A 2X7PA 3KJ7A 1HSLA 3U93A 4JBZA 4RPNA 1HSEA 4G68A 1ANFA 3O6GA 2PBWA 1LAGE 3TTRA 1N0TA 4KCCA 1B0LA 2V3UA 3FJGA 4LQ5A 1LGBC 3C32A 2ZYKA 2DYXA 1Y4TA 4E0WA 3OOAA 5CMMA 2DS9A 4XKRA 2XHDA 4OENA 4GXSB 2X7QA 5B7DA 2Q9TA 1JVXA 1POTA 3IORA 3PV0E 2D5WA 5DVJA 4LQ2A 1AL3A 3TKDA 3L6GA 2QL3A 4OHNA 3KN8A 2ESNA 4XXUA 1A8FA 1P1UA 3E3KA 1FTLA 2I3WA 4KHZE 3T9HB 1NFTA 1MXYA 5AA4B 1IQ7A 4GIZA 3IJXB 1IUDA 1YAEA 2XX8A 3KN7A 5DEXB 2HCAA 3JYRA 3BFTA 3VLVA 4QFOA 4BDRA 3ILUB 5M2VA 1MXVA 2E0SA 2UYEA 3FZVA 1MXXA 3WAEA 2Z23A 3H3GA 1LFGA 4K3FA 4ELRA 2ZXTA 3R7XA 1B5JA 3CVGA 4GFRA 2GH9A 3BKIB 1UTBA 3MZ9A 2HAUA 1DTGA 1TFAA 1VR5A 1LLSA 3UN6A 4YMBA 1PBPA 2DE2A 2Q2AA 1QULA 1R9QA 4DE8A 2OWTA 5JTYA 5LOMA 3R26A 5AA1A 2KLFA 3UORA 3KFMA 3FXQA 3ILTB 3DRHA 1UTBB 1IZ1A 2AL4A 3M3KA 1H44A 5I2KA 3N6UA 4AQ4A 4U1ZA 4F3BA 5JTYB 4XTCQ 3G7WA 4UA8A 2DXYA 3DP8A 1B05A 4MBPA 2O84X 4KCDA 4OTEA 3H6WA 3P7IA 2R9JA 3OO9A 4U2RA 5I2KB 1NKXA 2PYYA 3V83A 4DXCA 3FD3A 2F6PA 4NWCA 5TPAB 2ZNUA 1FQBA 3OENA 3IR1A 1UTHA 4BDMA 2I3VA 3LBSA 4OMBA 4Q30B 1N7WA 1B4HA 4HCWA 4LZ7A 4PFWA 3PPOA 3PD9A 5I59A 4F39A 2VHAA 1IEJA 1MM7A 2Y7PA 4U23A 1ZKBA 4R2FA 1I6BA 5EHSA 4GL8A 3M3FA 5BWJA 3JV9A 1B7ZA 3HSTA 1QKAA 4F18A 1IXCA 3TAJA 3CI8A 1O63A 3O2AA 1BLFA 2XXTA 5I59B 4OXVA 1WODA 3E13X 2WOKA 1NNFA 2QS3A 3JZJA 3Q29A 1JNFA 4BDNA 2Z22A 3ZKKA 2HFBA 4POWA 2OZZA 3FVNA 2GHBA 4WEPA 4EQBA 2Y7WA 4Q5TA 1N7XA 1N76A 3MAMA 4OEVA 1JEUA 5AA3A 4HW8A 1MDP1 5CC2A 5I57A 3KOSA 4KQPA 3RY3A 1B3GA 2V93A 2F78A 2HAVA 2P1SA 5JEIA 3O6PA 3MVYA 3UIFA 3FV2A 3TTLA 1Z7NE 3IOVA 2DP8A 3MZBA 2HQ0A 3FJ7A 1XVYA 3DP6A 3K6XA 5I57B 4F3SA 1LBBA 3SEXA 4EF2A 1L5TA 4R9GA 1Y3PA 3MC2A 4C0RA 3VLUA 2I0BA 5AA2D 3PUZE 1SI1A 1B52A 4U22A 3FV1A 2THIA 1FW0A 4OEUA 1JEVA 4GVOA 2Y7KA 1H45A 2GHAA 4M4GA 3BFUA 3TCGA 4L17A 1PEBA 5CMBA 2REGA 1SI0A 2WOLA 2B3FA 2XD3A 4G8HA 3PPNA 3SERA 4FE8A 3OO8A 3IAZA 1OVTA 4BLAA 1WVJA 5DYHA 4GL0A 3LSLA 3RTWB 3TDJA 3SKPA 1VE4A 3V5AA 1OLAA 4QFKA 4KPTA 1SD3A 5IAIA 1TFDA 3SEWA 4MF3A 5H8NA 4F2OA 5AA2A 3RYAA 2O7IA 4O3CA 4QSDA 4OETA 3PPQA 4PFYA 1D9YA 1P1WA 1BKAA 3OXNA 1I6QA 4G8NA 4H67A 3HCQA 3I3VA 3HHGA 4LP2B 1OVBA 4G4PA 5H8NB 1Z7ME 3RNNA 4JSOA 2XXUA 2ONRA 4FIMA 3UGWA 4PE5B 5FTHA 3MUQA 2NUVA 2XXIA 4OESA 5KDTA 2O1MA 2H9BA 4DXBA 4GXAA 1MXZA 2DOJA 1MM6A 2F7CA 2XX9A 2V84A 1LAHE 1JW5A 4OZ9A 3PU5A 5JK4A 5L9SA 1EU8A 1PB8A 4R75A 2Z8EA 1BIYA 3IO6A 3PUYE 3TFLA 3OEMA 1QUKA 3T9VA 4AB5A 2H99A 2DWHA 4HS7A 4QSCA 3C36A 1B1XA 2PVUA 1M5DA 4LZ5A 5A5XB 4QRZA 2DVCA 3TCFA 3PPPA 1MQJA 3DRIA 3QUFA 1M5FA 4JWXA 3PGFA 1FTOA 1LSTA 1PDAA 3GZGA 3HPIA 2ZYMA 3K6WA 2PMSA 3UK4A 4BDQA 4F2QA 3MQ9A 5CM6A 2H98A 2YLNA 3KOTA 1DTZA 3RYBA 2R6GE 4YKKA 1SVXB 2V25A 1SW4A 1Y1MA 3G3HA 1B3FA 1QKBA 2Y84A 4RNSA 5DVIA 4ZEDA 1NH7A 4F22A 1DMBA 4TOZA 4IO6A 4NF5A 4DDDA 3E9XA 3CIJA 5ICTA 4OVJA 4YKPA 2F7AA 3N94A 1SQYA 4ELQA 4P0IA 2O6AA 1B58A 4O3BA 2OBGA 4QHQA 4MFIA 2Z8DA 2XX7A 3S9NC 1B40A 2WOPA 4JSDA 4IB2A 4G68B 3PUVE 4I8CA 3IOTA 4BDLA 4PETA 5CMCA 3N5LA 1B7HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C1UA 5ITOA 3K2DA 4AS5A 3RQTA 2I58A 2O1LA 4R2BA 1FPGA 2CEXA 1OIBA 4I9DA 3EQ1A 2RC8A 2M8CA 1IMFA 4PGNA 5DVFA 1FBEA 3IB0A 4POXA 3FXRA 4MNCA 4NF6A 4XEQA 1YCJA 2CZHA 3MPKA 5IGAA 4N8GA 5ICQA 2XXVA 3C34A 5FHNA 2RCBA 4HE0A 1FPLA 2DWIA 4QXDA 1DSNA 3RPWA 2F7BA 1Q35A 1SW5A 1XT8A 3G3GA 1Y1ZA 2PFYA 3PD8A 3QYTA 4WEDA 4H1XA 1O64A 2NXOA 1QVSA 4H6DA 1MS7A 4P11A 4N8YA 4DXUA 3W15C 1O7TA 3U92A 3EHTA 1QJMA 1PB7A 4OA4A 2GQ1A 5A5LA 4PDDA 2ALUA 2RC9A 3SEYA 2WYKA 4ZZAA 1R9LA 2ZZXA 4N4UA 3T96B 4F19A 1AH5A 2ZNTA 3KC1A 4H5GA 1OQGA 3HV1A 3N26A 1IMCA 3EKIA 3KN3A 4JDFA 2OCUA 5CI5A 1K9YA 3T9UA 2OLBA 5I2NA 1B5IA 2UVHA 1FTKA 2QS1A 4GD5A 1B6HA 2OJTA 4JB7A 1Y3QA 4IY6A 1BTJA 4X8RA 5FTIA 3ZSFA 1T0KA 1FPBA 3VVDA 4KI0E 1RYXA 2ZYOA 4EQ9A 2QVUA 3ZS6A 3AXFA 2O7UA 3MP6A 2FIEA 4JXIA 3TQWA 1A7LA 4JWYA 1NV3A 3PAMA 4YB7A 4G2ZA 1ZLQA 3U94A 4N15A 2G93A 2H5YA 3KGCA 4X04A 4RA1A 1NMUA 4LATA 4MLVA 4KYSA 2IEEA 5KCJA 2HXWA 3QAXA 4AB6A 2FYIA 1MH4A 2DDKA 2VD2A 4QFLA 1XOCA 3OO6A 1D3KA 2XXQA 2D21A 1LEVA 2UXAA 1EZ9A 1OLCA 2XXRA 5ET7A 4PFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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