3ZSQA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsqA00
4OGCA 4M3WA 2ATQA 2OPPA 2GV9A 4JS5A 2KFNA 2D5RA 4W5OA 2YHBA 1D9FA 2VG5A 4BWJA 3KD1E 3ZSVA 4B9VA 4AILC 1VSFA 4O55A 3ZT1A 4E7LA 4KHWA 4WE1A 1T7PA 4CJLA 3SZ2A 3NF7A 1S1VA 2JGUA 4KO0A 4Z4CA 4CHYA 4KHUA 3BGRA 3C95A 4B9LA 2BANA 4AH9A 2Q3SA 4ZTJA 2OPSA 4DQPA 4B9NA 1WLJA 3VQQA 1NK9A 4DFPA 2VWJA 4CJUA 4CEAA 4B9UA 2OYQA 4FJHA 3OYEA 1BHLA 5CY4A 4CJ5A 3OYFA 4DWIA 4KHNA 4Z4IA 1S1WA 1KLNA 3KTQA 1HYVA 2WOMA 5CYQA 4EP5A 4HVJA 3HT3A 1NOZA 3EYZA 2OZSA 4M3XA 1NK8A 3K57A 1REVA 4AHSA 1G15A 4J2BA 4Z4FA 3AVBA 4C8OA 1HNIA 3E01A 4JLHA 4LSNA 1XHXA 4TSXA 3AVMA 1VK0A 4W5NA 4B08A 4DQIA 1RTIA 1C6VA 1HQUA 1JLBA 3U6FA 1BISA 2IGIA 3VQ5A 4UQGA 5T7BA 3QO9A 1XI1A 4DTNA 1L3UA 1T8EA 3QETA 4L8RB 1SV5A 3V9WA 3S9HA 1LW2A 4RW8A 1NK7A 3MEDA 4PQUA 3ZT3A 3EZ5A 4YFUA 4FLXA 1C1BA 1U45A 4Y1DA 2O4GA 4W5RA 5HP1A 3DOKA 3MXJA 3DRSA 4E19A 4E7HA 3I0RA 5J2PA 3M8SA 4FXDA 4AHTA 4RW7A 3ALYA 3OJUA 3U3GA 4CGJA 3A2FA 1LW0A 1RBRA 4DTPA 3NBPA 2PY5A 1WSHA 3HVTA 2F8SA 3JSMA 1X9SA 4FLTA 1HNVA 3OYJA 5I3UA 1TAUA 2YHAA 4RW9A 3AVGA 1ZYQA 1EETA 4AHUA 1NJYA 2ZE2A 4FM1A 2QXFA 1GOAA 3VQ6A 3TAPA 1XC9A 4FK2A 3P1GA 1NJZA 1TV6A 2X6SA 3NGYA 2G8WA 4IG3A 4FJGA 4N41A 4E1NA 1TKZA 4FLVA 4M3UA 2KTQA 3VA3A 3V4IA 1JLAA 3HP9A 3AVKA 4CJ3A 4IG0A 4CGHA 1Z25A 1C0MA 4OPKA 3O3FA 4J2DA 2HHSA 3QESA 1B92A 3AO4A 3U3YA 4CF0A 2OZMA 1T03A 3HM9A 4Z4HA 2HHTA 5HRPA 3OYAA 2VWKA 1IKVA 2VG7A 3NH0A 1NK0A 4B9TA 1HQEA 4FJLA 3TWHA 4QOZB 4E89A 3OYGA 1IO2A 1RT4A 3SJJA 4BDZA 4I9LA 3BDPA 1S9GA 3K5OA 3D45A 1BCMA 3PX6A 4CJKA 4FLZA 4KPYA 1QTMA 2DTUA 4M42A 4FJXA 3OYDA 1RT5A 3V9UA 3V1OA 2KQ2A 3VQAA 4CEFA 4CK2A 3PV8A 5SZTA 1J9AA 3O3GA 3NDKA 3K5MA 4BACA 5CZ1A 1N6QA 2F96A 1TK5A 3KD5E 1YVUA 3T3FA 3O4QA 2G8KA 4BDPA 3L2VA 4DF8A 4HCBA 2ZQBA 1DLOA 4CGIA 2D0AA 3HYFA 3QIPA 3WNEA 3HPHA 4CJRA 5KTQA 3KLGA 4JRPA 4OGEA 3O3HA 4DF4A 5HRSA 1RT1A 4E7IA 1UA1A 1HYZA 3OS2A 1C0UA 4MFBA 3CM5A 4NCGA 4DSLA 1Q9YA 1QHTA 3NHGA 3DYAA 3LAMA 4CJTA 2WONA 3LPTA 3F9KA 2XHBA 3HP6A 1S6PA 1RBTA 5C42A 3V81A 4CEBA 1NK4A 1NJXA 4B3OA 1S6QA 2HHUA 3C6TA 2YV0X 3LP2A 3VQCA 4FLYA 4AHVA 4EZ9A 3SYZA 1JLEA 4I2PA 4KKOA 2HVHA 4K8XA 1ZBLA 1D9DA 3RMAA 3V9SA 1WNSA 3C94A 4AHCA 4DFKA 3SQ4A 1SL0A 3RR8A 5JS2A 4KHSA 3DOLA 4IFVA 4MQ3A 3HVRA 2P5GA 3DI6A 3HPOA 2IS3A 3AVAA 2HVIA 3CM6A 3HO1A 4KFBA 3D0PA 2XY7A 1YTUA 2HHXA 1JLGA 1HYSA 3MXIA 3OY9A 4PA1A 2P1JA 2FC0A 1UOCA 4KTZA 3KK1A 4CERA 4CJVA 2W42A 2HHWA 2KW4A 2EX3A 2X74A 4Z4GA 3ZT4A 4CF9A 1RDCA 2G8UA 1LV5A 4DLEA 1KVCA 4Q0BA 1JL2A 5DK5A 4ELTA 4FZXC 2QK9A 1ASUA 1WAJA 1TVRA 1NK6A 4K8ZA 4C8LA 1NJWA 3DLBA 1S9EA 3AO5A 3WNFA 4CESA 1U4BA 4FJJA 1RDDA 4FW1A 4ELVA 1VSKA 4N47A 1HMVA 4DU1A 3T19A 2KZMA 1X1PA 4FJIA 1CLQA 4CFAA 1XHZA 1BQMA 2YKNA 4CEEA 3OYKA 3TAEA 3DLGA 3M8QA 2XY8A 2FBTA 3QEVA 3KLEA 4F3OA 1S1UA 3DRPA 1KLMA 3WNGA 4CFDA 4DG1A 3PX4A 1TK0A 3AVFA 2QKKA 4HUFA 3KJVA 2HW3A 1C1CA 3CQ8A 3OYCA 4RG8A 1I39A 4IDKA 4DS5A 3LP1A 4DTJA 2B6AA 4DQSA 3OVNA 1J53A 2PYLA 4O0JA 4CK1A 1CXQA 3B6PA 4CIFA 4E3SA 1HJRA 1S1TA 3RMCA 3CFOA 1J5OA 2HHVA 1KVAA 4C8KA 4QCLA 4ELUA 3MECA 4M41A 2E4LA 3SPYA 1RTHA 1LWCA 1WSFA 4I2QA 3B6OA 5C24A 4N76A 3KLFA 3L3UA 4DTMA 4FYDA 2YKMA 4PWDA 1JXBA 1JLFA 3ULDA 3SV3A 1RT7A 4CEQA 5KRTA 3OYIA 4H4MA 3RMBA 3RWUA 1VSLA 4CE9A 1YT3A 3LALA 4FLUA 2ITGA 3ISNC 1VSIA 1VRTA 3K5LA 4KAZA 4CJQA 3VQ9A 3ZSQA 1T05A 3LP3A 4R5PA 4IFYA 4BDYA 3FFIA 4EZ6A 4CF1A 3QIOA 3NH1A 4DQRA 4DU4A 1KVBA 2XY5A 5FDLA 2HNYA 1JXEA 3AA3A 1NKEA 4NCAA 1HPZA 3L2UA 2D0CA 3DM2A 3L2RA 3P83D 1L3TA 2PZSA 2AJQA 3KIOA 4CJWA 3I0SA 1RDBA 3K59A 4DFJA 3NGIA 3THVA 5D3GA 4BE1A 2Z1JA 1TGOA 1JLCA 4CFCA 1I3AA 2YNGA 4O44A 3NAEA 1GOCA 4CHPA 3S3MA 1ZBHA 1RBSA 5HBMA 5HRNA 3IS9A 4DLGA 3NF6A 2FBVA 1JKHA 4O5BA 1KFDA 2X6NA 3SCXA 1SL1A 4GW6A 4KV8A 3NH2A 1CZBA 1TKTA 2G8VA 1VSHA 2HNZA 1KRPA 1D8YA 1CXUA 2FBXA 4CECA 1MU2A 4CF2A 2HB5A 3DLEA 4ID1A 2B4JA 5KGXA 1EX4A 1RT3A 3AO1A 3AVCA 4OKEA 4IBNA 3SUNA 1IKXA 2R7YA 4CJFA 4HUEA 4OLBA 3AA2A 3PUFA 1SKRA 4NCBA 2P5OA 3IAYA 1QE1A 3SPZA 4W5QA 3QEPA 3K58A 3IRXA 2IDOA 5J2MA 1LWFA 5C25A 4H8KA 5FROA 4BE2A 1SL2A 2KZZA 4DTXA 3VQEA 4KTWA 2EHGA 4DS4A 1U49A 3HK2A 3VQ7A 1QSYA 4E0DA 3O4NA 1RNHA 3LWMA 3PO4A 1C0TA 3VA0A 1FKOA 2A1RA 1N5YA 1W0HA 1IKYA 2OPRA 4LH5A 3V1QA 4J2AA 1R0AA 4F8RA 3MEEA 2RKIA 1VSMA 1KTQA 4ICLA 4O0IA 5SWMA 1RT6A 1DTQA 2HHQA 4M45A 4BE0A 4LY7A 3MAQA 1RBVA 4CEZA 4FM2A 1D5AA 1A5VA 4FJNA 2Y1JA 1RCHA 2VG6A 1UAXA 4O4GA 1EXQA 3ZSWA 3TAFA 3V1RA 2D0BA 2HMIA 2RN2A 4HUGA 3CYMA 3NFAA 5CYMA 2JLEA 4FZZA 1QSSA 4FK4A 2F8TA 2GUIA 2ZD1A 3LP0A 3C6UA 3QNNA 1IKWA 3OYLA 2BE2A 3LPUA 1X9WA 3KKSA 3RR7A 4B9MA 1S5JA 2ETJA 1WAFA 3ITHA 2I5JA 1TL1A 4CIGA 2DFHA 1FKPA 1TAQA 5DMRA 2G8IA 5KI6A 3UIQA 3RRHA 4FCYA 5J2NA 4FJ9A 1BI4B 3ZT0A 4KHQA 4AHRA 3NGZA 3AVJA 1YTAA 3TR8A 1RT2A 1A5XA 4CHOA 4DTUA 4NYNA 3QNOA 3HJFA 3QERA 3NCIA 5EU7A 2RPIA 2BDPA 2OA8A 2DY4A 2BGGA 3OYNA 4CF8A 5J2QA 4DSEA 1KSPA 2Z1GA 3AV9A 3I8DA 1LAWA 1TK8A 1UA0A 1ITGA 3IG1A 4CIEA 1Y97A 1F21A 3AVIA 3TANA 1SUQA 3CFRA 4JRQA 1WN7A 2IAJA 3QINA 4E7KA 3DLHA 4C8NA 3CG7A 2NUBA 4QAGA 1JLQA 3ZT2A 3G0ZA 4N5SA 2PYJA 2E6LA 5HRRA 4KREA 3V9XA 1VSJA 3KLHA 3KK3A 4Y1CA 4RW4A 3G10A 1TL3A 4Q5VA 3VQPA 1BCOA 3MEGA 4Z0UA 3PY8A 3LAKA 1RTJA 3L2WA 3V6DA 1WSGA 4CFBA 4CJEA 1SKWA 4FZYA 4Z4EA 4OKKA 4B9SA 2IC3A 3VQ8A 4DTSA 4DMNA 1S1XA 3ZSYA 4FJ5A 2QKBA 3TAMA 4CJ4A 2YNFA 3DLKA 5KGWA 3LDSA 3KLIA 4HHTA 3RMDA 1L3VA 1BI4A 4LH4A 1SKSA 3EY1A 1NOYA 4FJ8A 4CGGA 3L8BA 5FRMA 4M3RA 1BIUA 3CFPA 3RRGA 1WSIA 2LSNA 3HXMA 5JS1A 4LD0A 2A1SA 4DFMA 4OKJA 1J54A 4KI4A 2KFZA 4B8CA 1ASWA 3M8PA 3KK2A 3LWLA 1QSLA 4PY5A 1BIZA 4I7FA 3AA5X 4DSFA 3TAQA 1WSEA 3TI0A 3PX0A 4KHYA 3K5NA 3S3OA 4KB1A 3SI6A 1FXXA 3AO3A 1U47A 4PUOA 3WNHA 4CEDA 3AVHA 4CHQA 3OS0A 3MXMA 1UWBA 3VQBA 3SUQA 4F2SA 3HPGA 1KCFA 1QS4A 4H4OA 4CEOA 3TAGA 1TKDA 4OPJA 2HNDA 1RDAA 2GBZA 4M3ZA 4CGDA 1XWLA 1WSJA 3PO5A 1O1WA 4KB0A 1B9FA 3TARA 3VQDA 2G8HA 2P51A 4GVMA 5E41A 2Z1HA 4N56A 3LZIA 4M3YA 1QQCA 3ZSOA 4DTRA 5I42A 4DSIA 1EP4A 1TKXA 2DFEA 1JL1A 1NKCA 1NKBA 4E7JA 1X9MA 1A5WA 1LWEA 3HSTB 3ZSZA 4DU3A 3S3NA 3SUOA 4ZTFA 3AVNA 3DLRA 3ZSXA 4GMJB 4LSLA 2XRIA 2RF2A 3P5JA 4FVMA 1VSDA 5KRSA 4YNQA 4FM0A 3H08A 3SNNA 3SUPA 4CK3A 2G8FA 4F2RA 1BQNA 3V9ZA 4DQQA 2B5JA 1ZBIA 3F73A 3SQ1A 1BGXT 4HTUA 4OJRA 3RTVA 2YNIA 3TABA 3AO2A 3ZSRA 1K6YA 2DFFA 5K14A 3JYTA 3OYBA 3HL8A 1ASVA 4F4KA 1ZBFA 1VRUA 4DSKA 4B8AB 4FJKA 3T1AA 4C8MA 4M3TA 1EKEA 3QEXA 1B9DA 1W9HA 2X78A 4DTOA 1U48A 1RTDA 2YNHA 5FRNA 1LAVA 4KTQA 3OYHA 1BL3A 1IH7A 1ZBUA 4CJSA 3SV4A 1RILA 4CCHA 4FLWA 4JS4A 4G1QA 4FK0A 1Z26A 3AA4A 2XY6A 4DSJA 4I9QA 2FBYA 5HROA 4KRFA 1RBUA 1GOBA 3QEWA 1NK5A 4E1MA 3OYMA 4FJMA 1DTTA 1CZ9A 4EP4A 4OVLA 4CHZA 1FK9A 3VQ4A 3M8RA 1U04A 3AVLA 3SQ2A 2XO7A 3K2PA 4NYFA 4ZHRA 3L3VA 3QLHA 1IG9A 4ID5A 1L3SA 1HRHA 4HCCA 4XIUA 3NE6A 4KI6A 3NF8A 2Y1IA 1Q9XA 4IKFA 3LZJA 2IOCA 2Z1IA 1C1AA 5J1EA 4FJ7A 3ZCMA 3NF9A 3OS1A 2E6MA 4RW6A 1Q8IA 4CHNA 2OPQA 1VSEA 3L2QA 3KKRA 5CZ2A 3QEIA 4FW2A 4BWMA 3OJSA 3DMJA 4J2EA 2O4IA 3SQ0A 4CGFA 1KFSA 4W5TA 1L5UA 3ASMA 5HLFA 3VN5A 4CJPA 4F3TA 4OLAA 3LANA 3DRRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3S41A 3MN7A 3NVKA 1N36K 5M1PA 4OPAA 4E1JA 2QA4N 3P4IA 4E7LA 2KHOA 2GWJA 1YXQA 4CZGA 2BANA 1MDUB 2V51B 4DQPA 3VQQA 3GBTA 2VWJA 4CJUA 4CEAA 3I56N 2OYQA 5CY4A 3CJAA 4YOTA 4H0VB 3GDQA 4R79A 3EYZA 3KTQA 4M3XA 4FOIA 1NOZA 3G25A 4FPAA 1NK8A 2JWKA 2UXCK 4JLHA 4MLEA 3LDNA 4CBUA 5DM7L 3AVMA 4B08A 4DTNA 5M1OA 3V9WA 1LW2A 3OHRA 3MEDA 4YFUA 3DOKA 4E7HA 2QWLA 4M63C 4C23A 4IFEA 4AHTA 4C1NI 3OJUA 4CGJA 2P9NA 1RBRA 1WSHA 3HVTA 5FPMA 3ATUA 4BRMA 2O8CA 2YHAA 4BREA 1TAUA 2F4VK 1EETA 2QM1A 1XC9A 4FK2A 3E1YA 3P1GA 2X6SA 2G8WA 2OANA 1NBWA 4AM7A 4N41A 4E1NA 2KTQA 4L3QA 3VA3A 3EEQA 3BUZB 4CGHA 4OPKA 1VQ8N 3QESA 3AO4A 4BVPA 4AM6A 2OZMA 4Z4HA 3F9MA 3NH0A 1NK0A 4FJLA 4BRCA 4QOZB 5AQPA 1IO2A 5LJWA 3BDPA 4H5RA 1S9GA 2VWBA 3D45A 3PX6A 4CJKA 4BRAA 3HSCA 2DTUA 4M42A 2Q0UA 1E3MA 5AQTA 1YJWN 3A5MC 5BRFA 2KQ2A 3D2FA 3O3GA 5GAEP 3K5MA 1TK5A 3KD5E 1YVUA 5BPLA 4DF8A 4QS7A 4HCBA 2HSTA 4PWDA 2D0AA 3WNEA 5BRDA 4JRPA 4DF4A 2E2QA 1HYZA 1C0UA 3DXMA 1TUYA 3DYAA 5DM6L 4FVUA 3VEXA 2XHBA 3HP6A 1RBTA 3V81A 4B3OA 3H46O 1NK4A 4BRLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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