3ZSQA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsqA00
2DFEA 3LAMA 3ZT4A 2OPSA 4Z4CA 4OPKA 3VQPA 1LW0A 1VSLA 4Y1DA 4H8KA 4EP5A 3M8RA 1RT6A 4DTJA 4FZYA 1CXUA 1YTAA 1KTQA 4DS4A 4M3ZA 4W5NA 5JS1A 4M42A 1RTHA 3V1QA 3OS1A 3ZSVA 3DLRA 1YTUA 1KFSA 4CF9A 4C8OA 1S1XA 1D9DA 2P51A 2R7YA 1ZBHA 4BWJA 2JGUA 4CJFA 3AVJA 2HHXA 4Z0UA 4CHZA 3SUQA 3NE6A 4CHQA 5HBMA 2OPPA 3AVAA 4CEAA 4FK0A 2AJQA 4CJPA 1EKEA 3AA3A 3ZT1A 4L8RB 3QO9A 4IFVA 3VQAA 4DFPA 1RTIA 3AA5X 2G8KA 1U47A 4DSJA 1NK5A 3NBPA 2HVHA 2KFNA 3QINA 3MEGA 3WNHA 1HPZA 1RT2A 3AO3A 3HPOA 4BACA 1Q9YA 4F2SA 3KTQA 4AHVA 3DLEA 1J9AA 3NGYA 5CY4A 4DF8A 1CLQA 2I5JA 2DTUA 2F96A 1NKCA 4DSLA 2YHAA 3RR7A 4KI4A 4RW7A 3S9HA 1BCOA 4N56A 4CEFA 4FLYA 4CJEA 4FM2A 1NK7A 1HNIA 3AVKA 4RW6A 4CEEA 1T7PA 4KHWA 1VRUA 1QQCA 3TARA 4FJNA 1DTQA 3OYNA 2X74A 4BDPA 4OKKA 4ZHRA 1WSHA 4CK3A 4DQIA 1RDCA 3QEWA 3SUNA 3HSTB 4NCGA 5C42A 3AVHA 4AILC 2G8FA 3HJFA 3HXMA 1ASWA 3MAQA 3TAEA 4FJKA 3WNEA 4CF2A 4DFKA 4KB1A 2QK9A 3EY1A 4CEOA 2HHQA 3LP3A 2HW3A 1NK6A 3DLGA 4NYNA 5SZTA 1KCFA 2XY8A 3V9SA 2PYJA 4B9SA 2KQ2A 5E41A 4IKFA 3HPGA 3C6UA 3ISNC 1NOZA 2G8HA 3NF9A 4PY5A 3KJVA 2OPQA 4E7JA 1CZ9A 3VQCA 5C25A 3MECA 3OYBA 1TGOA 1RT5A 2HNYA 5J1EA 3C94A 3CM6A 3DLHA 4LSLA 3DLKA 2Z1GA 1ZBFA 1VK0A 4CJKA 3KLHA 3QEVA 3AVFA 1XI1A 4FJXA 4ELVA 3A2FA 4M41A 4FXDA 4KRFA 2BGGA 1WLJA 5T7BA 4ELUA 2E6MA 1KVCA 3O3FA 4Z4EA 5CZ1A 4DF4A 3VQ7A 3RMDA 2X78A 3AA2A 4I2PA 5HRSA 2ETJA 4O5BA 3VA0A 2G8VA 4HUFA 1NJZA 3U3YA 3TAGA 1FK9A 1LW2A 3V9XA 1SL2A 1Q8IA 4FZXC 3SZ2A 1NK0A 1Q9XA 2HB5A 4PA1A 3CFRA 4QOZB 4DTPA 4M3UA 1B9DA 4OKEA 3ALYA 5J2QA 3V4IA 3TAFA 4B9MA 4K8XA 1KLMA 3OJUA 4KHUA 4FZZA 1J5OA 4KPYA 2VWKA 3JYTA 1QTMA 1L3UA 4ZTFA 4M3RA 2HHSA 1VSJA 2IAJA 4DTOA 4EZ6A 4J2DA 4CHYA 3EZ5A 4FLWA 1C0UA 3SQ0A 4PUOA 2BDPA 3OVNA 4IDKA 4MQ3A 2HHWA 2IS3A 4JS5A 1SL0A 2DFFA 3T3FA 2P1JA 4CK1A 4CHOA 1D5AA 1WNSA 4RW8A 4DQRA 2XY5A 1TAQA 4KHNA 2WOMA 4IG0A 1XWLA 4C8NA 4E7LA 2QXFA 4FLXA 4Q0BA 2OZMA 3NAEA 2HVIA 3PX4A 5FDLA 4O55A 4N47A 4DU1A 1TV6A 1ASUA 4KTZA 4B9TA 3LWMA 3NHGA 4YNQA 4CFAA 1S6QA 3HT3A 4FCYA 1SKWA 2O4GA 4CJWA 5J2PA 4O4GA 1S1VA 2Z1IA 1EX4A 1BISA 2D0CA 3I0SA 4WE1A 1IKXA 4I9LA 3L2QA 3L2UA 4DS5A 2QKKA 1BQMA 3LWLA 4N41A 4IBNA 4RG8A 1HMVA 1A5WA 4JLHA 3ZT3A 1HRHA 3F9KA 1BIUA 4CEZA 4DTUA 3SQ1A 5HRRA 4OGCA 1Z25A 1S1TA 1JLGA 3WNFA 3SNNA 2LSNA 3CQ8A 4DSEA 4QCLA 3H08A 1A5XA 1RNHA 1KVBA 4HCCA 4KTQA 4Y1CA 5CYMA 3SJJA 2KFZA 3NF8A 4W5QA 4M45A 4CJ5A 2B6AA 5KRTA 1RBSA 1ZBUA 4FJ8A 4BE2A 1U49A 3VQQA 2HHTA 3PV8A 4CJSA 2PZSA 3V81A 3LPTA 4CESA 4CEQA 3MXJA 1TAUA 1YVUA 4CGJA 4CGDA 2IDOA 1KRPA 3WNGA 4FM0A 1NKBA 2XRIA 3M8PA 4FK4A 3T1AA 1TKDA 2RF2A 2ATQA 1L5UA 1QE1A 3DRSA 3NFAA 3C6TA 5D3GA 4PQUA 4FJ5A 3V1OA 3VA3A 4F3OA 3RMCA 4DSIA 4DTSA 4R5PA 3TI0A 2Q3SA 3FFIA 5FROA 3ZT0A 1LAWA 1QS4A 4ICLA 3NGZA 3L2WA 4HUGA 2ZD1A 4W5TA 4FJ7A 2HHUA 2RN2A 4N5SA 3NF6A 5CYQA 1X1PA 5JS2A 3ZSOA 4EP4A 3AVGA 3OYHA 2OA8A 1W9HA 3CG7A 3HP9A 3PUFA 3HO1A 1EP4A 4O44A 4E1MA 4LH5A 3SV3A 2F8SA 5K14A 4B9UA 3S3NA 1RT4A 5DK5A 4OLBA 5KRSA 1HJRA 1C1CA 3QLHA 4LD0A 4CJQA 5I3UA 3U3GA 4RW4A 4I2QA 3KK1A 3D0PA 3DRPA 3RR8A 3LZJA 4ZTJA 3DMJA 3ZSXA 3NDKA 3CFPA 1BI4A 4AHCA 1N6QA 1RDAA 1T03A 4EZ9A 1JLFA 1KFDA 4DTNA 3KLIA 1NJXA 1HQUA 1S1WA 4Q5VA 2Y1JA 4FJHA 2KZZA 1BI4B 2FBVA 4AHSA 3SQ4A 1VSHA 3CFOA 3B6OA 4CJRA 4FJIA 1IO2A 1HYZA 1B9FA 3ULDA 4B08A 3KKRA 3OJSA 3VQ9A 3IRXA 1RT3A 2E4LA 4E0DA 3ASMA 1S6PA 5KGXA 3OY9A 2RPIA 3AO1A 2XY6A 3PO4A 3KD1E 1HYSA 2Z1JA 1NOYA 3AVIA 3AVBA 1IKWA 2ZQBA 1QSSA 2IOCA 5FRNA 1UWBA 3BGRA 1XHXA 4G1QA 4E1NA 3NGIA 3SCXA 2GUIA 4CHPA 1GOBA 1D8YA 4KREA 1KLNA 1VSEA 1C1AA 1NJWA 1RILA 1DLOA 3P5JA 4AHTA 1JLEA 3PX0A 1RDBA 1S9EA 3VQ6A 3DM2A 1QSYA 4CERA 4F8RA 4CFDA 3OYEA 4ELTA 3V9ZA 2G8IA 3OYLA 3RRHA 4FM1A 4H4MA 2VWJA 1VSFA 3TWHA 2OPRA 4DMNA 4HUEA 4KAZA 3ZSYA 1VRTA 4DLEA 1RBUA 3S3OA 3ITHA 1LWEA 3MEDA 3LAKA 4CGHA 4HHTA 2B5JA 3HYFA 2YKMA 5SWMA 1TK5A 3IG1A 3V1RA 1SL1A 3IAYA 1BIZA 2NUBA 1VSKA 3AA4A 1UA1A 4FJ9A 5HP1A 3MEEA 1VSMA 3P83D 1LWCA 4DFJA 1T8EA 1TKTA 2E6LA 3AVLA 3G0ZA 4CJVA 4CHNA 3V6DA 5HLFA 4NCBA 3OYAA 1S1UA 1HYVA 4ID5A 4DTRA 4HVJA 1SUQA 5EU7A 3RWUA 1CZBA 3DOKA 3OS0A 3NCIA 1SV5A 4OLAA 4DQPA 3SUPA 1REVA 3U6FA 1N5YA 4CIGA 2D0BA 4FLZA 1SKRA 3LZIA 3ZCMA 4FJGA 1RT7A 3AO4A 2RKIA 2YKNA 1J54A 4CJ4A 4BDZA 1ZYQA 4CGIA 2O4IA 4J2EA 4F3TA 4CIEA 4CGGA 3NH1A 4FLTA 1HQEA 1WSFA 3SI6A 3CYMA 2D0AA 1JLQA 4FLVA 3O3HA 4DTXA 3TAQA 3LPUA 3TAMA 4DSFA 4FJMA 4Z4FA 1C6VA 1RBRA 4JRQA 2XHBA 3VN5A 2G8WA 4B9LA 4K8ZA 3L3VA 2A1RA 1C0TA 4DWIA 2ZE2A 3M8QA 1WSIA 4KI6A 5J2MA 2X6NA 1JLCA 1TL1A 2DFHA 1CXQA 1GOAA 3RRGA 1MU2A 2X6SA 3O4NA 3K59A 4DSKA 3CM5A 1F21A 2F8TA 2IGIA 2KZMA 2EHGA 2YNIA 3KIOA 4CF0A 3HM9A 3RMBA 1QHTA 4DTMA 1TKZA 5I42A 3S3MA 4E3SA 1ZBLA 5J2NA 2JLEA 3VQDA 4Z4GA 3HK2A 1WSJA 4QAGA 5KI6A 2OZSA 4KHQA 4FYDA 4B8AB 1IKVA 3I0RA 3ZSWA 4BE0A 3TANA 4FJJA 2YNFA 4CF1A 4KKOA 2FBYA 2W42A 4KV8A 5HRNA 3C95A 4FJLA 3ZSQA 4CJLA 1A5VA 5KTQA 5HROA 1TL3A 4DQSA 1VSIA 3K57A 1NKEA 4O0IA 4DU3A 2Y1IA 3SQ2A 1NK8A 2GV9A 4KFBA 5CZ2A 4E7KA 3AVCA 3OYCA 3VQEA 3OYJA 4M3XA 1RCHA 1FXXA 1WN7A 4C8MA 1QSLA 3DYAA 3NH0A 3QEXA 3G10A 4GMJB 1U4BA 3NH2A 4AHRA 1J53A 1FKOA 1U04A 3L3UA 3VQ8A 5HRPA 3OYMA 4RW9A 3TR8A 5C24A 3KLGA 3QNOA 2PY5A 3PO5A 3HL8A 1NJYA 3M8SA 4AHUA 2IC3A 4BDYA 1DTTA 3BDPA 1BGXT 4DG1A 1TK8A 5FRMA 3QERA 3L2RA 2G8UA 1RBVA 3VQ5A 3MXIA 4C8LA 4I9QA 1R0AA 2GBZA 4GVMA 3HVTA 1W0HA 4B8CA 2QKBA 3K5LA 4LSNA 1S9GA 4E89A 1IH7A 3IS9A 3KKSA 4ID1A 4CJTA 1U48A 4IG3A 3HVRA 1JLAA 3SPYA 4CEDA 4CGFA 4UQGA 4W5OA 4F4KA 4KTWA 4OJRA 2A1SA 3LP1A 3K5NA 2YV0X 4JS4A 4M3WA 2B4JA 4FVMA 2WONA 1B92A 2HMIA 3OYGA 2DY4A 4Z4HA 3AV9A 1XHZA 4M3TA 4CECA 4DU4A 1BCMA 3OS2A 3OYFA 1X9SA 4DQQA 4FW2A 1EETA 4F2RA 1HNVA 2Z1HA 2EX3A 3NF7A 3UIQA 4C8KA 1X9WA 1JL2A 2P5GA 1YT3A 2BANA 4O0JA 4B9VA 3QEPA 3F73A 1L3VA 3DOLA 3E01A 3P1GA 1UOCA 1XC9A 3QIPA 4J2AA 3SPZA 4KO0A 3L2VA 1X9MA 3SYZA 3DRRA 3ZT2A 1RT1A 2KW4A 3B6PA 1Z26A 4CEBA 3AO2A 4E7HA 1S5JA 5DMRA 1UA0A 4XIUA 2PYLA 1I39A 4FW1A 3AVNA 3K58A 4CJ3A 1KSPA 4OVLA 4FK2A 4HCBA 4E19A 3D45A 1NK4A 1D9FA 4B3OA 2FBXA 4NYFA 4TSXA 3KD5E 3O3GA 3LALA 3K5MA 2HNZA 3QESA 3LP2A 3QETA 2YNHA 3PY8A 4CK2A 1LV5A 1O1WA 3JSMA 1K6YA 4DLGA 3KLFA 3HP6A 3VQ4A 4JRPA 4N76A 2BE2A 4OKJA 2XO7A 4NCAA 4AH9A 4MFBA 3O4QA 4OGEA 1TVRA 3K2PA 1FKPA 1UAXA 2FC0A 2YHBA 3THVA 1WAFA 4E7IA 3TAPA 1JL1A 1VSDA 3V9WA 1ZBIA 1C0MA 2HHVA 3HPHA 4CCHA 4BWMA 4W5RA 1L3TA 2VG7A 3SV4A 3PX6A 3OYKA 2KTQA 3SUOA 2XY7A 3VQBA 1L3SA 4IFYA 3KK3A 4FLUA 3AO5A 1U45A 1TK0A 3OYDA 1ASVA 1BHLA 1WSEA 1EXQA 2OYQA 3RMAA 2P5OA 4CJUA 1RDDA 3TABA 3MXMA 3DI6A 4OPJA 3DLBA 1JLBA 2ITGA 3K5OA 3QNNA 4KHYA 1WSGA 1TKXA 1C1BA 1RTJA 3ZSRA 4CFCA 3KK2A 4PWDA 3I8DA 1RTDA 4H4OA 1JXBA 1JXEA 1GOCA 1NK9A 1G15A 1LWFA 2FBTA 1T05A 4CFBA 1KVAA 4Z4IA 1Y97A 4LH4A 3AVMA 3V9UA 3QIOA 4BE1A 1ITGA 2VG6A 2YNGA 4I7FA 3LANA 3QEIA 4GW6A 1IKYA 3ZSZA 4CE9A 3RTVA 1SKSA 1IG9A 1JKHA 2D5RA 4LY7A 1RBTA 1BQNA 3LP0A 4CIFA 5KGWA 3OYIA 1LAVA 3KLEA 3EYZA 4J2BA 3L8BA 4KHSA 4CF8A 4M3YA 1BL3A 2HNDA 3T19A 4HTUA 1I3AA 4YFUA 1WAJA 3LDSA 4DFMA 4KB0A 2VG5A 4B9NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LOTB 4IWVA 2UYTA 3ZT4A 1QQNA 3VQPA 4H8KA 4Y1DA 3M8RA 4M3ZA 1KTQA 3NVMA 4K42A 3V1QA 3OS1A 1YTUA 4IEIA 1KFSA 2E2OA 3H1QA 4WFAL 2UUCK 4B3SK 2P9PA 2P51A 2R7YA 1Q18A 4BWJA 1YIJN 3AVJA 3CQXA 5FLXO 4O5FA 2OPPA 2QWLA 1EKEA 4IFVA 4DSJA 2G8KA 4FL9A 5AJ3K 2KFNA 3BY5A 5M1QA 4BR7A 1HPZA 1KAYA 3AO3A 3CERA 4V19S 1CLQA 3NGYA 4ILGB 1Q82O 4LF5K 2YHAA 1U2VB 3S9HA 2O8BA 1W97L 4CEFA 1XC3A 5AQJA 4JI3K 1VRUA 2GWJA 3OYNA 4OKKA 1OVYA 3OBWA 4DR5K 4DQIA 5AZJA 3QEWA 1VQ5N 2G8FA 3HJFA 3AVHA 4AILC 1ASWA 4YOWA 3FE1A 3W3DA 2CGKA 4KB1A 2QK9A 1W2BM 1RDUA 1E4FT 1KCFA 5E41A 3C65A 3C6UA 3ISNC 4DV5K 3ENOA 4E7JA 1O13A 5C25A 2ZF5O 3MECA 3O9SA 1RT5A 3DLHA 4IDHA 4LSLA 4DV4K 3KLHA 4OO1J 3QEVA 2W6LA 1Q81O 1WLJA 5T7BA 3D2FA 2UXDK 2X78A 4YY3K 3AA2A 4I2PA 3FZKA 1ILYA 2P9LA 4QS9A 3CCUN 3U3YA 3TU5A 4BRAA 4FZXC 3TTCA 3SZ2A 5F2RA 1NK0A 3FFKB 3O1BA 4WQ4C 5LL6Z 4KH4A 4M3UA 1B9DA 4OKEA 4K8XA 3EKSA 1KXPA 3VTIA 4FZZA 1J5OA 2VGNA 5E84A 1VSJA 5GIPA 3UKRB 4FLWA 3SQ0A 4CBWA 2BDPA 4IDKA 4MQ3A 3QDKA 4M63C 2ZJPL 3PIOL 4DKWA 1SL0A 4IOXA 4CHOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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