3ZSVA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsvA00
4DLGA 5SZTA 3OY9A 4FW2A 3S9HA 4DU4A 4JLHA 4QCLA 4CHQA 4NCGA 1Z25A 4CJKA 3L2RA 3MEDA 4OGCA 3AV9A 4NYFA 2HHSA 4M42A 1SL0A 3ZT4A 2Z1HA 5J2MA 3TAPA 4CEOA 3OYKA 3JYTA 4F2SA 3CYMA 4E0DA 4KRFA 3ZT0A 2QKKA 1D5AA 2YKMA 5FROA 4N56A 1KSPA 2QXFA 1RDCA 5CZ2A 5J1EA 1HQEA 1BIUA 4F2RA 4CGIA 1UA0A 1EKEA 1RNHA 1BCMA 1TK8A 2AJQA 4TSXA 4CF1A 2F96A 3RR8A 4DSLA 1CZBA 3K5MA 1Z26A 4O0JA 2KFZA 1S1TA 2HHXA 4KHQA 3RMBA 4IFYA 1EP4A 4OKKA 2G8WA 1S6PA 5HRSA 2HMIA 4K8XA 3S3MA 3O3FA 4PUOA 4F8RA 2IDOA 2WONA 1SV5A 4ICLA 4DS4A 2EX3A 1NK9A 2NUBA 4BE2A 2D0CA 3L3UA 3AVFA 3NF6A 3CM5A 3LANA 1SL2A 4CEDA 3HVRA 4E89A 1TAQA 3NGYA 1IKVA 4RW6A 1N5YA 3L2VA 4B9SA 4EZ9A 3O3HA 2HNYA 4Z4EA 1KFSA 4KHUA 3QEVA 4HVJA 3EY1A 2DFFA 4I2PA 3ZSOA 4B8CA 2XY6A 2R7YA 1JKHA 1C0TA 1XC9A 3QNOA 3CM6A 4B9TA 4OKEA 4Z0UA 3LZJA 2OZSA 1FXXA 2VG6A 3C6UA 1VSFA 3ITHA 4DWIA 3NF9A 1RCHA 4CJQA 1RT1A 3KKSA 3K5NA 3PV8A 1NK7A 3MXJA 1J9AA 1BGXT 1KRPA 3K57A 1NKEA 1S1WA 2OPSA 3O4QA 4CHNA 1RT7A 3OS0A 3L2UA 2O4IA 1GOAA 1LWCA 1DLOA 2P5GA 3QO9A 2FBVA 1X9SA 4Z4CA 4FZZA 4BE1A 4FLTA 1VRTA 3DYAA 3CFOA 1BQNA 4GW6A 1ZBLA 1WSFA 4JS4A 1TV6A 2PZSA 2HHUA 1XHXA 4DTRA 3SV3A 1Y97A 3AO4A 3AO1A 4CHZA 1K6YA 1KVBA 4KPYA 1RILA 4CGGA 3OYCA 3KK3A 1NJWA 2QKBA 2YNHA 3NGZA 4FJLA 5C24A 4OKJA 2B5JA 2YNFA 3OS2A 4AHVA 4LH4A 4DSKA 1KCFA 1W9HA 3V9UA 4PY5A 3KLEA 1U45A 4CF8A 3V1RA 4KI4A 2Y1JA 1KLMA 4BE0A 4DTMA 4G1QA 5HROA 1IKWA 3RMCA 1WAJA 1WSIA 4CJLA 1EXQA 2RF2A 2Z1IA 3B6OA 3M8SA 3TARA 1BISA 3AVMA 4NYNA 1ZBUA 3ALYA 2X6SA 3LP2A 3ISNC 4N41A 1RBUA 4CGFA 1C1BA 3LP1A 3ZSZA 3OS1A 3K59A 4CF0A 3SZ2A 2E6MA 3NAEA 3QEWA 4B9LA 4QOZB 4CF9A 1IO2A 4DSJA 3ZSVA 1QHTA 4J2BA 3QETA 3ZT2A 4M3UA 4DQIA 1BCOA 4M3WA 4CESA 4DTNA 2HHTA 5C42A 3HM9A 3DLBA 4W5QA 2KZMA 1WSEA 1A5WA 3L3VA 1HMVA 3OVNA 4E3SA 1VSDA 3I0SA 2X74A 4AHRA 3LDSA 4CIGA 4YNQA 3PO5A 4B9VA 2QK9A 1J53A 3KIOA 1VSKA 2P1JA 3NDKA 4FLVA 1TK5A 1N6QA 1GOCA 2F8SA 1C1AA 4DQPA 4AHTA 3DLGA 2YHAA 1S1UA 3HJFA 1RT2A 3T3FA 3KLFA 3PX0A 3VQ5A 3I0RA 3QESA 2GUIA 1L3UA 2OYQA 1UAXA 3HT3A 3EYZA 3KTQA 3SJJA 4NCBA 4JRQA 4JRPA 4KREA 2Q3SA 4HHTA 1BQMA 5I3UA 3K5OA 3WNEA 4N5SA 2FBXA 2IC3A 5K14A 1JLFA 5CYQA 5E41A 3L8BA 1C1CA 3P83D 2PY5A 1RBRA 3AVAA 1NK8A 4FJ8A 3M8PA 3OYFA 2BANA 2E6LA 4DFMA 1NK0A 4M45A 4BACA 4DTOA 4HUEA 2JLEA 4K8ZA 1XWLA 4CJWA 3TR8A 4CE9A 3SQ4A 3AVJA 4EZ6A 4RW4A 4FJNA 3K2PA 2D0BA 1JL1A 5CZ1A 3V81A 1QSSA 1XHZA 3DRPA 3SUOA 1X9WA 1B92A 1BI4B 1TKDA 5J2QA 4ELTA 3S3NA 2Z1JA 1RDAA 4DU3A 2RN2A 3D45A 4I9LA 4CEQA 4CK2A 4UQGA 3TANA 3M8RA 1NJZA 3DLHA 4DFJA 4GVMA 3WNGA 1IKXA 1CZ9A 3QLHA 3OJUA 1RTDA 1T03A 2BDPA 3HPGA 4CJUA 3TAFA 3TI0A 3OYAA 4DTXA 4LH5A 3LWLA 5CY4A 3T19A 4RW7A 3VQAA 3RMDA 3SQ0A 1A5XA 1LAVA 3MEGA 4WE1A 3VQ7A 4C8OA 1Q8IA 1YVUA 3QEPA 4E1MA 4PQUA 2VG5A 3AVGA 4E19A 5FRNA 4DSFA 1D9DA 2HHWA 3ZSWA 2F8TA 2GV9A 4M3RA 3TAMA 4CERA 2RKIA 4CHOA 4CJ3A 3V4IA 4DTPA 4RG8A 2BGGA 4FM0A 3RTVA 2PYJA 1WAFA 1D8YA 3NH1A 4HTUA 3VQPA 1ZYQA 3MXIA 3C95A 1RTJA 1MU2A 4FJ5A 4CHPA 4FJ7A 4KHNA 1KFDA 1HRHA 3TABA 3OYMA 2FBYA 4JS5A 4HCBA 3HL8A 3HP9A 1NOZA 5SWMA 4IG3A 4B9MA 1O1WA 1S5JA 1HYVA 4FM2A 4NCAA 1VSMA 3OYNA 2VWKA 3K5LA 1RDBA 1X9MA 3E01A 4FLZA 5HLFA 1JLGA 3ASMA 3VQ8A 2XO7A 3KK2A 3TWHA 4Y1CA 4DU1A 4KTWA 4CJEA 3HXMA 4E1NA 1HNVA 3ZT3A 4N47A 2P51A 3SQ1A 1YT3A 1U4BA 1YTUA 4FCYA 4Z4HA 5FDLA 4ZHRA 3C94A 4C8MA 3S3OA 1IH7A 2G8HA 4O5BA 3PUFA 4MQ3A 1TL3A 3QNNA 3BDPA 1JL2A 3THVA 4KHYA 1TL1A 4FZYA 3F73A 5T7BA 2ZQBA 4J2AA 1F21A 3AA3A 5J2NA 1NK6A 1D9FA 3HSTB 4IDKA 2HHVA 1RDDA 4O0IA 4FXDA 3V9WA 2G8KA 4DG1A 1TAUA 4CFBA 3HYFA 1L3TA 1HPZA 4CJ5A 1RTIA 4CJSA 4CEZA 1JLBA 3L2QA 4HUGA 4KTQA 1B9FA 3HK2A 4DTUA 4DTSA 4DFPA 5CYMA 3ZSYA 1VSJA 4F3OA 2XY5A 3SCXA 1FKPA 1QS4A 1TKXA 1VRUA 3QIPA 2VG7A 4CEEA 4LSNA 5C25A 4DF8A 4DQSA 4PWDA 1U04A 4CJVA 3AVHA 2XY8A 3QINA 1T05A 3AVIA 4H4MA 1NOYA 3VQBA 2YNGA 3WNHA 2E4LA 1TVRA 1WSHA 4CCHA 1S1VA 3C6TA 2YV0X 3OYBA 3OYDA 4ELUA 4CFAA 1ZBIA 5D3GA 3RR7A 3LALA 3TAGA 2KW4A 5KRSA 3KLHA 1SKRA 4O4GA 3HO1A 4BDYA 3DM2A 1KVAA 4EP4A 1R0AA 1SL1A 2G8FA 1RBVA 4CEAA 3OYJA 4FZXC 1BI4A 3DOLA 3SI6A 1A5VA 4ZTJA 4KFBA 4DSEA 1JLEA 3SYZA 1J5OA 3VA3A 5JS1A 1RTHA 3V9ZA 2DY4A 3A2FA 1U49A 1T7PA 3H08A 1UWBA 4CFDA 3IRXA 3PX4A 4FJGA 4FK2A 4C8NA 5HRNA 3SUNA 2YNIA 1X1PA 4EP5A 4M3XA 4M3TA 3LWMA 3PO4A 2HNZA 2ETJA 3KD1E 3KKRA 4B9UA 3DI6A 4C8KA 1WSJA 3CFPA 2IS3A 4AILC 3SUPA 1CLQA 3PX6A 4LSLA 4CK1A 3DLKA 1FK9A 5DMRA 4I9QA 1FKOA 1KTQA 1UOCA 4ELVA 4Z4FA 3QEXA 1I39A 3DOKA 3VQDA 2BE2A 1U47A 1LW0A 2I5JA 1GOBA 1BIZA 4R5PA 2D5RA 2HVIA 4E7JA 3RRHA 2YHBA 4RW8A 3AVNA 1QQCA 1G15A 4OPJA 3UIQA 4F3TA 2X6NA 4M41A 3VQ6A 3OYHA 4PA1A 3AO5A 2VWJA 3ULDA 1LV5A 5HRPA 4OJRA 2Z1GA 4FJ9A 4L8RB 1JLAA 3FFIA 3NF7A 5HBMA 3ZSQA 4OPKA 4FM1A 1NJYA 3VQ9A 3AVKA 1ASWA 3V9SA 2IGIA 2A1SA 2GBZA 1YTAA 4Y1DA 2A1RA 5DK5A 1HQUA 3AA4A 3OYIA 1S9EA 4F4KA 3AA2A 4CJTA 4Z4GA 1RBSA 1HNIA 3DRRA 3SV4A 5KI6A 1BHLA 3OYEA 2DFEA 3K58A 1B9DA 3I8DA 1VSLA 2O4GA 1ASVA 3DRSA 3MECA 3MEEA 1Q9XA 4N76A 4CEFA 3NF8A 5EU7A 3NBPA 3L2WA 2HB5A 3HVTA 4CFCA 4E7LA 4DF4A 4CEBA 5KTQA 1LW2A 2HNDA 1Q9YA 2PYLA 3NFAA 3AA5X 2RPIA 1JXBA 1JXEA 1C0UA 1RT4A 3HPHA 2D0AA 3LAKA 4CJFA 2KQ2A 4YFUA 4DTJA 1L3SA 1RT3A 2HW3A 1QE1A 4W5RA 5HRRA 4FJHA 3U3GA 4CF2A 3KJVA 3P5JA 4E7HA 3QERA 1HJRA 3KD5E 4RW9A 3LAMA 4IKFA 4J2EA 1DTTA 3LP3A 3CFRA 1SKSA 2B6AA 2IOCA 3F9KA 5KGXA 4M3ZA 4AHSA 1WSGA 3VQCA 4IG0A 4DS5A 5FRMA 4OLBA 4J2DA 4KAZA 3QEIA 4AHCA 2G8IA 4FYDA 2KZZA 5J2PA 1WN7A 2G8VA 1S1XA 1LWEA 4E7KA 2G8UA 3RRGA 4ID1A 4LD0A 1ZBFA 3ZT1A 3NHGA 1KLNA 2OZMA 2LSNA 1RT5A 3EZ5A 2ZD1A 4KB1A 1S9GA 3HP6A 1XI1A 4IFVA 1EX4A 1TKZA 4BWMA 4KI6A 1LWFA 2XHBA 3NCIA 3MXMA 3D0PA 4AH9A 3LZIA 1SUQA 2OPPA 1KVCA 3OYLA 3DLRA 1VSEA 2KTQA 1NKBA 3RWUA 3VN5A 1VSHA 2FBTA 4CJPA 3QIOA 1TK0A 3O3GA 4DFKA 1IG9A 4I7FA 1ZBHA 2KFNA 3O4NA 2XY7A 5KGWA 4BWJA 4CGHA 4BDZA 4KV8A 1RBTA 1SKWA 4B9NA 4FLYA 3VA0A 4C8LA 4DSIA 4FLUA 4FW1A 4B8AB 2OPRA 3IG1A 4H4OA 1C0MA 3BGRA 3LP0A 4OGEA 1NK4A 3AO2A 3IS9A 3V1QA 4FJIA 2YKNA 4KB0A 4AHUA 3NGIA 4KO0A 2XRIA 3LPUA 3ZSRA 4DMNA 4KHSA 2HVHA 4CGDA 3AVCA 3AVLA 2EHGA 3OJSA 4FJMA 2X78A 4FK0A 1IKYA 3G10A 1JLQA 3DMJA 3KK1A 4DQQA 2WOMA 3B6PA 1VK0A 4FVMA 4CJ4A 1J54A 2IAJA 4OLAA 3V1OA 3TAQA 1LAWA 4OVLA 3SPZA 4ZTFA 1QSYA 4FJJA 3KLGA 4O44A 3P1GA 1L3VA 1TGOA 4KHWA 4B3OA 3LPTA 4CHYA 3CQ8A 2Y1IA 3JSMA 1U48A 4I2QA 1EETA 3MAQA 1HYZA 4CK3A 1QSLA 3KLIA 1VSIA 4FJKA 1REVA 2DTUA 3DLEA 3SQ2A 1BL3A 1W0HA 2OPQA 4IBNA 4CIFA 3VQ4A 3VQEA 3OYGA 1NKCA 1L5UA 3PY8A 1WNSA 3IAYA 4Q0BA 4B08A 4E7IA 4FLXA 1UA1A 1JLCA 3G0ZA 3WNFA 2ZE2A 3HPOA 4DQRA 2W42A 4BDPA 3SNNA 3M8QA 4ID5A 2JGUA 1I3AA 1WLJA 4O55A 3NH0A 5HP1A 4CIEA 3NH2A 2B4JA 1T8EA 1NJXA 3AVBA 4KTZA 4W5NA 3ZSXA 4FJXA 1C6VA 2FC0A 4CJRA 1TKTA 3T1AA 4FLWA 3AO3A 3VQQA 5KRTA 4KKOA 3RMAA 1CXUA 4DLEA 3CG7A 4LY7A 4MFBA 3SPYA 1CXQA 1QTMA 4W5TA 2P5OA 1S6QA 1RT6A 2HHQA 3NE6A 3V9XA 2DFHA 3ZCMA 1ASUA 4W5OA 3V6DA 4Z4IA 4H8KA 4CGJA 4Q5VA 3TAEA 3U3YA 2OA8A 1NK5A 4QAGA 3SUQA 1HYSA 1DTQA 2ATQA 4CECA 4XIUA 4GMJB 5JS2A 4HCCA 3U6FA 4HUFA 4FK4A 5I42A 4M3YA 2ITGA 1ITGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OY9A 3S9HA 4FW2A 4QCLA 2JWLA 5M1NA 4B3TK 4CHQA 4OGCA 1YJNN 3AV9A 4WFAL 3WUHA 1N36K 4JKGA 4RTFD 3OYKA 3JYTA 3G4SN 3E66A 3CYMA 4H5TA 4KRFA 3ZT0A 2QKKA 2QWQA 2YKMA 4DR6K 3ZX0A 5CZ2A 3WXIA 1GLCG 2O8BB 1VQNN 1EKEA 1BCMA 1TK8A 4CF1A 5BR9A 1Z26A 4O0JA 2KFZA 4JI5K 2A41A 4IFYA 1EP4A 4OKKA 3HI0A 5HRSA 3DXKA 2ZJPL 4F8RA 4AQYK 2QTDA 3EE8A 3DLLL 4PL8A 4E89A 1TAQA 3CETA 4B9SA 3L2VA 4EZ9A 1YAGA 3D2EA 3O3HA 2E1ZA 1KAXA 4BR7A 4GNIA 3TSQA 1KFSA 4KHUA 4HVJA 4I2PA 1C0TA 1XC9A 4NLBA 2VG6A 2I7PA 4JKCA 4JI0K 4CJQA 2UU9K 1RT1A 4CZEA 3THYB 2OPSA 4CHNA 3KHYA 1QHAA 3L2UA 1GOAA 1DLOA 3A0IX 4F9OA 4FZZA 1GLDG 1VRTA 3ZX3A 3DYAA 3CFOA 1BQNA 4FWLA 4JS4A 1YIJN 4KPYA 1RILA 1NJWA 2QKBA 5AQHA 2YNHA 3NGZA 4AF1A 5GIPA 2B5JA 2YNFA 4AHVA 4DSKA 2P9NA 2Y1JA 4JKFA 1KLMA 4BE0A 4IFEA 3VEZA 1WSIA 4DKWA 2UUAK 3OW2M 3TARA 4LF5K 1C1BA 3K59A 5FPDA 3SZ2A 2NLXA 4CF9A 2P9UB 1IO2A 4DSJA 4JI3K 3QETA 3ZT2A 1BCOA 3WQUA 5JMVA 3I56N 4M63C 4DTNA 2HHTA 3HM9A 2BH1A 5BR8K 1DT9A 1A5WA 1U2VB 3L3VA 3OVNA 1VSDA 1EO1A 4AHRA 4CIGA 4JN4A 2VWBA 3KIOA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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