3ZSVA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
total genus 58
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zsvA00
3TANA 3MEEA 4FJNA 1D5AA 2BDPA 1EKEA 1EX4A 3V81A 1NOZA 2DFHA 4C8NA 4HUEA 3ULDA 4CEAA 1HYZA 1VSIA 1WSEA 4CFCA 1CXQA 4FJLA 4BACA 3RTVA 1FKOA 1RTIA 2VG7A 3VQPA 4FLUA 3C94A 3NF9A 2YNHA 3ZT4A 3SI6A 5HRPA 1BL3A 3AVFA 1Z26A 3TR8A 3L2VA 1NJXA 4J2AA 4B8AB 3WNHA 3WNGA 1VK0A 3RMBA 1KLNA 2HHSA 3V9XA 5KI6A 3A2FA 3PX4A 3AVBA 1QSLA 1QS4A 2RKIA 4XIUA 3MXIA 3ITHA 4E89A 4F4KA 4OJRA 3V9ZA 3SUOA 5FDLA 1YTAA 3MEGA 4RW8A 3HYFA 1QE1A 3IS9A 3OYIA 3ZT3A 3NDKA 3ZT0A 3AA4A 3KK3A 4EZ6A 3KKSA 3TWHA 3WNEA 4HHTA 2Z1HA 3NFAA 4H4OA 1UWBA 1ZBHA 3SUNA 1ZBIA 4CJWA 4E19A 1C6VA 3LWMA 2QKKA 1JLEA 1ASVA 3O3GA 1SL2A 3M8QA 3K59A 4FJ5A 3TAQA 4FK4A 3DRPA 3L2WA 1BI4B 3VQAA 3HSTB 3DRRA 2HNYA 4PA1A 1D9DA 4E7HA 4J2BA 1EETA 4KHNA 4NCAA 3AVHA 3SUQA 2E6LA 1JLCA 2XY6A 2W42A 5FRNA 3I0RA 3KLGA 4I7FA 4RW7A 3VQ6A 4Z4CA 1BIZA 3L2RA 1REVA 2YNIA 2EX3A 2XHBA 1N6QA 4FLVA 3QERA 1QHTA 3OYEA 1Q8IA 1S6PA 3LPTA 1L3UA 4KI4A 4KFBA 1S1XA 1HJRA 3OYJA 2ATQA 3KLEA 4DFJA 4B9LA 4ELTA 5J1EA 2F96A 5I3UA 3CFOA 3DRSA 3OYNA 3LP0A 3PO5A 4CF9A 4ZHRA 4PUOA 4F8RA 1IKVA 4KTWA 1DTTA 3OJSA 4PQUA 3DLEA 4BWJA 4KV8A 4DQQA 2F8TA 1RT2A 4CK1A 2FBYA 4O0IA 3FFIA 1J53A 3M8SA 1BQNA 2HHTA 3EYZA 5C42A 2G8FA 4O0JA 4Y1CA 4CHQA 1CXUA 2ZQBA 3K5OA 4LD0A 4J2EA 1RT6A 4HTUA 3L3VA 4M45A 2HMIA 4OVLA 4QAGA 3ZSZA 3OYMA 5J2NA 4Z4EA 1U04A 3ZSQA 3QEXA 1BIUA 3HPGA 4FM1A 2PYJA 4KB0A 3QEVA 2YNFA 4CHOA 1JLGA 4TSXA 4AHCA 4BE2A 4FJ9A 4Z4IA 3HO1A 3CFRA 2HW3A 3I0SA 4W5TA 5CYMA 1KSPA 2DFFA 3P5JA 3K2PA 1RBVA 4IBNA 4KKOA 1NJZA 5FRMA 1XWLA 3NF6A 2D5RA 5FROA 3VQ5A 2VWJA 2IOCA 3WNFA 3DOLA 1KVCA 1X9MA 3QNNA 4E0DA 1JLFA 1JXEA 1KTQA 4JRPA 1B9FA 1TK0A 3VN5A 4FLWA 1JL2A 3CQ8A 1RCHA 4DU1A 1J5OA 4DSFA 1XHZA 2DTUA 1LAWA 3EZ5A 1KFSA 2YKNA 4CFBA 2VG5A 5CZ2A 4CK2A 4CJTA 4N76A 1GOCA 4FLTA 4PY5A 4W5NA 4CJQA 3AO4A 3T19A 3SQ2A 1NK8A 3L2QA 1LWCA 1HRHA 1LV5A 3OJUA 3OYFA 3PX6A 4EP4A 3SQ1A 2KW4A 1L5UA 1A5XA 1EP4A 4CJRA 3HM9A 2LSNA 1RBRA 1DTQA 1S1TA 2EHGA 3OS0A 4J2DA 2ZE2A 1KVBA 1TKDA 4FK0A 4B3OA 1WSJA 3TAFA 4BWMA 5SWMA 4PWDA 2Z1IA 1SKSA 2HHUA 3KIOA 4CEFA 4ELVA 4FJJA 1C1AA 3JSMA 4OPJA 2YHAA 1DLOA 4CGIA 4JS4A 1SKRA 2B4JA 4DTNA 3V4IA 1RBSA 4KI6A 4FJ8A 4H4MA 5K14A 3OYGA 3G0ZA 3OYHA 4UQGA 4WE1A 4DFMA 5D3GA 4ZTJA 2HVHA 4OKEA 1BCMA 3THVA 3VQ4A 4FK2A 5T7BA 1S1WA 4O55A 3QO9A 3CYMA 2OPRA 4O4GA 5HRNA 4FZYA 3SPYA 3HL8A 1U48A 2YNGA 3V1OA 1NOYA 4E1NA 3PO4A 3ZSRA 4CGDA 4HUFA 3V1RA 3TAEA 1JL1A 1VRTA 5KRTA 3VQEA 3RMCA 3SUPA 4F2RA 4AHVA 4FJGA 2B6AA 3TAMA 1Z25A 3LZJA 4FZZA 1RDDA 5CYQA 1GOAA 5I42A 2HVIA 3HPHA 4DFKA 2XY8A 4DQPA 1HPZA 3MEDA 4CHYA 4NCBA 3ZT1A 3NAEA 1TK5A 3RMDA 3DI6A 3NF7A 1C0TA 4KTZA 3TARA 4JS5A 1U47A 1B9DA 3LP2A 4DG1A 3KD5E 4ID5A 1RT5A 3QEIA 2RPIA 4N5SA 3AO1A 3IG1A 2Z1JA 3LANA 3KD1E 3OS1A 3DLGA 3HVTA 2DFEA 3AO3A 2G8UA 3K58A 3TAGA 2OYQA 1YVUA 3O3FA 4DTMA 2IDOA 3SV4A 3ISNC 1JKHA 1U45A 1TAQA 1NKBA 3HK2A 1TKXA 1SV5A 4QCLA 3P83D 4ID1A 3HXMA 1F21A 1TKZA 1RDBA 1BI4A 4E7JA 3TAPA 4FJ7A 4HUGA 3OYBA 1D9FA 3QIPA 4B9TA 4FLYA 3U3GA 2ETJA 3AVKA 4IDKA 3AV9A 3OVNA 4EP5A 1BISA 3S3MA 3NE6A 3QEPA 3AVCA 2Q3SA 4CFAA 4CF2A 5KGWA 1TK8A 2G8IA 1WNSA 1TKTA 4W5RA 2NUBA 3M8PA 2Z1GA 1HQUA 1VSHA 2IGIA 3NF8A 4AHRA 4CJPA 1HNIA 3OY9A 2OA8A 5HRRA 4B9SA 3OS2A 3NGYA 1RTJA 3LDSA 1XI1A 1NJWA 2E4LA 4FCYA 1NK5A 2XY5A 1IKWA 3F9KA 4E7IA 3V9UA 1BHLA 1JLQA 1WSIA 5KRSA 3PX0A 2HHXA 3AVMA 4BE1A 1RT4A 4E7KA 4FVMA 2O4IA 3SZ2A 4M3ZA 4Z0UA 2P5OA 3QEWA 4Q5VA 4DQSA 3S3NA 3HVRA 3AO5A 1HYSA 3DMJA 3KJVA 4W5OA 4O5BA 1HQEA 3KKRA 3NGIA 4K8XA 5JS1A 3BGRA 3O4QA 4CHNA 1NKEA 4KO0A 3SJJA 3PV8A 1L3VA 4I9QA 4DS4A 4KTQA 1KLMA 1IO2A 5HP1A 1T7PA 4KHQA 4Z4HA 4CE9A 2KFNA 1TGOA 4RG8A 3JYTA 3HP9A 4G1QA 3VA3A 1KRPA 3NCIA 4DF4A 4EZ9A 3C95A 3U6FA 4B8CA 3RMAA 4KAZA 3SV3A 3QNOA 1VSDA 3E01A 4FW2A 5J2QA 4CCHA 1GOBA 4CHZA 2FBXA 4CESA 1EXQA 4N56A 2G8WA 3CM5A 1RBTA 3NGZA 4ZTFA 2HHVA 4KRFA 4CJFA 3NH1A 4KPYA 2XRIA 3MXJA 2QXFA 3AVGA 4ICLA 1JXBA 5JS2A 3KK2A 1XHXA 4DTOA 4DSIA 3V9SA 3D45A 4JLHA 3K5LA 2ITGA 4DSEA 3CG7A 4E3SA 3MXMA 2FC0A 2YKMA 1R0AA 2PZSA 1VRUA 1SUQA 4KREA 3TI0A 5HRSA 3ZCMA 4KHWA 1XC9A 2OPSA 1WN7A 2GUIA 2OPPA 4IG3A 3T3FA 3LWLA 1JLBA 4NCGA 1MU2A 1QSYA 4CK3A 3PY8A 1HYVA 4O44A 4OGCA 4FJMA 3K5NA 4KB1A 4KHSA 4DU3A 2BGGA 3SPZA 3VQCA 2KQ2A 2PY5A 1J54A 1CZBA 1WSHA 2X6NA 3DLHA 1C1BA 1WAFA 1UA1A 4DTPA 4CEQA 1LAVA 1LWEA 4CGHA 3VQBA 4B9VA 2BE2A 3P1GA 3QLHA 4CJVA 3U3YA 2ZD1A 3V9WA 1X1PA 1RTHA 1VSFA 4M41A 1QSSA 4I2PA 4MQ3A 3SYZA 2OZSA 5DMRA 1FKPA 2VG6A 2WOMA 3O4NA 4IFYA 3C6UA 1T05A 4OKKA 3KK1A 2F8SA 3ALYA 4QOZB 1CLQA 1O1WA 1RBUA 3L8BA 4DLEA 4DU4A 2JGUA 3RR8A 2RN2A 2X78A 4OKJA 4RW4A 3ZT2A 1RTDA 2X6SA 4W5QA 3H08A 4OGEA 1SL0A 5EU7A 1S1UA 3OYCA 4FJHA 2KZMA 1IH7A 4K8ZA 3AA3A 4N41A 4F2SA 1BCOA 3ZSOA 1NK9A 4CIGA 1ITGA 4M3TA 4F3TA 3NHGA 2D0AA 2GBZA 4M3RA 1Y97A 4GMJB 3DLRA 3QIOA 3QINA 3ZSYA 1RT1A 4MFBA 3RRGA 4B9MA 4CJEA 4M3UA 3LALA 4DS5A 3RWUA 3ZSWA 1RILA 2P1JA 1T8EA 1VSJA 1UOCA 1FK9A 3KLHA 3NBPA 5KGXA 4DTUA 3NH2A 1S1VA 1W0HA 4CEOA 4ELUA 3K5MA 4LH4A 1NK4A 3S3OA 4FZXC 4OLBA 1S9EA 1UAXA 2HNZA 3LZIA 1C0UA 4DTXA 4DQRA 4DWIA 1W9HA 3SQ4A 4NYFA 5HLFA 4DTJA 1S5JA 4CGJA 5KTQA 1IG9A 4CJKA 3K57A 1WAJA 4FJXA 4GVMA 1HNVA 3AVNA 4CFDA 4CECA 1A5WA 1ASWA 2KFZA 3DLBA 1IKXA 1HMVA 1WSFA 4AHSA 2RF2A 4CJLA 4BDPA 3IRXA 4KHUA 3AA5X 3IAYA 1KFDA 4LY7A 3QESA 1NK6A 2XY7A 1KVAA 4CGFA 4CIEA 1TAUA 4OLAA 2GV9A 1C1CA 4CEBA 4I2QA 1RNHA 1IKYA 1C0MA 3DM2A 3LPUA 4IG0A 4DLGA 4FM0A 3VQ8A 1NK0A 2X74A 3LP1A 4Y1DA 4DMNA 3S9HA 2IC3A 4BE0A 4OPKA 4GW6A 5CZ1A 3BDPA 1ZBLA 3AO2A 5C24A 2D0BA 2Y1JA 2FBVA 3AVIA 3VA0A 3RRHA 2I5JA 3DLKA 5C25A 1BQMA 1L3TA 3LAMA 4FLXA 1S9GA 3TABA 3OYLA 1SKWA 4M3WA 1JLAA 5CY4A 2BANA 4CF0A 4R5PA 1D8YA 2P5GA 4M3YA 4CJ3A 3AVAA 1TVRA 4HCCA 3HT3A 3B6PA 1S6QA 4CERA 4L8RB 4LSNA 2HNDA 4FYDA 1U49A 1QTMA 5J2MA 4BDYA 3VQQA 1SL1A 4N47A 2OPQA 4E7LA 3OYDA 3D0PA 2QK9A 4KHYA 4YFUA 1WLJA 3L2UA 5SZTA 4CEDA 3B6OA 4CJ4A 1YTUA 3SQ0A 1VSKA 2OZMA 4YNQA 4H8KA 3VQ7A 3VQ9A 2D0CA 4LSLA 4CJSA 4NYNA 1NJYA 4M3XA 2E6MA 3UIQA 3KLIA 4FLZA 1B92A 1ZBFA 4CF8A 1FXXA 1U4BA 3MECA 4C8KA 3DOKA 3VQDA 4Z4GA 1LW0A 2JLEA 2YV0X 4AHUA 4DFPA 1KCFA 4FXDA 1WSGA 4M42A 3DYAA 1YT3A 4LH5A 5J2PA 4Q0BA 1I3AA 2G8HA 4DQIA 2DY4A 4E1MA 1J9AA 4DTSA 3V6DA 3M8RA 4HVJA 2Y1IA 4CEEA 4F3OA 4C8OA 4BDZA 4FJKA 4I9LA 1TV6A 2O4GA 3SNNA 4FM2A 4CIFA 1Q9YA 2G8VA 2KZZA 1A5VA 1RDAA 4DSLA 4B08A 3LP3A 2QKBA 3SCXA 1LW2A 4CGGA 4CJUA 1CZ9A 2HB5A 3CM6A 4FW1A 3HP6A 2R7YA 3AVLA 3OYKA 4JRQA 4Z4FA 1ASUA 2P51A 4IFVA 3ZSXA 3KLFA 1UA0A 1NK7A 3AA2A 4DSJA 1ZBUA 4AILC 4CF1A 3C6TA 5DK5A 4AH9A 3AVJA 4RW6A 1TL3A 2B5JA 2AJQA 1K6YA 4FJIA 2YHBA 4DSKA 1QQCA 1RT3A 1RDCA 2G8KA 2XO7A 1I39A 4CHPA 3T1AA 1N5YA 1L3SA 4C8LA 2KTQA 2FBTA 1ZYQA 2VWKA 4AHTA 3RR7A 1RT7A 3PUFA 4DTRA 2IAJA 4DF8A 3I8DA 1X9SA 3F73A 1X9WA 2IS3A 5HROA 5E41A 1Q9XA 1VSEA 1BGXT 1VSLA 2A1SA 3ZSVA 4HCBA 2HHWA 3LAKA 5HBMA 3L3UA 3NH0A 1G15A 3G10A 3EY1A 1TL1A 4CJ5A 3HPOA 1T03A 4B9NA 4RW9A 3V1QA 2PYLA 2A1RA 1VSMA 4C8MA 3MAQA 4IKFA 1NKCA 4B9UA 1LWFA 3OYAA 4CEZA 3HJFA 3QETA 2HHQA 3CFPA 3ASMA 3O3HA 2WONA 3KTQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BR8K 3THYA 1D5AA 3LM9A 4PL7A 3V81A 1EX4A 5KPRA 2DFHA 4PKHA 1XNRK 3VESA 3ULDA 4H0OA 3VQPA 5AQJA 4LF5K 3NF9A 1BL3A 1Z26A 3L2VA 3J8AA 4A2BA 1KLNA 3PX4A 4XIUA 3ITHA 4E89A 4OJRA 4B3SK 3EE8A 3MEGA 1QE1A 3IS9A 1MWMA 3ZT3A 1SZ2A 4EZ6A 3KK3A 4DV4K 1H1VA 3KKSA 1ILYA 3WNEA 5BPMA 1UWBA 5JICA 2ASMA 1ZBIA 1K8KA 1VAZA 5JMVA 2ZGYA 1C6VA 2E2OA 5KQDA 3O3GA 4FK4A 4AF1A 4BRFA 3DRPA 3L2WA 1FW6A 3HSTB 5LMUK 4E7HA 4F9OA 1JCEA 1SQKA 1WBDA 5EVZA 2XY6A 1REVA 2EX3A 2A3ZA 4K41A 1VQ7N 3CIPA 3OTOK 1S1XA 3A0IX 5BN9A 2ATQA 4DV2K 5J1EA 3CPWM 2F96A 4YOTA 1OH5A 4CF9A 5AQYA 2E88A 1N8RO 4BWJA 2F8TA 4CK1A 3FFIA 3M8SA 2ASOA 1BQNA 5C42A 3K5OA 4LD0A 4J2EA 4JKDA 1NMNA 1U04A 2NRVA 3HPGA 1VQ9N 1S22A 3IDHA 2GX9A 2YHWA 2DFFA 3VQ5A 1WB9A 3LL3A 4CBUA 5M1KA 1JLFA 1TK0A 3CQ8A 4DSFA 2V51B 5AFUH 3VEOA 4H5RA 1GLBG 3T19A 4CZHA 1LWCA 3H45C 1HRHA 1JJ2M 3OYFA 4EP4A 2KW4A 1EP4A 4CJRA 2LSNA 4B3OA 4IJAA 3SBTA 1J6ZA 2Q0RA 4PWDA 2Z1IA 4X64K 1SKSA 1T44A 4GV3A 2NRWA 4FJJA 1C1AA 4OPJA 2YHAA 4JS4A 5AZIB 3V4IA 2HF3A 1EWQA 2GUPA 3TSPA 3WUHA 3G0ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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