3ZSWA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zswA00
2OZMA 4F4KA 1NKBA 4M3RA 3OYIA 3OYDA 5I3UA 1BHLA 4Y1DA 3AVHA 2A1RA 2D0AA 4FJHA 2OPSA 4GMJB 4CFAA 4N5SA 3EYZA 3K57A 4FM0A 2ATQA 1EX4A 4HTUA 3PV8A 4CGFA 2JGUA 3AVGA 3O4NA 2OA8A 4CFCA 2PY5A 1IKVA 1X1PA 3MXJA 4CJFA 4EZ9A 2EHGA 2YNGA 3TWHA 1NK5A 2DFHA 1WSFA 4CHPA 3RR8A 4K8XA 4CEEA 3L2VA 4H4OA 1TK0A 4W5NA 4DQQA 1WAJA 1S1WA 3OJUA 4I9QA 3IAYA 2G8VA 1JLCA 4QAGA 1KCFA 3G10A 3MXMA 4DS5A 4NCBA 2HVIA 2DFEA 1JLBA 4FYDA 3KLEA 1JXBA 4AHCA 1YTUA 4AH9A 3AO2A 4CEQA 3K5LA 1RDDA 1O1WA 3KLHA 3K59A 1RT3A 4OGEA 3OYFA 3QEXA 4I7FA 3OYJA 4CHOA 1BISA 1G15A 3AA5X 1KVAA 1ASUA 1U04A 4B9MA 3FFIA 1I3AA 3NGZA 2HHWA 4AHUA 3ZT2A 4FJIA 1RBVA 3VQEA 3CFOA 5FRNA 3SV4A 4FLYA 2XY6A 1UWBA 3F73A 1UA1A 1QSYA 2YKMA 1KFSA 2P5GA 2F8TA 4BE0A 1TL1A 4DSFA 3QEVA 3DMJA 4CJVA 4OKKA 1LV5A 4CK1A 4BACA 3K5NA 4N47A 3JYTA 1D9FA 1F21A 4BDYA 5C42A 2VG7A 3AVIA 4RW8A 4ICLA 1JL2A 3UIQA 4FZYA 1TGOA 4FJJA 1I39A 1C1BA 1WSHA 4R5PA 3ZSQA 2OPPA 3OS0A 1TAUA 4PQUA 1S1XA 3HVRA 2YHAA 1X9SA 4E1MA 4CJTA 3LP3A 4HUFA 4CIEA 4OKEA 1IKXA 1TAQA 3S3NA 4NCGA 3DYAA 2KW4A 4C8KA 1BCOA 3DRPA 1L3UA 3V1QA 4CJUA 3MXIA 1UOCA 4CF0A 1A5VA 2E6LA 1HQUA 3HJFA 3AO5A 4CGGA 4E7JA 2KZMA 3V81A 1WN7A 3HL8A 4BWJA 3VQ7A 3P83D 1FK9A 3AVCA 3V9SA 3BGRA 3QEIA 4F8RA 4CF9A 4DF4A 4FK4A 2O4IA 3LANA 1JLFA 1LAVA 4O55A 4E3SA 4DLEA 4DTRA 4KHNA 4M3UA 3DRRA 4B8CA 4N41A 4QCLA 1VK0A 4CIFA 1S9GA 4Z4FA 5HP1A 1SV5A 2RN2A 4KHUA 2HMIA 3OYAA 3L2WA 4Q0BA 3LWLA 4B9VA 4B9TA 4M3YA 4EZ6A 3P1GA 1VSEA 4AHSA 4CJQA 3HSTB 4FLUA 2YNFA 3QNNA 1KFDA 4PA1A 1NK6A 1VSHA 1WSJA 3IG1A 4HUEA 3RR7A 2D5RA 4DMNA 4ZTFA 2IOCA 1JLAA 3TAEA 2YKNA 3DRSA 4CJRA 3SUOA 4HCCA 2BE2A 1RBTA 3H08A 3HPHA 3OY9A 3VA3A 2X78A 4FW1A 4DTOA 1L3TA 3KK2A 2KTQA 3EY1A 4KHSA 4KI4A 2OPRA 4B3OA 3KLIA 2HNDA 4CECA 4DG1A 3RMAA 3NH0A 3HP6A 1BGXT 4KO0A 3RMBA 2A1SA 1RT4A 1HNIA 3A2FA 4FCYA 2FBXA 1KLMA 3SNNA 4FJMA 3T1AA 3AVNA 1RDAA 1D8YA 5K14A 1C0TA 3AVKA 3CFRA 3OJSA 2Y1JA 4ZHRA 3RTVA 2P51A 5J2QA 1S6PA 4E0DA 1RCHA 2HNYA 4CEZA 4I9LA 4O4GA 4Z4IA 4HCBA 4OPJA 4O0JA 2OYQA 1WNSA 3EZ5A 2VG6A 2QKBA 1ITGA 3MECA 4FJ8A 4DF8A 1RILA 3KD5E 5DMRA 3KIOA 4FZZA 3M8RA 3TABA 4DWIA 2HW3A 3LPTA 4K8ZA 4RW4A 5C24A 4CHYA 1Z26A 4W5OA 3QNOA 3QLHA 5J2NA 4RW7A 3SCXA 4KV8A 3AVBA 1BQMA 3KLFA 1NKCA 2F8SA 2KZZA 4AILC 2QKKA 3VQPA 3ITHA 2OZSA 2XO7A 1CZ9A 1NJWA 1DTTA 4B9SA 2P5OA 4FM2A 2G8FA 4KI6A 4M42A 3JSMA 1RT1A 3K58A 3V9UA 4DTUA 3O4QA 3WNGA 2NUBA 4KHYA 2RF2A 3ZT4A 3SUQA 3SPZA 4IG0A 3KK3A 3DLKA 4ELTA 4NCAA 3LP1A 3WNFA 1RDBA 3NF9A 4FJ5A 2G8IA 1S1VA 2HHUA 4ID5A 4FJLA 3IRXA 2W42A 3OYGA 4CF1A 1D5AA 4DU1A 1HYSA 1JLGA 1DTQA 2IAJA 3M8PA 3KLGA 4FZXC 1YT3A 3VQ9A 4DQRA 3HPGA 3MEGA 3T19A 4FLVA 5FDLA 3L3VA 4DFPA 2XRIA 4IFVA 3ZSZA 1BI4B 4CESA 4OVLA 2B5JA 1NK7A 1IO2A 2HVHA 4KFBA 3P5JA 3V1RA 3S9HA 2FBYA 3S3MA 1RNHA 3B6PA 4NYNA 4LY7A 3NH2A 5SZTA 1NK0A 1RTDA 2G8HA 1S1UA 3D0PA 1HYZA 1HNVA 2Y1IA 1SL1A 4W5QA 1VSMA 4DQSA 4DFKA 4ELUA 5FRMA 2JLEA 1HRHA 1NK8A 1A5WA 2LSNA 3PUFA 3QERA 3ZSYA 1ZBLA 4GVMA 1NOYA 4DU4A 4J2AA 1GOCA 1HMVA 3VQQA 3OYLA 3DLRA 4EP4A 4FK0A 3AVJA 5KRSA 3OYKA 1XI1A 3QO9A 3HPOA 1SL2A 2WOMA 2IS3A 1RBUA 3RMCA 4FJXA 3CYMA 3SQ1A 3L2QA 3LP2A 4DTJA 4OPKA 1C1CA 4Z4GA 4G1QA 3KJVA 4O0IA 4NYFA 1YTAA 1FXXA 2ITGA 4J2BA 3AO4A 3AVAA 4CHZA 2R7YA 4DS4A 4PY5A 4IKFA 1RTIA 2ZD1A 3LDSA 3LALA 4CJEA 4LH4A 2ETJA 3G0ZA 3AO1A 1BIUA 1RT7A 4FVMA 2P1JA 4LSLA 4E1NA 3LZIA 3PX0A 1S9EA 1J5OA 1QHTA 4JLHA 4FLZA 1J53A 4DTSA 3OYNA 4J2EA 4CJPA 1Z25A 2IC3A 4FLTA 3RWUA 3V9WA 4ELVA 1REVA 1QQCA 1SKSA 4TSXA 4DSJA 3S3OA 4F3TA 3HK2A 4CERA 3NF8A 1GOBA 4FLXA 4DLGA 4ZTJA 1IKWA 1EXQA 5HBMA 3VQAA 3CG7A 5KRTA 4BWMA 4W5TA 1C0UA 3NF6A 1EKEA 4CFDA 1U48A 4KHQA 1ZBHA 3AVMA 3ASMA 2IDOA 2BDPA 4FJGA 1JLQA 2X74A 1KVCA 4FW2A 1FKOA 3SJJA 4KB0A 3SPYA 4FJ9A 4CGDA 3K5MA 1TK5A 3TARA 1C0MA 3V1OA 1XHZA 4GW6A 4FJKA 1VRTA 2HHSA 4XIUA 4KKOA 3HP9A 3DI6A 4CK2A 1U4BA 2PYLA 5DK5A 5KGWA 3AA4A 3U3GA 4F3OA 3V4IA 2XHBA 3VN5A 4O44A 1R0AA 2Z1IA 1UAXA 5FROA 4JRQA 1RT6A 3VA0A 3C6UA 1NOZA 3IS9A 3HYFA 2X6NA 1X9WA 1ZBIA 2Z1JA 3VQBA 3RRGA 4E7LA 2HHTA 1WSIA 1DLOA 2EX3A 3LAKA 1LWCA 3NGYA 3ZT1A 4C8NA 3ZSVA 4AHRA 4Q5VA 5T7BA 3NH1A 2OPQA 4E7KA 4B8AB 4C8MA 1RT5A 1RT2A 2FBTA 3C94A 2PZSA 1LWEA 3HO1A 1RTJA 1L5UA 4HUGA 4AHTA 5E41A 4KRFA 1ASWA 4BE1A 1Q8IA 4OGCA 4IG3A 4RW9A 2G8UA 3NCIA 4DTXA 4M3TA 4CEBA 5C25A 1ASVA 1TV6A 1HYVA 4BDPA 2DFFA 3V9ZA 3K5OA 3E01A 3ALYA 1Y97A 3CM6A 3VQCA 3CQ8A 5KI6A 2VWKA 2XY8A 3I0RA 3K2PA 3ZT0A 4CIGA 4LD0A 4JS5A 3SI6A 3TAQA 4KREA 1VSKA 2ZE2A 1LWFA 5HRSA 3DOLA 4CJKA 4C8OA 4I2QA 1RBRA 1NJYA 1QTMA 1LW0A 2F96A 3AA2A 4CFBA 4Z4HA 4F2RA 3ZSXA 3SZ2A 1CXQA 4YNQA 3DM2A 4N56A 5CYQA 2G8KA 2D0CA 2B6AA 2DTUA 1HPZA 2Z1GA 2KQ2A 2HHQA 3OYHA 3HM9A 5HRPA 4DTPA 3OYBA 3SYZA 5HROA 1NKEA 1ZYQA 1T05A 4B9UA 3NGIA 2G8WA 1JL1A 2XY7A 4Z0UA 5J2PA 4CE9A 2PYJA 5HRRA 4M3ZA 4JRPA 3WNHA 1J54A 4I2PA 1QS4A 3VQ6A 1IKYA 3QETA 2GV9A 1QSSA 2KFZA 3SUPA 3HXMA 4YFUA 3O3FA 1VSIA 3SQ2A 4DTNA 3PX6A 1W9HA 1TL3A 3HT3A 4DSKA 3V9XA 2ZQBA 4CJWA 4FLWA 1IG9A 4J2DA 3L2UA 2RKIA 1KRPA 1BCMA 4CHQA 1YVUA 3PO4A 1NJXA 1B92A 2YNHA 4LSNA 4PWDA 2D0BA 2Z1HA 5SWMA 3KKRA 3AA3A 4H4MA 1SKWA 3TANA 4OLAA 3PX4A 1BIZA 1TVRA 4MFBA 1VSJA 1FKPA 1ZBUA 1D9DA 1X9MA 2WONA 3L3UA 2HHVA 1U47A 1LAWA 4M3XA 2X6SA 2QXFA 4QOZB 1QSLA 3DLHA 3ZSWA 1UA0A 4W5RA 3KKSA 5CZ2A 3PO5A 3RMDA 4L8RB 4ID1A 3QEPA 3L8BA 4DQIA 3TR8A 4KTWA 3ZT3A 3NF7A 3OVNA 1TKZA 1S6QA 1ZBFA 5CZ1A 1NJZA 3LP0A 4LH5A 3ZSRA 2B4JA 3TAFA 1T03A 4FK2A 4KHWA 4OJRA 3SQ0A 2VWJA 3I8DA 3LZJA 4CEAA 3RRHA 4E89A 5HLFA 3KTQA 3M8SA 4DSEA 4KAZA 3SQ4A 4OKJA 4DSIA 4KTZA 3OYEA 3VQDA 1TKDA 1A5XA 3AO3A 4CEOA 5KTQA 4HHTA 3NE6A 2BGGA 1RBSA 2XY5A 3DLEA 4CJ3A 1VSDA 4M45A 1WAFA 1CXUA 3CM5A 2GUIA 4RW6A 3TAMA 1EETA 4IDKA 3ZSOA 3SV3A 2AJQA 4FJNA 3F9KA 1CLQA 1VSLA 4M3WA 1TKTA 2KFNA 2O4GA 5I42A 2YHBA 1WSEA 3OYMA 3VQ4A 3NFAA 3KK1A 4IBNA 3O3HA 1SKRA 3QIOA 4FM1A 4KPYA 1BL3A 2FBVA 3O3GA 3OYCA 5CY4A 3ZCMA 3T3FA 4DSLA 3KD1E 3LWMA 4Y1CA 4WE1A 4CEDA 3OS2A 4KTQA 1TKXA 3TAPA 1MU2A 5KGXA 1BI4A 3NBPA 2BANA 4CEFA 4CK3A 4JS4A 1U45A 4CJ4A 4CCHA 1NK9A 4E7HA 1C1AA 4MQ3A 4UQGA 3C95A 3NHGA 3AVFA 1SL0A 2E4LA 2IGIA 4CGHA 1U49A 1B9FA 5JS2A 3MAQA 4E7IA 3TAGA 4M41A 1T7PA 5D3GA 1J9AA 3CFPA 4KB1A 2HB5A 2GBZA 3VQ8A 4FJ7A 3AVLA 5EU7A 5HRNA 4OLBA 3VQ5A 4CF8A 1HJRA 4Z4EA 1QE1A 3LPUA 3NAEA 1B9DA 4DQPA 1L3SA 4DFMA 1XC9A 3PY8A 4CHNA 3AV9A 4IFYA 3QEWA 1C6VA 3L2RA 1CZBA 3D45A 5J1EA 4DTMA 3DLBA 4B08A 3HVTA 3I0SA 1GOAA 3M8QA 3DOKA 3MEEA 4CGIA 1VRUA 1IH7A 4BE2A 5JS1A 1N5YA 4F2SA 3OS1A 1K6YA 4N76A 1HQEA 1T8EA 4E19A 3BDPA 1Q9XA 3ULDA 4Z4CA 3LAMA 3V6DA 3TI0A 1SUQA 4DFJA 1EP4A 4CJ5A 3B6OA 1JLEA 2I5JA 4CJSA 2YV0X 4BDZA 4B9NA 1Q9YA 3DLGA 1S5JA 2Q3SA 4EP5A 4O5BA 1KLNA 2FC0A 4HVJA 1TK8A 1NK4A 4CF2A 2QK9A 3C6TA 1KTQA 3SUNA 4CGJA 2RPIA 3NDKA 1VSFA 3QIPA 1LW2A 1RDCA 1KVBA 3WNEA 4DU3A 1JKHA 1BQNA 3QESA 5J2MA 3U3YA 1XWLA 4AHVA 2HNZA 4C8LA 1RTHA 1W0HA 3MEDA 1KSPA 3QINA 3U6FA 1L3VA 1N6QA 4B9LA 4H8KA 4CJLA 2HHXA 1WSGA 4FXDA 1JXEA 1XHXA 2DY4A 2YNIA 4RG8A 1S1TA 2VG5A 3THVA 4PUOA 5CYMA 3ISNC 2E6MA 1WLJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AFUA 1CZAN 4F4KA 5EY4A 1WOQA 3H45C 3EYZA 4H5VA 1EX4A 3HOTA 3AVGA 4CFCA 4B3TK 3MXJA 4CJFA 5AQYA 3TWHA 2GELA 3FGUA 3G4SN 4CHPA 3LDQA 4W5NA 3OJUA 2O8BB 3R9PA 2CGLA 4JK8A 3G10A 1BOTO 1JLBA 1VHXA 1G99A 3VEOA 5M1FA 1ATSA 1O1WA 4OGEA 1BISA 1KVAA 1NGBA 4B9MA 4FJIA 3VQEA 2HF4A 4JKGA 3WEEB 4BR5A 4FLYA 1KFSA 1QSYA 2P5GA 2F8TA 4X66K 1TL1A 3DMJA 5JICA 3K5NA 3C0BA 4BDYA 5C42A 3MX5A 2IVPA 4FZYA 4NLCA 1TGOA 1E4FT 1I39A 4KH6A 3ZSQA 3OS0A 5CHIA 1K8KB 4E1MA 1YVNA 4HUFA 4DV2K 1WB9A 3DYAA 3V1QA 4CJUA 1IBLK 1HQUA 2E88A 4CGGA 4BWJA 3C7NA 3VQ7A 5BRDA 3QEIA 3V9SA 5F0XA 4WYBA 1O13A 3KK7A 3LANA 1LAVA 4E3SA 1MA9B 4KHNA 4QCLA 2V7ZA 3ULEB 3CMAN 2UXCK 4Z4FA 4WCEL 1T3VA 2RN2A 4H0TB 5AQVA 2HMIA 3G71N 1TUUA 1XC3A 2D0PA 3LWLA 1YUWA 3VF4A 4YDUC 4KHSA 4ZTFA 2IOCA 2YKNA 3DRSA 1IBKK 3KZBA 1RBTA 3B8AX 3H08A 3HPHA 3OY9A 3VA3A 5BPNA 3VGLA 3AGKA 3KLIA 3BZKA 4DG1A 3NH0A 4DR3K 4FWKA 3RMBA 3AARA 2A1SA 1HNIA 5LJVA 4FJMA 3T7ZA 1N33K 3AVNA 1RDAA 2P9NB 1H1VA 2Y1JA 4B1VA 2WFBA 3DJCA 3AAQA 1RCHA 3SLCA 2HNYA 4Z4IA 4OPJA 1BU6O 3A5OC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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