3ZSZA

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 55
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zszA00
4B08A 2BDPA 5DMRA 4GVMA 2HVIA 2EHGA 2HHUA 3V9UA 1S6QA 4FLUA 4HVJA 4CF1A 1NOZA 1RNHA 5C42A 4DSEA 4CFBA 5C25A 3C6UA 3BDPA 1S9EA 2ETJA 1RILA 3OYEA 3PX4A 1BCMA 4PQUA 4YNQA 3KKRA 4KTWA 3KLFA 4B9UA 1WAJA 3L2WA 3VQPA 4DQIA 4KO0A 4W5QA 4B9MA 4FZYA 4DTUA 3DI6A 3AVIA 3IG1A 3MAQA 3RWUA 4CJTA 1BGXT 3K5NA 4DQPA 4FLZA 4KHSA 3SUPA 1KVAA 3C94A 1WN7A 3QEIA 3QEVA 4M3WA 1KCFA 4C8LA 4FZXC 1QSYA 3ZSQA 3L8BA 3SQ1A 4CJRA 3G0ZA 3OS0A 3LZIA 1XC9A 1CXUA 1JLQA 2FBXA 3LP1A 3MXIA 1L3VA 4NCBA 4CK2A 5KRTA 4O5BA 2G8WA 3RMDA 3V1QA 4FLXA 5JS2A 1RBVA 4K8XA 1BCOA 3OYKA 3F9KA 3ZCMA 3AO2A 3QIOA 4KAZA 5D3GA 4E1MA 4H4MA 4Z4CA 4Z4HA 4EZ9A 4CEOA 3NE6A 4B9NA 4M45A 3B6OA 3HP9A 2QKKA 1U47A 1EX4A 1QTMA 4B9SA 3VQCA 4BE0A 1TAUA 1R0AA 4AILC 4CGFA 4DS4A 4CHQA 1QQCA 2HHTA 3CYMA 4LH5A 1TKZA 3WNHA 1SUQA 3LDSA 3TAFA 2FC0A 3AVNA 1VK0A 5J2QA 4BDYA 2KFNA 1L3UA 4DTNA 3RMCA 3TAQA 3AO1A 4C8OA 1DTQA 2P5OA 4HUEA 2G8FA 2DY4A 2QXFA 1TGOA 3AVGA 1KTQA 3NF7A 4CJWA 1G15A 1Y97A 4FW1A 2O4IA 1IH7A 3HPGA 4RW8A 1KLNA 1WSEA 3DYAA 4KTZA 3NH2A 3L3VA 3OS1A 1TVRA 3SQ4A 3KLEA 1LW2A 1JL1A 4ELTA 2B5JA 4CIFA 1B9FA 1N5YA 1VSDA 1QHTA 1VSFA 3L2UA 4AHSA 3EY1A 1RDCA 3JSMA 4M3XA 4KI4A 4EZ6A 4EP4A 3OYAA 2YHBA 2Z1GA 3OYGA 4DFMA 1KSPA 2G8HA 1C0MA 4FK0A 5I3UA 1CZBA 4FVMA 3HSTB 4Z0UA 2DFEA 3VA0A 3HYFA 2G8VA 2DTUA 2E6LA 4CEBA 3BGRA 3LP3A 3NF6A 4FCYA 2F8SA 3ZT1A 2YKNA 3M8SA 1RTHA 3LANA 3NHGA 1RT3A 4H4OA 5T7BA 1S1UA 3ZSRA 4RG8A 4CJ3A 3NGZA 5J2MA 2OPPA 1DTTA 1UA0A 2WOMA 3PY8A 2AJQA 2ZD1A 4CGJA 3V9SA 2KTQA 1BI4A 1Z25A 2HW3A 3AVHA 3OVNA 3AVMA 3ZSZA 3ZSOA 3K5OA 4I2PA 3SYZA 4CFCA 3QEXA 1BISA 2OPQA 3VQQA 2FBVA 4F4KA 3VQ7A 4N47A 3HPOA 4FM2A 3PV8A 2YV0X 2FBYA 2X6SA 2E4LA 4OKKA 5CZ2A 3EZ5A 3NAEA 3DRRA 3QEWA 2A1RA 3NBPA 4CGHA 1VRUA 3KJVA 1LAWA 3VQ9A 4DFPA 3S3MA 1BIUA 4MQ3A 3AVJA 4JRPA 3PO5A 1VSKA 4J2BA 1RBRA 4FJGA 1T7PA 1NKEA 2VG5A 4NYNA 3VQAA 2IGIA 3ZT4A 1IKYA 4ZHRA 1BQNA 4LY7A 2ZQBA 2Q3SA 3ZSYA 3U6FA 1S1VA 4FJ7A 4W5OA 4O4GA 1WSIA 3HK2A 3DOKA 2KZMA 4NYFA 4DTJA 1ASWA 1RDBA 3ZSWA 1I39A 2IS3A 4O55A 3OYMA 3SJJA 4AHCA 1NJXA 5FROA 1Q8IA 3E01A 3L3UA 5CYMA 3RRGA 4DSJA 2R7YA 4F3OA 2VWJA 1X9MA 1TK0A 3QLHA 1K6YA 2JGUA 4DG1A 3NH0A 1RT5A 1WSFA 3RMBA 4R5PA 2Z1HA 1YTUA 1SL1A 1W0HA 4CFAA 3KK1A 1ZBUA 3CM6A 1L3SA 4W5TA 3PUFA 2ZE2A 3LWLA 3SV4A 1RT1A 4HTUA 4HUFA 5SWMA 3AA2A 3QESA 2HMIA 1YVUA 4RW9A 1JL2A 3HPHA 4CF9A 1J53A 1SV5A 3IS9A 4MFBA 3RTVA 3QNOA 3SCXA 4BWMA 1S9GA 1VSMA 1LV5A 4I9QA 3OYCA 4DTMA 4E7HA 3UIQA 3IAYA 4DF4A 2FBTA 4CHZA 3O3HA 4FLWA 2XO7A 2OPSA 4BDZA 4OGEA 4CERA 1WNSA 3HT3A 4HUGA 3O4QA 1X9WA 5HBMA 2PYLA 4C8KA 4DMNA 2I5JA 1HNVA 4E7IA 3L2RA 4Z4IA 2HVHA 2GBZA 3FFIA 2XHBA 4CJQA 3T1AA 2HHSA 2XY5A 3QIPA 3A2FA 1NKBA 5KGWA 2F8TA 3MXJA 2VG7A 4CESA 3TAGA 1BHLA 4CJSA 4J2EA 5HRSA 2IAJA 3K59A 4Q0BA 2X78A 3MEEA 4JS5A 4UQGA 4WE1A 1NK8A 1NK6A 4KI6A 3AVKA 4B8AB 4FLVA 1QS4A 5HLFA 1VSIA 3AO4A 1T05A 1Q9XA 1LWFA 3LPUA 3KIOA 3TR8A 4DQQA 1DLOA 3HJFA 4OPKA 4M41A 2YHAA 3RMAA 4BDPA 2IDOA 4DTPA 3QNNA 4CK1A 4LH4A 4CJPA 4JS4A 4FJXA 4CJ4A 4KFBA 3SUNA 4LD0A 4CE9A 3ITHA 1RT2A 3I8DA 1NK5A 3RR8A 1WAFA 3O4NA 3TANA 3O3GA 4BACA 4CJVA 3MECA 4CHNA 2X74A 4DSIA 2OYQA 3V1RA 4HCBA 1QE1A 4B3OA 2A1SA 2YNGA 3OY9A 4PUOA 4FK4A 1I3AA 2D0BA 2G8IA 4C8MA 1XWLA 1JKHA 4QAGA 1RT6A 2KFZA 3HM9A 1IKXA 5FDLA 3OYFA 3V6DA 4DTXA 3AA5X 4E3SA 4CJFA 1TAQA 4PY5A 1HYSA 5KGXA 2YNFA 3ZSVA 1B92A 1HPZA 3PO4A 2G8UA 2HHWA 1JXBA 4DTRA 3OYJA 1SKRA 3CFRA 2YKMA 3NGYA 1TK8A 3KTQA 3QINA 1MU2A 3SPZA 1FKOA 1SL0A 2XY6A 4AHRA 1YT3A 1TKXA 1CLQA 1T8EA 1TK5A 4FJ9A 3LP2A 4ELVA 4FLTA 4Z4EA 1SL2A 3KLGA 1HNIA 1U49A 1HYZA 3VQEA 3VQ6A 3KD5E 1VRTA 3V1OA 4CK3A 4F2RA 4DF8A 3DLKA 1KRPA 4L8RB 4KKOA 3CG7A 3KK2A 1S5JA 1EETA 2BE2A 2PY5A 5K14A 4CIEA 3TAEA 4KREA 1W9HA 4F3TA 4FJ8A 4AH9A 4CEEA 4O0IA 4FYDA 4CGIA 2OZSA 4GW6A 1B9DA 1FXXA 4DWIA 2GV9A 3QO9A 1KLMA 3EYZA 4CEAA 1IO2A 1BIZA 2OPRA 3DLEA 1VSHA 4DU4A 1QSSA 3K5MA 4KB1A 5JS1A 2D0CA 4N41A 4IFYA 1BL3A 1RDAA 4CF8A 4CJEA 1NJWA 1A5XA 2B6AA 2WONA 1JLCA 3ZT0A 3OYNA 2RF2A 3TI0A 3QEPA 3D45A 4CIGA 4C8NA 4FJLA 4CEDA 1C1BA 4FJJA 1JLAA 2KZZA 3HVRA 2P5GA 3CFOA 4AHUA 4I2QA 1T03A 4FJIA 3AVLA 3HP6A 3SQ0A 1ASVA 4OJRA 1U45A 1VSLA 1UWBA 4TSXA 3D0PA 3AA4A 4E0DA 3LAMA 5C24A 4KTQA 4DU3A 3CM5A 3JYTA 1CXQA 4F2SA 4B9LA 3KD1E 2Z1IA 4OVLA 1JXEA 1S1WA 3MEGA 4CHYA 1TL1A 3KK3A 4DU1A 4IKFA 1WSJA 4FJMA 4KPYA 3U3YA 4N56A 4CJUA 3SUOA 3K2PA 1RCHA 4CGGA 1TKDA 3DLGA 1D9FA 4BE2A 1C1CA 3DLRA 3NH1A 3LZJA 4E7JA 1XHZA 5CYQA 1UA1A 1EKEA 4DFJA 2EX3A 2RPIA 3HO1A 1UAXA 4LSLA 1ZYQA 1UOCA 1XI1A 2HNYA 3B6PA 3SZ2A 5FRMA 2LSNA 4OKJA 4M3RA 4Z4FA 4BWJA 4CJ5A 4M3TA 2HNDA 1ZBHA 1J54A 4DLGA 3WNGA 2XRIA 3VQBA 4CGDA 2HNZA 3LWMA 4N5SA 3T3FA 3VQ8A 3ALYA 4B9TA 2KW4A 2XY8A 5J1EA 4W5RA 4E7KA 1S6PA 3DLBA 4ELUA 3ZSXA 3RR7A 3C6TA 3WNFA 1WSHA 3NDKA 1EP4A 5DK5A 4FJKA 4E7LA 3THVA 1J9AA 1GOBA 1JLEA 2YNHA 2QKBA 4I9LA 4OGCA 3VA3A 4DQRA 4ICLA 1NK7A 2B4JA 4ZTFA 1RT4A 4DFKA 3MXMA 1D9DA 4AHVA 3O3FA 3MEDA 1L3TA 4FJNA 2Y1IA 1XHXA 2HHXA 4FJHA 5HP1A 4DTSA 1U4BA 1RBSA 1Q9YA 4PA1A 4YFUA 3ULDA 3U3GA 4CFDA 3ASMA 3IRXA 5I42A 3SI6A 1LW0A 4FM1A 1NOYA 2Y1JA 1WSGA 1NKCA 1JLFA 3HVTA 1J5OA 1JLBA 3L2VA 1SKWA 4FK2A 3KLIA 4QOZB 2VG6A 1A5WA 3V9ZA 4KB0A 1CZ9A 2HHQA 3SUQA 1C6VA 4AHTA 4HHTA 3ZT2A 3RRHA 4CF2A 1NJYA 1RTJA 2RKIA 4E19A 1QSLA 3CFPA 1FK9A 5SZTA 3M8RA 1X1PA 2BANA 2DFFA 4E1NA 1RDDA 2HB5A 3HXMA 4M3ZA 3V9WA 3S9HA 3TAMA 3NF9A 1ZBLA 2IOCA 4M3YA 4CEFA 4B8CA 4H8KA 2PZSA 4EP5A 4HCCA 3SV3A 1C0UA 4JRQA 1GOCA 1HQUA 4E89A 1D8YA 2NUBA 3DMJA 4FM0A 4NCAA 3HL8A 3OYIA 5E41A 2KQ2A 3LALA 3AVFA 3P5JA 4GMJB 3OJSA 4O0JA 1X9SA 4KHWA 4W5NA 4RW7A 4IG0A 3AVCA 4CHOA 5HRPA 3OYLA 5KI6A 3K57A 3KKSA 2Z1JA 3DOLA 1JLGA 1HYVA 3NFAA 4IDKA 1WLJA 3AV9A 3VQDA 3LPTA 2VWKA 4IFVA 3V81A 1RTDA 1NK4A 4KHQA 4ZTJA 4CCHA 3NF8A 3AVBA 3I0SA 5CY4A 3TABA 3KLHA 3CQ8A 1S1XA 2QK9A 1GOAA 1HQEA 4OLAA 2W42A 4CECA 5FRNA 1IKWA 4O44A 4Y1DA 4FLYA 4IBNA 3PX6A 5HROA 3T19A 2JLEA 4RW4A 3SQ2A 3TWHA 4N76A 3NGIA 1VSEA 4KHYA 3S3OA 3V9XA 3OJUA 3DLHA 3I0RA 1Z26A 4CEZA 2D0AA 4XIUA 3P83D 5J2PA 2G8KA 4F8RA 4OPJA 4LSNA 4FJ5A 3P1GA 1SKSA 2HHVA 1RT7A 5HRNA 1BQMA 1HJRA 4RW6A 1NK0A 3L2QA 1NK9A 2P1JA 1KVCA 1VSJA 5EU7A 1REVA 3OS2A 1IKVA 3K58A 4BE1A 3V4IA 4JLHA 2RN2A 4J2AA 1RTIA 1TL3A 1O1WA 4FZZA 4IG3A 4KRFA 2D5RA 4Q5VA 4OLBA 1RBUA 1N6QA 2F96A 3DM2A 4ID5A 5CZ1A 3ZT3A 4M3UA 4CJLA 3VQ5A 1KFDA 4CEQA 1KFSA 3DRSA 3SNNA 4DLEA 2GUIA 3H08A 2E6MA 1FKPA 3WNEA 4CJKA 2PYJA 1ZBFA 3C95A 3K5LA 1ASUA 2OA8A 2OZMA 4K8ZA 4M42A 1ITGA 4NCGA 2O4GA 4DSKA 4DS5A 2IC3A 2ATQA 3AO3A 3QETA 1KVBA 3SPYA 4QCLA 3OYDA 3TARA 3OYBA 2P51A 1U48A 1NJZA 4KHNA 3QERA 1RBTA 3AVAA 3F73A 1L5UA 2ITGA 1LAVA 4DTOA 1A5VA 1LWCA 2YNIA 3AA3A 1D5AA 4CF0A 1EXQA 3VN5A 4Y1CA 1HRHA 1C0TA 1YTAA 3LP0A 5KTQA 3TAPA 2BGGA 4B9VA 1S1TA 4DSLA 4G1QA 4FW2A 5J2NA 1BI4B 3DRPA 4J2DA 1LWEA 1HMVA 3VQ4A 3M8QA 3OYHA 4DQSA 3S3NA 3NCIA 1ZBIA 4FXDA 2X6NA 5KRSA 3LAKA 1IG9A 4PWDA 1U04A 4KV8A 5HRRA 1F21A 1TV6A 3AO5A 2DFHA 3G10A 4ID1A 4CHPA 1C1AA 2XY7A 3PX0A 3ISNC 4OKEA 4KHUA 4DSFA 3M8PA 1TKTA 4Z4GA 4I7FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HVIA 2ZJPL 4FLUA 2AA4A 4GY2B 4DSEA 5C25A 4H5VA 3MN6A 4JNEA 3KKRA 4RTFD 3KWGA 2H3GX 4KO0A 4FZYA 4DTUA 3DI6A 1I94K 3RWUA 5LJVA 4LFAK 4CJ7A 4FLZA 4KHSA 4DV7K 3QEIA 1KCFA 4C8LA 3CERA 4WYBA 2O8DA 3G0ZA 3HSCA 5LMNK 5CR4A 1JLQA 2FBXA 2FSNA 5GAEP 5C2DA 1L3VA 4UY8O 4EHUA 4O5BA 4FLXA 1RBVA 3F9KA 4KAZA 4H4MA 4EZ9A 4CEOA 3B6OA 4CZEA 4BE0A 4H0PA 4DV6K 3P4IA 3TSPA 2V7ZA 1QQCA 2HHTA 4QS8A 2FC0A 1DKGD 4A5BA 1L3UA 3AO1A 4JK8A 5BRFA 2G8FA 5ELZA 3VMFB 2DY4A 4CJWA 3AVGA 1KTQA 2AP1A 4DR5K 1KLNA 4H0XB 3NH2A 3VESA 3SQ4A 1HX1A 1LW2A 1JL1A 2NLXA 2B5JA 4OX9K 4CIFA 1N5YA 4EZ6A 3OYAA 2HSTA 4FK0A 3H3OB 4K42A 4C1NI 3VEOA 4A59A 1Q18A 2F8SA 2P9NA 1RTHA 4CBWA 1QQOA 1VQ9N 1RT3A 2FSJA 5FRMA 4RG8A 3PY8A 2AJQA 1TYQB 4JKGB 2KTQA 4MDBA 2HW3A 3AVHA 3OVNA 3AVMA 3MK6A 3SYZA 3HI0A 1BISA 2HF4A 5E84A 3PV8A 2YV0X 3QEWA 1QZ6A 4BR9A 5BRDA 3VQ9A 3S3MA 4A2AA 1BIUA 2UXDK 5I9EB 1VSKA 4FJGA 2QWNA 1IKYA 1BQNA 4LY7A 1WSIA 4FWSA 4QS7A 1K8AO 1RDBA 1X3NA 3OYMA 4AHCA 4F9OA 1NJXA 1Q8IA 2WBNA 2W40A 4JD2B 1K6YA 1XC3A 4R5PA 2Z1HA 3KK1A 4R79A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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