3ZT1A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt1A00
4AHRA 2IGIA 2QK9A 2XY7A 3DLRA 3QLHA 4M3RA 3NH0A 2B5JA 3ZT3A 1UA0A 4DS5A 5C42A 1VSDA 3AV9A 4KHNA 2DFEA 1VSMA 3QEXA 2G8HA 4I9LA 4FK4A 1GOCA 4FJ9A 3TAPA 4E7HA 4FJKA 1S9EA 1HMVA 4B08A 2ETJA 4CF1A 4CFAA 3QNNA 4CIGA 3HP9A 1X9MA 3QIPA 4M42A 1ZYQA 1UA1A 1SL0A 4NCGA 4HVJA 4CJKA 3PY8A 1GOAA 3KK2A 2F8SA 4Q5VA 1HYSA 2F8TA 1S5JA 3V1QA 3VQCA 4AHUA 4E19A 3KK1A 4DFPA 1EKEA 4DWIA 4BACA 3OS2A 3D45A 1JLCA 4TSXA 4BE2A 2XY5A 2ZQBA 1FKPA 3VQAA 1U49A 3O4QA 3AA5X 4RW7A 4DS4A 4LD0A 3TAMA 1RTIA 5E41A 4AHVA 1JLQA 1KVAA 3L2VA 1R0AA 1WSGA 3S3OA 4FLXA 1JL2A 3AO2A 3B6OA 1RBTA 1A5WA 1IKYA 4DTJA 4ZTJA 3SCXA 1RT5A 2FBTA 2Z1JA 1BQNA 3KKRA 4EZ6A 3ZT1A 4CEDA 4B9MA 3OJSA 3V9SA 1C0UA 4MQ3A 5HROA 1JXBA 4E7LA 4DTXA 1QTMA 4K8XA 4QCLA 5JS1A 2HVIA 4CEBA 1FXXA 4W5RA 3KTQA 2Z1GA 1DTQA 1HRHA 3ZSYA 1HNIA 4OKEA 3OYEA 3ULDA 1TAUA 3O3FA 3K5NA 3ZSWA 3CG7A 1RT3A 4FJ7A 4KTWA 4CE9A 1C1AA 3ASMA 1DLOA 4ICLA 3ZSOA 4FCYA 3ALYA 4FM2A 1ZBIA 1X1PA 4DSFA 5KRTA 4B9TA 3LP3A 4CIEA 1RT2A 1UOCA 3AVJA 1MU2A 4FLTA 3OYHA 4OLBA 1SL1A 2D0CA 5D3GA 1RT7A 3AVBA 3WNEA 3QEWA 4JRPA 5KI6A 1C0MA 3LP1A 4XIUA 3OS0A 3K58A 3LANA 1BCOA 5I3UA 3OYBA 3CFPA 2FBYA 4KAZA 4B9LA 3HPOA 1GOBA 3AVCA 3VQ7A 2X78A 2R7YA 2G8KA 3ISNC 2ZD1A 3EY1A 1NJXA 1T05A 3QIOA 2X6NA 1KLMA 5FROA 3DLKA 3THVA 1Q8IA 4M3YA 1BHLA 1Q9YA 1S1XA 1T7PA 4PUOA 4CJ5A 2EHGA 4OGEA 1IO2A 1EP4A 3KLGA 3KLEA 2VWJA 3HVTA 3SQ1A 1D9DA 4M3WA 3QEIA 1SUQA 3AO1A 1C6VA 1TV6A 3EZ5A 2G8IA 1K6YA 5C24A 4KB0A 1C1CA 1A5XA 3SQ4A 1QSYA 1NK7A 4KTZA 5HRNA 2I5JA 1JLBA 2OA8A 1SV5A 1B92A 4CEAA 4CEOA 3HP6A 3WNHA 5J2NA 3KD1E 3LWMA 4HUFA 1L5UA 3TAFA 4AHSA 3LPTA 3AVKA 4FLYA 1YTAA 5KRSA 5SWMA 3V6DA 1XC9A 3LZJA 4FJHA 4I9QA 3KK3A 1B9FA 4Z0UA 4KTQA 2O4IA 3ZT4A 3JSMA 2HHUA 3NF9A 3LDSA 3NBPA 1BL3A 3M8PA 3OYGA 3CQ8A 1BI4A 4DTRA 1KVBA 3OYDA 5FRMA 2BDPA 1BIUA 2YHBA 1J5OA 3G0ZA 4ELVA 2EX3A 3DRRA 1VRTA 5HRPA 1S9GA 1ITGA 4DQIA 1J54A 4W5NA 3AVNA 4CJPA 3I0RA 5K14A 4QOZB 1RBSA 1WSFA 5J2QA 4KHUA 2X74A 4N47A 1JLGA 4AHCA 1W0HA 3MEGA 2KQ2A 3VA0A 3T1AA 3ZCMA 3V9XA 4E7IA 1NJWA 4CCHA 4ID1A 4RG8A 4JRQA 1KCFA 4DSEA 4DQSA 1N5YA 4DFKA 3RMAA 4Y1CA 1HNVA 4YNQA 3KKSA 3LAMA 3QEPA 5HRSA 3DLBA 2DY4A 4FM1A 2PYLA 4CEQA 4CK2A 1XHZA 4O0JA 4NCBA 2RKIA 2YKNA 1J53A 3AO4A 3TAQA 4F3OA 1QQCA 3V9WA 1WN7A 5HBMA 3OYAA 4DTPA 2YNGA 4FXDA 4B8AB 3C94A 4DMNA 4FLVA 4M3XA 3KLHA 3M8RA 1S1VA 4CJRA 3NF7A 3MAQA 3U3YA 3SUQA 3HK2A 4N76A 2B6AA 3I8DA 4DFMA 3IG1A 1XWLA 3PV8A 4OKJA 4DSJA 1KSPA 2HHQA 1BQMA 4CF2A 3MXIA 4CHOA 4CJ3A 1L3SA 1KFDA 2Q3SA 3S3NA 1KFSA 1JKHA 2E4LA 4BDYA 4CERA 3CFRA 1ZBFA 3RMCA 3S9HA 1A5VA 2G8FA 1TKXA 4B9SA 3HSTB 4I7FA 1L3UA 3LWLA 3SV3A 4RW9A 4NCAA 4DF8A 1VSIA 1LW0A 2PYJA 2IOCA 3AVIA 3DRSA 2DFHA 4Y1DA 4C8OA 3NDKA 2IS3A 1X9WA 3SUNA 3M8SA 1VSFA 3ZSRA 4N56A 3KLIA 1O1WA 1VSKA 3S3MA 1T03A 1YT3A 3DI6A 1U45A 2FBXA 3NE6A 3V81A 1JLEA 1WSHA 3F73A 3WNGA 2HHWA 1I39A 4FJGA 3SPYA 4R5PA 4CK3A 2RPIA 4DF4A 1EXQA 2VG7A 3AO5A 1IH7A 4FLZA 3QERA 4DSKA 3ZSZA 3P83D 4KPYA 4IFYA 3O3GA 4ID5A 4HUEA 4DLGA 1NK0A 2JGUA 1D9FA 1ZBLA 3JYTA 4Z4EA 1HYVA 4W5QA 3BDPA 1IG9A 4LSLA 1RT6A 4WE1A 3LAKA 4M3TA 3TI0A 3LALA 1TKZA 1TKDA 3F9KA 1WAJA 4LH5A 3DRPA 4FJIA 2HVHA 3L2UA 3B6PA 4ELUA 1ASUA 1U47A 4KHWA 2X6SA 4CJUA 1BISA 3O3HA 4C8KA 4FJ5A 3L2QA 3VQ6A 4IDKA 2P1JA 3AVAA 1NK4A 4CJQA 3NHGA 3VQBA 5J1EA 4CEEA 2RN2A 4J2BA 1LWFA 4PQUA 1WNSA 2BGGA 1TGOA 4CGJA 4KI6A 1RBVA 4KB1A 4NYFA 3P5JA 1HQEA 1LWCA 1REVA 3ZSXA 4CJSA 4FLUA 3VQDA 3HL8A 1FKOA 4KV8A 2G8VA 1ZBHA 1RBRA 1RILA 1WSEA 2P51A 3OJUA 3O4NA 1W9HA 1WSIA 1LAWA 4FJ8A 3PUFA 3IRXA 4FK0A 2IDOA 2GV9A 1VK0A 2JLEA 3IS9A 5FDLA 4HHTA 3U3GA 3SNNA 4M3UA 4RW6A 3KD5E 2QKBA 4F3TA 3NF6A 4CJ4A 2Z1IA 1IKXA 4CJFA 3OYCA 1Z26A 1CZBA 2HNZA 3ITHA 4DFJA 2P5OA 3HVRA 3DLGA 3K5OA 4OPJA 1RBUA 4BWMA 1LAVA 4CJVA 3DLHA 1QSLA 4HCBA 2HHVA 1BCMA 2Y1JA 5KGWA 4C8NA 2YNIA 4BWJA 3PO5A 3V9UA 4LSNA 4RW8A 1ASVA 2AJQA 4RW4A 4G1QA 2HHTA 4CFDA 3G10A 3NCIA 3NGIA 4YFUA 1QE1A 4CF9A 4IFVA 3K5MA 3AA4A 4FJXA 2KZMA 1NJYA 3CYMA 3MEEA 4AH9A 2GBZA 1NJZA 1U4BA 2IAJA 1TK5A 2XHBA 2DTUA 1BGXT 3DMJA 3OYLA 2G8UA 4B9UA 3V1OA 3AA2A 1G15A 3K57A 4IKFA 1JXEA 4KFBA 1XHXA 1NKBA 3DLEA 3MXJA 4E0DA 1VSLA 3RR8A 1J9AA 1BI4B 4DU3A 1UWBA 1TKTA 4O4GA 4AILC 1CLQA 4N5SA 3HXMA 2OYQA 2WONA 3H08A 5HRRA 4E1MA 3TR8A 1RDAA 1JLFA 3TAEA 4KHYA 2Z1HA 1UAXA 3MECA 4GVMA 4N41A 4FK2A 2BE2A 4B9VA 4FJLA 1JLAA 5EU7A 1RTHA 2ATQA 4ZHRA 3SZ2A 3C6TA 3L2WA 5I42A 2DFFA 5CZ1A 3FFIA 3SI6A 3TANA 4FJMA 4IG0A 2KW4A 1KLNA 2OZMA 4FJNA 4Q0BA 1VSEA 5T7BA 3ZSQA 4F4KA 4KO0A 5CYQA 1VSHA 4CGGA 2NUBA 4DSLA 1YTUA 1WLJA 4DU1A 4KREA 3VA3A 3PX4A 3HT3A 4CHPA 4CEZA 4E7KA 2PZSA 3PO4A 1DTTA 3QEVA 1WSJA 4PA1A 5DMRA 3VQ4A 4FZZA 4OLAA 3BGRA 1WAFA 4CJWA 5KTQA 3DOKA 4CECA 3M8QA 4OPKA 3K59A 3SYZA 3T3FA 2HNDA 3SV4A 4J2AA 1IKWA 2HMIA 1TL3A 1RDCA 2OPQA 4QAGA 2KTQA 3ZT0A 1Q9XA 4CJEA 3AVHA 3VQQA 3I0SA 4BDZA 1Z25A 1QS4A 4E1NA 3NH2A 4DTMA 3KLFA 4Z4FA 3HPHA 2KFNA 4I2QA 4DTSA 2Y1IA 3SQ0A 1FK9A 3HJFA 4CEFA 2E6LA 3SUPA 3TAGA 3TABA 2ITGA 3K5LA 3QNOA 3CM6A 2O4GA 4B9NA 2YKMA 3NH1A 1S1WA 1KRPA 5JS2A 2A1SA 2W42A 2LSNA 2VG6A 2WOMA 2OZSA 3IAYA 2F96A 3E01A 4IG3A 3OVNA 4Z4HA 2GUIA 2XY6A 1LV5A 4C8LA 4CF0A 4OVLA 1HYZA 1S6QA 4NYNA 4MFBA 4JLHA 3VQ8A 4CGFA 3V4IA 4O5BA 3OYFA 3RRGA 3NGYA 3U6FA 3OS1A 1TK8A 4DLEA 5J2MA 1N6QA 3C6UA 4KHQA 4F8RA 4EP5A 4E3SA 1RDDA 1TAQA 4Z4CA 4CHYA 1JL1A 3OYMA 2VWKA 1NK8A 1BIZA 4CJTA 4E7JA 2RF2A 3CFOA 1TVRA 3A2FA 4BE1A 1I3AA 3OY9A 4DTUA 1C0TA 3RMBA 2PY5A 3VQPA 3VQEA 3RTVA 4ZTFA 1VRUA 1B9DA 4DQPA 1F21A 4GMJB 4J2DA 1QHTA 4JS4A 4ELTA 4F2RA 3TARA 1YVUA 3MXMA 4Z4IA 4DQRA 4CESA 4CIFA 4CGHA 1U48A 4HTUA 1RT4A 4CFCA 4EP4A 1NK9A 1EX4A 3LPUA 1XI1A 2D0BA 1EETA 3QO9A 3ZT2A 3AVFA 3V9ZA 4FVMA 4KI4A 4KRFA 1NKCA 3UIQA 3EYZA 3SPZA 3AVLA 3OYJA 1HJRA 1QSSA 3KJVA 3QINA 3L8BA 4CHNA 1RTDA 4FM0A 2B4JA 3KIOA 1LWEA 2YHAA 3LP0A 2XO7A 3PX6A 1D8YA 5KGXA 4F2SA 4FJJA 3HYFA 4M3ZA 5HP1A 1CZ9A 4PWDA 3RWUA 4DSIA 1X9SA 2D0AA 1CXUA 1IKVA 1LW2A 3QESA 2E6MA 3RRHA 4KHSA 4PY5A 1RT1A 4H4OA 2KZZA 4B8CA 3SJJA 3NGZA 4KKOA 1NOZA 1RCHA 3TWHA 4C8MA 4H8KA 1L3TA 4CGIA 2VG5A 2QXFA 3VN5A 4CHZA 4CK1A 4E89A 4DTNA 1SKRA 5CYMA 1CXQA 1C1BA 2ZE2A 3PX0A 3DYAA 4M41A 3HPGA 3QETA 3AVMA 4HUGA 2BANA 4DQQA 2G8WA 5DK5A 4L8RB 4LY7A 3RMDA 2XY8A 4EZ9A 4CHQA 3C95A 3V1RA 5C25A 1NK5A 1NOYA 4W5OA 1RDBA 4FZYA 5CZ2A 4OGCA 1S1UA 2OPPA 4OKKA 4FW2A 4AHTA 1Y97A 3CM5A 3MEDA 3T19A 4O0IA 2HHXA 3LP2A 2P5GA 1T8EA 1S6PA 2IC3A 3AO3A 4DTOA 1TK0A 1RNHA 3LZIA 1SKSA 2OPSA 2KFZA 4BE0A 3K2PA 1HQUA 4IBNA 4HCCA 4BDPA 2HHSA 3NF8A 4CFBA 4M45A 3DM2A 4FYDA 4FW1A 5FRNA 3ZSVA 2HW3A 4FLWA 4B3OA 3WNFA 3L2RA 1KTQA 3DOLA 2FBVA 1HPZA 2HB5A 4CGDA 1SL2A 5J2PA 4UQGA 3D0PA 2QKKA 1ASWA 2YV0X 3OYIA 3SQ2A 4Z4GA 2FC0A 4J2EA 4OJRA 3VQ5A 2YNFA 4CJLA 4DU4A 3HM9A 4H4MA 3AVGA 3NAEA 1VSJA 5SZTA 1D5AA 4FZXC 4O44A 1NK6A 2OPRA 1U04A 4GW6A 4O55A 4JS5A 2D5RA 1SKWA 2YNHA 4I2PA 1KVCA 3L3UA 1ZBUA 3AA3A 3L3VA 3NFAA 3P1GA 3HO1A 1TL1A 1RTJA 4CF8A 5HLFA 2A1RA 3VQ9A 4K8ZA 5CY4A 3OYKA 1NKEA 2HNYA 4DG1A 1S1TA 3OYNA 1L3VA 3RR7A 4W5TA 3SUOA 4LH4A 2XRIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AHRA 4BGBA 2YI1A 3DLRA 3O9UA 2YHYA 4WFAL 3NH0A 4UY8O 1ATSA 4BRLA 1DEJA 1VSDA 3AV9A 2NRTA 3QBWA 1NGEA 4E7HA 4KH5A 4B08A 4CFAA 4CIGA 1X9MA 3E9LA 1ZYQA 1BOTO 4NCGA 4DV5K 4HVJA 4IWVA 1GOAA 4Q5VA 3KK1A 3EL2A 4TSXA 1HPMA 4BE2A 2XY5A 2QWMA 2ZQBA 2IVNA 4IJAA 1RTIA 1ZC6A 2VCPA 4H0YB 1WSGA 3M6GA 3THWA 1JL2A 1A5WA 3I33A 4KBOA 1YVNA 1RT5A 3FFKB 4EZ6A 4I6MA 4CEDA 3HM8A 3V9SA 5HROA 4R79A 2HVIA 3KWIA 4WQ4C 2Z1GA 3OYEA 3G4SN 4CZIA 3KHYA 1RT3A 4KTWA 2BTFA 2Q2RA 3ASMA 4FWRA 1X1PA 4B9TA 3TTFA 3EEQA 3LP3A 3VTHA 1MU2A 4FLTA 2OCEA 2ZJPL 4A5AA 1N34K 1YI2N 5KI6A 4XIUA 2P9NA 2G8KA 2VGNA 3QIOA 1BHLA 4OO1J 4BREA 2YJFA 4OGEA 3THYB 5GAGP 3SQ1A 2OTJN 3EZ5A 2G8IA 4KB0A 1C1CA 1QSYA 1HKGA 2P9KA 4KTZA 5HRNA 2I5JA 1VQNN 1JLBA 2OA8A 1SV5A 1B92A 3HP6A 4FLYA 1YTAA 5SWMA 2P9PA 3JSMA 4FPBA 2HHUA 4BC4A 3NBPA 2QEXN 1NGFA 4BG8A 2Q1NA 4DTRA 4H5VA 1BIUA 3DRRA 1N36K 1VRTA 5F2RA 2QA4N 2VQFK 2X74A 4N47A 4AHCA 3C65A 2QTDA 3V9XA 3ZCMA 2GUPA 3H1VX 4RG8A 2VGMA 1RFQA 1RGIA 4Y1CA 5AQTA 5HRSA 1XNQK 2PYLA 1XHZA 2YKNA 4F3OA 3CCUN 4JKGB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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