3ZT1A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt1A00
1U4BA 4PA1A 1JLFA 3ZSRA 3RR7A 1EP4A 4O0JA 4O4GA 3SV4A 3LP2A 4KTQA 4J2BA 1LAWA 3RRHA 3CFRA 4KHSA 2ITGA 3AVFA 3WNEA 4CJWA 4B9MA 3LPTA 2E6MA 4DQIA 2HHXA 2Z1GA 3LWMA 3OYMA 4IDKA 1S1XA 5FRMA 1RCHA 1TK0A 2HNDA 3HVTA 3LZJA 4BE2A 1KFDA 1JKHA 1UA0A 4FJIA 4O0IA 3C6UA 4DQRA 1RTDA 4RW8A 1RT1A 5I42A 3SQ2A 4CGGA 3OS2A 1NK8A 3KK1A 4OPKA 1T7PA 4DU4A 2FBTA 4FW2A 2OPRA 3LALA 1TK8A 3U3YA 2EHGA 4CGIA 1QSLA 4DFKA 2G8KA 4Z4GA 4B3OA 3TAPA 1HRHA 3CFOA 2IAJA 2BDPA 3TANA 3AA5X 4C8LA 3OYAA 1NKBA 4IKFA 2HW3A 4HTUA 1HQUA 3AO4A 5FRNA 1UOCA 4Y1DA 1TVRA 4DTSA 1W0HA 3SPYA 2YNHA 4AHTA 3HP9A 3M8QA 3NFAA 1FKOA 4FJ5A 1VSKA 1RILA 4DMNA 4K8ZA 4ELUA 3NE6A 3DM2A 4QAGA 1RT6A 5KTQA 1WSEA 4KI4A 3PV8A 1EKEA 2RPIA 5SZTA 4B9NA 2XRIA 3QIPA 5CY4A 3QEIA 4DSLA 4KHWA 3D0PA 4FM1A 4OLBA 3EYZA 1I3AA 3VN5A 3ZSVA 4FM0A 4J2DA 5HBMA 3KK3A 1WNSA 2G8HA 3DLEA 5C25A 4CJFA 3KJVA 2R7YA 4DQSA 3TAFA 1NK9A 3SNNA 3V9SA 1LWEA 2HMIA 1LW0A 3HYFA 4GVMA 1EX4A 4JS4A 1VSEA 3AA2A 3QLHA 4FLYA 3RMBA 3AV9A 3CQ8A 2P5OA 2ZE2A 1XI1A 2Z1JA 4CGHA 3O4NA 3NF8A 4YFUA 1C0UA 5CZ2A 4JLHA 4BDYA 5HRNA 3AO1A 1L3TA 4I2PA 1Z25A 5HRRA 1TAQA 4E7LA 1L3SA 4NYFA 4CJEA 1YTUA 4HHTA 3MECA 4DG1A 1RBSA 4B8CA 3PX0A 2OZSA 3L2RA 3JSMA 3NHGA 3P83D 1IKVA 5D3GA 3WNGA 3PX4A 1XHXA 4B08A 4FZXC 3SUNA 3HL8A 4ID5A 2XY5A 4FJLA 2XY7A 3S3NA 3QNNA 2DFEA 3VQPA 2DFHA 4CK1A 2X78A 3SV3A 4FYDA 4HUGA 2G8WA 3LP0A 4O5BA 4I7FA 5C42A 3S9HA 2PYLA 1RT3A 1WN7A 2ETJA 4OKEA 4CEQA 1NK4A 4QCLA 3ZT2A 4CFBA 3ZSXA 4CJQA 3TAGA 3TI0A 1BIUA 3QEVA 4FJ8A 2HNYA 4FLXA 1TGOA 3VQ7A 4KREA 1FXXA 1WLJA 4CIGA 3QETA 3QERA 3PY8A 3TAMA 1BL3A 1RDAA 1B9DA 3VQ9A 1T05A 3IG1A 1X9MA 1C1BA 3AA4A 3P5JA 2Y1IA 4FJGA 2KTQA 4B9TA 2XY8A 3ZSOA 5KGXA 1WAFA 4DF8A 4RW6A 3KD1E 4FZZA 4M3ZA 4B9VA 2KFNA 1U49A 3NBPA 5DK5A 4FJJA 1XC9A 1VSFA 3HPHA 2F8SA 4CJKA 2FBVA 3VA0A 1WAJA 2D0CA 4H4MA 4CJRA 3RWUA 5J2PA 3K59A 3ZT3A 5HRSA 1HQEA 1N6QA 1TK5A 3CM5A 2A1RA 1DTQA 2Q3SA 4J2AA 3OYGA 2B6AA 4N5SA 4KV8A 4DTNA 1T8EA 1REVA 2OPSA 3VQEA 3O4QA 4E7KA 2YNGA 3F73A 3DRPA 4DTXA 4BDZA 4OVLA 4OKJA 3VQQA 4M3WA 4FLUA 4CGDA 1S1UA 4N47A 4W5TA 3THVA 3AVHA 3UIQA 4C8MA 4CEDA 1U45A 1RDBA 3IS9A 3NH2A 3OJUA 5CYQA 4DQQA 1S6PA 4B9UA 4DS4A 4DTRA 3AVKA 3I0SA 1S6QA 3KK2A 4CHYA 1ZBFA 3NF7A 1NKCA 5C24A 1HMVA 2XHBA 4CHZA 4Q5VA 1LW2A 3CFPA 4FLTA 3L2UA 1BHLA 1GOBA 1NOZA 1JXEA 1RTIA 2QKBA 3OVNA 1NJXA 1BI4A 3LP3A 1ASWA 1UA1A 3QEPA 1GOAA 5J2QA 1S5JA 4FK4A 4KTWA 2E6LA 4CJSA 1BGXT 3ALYA 4C8OA 4F3TA 3CM6A 3KLFA 3M8SA 4B9LA 2DTUA 4ID1A 3I8DA 2KQ2A 3QNOA 1S9GA 5J1EA 4K8XA 4AH9A 3ZSWA 3RTVA 3G10A 1XHZA 2F96A 1QTMA 1ASVA 1BISA 2G8VA 1IKWA 3AVAA 4TSXA 4KPYA 3SUQA 1I39A 1HYSA 3ZSQA 4CF8A 1KVBA 2YV0X 3DYAA 4PY5A 4FLWA 1J54A 1WSIA 3V1RA 4PQUA 2FBYA 4N56A 4CERA 2HHQA 1IO2A 3O3HA 1VK0A 3K2PA 3NAEA 5KRTA 4CJ3A 4IBNA 1JLQA 1VRUA 3FFIA 4O44A 4CF2A 3T19A 1CLQA 1HPZA 1KCFA 1ITGA 3B6OA 3QIOA 3VQDA 3DLRA 3D45A 1IH7A 3HM9A 3SPZA 3BGRA 4CESA 3NGZA 4KB1A 3EZ5A 4OLAA 4DFPA 4CJTA 2FBXA 4FZYA 4DFMA 4AHCA 3M8RA 1SUQA 3QEXA 3TAQA 2B5JA 3MAQA 4BE1A 3VQBA 2Y1JA 3DLHA 2VG5A 4JS5A 1R0AA 1QSSA 4KB0A 4CK3A 1VRTA 3S3OA 3IAYA 1U48A 4OKKA 1GOCA 4DSKA 4DU3A 4DTMA 1NJYA 3O3GA 3SQ0A 4CEEA 1XWLA 1NJWA 3TABA 2ATQA 4KI6A 2RKIA 3NGIA 4L8RB 3MEDA 1ZBHA 1SKWA 3NGYA 3NF9A 4LH5A 3OJSA 3ZT1A 2GV9A 1TV6A 4E7HA 3V6DA 3RRGA 1WSHA 2DY4A 4I2QA 1NK5A 4BDPA 4IFYA 3HP6A 3O3FA 1WSFA 2XO7A 3TAEA 4G1QA 5DMRA 2DFFA 3NCIA 4DTUA 3T3FA 3ZCMA 1HNVA 4O55A 2IOCA 1D8YA 3AVBA 3PO5A 2I5JA 3V9XA 1W9HA 4M3TA 2OA8A 4LH4A 2O4GA 1C1AA 1SL0A 1ZBLA 3PO4A 3V9WA 4LSNA 4F4KA 4DFJA 5HP1A 4AHVA 2P51A 4CFAA 4KKOA 2VWJA 2GUIA 3L2VA 4RG8A 3AA3A 1ZYQA 1CZ9A 5JS2A 5FROA 1KSPA 4FJ7A 3TARA 1HNIA 3KLEA 4EZ6A 3AVLA 2VWKA 4M41A 1TAUA 5HLFA 1NOYA 3SJJA 4AILC 3MXMA 2BGGA 4E89A 4CHNA 1C6VA 4N41A 3LAKA 1YVUA 2Z1IA 1A5WA 1J53A 1KTQA 3OS0A 4M3YA 4IG3A 1C1CA 2ZQBA 4KHQA 2JGUA 1Q9XA 1KLNA 4I9LA 4YNQA 2QK9A 3NF6A 3E01A 3LZIA 4E7JA 4OJRA 4Z4CA 1BQMA 2X6NA 2A1SA 2P1JA 2KW4A 4E7IA 4KRFA 2QKKA 3HPOA 3ZSZA 1L3UA 3DLBA 4Z4IA 3L2QA 4Q0BA 4OGCA 4FXDA 1S1WA 3ASMA 1BIZA 2E4LA 1BCMA 3VQ6A 4FJKA 1S1TA 2EX3A 1S1VA 1N5YA 4EP5A 4HCCA 2KZZA 4XIUA 3OYDA 3K5LA 3SQ1A 4NCGA 2VG7A 3V81A 3OS1A 4B9SA 1RT4A 1HYVA 2IGIA 1JLCA 1JL2A 1VSJA 1RT2A 3KLHA 4ZTFA 1LV5A 4F2RA 3DRSA 1JL1A 1A5VA 3A2FA 4M3XA 4CIEA 3OYHA 1QHTA 4WE1A 4FW1A 1J9AA 4RW9A 3LWLA 4FLVA 3AVCA 5JS1A 1RNHA 3VQCA 4R5PA 4Y1CA 3OYJA 4DLGA 4DWIA 4PUOA 4M3UA 4FK0A 3K5NA 3VQAA 4LY7A 4CEOA 5KI6A 3SI6A 4Z4HA 2NUBA 4DSIA 2KFZA 3VQ4A 3AVJA 1O1WA 3OYBA 5KGWA 4HCBA 3OYNA 4OGEA 4AHSA 4CK2A 4CHOA 2YHBA 3AO5A 4E0DA 3PX6A 1JLGA 3RMDA 4DTOA 3C94A 4LSLA 2GBZA 2IS3A 3OYLA 1NK0A 2G8IA 2B4JA 3BDPA 2YNFA 2RN2A 2KZMA 1L5UA 1TKXA 1KFSA 4DQPA 3OYFA 4M42A 1VSDA 4CF9A 4F3OA 1Q8IA 3LPUA 4MQ3A 1SKRA 1D5AA 5HROA 3HPGA 3LANA 4DTJA 1UWBA 4CJPA 4FM2A 4KHNA 1VSHA 3M8PA 1QQCA 4FJHA 3DMJA 1Z26A 3L2WA 2YKMA 4HUEA 1SL1A 1QSYA 3L3UA 2D5RA 1CXUA 3V9UA 4DU1A 4IFVA 4DSEA 1SKSA 1JXBA 3TWHA 4N76A 1T03A 2X6SA 4I9QA 4UQGA 1B9FA 4C8KA 5FDLA 4ELVA 1JLBA 3KD5E 1LWCA 1TKTA 3NDKA 1NK6A 2PYJA 1DLOA 1LWFA 1VSMA 3SCXA 3IRXA 5K14A 4KO0A 4AHUA 5J2NA 3VQ8A 1C0TA 3T1AA 2HNZA 4H4OA 4E3SA 4JRPA 4CIFA 3SUOA 2G8UA 4DSJA 3MEGA 3AVGA 1B92A 3P1GA 3HVRA 1IG9A 1TL1A 3C6TA 1FK9A 4ICLA 3CYMA 4C8NA 4HVJA 4CJ5A 1QE1A 4KFBA 1KVCA 3RMCA 1X9WA 2PY5A 3KKSA 3EY1A 3HXMA 1NKEA 2HHUA 3MXJA 3LDSA 1U04A 4CEFA 3V4IA 2X74A 3ZT0A 5T7BA 4RW4A 5CZ1A 2HHVA 3V9ZA 4ZHRA 1RTJA 1TKDA 3VQ5A 1WSJA 1IKYA 4CFDA 5J2MA 2HVIA 3LAMA 1YT3A 3DLKA 3S3MA 3MXIA 4CFCA 5SWMA 4F2SA 3K5MA 3ITHA 4F8RA 2HHTA 3QESA 3WNFA 1HYZA 1RBRA 4CJVA 1A5XA 1S9EA 2G8FA 3OYIA 3TR8A 4GMJB 4W5QA 3SUPA 4BE0A 5E41A 2Z1HA 3PUFA 1CXQA 3AVNA 2ZD1A 4BWMA 1FKPA 1RTHA 4KAZA 1IKXA 3LP1A 3QO9A 2XY6A 3HJFA 4FJMA 4FJXA 2F8TA 4QOZB 4LD0A 1RBVA 4CF1A 1C0MA 1NJZA 1Q9YA 1D9DA 1G15A 4BWJA 1BQNA 3F9KA 4CJUA 3OYEA 1QS4A 1SV5A 4W5RA 4J2EA 2YNIA 2D0BA 1UAXA 1Y97A 2YKNA 1BI4B 2FC0A 3NH1A 1RBUA 2PZSA 4ZTJA 1JLEA 1YTAA 4EP4A 3QEWA 1X9SA 1KRPA 4CEAA 4JRQA 2QXFA 3G0ZA 1LAVA 3SYZA 2LSNA 2YHAA 3KLIA 4OPJA 1L3VA 3AVMA 3U3GA 4PWDA 4W5NA 4H8KA 4CEBA 4FJNA 2WONA 3KTQA 1K6YA 4M45A 4E19A 3JYTA 3ISNC 3I0RA 2OYQA 3HK2A 1RDCA 2BANA 2O4IA 2HHSA 2IC3A 4E1NA 2HVHA 4HUFA 1HJRA 1BCOA 1JLAA 1X1PA 3K5OA 3NH0A 3HT3A 4CE9A 4DSFA 3AO2A 4EZ9A 4FJ9A 2VG6A 4M3RA 3HSTB 3U6FA 3KIOA 3L3VA 4Z0UA 2W42A 3DLGA 5HRPA 3SZ2A 1D9FA 4RW7A 3OYKA 1F21A 3DOLA 3OYCA 2HHWA 5I3UA 3K58A 1EXQA 4AHRA 4Z4EA 3VA3A 4CJLA 2P5GA 3KKRA 4CF0A 4W5OA 2RF2A 4NCBA 4DF4A 4DLEA 5CYMA 1ZBUA 3AVIA 4CHPA 4IG0A 1EETA 1WSGA 4GW6A 4KTZA 3KLGA 2IDOA 3V1QA 5EU7A 3HO1A 4CCHA 4KHUA 3CG7A 1KLMA 2WOMA 3RR8A 1NK7A 1RT5A 4MFBA 4FLZA 3DI6A 4NCAA 4CGJA 1U47A 3V1OA 4CJ4A 4NYNA 2JLEA 4B8AB 3RMAA 1TL3A 3C95A 3OY9A 2OPQA 3K57A 3MEEA 1RDDA 4E1MA 4CEZA 3H08A 3ZT4A 4Z4FA 2BE2A 3QINA 4BACA 3SQ4A 2OZMA 3B6PA 3WNHA 3DRRA 1VSIA 3DOKA 1SL2A 1MU2A 2OPPA 4CHQA 4CECA 1ZBIA 1RBTA 1VSLA 2D0AA 3AO3A 3L8BA 4DS5A 1TKZA 3ULDA 4DTPA 1CZBA 4FCYA 2AJQA 4ELTA 3ZSYA 5KRSA 1RT7A 1J5OA 1DTTA 4CGFA 1KVAA 4KHYA 2HB5A 1ASUA 4FK2A 4FVMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I6MB 1U4BA 3FZKA 1RGIA 3K9JA 1EP4A 4KHSA 3CFRA 2ITGA 4ISFA 4CJWA 4B9MA 3BZCA 2VQFK 4IDKA 5FRMA 3O1WA 2HNDA 2Q0RA 3HVTA 4H03B 4FPAA 3C6UA 4CGGA 3OS2A 3D2EA 4JK8A 3KK1A 1T7PA 3WXLA 3LALA 3VF2A 1QSLA 2G8KA 1OH6A 3O9RA 5AZIB 3TANA 3AA5X 3OYAA 4HTUA 2NRTA 4OPHA 1UOCA 2QTDA 3N4QA 4AHTA 3SPYA 3M8QA 1FKOA 4DMNA 3I56N 3THYB 1XNQK 3DM2A 4QAGA 1WSEA 1EKEA 2PFUA 2XRIA 3QIPA 3CJ7A 1VQKN 3QMLA 4DB3A 5MLCQ 4J2DA 2O8FA 3VEWA 1WNSA 3DLEA 3ZETB 2R7YA 3VENA 1LWEA 2W6LA 3CIPA 4XH1A 3ULEA 4JS4A 1VSEA 2FLOA 3AA2A 3VGKA 1NGBA 4BRGA 3CQ8A 3MX2A 2QWQA 4BC3A 1OKJA 5C12A 3O4NA 4YFUA 1C0UA 5CZ2A 4JLHA 2UUAK 3AO1A 1H1VA 5HRRA 1L3SA 2ZJQL 5F0XA 4HHTA 3MECA 4DG1A 4B8CA 3ZYYX 3GOIA 4B08A 4JI4K 4LFAK 3HL8A 3O1BA 4C1NI 2DFEA 5M1PA 4FYDA 5AR0A 4HUGA 2G8WA 3O4WA 5C42A 3VGMA 3ID8A 4QCLA 4M7YA 4CFBA 3TAGA 4FJ8A 3NVMA 4FLXA 1OH8A 1FXXA 4LF7K 3J7YP 2QM1A 5BPMA 1FJGK 3WXMB 2KTQA 3TTFA 4FJGA 3ZSOA 5BR8K 4FZZA 3KD1E 4M3ZA 2KFNA 4B9VA 3NBPA 4FJJA 1XC9A 3HPHA 2F8SA 4JN4A 1Y64A 4CJKA 5GADP 2D0CA 1BWFO 5LMUK 1VQ5N 3ZT3A 1HQEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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