3ZT1A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt1A00
1RNHA 3OY9A 3L3UA 1ASUA 3AVGA 1UA1A 1TV6A 3PV8A 5J2NA 2RN2A 1TL3A 3ALYA 3HPOA 5FROA 4DFPA 1RT3A 2X6SA 4RG8A 4CGIA 3K5LA 4FLZA 2HNYA 4RW8A 2OPQA 1LWEA 4FM1A 3VQ6A 2E6MA 4EP5A 1NKEA 4FJNA 4JRQA 2VG7A 3AVNA 5HRSA 4CEFA 3ASMA 1S1UA 3B6PA 3P5JA 4ID5A 4F8RA 3TR8A 2FBXA 3MEDA 3QLHA 4Z4CA 1GOBA 2XO7A 3AO5A 3K5NA 1NJYA 5C25A 2G8IA 1FKOA 2WONA 1LW2A 1NK6A 3KLIA 1L5UA 3CG7A 2P5OA 4CHZA 2ZD1A 2F8TA 2KZMA 3KLGA 3SJJA 4KO0A 4W5NA 3O3HA 4FJIA 1BQMA 1TKZA 3WNFA 5CY4A 2DFHA 3NH1A 3TAGA 1JLBA 1C1CA 4CJTA 3SUNA 2DTUA 4FZZA 5KTQA 3SI6A 3AVHA 1BIZA 1DTTA 3KKSA 1VK0A 3V9WA 4CJQA 4KI6A 1FKPA 4CEEA 2IS3A 1BI4B 5J2QA 4O0JA 4DU3A 4FXDA 5HLFA 1VSJA 1SL0A 4TSXA 3HJFA 3L2UA 1BIUA 1VSLA 1NK7A 4E1MA 5KGWA 1YT3A 1TKDA 1TAUA 4BDZA 1EKEA 1RCHA 3K2PA 5HRRA 1HRHA 4DSIA 5DK5A 4KHUA 4CJUA 3V1QA 4KV8A 1CXUA 4CHPA 1HYZA 3NCIA 1IKYA 4FJGA 3AVKA 1B9DA 1BQNA 1NK9A 3TANA 4DTNA 1T05A 4AHTA 1A5VA 1WNSA 1SL2A 4IBNA 3KTQA 4Z4GA 3HK2A 4DWIA 4CF0A 3NH2A 4DTOA 4DLEA 5HRNA 4KTQA 4Q0BA 4DU4A 2JGUA 4LD0A 3QEPA 4N76A 4KHWA 2F96A 3CFPA 3AV9A 2PY5A 3CFRA 2XY6A 2HHQA 3HPHA 1WSGA 1L3SA 5KRTA 4FJLA 1D9FA 1D5AA 3ZSYA 1X9WA 5T7BA 1KFDA 2A1SA 2OPSA 2XRIA 4CJ4A 3OYDA 4O5BA 1SUQA 4O4GA 1HYSA 2X6NA 1ZBLA 4WE1A 4CHQA 4E7IA 1GOCA 1RT7A 3DOKA 4N41A 2QK9A 4DQPA 3AVFA 2IC3A 4DG1A 1HNVA 3HYFA 4B8AB 3DLRA 3OYIA 4CEZA 2B6AA 3ULDA 4CECA 3V6DA 3KKRA 3LZIA 3AA2A 1C1BA 4GVMA 1TL1A 2YV0X 1BCOA 1QE1A 4CHNA 1ZBIA 4R5PA 3DRRA 3V1RA 4AILC 3DI6A 3G0ZA 3LWLA 4W5RA 4FZYA 3V9UA 4EZ6A 3CQ8A 3NAEA 4CHOA 2ITGA 1BGXT 1XC9A 2B4JA 3CYMA 4H8KA 4M3RA 4KHQA 4CJEA 3NH0A 3LALA 4DTUA 3VQ7A 1S1VA 1N6QA 4FJHA 4FJXA 3CM5A 4FYDA 3V9XA 3U3YA 4I9LA 4FLXA 3C94A 4IFYA 3LP3A 3K5MA 1SL1A 4QOZB 4CJKA 4J2AA 3HP9A 4CJRA 4BE0A 5JS1A 1C0TA 1ASWA 1QSYA 3VQQA 4OPKA 5HBMA 3HXMA 2PYJA 1HNIA 3QO9A 4CK1A 2HHWA 3SPZA 3OYNA 1S9EA 4HTUA 4FLTA 5SZTA 4CEQA 4ICLA 3KIOA 4FLUA 3KK2A 4CEAA 3IS9A 4C8LA 3VN5A 3AVJA 4FJ7A 3LDSA 2ZQBA 2G8WA 5HROA 4CCHA 1RDDA 4PQUA 1C0MA 1JLAA 2BE2A 3VQDA 4KPYA 2KZZA 1EP4A 1G15A 1ITGA 3OYAA 2KFNA 4W5QA 4B8CA 3OYBA 1WAFA 3DOLA 3V9SA 1X9SA 3MXIA 2VG5A 3QINA 3ZSVA 3M8SA 3AVCA 4LSNA 2E6LA 5D3GA 3F73A 3S3MA 4B9TA 2VWJA 3VQ5A 4OVLA 4BE2A 1ZBHA 4Y1CA 2P51A 4FJKA 5KI6A 3TI0A 5DMRA 3EZ5A 1SKRA 4DSJA 4J2DA 1TKTA 1B9FA 3NF7A 4DSEA 4OKEA 2E4LA 3OJUA 3KD1E 1LW0A 4I9QA 3O3FA 3AO1A 4H4OA 3K58A 4N47A 1VSMA 1TGOA 3ZCMA 3SV3A 2OPRA 4PY5A 3MXJA 2R7YA 4E7LA 1ZBUA 4FJ8A 3KK3A 3RWUA 1VSDA 4I7FA 3PUFA 4BDYA 3L8BA 2HMIA 3HO1A 1YTAA 3BGRA 5I3UA 1JL2A 1IO2A 1JXEA 1YTUA 4KB0A 1C6VA 2YKMA 4PUOA 1T7PA 2XY7A 1IKWA 1Z26A 4FJ5A 3DMJA 4CIFA 1HQUA 2IAJA 3QEIA 3VQ4A 4JRPA 3NHGA 3I0RA 4ELUA 4CJPA 3VQ8A 4F2SA 1KVAA 1BCMA 3OYFA 1IKXA 3HM9A 1HPZA 3NGYA 4OKKA 4CERA 3PX4A 3SUPA 3AVLA 1KSPA 4JS4A 5J2MA 1RT5A 4NYNA 4YNQA 4M3TA 4CJLA 2O4IA 1NKCA 1ZYQA 1RT4A 2X78A 3LANA 1HJRA 3RRGA 1U4BA 4B9VA 3D0PA 5FRMA 5J1EA 3ZT4A 4BWJA 4QCLA 1O1WA 2BDPA 1RDCA 4CFCA 4FK4A 3MAQA 3RMDA 2IDOA 1UAXA 3AVIA 4DTRA 3AO4A 4M3UA 1QHTA 1IH7A 5KRSA 1RBVA 4CF1A 3OS2A 3OYJA 4ID1A 2Q3SA 4CIGA 3O3GA 4DQIA 3RTVA 1JLGA 1EETA 4DTSA 4ZTJA 1X9MA 4BWMA 4B3OA 1S6QA 3RMBA 4FLWA 4CGGA 4M45A 3CM6A 1UWBA 1D8YA 1HQEA 1T03A 1LAVA 1REVA 1UOCA 3U6FA 5HP1A 5C24A 4CFDA 1SKWA 3RRHA 2IGIA 2XHBA 4C8MA 1NJXA 2VWKA 5J2PA 2RPIA 1SV5A 4F2RA 3DLEA 3I8DA 3TAFA 1T8EA 3RMCA 4IDKA 2KFZA 4ZHRA 1NOZA 1U49A 4HUFA 4N5SA 4B9SA 3DLGA 4KTZA 4FM2A 4DQRA 1KLNA 3G10A 4Z0UA 1TKXA 4B08A 3LAKA 1WSHA 1WSJA 3WNHA 4OKJA 1IKVA 3VA3A 1VRUA 1RTDA 4I2QA 3TWHA 3A2FA 3V4IA 3SCXA 4DLGA 3RR8A 1BHLA 1TVRA 4G1QA 1HYVA 4KFBA 4AH9A 4Z4HA 2IOCA 1XI1A 1I3AA 2QKKA 3OYCA 4DMNA 2ZE2A 4CJWA 3EYZA 2G8HA 3KD5E 3MEEA 4DFMA 3ITHA 3QEWA 3QESA 1FXXA 3OYHA 2JLEA 4HUEA 4C8KA 2KQ2A 1NK0A 4CIEA 3H08A 4CK3A 4B9LA 4AHSA 1NK8A 4M42A 3VQAA 5FDLA 2GV9A 3I0SA 1TK8A 2HHVA 3K5OA 3V1OA 4E7KA 4CGHA 3AO2A 1J54A 1Z25A 3JSMA 2PYLA 1QSSA 4KHYA 4NCBA 1RBTA 1S6PA 4O55A 4CEBA 4JS5A 1U47A 2D0AA 1NJWA 2OYQA 1TK5A 3L2VA 3KLFA 4DF4A 5EU7A 4HCCA 3RR7A 4PA1A 2YNFA 3V9ZA 1RT2A 3RMAA 5E41A 3VQBA 3AVBA 1B92A 1WSIA 2AJQA 3ZSRA 3AA4A 5SWMA 3SQ1A 3SQ0A 4KREA 1LWFA 3MECA 1WSEA 1XWLA 4IKFA 4F3TA 4E0DA 1ASVA 3K57A 3NGIA 4FM0A 1J9AA 4LH5A 4HVJA 1RTHA 3MXMA 2YNIA 2NUBA 2G8FA 1C1AA 3LZJA 4FW1A 1RTIA 4NYFA 3AA5X 3M8PA 2ETJA 1I39A 1VSKA 4LSLA 4C8NA 3U3GA 3LP1A 4LY7A 3T1AA 1EX4A 3ZT0A 4Q5VA 3SYZA 4E7JA 3SQ2A 4C8OA 4HCBA 4FLVA 3P83D 1L3UA 4CESA 1U45A 3QEVA 1U48A 3SQ4A 4N56A 2I5JA 4L8RB 3ZSXA 3QIPA 4OPJA 1Q9YA 3HT3A 4CJ3A 2HVIA 2OPPA 1BI4A 1RDBA 2KW4A 4LH4A 4F4KA 3VQPA 3NF6A 3ZSZA 4FK2A 4DTXA 4CHYA 4M41A 2PZSA 1K6YA 2EX3A 1XHXA 2F8SA 4HHTA 4MQ3A 4PWDA 4YFUA 3B6OA 4W5OA 4MFBA 3ZSWA 4OJRA 1JL1A 5CYQA 3T19A 3QNNA 4DSKA 1EXQA 3QETA 2P1JA 4CJFA 3L2QA 4M3YA 1ZBFA 3HP6A 2FBYA 5HRPA 1CZ9A 1RBRA 3IG1A 4CGDA 3LWMA 4IG3A 5I42A 4K8XA 3HL8A 4NCGA 4FCYA 1LV5A 2B5JA 3DM2A 3E01A 2GBZA 3AVMA 1VSEA 3MEGA 4CE9A 3NBPA 1QTMA 2ATQA 3KK1A 4J2EA 1JXBA 3F9KA 3DRSA 1S1XA 4H4MA 2FBVA 4CEOA 4IFVA 3OVNA 3OYMA 3TAEA 4E19A 1W0HA 1QS4A 1BISA 1LAWA 3NF9A 1VSIA 1DLOA 3TAQA 3DLBA 4FJMA 2D0BA 3PX0A 3BDPA 4DQSA 3PO4A 4FJJA 4DSLA 2G8VA 2HW3A 1KCFA 3SZ2A 1VSHA 2XY5A 2G8KA 4CK2A 2W42A 4DU1A 4GW6A 3TAMA 4ELTA 3PO5A 1RILA 4CGJA 4CGFA 4E7HA 2HB5A 1L3VA 2DFEA 3DRPA 3LP2A 1RT6A 1RBUA 4XIUA 3NFAA 3VQCA 3LPUA 3M8RA 4M3WA 2QXFA 1A5WA 3DLHA 1NK4A 4GMJB 2RF2A 2YHAA 1JKHA 3KLEA 3HSTB 3M8QA 4Z4IA 4Z4EA 3C6TA 1GOAA 2X74A 4O44A 3UIQA 3C6UA 5C42A 4RW7A 3CFOA 2Z1HA 1CZBA 1C0UA 1TK0A 4F3OA 3PY8A 1HMVA 1RBSA 4EP4A 1MU2A 5CYMA 3OYLA 1NKBA 3NF8A 3HVTA 3VA0A 1JLFA 1NOYA 1KVCA 3AA3A 4CEDA 2OZSA 2Z1JA 4CJSA 2HHTA 1WAJA 2EHGA 4AHRA 4DS5A 4EZ9A 2D5RA 4DTPA 1KRPA 3K59A 1VRTA 4DF8A 1Q8IA 1WN7A 4BE1A 4DS4A 1LWCA 2DFFA 4OLAA 3ZT1A 3QERA 2O4GA 2KTQA 5FRNA 1KFSA 3D45A 3IAYA 3IRXA 4CF8A 4Z4FA 3KLHA 3NGZA 3WNEA 4UQGA 1NK5A 4KHNA 2Y1IA 4OGCA 1JLQA 2YKNA 2A1RA 4NCAA 3LPTA 3HVRA 3PX6A 3SPYA 4B9MA 4FW2A 4KB1A 4CF2A 3S9HA 4ZTFA 5KGXA 3SNNA 2OA8A 1QQCA 4AHVA 3NE6A 4KRFA 2HVHA 2VG6A 4RW6A 3EY1A 2Z1IA 4HUGA 3ZT3A 3QNOA 4M3XA 3WNGA 4DFKA 1WSFA 2LSNA 4Y1DA 3LP0A 3OYGA 4DTMA 3TAPA 1CLQA 1JLCA 1TAQA 2BANA 2YHBA 4JLHA 2G8UA 4ELVA 4KTWA 2DY4A 3OS1A 1FK9A 1Q9XA 4E3SA 1RDAA 1IG9A 4I2PA 4CFBA 4BACA 4OGEA 4FVMA 3V81A 2GUIA 4BDPA 4CJVA 3S3NA 1CXQA 1S1TA 4O0IA 3L3VA 3ZSQA 3TARA 2FC0A 5CZ1A 1KTQA 1RTJA 1XHZA 4RW9A 5CZ2A 3AO3A 2HHSA 2YNHA 3OYEA 4FJ9A 4DFJA 4E89A 1J53A 4FLYA 3SUQA 2Z1GA 3P1GA 3HPGA 3S3OA 1L3TA 3QIOA 3LAMA 2WOMA 2QKBA 1Y97A 5K14A 4CF9A 4DTJA 5JS2A 1BL3A 4KHSA 4AHCA 4IG0A 4CFAA 1R0AA 2HNDA 4DSFA 3THVA 2Y1JA 2HHUA 3SV4A 1S1WA 1W9HA 4E1NA 3OYKA 3QEXA 3TABA 4KAZA 4K8ZA 2BGGA 2HHXA 3OS0A 3T3FA 2OZMA 1KLMA 4FK0A 3DLKA 3C95A 1D9DA 1NJZA 2RKIA 4DQQA 3ZSOA 3L2WA 2HNZA 3VQ9A 3SUOA 1J5OA 1X1PA 2YNGA 1RT1A 3ZT2A 1DTQA 4W5TA 4KI4A 1SKSA 1S9GA 1VSFA 3KJVA 3O4QA 4RW4A 1N5YA 1YVUA 3L2RA 1JLEA 3AVAA 1S5JA 4KKOA 4M3ZA 4J2BA 3O4NA 1KVBA 4CJ5A 3VQEA 2FBTA 3ISNC 3NDKA 4B9UA 4OLBA 3OJSA 2D0CA 1F21A 3DYAA 4QAGA 4AHUA 1QSLA 2XY8A 1UA0A 3FFIA 2P5GA 4B9NA 1U04A 4FZXC 1WLJA 1A5XA 3JYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OY9A 1V4TA 3DXMA 5J2NA 3NMUA 3HPOA 3QMLA 4DFPA 4FM1A 4HTLA 4FJNA 5HRSA 3D6RA 5GIPA 1JJ2M 4QS9A 3B6PA 4ID5A 3CETA 4YDUC 4JI1K 3K5NA 1FKOA 1L5UA 3CHWA 3WXMB 5KPRA 4FJIA 1NGGA 1BQMA 3LDPA 4YHHK 5CY4A 3OTOK 4LF8K 2YCHA 3D2EA 5KTQA 4MDAA 3R6MA 4CBXA 2IS3A 1BI4B 3WXLA 5HLFA 1SL0A 4JI5K 1ZXOA 4O8KA 3HJFA 4IWVA 1RCHA 5HRRA 1HRHA 4DSIA 1WB9A 3U8XA 3NCIA 3V1QA 4KV8A 2Q1NA 2VGNA 4FJGA 1ATSA 1BQNA 3TANA 5LJWA 4DTNA 1T05A 1WOQA 1A5VA 1SL2A 1NJIO 1I94K 4KTQA 4Q0BA 4DU4A 5HOOA 5FPDA 4LD0A 3QEPA 4KHWA 2F96A 3CFPA 2A42A 3AV9A 2HHQA 4CZIA 2YHXA 4JK7A 1WSGA 2ZJPL 4H0PA 5B8HA 1P90A 4EAHD 4JYAK 3VEXA 5C2DA 4FWNA 1K8KA 1ZBLA 5FPNA 3TPQA 4DQPA 1SAZA 4DG1A 3U4LA 2B6AA 1NGEA 2HBLA 3V6DA 3LZIA 3AA2A 3R8EA 2YV0X 2VYPA 4GVEA 4W5RA 4FZYA 3CQ8A 1XC9A 4M3RA 4CJEA 3VPZA 4IEIA 3CPWM 1N6QA 1BUPA 3CM5A 1SQKA 2E1YA 3FZMA 3U3YA 4FLXA 4QOZB 4OX9K 3F5TA 3UKRA 4Y0WA 4CJRA 4BE0A 2BH1A 1HLUA 3M5RA 4FWRA 1EWRA 4CK1A 3SPZA 3OYNA 4YOWA 1S9EA 3NVKA 2VWBA 2GWKA 5SZTA 4ICLA 3KK2A 3IS9A 4C8LA 3AVJA 2G8WA 3AARA 2BE2A 3VQDA 2GWJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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