3ZT4A

Small molecule inhibitors of the ledgf site of hiv type 1 integrase identified by fragment screening and structure based drug design
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
154
structure length
151
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Small Molecule Inhibitors of the Ledgf Site of Human Immunodeficiency Virus Integrase Identified by Fragment Screening and Structure Based Design
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 57
structure length 151
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.-:
pdb deposition date 2011-07-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3zt4A00
1JLBA 4NCGA 1SL0A 3RMDA 1EP4A 4CGFA 1KSPA 2FBTA 3NH2A 3O3HA 3KK3A 1BISA 1WSJA 4GW6A 3K59A 1QTMA 4DU4A 2XY8A 2B5JA 3RRHA 1CXUA 5C42A 4OVLA 4IG3A 4KTWA 3ZSXA 1J9AA 3DLEA 3HYFA 3IG1A 4PUOA 2AJQA 4JS4A 4E7HA 1UAXA 3WNHA 4FZZA 3UIQA 4K8ZA 5SZTA 3U3GA 3DLRA 3QLHA 3AVFA 3PO4A 1BCMA 5J1EA 3L2WA 4FJNA 3NCIA 1RT4A 3AVNA 4CESA 1BHLA 4BE1A 2XHBA 2IAJA 4HCBA 4DF8A 3SQ1A 3DM2A 4OGEA 4W5NA 4CEFA 4KTQA 2KZZA 1QSSA 2YHBA 4MQ3A 4FLUA 1XC9A 1JLGA 1JL2A 1ITGA 1RTIA 3OY9A 3SPYA 4F4KA 1NK5A 3TAMA 4E7LA 2HB5A 3QIPA 4G1QA 3CQ8A 1RBVA 2X6SA 5HRSA 4FJIA 1NK4A 5CY4A 4KFBA 4YFUA 3HP6A 3OYKA 3KJVA 3VQBA 5I3UA 2ZE2A 1U49A 1SL2A 4F2SA 3V6DA 4O4GA 2DFHA 4DTOA 1SKRA 4N47A 3TAPA 3RMAA 2RKIA 2F96A 1YVUA 3ZSWA 3AVGA 4TSXA 1RDBA 3CYMA 3O3GA 1NKEA 1JLEA 3L3UA 3NGZA 4DQSA 4OGCA 1NK6A 1S1UA 3JYTA 2Y1IA 1T05A 2B4JA 3K5LA 4B9MA 3KLEA 4DFKA 2YKNA 3C6TA 3PY8A 3SV3A 2PZSA 1NJXA 3DMJA 3ITHA 2B6AA 3U6FA 1S1TA 5HRPA 4JRQA 1LAWA 1S9EA 4XIUA 2E6LA 3LP0A 4HUFA 3SUOA 4L8RB 2IC3A 1BL3A 4LY7A 2ITGA 3OYDA 3PV8A 1DTQA 4CFCA 4AHVA 1SL1A 4CGJA 1TAUA 4C8NA 3ZSVA 4DSLA 3G10A 2E4LA 2YNGA 4O0JA 1J5OA 4CJPA 4DF4A 4Z4HA 1QSLA 1Q9XA 1BIZA 3RTVA 5EU7A 4E7KA 2OZSA 4DSKA 1FXXA 1L3VA 4CF2A 3K5OA 3QNOA 1WSEA 5KRSA 4CK2A 4FCYA 1NK8A 4OLAA 3TAGA 4Z4FA 2KW4A 3O4QA 4ID1A 3NE6A 2QKKA 3ZSOA 4CE9A 1NK9A 1C0UA 2Z1GA 5J2NA 4JRPA 3AO1A 4CEOA 2KFNA 3OYFA 1L3TA 2IDOA 4ZTFA 1A5WA 4CJ4A 3VQQA 3IS9A 1EKEA 1KVBA 2E6MA 2HNDA 4CJLA 3ULDA 4FJGA 4QAGA 3HL8A 1RCHA 3DLGA 3WNEA 1S1VA 3HXMA 4QCLA 4Y1CA 1QE1A 2Z1HA 5FDLA 4JS5A 1WNSA 3LALA 3TR8A 5HROA 3P5JA 1BI4A 3RMBA 1RT7A 4DQQA 4CIFA 1RBSA 3RWUA 1WAFA 4CHPA 4IBNA 1RILA 1REVA 1RTJA 1WN7A 4CIGA 4N41A 4M3TA 2HHWA 2XO7A 1TAQA 1YTUA 4CJRA 4J2DA 4CECA 3I0RA 3FFIA 3NH0A 1NJWA 3AO5A 3ISNC 3AVLA 3SYZA 1F21A 3MECA 4AHRA 3TANA 4R5PA 1NJZA 3OYAA 3M8RA 3I0SA 5CZ2A 4CGDA 4O44A 4CHNA 1XI1A 4HVJA 1VSEA 5KGXA 3V1OA 2G8FA 3LP2A 1DLOA 1VSJA 3KKSA 3SQ2A 4F3OA 4J2BA 4KHUA 4FZYA 3VQ6A 2F8SA 4KI4A 1C6VA 2YKMA 4ELTA 4Y1DA 2IGIA 4CJSA 2DY4A 2XRIA 4FW2A 4M3WA 2HW3A 4NYNA 4FJJA 1TKDA 4BWJA 3QESA 3L8BA 2WOMA 5KTQA 3KKRA 2VWJA 4FLXA 2Q3SA 4AHSA 4CCHA 3HPOA 1TKTA 1RT3A 1W0HA 1HJRA 4N56A 2EX3A 1IKYA 1BCOA 5HBMA 3QNNA 1A5VA 1Y97A 4EP4A 3HT3A 4DTPA 1WSFA 2OPRA 4H4MA 3V9XA 3TAQA 2BDPA 2EHGA 4OLBA 3QERA 4AHTA 3A2FA 4E0DA 4CK3A 2JLEA 2HHTA 3H08A 2DFEA 1LAVA 2G8VA 4FVMA 1KFDA 2GBZA 3ZT1A 3ZT0A 3LWMA 2P5OA 4FM1A 4PWDA 1LWFA 2KFZA 4AILC 1D9DA 3P1GA 1JLAA 1GOCA 2ZD1A 3KK2A 1TKXA 4Z4IA 3NF7A 3AVJA 5DK5A 1N5YA 1CLQA 4RW8A 4Z4GA 4DU1A 1A5XA 3LANA 1TK5A 2OZMA 5CYQA 3MEEA 4PA1A 2ATQA 5KGWA 2I5JA 3L3VA 4E19A 4E89A 5HLFA 2OPPA 4CEQA 3LZJA 3MXIA 4FJ5A 4AHUA 4DG1A 3AA5X 3VQ5A 3VQ4A 4W5TA 1IKWA 3CFRA 1KVCA 4B9NA 4FLWA 3KTQA 3RR8A 3F9KA 4IFYA 3ZSZA 3NAEA 3KLGA 3SUQA 4OKEA 1SKSA 2ETJA 3ZSYA 4B08A 2P51A 2RN2A 1B9DA 1QQCA 1RDDA 1U47A 2G8UA 4E3SA 4NCBA 3DI6A 4KHWA 3L2UA 4FK4A 2YNHA 3HJFA 3CFPA 1W9HA 1IG9A 3ASMA 3NBPA 4M3RA 2G8HA 3ZSRA 3OYIA 4CHOA 4PY5A 3S3MA 4LSLA 3OYJA 4ELUA 2GV9A 3V9WA 3VA3A 4DS5A 1IKVA 1VK0A 3NF8A 1WLJA 3DRRA 4OPJA 4DU3A 4FM0A 4M3XA 1RBTA 3U3YA 4OPKA 1ZYQA 3WNFA 3CFOA 3HP9A 3LPTA 4AH9A 4CJ3A 3CM6A 3QEVA 4CJVA 3SUNA 1HYSA 2D0AA 4DQPA 3SNNA 4FXDA 4DSEA 2P5GA 2YNFA 3OYNA 2BE2A 4B9UA 4M3UA 4KHNA 2F8TA 4Q0BA 1RDCA 1O1WA 2ZQBA 4FLVA 2HHQA 1ASWA 2O4GA 3WNGA 1TV6A 1VSDA 3LP1A 3V9ZA 4J2EA 4CGHA 4CF1A 1NKCA 3HM9A 4OKKA 3VA0A 5JS1A 1LV5A 4KB1A 4W5OA 4C8MA 4FLZA 3AV9A 4FW1A 2BANA 2HHVA 3VQ9A 4FJ9A 4EZ9A 4M3ZA 3PX4A 1XHXA 4F3TA 3T1AA 2KQ2A 4E7JA 4UQGA 1KRPA 4Z4EA 2KTQA 5FROA 1Q8IA 4DSFA 3VQDA 3ZT2A 2HNYA 4OJRA 2A1SA 4CK1A 4O5BA 3QEWA 3M8QA 4FJLA 4EZ6A 3SJJA 1HPZA 5HRRA 3OYCA 4WE1A 3QEIA 3KLIA 5CZ1A 3DLKA 4B9SA 1J54A 5KRTA 3VQPA 5HP1A 3OYLA 4CF8A 3S3NA 1SUQA 1VSFA 3AVCA 2FC0A 2HMIA 3AVBA 4KO0A 4DWIA 1RDAA 3HSTB 4FLTA 4FLYA 1CXQA 3S3OA 2OA8A 4CHZA 1UOCA 3OJUA 3NFAA 4CEBA 1VSHA 4N76A 1HMVA 3ZCMA 1D5AA 4DTSA 3M8SA 3C6UA 3O4NA 5DMRA 4KTZA 4DMNA 3AA4A 3B6PA 3T3FA 1G15A 1Z26A 4CJTA 3OYBA 4CF0A 3BGRA 4CEAA 1GOBA 2OPQA 1U04A 1U45A 1C1BA 4FJMA 3E01A 5I42A 3AVMA 3OYHA 4KHYA 2QKBA 3NF9A 1NK7A 1B92A 3BDPA 2YV0X 3V1RA 4O0IA 3PX0A 4DSJA 1K6YA 1S1WA 5JS2A 3DYAA 3LZIA 4HUGA 4IKFA 2HHXA 1BGXT 1HQEA 2BGGA 4JLHA 3SV4A 1C1CA 1KCFA 2WONA 5FRNA 2GUIA 3QEPA 3OYMA 1JL1A 3V4IA 1MU2A 1WSHA 1L5UA 3MEGA 4PQUA 2FBVA 4KHQA 4HTUA 5J2MA 4BE2A 4DQRA 4ID5A 3V81A 4LH5A 2Z1JA 1YTAA 4LSNA 1T7PA 3VQEA 1TL1A 1WAJA 1VSKA 3TABA 3DLHA 4N5SA 1FKOA 3NDKA 3K2PA 4M3YA 2DFFA 3SUPA 1S1XA 3DLBA 3RR7A 2QXFA 4CIEA 2OYQA 1S6QA 4OKJA 1UA0A 4J2AA 1S5JA 1HQUA 1I39A 3LP3A 4CGGA 1WSIA 1C1AA 1SV5A 4CJEA 3LDSA 4DQIA 3OJSA 2R7YA 3TAFA 3DOLA 3HVRA 1WSGA 4I9QA 3JSMA 4CEZA 1Z25A 4KREA 1DTTA 3DRPA 2XY7A 1KVAA 3LPUA 2XY6A 4FJXA 1RT1A 3OS1A 3VQ7A 4KI6A 4IDKA 1T03A 2IS3A 4KRFA 4GMJB 1XHZA 4DFJA 2G8IA 3K5NA 4Q5VA 5C25A 3TARA 1JLFA 3QO9A 1EETA 2Z1IA 4CJQA 3HK2A 1RT2A 4DLGA 4H4OA 1S9GA 1EX4A 1TL3A 2G8WA 1X9WA 4HUEA 3ZSQA 4CJUA 3D45A 3KD5E 1TVRA 3THVA 4ZTJA 1U4BA 4E1MA 1KLMA 1TK8A 1RTDA 5FRMA 1VSMA 2VG6A 4FJHA 1QHTA 3AO3A 2HNZA 4I2QA 4IFVA 4I9LA 4YNQA 4BDZA 4DLEA 4DTJA 4C8LA 1XWLA 1JKHA 4O55A 4CFAA 3OYGA 1BQNA 1VSIA 4DFMA 1VSLA 1RT6A 2NUBA 3KIOA 4DFPA 3L2RA 3L2VA 4DSIA 4K8XA 3OVNA 1ASUA 1LWCA 1RBRA 3C95A 4DTNA 1RNHA 1X9MA 1HYVA 5SWMA 3MXMA 3VQCA 3SI6A 3QIOA 3B6OA 3NGYA 2X78A 3LAKA 3PO5A 4RW7A 3OS0A 4B9LA 3DOKA 4RW9A 1JLCA 1JXEA 3T19A 3K58A 1FK9A 4CJFA 1KTQA 5J2QA 3SPZA 1JXBA 1HRHA 1C0TA 2X74A 3LWLA 1N6QA 1LW0A 2W42A 3VQ8A 3SQ4A 1B9FA 1HNVA 3TWHA 4FJ8A 2P1JA 3P83D 4AHCA 3MXJA 1X1PA 5J2PA 1KLNA 4E7IA 1RBUA 4CJWA 1YT3A 4CFDA 4CHYA 1R0AA 3KD1E 3VQAA 2HVHA 3LAMA 1VRTA 3DRSA 3HPGA 1BQMA 4I7FA 3VN5A 4DTRA 1ASVA 3D0PA 4BACA 4CJKA 4FJKA 1IKXA 3MEDA 4FJ7A 4FK2A 1ZBFA 5K14A 1ZBIA 3OS2A 4HHTA 4FZXC 4M41A 4CEEA 4LD0A 4CF9A 3NH1A 3K5MA 3TAEA 4I2PA 4NCAA 2HHSA 2PYLA 4KAZA 3EZ5A 1S6PA 1UA1A 5CYMA 1FKPA 1I3AA 2VG7A 2OPSA 4HCCA 3AVIA 3HPHA 5E41A 3V1QA 1LWEA 3QINA 1NOYA 2YNIA 2VWKA 4MFBA 5KI6A 3V9UA 4LH4A 1QS4A 1ZBUA 3K57A 3AVAA 3NHGA 3S9HA 1SKWA 3SQ0A 2LSNA 1RTHA 4W5QA 1U48A 4BE0A 2YHAA 1C0MA 3O3FA 3MAQA 4B8AB 1ZBLA 3CM5A 4CHQA 4H8KA 4F2RA 2RF2A 4KKOA 3RMCA 4CFBA 2D0CA 1L3SA 4QOZB 3ZT4A 2XY5A 3AO2A 2Y1JA 1KFSA 4GVMA 3C94A 5C24A 1IH7A 3IRXA 3V9SA 3PX6A 4KPYA 1L3UA 4FYDA 4B8CA 2A1RA 1EXQA 1TGOA 1J53A 2FBYA 3QEXA 4RW6A 5D3GA 3KK1A 1TKZA 2JGUA 4RW4A 4CERA 1RT5A 3F73A 4C8KA 3ZT3A 4B9VA 4B3OA 4DTMA 1NK0A 1IO2A 4EP5A 1BIUA 4BDPA 3RRGA 1GOAA 1CZBA 4C8OA 3NGIA 3TI0A 3AO4A 3ALYA 3PUFA 4CGIA 4BWMA 3SZ2A 2KZMA 4M45A 3HO1A 2HVIA 4ZHRA 3AVHA 4Z4CA 1T8EA 4BDYA 4ELVA 5T7BA 4M42A 1NOZA 3OYEA 1ZBHA 2PY5A 4E1NA 2QK9A 2HHUA 1HYZA 2PYJA 4FK0A 3SCXA 2O4IA 1TK0A 4DTUA 2IOCA 1JLQA 1BI4B 4DTXA 3IAYA 2D5RA 1LW2A 2FBXA 3AA3A 3CG7A 3NF6A 1X9SA 1VRUA 2D0BA 3I8DA 4CEDA 3L2QA 1UWBA 3HVTA 3KLHA 1HNIA 1D8YA 3M8PA 3KLFA 1NJYA 4KB0A 4W5RA 2VG5A 4F8RA 4NYFA 4DS4A 4FM2A 4KHSA 3AA2A 1Q9YA 3AVKA 1D9FA 1NKBA 5HRNA 4B9TA 3EYZA 3QETA 2DTUA 3EY1A 4KV8A 1CZ9A 2X6NA 1QSYA 4RG8A 4ICLA 2G8KA 4Z0UA 2RPIA 3G0ZA 4CJ5A 4IG0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K9JA 1KSPA 2FBTA 1BISA 1OH7A 3MN5A 4CZLA 4X64K 4FSVA 5C42A 4BRIA 4KTWA 3ZSXA 4EHTA 1HJOA 1UAXA 4JEPA 4JYAK 1MWMA 3DLRA 3AVFA 3PO4A 1BCMA 4IOAL 3P38A 2FF6A 1BHLA 4BE1A 1E3MA 2IAJA 4BRKA 4B1UB 4W5NA 5AJ3K 1JL2A 4F4KA 3JAMO 3MDQA 3WXJA 2Q97A 5B8HA 5HRSA 4KH4A 3VEWA 1NK4A 4KFBA 3R8EA 4YFUA 4KH5A 3OYKA 4EFHA 3VQBA 1U49A 4H5WA 4X62K 3V6DA 1S22A 4H5TA 2DFHA 4LF7K 4CJ7A 4GVEA 2RKIA 3SAGA 3ZYYX 3CCSN 3ZSWA 1QQNA 3VEXA 1NKEA 1JLEA 3ULEB 3NGZA 4H5RA 1T05A 3CJ9A 2B4JA 4DFKA 2O8BA 4JKBA 4DHYA 4WYBA 1S1TA 3A5NC 1LAWA 2A40A 4XIUA 3WXKA 1XMOK 5M1QA 4LY7A 3PLAA 1W97L 3PV8A 4CGJA 4BG9A 3GDQA 3UE5A 3G10A 2E4LA 4DF4A 3H1QA 4E7KA 3M3ZA 5AQZA 1Y64A 1NK8A 2NRVA 2UUBK 4ID1A 2QKKA 3NE6A 4HWIA 3R1XA 3WQUA 1EQYA 5J2NA 2PBDA 2IDOA 4ZTFA 2CH5A 1XC3A 3IS9A 2E6MA 4B1ZA 3HL8A 4H0VB 4Y1CA 3P31A 3KHYA 3P5JA 4CD1A 3RMBA 2RHKA 3CCUN 3FR0A 4N41A 3E66A 4FL9A 1YTUA 2FSNA 3I0RA 3FFIA 1JJ2M 3AO5A 3SK3A 3VMFB 4AHRA 4IZ9A 3UB5A 4IXCA 4CHNA 1XI1A 1N33K 1VSEA 5KGXA 2IVPA 4MDBA 4F3OA 3Q7CA 4J2BA 4L3QA 4Y1DA 2DY4A 2XRIA 4CZJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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