The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
216
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structure length |
216
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Chain Sequence |
GTFERLLDKATSQLLLETDWESILQICDLIRQGDTQAKYAVNSIKKKVNDKNPHVALYALEVMESVVKNCGQTVHDEVANKQTMEELKDLLKRQVEVNVRNKILYLIQAWAHAFRNEPKYKVVQDTYQIMKVEGHVFPEFKESDAMFAAERAPDWVDAEECHRCRVQFGVMTRKHHCRACGQIFCGKCSSKYSTIPKFGIEKEVRVCEPCYEQLNR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Tandem Vhs and Fyve Domains of Hepatocyte Growth Factor-Regulated Tyrosine Kinase Substrate (Hgs-Hrs) at 1.48 A Resolution
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Signaling
|
| molecule keywords |
HEPATOCYTE GROWTH FACTOR-REGULATED TYROSINE KINASE SUBSTRATE
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| total genus |
73
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| structure length |
216
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| sequence length |
216
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-08-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00790 | VHS | VHS domain |
| A | PF01363 | FYVE | FYVE zinc finger |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YHO A; 3ZNI A; 1RMD A; 3RPG C; 3ZPV 1; 4PTB A; 5KH9 A; 2IDA A; 4HFG A; 2YHN A; 4BBQ A; 2KM4 A; 4WA6 A; 3C6W A; 2YT5 A; 3EB6 A; 3PUQ A; 5AIU A; 2LXH C; 3O33 A; 2KGG A; 1MM3 A; 3O36 A; 2XEU A; 4LLB A; 4S3O C; 2VPG A; 2KWJ A; 2VJE B; 4FO9 A; 2D8S A; 2LGV A; 5TDR A; 2MOW A; 4LKA A; 1E4U A; 1EDU A; 2CT2 A; 4R2Y A; 3LQI A; 1WEE A; 1X4U A; 3LDZ A; 5FB1 A; 5JG6 A; 1WGM A; 2VPB A; 5H1T A; 1XGW A; 5B77 A; 5FB0 A; 2VP7 A; 3T6R A; 3O7A A; 1CHC A; 5D1L B; 1Z2Q A; 3GV4 A; 3N9N A; 5C11 A; 2QIC A; 3N9Q A; 3G2V A; 4WZ2 A; 2JMJ A; 4I7B A; 4L7X A; 2VJF B; 2L43 A; 3MHS A; 2UZG A; 2JRJ A; 2LGG A; 4Q6F A; 4V3K C; 1ZBD B; 5AIT A; 5CMW A; 4Q94 A; 2PUY A; 1WES A; 1JPL A; 4R7E A; 2E6S A; 2MD8 C; 5C13 A; 4S3O B; 4FK5 A; 1WEM A; 1WEO A; 3ZYL A; 1LF8 A; 1JWG A; 3N9L A; 1WIL A; 3N9O A; 1G25 A; 3KV5 A; 4BHW A; 2PNX A; 1U6G B; 3HCS A; 2ECV A; 4WZ0 A; 2CKL B; 4TKP B; 3O35 A; 3RRU A; 1WEU A; 3ZTG A; 5G0F A; 3KNV A; 4W4U A; 3ZYK A; 5KH3 A; 1BOR A; 4CA1 A; 5G04 B; 3T7L A; 5LOZ A; 1VYX A; 4GNG A; 3LRQ A; 4GND A; 4WZ3 B; 5TDW A; 4FJC A; 2YQM A; 5EYA F; 4UP0 A; 3ZYQ A; 2LV9 A; 4I7D A; 2E6R A; 4QF2 A; 4ZQL A; 4PPE A; 2YQL A; 1WEQ A; 2CSZ A; 2K17 A; 3EB5 A; 4FIP A; 3U5P A; 5J3X A; 2OXQ C; 3ONL A; 3G2U A; 5G05 B; 3SOX A; 1HYJ A; 3KQI A; 3D9L A; 1X5B A; 1VD4 A; 1LDJ B; 2G45 A; 2MIQ A; 5H1U A; 3HCU A; 2XB1 A; 4YBS A; 2F42 A; 4Q96 A; 4F52 B; 3G2T A; 3U5M A; 1WFK A; 3G2W A; 4A49 A; 2KYU A; 3O37 A; 5TBN A; 2MA6 A; 2EOD A; 2F6J A; 2AN6 A; 3SOU A; 3D9K A; 1XWH A; 1Z60 A; 3N9M A; 2H0D A; 5DKA A; 1X4I A; 1LDK C; 2ECT A; 4I7C A; 4LJN A; 2V8S E; 2CKL A; 3CLJ A; 2KR4 A; 3O34 A; 3RTR B; 3HTK C; 1Z6U A; 3VK6 A; 4NN2 A; 2ECI A; 2JMI A; 3U5O A; 2LXP C; 1WEP A; 2QY7 A; 4AUQ B; 5B79 A; 5LCW B; 4MVT A; 4GB0 A; 4YAB A; 2M6M A; 3U5N A; 5B78 A; 2LDR A; 2C2L A; 3NG2 A; 3ZVZ B; 3M63 A; 2JMD A; 1VFY A; 4AYC B; 2CSY A; 1N87 A; 2LGL A; 3G2S A; 3LQH A; 1HF8 A; 4N3W A; 1EYH A; 1FBV A; 4V3L C; 4GNF A; 4GZD A; 3L1Z B; 3ASL A; 3SHB A; 3D9O A; 1DVP A; 4C9Z A; 5B75 A; 4YBM A; 3C5K A; 1ELK A; 1SZ9 A; 2VNF A; 5FER A; 2EA6 A; 1HFA A; 5LKU A; 3D9J A; 1JWF A; 2F6N A; 2QIZ A; 3QZV A; 5LKZ A; 5LKT A; 2ECJ A; 2QJ0 A; 3SOW A; 4B7Y C; 2Y43 A; 4R8P K; 1K2F A; 2BAY A; 1JM7 B; 1HYI A; 1JUQ A; 1WEV A; 3DPL R; 3MHH A; 2DCP A; 2KFT A; 4A4B A; 2M3H A; 4X3G A; 2MNY A; 4ZDT A; 2L0I A; 2DIW A; 1V87 A; 4L58 A; 4JXT A; 1FP0 A; 3LQJ A; 2HDP A; 4UI9 B; 4FLB A; 3PHD A; 3KV6 A; 4LAD B; 2L5U A; 4NAC A; 2RI7 A; 2ECN A; 5D1M B; 1T1H A; 3L11 A; 2EGP A; 1PY1 A; 2G43 A; 2LRI C; 3HCT A; 2FUI A; 2K16 A; 2KU3 A; 2L0T B; 2VJF A; 4YBT A; 2BF0 X; 2MT5 A; 1UJK A; 2L0B A; 5H9M A; 1IYM A; 5KH7 A; 2VPD A; 1H0A A; 3V43 A; 2RSD A; 5FEY A; 1MM2 A; 2I50 A; 3ZVY A; 2M85 A; 3M62 A; 4GNE A; 2MNZ A; 4UP5 A; 2YUC A; 3D9P A; 2K1J A; 3ZYM A; 2L75 A; 3ZPV E; 2FUU A; 5D1K B; 2HYE D; 4AYC A; 2MUM A; 2KWK A; 2KWO A; 5B8D A; 2Y1N A; 2Y1M A; 3M99 A; 2M1R A; 5LKX A; 4IC3 A; 2YUR A; 4LK9 A; 3ONK A; 3O70 A; 2K4D A; 4FU3 A; 2YSJ A; 2ECW A; 5TAB A; 1JM7 A; 1VDY A; 2ECG A; 5H1V A; 2LN0 A; 2DX8 A; 2FSA A; 2MA5 A; 5TRB A; 3D9N A; 1X4J A; 2YW8 A; 4ZUX U; 1WE9 A; 1WEW A; 3I2D A; 3PUR A; 5B76 A; 2ZET C; 2KIZ A; 2YSM A; 5I3L A; 2L80 A; 4B86 C; 3DQV R; 2H0D B; 4CCG X; 2YYR A; 4GZC A; 3L1X A; 4IC2 A; 2YU4 A; 3N9P A; 3FL2 A; 4YAT A; 4YAD A; 1HG2 A; 3IHP A; 1HX8 A; 4MSX A; 4A4C A; 2KE1 A; 2LQ6 A; 2KRE A; 1JOC A; 1UJJ A; 4N4F A; 1INZ A; 2C2V S; 2VJE A; 1HG5 A; 4YAX A; 2KGI A; 2LGK A; 3D9M A; 2G6Q A; 4YC9 A; 4QF3 A; 1F62 A; 4AVX A; 5CMY A; 5J08 A; 3RPG B; 3D9I A; 4A0C D; 5DIN A; 2MD7 B; 4P5O B; 2LO6 A; 2YRE A; 3GL6 A; 4AP4 A; 4O64 A; 5LP0 A; 4XI1 A; 2KWN A; 1MHQ A; 1WIM A; 1SZA A; 2VPE A; 1WEN A; 2NAA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DXK G; 2YHO A; 3ESK A; 3AS5 A; 3QK0 A; 5AQ9 A; 2XQ0 A; 2WQ6 A; 4LER A; 5G55 A; 3JQ1 A; 1FVF A; 5FT9 A; 4EZL A; 1H6P A; 1Y6I A; 2YT5 A; 1OXJ A; 5CHE E; 3FUJ A; 1U2V G; 3LS8 A; 1ELW A; 1WY6 A; 4CDN A; 4YDY A; 2RFA A; 2XEU A; 2WB2 A; 1NI1 A; 3EJN A; 3CHP A; 4S3O C; 4HOU A; 4GTR A; 4IRU A; 1OWM A; 3GZ2 A; 2VJE B; 4D10 C; 3UXG A; 2CRR A; 2XEH A; 3ESL A; 4A1G A; 1EDU A; 4URK A; 4XX5 A; 4UQX A; 4HNA D; 3LXU X; 3LDZ A; 5FB1 A; 3HDX A; 1WG0 A; 4XI0 A; 5FJY A; 5G04 C; 5FB0 A; 2VP7 A; 4UQZ A; 2GRQ B; 4GYO A; 1N11 A; 1BD8 A; 1CHC A; 3Q7A A; 3N9N A; 2QIC A; 3E34 A; 2JM3 A; 3G2V A; 1FT2 A; 2JMJ A; 4I7B A; 4A3V A; 3QAQ A; 5KWD A; 4CYM D; 2L43 A; 3VTY A; 5EN5 D; 3EIQ C; 1FCH A; 3R7R A; 5AJL A; 1HZ4 A; 2OVB A; 5AIT A; 3TWU A; 5CMW A; 1G3N B; 2EQX A; 3Q49 B; 3MJW A; 3URZ A; 2E6S A; 4UUC A; 2XPZ A; 5AQB A; 3EDT B; 4XKB A; 5CED B; 5ENO D; 3CHM A; 3TGO A; 2A5U A; 1TNU A; 4FJY A; 1WEO A; 1Z3X A; 1ZU2 A; 2XZD G; 3FH8 A; 3UT8 A; 3ZYL A; 3MEK A; 1JWG A; 2WXO A; 3N9L A; 1TNO A; 4HI8 A; 4EPZ A; 3SNX A; 3HXD A; 3MDB C; 3PRE A; 4KBQ A; 1NA3 A; 4U04 A; 1WEU A; 3ZYK A; 4MRU A; 4GA0 A; 4CA1 A; 1IQR A; 2CHX A; 3BQO A; 3GZS A; 2R59 A; 3PE3 A; 3LRQ A; 2F37 A; 4WZ3 B; 5B1A E; 2AXU A; 5EYA F; 3NQP A; 2XZT G; 4TUU A; 2J08 A; 4EZJ A; 4PPE A; 4BET A; 2WXI A; 3EB5 A; 5FQ7 A; 1NZN A; 2AXV A; 4DK5 A; 2RR4 A; 1N4S A; 5FIO A; 3LVQ E; 3FM8 C; 3U5P A; 3LKU A; 2OND A; 4Q69 A; 3ONL A; 5BPP A; 4H7Y A; 4JA7 A; 1OWO A; 4H9D A; 2PQR A; 2BED A; 1S64 A; 4BTA A; 5T4Y A; 4A55 A; 3FDH A; 4JHJ A; 5BXO A; 5H1U A; 3HCU A; 1D9S A; 5HS0 A; 4GCO A; 4Q96 A; 4Z68 A; 3NF1 A; 2EIJ E; 4J8E A; 4L2Y A; 2DZN A; 2Q7F A; 1QBQ A; 2KYU A; 5TBN A; 2P9L G; 2ILR A; 3QKY A; 4BT8 A; 2AN6 A; 3ZUV B; 2GRL A; 2Y1L E; 3N9M A; 4L2L A; 1LDK C; 4U63 A; 2QFC A; 3DPY A; 2CHZ A; 2XEN A; 1OCZ E; 4CT4 A; 4KZC A; 2ZGG A; 4FA6 A; 2QYJ A; 2WXL A; 2HO1 A; 2ECI A; 2JMI A; 3U5O A; 2WXG A; 2QYU A; 1WEP A; 5ITZ F; 2QY7 A; 4HBD A; 2GRM A; 3E4B A; 4AUQ B; 3ZPJ A; 4NUR A; 5SVY A; 4DRX E; 3PNT B; 2VGY A; 3AU4 A; 4GTP A; 3CIA A; 3LEW A; 2GRR B; 4F1S A; 2R5S A; 4I6J A; 1S0P A; 3QAR A; 2P57 A; 4N3W A; 4BSZ B; 3FTS A; 4GZD A; 4KVO A; 3QJZ A; 1D8D A; 1H2U A; 3D9O A; 2KKY A; 3OTN A; 4I9C A; 3CVV A; 5A7D B; 4B8C B; 3Q75 A; 5FER A; 5FQ4 A; 2XHE A; 4OYS A; 1WM5 A; 3QDN A; 5LKZ A; 3U9W A; 2QJ0 A; 4GZ3 A; 3JUE A; 4C9B B; 3PNL B; 4R8P K; 1HYI A; 1WEV A; 1E7U A; 3DPL R; 2PZI A; 3MHH A; 3FP3 A; 4HOQ A; 3C3O A; 4FLH A; 4JXT A; 3LQJ A; 3FHE A; 3AG4 E; 2JAB A; 4GMR A; 4JW1 A; 4JB8 P; 1AP7 A; 4FHJ A; 4TXP A; 3GYZ A; 1OY3 D; 4HI9 A; 1PY1 A; 2G43 A; 2X6F A; 3ISM C; 2K16 A; 2KU3 A; 3R7Q A; 3NZS A; 1YYH A; 4A63 B; 2MT5 A; 5KH7 A; 2VPD A; 3FH7 A; 3GZ1 A; 3APC A; 3V43 A; 4I9E A; 5ANL A; 4N3B A; 2RSD A; 3LY8 A; 3ASD A; 5ENS D; 5FEY A; 1MX2 A; 5CCL A; 2YUC A; 2K1J A; 2L75 A; 4ANU A; 4PS3 A; 3AU5 A; 1N9A A; 5FTP A; 1E8Y A; 5A6C A; 5CBO A; 2KWO A; 4XIF A; 4ATG A; 2Y1M A; 4B89 A; 4TXQ A; 2IF4 A; 4IC3 A; 1DCQ A; 3O70 A; 1QZ2 A; 3UPV A; 2KBX A; 5HQ8 A; 4N3A A; 4J0U A; 4J6I A; 2MYO A; 5FZQ A; 1Y8M A; 2FSA A; 3L6A A; 3P2B A; 3KAE A; 4TV3 A; 4U0U A; 3I2D A; 4GML A; 3PRZ A; 4EBA A; 3ULQ A; 4RQI A; 4HQD A; 4WWN A; 3DSU A; 4UI9 J; 2L80 A; 4B86 C; 3DQV R; 3TWT A; 4C48 B; 5EIL A; 2X6J A; 2YYR A; 4JPS A; 2YHE A; 1OUV A; 3GW4 A; 4IC2 A; 3F6Q A; 2FO7 A; 3EHM A; 2PNN A; 3DRA A; 3E30 A; 1HX8 A; 4PH4 B; 5BT1 A; 2XOZ A; 4L23 A; 4N4F A; 4AOF A; 3MA5 A; 5KJK A; 1TNB A; 4L7T A; 2C2V S; 2VJE A; 1HG5 A; 2VGE A; 2LGK A; 3FU3 A; 3O4Z A; 2UWJ G; 2DSM A; 1F62 A; 1YCS B; 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2VSY A; 4JC8 A; 4DI4 A; 2CON A; 3Q5M A; 3ABK E; 3LY9 A; 2J9Q A; 1LF8 A; 4MBG A; 5KCM A; 5EIB E; 5SVI A; 2CKL B; 3UIN C; 2A5E A; 3CKC A; 3O35 A; 3EU9 A; 3ZN3 A; 4XI9 A; 4DX2 A; 3ZTG A; 4W4U A; 1RZ4 A; 3IHV A; 5KH3 A; 4U7E B; 1N94 A; 5G04 B; 3KD7 A; 3ASN E; 3BUA A; 1VYX A; 1SVX A; 5CRV A; 4LNU D; 4FJC A; 3DSX A; 4HOR A; 2YQM A; 4I7D A; 2QC9 A; 4FP7 A; 3SFZ A; 2CRW A; 4QF2 A; 4WAF A; 1WEQ A; 4YDW A; 2CSZ A; 3CK9 A; 4U0Z A; 4N2Q A; 3DBS A; 1OCC E; 3CQC B; 2NC9 A; 5BV0 A; 3HXE A; 2YIN A; 2ETB A; 3APF A; 4PUC A; 3MYV A; 3UT4 A; 5G05 B; 5HRY A; 3Q79 A; 1VD4 A; 4FUL A; 2G45 A; 2J4B A; 3B7S A; 1FPP A; 3KS2 A; 4YBS A; 1KT1 A; 1TJF A; 4PDX A; 5IY5 E; 1LD8 A; 3OXF A; 1WFK A; 3G2W A; 2J09 A; 5A23 A; 3O37 A; 2BTD A; 3FUF A; 5KJM A; 4LSZ E; 2KCK A; 5T8I A; 4BEP A; 2XP0 A; 5CEA A; 2H0D A; 4Z0R A; 4GAA A; 5CEC B; 3ASH A; 3DDT A; 3UI2 A; 2YQ8 A; 1N52 A; 4UI9 C; 5ENR D; 1KZP A; 4LJN A; 4A1S A; 1HXI A; 2V8S E; 5BW8 C; 5C1D A; 2E2E A; 2YHC A; 4I1O B; 3CLJ A; 1V54 E; 4EBA G; 3TWS A; 3QWP A; 3HTK C; 4JEH A; 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