3ZZXA

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
source organism Litopenaeus vannamei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 36
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2011-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3zzxA00
4ZB9A 2V6OA 3EU3A 1MEKA 1XOAA 2R2JA 4HZ2A 1FG4A 4MMMA 5IMDA 3QAVA 3KIJA 4OFMA 4IW9A 2OA7A 2PVOC 1ABAA 5AIVA 4EF0A 1EZKA 1XWCA 3ZFBA 12GSA 4K2DA 4HDEA 1HD2A 2HXKA 5IMCA 4L0WA 1JZWA 3G7JA 2GSRA 1EGOA 4I8BA 3EMPA 3LJRA 3RPNA 1Y6EA 2HT9A 4IHUA 2DMLA 2X8CA 3HVVA 2C3TA 16GSA 3HXSA 1G0TA 2H76A 2OE0A 3LYPA 2EIOA 2FUG2 1FB0A 3CMIA 1FB6A 3FK8A 3QFBC 3FR9A 4WKWA 4HUAA 4I97A 3TCOA 4ML1A 2B5XA 2GZYA 3CRTA 1BAYA 2KUCA 2HRNA 4N0ZA 1PQNA 1OE7A 2I3YA 4RI6A 4X43A 2B1LA 6GSSA 1B9XC 4PGTA 3DVWA 4GQCA 4EUYA 1BQ7A 1H75A 1G6YA 5B8AA 5GZZB 3BCIA 2PGTA 3VWVA 4QL7A 2VCXA 1GRXA 4LL1B 5D73A 1XPVA 3RAZA 1Z7PA 2YPMA 3IOSA 1SK0A 1PN9A 3KH9A 1M0UA 1OVNA 4KH7A 4OD7A 5FWGA 2AV4A 4OCEA 3KP8A 1A8YA 5IO0A 4FIWA 3M9KA 4EDYA 2H75A 2NPBA 3TKQA 5F0GA 5D9VA 1WMJA 5A4VA 5ECHB 2HZFA 4DSQA 1OC9B 5ECQB 5ECLB 3CSIA 2MMZA 2HNLA 2VL3A 1B4QA 4ZB8A 2ES7A 3PR8A 1A23A 2F51A 3E3EA 1WJKA 1YZXA 1IYHA 4GSSA 1XBSA 2VIMA 1MTCA 4JE1A 5G5EA 4OCFA 3HJOA 3JCML 2YWOA 2I4AA 3NOFA 4HS1A 2RLIA 1PD21 1PKWA 4GSTA 2LV3A 2C80A 3U6VA 1K0NA 2RIIA 4O7HA 1LBKA 3UMAA 3IC4A 2WGRA 3FR6A 4IKHA 1GSUA 3LORA 3F6FA 1TI3A 1UC7A 5B7CA 3KH7A 3MDKA 2VL2C 3MNGA 2AJQB 2H30A 4Z7XA 5KEJA 2FWFA 2TIRA 1GP1A 2LKUA 2YWIA 2FD3A 3GX0A 5L71A 2OE3A 1GWCA 4V2NA 1W4VA 3A2VA 2IFQB 4HU9A 4IN0A 2VCZA 3NZNA 4G2EA 4V2LA 2GSSA 5ID2A 2OADA 2GQLA 4EKZA 2H74A 3KEBA 1VF2A 2CQ9A 1TU8A 5D8IA 4WXTA 3C1RA 5INYA 5CNWA 1J0FA 1B9YC 4OO4A 1A2JA 5KN1A 1O8XA 1KNGA 4XS6A 5HFKA 2IMKA 4IBPA 1HNBA 4FO5A 5EL8A 1TP9A 4F0CA 2YV9A 1BX9A 1N2AA 3L4NA 4TOPA 3VI5A 3DVXA 3IA1A 5ECMB 1V2AA 1ZYEA 4NV5A 4K9ZA 2L4CA 1TU7A 4O92A 1ZOFA 2EIRA 5B8BA 4FYCA 4D73A 4LA1A 1WWJA 4YQVA 5IQYA 5H5SA 3GYKA 2K8VA 1FVKA 5CAXA 3HCZA 2LNTA 1FVJA 3CTFA 5CREA 4X1UA 4MJBA 2PMTA 2LS5A 2C3QA 5ELGA 1XW9A 3VWUA 2YWMA 4HU7A 2JACA 4NWYA 2IWTA 4ACSA 3BJ5A 1JZRA 5DJLA 5COHA 5ECRB 1THOA 4PQHA 2P5RA 1MDIA 3FZAA 4TXVA 3ERWA 2MYGA 1O85A 2JSYA 1R4WA 4V1Ag 1M2DA 3F6DA 4CW9A 5G2ZA 1PL1A 1LJRA 1R26A 1AAZA 3RBTA 4F82A 5IM9A 5J4UA 3EYTA 2M80A 4WBRD 1Q4JA 1Y25A 5CRGA 3QFAC 3F4SA 1SYXA 3TRXA 3M8NA 2B1KA 2G0FA 4LMWA 1GLPA 3L9SA 3I69A 3SBCA 2H0GA 5J9BA 3U5RE 1GSYA 5CYYA 4JEDA 4DEJA 1YKCA 2OBKA 4AJ6A 5IMAA 5LCZA 3WGXA 2DJ3A 5JCWA 2LUSA 4X0XA 3Q18A 2V6KA 3TJBA 3G9BA 4MZBA 5FT3A 3C8EA 1EGRA 1W89A 1QK8A 3FHKA 1MDKA 1JZOA 4KSOA 2VCTA 3BCKA 4EL1A 3ZL5A 2PU9C 4KX4A 4NHZA 1MDJA 1EEMA 4GXZA 3CBUA 3VK9A 2OACA 4N10A 1U88A 1AC1A 3M3MA 2X8HA 3IK9A 2JZRA 2HZEB 1U6TA 1ZCPA 4ZL9A 1JLVA 3TRPA 3TJFA 5D9WA 2WB9A 2MZCA 1OC8A 2P0GA 4NXIA 3UL3A 1PRXA 2AYTA 4PNGA 2B5EA 3IHQA 1M9AA 2E7PA 4ZBAA 1TRWA 4ISDA 5HR3A 4TXOA 3EE2A 1YDKA 3ED3A 1QQ2A 2CZ3A 2R4VA 2VLTA 4ECIA 2ZNMA 3M0FA 3DWVA 2R5GA 2DJ1A 2H0IA 2C0DA 5ID2B 1RQMA 4WR5A 4I5QA 4IJIA 5A4UA 2E2MA 1EV9A 3GH9A 3D5JA 4MK3A 2PUKC 6GSTA 1ZMAA 3M9JA 4PNFA 4Q5NA 3UEMA 5C04A 4BVXA 1WPIA 1M99A 2CX3A 3TJGA 3KTBA 4HJMA 2H1AA 5GSSA 4K6XA 1GUMA 3APOA 2L6CA 5J5NA 3ZRDA 5DQYA 1MD4A 1S3AA 1RK4A 3M1GA 3QAGA 4MF6A 4XRDA 3TUEA 4XHMA 2K8SA 3LEFA 4POKA 3IRAA 3J7Yb 1Z9HA 3BD2A 6GSWA 3OR5A 1M9BA 3TKSA 2IL3A 17GSA 4MCUA 3FEUA 3HVSA 1O7UA 2IPAA 2H70A 4ID0A 3RHBA 4BPYA 1GTIA 4ML6A 2YWNA 3D22A 3Q74A 4JZQA 2XBIA 3EINA 2CT6A 2I1UA 1GSDA 3H4KA 4BWQA 20GSA 3WGDA 4F2IA 3GSSA 2YANA 1EOGA 5IMVA 1T4YA 3D4MA 2DBCA 5A4WA 3GRXA 3APQA 5J41A 5AN1A 2M72A 2AUVA 2CVDA 2LNSA 3DD3A 1ON4A 4MH2A 3ME7A 4BVYA 4TR1A 5H5RA 3HZ8A 2HSYA 3CRUA 4HOJA 2VD0A 3TJKA 4Q5QA 4OFNA 2PERA 3IBHA 5HR2A 2H1BA 5KN2A 4ZL7A 2GZZA 1WE0A 18GSA 2KLXA 2VD1A 2MBSA 2O87A 2I9HA 2N5FA 2L59A 2C4JA 4RQRA 3FZ9A 3LG6A 2DLXA 2LQQA 2H72A 6GSUA 2HYXA 2F3MA 4XRAA 5ELAA 2MMAA 5HQPA 2L6DA 2JU5A 2JADA 3CSHA 3EC3A 3F63A 1GL8A 3C73A 3D21A 3W8SA 4IJ3A 5CP1A 3DRNA 3UVTA 2CVKA 2H66A 3ZYWA 2OKAA 3D0ZA 3E9JB 1XW5A 2AAWA 5ECOB 3KD0A 4DSRA 6GSYA 5D9XA 3UOMA 3FY7A 4HEA2 4YAPA 3TOUA 1PGTA 2VAFA 4IQAA 4WF5A 3HJPA 4EC0A 1X9SB 2MMOA 1TW9A 2VM2A 3DMLA 1PSQA 1GULA 2EC4A 3ZTLA 1R5AA 3HD5A 4GWRA 2WULA 1JHBA 3ME8A 1F3BA 4TXOB 3GA4A 5ENUA 5JCGA 4XTSA 4TR4A 1OAZA 2KOKA 2GT6A 2FWEA 1DUGA 3GIXA 1EEJA 4ZL8A 4TR3A 2M46A 3TGZA 5ABRA 5G1LA 4N11A 2WZ9A 3GNJA 4IS0A 4YQUA 2F9SA 3H79A 4OMVA 3GH6A 1T8EB 1GSEA 1Z7RA 2LJRA 4LLRA 3LFLA 5CO3A 4TRXA 5G5FA 2WFCA 1TI1A 2FNOA 4E8EA 3UIWA 1BEDA 1VF4A 2GS3A 1R7HA 2GQKA 4V1Ap 1GLQA 1XIYA 14GSA 1TOFA 4LL4B 5CRWA 4TVEA 1JLWA 1NHYA 2J9HA 1GNWA 4AJ8A 2NDOA 3GKKA 1UN2A 3HZ4A 3L78A 3GURA 1T7PB 4Q5RA 2YOIA 3O76A 3IR4A 3ERGA 1F9MA 1KTEA 4RUVA 1DBYA 3C7MA 4BA7A 1RW1A 3GN3A 1OKTA 4GLTA 2BTOT 2O85A 2A4VA 4LMVA 1O8WA 5ECNB 3C71A 5HFIA 5G30A 2ZCTA 4QQ7A 4DVCA 5GAPD 7GSSA 1SK1A 1WP0A 3GFKA 4ECJA 4GF0A 1G7OA 1M7TA 3KMOA 2RM5A 5GAND 3HVXA 4I6XA 5B6MA 1B48A 1EWXA 2V32A 1A0RP 1I9DA 3KCMA 3QAWA 2GQMA 2VOCA 2LRCA 1F37A 4FH8A 5AGYA 3QR6A 4J2FA 3GL5A 2JL4A 2K18A 3CTGA 5HFGA 3VI7A 2DIZA 4MF5A 3Q6OA 3ZVJA 3LYKA 3LGCA 4TR1B 3TKSC 3F8UA 4KE3A 1FOVA 3KMNA 1PL2A 1GH2A 5HR0A 2GLRA 3DXBA 1VRSD 1UA5A 2H19A 3P8WA 3PGTA 4NV2A 3PINA 3GUSA 3LQ7A 2HI7A 1K3YA 3P90A 2B6MA 4F03A 5IMZA 3VURA 3KTLA 3F9UA 3MWHA 1USBA 1ZGNA 1QUWA 4YAVA 3H1NA 4NAXA 1QGVA 3DGQA 1SYRA 4NHWA 2DC5A 1PX7A 2L5OA 3W6GA 3FZ4A 3F4RA 5F05A 4XCSA 5E59A 1XVWA 1EP8A 4MZCA 3DYRA 1J08A 1DE2A 3TRQA 1AQXA 4AGSA 2H6XA 5J3RA 3UBLA 2VCVA 1TKDB 3WD6A 2F8FA 2XC2A 2JZTA 3HYPA 1NM3A 4NPBA 3CXGA 1KEBA 4TR0A 2YJ7A 1I5GA 1ZL9A 2K9FA 1FW1A 4TKYA 1BYEA 2HSHA 2N5AA 2RUEA 3FW2A 2DJJA 4KGIA 4K0NA 4EDZA 1WOUA 1U3AA 1A2LA 3V1WA 2CV4A 1GSQA 2H1DA 4IVFA 2MBTA 2FGXA 3ZITA 2C0FA 1V40A 3R2QA 1O6JA 1ILOA 4POLA 2BMXA 2GVPA 2L4QA 1F6MC 2DJKA 3GKMA 2H6ZA 3A5WA 1SL2B 4HQSA 1GTBA 1S3DA 2FCHA 1PX6A 2LEGA 6GSXA 1Z6NA 4KNDA 1GUKA 1XW6A 2ON5A 2LRTA 4J56E 3UARA 4JR6A 3BBYA 5DBQA 1OC3A 4P3YB 8GSSA 4WETA 1Q98A 2IN3A 3GV1A 5ECPB 3NIVA 4MP4A 1ML6A 2V41A 2XBQA 3IDVA 1XWAA 2OBIA 4IGJA 2DSAA 4KSMA 1S3CA 1UVZA 4KAEA 5IPGA 2H01A 3QPMA 4EXJA 1MD3A 2YZUA 5F07A 3TKPA 3DKSA 2RM6A 4DSSA 2WCIA 2LJKA 5IPHA 1K0DA 4MJAA 5D96A 3MAKA 1AIUA 2O7KA 4CDOA 2XHFA 3D6IA 2VL2A 1XWKA 4K1FA 1Z5YE 5D9TA 3FRCA 2H1GA 4PUAA 1Z3EA 3E0UA 3LXTA 1TRUA 2HRFA 3W8JA 1O73A 2YZHA 2FY6A 1TK0B 2O8VB 1BJXA 2F8AA 4ZB6A 1F2EA 3G7YA 1SD8A 1ERWA 5CRHA 1ZZYA 3KXOA 1EV4A 3F0IA 1V9WA 4K8MA 2IMDA 3LSZA 4ULXA 3BOAA 3IAM2 1A2MA 4GCIA 3GTUA 5FHIA 2CA8A 2IMEA 4KDXA 3HJMA 1FO5A 1SENA 3IXRA 2JZSA 1O81A 1VGLA 2VCWA 1X5EA 3WGEA 1G6WA 2DIYA 1H4OA 3CYNA 1XCCA 1YEXA 1GNEA 3KP9A 3ZFLA 4D73B 1ST9A 2LTKA 2R6KA 3EVIA 2VLUA 3I9V2 4ILFA 4IP6A 5A5KA 4JR4A 1WIKA 5GSTA 2IMFA 1K0MA 19GSA 2YP6A 4N30A 2IFQA 3L0HA 1X9MB 2H71A 3A2XA 2O89A 4RQXA 1ZYQB 4K7IA 4I2UA 1CQHA 1HNCA 3TKSE 4K7NA 4HI7A 4V2MA 4POBA 3VPTA 2WJUA 2DJ0A 2KP1A 4JU5A 4OO5A 1SJ6A 3EMXA 2QKEA 5DCGA 1AUCA 4WEYA 4EVMA 5DCHA 2NVLA 2PWJA 3ZIVA 4XS4A 4O5RA 1TJDA 3SWLA 1XZOA 2L57A 1M2AA 3A3TA 3PH9A 4PQ1A 3US3A 2OJLA 3C1SA 1V57A 3RPPA 2PVQA 1K0AA 4KA0A 2A2SA 3AY8A 2B7JA 3KM6A 3GSTA 3FYGA 1FHEA 3MSZA 1XVQA 3S9FA 3QD9A 2FWGA 1SKWB 1ERUA 3I43A 2REMA 2PPTA 2D2ZA 2GTUA 2X99A 3TJJA 5LNKe 2GDRA 5B6NA 2VL9A 13GSA 1QFNA 4G9HA 1DSBA 1SJZA 3QMXA 2P31A 4TN8A 2A2RA 4FYUA 2YNXA 2WRTA 2GT5A 4JBBA 1X5DA 3EURA 5G1KA 5JWQB 2HFDA 4NMUA 3VWWA 4WF4A 2B7KA 2GGTA 3KGKA 4L5LA 1SD9A 2QC7A 3EU4A 4JRRA 3ZLPA 4KB3A 1YF0A 1TK5B 4EE0A 2LSTA 3N9JA 4KUNA 2VLVA 5EVOA 4PXOA 2R3XA 2CX4A 9GSSA 2FA4A 4DSSB 4AF2A 2P5QA 2DMMA 1THXA 1SKSB 5D93A 4ZXGA 3VFIA 4L8EA 4F9ZA 1JFUA 1SJIA 3VWXA 5JCUA 4MJEA 1N8JA 4MABA 5DVBA 5EY6A 3GMFA 1GTUA 5LD0A 4BL7A 5EPFA 1E6BA 3TB2A 4K7OA 1HNAA 4GRFA 1QXHA 3HKRA 3UBKA 1YJ6A 4PUFC 2HZEA 3F4TA 3GTUB 1URMA 3IPZA 5IO2A 2TRXA 2XPEA 2YJHA 1K3LA 3F3RA 5DAKA 2LQOA 2I81A 1B8XA 3L9VA 1T3BA 4HQZA 1B4PA 3FR3A 1X9WB 3TOTA 2PN8A 1LU4A 2FA8A 5ECSA 5F06A 3N5OA 1ERVA 1K0OA 2E2GA 3A2WA 4G10A 4H86A 4AJ7A 1SKRB 2LRNA 3P7XA 4PQIA 3DIEA 1Z6MA 3QCPA 4QL9A 3ISOA 3UJ1A 3QDNA 1TXXA 2K6VA 3HY2A 5G31A 5DALA 3CSJA 3I6AA 1SU9A 5DJMA 1G7EA 1OKDA 1XXUA 1QMVA 3ZZXA 1ACVA 1AXDA 4MA9A 1K3OA 4KDUA 1M2BA 3GX8A 3TKRA 2IJYA 4EO3A 4Q5FA 1V58A 5IIZA 5DDLA 2WS2A 4KW6A 2ZUPA 1J9BA 3LWAA 1T00A 4MPGA 1K0CA 2R37A 4HJ2A 2C0GA 1TTZA 3FZ5A 4IP1A 4MJCA 2HE3A 3HA9A 2VO4A 4E8HA 4XS4B 5IOWA 2NTOA 2B3SA 2OE1A 5KN0A 1U87A 5J9CA 2LJAA 3J7Yk 2Z9SA 4OWYA 3D4TA 3ERFA 1YEPA 2C8UA 4G19A 2VUPA 2C0EA 2VM1A 1YQ1A 1OYJA 3Q19A 4F0BA 2H0HA 4GTUA 3ZREA 2IMIA 4PURA 1PA3A 1TRVA 3GHAA 1SL0B 3VPQA 5JWRB 3KJYA 2N5BA 1PMTA 1XOBA 4CHSA 4PX1A 1ERTA 5CRDA 5ECKB 2MMNA 5AISA 3IE3A 2H8LA 1HQOA 4WR4A 1V98A 2H6YA 1GSSA 3WYWA 1U3IA 2VCQA 3F3QA 4J57E 2WDUA 4ZBBA 1C72A 1HYUA 3L9UA 1EOHA 4TW5A 4K0GA 4XS1A 3ZMKA 3IAS2 3VLNA 1XFLA 4MLYA 1BG5A 2JSZA 1KBNA 1XWGA 3WT1A 1NW2A 4IELA 2ALBA 3O3TA 2FHEA 3TDGA 2IIYA 2V1MA 3QOUA 5E4WA 5F8BA 3K8NA 2CAQA 4L5OA 1R5PA 1F3AA 4IQ1A 4MF7A 3HDCA 1YF1A 5JWOB 1K0BA 3O6TA 2H73A 1E2YA 2YV7A 2B5YA 3HHVA 1XWBA 1OE8A 4N0VA 4YQMA 1WRYA 2X8GA 6GSVA 4YH2A 4BWSA 3GL3A 2CVBA 2YN1A 5HR1A 5KN3A 2QSIA 2DJ2A 3GKNA 4I2TA 1YKAA 1TRSA 1PKZA 1YY7A 2AHEA 2GSTA 2RUFA 3H93A 4ZIJA 1JZDA 2QGVA 3LXZA 5IOXA 3IK7A 4RI7A 2G2QA 3GKXA 5DAKB 4GQFA 1EP7A 2AB6A 3IV4A 4KCAA 4O32A 5IMFA 3P2AA 3ZMLA 1OC9A 1VF3A 4POMA 1FAAA 11GSA 2YCDA 4MPFA 3FKFA 3G7IA 2V2GA 2NBSA 1TDIA 3RHCA 3EWLA 1TK8B 3ZIJA 2PBJA 4GSNA 4WBJA 2C1YA 1NHOA 2KHPA 4KDYA 2BJXA 2CZ2A 5DALB 2X64A 4L0UA 2C3NA 4OFTA 1NSWA 4MZWA 1CQGA 3H8QA 2KP2A 4ZILA 4XIHA 4HZ4A 2FLSA 4ZBDA 2J23A 5DQSA 1AQVA 1T4ZA 1A24A 3UVHA 1GUHA 1AW9A 5C00A 4FYBA 2GSQA 2ON7A 1VF1A 3WT2A 4ECBA 1GSFA 1A8LA 1X5CA 3UAPA 3DEXA 1SL1B 2HLSA 1T1VA 2L5LA 4ECCA 1SK2A 3RDWA 3KZQA 2CAIA 22GSA 5ECIB 1A0FA 1IYIA 2XPDA 3ZVJD 4KCEA 3APSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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