3AMDA

Crystal structures of thermotoga maritima cel5a, apo form and tetramer/au
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
GVDPFERNKILGRGINIGNALEAPNEGDWGVVIKDEFFDIIKEAGFSHVRIPIRWSTHAYAFPPYKIMDRFFKRVDEVINGALKRGLAVVINIHHYEELMNDPEEHKERFLALWKQIADRYKDYPETLFFEILNEPHGNLTPEKWNELLEEALKVIRSIDKKHTIIIGTAEWGGISALEKLSVPKWEKNSIVTIHYYNPFEFTHQGAEWVEGSEKWLGRKWGSPDDQKHLIEEFNFIEEWSKKNKRPIYIGEFGAYRKADLESRIKWTSFVVREMEKRRWSWAYWEFCSGFGVYDTLRKTWNKDLLEALIG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Diverse substrate recognition mechanism revealed by Thermotoga maritima Cel5A structures in complex with cellotetraose, cellobiose and mannotriose
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endoglucanase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 135
structure length 311
sequence length 311
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2010-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3amdA00
2CBVA 1NP2A 2XVLA 2RGMA 2G3IA 2J7BA 4RE2A 1GQIA 4WKFA 3FAWA 4FF5A 1ZB5A 5TD4A 5CXPA 4RE4A 4H7VA 4PSPA 1J10A 2EPNA 3AXIA 1WCGA 3FXYA 1TE1A 2BXZA 1UKOA 2WCSA 4HOXA 3HU7A 1GOQA 2NT1A 1W9UA 1GOOA 2WMIB 2J7GA 1W1PA 1FFQA 1C91A 1OIMA 4UOZA 1UWQA 5AY7A 1PAMA 3EDKA 4JFSA 2EPOA 4Q7NA 2WMKA 1JXKA 1MXDA 2WNWA 4OBRA 3EDEA 3PZVA 4E4PA 1Q6DA 4JFTA 4HOWA 1EQCA 2BNJA 5CJ5A 3TTYA 2AMGA 3NJ3A 5A6JA 2GUYA 4U5IA 2AAAA 1V0LA 3LPGA 4D72A 2X09A 1V6VA 5C8BB 1W1VA 2XWEA 4YHEA 2WVUA 4P8UA 1ZBCA 3AOFA 4DM1A 4TTUA 3MO4A 3BAIA 5CQ1A 1E4IA 2WYSA 4Z2JA 3QGVA 1MWOA 1V6UA 1J18A 5BXSA 4OIFA 5A2AA 5CLTA 1EDGA 1BTCA 1S46A 2OSYA 3AHVA 4WKHA 2XIBA 4UFLA 3ZJ7A 3VDCA 4JHZA 2ESCA 3WN6A 3AHZA 3DYOA 1HJXA 1KQZA 3GXDA 2XFRA 4GINA 4W5ZA 1QI2A 3LPPA 2ZWYA 1BLIA 1CXEA 2Q8XA 1UH3A 1V08A 3L4UA 1UQYA 1H1NA 1OBAA 2OLHA 4U2ZA 3SCVA 3UEQA 5BROA 2JIEA 4JL2A 4WKAA 3RCNA 4F66A 1G0CA 1U30A 3BAKA 1Q6GA 1O6IA 3TTSA 1V6XA 2CKSA 3T2OA 2CKRA 4U31A 5BRPA 4B9YA 2IUZA 1NOFA 2QMKA 2BS9A 2WVVB 3WL0A 2O9TA 1HF6A 3WKZA 2D3LA 1QI5A 2O92A 3MS8A 4QAWA 4JKMA 3WNPA 1E1FA 4JIEA 4CU6A 3AYRA 1J01A 2CBUA 4H8HA 2BFGA 3MV11 4PN2A 1W1YA 3AQUA 5A95A 2J7FA 1UD4A 4J3SA 4CD5A 1KR0A 1VFUA 3N15A 1E6PA 1RPKA 3VOCA 1FOBA 3L2LA 3SEPA 1JYXA 3NSMA 4P7RA 1WZKA 1GJWA 4KMQA 3D5HA 3RDKA 3CH9A 1W3KA 4PBGA 4R27A 5GNXA 5IFPA 1OM0A 1GNXA 2IXUA 2VL4A 1QNSA 4P8XA 4MB4A 1JZ7A 2JALA 4JKLA 2YDRA 1EXPA 4CN1A 3GNRA 1OD0A 2ZIDA 1LF1A 3FN9A 3AMGA 1PIGA 4PRWA 2UY2A 4WJXA 2VVNA 4F79A 2CESA 1EO5A 2EEXA 1VEMA 4DWSC 1KGUA 2W92A 3QOMA 4OUEA 3AIQA 1BFNA 1B3WA 2VR5A 4QP0A 3WEZA 3WD4A 3BAWA 2QPUA 2ZXDA 1HNYA 2J4GA 2CHOA 2V5CA 3WBEA 4OBSA 3ZOAA 3FY1A 4P7LA 1MFUA 5GQBA 3GH5A 1D7FA 2E9BA 5DO8A 4HA3A 4M29A 4W89A 1QBBA 3EBVA 3HJEA 1R8LA 5EBAA 2Z1SA 1TCMA 3IJ9A 1JYWA 4Z2LA 1QI4A 2NSXA 3BMWA 1TR1A 1V6YA 1ISZA 3UG4A 1UD3A 2J7CA 3VMOA 3OLGA 1GORA 2VZVA 3AMLA 3FW6A 3TA9A 4D6IA 1XV8A 2NW0A 1EHNA 4PMOA 2CNCA 4CU8A 2VJXA 3AYSA 2Y8VA 3MU7A 2XJ7A 4JL1A 5CZKA 5HNNA 3AISA 1FH9A 2XFFA 2ZUTA 2ZXQA 4C7DA 4KRUA 2A3BA 3W6LA 3CPUA 1MW0A 4FMVA 1V03A 3LMYA 4M56A 3VIIA 3HMCA 4M81A 3F5LA 2OWXA 3CIVA 1TA3B 1G01A 1K9TA 1H3GA 3OGRA 3SUVA 1UWRA 3ZSTA 3DECA 4LPCA 1GQLA 4HMEA 4QFUA 2EJ1A 5HPCA 2GDUA 2VOTA 1WAWA 3VIKA 3GNOA 9CGTA 3L4YA 3KWXA 5A3HA 3VIJA 4ZE5A 4LXFA 3M46A 2QV4A 5M17A 3WMCA 1H5VA 4MB5A 4BS0A 3EDDA 4GI8A 5JBEA 4F9DA 2WHMA 3VIHA 1J0IA 3KL3A 3CHEA 3AIRA 2XHYA 2V5DA 1F4AA 5FD0A 2WLYA 1E4LA 4FK9A 4W7VA 3WNNA 1B3ZA 1W3LA 2E0PA 1J0KA 3W6MA 5D8ZA 1C3FA 1KR1A 2YIHA 3W82A 3AS3A 1CZ1A 2FGZA 3T0BA 2O9RA 1B30A 3BAJA 4J3UA 3SCOA 3W26A 1V0MA 4UZUA 3B8SA 3A47A 5F7UA 4GO8A 1OSEA 2VR4A 1DWAM 3WQ8A 2VZOA 1MYRA 4IM4A 3WD2A 4AZ5A 1KWKA 1NM9A 1JZ4A 4OJYA 3WF2A 1PPIA 1JZ2A 5LA0A 4A3HA 3D3AA 2ZXAA 2EPKX 3ARPA 2D0FA 4PYSA 4QLJA 2TAAA 3F5KA 3AMCA 3ARXA 1LWJA 4HZ8A 3VTRA 3THCA 5A2CA 5JIWA 4F9JA 1NH6A 4TXEA 4UTFA 4B15A 4L4PA 2MANA 3WD0A 4AW7A 1SR0A 4IPLA 2ZWZA 3ZJ6A 4H8UA 3VUPA 3CZJA 4LQ1A 3WF4A 1EHAA 3WUGA 1B0IA 3N13A 2PBGA 2UY5A 1GUVA 3ARYA 4V27A 3VGDA 2DH2A 3ZO9A 1UD5A 3SCSA 4PMNA 3MMDA 5A8PA 5HOSA 4PCSA 2GK1B 3NDZA 2Y24A 3ARVA 2RGLA 1D3CA 4ZXOA 4PMUA 2FGLA 2XVGA 4MB1A 3VGGA 2HVMA 1JFXA 3VIGA 3IANA 5M3WA 5I23A 3AIVA 3AS0A 4P7OA 1K6AA 2ZUMA 3SUTA 3W37A 1QOXA 3L4ZA 5FL1A 2FDMA 2ZUNA 1KFWA 3PTQA 3ZM8A 1G94A 1LG2A 5IXEA 5LYRA 4AD0A 2J8FA 3WD3A 1WB0A 3VIPA 3WQ4A 1V02E 3B9AA 3ARSA 1DTUA 1US2A 1PX4A 5BWFA 3AMDA 3VDAA 3WQVA 5BXRA 2E3ZA 1LL4A 5ABFA 1XD0A 1HJSA 5I77A 1K9EA 1FA2A 4ZEPA 5A94A 1E0VA 1GOIA 1E6QM 3RJYA 1SMAA 1FHDA 3BCDA 5GPRA 3AHXA 3GZAA 2XIIA 1JG9A 4NSBA 3SCWA 2GJXB 3MMUA 4JFUA 1BHGA 3ALGA 1E56A 3AROA 4YN5A 4CN4A 3N9KA 1K9DA 1MQRA 3E1F1 3M7SA 1CGVA 3VU2A 4RL3A 1UKTA 1VBRA 2VUYA 3G6LA 4HMCA 4WSJA 5D8WA 2WC7A 4MJ2A 3EYPA 1L0PA 2GJPA 3VIFA 1A3HA 2D24A 2DH3A 2CERA 1VJSA 5BYWA 1UKQA 1V3JA 2VRQA 4PTVA 2J7DA 4DUVA 1JIBA 3SCTA 1VFFA 5FL0A 1MQPA 1K9FA 2J62A 2ZUUA 1WDSA 5EFFA 1PEZA 4BF7A 4QCEA 2GDVA 3BMVA 2BHUA 1UZ4A 2VTFA 4CCDA 3WNOA 1BPLB 5D9OA 1XC6A 1JNEA 4EK7A 7CGTA 3AS1A 2WMHA 3NIYA 1JYVA 4PSRA 1UWUA 1W3JA 4ZENA 2ZICA 1V3LA 3VD7A 5A1AA 3DC0A 4EANA 3CUJA 1WKYA 3AHYA 1W2PA 1KXTA 2VO5A 1CGWA 4TVUA 1R87A 2O9OA 2WW5A 3PZ9A 4ZE4A 2BY3A 2PWHA 4MTVA 2VZUA 2EBNA 1TG7A 1UYQA 3KL0A 2E40A 3TTQA 3WNKA 3L4XA 4AD1A 1GOKA 3AZRA 1XCXA 1VIWA 1UH4A 5A8NA 2B31A 2QMJA 2XYLA 4HZ6A 8CGTA 1GJUA 4AIEA 4AZGA 1CIUA 3ZSSA 2E9LA 4WF7A 1JNDA 3ZR6A 4NI3A 3U5YA 3PZTA 1ZS2A 1JDAA 2X1IA 3KL5A 5E70A 4ATLA 5FIPA 1DWIM 1CXLA 4AD5A 1ODUA 3CUHA 1E5NA 3VINA 4Z2GA 2WAGA 4ACZA 1OWQA 4LX4A 4DWSB 1M53A 2GFTA 4Y7EA 4HOZA 1O7AA 3K8LA 1JD9A 2WMFA 2V38A 2YA0A 2PWDA 2VCBA 3DYPA 1JI1A 4D6FA 2E4TA 2YL8A 3HN3A 4UZSA 3VPLA 4TTGA 3EDJA 1WDQA 4J3VA 3AI0A 2C8NA 3WDIA 2ZX5A 3WEOA 2EO7A 2FH6A 2QF8A 1B3VA 2XGIA 4AZIA 3AMKA 3KE0A 4BZYA 1BGGA 1CEOA 1HKIA 1AMYA 2A3EA 1XYFA 3MKKA 5A6LA 1HVQA 5A6BD 3FNDA 3OLDA 3N17A 3VM5A 1VEPA 2CEQA 3FAXA 1FHLA 1J12A 1KB3A 4J3TA 3WIJA 2PF0A 4LYPA 4KRTA 3RILA 2OSXA 3O6AA 3AXHA 2V3EA 1Y7VA 4BCEA 2YA2A 2G3NA 1CGXA 1HP4A 3ZT5A 1E6RA 1E1EA 4XUYA 3JUGA 2QPSA 1TVNA 1GHRA 1WO2A 3OLEA 3VDBA 5M03A 1U33A 4KH2A 3MMWA 1A47A 4BQ5A 3QR3A 2DIJA 1L8NA 2JE8A 2YDSA 4C7FA 1ISXA 1JDDA 1R7OA 1GOMA 5C70A 2XUCA 1DHKA 2JIWA 3WDRA 3I3EA 1CENA 4ATDA 3F4VA 1VFMA 3VMPA 1WZLA 1ISVA 4MJ4A 1CPUA 1R7AA 1AVAA 2WMIA 2DSZA 1ODZA 5BXTA 3CUIA 1B31A 3NCOA 1ZBKA 4NRSA 1IV8A 1ISWA 3BCFA 5FOOA 1NQ6A 2WWCA 5CLWA 1HP5A 2X8RA 4PMRA 5E6ZA 1LWHA 1RP9A 1XYZA 3VX1A 4P8WA 2VZTA 2EQDA 4LGXA 4U3CA 1E43A 3CZKA 1BYDA 5A8QA 3AICA 3WDHA 2ZXBA 1HJVA 4AIOA 4UOQA 2WANA 3THDA 5C71A 5LA1A 2WXDM 3WENA 4JAWA 5CGTA 3PZQA 1UZ1A 4ML4A 1MW3A 1XH1A 3WH6A 1JAEA 5E6YA 3W29A 1E6NA 1I1WA 4B16A 3N04A 1C90A 1GQJA 2XVPA 4NF7A 2DSKA 5EB8A 1CECA 1XSIA 2ZUSA 3PZGA 1TZ7A 2ZUWA 1KBKA 4TUFA 4FLQA 3UR8A 4M1RA 4H8VA 2E9MA 1VENA 2CBIA 3PZIA 1H41A 1I75A 1X6LA 4OKDA 2QLYA 1GZJA 1ECEA 3IJ7A 2CITA 1BG4A 1JI2A 1R86A 3ZIZA 1HJUA 3N18A 1OGGA 3WQ5A 1XH2A 2J7EA 4CN6A 5KEZA 1E55A 3A4AA 2BVYA 4S3KA 3RM9A 3CGTA 4QCFA 4U3AA 5E0CA 2XVNA 1HX0A 2IXVA 3NYDA 2WVVA 2PWEA 1DWHM 2JF6A 3CBWA 3SUSA 3WELA 1I1XA 1HJQA 3AIWA 3GNPA 4M80A 3W27A 3N12A 3KZSA 1B90A 1ZU8A 2DT1A 4P8VA 2WSPA 3LPFA 2DQXA 5I78A 3WNLA 2F8QA 1PZ3A 4PMXA 4AISA 1E40A 2V3DA 3RIKA 1ITCA 3DYMA 4KGLA 4J3WA 1AQMA 2G8ZA 1OD8A 2HISA 1TUXA 3GH4A 1UWTA 1C8YA 4AZCB 3A3HA 4Z2KA 4AD2A 4MPKA 1UA3A 4LYQA 4PMVA 3SIMA 3U5UA 4P7NA 2WVSA 1E6ZA 2CBJA 1EDTA 1H49A 2A3HA 2ZX7A 4B3KA 3RJXA 1GHSA 1CXKA 1RP8A 3APGA 4GI9A 4W8AA 2GJRA 4BQ3A 4MNLA 1B2YA 1BAGA 3EMCA 1F4HA 2WWDA 4ZXLA 3U57A 1XD1A 2WMJA 4WSKA 2YKKA 1P6WA 1V6WA 4UFKA 3WDPP 1QNOA 4AZ7A 1QHPA 2FHFA 2WZIA 3CLWA 4ZFMA 3CUGA 2W62A 4GPNA 1NOWA 2VRKA 2WBGA 2X05A 3UR7A 4W7UA 3VX0A 4AEFA 3WF3A 1BGAA 1GCYA 3DHPA 2YLAA 4MDPA 1RD6A 1H0GA 1E3ZA 3CHCA 3VGHA 1SFSA 2W61A 3WQ6A 2CETA 3PZNA 3VMNA 3F5JA 3CUFA 5IFTA 3WMBA 3W53A 5M5DA 1LG1A 3RM4A 3VGBA 1FH8A 4QDMA 1EOMA 1NWRA 4OOUA 4V28A 4GIAA 2VC9A 3GDBA 1TMQA 1W9VA 3M07A 5DFAA 3BSHA 2VCAA 2CXGA 3ECQA 1U2YA 3SURA 1VFOA 3SUWA 3GTNA 1GPFA 3ARUA 2YL6A 1DWFM 3T0DA 4P7QA 1H4PA 2BHYA 1UG6A 3IJ8A 4TX8A 1E6SM 1QW8A 5CG0A 3BH4A 2AOSA 2WC3A 1HKJA 1E72M 1YHTA 5E9AA 1CGUA 1CTNA 1RH9A 1TA3A 4HZ7A 1M01A 4CD8A 1UD2A 2ZX8A 3QOKA 3WH5A 1HIZA 1E6XM 1VAHA 1JAKA 3MV01 1C7SA 2WZEA 3MSDA 4UQEA 4MADA 3CHDA 2WHLA 1US3A 5DEZA 1EOKA 4M82A 4D1IA 2E8YA 4DM2A 2C7FA 2WLZA 5A6MA 3W28A 1W2VA 3K4AA 3WMSA 1QBAA 3SCQA 1FH7A 2YBTA 3GBDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CBV A;  1NP2 A;  2XVL A;  2RGM A;  2G3I A;  2J7B A;  4RE2 A;  1GQI A;  4WKF A;  3FAW A;  4FF5 A;  1ZB5 A;  5TD4 A;  5CXP A;  4RE4 A;  4H7V A;  4PSP A;  1J10 A;  2EPN A;  3AXI A;  1WCG A;  3FXY A;  1TE1 A;  2BXZ A;  1UKO A;  2WCS A;  4HOX A;  3HU7 A;  1GOQ A;  2NT1 A;  1W9U A;  1GOO A;  2WMI B;  2J7G A;  1W1P A;  1FFQ A;  1C91 A;  1OIM A;  4UOZ A;  1UWQ A;  5AY7 A;  1PAM A;  3EDK A;  4JFS A;  2EPO A;  4Q7N A;  2WMK A;  1JXK A;  1MXD A;  2WNW A;  4OBR A;  3EDE A;  3PZV A;  4E4P A;  1Q6D A;  4JFT A;  4HOW A;  1EQC A;  2BNJ A;  5CJ5 A;  3TTY A;  2AMG A;  3NJ3 A;  5A6J A;  2GUY A;  4U5I A;  2AAA A;  1V0L A;  3LPG A;  4D72 A;  2X09 A;  1V6V A;  5C8B B;  1W1V A;  2XWE A;  4YHE A;  2WVU A;  4P8U A;  1ZBC A;  3AOF A;  4DM1 A;  4TTU A;  3MO4 A;  3BAI A;  5CQ1 A;  1E4I A;  2WYS A;  4Z2J A;  3QGV A;  1MWO A;  1V6U A;  1J18 A;  5BXS A;  4OIF A;  5A2A A;  5CLT A;  1EDG A;  1BTC A;  1S46 A;  2OSY A;  3AHV A;  4WKH A;  2XIB A;  4UFL A;  3ZJ7 A;  3VDC A;  4JHZ A;  2ESC A;  3WN6 A;  3AHZ A;  3DYO A;  1HJX A;  1KQZ A;  3GXD A;  2XFR A;  4GIN A;  4W5Z A;  1QI2 A;  3LPP A;  2ZWY A;  1BLI A;  1CXE A;  2Q8X A;  1UH3 A;  1V08 A;  3L4U A;  1UQY A;  1H1N A;  1OBA A;  2OLH A;  4U2Z A;  3SCV A;  3UEQ A;  5BRO A;  2JIE A;  4JL2 A;  4WKA A;  3RCN A;  4F66 A;  1G0C A;  1U30 A;  3BAK A;  1Q6G A;  1O6I A;  3TTS A;  1V6X A;  2CKS A;  3T2O A;  2CKR A;  4U31 A;  5BRP A;  4B9Y A;  2IUZ A;  1NOF A;  2QMK A;  2BS9 A;  2WVV B;  3WL0 A;  2O9T A;  1HF6 A;  3WKZ A;  2D3L A;  1QI5 A;  2O92 A;  3MS8 A;  4QAW A;  4JKM A;  3WNP A;  1E1F A;  4JIE A;  4CU6 A;  3AYR A;  1J01 A;  2CBU A;  4H8H A;  2BFG A;  3MV1 1;  4PN2 A;  1W1Y A;  3AQU A;  5A95 A;  2J7F A;  1UD4 A;  4J3S A;  4CD5 A;  1KR0 A;  1VFU A;  3N15 A;  1E6P A;  1RPK A;  3VOC A;  1FOB A;  3L2L A;  3SEP A;  1JYX A;  3NSM A;  4P7R A;  1WZK A;  1GJW A;  4KMQ A;  3D5H A;  3RDK A;  3CH9 A;  1W3K A;  4PBG A;  4R27 A;  5GNX A;  5IFP A;  1OM0 A;  1GNX A;  2IXU A;  2VL4 A;  1QNS A;  4P8X A;  4MB4 A;  1JZ7 A;  2JAL A;  4JKL A;  2YDR A;  1EXP A;  4CN1 A;  3GNR A;  1OD0 A;  2ZID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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