3B0UX

Trna-dihydrouridine synthase from thermus thermophilus in complex with trna fragment
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
LDPRLSVAPMVDRTDRHFRFLVRQVSLGVRLYTEMTVDQAVLRGNRERLLAFRPEEHPIALQLAGSDPKSLAEAARIGEAFGYDEINLNLGCPSEKAQEGGYGACLLLDLARVREILKAMGEAVRVPVTVKMRLGLEGKETYRGLAQSVEAMAEAGVKVFVVHARSALLALSTKANREIPPLRHDWVHRLKGDFPQLTFVTNGGIRSLEEALFHLKRVDGVMLGRAVYEDPFVLEEADRRVFGLPRRPSRLEVARRMRAYLEEEVLKGTPPWAVLRHMLNLFRGRPKGRLWRRLLSEGRSLQALDRALRLME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase/rna
molecule keywords RNA (5'-R(*GP*GP*(H2U)P*A)-3')
publication title Molecular basis of dihydrouridine formation on tRNA
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 126
structure length 312
sequence length 312
chains with identical sequence Y
ec nomenclature ec 1.3.1.91: tRNA-dihydrouridine(20) synthase (NAD(P)(+)).
pdb deposition date 2011-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF01207 Dus Dihydrouridine synthase (Dus)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.1460 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) 3b0uX02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b0uX01
2GVJA 3CPRA 1E51A 3QPYA 4EIVA 2ZYFA 3ZWTA 1XKYA 1F05A 2A2IA 5EBUA 3GDRA 2QAFA 4NQ1A 3CIXA 4HN4A 4H3DA 1W3TA 1G4EA 2CFFA 4QSHA 1VYPX 5G5IA 4K38A 3IRDA 5H91A 3DU0A 2EPHA 3EWZA 1OYCA 2NUWA 1FWSA 1XFBA 1K8ZA 1ZHAA 6TIMA 1FWWA 5TQLA 1ZAHA 2B7QA 4YCOA 1WDWA 1PV8A 3HBLA 4X3ZA 5E93A 5G4WA 3GDMA 4JX6A 4ZMGA 3NQ6A 1F6KA 1ZY9A 3TH6A 4ZQOA 2WNQA 3CC1A 4CNPA 3T78A 1IXPA 1U83A 2E6YA 3NZRA 5BMWA 2PRHA 1F5ZA 3L67A 2TSYA 2NUYA 3G0XA 2WSYA 5E0KA 2VC6A 3G1SA 4O13A 1CX9A 4JIQA 4O1DA 5E1QA 2D73A 5KINA 1OX4A 3FYPA 1LRTA 4UFKA 1OF8A 1WXJA 1XBVA 1BKSA 4O8RA 3F4WA 1I4NA 5LHFA 1TRIA 3EB2A 3NYZA 3TCEA 3BV4A 5D2TA 3GDLA 1OYBA 5HNRA 2WKJA 1XL9A 2A21A 5J5DA 3RLUA 3ABSA 3GNNA 3I68A 3HGOA 4WY0B 4JTLA 1GG1A 4QQ3A 4FX6M 3C56A 3BPWA 1ALDA 2DZWA 1VCVA 5D03A 2XN0A 4Q4KA 1GTEA 2F84A 2XN1A 2CLOA 1PCWA 2QR6A 4O4WA 5A8GA 3S5NA 5HUPA 5K9XA 5CZSA 3TXZA 3KFTA 1MZHA 5HR6A 3HG3A 4ONVA 1P4CA 1EEPA 2Y70A 3AJXA 4K37A 3LGEA 2VKZG 3O63A 1K02A 2YPIA 3BARA 4UFJA 2ZZ1A 3PAJA 2V2CA 3U6WA 2QCHA 2DZTA 2Z1BA 2YFOA 1FBAA 3QEZA 2LLEA 1DVJA 4ORMA 2V2HA 1F73A 1WBHA 2YW3A 3MI6A 3LHWA 1TTQA 4ADSA 3VFLA 4RZ4A 1QR7A 3E49A 3W7KA 2C6QA 1ADOA 1OK4A 1FCUA 3BW3A 3TFXA 2V5LA 2Y7DA 3HOJA 3L21A 5G4EA 2ZBTA 2P0OA 4O50A 3S0CA 5DY2A 2QKFA 3NQ7A 2ZDRA 4DF1A 1X7FA 2TYSA 5BRBA 3RMJA 3LHUA 2JKEA 1IXQA 2JGQA 1OFQA 4QJ1A 5AHFA 4PA8A 4OT7A 2CLEA 3LCFA 3C2VA 4JN6A 4D2JA 2FFCA 2CLHA 4KWWA 3LI0A 1W5PA 4Z1AA 3CU2A 4NJHA 4HSOA 4WJEA 2GUUA 3GXNA 1GVFA 1H7XA 4C1LA 3G3DA 4MOZA 3W83A 3BK0A 4Y96A 3G1VA 5HMSA 2EHHA 4TU1A 1ZFJA 3MW7A 1C9DA 5AYYA 2QJGA 4M6VA 4OGZA 4UFLA 2Y89A 1JR1A 3KRSA 1WQ5A 4MJMA 1JRCA 1GOXA 1R2RA 4NNCA 3PG8A 4GUIA 3NQMA 2C15A 3FS2A 4QAIA 4EF8A 2Y62A 1MEHA 4LV4A 5F4SA 4YL2A 3PR2A 4I9AA 1YDNA 5HUOA 3T7VA 2Z0IA 3T55A 3TFCA 5BOOA 1B4KA 3NEVA 3MP4A 3P7YA 5HWJA 1JCMP 3W7IA 5F2IA 1AMKA 1TTIA 3W2KA 3W7DA 1H5YA 3L0GA 4GUJA 4A3UA 4DEFA 5GVJA 4KKXA 4BWLC 3HPXA 4IMDA 3DI1A 3A5FA 4XTIA 1VPXA 4FNTA 5AHMA 4XUGA 2FPVA 1FWNA 2ZFAA 4JXCA 1YTEA 3EEGA 3QW4B 2ZA1A 2VOMA 3LCHA 2NX9A 2QUTA 1IGSA 4LVFA 5D09A 2PRLA 3NPVA 2V30A 3LHVA 1XC4A 4S2BA 4LS0A 5HINA 2QCDB 1QO2A 4LS1A 3P67A 3STFA 3WK3A 3H54A 3PUEA 1XUZA 2YFNA 1UASA 3HO8A 4IPJA 3CEPA 2OMAA 1Q6OA 3BGGA 1KTCA 4PC8A 1JULA 3M9YA 1L2UA 4PH6A 1KFJA 1SO5A 1W56A 3IVUA 4ML9A 2WNNA 3IIZA 1GVQA 5EKYA 1HO1A 3W7GA 2WSQA 3UXAA 2I1OA 3QPZA 4I7UA 1I8JA 1Q6QA 3EXTA 1A5BA 4EWND 4IJBA 1FWTA 1LOQA 3M5ZA 3LLFA 3HG2A 4DXVA 3UD6A 1SSGA 3I6RA 2AAMA 1GZGA 4NJJA 3ANYA 1B57A 2GVGA 3RFAA 2GJLA 3PWAA 3BLFA 4ZQMA 7TIMA 1YXDA 3HGSA 1NSJA 3C3NA 5LNVA 3CTLA 3W2LA 4DO5A 3N73A 5FF3A 1YYAA 4ZL1A 2VEKA 2ZCGA 3W87A 1LRNA 1MEIA 3SW6A 4XZ9A 5KITA 1P0KA 4WQ6A 1DV7A 3PSWA 3NOEA 1G69A 3B0PA 3A22A 3GAKA 4DELA 3LI1A 3IIVA 3W1QA 1ME7A 2FJKA 3SECA 3NPXA 2DZPA 2X2GA 3DFQA 3QH2A 3L65A 5F4XA 4NJIA 3TX9A 5FF7A 3F1QA 2E5CA 3QQ1A 4WY0F 5EMUA 3RNDA 4RXGA 2H6RA 3KOFA 2BTMA 2EAWA 1FY6A 3TMQA 1I2OA 4Q33A 1LLWA 1G4PA 3IGUA 1DHPA 4K6AA 5U7SA 2QCFA 5FEWA 3NAVA 3O07A 4JTSA 4KWVA 3C2EA 3PULA 4OE7A 2A0NA 1TPVA 4RV8A 2ZRVA 3C8FA 4AAJA 3DHDA 1ME8A 2ZA2A 5LNWA 2HMCA 1EIXA 1LYXA 5F2GA 3PB2A 4R7JA 1MEWA 1Z42A 3A21A 3TJLA 3C4UA 3P62A 4CCCA 2RDWA 4IUOA 4LV9A 3N3MA 1UJPA 1UCWA 4FNPA 4WZHA 3WJSA 1EP1A 3C61A 4KFNA 2NX3A 3C2FA 4O19A 2QDGA 3WK2A 3LLDA 3P5YA 1SZEA 2NWRA 2YZRA 5FEZA 3M16A 2JKAA 5D02A 4GJ1A 2ZZ5A 4IXHA 5CKSA 3OVQA 1ICQA 1VS1A 2RH9A 3MUXA 1SR9A 2DU2A 3MHGA 2CLKA 4FIQA 1P5BA 4BI5A 3VE9A 3W85A 3W7RA 4Y8FA 3R5EA 3VCRA 4HT3A 3CM4A 1QPOA 1G4TA 3W73A 5F2LA 4QM1A 2CLFA 5C5YA 4HNUA 1TJRA 5EL1A 3I7SA 1OHLA 3M5VA 3W1RA 3NZ1A 1OFPA 4H4IA 3NQDA 2E1DA 2FDSA 4CQ9A 2A4AA 1WYIA 2ATMA 4PTNA 4WUIA 4Y90A 1OF6A 2NXHA 4JDYA 1KFLA 1KV5A 1L9WA 1IIHA 1KM6A 3LHYA 2C0AA 3EWXA 1ML1A 1HTIA 3LOTA 1RQHA 3WJZA 1G67A 3W7OA 4CNNA 3S5OA 4O10A 2RFGA 3R8RA 1KLZA 3MMTA 1T99A 4UTWA 1I2RA 4JDBA 4GE8A 3PUOA 4OBTA 1O94A 2QCCA 1XXXA 3BLEA 3QW3A 2J88A 3M43A 4MLRA 3P8JA 3G0UA 3TJXA 4ADTA 1F2JA 3L9CA 2ZZ7A 1SW3A 1QOPA 2E77A 3M6YA 2C19A 3PBYA 5G1YA 3W72A 2B7PA 1FUYA 3NL3A 1SO3A 3HQ1A 4UNLA 3PG9A 1QMLA 1UUOA 1VRDA 5K3VA 1VHNA 1SW7A 3GAYA 2VFDA 3LTSA 4Q32A 4A29A 2J24A 3S6DA 3IVSA 4OV9A 2C16A 2ZRUA 1FCBA 4QNEA 1XDMA 1LBLA 4ZQNA 4DBDA 1TPH1 5BNKA 5IBXC 3W7QA 2A5HA 2NXGA 3Q37A 1WOBA 2X1TA 3ATYA 1FQ0A 3UY7A 3RF9A 1SFLA 1Q6RA 3VE7A 4AF0B 1PIIA 4BK9A 2DJXA 3E96A 3R2GA 2QUVA 5FESA 4YXGA 4A22A 1FWRA 5D2VA 3TU9A 2X30A 2RDUA 1FXQA 4O57A 4M6PA 1SPQA 2O7SA 4LVDA 4AHOA 2PURA 4O16A 5CPNA 3BG3A 4EVZA 4LUJA 5TIMA 2ZZ6A 3T4CA 4TMBA 3ELFA 2QCGA 2ZTKA 2HS6A 2VFHA 1J4EA 3H53A 3QYQA 1RV8A 1A5CA 1I2QA 3EX4A 4GFSA 4MY1A 1LOSA 4RZ5A 4LY8A 3C0JA 2A1YA 4L4LA 4PL1A 2O7QA 3IGSA 1EA0A 2ZRWA 1W8SA 3SIZA 1GYLA 5D32A 3A24A 3LRMA 4JY9A 4UXDA 4XTDA 5D33A 4LU0A 4NXKA 3P80A 3EX2A 3WFAA 3W23A 5LKYA 4YLWA 1Q3NA 3MI3A 4JNMA 3TSMA 3BW2A 3EXSA 2CLMA 2YX0A 1THFD 1BWLA 1TPEA 4P61A 3C2OA 4ADUA 5T26A 3HG5A 2NV2A 3OG3A 1KM3A 2CZ5A 2X16A 1OFOA 2QUUA 5AN7A 3C6CA 4QISA 1G7VA 3CQ0A 3TMLA 4IX0A 2FPYA 3W1XA 2EF9A 2Y61A 3QM3A 3HB9A 4IPIA 3IIPA 4HNNA 4Z1CA 1SU5A 2VEPA 2OT1A 4MUZA 3TW7A 4JIPA 4BFAA 3NDOA 1SSDA 3OA3A 4MIMA 3O06A 4PEKA 2C14A 1FX6A 2GVLA 4MKNA 1PL9A 3FEMA 5CSRA 5CPOA 2WJZA 3HPSA 5I3FA 3G22A 3BVJA 1VCGA 2Z6IA 1G4SA 3G1HA 3LCWA 2AGKA 5EA9A 3QSTA 4X2RA 1RQEA 1SO6A 2WQPA 1QPRA 1AW5A 3N19B 1QOQA 3FOKA 3IIOA 2NZLA 4NUWA 4LNYA 2R91A 2BXVA 3UWWA 3NL2A 2YYTA 4FNUA 2NXIA 3TAOA 5G2IA 2ISWA 1GEQA 4OV4A 5I3GA 2ATSA 1K3UA 1AL7A 4LVBA 4A2RA 4JX5A 4UMBA 3FIGA 4LTSA 3W86A 1RQBA 3WJXA 3DKLA 4GRSA 1QNVA 1W5OA 4MY9A 2Z6JA 1TV7A 1F7BA 4WY0A 3W70A 2BSLA 2H90A 4N2YA 5AC8A 3P82A 4MY8A 5KZEA 3QC3A 3GZ3A 4BF9A 2E5BA 1YDOA 3SGUA 4ZQRA 1SZNA 2BWGA 5D30A 3FYOA 1NFBA 5F1UA 2QEZA 4AEOA 3FA5A 2OT0A 4XBKA 5KZMA 1Z41A 3S42A 4NX5A 2OZ0A 4RKAA 1T8XA 2ZZ3A 4GNJA 1K7XA 1EB3A 3NA8A 4RLIA 1VJIA 3CWNA 4WX2A 1KFCA 3DZ1A 4O0ZA 2Y85A 3O15A 2RDTA 3E12A 5I3IA 3TQVA 4M5PA 4FEZA 1JQXA 1BTMA 4PL2A 1ZAIA 4MFEA 3L0NA 3G1AA 1QDSA 2P10A 3THQA 1LDCA 4JTKA 1QCWA 3TAKA 2X1UA 1AG1O 3OBKA 3SFKA 5K7JA 2DZUA 5TBOA 1VLIA 3BLIA 1TMHA 3S1WA 5HQEA 5CPLA 4AWTA 3L5MA 3LXBA 1OABA 2Y7EA 4R33A 3MJYA 4ICNA 1H61A 2A7PA 2J27A 4K39A 5G1TA 3LV5A 4OWGA 5LNRA 3N9SA 4N4QA 4O1AA 3TUUA 3OIXA 4KFOA 4JYFA 4AWUA 5K9DA 1JCNA 3LCLA 1LP6A 3UNDA 5L9FA 1D3GA 2ZZ2A 2GQAA 1R2TA 1TJPA 1VYSX 2H3BA 1TCDA 4MYXA 1LM1A 4IWWA 4QITA 3LCXA 2B4GA 2VFEA 5DCEA 2GQ8A 5DCBA 3WJWA 1W1ZA 4O53A 1Y0EA 3Q58A 3TROA 4FNSA 1A50A 4UFIA 1F76A 2CW6A 3B0VC 1JCLA 1T0OA 1TYGA 3RK8A 5BW6A 3W74A 2NUXA 1TRDA 2UV8G 2E6AA 4DBEA 1ME9A 4XWUA 4UMAA 5G2WA 3KVJA 3OVPA 3DFNA 2R94A 3KVKA 5C2XA 4K8EA 2XFWA 1H60A 4UIOA 5CZTA 1BWKA 4UCGA 5ABTA 2A6LA 3KVLA 3PB0A 3OVRA 2YXGA 3DAQA 4UFHA 1YTKA 3R12A 4O52A 1I2PA 4U28A 1PHQA 3T40A 4WOZA 4JR5A 1W37A 4N6EA 1ZCOA 2QJHA 4N9DA 3SGZA 3LBCA 2CLIA 2G97A 4J9JA 1DQWA 3NQVA 3LDVA 4FIRA 3W7JA 2V81A 3KVMA 1KW1A 1M6JA 5KZDA 3NM1A 5DELA 2BLEA 3SJ3A 4GUGA 4QNWA 4UMCA 2E6FA 1DL3A 1W5QA 5F4WA 1WAUA 5CSSA 1QPNA 1XDLA 4O1BA 2ISVA 4QIUA 3P74A 1JUKA 2FTPA 1VH7A 2VEMA 1TTPA 3G1DA 3HG4A 1SFJA 4CLMA 1H7OA 2TMDA 4DO4A 4JTUA 3MBDA 1NVMA 4UTHA 4UFMA 2A6NA 3LXCA 1HO4A 3PUDA 4IMCA 3LRLA 4I7WA 4JS3A 1PHWA 1IF2A 4Z0JA 1H51A 4FNQA 3DENA 5C55A 4WD0A 3MI2A 3BG5A 2FIQA 3PSVA 5HWNA 4CNOA 4EF9A 3LX9A 1GWJA 1TPC1 3S9YA 3L5AA 1G6CA 4O11A 3HMJG 4IMGA 3W7MA 4K7YA 4N9BA 4POCA 4CQ8A 1B9BA 3G8EA 1K8YA 4MLJA 8TIMA 3G1XA 2E5DA 2EGZA 2CU0A 1ZENA 3QSRA 3VKJA 2EKCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XL9 A;  5J5D A;  3RLU A;  4LAC B;  4JII X;  4JTL A;  3OIH A;  2WVT A;  2YCI X;  1A7D A;  4FX6 M;  3C56 A;  3SY1 A;  4MDP A;  2DZW A;  1U33 A;  4Q4K A;  1E55 A;  1WAW A;  1PCW A;  2QR6 A;  5A8G A;  2EJ1 A;  5HUP A;  5K9X A;  3TXZ A;  3QHO A;  2PDC A;  1TR1 A;  2C8N A;  3VOH A;  3KFT A;  1BYA A;  1UW9 A;  3SRK A;  5I2U A;  4AU0 A;  3TQP A;  5HR6 A;  2J77 A;  1XSI A;  3LY0 A;  2Y70 A;  3VD3 A;  4ACY A;  3AJX A;  1ZW2 A;  4RBN A;  3WNP A;  1K02 A;  1Y65 A;  2QJJ A;  3PZG A;  3IAQ A;  4QDL A;  1WCG A;  5T1D B;  3DX5 A;  3PAJ A;  3B29 A;  4NP7 A;  4LAO A;  2V2C A;  4OIN F;  3U6W A;  2HWG A;  3WMS A;  4Q8V A;  3RF3 A;  1EHN A;  3G6L A;  4QGC A;  3EWD A;  3QEZ A;  2YA2 A;  1GVI A;  2ICS A;  4V15 A;  4H9V A;  1H6G A;  3DG6 A;  1WBH A;  2YW3 A;  4ACZ A;  3MI6 A;  3EGD B;  1A5O C;  1LWH A;  1TFV A;  3LHW A;  1AUE A;  4HNL A;  4HOZ A;  1H0I A;  1QNS A;  3BW3 A;  2D5R B;  2YLL A;  5COG A;  2V5L A;  1RHC A;  4K68 A;  3CIV A;  3GHU A;  4PBE A;  5KEZ A;  4L61 A;  1E1F A;  3MC5 A;  5TAO A;  2P0O A;  3EJN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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