The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
104
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sequence length |
354
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structure length |
354
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Chain Sequence |
NIKTMIPGVPQIDAESYILIDYNSGKVLAEQNADVRRDPASLTKMMTSYVIGQAMKAGKFKETDLVTIGNDAWATGNPVFKGSSLMFLKPGMQVPVSQLIRGINLQSGNDACVAMADFAAGSQDAFVGLMNSYVNALGLKNTHFQTVHGLDADGQYSSARDMALIGQALIRDVPNEYSIYKEKEFTFNGIRQLNRNGLLWDNSLNVDGIKTGHTDKAGYNLVASATEGQMRLISAVMGGRTFKGREAESKKLLTWGFRFFETVNPLKVGKEFASEPVWFGDSDRASLGVDKDVYLTIPRGRMKDLKASYVLNSSELHAPLQKNQVVGTINFQLDGKTIEQRPLVVLQEIPEGNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of complexes of bacterial DD-peptidases with peptidoglycan-mimetic ligands: the substrate specificity puzzle
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Penicillin-binding protein 5
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
104
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| structure length |
354
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| sequence length |
354
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 2007-11-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00768 | Peptidase_S11 | D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase |
| A | PF07943 | PBP5_C | Penicillin-binding protein 5, C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Peptidoglycan synthesis regulatory factor (PBP3), Domain 2 | D-Ala-D-Ala carboxypeptidase, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JXG A; 4E3K A; 4LV3 A; 5FAQ A; 5CER A; 2X71 A; 4S2N A; 4DDY A; 4X55 A; 4DKI A; 4OPY A; 3VOY A; 1IYQ A; 2ZC4 B; 1ALQ A; 1H8Z A; 3FKW A; 1QMF A; 3MZD A; 2HDS A; 2ZQ8 A; 4KZ7 A; 3Q7V B; 1BLP A; 3ZGA B; 3UN7 A; 4RVA A; 4S2M A; 1E4D A; 1SHV A; 2GDN A; 4MEZ A; 5TGF A; 1FR1 A; 3PBQ A; 2V1Z A; 4KZB A; 4OQG A; 1K57 A; 4QB8 A; 4U0X A; 3V3R A; 4MBH A; 3EQV A; 3CMZ A; 2FFY A; 2R9X A; 4E3O A; 4S2O A; 3CZD A; 4FSF A; 5EVL A; 1MKI A; 4RA7 A; 3TG9 A; 3HUM A; 1ERM A; 4B88 A; 4NK3 A; 1K57 C; 5TFQ A; 2IWC A; 1LI0 A; 4BL2 A; 4B4Z A; 2PU2 A; 5CTM A; 4OON A; 1MPL A; 1GCE A; 2WYX A; 1I2S A; 3UE0 A; 3NY4 A; 3O86 A; 2C5W B; 4E3N A; 1S6R A; 3AGE A; 4L0L A; 4R4S A; 5HW3 A; 4B4X A; 1ZG4 A; 1EWZ A; 3B3X A; 5FI2 A; 1YLJ A; 3IWO A; 2CC1 A; 3Q1F A; 4OH0 A; 4S2J A; 5EOE A; 2OLV A; 1K56 D; 1JWV A; 4O7D A; 2XLN A; 4R3B A; 4ZJ3 A; 5U47 A; 1IEM A; 1TEM A; 2G2W A; 2XDM A; 3IF6 B; 3AGD A; 3GTC A; 3SH8 A; 1MBL A; 3PBO A; 3BM6 A; 4R1G A; 3NBL A; 3M6H A; 2H10 A; 1NRF A; 4KQO A; 5CED A; 1K56 A; 3SS3 A; 1YMX A; 1FSY A; 1PWD A; 3QHY A; 2J8Y A; 3VP2 A; 3BFG A; 2EX8 A; 2I72 A; 1KGF A; 2ZC5 B; 1L0G A; 4GD8 A; 4KZ4 A; 2DCF A; 4JXW A; 1DJA A; 4BD0 A; 4IED A; 5HX9 A; 1PW1 A; 1K55 C; 3BFF A; 2WKE A; 5AQA A; 3FKV A; 5GHY A; 3WS4 A; 2ZJ9 A; 3TOI A; 1IKI A; 4ZBE A; 5E2G A; 3A3I A; 3IHB A; 4IBX A; 1LHY A; 3UE3 A; 3IH9 A; 2B5R A; 2Y2O A; 4GDN A; 4QY6 A; 2XD5 A; 5GHX A; 4HES A; 3LY4 A; 5FDH A; 1S0W A; 2VGJ A; 3HLE A; 1PI4 A; 1VM1 A; 3BLM A; 5FAS A; 1PW8 A; 4KQR A; 5HL1 A; 2WK0 A; 3HLB A; 1FCN A; 3IXD A; 3S1Y A; 1MWU A; 1YLZ A; 4ID4 A; 3N8L A; 1G68 A; 3BRM A; 1GA9 A; 5CGX A; 5FI6 A; 3FZC A; 4OQH A; 4Y0T A; 4WBG A; 5DTK A; 1FCO A; 2WAE A; 2EX2 A; 4MBF A; 3UDF A; 2DRW A; 1Q2P A; 5FAO A; 3PAE A; 3W4P A; 4LEN A; 1BSG A; 3ZG5 A; 3WS0 A; 1XX2 A; 4ZJ2 A; 3MZF A; 3VMA A; 1C3B A; 2A3U A; 2XEP A; 1LLB A; 4WEL A; 4X53 A; 2HP5 A; 4S2L A; 1MWS A; 4X69 A; 4X56 A; 4Z9Q A; 3ZFZ A; 5A93 A; 5HAI A; 1K4E A; 3SOI A; 2H0Y A; 3HLD A; 5CTN A; 3BFC A; 4S2K A; 4OKP A; 2QZ6 A; 4ZTK A; 2EXB A; 3ITB A; 1RGZ A; 1ONH A; 1O07 A; 4JXV A; 4K0X A; 4JPM A; 3NDE A; 2Y2Q A; 3IF5 A; 1Q2Q A; 3UNW A; 3A3E A; 2Y4A A; 3WS1 A; 2ZQ7 A; 2HP6 A; 3PTE A; 5HAQ A; 1CK3 A; 1HD8 A; 1IYO A; 3MZE A; 1NYY A; 2WAD A; 3UPO A; 1YT4 A; 2DNS A; 1G6A A; 1I5Q A; 4LV1 A; 4QY5 A; 4Y0U A; 4JF4 A; 1ES4 A; 2Y91 A; 3FV7 A; 3P98 A; 4WYY A; 1BZA A; 3S22 A; 3C4O A; 5FAP A; 1PZP A; 5DTT A; 1YLW A; 1VQQ A; 4E3M A; 5AQB A; 1KDS A; 5FQQ A; 4OPQ A; 4F94 A; 2Y2N A; 4JF6 A; 3HLF A; 1M6K A; 1H5X A; 2E8I A; 4P87 A; 4CJN A; 1XKZ A; 4KZA A; 1NZU A; 4KG6 A; 5GL9 A; 1YM1 A; 1K54 A; 3O3V A; 2WAF A; 3IHA A; 4QJG A; 4KZ3 A; 4D2O A; 4KZ9 A; 3O87 A; 4UAA A; 1JTD A; 1ZC2 A; 2HDU A; 4DXB A; 2ZD8 A; 3A3D A; 4X68 A; 1W7F A; 1TDL A; 1ERQ A; 2ZC6 B; 2VGK A; 3N6I A; 1K54 C; 4GDB A; 1BLH A; 4XXR A; 2P9V A; 4DE1 A; 4S2N C; 1NYM A; 3HUN A; 1Z6F A; 4OOY A; 1YLP A; 5HAR A; 3VSL A; 1LL5 A; 3SH9 A; 3RJU A; 3G34 A; 3VP1 A; 4Q8I A; 2XR0 A; 3OPL A; 4OLD A; 4IVK A; 5EVI D; 5CHM A; 5GLB A; 5M1A A; 4EBL A; 3MKF A; 3OZH A; 1RCJ A; 2G2U A; 4KZ6 A; 5E2H A; 4WZ5 A; 4XUZ A; 5EVI A; 2IWD A; 2QMI A; 3I7J A; 3UDX A; 4BJP A; 2Z2L B; 1CEF A; 3CG5 A; 4DDS A; 2X02 A; 3HLC A; 2XF3 A; 4UA7 A; 3UO9 A; 4H8R A; 4M3K A; 5EOO A; 1E25 A; 1BLS A; 3A3F A; 4R0Q A; 1RP5 A; 2ZC3 B; 3HUO A; 4KEN B; 3V39 A; 3V5M A; 4OP5 A; 3NDG A; 5EVI C; 3PAG A; 4BQM A; 3BLS A; 3O88 A; 3OPR A; 4OQI A; 3NI9 A; 5D3O A; 2Y2G A; 1HTZ A; 5A92 A; 3UY6 A; 3IWQ A; 2Y59 A; 5GHZ A; 2XFT A; 1L0D A; 2XK1 A; 3HLG A; 4LCL A; 4R3J A; 1DY6 A; 1KDW A; 2WUQ A; 2Y2P A; 1BUE A; 3M6B A; 1KVL A; 1MWT A; 4GZB A; 1ESI A; 1PZO A; 1L0F A; 5FAT A; 3TSG A; 1I2W A; 1HVB A; 4BD1 A; 1GHM A; 2UWX A; 3M2J A; 3BYD A; 1ES2 A; 4DE2 A; 4EUZ A; 4E6X A; 3BEB A; 1KVM A; 1ERO A; 4IBR A; 4OLG A; 3LCE A; 2JBF A; 4HBU A; 3DWK A; 1SDE A; 3AGF A; 3VSK A; 5M18 A; 4E3I A; 1U60 A; 2IWB A; 3VP0 A; 1K4F A; 2ZQC A; 4WMC D; 4FCF A; 1IYS A; 1XA7 A; 4PM8 A; 3WRZ A; 4S2I A; 2P74 A; 5IHV A; 4MNR A; 5F1F A; 4DRT A; 5G18 A; 4WMC A; 1CI9 A; 5BOH A; 2BG1 A; 3GQZ A; 3UPP A; 3VP3 A; 3VFF A; 2PU4 A; 3WS2 A; 4KG2 A; 2C6W B; 4R4R A; 4JXS A; 4OOM A; 3IT9 A; 1MWR A; 2Y55 A; 5CRF A; 3W4Q A; 1SCW A; 3SS4 A; 3ZNY A; 1XGJ A; 1GHI A; 3PBN A; 1W5D A; 1PYY A; 3BFD A; 3QNC A; 3UPN A; 3ZNT A; 5CXW A; 2P9V B; 3OPP A; 2HP9 A; 3ZDJ A; 3HRE A; 2A49 A; 1JVJ A; 1Y54 A; 3LO7 A; 3OC2 A; 2WZX A; 1TVF A; 2Q9M A; 4OQ0 A; 3ZG9 B; 4C6Y A; 5KSC A; 3P09 A; 1KE0 A; 3ZHH A; 1CI8 A; 3G30 A; 3ZG8 B; 4LV2 A; 4OOL A; 3SH7 A; 5JYP A; 1NY0 A; 4U3T A; 1BUL A; 5DVA A; 2XQZ A; 5EVI B; 5KZH A; 2OLU A; 1MY8 A; 5FI7 A; 1FQG A; 4NET A; 2ZM0 A; 4ZJ1 A; 4JKT A; 4GD6 A; 3G2Z A; 3DW0 A; 5A90 A; 5FQJ A; 3IXB A; 2ZQD A; 3C4P A; 5GLA A; 1BT5 A; 4XUX A; 1K6S A; 2HPB A; 4JLF A; 3OPH A; 5FA7 A; 3MXR A; 3G2Y A; 4PM9 A; 4P0M A; 5DTS A; 4ZDX A; 4X6T A; 5EPH A; 1SKF A; 4RX2 A; 2RL3 A; 3C7U A; 1WYB A; 2WZZ A; 4OPZ A; 5A91 A; 2BLS A; 4YFM A; 2WGI A; 3GVB A; 4U0T A; 5KSH A; 4E3J A; 2ZQA A; 4R23 A; 5F83 A; 1WYC A; 2EXA A; 2JE5 A; 4UA6 A; 3S4X A; 4DXC A; 2R9W A; 1O7E A; 1FCM A; 5AQ9 A; 2EFU A; 4BL3 A; 4HEF A; 1DJC A; 1K6R A; 3GR2 A; 3G4P A; 4IVI A; 5CEB A; 2ZQ9 A; 2Y2I A; 4GB7 A; 3UDI A; 3G35 A; 1RGY A; 4WEK A; 5E2F A; 3VP4 A; 1PI5 A; 1JTG A; 1KGE A; 3W4O A; 3W8K A; 1IKG A; 3GSG A; 1FR6 A; 3ISG A; 5GLD A; 4A5R A; 1EI5 A; 5CEC A; 1E3U D; 4PM7 A; 4GNU A; 2FFF B; 4GOG A; 4PMA A; 1FOF A; 1J9M A; 1N9B A; 2Q9N A; 3N8S A; 3Q07 A; 5GLC A; 4KG5 A; 5J8X A; 4OVD A; 1E3U A; 3DWZ A; 1PWC A; 5HAP A; 2WKH A; 3MFD A; 1W8Y A; 1PWG A; 5EE8 A; 3NIA A; 2JCH A; 2ZM8 A; 3Q81 A; 3ZVT A; 4E6W A; 4WZ5 C; 5F1G A; 2H0T A; 5DF9 A; 5CHU A; 1LL9 A; 1SDN A; 2HDQ A; 3PBT A; 4WEJ A; 3V50 A; 3WS5 A; 4QU3 A; 2J7V A; 5I94 A; 4RYE A; 1K38 A; 2ZM2 A; 3QNB A; 1GHP A; 1XA1 A; 2WGW A; 3WWX A; 2WKI A; 1XGI A; 5CGS A; 4E3L A; 2H5S A; 1W79 A; 1WE4 A; 1H8Y A; 1ESU A; 1YLY A; 1ZG6 A; 4FH4 A; 1PIO A; 1ZKJ A; 4WM9 A; 5FQ9 A; 3SS5 A; 5EEC A; 4CPK A; 4P6B A; 1ES5 A; 3EQU A; 1KE4 A; 1NJ4 A; 2EFX A; 5FQM A; 5TR7 A; 2XD1 A; 3ZVW A; 4ZAM A; 1CEG A; 5E43 A; 3ZCZ A; 3E2K A; 1ONG A; 4N9K A; 4DE0 A; 2XGN A; 3M2K A; 4K0W A; 2EX9 A; 2HDR A; 4S2P A; 1FSW A; 2XFS A; 3MKE A; 2ZLY A; 5DF7 A; 4GKU A; 2V2F F; 4HBT A; 1W8Q A; 1BLC A; 4PM5 A; 3VOZ A; 1IYP A; 1YQS A; 3V3S A; 1K55 A; 3IXH A; 3FYZ A; 3Q7V A; 4QHC A; 2OSU A; 3IXG A; 3IWI A; 4PM6 A; 1HZO A; 3BEC A; 3JYI A; 5CHJ A; 1N4O A; 1M40 A; 3GRJ A; 3PBR A; 4K91 A; 2J9P A; 5F82 A; 4BEN A; 3DTM A; 4LCM A; 5CGW A; 4KQQ A; 3FWL A; 1NZO A; 3N8R A; 3IH8 A; 2Y2J A; 4Y7P A; 4N9L A; 3LEZ A; 3OCN A; 5FSR A; 4GN2 A; 3RXX A; 1L2S A; 3C5A A; 3LY3 A; 4JF5 A; 5KMW A; 4KZ8 A; 2ZC7 A; 4MLL A; 5M19 A; 3HL9 A; 4EQI A; 3NCK A; 4EBP A; 4C75 A; 1LI9 A; 3MBZ A; 3IQA A; 4QD4 A; 3GV9 A; 4OPR A; 5DF8 A; 4UA9 A; 1OME A; 3HVF A; 4LV0 A; 3ZG7 B; 2RCX A; 2JC7 A; 1IEL A; 4MBK A; 4BLM A; 5FQK A; 4YIN A; 4N1H A; 1XP4 A; 4EBN A; 4WZ4 A; 1XXM A; 1JWZ A; 3Q82 A; 3ZG0 A; 3G32 A; 3MXS A; 1GA0 A; 3NC8 A; 4P85 A; 3D4F A; 4N92 A; 4UHU A; 1QME A; 4N1X A; 3IF6 A; 2ZMA A; 5AQ7 A; 5FQI A; 4OP8 A; 1DJB A; 3BFE A; 1NXY A; 4EWF A; 2Y2L A; 4JBF A; 5JYO A; 3ITA A; 2QPN A; 1KE3 A; 4FD8 A; 2J9O A; 3GMW A; 3WRT A; 2X01 A; 1ES3 A; 4RX3 A; 3IF6 C; 4FH2 A; 4KZ5 A; 2WGW B; 4DE3 A; 3HBR A; 3C7V A; 3RXW A; 3OCL A; 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2KDK A; 4Y17 A; 3LY4 A; 3CPT A; 4H6J B; 1PW8 A; 4KQR A; 2WK0 A; 3HLB A; 1W63 M; 3GDI A; 2I9V A; 4WBG A; 4PKY G; 1FCO A; 4MBF A; 4LRY C; 3UMD A; 1CF0 A; 1PFL A; 3UB7 A; 3MZF A; 1H8M A; 1LLB A; 2ZMV A; 3ZFZ A; 2H0Y A; 4F3L A; 4S2K A; 1V9Y A; 2QZ6 A; 5DFY A; 2EXB A; 4ZTK A; 2OAP 1; 4JXV A; 2Y2Q A; 3UNW A; 5HAQ A; 2WAD A; 3MZE A; 1YT4 A; 2W3H A; 4I39 A; 1ES4 A; 2Y91 A; 4G3W A; 5FAP A; 4EET B; 2KOI A; 3P7N A; 5FQQ A; 2Y2N A; 4Y13 A; 4P6Z S; 3QP6 A; 4KZA A; 3H7W B; 1S4S A; 2J3T D; 2WAF A; 2B95 A; 3O3V A; 4GJ4 A; 3KSG A; 1TDL A; 1F5M A; 3N6I A; 2P9V A; 3HUN A; 4OOY A; 5HAR A; 1LL5 A; 2D02 A; 4ZRR A; 5J4E A; 4IVK A; 5EVI D; 5CHM A; 5M1A A; 2VV7 A; 5E2H A; 2B18 A; 3UDX A; 3CPT B; 2Z2L B; 1CEF A; 4UA7 A; 4H8R A; 4M3K A; 3LID A; 3A3F A; 2ZC3 B; 1PRQ A; 4KEN B; 3V5M A; 4KUO A; 3NDG A; 3PAG A; 2VA0 A; 3LEQ A; 1SZV A; 3UY6 A; 5I5L A; 3IWQ A; 1ZTU A; 2XFT A; 1MKM A; 1DY6 A; 4FOF A; 1MWT A; 1L0F A; 5FAT A; 2UWX A; 3M2J A; 3BYD A; 1ES2 A; 4DE2 A; 4EUZ A; 2V0W A; 4EER A; 5IU1 A; 4R38 A; 5C5K A; 4HBU A; 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