The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
SKQPDKQRKSQRRAPLHERHKQVRATLSADLREEYGQRNVRVNAGDTVEVLRGDFAGEEGEVINVDLDKAVIHVEDVTLEKTDGEEVPRPLDTSNVRVTDLDLEDEKREARLESEDDSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
50S ribosomal protein L2P
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| publication title |
Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-02-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| T | PF00467 | KOW | KOW motif |
| T | PF16906 | Ribosomal_L26 | Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1S72 T; 1K9M U; 3CCV A; 4X34 A; 5IAY A; 1BKB A; 1VQN T; 1YHQ T; 1KC8 U; 3G6E T; 1VQM A; 1YHQ A; 1QVF S; 1KHI A; 1SSF A; 1YJ9 T; 2EIF A; 1KC8 C; 1M1G A; 1VQ8 T; 3OW2 S; 1YJW T; 3P8B B; 3CCQ T; 1YJW A; 1KQS A; 3DB3 A; 2XHC A; 1Q86 U; 3CPW A; 1YIJ T; 5IT9 E; 1M1K U; 4QQD A; 1QVG A; 2OTL A; 2OTJ T; 2JOY A; 2CKK A; 2OTJ A; 1X6O A; 5J26 A; 2IG0 A; 3CCM T; 1YI2 T; 3CCM A; 1M1K C; 5LL6 S; 1VQ7 T; 1VQ7 A; 3J81 E; 1S72 A; 5HY6 A; 5DLQ E; 1JJ2 S; 3CCE T; 4TVR A; 1VQN A; 3JAM E; 1NJI C; 3G6E A; 2QA4 T; 2QA4 A; 3HKS A; 2KVQ G; 2LVM A; 1YJ9 A; 2JNG A; 1VQL T; 1VQ8 A; 3ER0 A; 1VQL A; 2QEX T; 3CCL T; 2G3R A; 3I56 T; 3CCQ A; 3CCL A; 3I56 A; 3PIP A; 3LGF A; 1W2B S; 1VQ9 T; 1YIJ A; 3CD6 T; 1VQ9 A; 3CD6 A; 3OYY A; 3CCR T; 1NPP A; 3G71 T; 3G71 A; 1JJ2 A; 1XTD A; 1YI2 A; 1VQ6 T; 1NZ9 A; 2E6Z A; 3CC4 T; 3I55 T; 1NJI U; 5A2Q E; 3G4S T; 1QVF A; 3G4S A; 3CCS T; 1UEB A; 3CC2 T; 4YTL A; 1VQ4 T; 3CC2 A; 3CC7 T; 1XNI A; 3CCE A; 1VQ4 A; 1KD1 U; 1RL2 A; 1YJN T; 3OW2 A; 3CMA T; 1N8R U; 3CMA A; 1YIT T; 1YIT A; 3J80 E; 2MWP A; 1KD1 C; 3CCJ T; 1Q81 U; 3CME T; 4ZN1 A; 3CME A; 2QEX A; 1N8R C; 1K8A C; 1VQK T; 3CXC S; 2DO3 A; 3TRE A; 1Q81 C; 1NPR A; 4ZN3 A; 3CPW S; 1QVG S; 2LQ8 A; 3CCV T; 2LCL A; 1VQ5 T; 3CCR A; 1YBY A; 1VQ5 A; 3KBG A; 3DLL A; 2E70 A; 1VQM T; 1Q82 U; 1VQ6 A; 5J3B A; 1K9M C; 1VQP T; 3CC4 A; 1VQP A; 3I55 A; 2JVV A; 3A5Z B; 3CCS A; 1Q82 C; 5FLX E; 3CC7 A; 2L3R A; 1YJN A; 2KDS A; 3CPF A; 1Q7Y U; 1K8A U; 5DM7 R; 1M90 U; 1IZ6 A; 2MWO A; 3LH0 A; 1EIF A; 3CCU T; 3CXC A; 3CCU A; 1VQO T; 1K73 U; 1KQS S; 3CCJ A; 1VQO A; 1Q7Y C; 3DB4 A; 2JUF A; 3LGL A; 1M90 C; 1VQK A; 3J7A F; 2OTL T; 4RG2 A; 1W2B A; 1K73 C; 1Q86 C; 4CRI A; 2MI6 A; 3PIO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WHH A; 4HCK A; 1VIF A; 3QHS A; 5IAY A; 2EYQ A; 1R0B G; 1VQO Q; 4OVA A; 1N6A A; 1YJ9 T; 2QGG A; 3QXE B; 3CCQ T; 2GTO A; 1UHF A; 3OBY A; 4M78 E; 3VRY A; 2I2L A; 1N8R R; 4BDY A; 3X24 B; 5IT9 E; 1M1K U; 3HTR A; 4D8K A; 4Y91 A; 2O4X B; 3INZ A; 3JB9 F; 2WSC E; 2JMA A; 4AFZ C; 2P4R A; 4XK8 E; 5HCK A; 4TVR A; 1K9M R; 4X9C A; 1MV0 B; 2LCS A; 3PT9 A; 4BI3 A; 3ER0 A; 4PJN A; 2E64 A; 3NTH A; 3C4S A; 2COW A; 2XD0 A; 2K2V A; 1M3C A; 1Z9Q A; 1MMD A; 3EGD B; 3CCE Q; 4J7I A; 1K73 R; 1W4S A; 4LD9 K; 4CC4 B; 2DKG A; 4A4G A; 2LQW A; 4A54 A; 4KRT A; 1DJ7 B; 2LTO A; 4JS5 A; 2W0Z A; 4BE1 A; 2DER A; 1OU8 A; 1RAI B; 2QTV A; 3LX7 A; 2X4J A; 3JCM c; 3JB9 G; 3H0I A; 3CBM A; 4QVC A; 1VQ6 Q; 3TRE A; 2PZ1 A; 4M7D E; 1BU1 A; 4FM4 B; 2AZS A; 3GF5 A; 2CH4 A; 4XTY A; 1HYO A; 2BZ8 A; 5CKB A; 1O75 A; 1PC0 A; 3CCJ Q; 2DBK A; 5KYY A; 1VQK Q; 5GAN h; 2L3Q A; 3QYH B; 5CKH A; 2CUD A; 5FW9 A; 1QCO A; 4KH0 B; 1KIK A; 1XJW B; 4HVW A; 3OYJ A; 1IRE B; 4DOV A; 3PIO A; 2QGF B; 1AWW A; 3I5R A; 3M4G A; 3V7C A; 2OX7 A; 1U1S A; 1WDX A; 1YP5 A; 4M78 F; 1QWE A; 5HKC A; 2RH2 A; 2NUT B; 5FWC A; 3A8H B; 3P8B B; 3EAE A; 1LCK A; 1TUD A; 3S3O A; 2XHC A; 4XTV A; 4RTZ A; 2ZPG B; 1PM3 A; 3BDL A; 4FL6 A; 5J26 A; 2DMO A; 4KGZ B; 2EQK A; 4AG2 C; 4RTX A; 4OB2 B; 1UUE A; 1BK2 A; 2ROT A; 3M0Q A; 3RMQ A; 4M7A B; 2KVQ G; 1GFD A; 3GNF B; 2RI3 A; 4J9F A; 2IPO B; 4ATO A; 3WXM B; 4E6R A; 4E7K A; 4R0K A; 1ABQ A; 3JB9 J; 2CZ0 B; 2E6Z A; 3A8G B; 3OYL A; 1TH7 A; 3EHR A; 4Z89 A; 1U1T A; 3CC7 T; 4MZP A; 3CMA T; 2JMC A; 4IIO A; 2EPD A; 2VXE A; 4M7D F; 1KD1 C; 2QAS A; 2MYS A; 4O5V A; 3EFO A; 4EMH A; 2FZG B; 2EYX A; 2FRW A; 1FMW A; 4C8Q B; 1H3Z A; 2DL3 A; 1VQ4 Q; 5HK0 A; 2JM8 A; 2YRD A; 4BE0 A; 5KYU A; 2KT1 A; 3LWH A; 2HD0 A; 3L2W A; 3VS4 A; 1TOV A; 2RI2 A; 1NJI R; 3CEY A; 4BE2 A; 1K8A U; 3SD4 A; 4BB7 A; 1MMG A; 2JJ9 A; 1D3B B; 2KT8 A; 2KGT A; 3G7Z A; 3UA6 A; 1UGP B; 5GAO q; 5J39 A; 3E9F A; 4PLL A; 1W2B A; 4ELZ C; 2X4Y A; 3ME9 A; 2BUD A; 2LJ1 A; 3TCJ A; 4C92 C; 1AZE A; 4ZNX A; 1WHG A; 2EW3 A; 4M7D G; 5D6W A; 4JJB A; 3CCU Q; 3S6W A; 1ZA2 B; 2CT3 A; 4DA4 A; 5LJ5 j; 3NPF A; 1IB8 A; 4UC4 A; 2RN8 A; 2EKO A; 3RKY A; 8AT1 B; 3FC3 A; 2ZCF B; 1KJW A; 1N5Z A; 2J7I A; 4ZGD B; 1UJY A; 2ECZ A; 2VWF A; 1BCM A; 1X6O A; 4BUG A; 2LJ3 A; 5LJ3 f; 4M77 D; 1YJW Q; 4M75 E; 1Q95 G; 4OB0 B; 5GMK h; 1JJ2 S; 4AFU C; 4LE9 A; 2L8D A; 2CP2 A; 4EMK C; 1AOJ A; 5FU7 B; 1SG5 A; 1GCQ C; 3GNG A; 4C92 B; 4GBQ A; 3QUI A; 1YCY A; 2X35 A; 4J6Y A; 3JCM g; 1XQH A; 4ELY C; 4NL3 A; 2DTI A; 4ESR A; 4JS4 A; 3H8Z A; 3L2Z A; 4KGX B; 2HMA A; 3HRU A; 4LUD A; 1PKT A; 1VQL Q; 3UPU A; 2FPD A; 1SKU B; 2RF0 A; 1WXU A; 1VQ9 Q; 4FYV B; 1I4K 1; 4FCY A; 2QAZ A; 3CME A; 3BFM A; 1K8A C; 3OMC A; 3E19 A; 4B6M A; 2HKN A; 4EMK B; 5KE2 A; 1OEB A; 1UGV A; 3ZEH A; 1RAG B; 1I1J A; 4BDZ A; 3H6Z A; 3KBG A; 2OJ2 A; 3HFO A; 2A0F B; 3I55 A; 5GAM g; 2RD1 A; 2RHZ A; 2MK5 A; 3CCS A; 2G6F X; 2ZGW A; 4JRP A; 2DX1 A; 1M2O A; 1B34 B; 1RI9 A; 2X3X D; 5GAO r; 1QVP A; 2BE7 D; 4M7A D; 2JZ2 A; 2JTE A; 2QQA A; 2ZPE B; 1G3T A; 4MML A; 5IN1 A; 4BY6 B; 4JDS A; 1IHV A; 1FMV A; 3FRN A; 2ZPH B; 3L1A A; 2MCN A; 3A8O B; 3FDR A; 2V1R A; 2VC8 A; 4JJN K; 4OMO A; 2DET A; 3PTA A; 2E1H A; 2DIG A; 2GFA A; 2XI9 A; 2F5K A; 4M75 F; 2OTL A; 1JEG A; 2V8I A; 3L2V A; 2P0Q A; 2RQV A; 4J9I A; 5DLQ E; 4C5E A; 4C8Q D; 2L3S A; 1QKX A; 4J6W A; 3A98 A; 1J3T A; 1YJ9 A; 3JCM f; 4F17 A; 3RES A; 1WHK A; 3QSU A; 2LNH B; 4ZGE B; 3CCQ A; 1VA7 A; 5GAN g; 3PIP A; 4OB3 B; 5LJ3 d; 2DIL A; 2EGE A; 2LZ6 B; 2NUP B; 5GAN 7; 3JCM V; 2GTJ A; 1W2B S; 3M0U A; 1M3A A; 2O88 A; 2DL7 A; 4GLK A; 3QJ6 A; 3CC4 T; 2FVU A; 3PVQ A; 2A28 A; 2O4X A; 5A2Q E; 1OYX A; 4XTW A; 3M57 A; 3GP8 A; 2K3B A; 1U06 A; 2D1X A; 3I55 Q; 1KQ2 A; 3CCS Q; 2RHU A; 4AFQ C; 3OB9 A; 1X6B A; 3REB B; 2DJZ A; 1EFN A; 3EGD A; 5GJW B; 3ZFJ A; 3QO3 A; 5GAM f; 2L5Q A; 5J3B A; 3V8K A; 1ZLM A; 2EQI A; 2X51 A; 2DK3 A; 2RJF A; 2MMP A; 3BDU A; 4JJD A; 2YXY A; 3RNJ A; 2SEM A; 1QKW A; 3X20 B; 3M55 A; 3RKX A; 2FPF A; 3V8L A; 1H8K A; 4D8D A; 4M77 A; 3R6N A; 2F69 A; 3H41 A; 3GBQ A; 1F1B B; 1KSW A; 4HKE A; 4L5G A; 4F7U E; 2C0I A; 1WQ7 A; 1Y7X A; 4IUR A; 3M0P A; 5GAN e; 3PMT A; 4HCZ A; 4Y92 A; 4PJJ A; 1YHQ A; 2OTL Q; 1G3Y A; 3R6O A; 2B8A A; 3RKW A; 1LOJ A; 4M78 C; 1AT1 B; 2KRN A; 1KD1 R; 4E2F B; 5GMK i; 3SWN C; 2M1H A; 1EZZ B; 1C0M A; 3UT1 A; 1YJ9 Q; 3O5Z A; 2E12 A; 1R0C B; 3CCQ Q; 1BB9 A; 1VUB A; 2JNG A; 4NL2 A; 2YUO A; 3L2U A; 3MCA B; 3SEM A; 2NUT A; 2ESW A; 1Y07 A; 3EH1 A; 4DEY A; 4J9D A; 1OX8 A; 4M78 B; 2DE0 X; 2LQK A; 2PQW A; 2K5F A; 3TVT A; 3G71 A; 1D1C A; 1I81 A; 4OB1 B; 3JCM d; 3PNW C; 3E9G A; 3SWN B; 1RLQ C; 2K9G A; 4C92 G; 2PUO B; 2RMO A; 3MP6 A; 1QW1 A; 2FG0 A; 3CME T; 1Q81 U; 4M7A A; 1NLP C; 3QII A; 3RDV A; 4M7D C; 1NPR A; 2RQW A; 5GAO l; 1HK9 A; 3ZBD A; 3G1J A; 4OGE A; 3C12 A; 2V8J A; 4BD3 A; 2KMT A; 1RAH B; 2DXB A; 3EG2 A; 3MP8 A; 2JW4 A; 3OYG A; 1AEY A; 2JVV A; 3LLR A; 5I22 A; 3CC7 A; 2Z0W A; 1V29 B; 4C0G A; 2FRY A; 4MDW A; 3LH0 A; 3GOX A; 5FRM A; 1U5S A; 1M90 C; 2YRV A; 3TEE A; 4QVZ A; 1ZSZ B; 4F7U F; 4PJO E; 5GAM d; 2FYK A; 2CP7 A; 1K9A A; 3HFN A; 4C8Q A; 1UJ0 A; 3M54 A; 4AMC A; 4M7D B; 2EIF A; 3IQL A; 3TU4 K; 4JLG A; 1QCN A; 2KYB A; 5GAN 2; 2O31 A; 1GBR A; 2VB6 A; 2C06 A; 2JTF A; 1W2B P; 1K8A R; 2XIC A; 1D3B A; 1PG5 B; 2CH4 W; 4RCB A; 2RJC A; 4ANJ A; 1UGR B; 2YRC A; 5AYF A; 4KGV B; 3J81 E; 1X69 A; 3JB9 D; 2RO0 A; 3M4Y A; 4F7U G; 3KUF A; 1IHW A; 1GL5 A; 2LVM A; 2O01 E; 3EG9 A; 4DBR A; 1Y71 A; 3LYI A; 2EFI A; 2RJD A; 2ENM A; 2FO0 A; 2I0N A; 2IIM A; 4KH1 B; 3QZ5 B; 1K4U S; 2AK5 A; 3CBO A; 2HL3 A; 4DBH A; 5GMK e; 3GPL A; 2CSQ A; 1WHJ A; 1YNZ A; 3EGX B; 2V8K A; 3CC2 A; 3M59 A; 4BI4 A; 2DXU A; 2ZZD A; 2KAF A; 1PWT A; 1QLY A; 5GAN 6; 2ZPB B; 4RG8 A; 3MHX A; 5LJ5 h; 1OUL A; 4ZN3 A; 2ED1 A; 1PSE A; 3CC7 Q; 2KSS A; 2NWM A; 2QK0 A; 3CCV T; 3CMA Q; 3C0C A; 1VQ5 A; 4XTZ A; 3DLL A; 2E70 A; 2SRC A; 9ATC B; 1VQP A; 1SHF A; 1WGS A; 5LJ3 j; 1NBE B; 5C0M A; 1WJS A; 2VYT A; 4PJO F; 4JPB W; 2K7A A; 1U3O A; 1RLP C; 1T0J A; 4EMK A; 2KY9 A; 1EX4 A; 5KCH A; 2XU8 A; 3MKD A; 4C5H A; 5CK9 A; 1UG1 A; 3MEW A; 4DBF A; 4PNO A; 5D6X A; 1YHQ T; 4LNP A; 2ABL A; 3GIB A; 2M16 A; 4RTY A; 2EWN A; 1OPK A; 1ZUY A; 1PRM C; 3QG1 A; 3QWX X; 3X26 B; 2PVD B; 2YUP A; 2XID A; 3DB3 A; 4OMF B; 5KYW B; 2EYZ A; 4A4F A; 4F16 A; 2F2W A; 1E7O A; 2KYM A; 1KQ1 A; 3VKI A; 1G3S A; 2CZ1 B; 3CPW A; 3MJX A; 5L8R E; 2CKK A; 1WHM A; 2LQN A; 1M1K C; 2RJE A; 4M75 C; 1VQ7 A; 4PJO G; 1D09 B; 4KUI A; 4II1 A; 1PRL C; 2F5T X; 2KR3 A; 1TS9 A; 2QI2 A; 4LDX A; 1NG2 A; 2HQE A; 2DFU A; 3JB9 I; 2L0A A; 3OYC A; 1ZUU A; 2YUQ A; 3I56 A; 2QQ9 A; 3DKM A; 4CC2 A; 4VUB A; 1VYV A; 3BE3 A; 2VGN A; 2EJ9 A; 3G71 T; 2X9H A; 5GAO m; 4E7S A; 1AWO A; 1KG1 A; 4AFS C; 5DLO A; 4F04 B; 4ORZ A; 4M75 B; 3NHN A; 2QQS A; 4M7D D; 4ZTJ A; 2DTO A; 2CP3 A; 1WJR A; 2XKO C; 4M78 G; 2QXF A; 4CC7 A; 2LCL A; 4C0D C; 4BAC A; 1M4Z A; 4FT2 A; 1X27 A; 2X4W A; 4OML A; 1Q82 U; 1BI1 A; 1SSH A; 3CC4 A; 2WAC A; 2DPP B; 4E47 A; 5KYX B; 4ZTF A; 3RUX A; 4C5I A; 1AD5 A; 2H3J A; 4HCC A; 1UE9 A; 1EIF A; 2YT6 A; 3QJY A; 3CXC A; 2K5I A; 2NUZ A; 1KK7 A; 3FIF A; 3VS0 A; 3LGL A; 1B3Q A; 2CGH A; 2ROL A; 4EPC A; 1RAB B; 5CKF A; 4LXC A; 3OS5 A; 4M77 E; 3VYG A; 4IUU A; 5I11 A; 2F2X A; 1Y96 B; 4OMM A; 2AHJ B; 3EGU A; 3E2U A; 3KFV A; 1KC8 U; 3G6E T; 1IGQ A; 3SHW A; 2MIO A; 1RAC B; 4A4H A; 1B07 A; 1AVZ C; 1M5Q 1; 2PVG B; 4OGC A; 4C0D B; 5CQX A; 1KQS A; 3LH5 A; 4E7I A; 4IIM A; 2H8H A; 4HVV A; 1I8F A; 4K11 A; 4LN2 A; 4J9H A; 4JJC A; 5CKD A; 4CC3 A; 1OQK A; 1KFZ A; 1G5V A; 3OSS C; 3OS2 A; 2QA4 A; 2M9U A; 5GAM j; 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