3CCEL

Structure of anisomycin resistant 50s ribosomal subunit: 23s rrna mutation u2535a
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 50S ribosomal protein L2P
publication title Mutations outside the anisomycin-binding site can make ribosomes drug-resistant.
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 3cceL02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 3cceL01
1YI2O 3CCLO 1KC8M 3I56L 1VQOO 1QVGK 1W2BN 1M1KP 1VQ7L 1Q7YP 3CCEO 1Q86M 1YHQL 1JJ2N 1VQMO 1VQ9O 1KD1M 1Q81P 2OTLO 2OTJL 1VQ4L 3CCVO 1YIJO 1M90M 3I55L 3CCLL 3CPWN 1M1KM 1VQOL 3CXCN 3CCRO 3G4SO 3CD6O 3CC4O 3CMAO 1W2BK 1Q81M 1S72L 1VQ6O 1YJWO 2OTLL 1QVFN 1VQ5O 3CCVL 1YIJL 1YJ9O 1K8AP 2QEXO 1VQPO 3CCUO 3G4SL 1YI2L 1YITO 1VQKO 3CD6L 3CXCK 3CMAL 3CC4L 1Q7YM 1N8RP 3CCMO 3CCSO 1NJIP 3CC7O 2QA4O 3CCEL 1VQ5L 1VQML 1YJ9L 1VQ9L 2QEXL 3G71O 3I56O 1JJ2K 1VQPL 3CCUL 1KQSN 3CMEO 1N8RM 1YITL 1VQKL 1NJIM 1YHQO 1VQLO 3G6EO 1YJNO 3CCML 3CCRL 1Q86P 3CCQO 3CPWK 3CC7L 3CCJO 2OTJO 3CC2O 1KD1P 3I55O 3OW2N 1Q82P 1VQ8O 1VQ6L 1K73P 3G71L 1YJWL 1K8AM 1M90P 1VQNO 3CMEL 1K9MP 1QVGN 1S72O 1QVFK 1KQSK 1VQLL 3G6EL 1YJNL 1Q82M 3CCQL 1K73M 1KC8P 1VQ7O 3CCJL 3CC2L 1VQ8L 1K9MM 3CCSL 3OW2K 1VQNL 2QA4L 1VQ4O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YI2O 3CCLO 1KC8M 3I56L 1VQOO 1QVGK 1W2BN 4QDLA 4W8KA 1M1KP 1VQ7L 1Q7YP 3CCEO 1Q86M 1YHQL 1JJ2N 1VQMO 1VQ9O 5DQTA 1KD1M 1Q81P 2OTLO 2OTJL 1VQ4L 3CCVO 1YIJO 1M90M 3I55L 4WJ0A 3CCLL 3CPWN 1M1KM 1VQOL 3CXCN 3CCRO 2YZSA 3G4SO 3CD6O 3CC4O 3CMAO 1W2BK 1Q81M 1S72L 1VQ6O 1YJWO 2OTLL 1QVFN 3NKDA 1VQ5O 3CCVL 1YIJL 1YJ9O 1K8AP 2QEXO 5DS4A 1VQPO 5DQZA 3CCUO 3G4SL 4N06A 3GODA 1YI2L 1YITO 1VQKO 3CD6L 3CXCK 3CMAL 3CC4L 4P6IC 1Q7YM 1N8RP 3CCMO 3CCSO 1NJIP 3CC7O 2QA4O 3CCEL 1VQ5L 1VQML 1YJ9L 1VQ9L 5DLJA 3G71O 2QEXL 3I56O 1JJ2K 1VQPL 3CCUL 1KQSN 3CMEO 1N8RM 1YITL 1VQKL 1NJIM 1YHQO 1VQLO 3G6EO 1YJNO 3CCML 3CCRL 1Q86P 3CCQO 3CPWK 3CC7L 5DS5A 4XTKA 3CCJO 2OTJO 3CC2O 1KD1P 3I55O 3OW2N 1Q82P 1VQ8O 1VQ6L 1K73P 3G71L 1YJWL 1K8AM 5FCLA 1M90P 1VQNO 5DS6A 3CMEL 1K9MP 1QVGN 1S72O 1QVFK 1KQSK 1VQLL 3G6EL 1YJNL 1Q82M 3CCQL 1K73M 1KC8P 1VQ7O 3CCJL 3CC2L 1VQ8L 1K9MM 3CCSL 3OW2K 1VQNL 2QA4L 1VQ4O
chains in the Genus database with same CATH topology
1YI2O 3CCLO 1KC8M 3I56L 1VQOO 1QVGK 1W2BN 4QDLA 4W8KA 1M1KP 1VQ7L 1Q7YP 3CCEO 1Q86M 1YHQL 1JJ2N 1VQMO 1VQ9O 5DQTA 1KD1M 1Q81P 2OTLO 2OTJL 1VQ4L 3CCVO 1YIJO 1M90M 3I55L 4WJ0A 3CCLL 3CPWN 1M1KM 1VQOL 3CXCN 3CCRO 2YZSA 3G4SO 3CD6O 3CC4O 3CMAO 1W2BK 1Q81M 1S72L 1VQ6O 1YJWO 2OTLL 1QVFN 3NKDA 1VQ5O 3CCVL 1YIJL 1YJ9O 1K8AP 2QEXO 5DS4A 1VQPO 5DQZA 3CCUO 3G4SL 4N06A 3GODA 1YI2L 1YITO 1VQKO 3CD6L 3CXCK 3CMAL 3CC4L 4P6IC 1Q7YM 1N8RP 3CCMO 3CCSO 1NJIP 3CC7O 2QA4O 3CCEL 1VQ5L 1VQML 1YJ9L 1VQ9L 5DLJA 3G71O 2QEXL 3I56O 1JJ2K 1VQPL 3CCUL 1KQSN 3CMEO 1N8RM 1YITL 1VQKL 1NJIM 1YHQO 1VQLO 3G6EO 1YJNO 3CCML 3CCRL 1Q86P 3CCQO 3CPWK 3CC7L 5DS5A 4XTKA 3CCJO 2OTJO 3CC2O 1KD1P 3I55O 3OW2N 1Q82P 1VQ8O 1VQ6L 1K73P 3G71L 1YJWL 1K8AM 5FCLA 1M90P 1VQNO 5DS6A 3CMEL 1K9MP 1QVGN 1S72O 1QVFK 1KQSK 1VQLL 3G6EL 1YJNL 1Q82M 3CCQL 1K73M 1KC8P 1VQ7O 3CCJL 3CC2L 1VQ8L 1K9MM 3CCSL 3OW2K 1VQNL 2QA4L 1VQ4O
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YI2 O;  3CCL O;  1KC8 M;  3I56 L;  1VQO O;  1QVG K;  1W2B N;  1M1K P;  1VQ7 L;  1Q7Y P;  3CCE O;  1Q86 M;  1YHQ L;  1JJ2 N;  1VQM O;  1VQ9 O;  1KD1 M;  1Q81 P;  2OTL O;  2OTJ L;  1VQ4 L;  3CCV O;  1YIJ O;  1M90 M;  3I55 L;  3CCL L;  3CPW N;  1M1K M;  1VQO L;  3CXC N;  3CCR O;  3G4S O;  3CD6 O;  3CC4 O;  3CMA O;  1W2B K;  1Q81 M;  1S72 L;  1VQ6 O;  1YJW O;  2OTL L;  1QVF N;  1VQ5 O;  3CCV L;  1YIJ L;  1YJ9 O;  1K8A P;  2QEX O;  1VQP O;  3CCU O;  3G4S L;  1YI2 L;  1YIT O;  1VQK O;  3CD6 L;  3CXC K;  3CMA L;  3CC4 L;  1Q7Y M;  1N8R P;  3CCM O;  3CCS O;  1NJI P;  3CC7 O;  2QA4 O;  3CCE L;  1VQ5 L;  1VQM L;  1YJ9 L;  1VQ9 L;  2QEX L;  3G71 O;  3I56 O;  1JJ2 K;  1VQP L;  3CCU L;  1KQS N;  3CME O;  1N8R M;  1YIT L;  1VQK L;  1NJI M;  1YHQ O;  1VQL O;  3G6E O;  1YJN O;  3CCM L;  3CCR L;  1Q86 P;  3CCQ O;  3CPW K;  3CC7 L;  3CCJ O;  2OTJ O;  3CC2 O;  1KD1 P;  3I55 O;  3OW2 N;  1Q82 P;  1VQ8 O;  1VQ6 L;  1K73 P;  3G71 L;  1YJW L;  1K8A M;  1M90 P;  1VQN O;  3CME L;  1K9M P;  1QVG N;  1S72 O;  1QVF K;  1KQS K;  1VQL L;  3G6E L;  1YJN L;  1Q82 M;  3CCQ L;  1K73 M;  1KC8 P;  1VQ7 O;  3CCJ L;  3CC2 L;  1VQ8 L;  1K9M M;  3CCS L;  3OW2 K;  1VQN L;  2QA4 L;  1VQ4 O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YI2 O;  3CCL O;  1KC8 M;  3I56 L;  1VQO O;  1QVG K;  1W2B N;  4QDL A;  4W8K A;  1M1K P;  1VQ7 L;  1Q7Y P;  3CCE O;  1Q86 M;  1YHQ L;  1JJ2 N;  1VQM O;  1VQ9 O;  5DQT A;  1KD1 M;  1Q81 P;  2OTL O;  2OTJ L;  1VQ4 L;  3CCV O;  1YIJ O;  1M90 M;  3I55 L;  4WJ0 A;  3CCL L;  3CPW N;  1M1K M;  1VQO L;  3CXC N;  3CCR O;  2YZS A;  3G4S O;  3CD6 O;  3CC4 O;  3CMA O;  1W2B K;  1Q81 M;  1S72 L;  1VQ6 O;  1YJW O;  2OTL L;  1QVF N;  3NKD A;  1VQ5 O;  3CCV L;  1YIJ L;  1YJ9 O;  1K8A P;  2QEX O;  5DS4 A;  1VQP O;  5DQZ A;  3CCU O;  3G4S L;  4N06 A;  3GOD A;  1YI2 L;  1YIT O;  1VQK O;  3CD6 L;  3CXC K;  3CMA L;  3CC4 L;  4P6I C;  1Q7Y M;  1N8R P;  3CCM O;  3CCS O;  1NJI P;  3CC7 O;  2QA4 O;  3CCE L;  1VQ5 L;  1VQM L;  1YJ9 L;  1VQ9 L;  5DLJ A;  3G71 O;  2QEX L;  3I56 O;  1JJ2 K;  1VQP L;  3CCU L;  1KQS N;  3CME O;  1N8R M;  1YIT L;  1VQK L;  1NJI M;  1YHQ O;  1VQL O;  3G6E O;  1YJN O;  3CCM L;  3CCR L;  1Q86 P;  3CCQ O;  3CPW K;  3CC7 L;  5DS5 A;  4XTK A;  3CCJ O;  2OTJ O;  3CC2 O;  1KD1 P;  3I55 O;  3OW2 N;  1Q82 P;  1VQ8 O;  1VQ6 L;  1K73 P;  3G71 L;  1YJW L;  1K8A M;  5FCL A;  1M90 P;  1VQN O;  5DS6 A;  3CME L;  1K9M P;  1QVG N;  1S72 O;  1QVF K;  1KQS K;  1VQL L;  3G6E L;  1YJN L;  1Q82 M;  3CCQ L;  1K73 M;  1KC8 P;  1VQ7 O;  3CCJ L;  3CC2 L;  1VQ8 L;  1K9M M;  3CCS L;  3OW2 K;  1VQN L;  2QA4 L;  1VQ4 O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1YI2 O;  3CCL O;  1KC8 M;  3I56 L;  1VQO O;  1QVG K;  1W2B N;  4QDL A;  4W8K A;  1M1K P;  1VQ7 L;  1Q7Y P;  3CCE O;  1Q86 M;  1YHQ L;  1JJ2 N;  1VQM O;  1VQ9 O;  5DQT A;  1KD1 M;  1Q81 P;  2OTL O;  2OTJ L;  1VQ4 L;  3CCV O;  1YIJ O;  1M90 M;  3I55 L;  4WJ0 A;  3CCL L;  3CPW N;  1M1K M;  1VQO L;  3CXC N;  3CCR O;  2YZS A;  3G4S O;  3CD6 O;  3CC4 O;  3CMA O;  1W2B K;  1Q81 M;  1S72 L;  1VQ6 O;  1YJW O;  2OTL L;  1QVF N;  3NKD A;  1VQ5 O;  3CCV L;  1YIJ L;  1YJ9 O;  1K8A P;  2QEX O;  5DS4 A;  1VQP O;  5DQZ A;  3CCU O;  3G4S L;  4N06 A;  3GOD A;  1YI2 L;  1YIT O;  1VQK O;  3CD6 L;  3CXC K;  3CMA L;  3CC4 L;  4P6I C;  1Q7Y M;  1N8R P;  3CCM O;  3CCS O;  1NJI P;  3CC7 O;  2QA4 O;  3CCE L;  1VQ5 L;  1VQM L;  1YJ9 L;  1VQ9 L;  5DLJ A;  3G71 O;  2QEX L;  3I56 O;  1JJ2 K;  1VQP L;  3CCU L;  1KQS N;  3CME O;  1N8R M;  1YIT L;  1VQK L;  1NJI M;  1YHQ O;  1VQL O;  3G6E O;  1YJN O;  3CCM L;  3CCR L;  1Q86 P;  3CCQ O;  3CPW K;  3CC7 L;  5DS5 A;  4XTK A;  3CCJ O;  2OTJ O;  3CC2 O;  1KD1 P;  3I55 O;  3OW2 N;  1Q82 P;  1VQ8 O;  1VQ6 L;  1K73 P;  3G71 L;  1YJW L;  1K8A M;  5FCL A;  1M90 P;  1VQN O;  5DS6 A;  3CME L;  1K9M P;  1QVG N;  1S72 O;  1QVF K;  1KQS K;  1VQL L;  3G6E L;  1YJN L;  1Q82 M;  3CCQ L;  1K73 M;  1KC8 P;  1VQ7 O;  3CCJ L;  3CC2 L;  1VQ8 L;  1K9M M;  3CCS L;  3OW2 K;  1VQN L;  2QA4 L;  1VQ4 O; 
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