The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
77
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sequence length |
283
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structure length |
283
|
Chain Sequence |
GHMRTNKDRLVRISVVGEIAPAKMRSPYSVTTEGTVRVIPVLGGITYNVKVGDSAYGWAGDHVEPGVSVMARRKEEEIPLMTLSCIGNEVIVMSGDAKGSRGFVTGKHGGVNHVLVHFEEEVLGKLMVGDKILIKAWGQGLKLLDHPDVKVMNIDPDLFEKLGIQEKNGKIHVPVVAKIPAHMMGSGIGASSSASTDYDIMASNPEDLGVADLKLGDIVAIQDHDNSYGVGKYRKGAVSIGVVVHSACVSAGHGPGVVVIMTGDESKILPEEVERANISDYLV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of TM1086
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Thermotoga maritima
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| molecule keywords |
TM1086
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| total genus |
77
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| structure length |
283
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| sequence length |
283
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-06-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14505 | DUF4438 | Domain of unknown function (DUF4438) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3-layer Sandwich | tm1086 (SG structure) fold | tm1086 (SG structure) domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | tm1086 fold | tm1086 domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1E1Q D; 2XND D; 5FL7 D; 2JJ2 D; 1E1R D; 1SKY E; 3ZIA D; 5DN6 D; 5HKK D; 1NBM D; 2WPD D; 1MAB B; 2WSS D; 4TT3 D; 3N99 A; 3OE7 D; 1KMH B; 2HLD D; 2JDI D; 1H8H D; 2JJ1 D; 3OAA D; 1EFR D; 3OFN D; 2CK3 D; 4XD7 D; 1H8E D; 1W0K D; 1COW D; 2QE7 D; 3OEH D; 2V7Q D; 4YXW D; 4Z1M D; 2W6I D; 4TSF D; 1E79 D; 2XOK D; 4Q4L A; 1BMF D; 3FKS D; 3OEE D; 4ASU D; 5IK2 D; 1FX0 B; 1OHH D; 1W0J D; 2W6J D; 3DCL A; 2F43 B; 2JIZ D; 5CDF E; 1NBM E; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PPZ A; 1SGF G; 1BA8 B; 2G4U A; 2XWB I; 2D8W A; 5A8X A; 3DFJ A; 1BBR H; 3P8G A; 2J5U A; 4GAW A; 4ACA A; 3E0P B; 2ZP0 H; 3LPR A; 2EC9 H; 1EP6 A; 3SNA A; 1JRT A; 1GI2 A; 3ZYE A; 3I78 A; 1WXR A; 3EST A; 1P3C A; 2EA3 A; 1IQG A; 1W14 U; 4ZHA A; 4Z6A H; 1P2M A; 4Q80 A; 2BDI A; 2C8Y B; 1TNJ A; 1YCP M; 1CE5 A; 2BY9 X; 1NRO H; 3TNT A; 1O2U A; 3KQC A; 2Q6D A; 1QRX A; 3D62 A; 3SV9 A; 4INK A; 5J4Q A; 1CO7 E; 1Y8T A; 1GL0 E; 1O5C B; 1V2W T; 2I6Q A; 1DWB H; 1DWE H; 3RXL A; 4UEH H; 5DP7 A; 2ZG0 H; 4GCH F; 3GS9 A; 4FUH A; 1A5I A; 4K1S A; 1K1I A; 5DJ7 A; 2ODQ A; 3GCO A; 2WPJ S; 1UCY H; 3DSP A; 1O2L A; 4X1N U; 2QGR A; 2XND D; 1FNI A; 1XUJ A; 1AE5 A; 3LC3 A; 3KCG H; 2O8W A; 2ZF0 H; 2G81 E; 5T3H A; 1TGS Z; 1BRC E; 1LO6 A; 1NC6 A; 2GJG A; 1TGB A; 5GDS H; 1ELV A; 2OUA A; 1T32 A; 4RN6 A; 1KXA A; 5C94 A; 2OP9 A; 5GWZ A; 3VGC B; 1TON A; 2QXG A; 5K7R A; 1EB2 A; 5L2Z H; 3E6P H; 1WBG B; 3STI A; 3PRB A; 3SI4 H; 2H9T H; 5JBA S; 3P95 A; 1GVK B; 1OP2 A; 5JPM H; 1AFE H; 1PPB H; 3K65 B; 1G9I E; 1OXG A; 4BAK B; 4X1R U; 1KDQ A; 3TJV A; 1VIT F; 2QF0 A; 1EPT A; 2BM2 A; 3PV5 A; 2GV6 A; 4ZH8 A; 5T6D A; 1NU7 B; 3ZVD A; 3BTE E; 1AI8 H; 2KAI B; 2Y5G A; 5DK1 A; 3DCL A; 2PUX B; 1QNJ A; 5T1V A; 2WPI S; 4YOI A; 2TRM A; 1FY4 A; 1SGF A; 1O3J A; 5EQR A; 1W13 U; 2HOB A; 3G01 A; 8KME 2; 4CR5 A; 4I8G A; 1PQ8 A; 2BY5 X; 1J14 A; 1YPE H; 2JDI D; 3RLY H; 5I25 A; 2GX4 A; 1GBT A; 2B5T B; 1WYK A; 1OPH B; 1OX1 A; 1EP5 A; 5E0J A; 2K0Q A; 4Y71 A; 3BIV H; 4LZ1 H; 3A8B A; 3ODD A; 3LKW A; 1GJ7 B; 4IC6 A; 2UWO A; 3BG4 C; 4UFF H; 3ZZ5 A; 3TGJ E; 1CBW B; 1A7S A; 2A2X H; 1HCG A; 3KNX A; 2BD9 A; 1LVB A; 3V0X A; 4ZKO U; 4MVN A; 5F53 A; 1GCT C; 1RXP A; 3ZVF A; 1DAN H; 3A87 A; 3FVF B; 5EXN A; 1RIW B; 3A7T A; 4D9Q A; 4XBD A; 1G3E A; 1MBQ A; 3EYD A; 1W0K D; 2FOG A; 2YMS D; 2OBQ A; 3MU0 A; 5FHT A; 1NZQ H; 2NU1 E; 2JH5 D; 1Y59 T; 9LPR A; 1Z71 A; 1QBN A; 3UNS A; 1V2T T; 3NUM A; 1GDQ A; 5FPT A; 3SZN A; 2AMD A; 4Y8X A; 1SSX A; 1NRS H; 1JWT A; 3SGB E; 1C2F A; 3A88 A; 1BTX A; 2QCY A; 2VVV A; 4ISH H; 1JIR A; 3KEE A; 4F55 A; 2XNI A; 1C1V H; 2ZFQ H; 3UWI A; 2CK3 D; 3F9F A; 1EJN A; 4Q7X A; 1UVT H; 2DUC A; 4OS7 A; 4DGJ A; 4B2A A; 1HAZ B; 1UTK A; 3LOX A; 1O2X A; 3BTD E; 1O5B B; 2P3F H; 5EST E; 1QJ7 B; 1XKA C; 4VGC C; 2Z3D A; 1GBJ A; 1P09 A; 1OP0 A; 1P01 A; 1E0F D; 2J97 A; 1AGJ A; 1CQQ A; 1VCQ A; 1MZA A; 1TPA E; 1DE7 H; 2ZHD A; 3RU4 T; 3WW7 A; 2D2D A; 1B5G H; 4HFP B; 4Q7Z A; 1UCY K; 1GBM A; 3FFG A; 3DSO A; 8GCH G; 4IMZ A; 1NM6 A; 3OYP A; 1GMC G; 1P2N A; 1AVG H; 3ZZ3 A; 4D9R A; 2ZU1 A; 3SUD A; 1E1Q D; 3DFL A; 3QN7 A; 2VH6 A; 4UFG H; 1DDJ A; 3SU6 A; 1O5A B; 1C2G A; 1EX3 A; 2W26 A; 3A8C A; 4FUF A; 3RC6 A; 4INL A; 4Z0K A; 2BXU H; 1GBL A; 3GDS A; 1H8H D; 3UTU H; 4J2Y B; 4D7G A; 4F48 B; 5BRR E; 3SND A; 2RCE A; 1C5R A; 1E36 B; 3QGN B; 2JH0 D; 3SNE A; 1O3O A; 1PYT C; 1H8D H; 1O3H A; 4HGC A; 3ZZC A; 4Q4L A; 2KM0 A; 3UY9 A; 5JBC S; 1RTL A; 2FX4 A; 1YLN A; 3QZR A; 5HXF A; 1C5L H; 3KHV A; 1MKX H; 1AB9 C; 2VVC A; 2AYW A; 1O0D H; 4BAO B; 2PGQ B; 2RFK C; 1SI5 H; 1F0U A; 1FY5 A; 1QL9 A; 1Z6E A; 1OYQ A; 1GBH A; 3MU1 A; 3AW0 A; 4I33 A; 4NIV A; 2B9L A; 5EJ1 A; 4JZE H; 2FX6 A; 1P10 A; 2FOA A; 2AMQ A; 1A3B H; 1ARB A; 4FUI A; 2BDA A; 4ZCN A; 1DUE A; 2BX3 A; 1ELF A; 1XUH A; 2VH0 A; 1GI1 A; 4AFS A; 2B8O H; 3SV8 A; 1W3C A; 1GI7 B; 4R8T B; 1O3N A; 4ABG A; 3EA8 A; 5FX5 A; 4B2C A; 2SGA A; 2W6I D; 1H9L B; 2FTL E; 2ZDN A; 4RSP A; 1FJS A; 1H8I H; 5C5O A; 2FIR H; 3NRL A; 4BXW A; 1TGN A; 3BG4 B; 3KQ5 A; 1E38 B; 3U9A H; 2F9N A; 5HKK D; 3LDX H; 3SU1 A; 1V3X A; 2XC4 A; 4E7R G; 1OWE A; 4MTB A; 1P2J A; 2EEK A; 1O38 A; 2AIP A; 1LCY A; 1GMD F; 3DD2 H; 2PGB B; 3STJ A; 2J94 A; 3P6Z B; 1BUI A; 1GHA F; 1RTF B; 3SZE A; 3U28 C; 4K60 A; 1CHO F; 2F9V A; 4Y76 A; 3P8N A; 3F9H A; 4X2X A; 1LPZ B; 1B7X B; 3ATI A; 3QDZ B; 1TQ7 B; 1C5Z B; 3A83 A; 5EPN A; 3HPT B; 1AU8 A; 1WQV H; 3L33 A; 4NIW A; 2ANK H; 1GI9 B; 4TPI Z; 5EOD A; 1ZPZ A; 1KLI H; 3Q77 A; 1O2Q A; 1KXF A; 1F0R A; 4GUX A; 2OXS A; 2VWO A; 2H5D A; 1K2I 1; 2ZA5 A; 3BTG E; 4DG4 A; 1O3F A; 3MNC A; 2G4T A; 2UWP A; 5EJL A; 3A7W A; 1D3Q B; 1P2K A; 1FIZ A; 1QL8 A; 2J98 A; 4TY7 A; 4VGC B; 3KGP A; 2JKH A; 4A1V A; 4AGK A; 1OWI A; 1MH0 A; 1PJP A; 2FOF A; 1A0L A; 1BTW A; 2HNT F; 5A8Y A; 3M5O A; 1AZ8 A; 3W94 A; 1L1G A; 2QN5 T; 2P16 A; 1GI5 A; 1A4W H; 3OEH D; 5DPA A; 3GCH C; 3SGA E; 2KX4 A; 1HV7 A; 2KFW A; 3DSG A; 2A7C A; 4MPX A; 1CA8 B; 3U1J B; 3T27 A; 2Z9L A; 1O3C A; 1P2O A; 2OLG A; 3RXC A; 3ZZ9 A; 1O3A A; 4CR9 A; 2PW8 H; 2F83 A; 5DG6 A; 3NCL A; 2YMS B; 3R3G B; 2QXI A; 1O2I A; 4A5T S; 1GG6 C; 1BMN H; 3ATK A; 1P2Q A; 2BD4 A; 4NFF A; 4TY6 A; 2ZDL A; 3A86 A; 4RKJ B; 2Y81 A; 5DO4 H; 2IPH A; 3FP7 E; 3S0N A; 1L0Z A; 3W95 A; 4UD9 H; 2OD3 B; 1GHX H; 1ZGI A; 3O8D A; 5CDF E; 2FI3 E; 3QTO H; 1DT2 A; 3KQE A; 5H4I B; 1AB9 B; 1IHT H; 2WPD D; 2BY8 X; 3LJJ A; 2HVX A; 2VB0 A; 1XUG A; 4TT3 D; 7GCH G; 1HAI H; 1KMH B; 1DUA A; 1FV9 A; 4P00 A; 4Q63 A; 3ZVG A; 1GJ6 A; 3PLK A; 2I6S A; 5C1Y A; 2Y7X A; 1N6Y A; 1T7C A; 2BD2 A; 3SJO A; 2TGD A; 8EST E; 2F91 A; 3RMM H; 4NSY A; 3QTV H; 2BDB A; 3MO3 A; 1H9I E; 1T8O A; 3GIC B; 4MQA A; 1AE8 H; 1BOQ A; 1QB1 A; 3ZZA A; 2TPI Z; 2XBX A; 4ZAE A; 1NFU A; 1IQH A; 4X8V H; 5C0U A; 3MNB A; 3SJK A; 1BHX F; 1ANE A; 4J1Y A; 2BVR H; 3F2H A; 1VJA U; 1WTH D; 2W3I A; 2CGA A; 1QFK H; 2Y80 A; 1A46 H; 4Q7Y A; 5B6L A; 5KEC A; 1GBB A; 1KSN A; 3T29 A; 1Q31 A; 1CA0 C; 4GHT A; 1UVS H; 2OTV A; 4U32 A; 1QCP A; 2BD7 A; 4Y7A A; 3RXM A; 4B75 A; 5EG4 A; 1YYY 1; 1UTQ A; 1UTP A; 3OY6 U; 4EST E; 1F0T A; 4H42 U; 5DN6 D; 1THP B; 3QZQ A; 1GBC A; 1FY3 A; 3LON A; 4K8Y A; 2H5C A; 1O30 A; 1MTU A; 2Y7Z A; 1HDT H; 2XC0 A; 1C1Q A; 1ZJD A; 1A0H B; 1Y3U A; 1ELB A; 1Y5A T; 4I32 A; 4KP0 A; 3K2U A; 4AFU A; 2PSX A; 2FOC A; 4GPG A; 2QXJ A; 5C1X A; 3ELA H; 5IK2 D; 1BTH H; 3LIW A; 3RXS A; 4JZ1 A; 1NS3 A; 3LGW A; 3UUZ A; 4BAN B; 1BT7 A; 1PPC E; 2Z9I A; 1YLD A; 1O2G H; 2BDY A; 3OAA D; 3SJ8 A; 3P8F A; 2SGD E; 4X8U H; 1OWD A; 2FOM B; 5T6G A; 5CMX H; 2ZGX H; 2BB4 A; 2ZPQ A; 3LH1 A; 3ATM A; 4B6F A; 3PMH B; 2XCF A; 4KGA A; 3SV7 A; 1MTN C; 2OCV B; 1SOZ A; 1AMH A; 3GY3 A; 1C5W B; 4SGB E; 4BTT B; 4YO9 A; 5C2Z A; 1EOL A; 1Y3X A; 2ZFP H; 2HNT E; 1C5S A; 1C5N H; 2KCA A; 1KIG H; 4H4F A; 1GJA B; 1L4Z A; 1KLJ H; 3U8O H; 3VG8 A; 1FIW A; 4HZH A; 1O2O A; 5A0B A; 2V3O H; 1JOU B; 1O3B A; 1GI6 A; 1ESB A; 4TWY A; 3NKK A; 3JZ1 B; 3ZVC A; 3D49 H; 4YM9 A; 2FXR A; 3GCH B; 4O03 A; 1SGP E; 4FUC A; 1MAY A; 1OHH D; 3MH6 A; 3SV6 A; 1QR3 E; 1ZLR A; 1KLT A; 1ZPC A; 1XVM A; 4X6N A; 1ZSL A; 1NBM E; 1EXF A; 1TBR H; 2V3H H; 3MH4 A; 3ZIA D; 4O3T A; 2BQW B; 1RTK A; 2QF4 A; 1FLE E; 3N99 A; 2BLO A; 1DLK B; 2SNV A; 4M7G A; 2FLB H; 1EAW A; 3UQV A; 1G32 B; 3P92 A; 3D23 A; 3UPE A; 3A7V A; 4X2V A; 7KME H; 1UVO A; 4CBN A; 1GJ9 B; 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4MPW A; 2TGA A; 3RC4 A; 2VGC C; 3UQO A; 3GY7 A; 5HMA A; 3SU0 A; 4IS5 A; 1H8E D; 4E06 H; 1FPC H; 1O39 A; 1MQ5 A; 3LGT A; 2V0B A; 2PLX A; 1ORF A; 1TNH A; 2O8T A; 1MTN B; 4QT8 C; 2O8U A; 1MBM A; 2STB E; 4DCD A; 2C8Z B; 1YLC A; 4FVB A; 1JRS A; 3M7Q A; 1D6R A; 1W0Z U; 3RXB A; 5GIB A; 5T6F A; 1GGD B; 2H9H A; 1C2D A; 1P0S H; 1S84 A; 2HAL A; 1EAS A; 1NT1 A; 4IBL H; 4O97 A; 2XXL A; 3PLB A; 2LEL A; 4BNR A; 5J4S A; 3RXT A; 1EFR D; 3TK9 A; 2KZ4 A; 3GCT G; 1FY1 A; 1BRB E; 1JIM A; 4NA9 H; 4XD7 D; 1MU8 B; 4GSO A; 4YOJ A; 1HIA B; 2OC0 A; 1W10 U; 2H1U A; 4ABI A; 3MQK C; 4R0I A; 1AUT C; 1THR H; 2JIZ D; 2WPL S; 1DPO A; 1O2R A; 1SGC A; 3T28 A; 2P94 A; 3M3S A; 4YLU A; 1LHE H; 4ZHM U; 3RP2 A; 1QTF A; 2PKS B; 2A32 A; 4FU7 A; 3TH2 H; 1BJV A; 3D65 E; 3T62 A; 1JBU H; 3SUG A; 2GD4 B; 2RDE A; 1BTZ A; 1SG8 B; 1QJ1 B; 1L2E A; 4BXS A; 1IQE A; 2Y82 A; 1BBR K; 1NRN H; 4AN7 A; 2SNW A; 3NK8 A; 2BDH A; 3TJO A; 2V6N A; 1XUI A; 3BSQ A; 3HK6 B; 4E05 H; 5EIY A; 3O8C A; 2FEQ H; 3OY5 U; 1CT0 E; 1TMB H; 1YPJ H; 3KQB A; 1UVU H; 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