3EBAB

Cabhul6 fglw mutant (humanized) in complex with human lysozyme
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title General Strategy to Humanize a Camelid Single-domain Antibody and Identification of a Universal Humanized Nanobody Scaffold
pubmed doi rcsb
molecule keywords CAbHul6
molecule tags Immune system/hydrolase
source organism Camelus dromedarius
total genus 39
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3ebaB00
1XEKA 3FI7A 1YL0X 1VAUA 2F4GA 3B0KA 4KPMA 1JKBA 1QSWA 4XJDA 1JWRA 3AW6A 1GHLA 2HU3A 4NHQA 3WU9A 5LXWA 3QNGA 1JSEA 1JKCA 4PRQA 4HJZA 1GFUA 4LYZA 1G7LC 1KIRC 4HJYA 1LJFA 3A92A 1GFRA 2BQHA 4H91A 5KXTA 1IVMA 1GDXA 2W1XA 1CKCA 3A3RX 5EBHA 1G7IC 4J7VA 1OUBA 4H1PA 2D6BA 3SP3A 3A6BY 4H94A 1VFBC 5LYZA 1V7SA 4G4BA 1DZBX 5I4WA 4YOPA 2FYDA 1J1PY 1GF9A 1UIAA 1VDQA 4IATA 2GV0A 3HBHA 1VDPA 2ZWBA 4DC4A 3HBEX 1BB4A 1D6PA 2H9JA 2HECA 1MELL 3WH1A 4AXTA 4ET9A 4HPEA 4MR1A 134LA 4XENA 5APFA 3HBDA 2BQGA 4OWHA 2N5ZA 3N9EA 4CFOA 1LZAA 2I26L 4WM2A 2MEIA 5B06A 1IOTA 1OUHA 1OUCA 1XGTC 3VWOA 3IWRA 4LT2A 2YBLA 1CNSA 1DXJA 1LZYA 5I5QA 3CSZA 3WW5A 4YEOA 3AGHA 1GF6A 1I56A 2Z2FA 4HTNA 1GFJA 1LZEA 4LYOA 2BQFA 4PPOA 3ATNA 2BQAA 4TX7A 4HP0A 1UICA 2EIZC 4TSBA 5AMYA 1GF3A 3QE8A 5DM9A 1T6VL 1FBIX 1HSXA 1GEZA 1XGRC 2H5ZA 2ZIKA 3LZTA 1HHLA 3M3UA 1LOZA 2FYCA 4NSGA 4H9BA 1C08C 3EXDA 1IP7A 4WO9A 5C6LA 3EBAB 4G4HA 5KJ9A 1LSDA 5E9RA 2W1LA 1HEMA 1B7PA 4WM5A 1NDGC 1GF0A 1HMKA 2BQJA 2Y8PA 1V7TA 3D9AC 1ALCA 3P65A 5HMVA 1B2KA 2ZIJA 1LSCA 5KXZA 1IWUA 1DI3A 4EOFA 2HUBA 2Z2EA 5F9XA 4G9SA 3WULA 1IR7A 2LYOA 1FKQA 2NWDX 1GF7A 1LAAA 4DWXA 3N9AA 3ATOA 5D5FA 4Z98A 3LYOA 4H8ZA 4XN6A 6LYZA 4BAFA 2DBTA 1IWXA 2I25L 5I4YA 1BB6A 4GCFA 2ZNXY 1GE2A 1YKYX 5J7CA 5I4XA 3LYZA 4BADA 4ET8A 5HMJA 2LZ2A 1IWWA 1LZTA 4LGKA 5KXRA 1GFTA 1LZ6A 1LZCA 4QY9A 1YAOA 5KXSA 1FN5A 2LHMA 4CGEA 1PZYA 4H9EA 4PRUA 2ZQ4A 1F6RA 4LT0A 1BHZA 2XBRA 5IDDA 1EL1A 1EQ4A 1Z55A 4C5FA 4WMGA 1EQ5A 1GB8A 1KIPC 1AKIA 1LYSA 4WG1A 3TXJA 3A6CY 3IJVA 3P64A 4HSFA 4UWUA 5FHWA 1B7MA 5A3ZA 5KXPA 5HLLA 1D0LA 4WOAA 5ILFA 1LSAA 5FEKA 4H8XA 4NGOA 2HEEA 1REZA 4LYMA 1J1OY 1IP2A 4R6CA 5B07A 3KAMA 5IELA 5FSTA 1JSFA 3A3QA 1AZFA 1WQMA 4DD2A 1LZ1A 4H8YA 3AW7A 3W6AA 4DD1A 1XGQC 2F4AA 4TSCA 2MEBA 4NEBA 1OP9B 2Z19A 3ZEKA 1D0MA 5IHGA 1REXA 4GLAA 1IP1A 2RSCA 3W6DA 4N1CC 2Z12A 4NWEA 4HV1A 2DQEY 3BKVA 1JTTL 3G3AB 5F14A 1GB7A 1VDTA 1G7MC 3HFMY 4G4CA 4DD9A 5I54A 3RZ4A 2HU1A 5FCPA 208LA 2YBNA 1A4VA 3A95A 1QIOA 3MGWA 2F2NA 1WTMA 1DI4A 5LYTA 1UIBA 1C43A 4DD3A 1B7QA 1QDRA 2D91A 2LYMA 3N9CA 3AGIA 8LYZA 4H93A 1LMTA 4TTDA 2BQMA 3TXEA 1LZBA 3TMUA 1IC4Y 3WPJA 5F9UA 1LZ8A 4ZEEA 1HFZA 2IFFY 1GBZA 2BQIA 2MEAA 1GXV2 2AUBA 2CWIA 2Z37A 1IWYA 2LZTA 1IC5Y 194LA 1GBOA 1RCMA 1OUJA 3TXDA 1LHLA 5F16A 4BS7A 3ZVQA 4RLNA 4D9ZA 4CJ2A 2FBBA 1GB5A 1BB5A 5DN5A 1HNLA 4NWHA 1EQEA 3OJPA 1WVVA 2BQKA 5KKIA 5LAFA 5KXWA 1WQOA 1GFGA 4U3XB 1ZMYL 4EMNA 1FLWA 1JKDA 1GB9A 2MECA 2DQJY 4WM3A 4TUNA 3LYMA 1AT6A 4ETAA 1H87A 5APCA 1HC0A 1B7LA 3E3DA 5B1FA 1TBYA 4WG7A 1B0DA 3WVYA 1I20A 1KXXA 7LYZA 5B1GA 3TXKA 5LVGA 3AB6A 1OUAA 1QUTA 1DQJC 1SQ2L 4GN3A 5E4PA 3W6CA 5II3A 1GE3A 1JPOA 2BAAA 4XYYA 2YBJA 2CJLA 5APEA 1BQLY 1INUA 3RNXA 1LSGA 1QTKA 1O23A 1JTPL 4NGYA 4WL7A 1AM7A 3T36A 1HMLA 1JUGA 1FLUA 4HTKA 4NGZA 4R0FA 4RW2A 1ZV5L 3WMKA 1DPWA 3TMWA 3F6ZA 1XGPC 1CJ9A 2DQGY 2DQIY 1CJ8A 4NGKA 1HSWA 1B7SA 2FBDA 4J0LA 4WO6A 2G4NA 3LN2A 4WLXA 5HNCA 1G7JC 4LT3A 1GF8A 1YAQA 2D4KA 4Z3MA 1CKFA 1B5VA 5D5CA 1WQNA 5LAGA 5L9JA 3CSQA 4H92A 1CJ7A 2MEEA 3GXKA 1VEDA 1VATA 1XFPL 4NSIA 2XTHA 4QDNA 3TMXA 1FLYA 2BLYA 4NHIA 4ZFPA 4FJRA 4LFXA 1TDYA 1J1XY 5FDJA 2HEAA 1CJ6A 1KIQC 4LZTA 1C7PA 3B0OA 1RFPA 3AZ4A 1F0WA 1QSAA 5HNLA 1UA6Y 4XJIA 2ZYPA 4G49A 2YDGA 1HEOA 1FDLY 4LFPA 1GEVA 3CT0A 3P4ZA 5I53A 2YVBA 4A7DA 5KXKA 1LHMA 4GCBA 1LJHA 3CT1A 5B05A 1D9UA 4YENA 5ILCA 1YKXX 1B5YA 1RI8B 2BQBA 1WQPA 3WXTA 5A3EA 1OUIA 4MSTA 4NGWA 4LYCA 1IOCA 1UBZA 3M18B 4PHIA 1GE0A 4NFVA 1T3PA 5APDA 3T6UA 5DN4A 1BWIA 2EPEA 3WPKA 5K7OA 4OOTA 3K3TA 4QGZA 1IOQA 4B4EA 1IP6A 1CKGA 2EQLA 2Q0MX 2YSSC 5KXLA 153LA 4C3WA 2C8PA 2HEDA 2Z18A 4RLMA 5LIOA 4OOOA 1IP5A 1JISA 1GF5A 3B6LA 4H90A 5KXYA 4ETBA 1OUFA 4B4IA 4O34A 1LKSA 1GE4A 1LSEA 2CDSA 3TXGA 4N5RA 3J4GA 1GWDA 2A7FA 1DI5A 1NF5A 1JJ0A 1NKHA 4AGAA 1IR9A 3W3EA 4NSJA 3AZ6A 1C10A 5KXNA 4NSHA 5L3IA 1LZGA 4NHSA 1A2YC 1W6ZA 2BPUA 2DQHY 2DQDY 1LSPA 1LJGA 3ZVQB 1XGUC 1QTEA 1GDWA 1KXWA 1OUEA 1IORA 3CB7A 1LZ9A 5LA5A 2PC2A 1GB6A 1F6SA 1IX0A 4GN5C 2MEDA 1IP3A 1QUSA 1LKRA 3P66A 2MEGA 1HERA 1LHKA 1WVUA 5HQ1A 4OWBA 5FELA 1CKHA 1GFVA 1UACY 1IY4A 1C46A 3CT5A 1B5ZA 1OUDA 4OW1A 4YEMA 4NG8A 1XSFA 2W1MA 1TCYA 2ZQ3A 2BLXA 2IHLA 3WXUA 4B1AA 4NGJA 3J6KA 1BGIA 2C8OA 1WQQA 1LHHA 2D4JA 1B5WA 1HEWA 4N9RA 1ZVYB 2HTXA 5KXXA 1D0KA 1CKDA 1JEFA 1LMAA 1YIKA 1JJ1A 4LT1A 1UIEA 4ANRA 4NHPA 1GF4A 4N0JA 2XJWA 1PS5A 1LYZA 1LHJA 4N1EI 2G4PA 1GFHA 2B5ZA 2BQOA 4H9FA 5LVIA 1HFYA 3QY4A 3B0IA 4DDBA 1YAPA 4IJ4A 1LJEA 4ETCA 1JITA 4DD7A 3EO5A 4KXIA 1B5UA 4OWEA 4DDCA 1GB0A 2F30A 2MEFA 1LSMA 1JIYA 4LYTA 1IEEA 4J1BA 4ETEA 1G7HC 5LVHA 4IASA 1GBXA 4YF2A 4OWAA 4Z46A 1GFEA 3W6FA 1YILA 3CSRA 3WU7A 1GAZA 4MCKA 4W94A 4DD0A 1LJKA 1JHLA 1DPXA 1FLQA 1LJ4A 2DQAA 1GPQC 4I0CA 4NGVA 4B49A 1XEIA 3BKHA 1LMNA 4H9IA 3FE0A 3LYTA 4OWCA 4UWVA 4YM8A 4DYGA 2DQFC 4J1AA 3TXHA 4H9AA 6LYTA 1IR8A 1YL1X 1YKZX 1I1ZA 1LZRA 154LA 1BWJA 1GD6A 4RW1A 3CQLA 1GAYA 1BVKC 1GFAA 4HJVA 2WARA 1GBWA 3OK0A 4H9CA 1QDTA 3AJNA 1SLYA 1JJ3A 1JKAA 1GB2A 4RDSA 3AYQA 4TWSA 1REMA 3TXFA 4XJBA 2HEFA 1F10A 3WYHA 3A67Y 3WVXA 2DQCY 2MEHA 3G3BB 1HELA 1OQMA 2I6ZA 1NBYC 4GCEA 5C6IA 1H6MA 1LJIA 1HFXA 1UUZC 2A7DA 135LA 3RU5A 4WM6A 4XADA 1UIFA 1LCNA 4NHTA 1BWHA 4LYBA 2HEBA 1RJCB 1NHEA 1IOSA 3WPLA 4P2EA 3TMVA 1DKKA 2EKSC 1B9OA 1REYA 3EMSA 1FKVA 1LMCA 4XJHA 2ZNWY 132LA 3P68A 1GBSA 1E8LA 1WTNA 2XBSA 4HPIA 3W6BA 4W96A 1GFKA 4PGJB 4GLVA 4E3UA 3TXBA 1AT5A 2D4IA 2W1YA 3RW8A 4CFPA 5KY1A 3A34A 4UWNA 1YAMA 1QQYA 1DKJA 1B7OA 2YBIA 2ZILA 5KXOA 1IY3A 4GN4A 5L3HA 4NIJA 5M1YA 3LZ2A 4Z41A 4CHXA 1UIGA 2BQDA 3WW6A 1LSFA 4B4JA 4KT3A 1XEJA 4H9HA 1LJJA 1KXYA 1GE1A 5F81A 4M6DA 2LYZA 4ETDA 4ZIXA 4WL6A 1HENA 1TEWA 1NDMC 4N8ZA 1LZ5A 1LYOA 4WLTA 5JENB 4GCDA 1IWTA 1LZ4A 1GBYA 1UIHA 4WLYA 1BVXA 4PJ2C 4XJGA 5KXMA 1NMMA 1TAYA 1LMQA 3W6EA 3LHMA 1LJNA 1LMOA 4WM1A 3WL2A 4DT3A 5DLAA 5LVKA 3D3DA 4X3BA 1D6QA 5LINA 1BB7A 3A91A 3B72A 4HV2A 1UCOA 1C45A 1LZSA 1GB3A 1IP4A 3A94A 2YBMA 1ZVHL 4II8A 4WM4A 1LZDA 1OUGA 3AGGG 1B5XA 4NY5A 3WUMA 1BB3A 2X0AA 3GXRA 4ML7A 4NGIA 1GXXA 2BQCA 1B7NA 4XJFA 1IIZA 1LPIA 2G4QA 3AZ7A 4L41A 1UIDA 1WQRA 1LSYA 1LTMA 5T3FA 5DL9A 3WUAA 5LYMA 3A93A 5LVJA 1N4FA 1LSBA 2BQEA 4GCCA 5B59A 3IJUA 1HEQA 1IWZA 1YANA 3A8ZA 1LMPA 1MLCE 1JTOL 4I8SA 1IC7Y 1NQIA 1LJ3A 2DKVA 3TXIA 1HEPA 1LSNA 3AZ5A 1LYYA 1YROA 4M4OA 3WUNA 9LYZA 3A96A 4KL7A 2H9KA 133LA 2YBHA 4DDAA 207LA 1NWGA 193LA 4B0DA 4BAPA 3A90A 1LZNA 1YQVY 1LSZA 1NBZC 2ZYCA 5LA8A 1B7RA 4NGLA 4WLDA 2BQNA 1RE2A 1HF4A 3RT5X 3ULRA 1IO5A 3WU8A 5C6JA 1P2CC 5KKJA 4QEQA 4HTQA 2Z39A 4NG1A 2VB1A 1W08A 1LHIA 1UC0A 2BQLA 1VDSA 1IWVA 2CGIA 2Z38A 4FDYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
251LA 1YL0X 1VAUA 1L99A 1QSWA 4XJDA 1JWRA 4NHQA 5LXWA 209LA 1JSEA 3QNGA 4LYZA 150LA 4HJYA 1LJFA 3G3VA 255LA 3A92A 1GDXA 213LA 4H1PA 4H94A 167LA 3EMLA 4W53A 1J1PY 1LYHA 4W56A 178LA 1VDQA 2GV0A 3HBHA 1VDPA 2RBQA 3HBEX 1BB4A 4AXTA 1L96A 2BQGA 258LA 1LZAA 2MEIA 3SB5A 2XQOA 3L64A 1CNSA 1LYGA 3SN6R 2OU8A 1P6YA 3AGHA 1GF6A 1I56A 2Z2FA 4HTNA 3ATNA 2B75A 2BQAA 1QSQA 5DM9A 1FBIX 2ZIKA 221LA 118LA 2FYCA 2B70A 4WO9A 1HEMA 1B7PA 1KS3A 2Y8PA 3C7YA 1V7TA 5HMVA 140LA 2HUBA 1C6MA 2NWDX 4DWXA 4Z98A 3LYOA 4XN6A 3HH4A 1L50A 5I4YA 2ZNXY 1GE2A 1L51A 4ARJA 4ET8A 5HMJA 2LZ2A 4EKSA 1GFTA 2LHMA 5IDDA 1CU5A 4C5FA 1L44A 3IJVA 4HSFA 165LA 5ILFA 1TLAA 4NGOA 1WTHA 1REZA 138LA 3KAMA 1AZFA 1WQMA 108LA 2O4WA 1LYFA 3FI5A 4DD1A 4LZMA 1XGQC 2RBPA 3ZEKA 3DN6A 2Z19A 1REXA 4GLAA 2RSCA 1C62A 2OE9X 4HV1A 2DQEY 1QT6A 3BKVA 1PQDA 1GB7A 1CTWA 1L21A 3HT9A 2HU1A 1JTMA 208LA 4ARLA 1WTMA 1C43A 4DD3A 1CV5A 3N9CA 1IC4Y 3WPJA 5F9UA 1L65A 1ZURA 1GXV2 2AUBA 2LZTA 1GBOA 1OUJA 5F16A 1G07A 4RLNA 1EQEA 3OJPA 2BQKA 3GUIA 4U3XB 2B6XA 1FLWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XEK A;  3FI7 A;  1YL0 X;  1VAU A;  2F4G A;  3B0K A;  4KPM A;  1JKB A;  1QSW A;  4XJD A;  1JWR A;  3AW6 A;  1GHL A;  2HU3 A;  4NHQ A;  3WU9 A;  5LXW A;  3QNG A;  1JSE A;  1JKC A;  4PRQ A;  4HJZ A;  1GFU A;  4LYZ A;  1G7L C;  1KIR C;  4HJY A;  1LJF A;  3A92 A;  1GFR A;  2BQH A;  4H91 A;  5KXT A;  1IVM A;  1GDX A;  2W1X A;  1CKC A;  3A3R X;  5EBH A;  1G7I C;  4J7V A;  1OUB A;  4H1P A;  2D6B A;  3SP3 A;  3A6B Y;  4H94 A;  1VFB C;  5LYZ A;  1V7S A;  4G4B A;  1DZB X;  5I4W A;  4YOP A;  2FYD A;  1J1P Y;  1GF9 A;  1UIA A;  1VDQ A;  4IAT A;  2GV0 A;  3HBH A;  1VDP A;  2ZWB A;  4DC4 A;  3HBE X;  1BB4 A;  1D6P A;  2H9J A;  2HEC A;  1MEL L;  3WH1 A;  4AXT A;  4ET9 A;  4HPE A;  4MR1 A;  134L A;  4XEN A;  5APF A;  3HBD A;  2BQG A;  4OWH A;  2N5Z A;  3N9E A;  4CFO A;  1LZA A;  2I26 L;  4WM2 A;  2MEI A;  5B06 A;  1IOT A;  1OUH A;  1OUC A;  1XGT C;  3VWO A;  3IWR A;  4LT2 A;  2YBL A;  1CNS A;  1DXJ A;  1LZY A;  5I5Q A;  3CSZ A;  3WW5 A;  4YEO A;  3AGH A;  1GF6 A;  1I56 A;  2Z2F A;  4HTN A;  1GFJ A;  1LZE A; 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 1NDM C;  4N8Z A;  1LZ5 A;  1LYO A;  4WLT A;  5JEN B;  4GCD A;  1IWT A;  1LZ4 A;  1GBY A;  1UIH A;  4WLY A;  1BVX A;  4PJ2 C;  4XJG A;  5KXM A;  1NMM A;  1TAY A;  1LMQ A;  3W6E A;  3LHM A;  1LJN A;  1LMO A;  4WM1 A;  3WL2 A;  4DT3 A;  5DLA A;  5LVK A;  3D3D A;  4X3B A;  1D6Q A;  5LIN A;  1BB7 A;  3A91 A;  3B72 A;  4HV2 A;  1UCO A;  1C45 A;  1LZS A;  1GB3 A;  1IP4 A;  3A94 A;  2YBM A;  1ZVH L;  4II8 A;  4WM4 A;  1LZD A;  1OUG A;  3AGG G;  1B5X A;  4NY5 A;  3WUM A;  1BB3 A;  2X0A A;  3GXR A;  4ML7 A;  4NGI A;  1GXX A;  2BQC A;  1B7N A;  4XJF A;  1IIZ A;  1LPI A;  2G4Q A;  3AZ7 A;  4L41 A;  1UID A;  1WQR A;  1LSY A;  1LTM A;  5T3F A;  5DL9 A;  3WUA A;  5LYM A;  3A93 A;  5LVJ A;  1N4F A;  1LSB A;  2BQE A;  4GCC A;  5B59 A;  3IJU A;  1HEQ A;  1IWZ A;  1YAN A;  3A8Z A;  1LMP A;  1MLC E;  1JTO L;  4I8S A;  1IC7 Y;  1NQI A;  1LJ3 A;  2DKV A;  3TXI A;  1HEP A;  1LSN A;  3AZ5 A;  1LYY A;  1YRO A;  4M4O A;  3WUN A;  9LYZ A;  3A96 A;  4KL7 A;  2H9K A;  133L A;  2YBH A;  4DDA A;  207L A;  1NWG A;  193L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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