3H4ZA

Crystal structure of an mbp-der p 7 fusion protein
Total Genus 167
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
167
sequence length
568
structure length
568
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAADPIHYDKITEEINKAVDEAVAAIEKSETFDPMKVPDHSDKFERHIGIIDLKGELDMRNIQVRGLKQMKRVGDANVKSEDGVVKAHLLVGVHDDVVSMEYDLAYKLGDLHPNTHVISDIQDFVVELSLEVSEEGNMTLTSFEVRQFANVVNHIGGLSILDPIFAVLSDVLTAIFQDTVRAEMTKVLAPAFKKELERNNQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Allergen
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with Allergen DERP
publication title The structure of the dust mite allergen Der p 7 reveals similarities to innate immune proteins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 167
structure length 568
sequence length 568
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF16984 Grp7_allergen Group 7 allergen
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.15.10.50 Alpha Beta Super Roll Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 Bactericidal permeability-increasing protein; domain 1 3h4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3h4zA01
4IO7A 1D4NA 1HSLA 2QS4A 4AB5A 3EF7A 1R9LA 3IK6B 2PVUA 3GXAA 3IL1B 2NUVA 2HAUA 4RK2A 1MQDA 2VP1A 2GFEA 3E4RA 1LAFE 1MM7A 3A09A 3C34A 1PEBA 4ZEFA 1I69A 2DWHA 2I3VA 2QSXA 3TAJA 3G3IA 4OFOA 5BWJA 1MY4A 1NFTA 5I56B 1OMPA 3K6WA 1N7WA 4FATA 1OLAA 4M4GA 4G68C 2VD2A 5FHOA 4WEPA 2DQVA 2F34A 4DZ1A 4IGTA 3O9PA 3M3LA 3WAEA 1PB8A 1R9QA 4FEDA 1QUIA 1Y3QA 2KLFA 3V83A 4KCCA 1JNFA 4G4PA 3RLFE 4F1YA 3CFXA 3OO8A 4MLQA 3MWBA 3FJMA 1B3FA 4GIZA 1MQGA 3CG3A 3MVXA 3S4UA 4F29A 2DWJA 4HTGA 3FXUA 1MXZA 2UVHA 3DP8A 3JV9A 4N07A 1LB9A 2AL5A 3O2AA 3FVNA 2V93A 3PV0E 3HPIA 2CZLA 2H99A 3PUVE 4R72A 3QIMA 4NWCA 3L6HA 1MPDA 4NF5B 3ODBA 3S9MC 3I5OA 5KCJA 3LR1A 4UA8A 4XIGQ 4ESWA 4GXSB 4DLDA 3MP1A 1Z7NE 3OOAA 3UK4A 4X48A 4BDMA 3RY3A 2I3WA 4XKRA 1QUJA 3SETA 1JW5A 5H8QB 3HCQA 3DELB 1A55A 2Z8FA 1NH7A 1M5EA 5H8HB 4X9TA 1MH4A 1MXYA 2XHDA 4QSEA 5CMBA 2PX1A 4NE4A 4F22A 4HW8A 3LSXA 2V3QA 5H8NA 3GLBA 3MZ1A 5IKBA 2X7QA 3T9VA 2PMSA 2F5XA 2A5SA 1B3LA 2F8DA 4QSDA 2VD3A 2I48A 1FQCA 2ONKE 3TDJA 5EHMA 2F78A 5I2NB 1URGA 2Y7KA 5JTYB 4R9FA 4K3FA 3H6UA 4E0WA 1UQWA 1A8FA 4L17A 1R6ZA 4Q0CA 1MRPA 4RA1A 4R6KA 4YKPA 1B05A 2DWIA 1HSJA 5F1QA 1WDNA 4JWOA 3EHUA 3QAXA 5JK4A 4ZE9A 4ONYA 2R71A 1H44A 4G68B 4NF6B 1MS7A 3W15C 4ZEDA 3E3KA 3TUSA 3U8QA 1D3KA 2A5TA 1MQIA 3TKDA 3RT6B 5I59A 1B7ZA 3SESA 3MC2A 1M5FA 4GL0A 4OMBA 3K6XA 2FNCA 1B1HA 3H6VA 4IY6A 1SW2A 4QFKA 1MY3A 2OK2A 4FECA 3PD9A 3O6IA 2O6AA 2HAVA 4TLMB 3KBRA 1ZKBA 4LONB 4X1BA 3K2DA 3SEWA 1Y3NA 3C31A 3SEXA 1MY0A 4GFRA 4BDRA 2XX7A 5L9SA 1SW1A 4LATA 3G3KA 4PFUA 4F2OA 4NF8B 4ZZAA 1PDAA 1PC3A 4G77A 4NEDA 4U23A 2FYIA 5L9OA 2I6EA 5AE4A 1URSA 3OEMA 3HO7A 1ZIUA 4GQOA 2ZYMA 2ANJA 1JEVA 3BBRA 5CC2A 3MP6A 3ZS6A 1URDA 2AYSA 1ZBMA 3JZJA 2I4CA 4JSOA 4JBZA 4QFPA 1NNFA 2Z8DA 1B0HA 1I6QA 4POXA 4H6DA 2H5YA 4IGRA 3SEYA 1MH3A 1DPPA 3C4MA 3TMGA 1YTVA 4LZ7A 4F1UA 3H6WA 3SDFA 4XXUA 1ZU0A 4RXLA 3B6WA 3CFLA 4OENA 1BTJA 2YLNA 4LVQA 2RC7A 3A3UA 1Y4CA 3ILUB 1SI1A 3VVEA 5TP9A 3UORA 5KCJB 4ELPA 1DOTA 4QRZA 3LSFB 4OETA 4X1DA 2I49A 1XVYA 4N13A 1II5A 4IO2A 1CE2A 3MVWA 4Z0IA 5TPAB 1FTMA 2DXYA 4YKKA 3RTFB 3ECRA 2RCBA 3CSBA 3GBAA 5I57A 4WKMA 3S9LC 4P0IA 1FTKA 3H3GA 3D4CA 2HQ0A 3KN7A 4OTEA 3TTKA 4JSDA 2R9JA 1MY2A 1MPBA 3IJXB 4QSCA 2XD2A 3TCFA 5ISUA 3OO6A 5B70A 2UYFA 5H8NB 3T96B 5CMKA 4THIA 3QK6A 4RPOA 3LSWA 5J1DA 2F7CA 3Q29A 1GTKA 4LP2B 4N6PA 2NVUB 5CI5A 3KSXA 5ICQA 1MXWA 2QJEA 4LA9A 4EF2A 3IB0A 3G3FA 4TLLB 1MY1A 1UTBB 4YKIA 2FA7A 1JVXA 3PPQA 4F31B 1MQHA 1OVBA 2Q2CA 1FTLA 3B6TA 2XXQA 1LFHA 5JEIA 4H8JA 1USYH 4I9DA 5TU0A 1FCKA 3MAMA 1LCFA 1LAGE 3MP8A 3GZGA 3Q27A 5FHMA 2P0SA 5H8FA 5I2KA 3PMXA 2NXOA 2O1MA 4Q30B 4IO4A 5I59B 4GWOA 4AQ4A 3QUJA 3USDA 4OEUA 3BFUA 4GL8A 3O28A 2H98A 2XXXA 1P1WA 3UIFA 4EXKA 1XS5A 2D5WA 3IO4A 3C36A 1M5DA 5FTHA 1B52A 4IO6A 1KWHA 3SEUA 3IX1A 3G3HA 5DYHA 3MQ9A 3TCHA 1QKAA 5DEXA 4U2RA 3RT8A 5DTBA 2DE3A 5ITPA 4DIGA 4OVJA 4LZ5A 2QMXA 1N3WA 3LUYA 3OSQA 3IR1A 4HCWA 4C1UA 3U72A 1DMBA 4R75A 1LLSA 4F3PA 3IB1A 1B51A 4FORA 4ZZEA 3FXRA 3K02A 3H4ZA 5LOMA 2QS3A 1Y1MA 3H7MA 4OYVA 2H9BA 1OIBA 2QRYA 4JB7A 1OQHA 1SYHA 3IOUA 5BUUA 3G7WA 1ATGA 1QW0A 3N94A 2OLBA 1TT1A 5FTIA 5TP9B 2PT2A 1MDP1 3P7IA 5CRYA 3SEVA 4ZEBA 2B3FA 1PBQA 2ALUA 4R9GA 3FV1A 3ZSFA 3VV5A 2Y7WA 3N26A 3SKPA 3WAFA 1B46A 3I3VA 5AA1A 1MDQA 1SBPA 3PPNA 5I57B 3T9UA 3OO9A 1XC1A 2Z23A 4KR5A 3UP9A 3VVDA 2DWAA 2THIA 3VLUA 2G93A 4NWDA 3OMBA 3K01A 2PBWA 2F97A 3RGYA 4H0WA 2V3TA 4LZ8A 1MQJA 2XX9A 4Q8RA 2VGQA 4GOTA 2HEUA 2E1SA 5ELVA 4R6YA 4GRKA 2Q8JA 4AB6A 5DT6A 4YB5A 3U94A 2NOOA 4XTCQ 3V89B 5CMMA 3PMWA 2RKMA 3TTRA 4I1DA 3MZ9A 2NWJA 2XXHA 4GVOA 2ZXTA 3AXFA 1DSNA 4G2ZA 3RNNA 4XKPA 4OQOA 3IAZA 4YU0A 4O3CA 2XXVA 1FQBA 4LQ2A 3N5LA 1BKAA 3RUMA 1IQ7A 2Q88A 3KEIA 1B5IA 4P11A 4MFIA 3QUFA 2QL3A 1Q35A 4KYDA 1IXCA 2O69A 2Z8EA 4IY5A 5HM4B 4EQ9A 1FQFA 1UTHA 2ZNSA 4ISUA 1VSOA 1NNPA 2YJPA 1JETA 4RNSA 1N7XA 3OXNA 5A5XA 3FASA 3K4UA 1MXUA 1B3GA 1YCJA 3MVZA 3E9XA 4KD5A 3T66A 3R6UA 4ELOA 3FVGA 4KQPA 3VDFA 4H5GA 5I84A 2H25A 3TTLA 2DP8A 2HCAA 4Z7EA 4I62A 3K1PA 4OFLA 3U92A 1I6AA 3IORA 2Q2AA 2XXWA 1F9BA 3HHFA 1TWYA 2DSFA 2Q9TA 3Q28A 1AH5A 3KGCA 4KYSA 2OWSA 3FZVA 2F7AA 5AA2D 3MJNA 2W7YA 2DXRA 5DVJA 3IOVA 1VFEA 1IITA 3CI8A 4MLVA 3UGWA 5L9MA 4PETA 3C9HA 4HCYA 2HZKA 1L5TA 4NTLA 1FW0A 2DE2A 5I56A 1FQAA 3FIRA 3CSGA 3G3JA 2ZNUA 5M2VA 4KCDA 5DVIA 1ZLQA 3HV1A 1LSTA 3PUZE 3C33A 3QYTA 1B6HA 3EPEA 3VFJA 1POTA 3H6TA 1HSEA 4C1TA 4KPTA 1QJMA 1OVTA 1LAHE 5KDTA 1ZMGA 3EN3A 1N0TA 1SW4A 2UVIA 1B5JA 3K00A 4HS7A 1YAEA 3CR9A 4MBPA 1YPNA 3FGSA 1P1NA 1POY1 1QULA 3O97A 1Y9UA 1RKMA 4QF9A 1JVYA 3RPWA 4BDOA 3K1MA 3TQWA 1Y20A 3K1NA 3MZBA 3CFZA 4H65A 2VHAA 1QVSA 4R2FA 4EF1A 2B65A 3T22A 4FJPA 2OWTA 1PB9A 4BLAA 3UA8A 4F3BA 2HXWA 2I0CA 1B7HA 1BLFA 3G3GA 2QS2A 1H43A 3T93B 1IXIA 4GD5A 2Y7RA 5IAIA 5HPQA 1LBBA 3PD8A 2DOJA 4KHZE 1VR5A 4O3BA 2LAOA 4ELQA 3V8XB 2Z22A 1US4A 2DVZA 4DCXA 3LSLA 1MXXA 1O63A 2DS9A 1A40A 1ANFA 2QMWA 1B5HA 1R1NA 2OZZA 1MPCA 3BFTA 2ZNTA 4QFLA 1PB7A 3H06B 3UN6A 2I58A 2X7PA 2P2AA 2DE4A 1NKXA 1S7YA 3O6HA 4OZ9A 3U93A 2RC8A 4XKQA 1UTHB 4KFQA 4IB2A 4ZE8A 1D9YA 4R6HA 2RCAA 1XVXA 2XXRA 2QS1A 1XOCA 5A5XB 1B3EA 3M3KA 5KZTA 4ND9A 1GR2A 3CVGA 3M8UA 2A5TB 2YPNA 1RYOA 1SVXB 4TQUQ 3C35A 3IO6A 4JWYA 4F1VA 4PE5B 3KJ7A 5CM6A 5CBRA 4WXJA 3R7XA 4YMBA 1A54A 4E0XA 3M3FA 1PBPA 4DXUA 5I2NA 3TODA 2O68A 2P1SA 3B6QA 1IXGA 5JTYA 2DYXA 3BKIB 2DVCA 2F6GA 4F19A 3TFLA 4YKJA 4EXLA 1DPEA 4XKNA 1P1OA 1XT8A 4RY1A 4PFWA 3LC8A 4GF8A 1O64A 4G8MA 1JW1A 3PUWE 3FJGA 5ITOA 1BIYA 3Q25A 1ZJLA 1XHYA 3KSJA 1BP5A 4EQBA 2E0SA 4OESA 3ILTB 4DXBA 5HBCA 4F39A 4IO5A 4I8CA 2RC9A 5AA2A 5EHSA 4OEVA 3HN0A 3E13X 4KYEA 2ONRA 3K6VA 3PPPA 1B7UA 1UIUA 3HHGA 3OSRA 3FUZA 3W9VA 4DXCA 2I4BA 1B32A 3QSLA 4OWDA 4PQJA 4DE8A 5AA3A 1GGGA 1T0KA 1MM6A 1B0LA 3H03A 2ZYKA 3T9HB 3ONMA 1VFDA 3QXMA 5L8DA 4O3AA 3PMVA 2UVJA 3PUXE 1FQEA 3KOTA 5KDTB 1OLCA 3ZKKA 1TFDA 4NF8A 4IO3A 1SYIA 1AOVA 4H5FA 4NF4A 4M1VA 4U4SA 1AL3A 4U4XA 1JW4A 1S50A 2XXUA 1LAXA 2O7IA 1DTGA 1RYXA 3I6VA 3KN3A 4QFOA 2REJA 1P1UA 4U1OA 2F6PA 2RF1A 4ZDMA 4H67A 3FVKA 1EH3A 4QHQA 3OELA 4FAJA 4ECFA 1SI0A 4EUOA 2CMOA 1FQDA 1P99A 4YICA 1N76A 2X26A 1NMUA 2WKYA 4OERA 2O84X 1LFGA 5EYFA 2QPQA 2XXTA 2XXPA 4POWA 3VVFA 2ABHA 3KOSA 2O51A 3CG1A 1Y1ZA 4R2BA 4JWXA 4RPNA 3OENA 1S9TA 1NL5A 4BDNA 3VLWA 3OEKA 2UVGA 1EU8A 1TXFA 5K2XA 5TPAA 4GXAA 3HSTA 3EHTA 4PP0A 3KFMA 3TEPA 1N84A 1Y4TA 2OBGA 3TZAA 2V3UA 4ZS9A 1IIWA 3GBBA 2PT1A 3EQ1A 1LB8A 5B7DA 3PPOA 3UV1A 1J1NA 3THIA 2Q89A 2GHAA 3FJ7A 1NH8A 1P1QA 3PUYE 3U1OA 5H8FB 5I2KB 3TTNA 1A99A 4YB7A 1QUKA 2D21A 5CMCA 3FATA 3O6GA 3VXBA 2REGA 5AA4A 2I0BA 3RTWB 4R74A 1UTBA 2HZLA 3DLNA 3MUQA 1DTZA 1B40A 1FTJA 3A3CA 3B7DA 1FTOA 1B1XA 1Y3PA 2O1LA 2O7UA 2XXIA 4U1ZA 5I58A 3S2VA 2H4IA 1O7TA 3PPRA 5H8SA 4PFTA 3IOTA 4C0RA 3VE1B 1IUDA 1TFAA 1OQGA 4QFNA 1A8EA 3TELA 2IEEA 3LBSA 3N6TA 1JEUA 2UXAA 4LQ5A 3KJTA 3PU5A 4F18A 1A7LA 1WODA 2OCUA 5DEXB 4RYAA 1WVJA 3F11A 1LFIA 5CBSA 3W9WA 2UYEA 4GLIA 2AL4A 1CB6A 3PGFA 4F2QA 2M8CA 5AA2B 1LGBC 4NMYA 3N6UA 1B9JA 1B4ZA 3KN8A 2AIXA 3FVOA 3T9XB 1I6BA 4WEDA 3CIJA 4H1XA 1GV8A 4BDQA 2ZYOA 4YZZA 4Q5TA 3DP4A 3KG2A 2V84A 2PYYA 3FV2A 3TYHA 4OXVA 2V25A 1SW5A 3TTMA 2R6GE 4NF4B 1AMFA 1SQYA 3MBPA 2IA4A 1IXHA 2ZYNA 4FIMA 3O29A 1GVCA 3K0VA 1H45A 2GHBA 3DM0A 3O66A 3OO7A 3MVYA 4ESXA 3D4GA 1SD3A 2XXYA 1B4HA 4RK9A 3Q26A 2GH9A 4OFJA 1QKBA 4H8IA 4UACA 1MG1A 4MH5A 4KI0E 2HFBA 1EZPA 1B58A 3OD7A 2Y84A 3S9EA 4G8HA 1VE4A 1AIVA 3IB2A 2XD3A 3CRBA 4MF3A 1LBCA 2Y7PA 1EZOA 1M5CA 4EDPA 2ONSA 3ZKLA 2XX8A 3K6UA 1Q1KA 3RN8A 1US5A 2D3IA 1B2HA 3VXCA 2F36A 3KZGA 1ELJA 2Y7IA 3TPAA 2F35A 4NF5A 2RINA 4DDDA 2ESNA 1NNTA 2GRVA 5F7VA 1UIVA 3MPKA 3TCGA 3SERA 1H3DA 4U21A 4YMAA 5K2YA 3JYRA 4RJZA 4ELRA 1N3XA 3C32A 1D9VA 1EZ9A 3IOWA 5H8QA 4P0GA 4G8NA 3TQLA 3FXQA 3L6GA 5H8HA 4BDLA 4OHNA 1JQFA 2B3BA 2VOZA 4ZEKA 1H76A 4ZECA 5AA4B 3VLVA 1LCTA 1N04A 4JXIA 1NNKA 4PFYA 4YB6A 1USYE 4F3GA 4TOZA 4R73A 4EQ7A 4U22A 5I58B 2OJTA 4JDFA 4FE8A 3V5AA 3MPLA 3FD3A 4LUBA 3RQTA 2BJJX 5ICTA 1B3HA 1SDXA 1M5BA 2ZMBA 3DP6A 4F3SA 4ZEIA 5FHNA 3IJOB 1IZ1A 4FEBA 1MXVA 4DCYA 3MW0A 4YAHX 5DVFA 3S9NC 1Z7ME 3EHSA 3R26A 1ZTYA 2G29A 4G68A 4NF6A 1IEJA 2F7BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4IO7A 1D4NA 1HSLA 2QS4A 4QBAA 2Q74A 4AB5A 3EF7A 1R9LA 3IK6B 2PVUA 2HXRA 3GXAA 3IL1B 2NUVA 2HAUA 4RK2A 1K9ZA 1MQDA 3A29A 1USVB 2VP1A 2GFEA 3E4RA 1LAFE 1MM7A 4MJOA 3A09A 3C34A 1PEBA 4ZEFA 1I69A 2DWHA 2I3VA 2QSXA 3TAJA 3G3IA 4OFOA 5BWJA 2XWIA 1MY4A 1NFTA 2WYPA 5I56B 1OMPA 3K6WA 1N7WA 4FATA 1OLAA 4M4GA 5IGAA 4GX3A 4G68C 2VD2A 5FHOA 4WEPA 4N6DA 2DQVA 2F34A 4DZ1A 4IGTA 3O9PA 3E8WA 3M3LA 4P9KA 4GWXA 3WAEA 1PB8A 1R9QA 1D9QA 4FEDA 1QUIA 1Y3QA 2KLFA 3V83A 4KCCA 1JNFA 4G4PA 3RLFE 4F1YA 3CFXA 3OO8A 4PF6A 2PFZA 4PDDA 4MLQA 3MWBA 5DW8A 4O7IA 3FJMA 2FVZA 1B3FA 4GIZA 4MIJA 1MQGA 4XEQA 3CG3A 3MVXA 5IZ3B 1NV3A 3S4UA 4F29A 2DWJA 4HTGA 3FXUA 1MXZA 2UVHA 3DP8A 3JV9A 4N07A 1LB9A 2AL5A 3O2AA 3FVNA 2V93A 3PV0E 3HPIA 2CZLA 4N15A 2H99A 3PUVE 4R72A 3QIMA 4NWCA 3L6HA 1MPDA 4NF5B 4DI4B 3ODBA 3S9MC 3I5OA 5KCJA 3LR1A 4PC9A 4UA8A 4XIGQ 4ESWA 4GXSB 4DLDA 3MP1A 1Z7NE 3OOAA 3UK4A 4X48A 3AOTA 1LEVA 4BDMA 3RY3A 2I3WA 4XKRA 1QUJA 3SETA 1JW5A 5H8QB 3HCQA 3FXBA 3DELB 1A55A 1FJ9A 4KXPA 2Z8FA 1NH7A 1M5EA 5H8HB 2VT5A 4X9TA 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