3I8DA

The pairing geometry of the hydrophobic thymine analog 2,4-difluorotoluene in duplex dna as analyzed by x-ray crystallography
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords Ribonuclease H
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3i8dA00
1C0UA 2FBYA 1NKBA 1RBUA 5J2NA 1RT1A 4OVLA 1UAXA 4RG8A 3U3GA 4O0JA 1ZBIA 1W9HA 3M8QA 5HRNA 4N56A 1JXBA 4CFAA 1REVA 3SNNA 3G10A 1IKWA 4IG3A 3THVA 1TK5A 4MFBA 4BDPA 1C1BA 2HHVA 2W42A 3K5OA 3QIPA 1RBRA 2HW3A 1EXQA 1HNVA 1VSEA 3HPHA 1WSHA 3S3MA 3ZSQA 3PX0A 3ZSRA 1U04A 3QEIA 1T7PA 4CERA 5FROA 3KTQA 2DFFA 2FBTA 4LSNA 1WLJA 4DTSA 3SUPA 4L8RB 3RR7A 3OYIA 4DU1A 1RTIA 3ISNC 3VQ7A 4FJLA 3KJVA 4HCBA 3ASMA 3LP2A 4DLEA 3OYDA 2YKNA 4FLXA 1C1CA 5FRMA 1Q8IA 3C6TA 2O4IA 1RT5A 2QK9A 3NGIA 3DRRA 1QE1A 4LH5A 3CFRA 3V9XA 1KTQA 1B92A 4YFUA 1SV5A 4CJKA 4DQRA 3ZSYA 1UA0A 4E1NA 1BGXT 5HRRA 3OYMA 1WAFA 2B5JA 3VQ9A 1KLNA 1S1TA 3KLIA 3CFOA 2ZQBA 3LP3A 1VSIA 5J1EA 3K2PA 3AVBA 3QLHA 4B08A 4DQSA 1LAWA 4M3UA 3LWMA 3L2UA 2D0AA 1ASVA 1NKCA 2X78A 5E41A 4CF1A 1RT2A 4CEZA 5JS2A 2XY5A 3PV8A 2VG7A 1IO2A 3LAKA 4CF8A 4DQIA 4HUEA 4PY5A 1U48A 1DTQA 3PX4A 5CZ2A 2KZMA 2G8FA 4GW6A 4JRQA 4BDYA 4DTRA 3KLFA 4HHTA 3MEGA 2OPQA 3IAYA 1WSFA 4I2PA 3S3OA 4BE0A 4CEDA 3O3HA 4RW8A 4DQPA 3ZSZA 3HM9A 2OZSA 1S6QA 3DLGA 1CLQA 4FM0A 1TK0A 1T8EA 4B8CA 1FKPA 3HVTA 3SPZA 1VK0A 3DYAA 3OS2A 4W5OA 5FRNA 1ZBHA 3O3GA 2O4GA 3KD1E 1L3SA 4LH4A 4CJPA 3OS1A 2OZMA 1RTHA 2A1SA 2FBXA 3L8BA 3TI0A 1NK9A 1HRHA 2XY8A 4FZZA 3OYAA 4M3YA 2RN2A 3DMJA 2EHGA 3WNHA 3TAGA 3HYFA 3RR8A 5J2QA 3DRSA 1SKWA 1JLCA 1HMVA 3AVHA 1RDCA 4CEOA 2HHSA 3NF9A 3AVAA 3KK3A 2Y1IA 4I9LA 5I3UA 4F4KA 4FLWA 3AV9A 3CQ8A 4PA1A 4N76A 1RBVA 1HYSA 4N5SA 4DFMA 3IG1A 2P5GA 1K6YA 2BE2A 3D45A 4M41A 2IOCA 4CE9A 4B3OA 4M3WA 1TGOA 4FJ7A 4CJQA 1TK8A 1O1WA 4ZHRA 3SV4A 4M42A 4DSJA 1HQEA 1X9WA 4HTUA 4CGGA 4KTWA 4M45A 3V4IA 1RDDA 4CJWA 3KK1A 3VA0A 4K8ZA 1J5OA 1N6QA 2P51A 3ZT4A 3RMBA 3QETA 4M3XA 2OPSA 1NK6A 4CHYA 5KGWA 3EZ5A 3VN5A 4B9TA 1HJRA 4CEBA 1YT3A 2HVIA 4B8AB 2FBVA 1RBSA 2VG5A 4CJLA 4Z0UA 5HBMA 3SQ0A 4OLBA 3B6OA 4DS4A 1F21A 3TAEA 3SUQA 4ELTA 2YHBA 4H8KA 4Z4FA 1KVCA 4CF2A 2BDPA 4GMJB 5KGXA 1LWCA 2Z1HA 4MQ3A 2NUBA 4FJJA 1ZBFA 1B9DA 3F73A 4JS5A 1R0AA 3FFIA 1X1PA 4HCCA 4OKEA 4B9NA 4M3RA 2LSNA 3VQDA 1SL0A 4FXDA 4OPKA 3H08A 3HP9A 3U3YA 4CK3A 3OJSA 4CK1A 3DLRA 3VQEA 2XY6A 1VSFA 4ICLA 1S9EA 1VRTA 4CJ3A 3V9SA 3KLGA 3KD5E 2D0CA 4CIEA 3KLEA 4DWIA 2I5JA 4B9UA 2E4LA 4XIUA 3V9ZA 4FW1A 4CEQA 3SYZA 4FJKA 4O4GA 3HP6A 3LP0A 3QEVA 1XC9A 2AJQA 4B9MA 3IS9A 4WE1A 1I39A 3JSMA 1QTMA 3NGZA 3K5NA 4J2EA 1WSJA 2IS3A 3AVIA 4E89A 5EU7A 4JS4A 2PYLA 3QEPA 1BIUA 3K59A 4FJXA 3HPGA 3F9KA 3PUFA 2YNHA 2D5RA 4AHVA 4DMNA 3AO4A 4AHTA 3NH1A 1J54A 3QNOA 1U4BA 4H4OA 1HQUA 3O4QA 4CCHA 1T05A 4KTZA 3PO5A 1UWBA 3D0PA 1KRPA 2HNDA 3RWUA 3QESA 4CHQA 1XHZA 4LY7A 2ETJA 1RDAA 2JGUA 4DSEA 4PUOA 4CIGA 2G8UA 3ZCMA 4FLVA 3AA4A 2KFZA 1U47A 1NJWA 2HNYA 1Y97A 1SKRA 3OYFA 4DTUA 1KVBA 3ZSWA 4CHZA 3NF8A 4CJSA 1JL1A 3I8DA 5DMRA 3DI6A 5K14A 1UOCA 1S9GA 3DOKA 3NH0A 1EX4A 3P1GA 4Z4IA 1VSMA 1G15A 3L2VA 4OGCA 2F8SA 1Z26A 1EETA 2X6NA 4F2RA 4Y1DA 1S6PA 4CF9A 2P1JA 3L2RA 4UQGA 4E7JA 5HROA 3NAEA 2R7YA 4DS5A 1BCMA 1KVAA 3VQQA 1D9DA 1RTJA 4AHUA 3AA3A 4K8XA 4E7HA 1NK5A 1TAQA 3RRGA 4B9LA 4KHUA 4PQUA 4KRFA 3TANA 1DTTA 1JLGA 2VWJA 3OYLA 1LV5A 1RT4A 4O0IA 3B6PA 4CHOA 4KB0A 3OVNA 3P5JA 3ZT2A 4F3OA 1S1WA 1A5XA 1RBTA 2RKIA 4FM1A 3HT3A 3S9HA 1TKZA 4E3SA 4J2DA 3LPUA 3NF7A 4DG1A 5HRSA 2HHUA 4KHYA 2KZZA 1C0TA 1FKOA 1GOAA 2HB5A 3C95A 3CM6A 1T03A 1NKEA 1KCFA 2OA8A 4W5NA 3DOLA 4Y1CA 4I2QA 5HRPA 3CG7A 4DTJA 4DTNA 4J2BA 1ZBLA 4J2AA 5J2PA 3VQ6A 3V1QA 1X9SA 2KFNA 3K5MA 4CFCA 1LW0A 1C0MA 1FXXA 1HNIA 1J9AA 3DLEA 3OYKA 3LZJA 4FCYA 1NK0A 2F8TA 1LAVA 3KIOA 1XI1A 1JLEA 2PZSA 4FJIA 2YV0X 2YNFA 4E7LA 3V6DA 4FJNA 4KHQA 2G8WA 5D3GA 3AVJA 4IFVA 3AVCA 4KFBA 4Z4HA 3HJFA 4CJUA 1SL2A 4RW6A 2RPIA 4ID1A 2RF2A 3PY8A 4KTQA 1CXUA 3CFPA 4F3TA 3U6FA 1EKEA 1X9MA 4CJVA 1QHTA 4CJEA 3JYTA 4OGEA 4Q0BA 1TL3A 3VQ5A 4CF0A 3BGRA 1EP4A 1B9FA 4OLAA 2KW4A 3HXMA 2YNGA 4FJ8A 2E6LA 3NF6A 3OY9A 3V1RA 4ZTJA 4CJTA 1VRUA 4DFJA 2P5OA 3RMDA 2DY4A 3T19A 4KREA 2Q3SA 3TAFA 1TVRA 2PYJA 4FM2A 4IKFA 1SKSA 2Z1GA 3CM5A 3I0RA 4B9SA 3HK2A 3AA5X 1ASUA 1TKXA 3AO5A 3OYCA 5HLFA 4DU4A 4E19A 4DTMA 4FLUA 3AVMA 4FYDA 4BWJA 4C8LA 4I7FA 3T1AA 3M8SA 3L2WA 4PWDA 1XHXA 4CGFA 4CJRA 4AILC 3EY1A 3L2QA 1RT3A 1IKXA 1VSJA 4IDKA 2Z1IA 3TAMA 2QKKA 3OYHA 3K57A 3LWLA 4JLHA 4DF8A 1Q9XA 1RCHA 3VQBA 4FK4A 4G1QA 4O44A 1BQMA 3MEEA 1A5VA 3K5LA 4CJFA 3NDKA 2OYQA 3HL8A 1W0HA 1KFSA 4F8RA 4N41A 4FLZA 3ITHA 5T7BA 4QAGA 1JXEA 2QXFA 2JLEA 4DFPA 2G8IA 4FW2A 4Z4GA 1J53A 3SUNA 2KTQA 3SJJA 5I42A 1JLQA 2DFEA 1HPZA 4QOZB 1VSDA 3OS0A 4FVMA 3HVRA 4CIFA 4RW7A 1L3UA 4DFKA 3KK2A 4EP5A 4O55A 4CEAA 3SCXA 1C6VA 3TARA 4NCGA 3NCIA 4FJGA 3K58A 4DTXA 2XRIA 3QIOA 5CY4A 5FDLA 2KQ2A 3KLHA 1NK4A 2BANA 3ZSXA 5C42A 3A2FA 4C8KA 3G0ZA 4CJ4A 1BHLA 4BDZA 4DSFA 5KTQA 4YNQA 1D8YA 4I9QA 4NCAA 4KI4A 4CFDA 4M3ZA 1S1XA 1XWLA 2HVHA 3O4NA 4ID5A 4CJ5A 1L5UA 1CZ9A 3DLHA 4KO0A 4CESA 2ITGA 4KHWA 1RILA 5C24A 1L3VA 4AHSA 4CECA 1WNSA 3I0SA 3VQCA 3DLKA 1C1AA 1BQNA 1QS4A 4N47A 5KRTA 4DF4A 2QKBA 3LPTA 1KFDA 4EZ9A 2IGIA 5J2MA 3SUOA 1BISA 1Z25A 4AHRA 2VWKA 1FK9A 1TL1A 4CK2A 2HHWA 2GBZA 3VQ4A 3TWHA 4CEEA 1BL3A 4CGHA 2PY5A 4KI6A 3MXMA 1VSLA 1VSHA 2ZD1A 3MXJA 2YHAA 5CZ1A 2OPPA 4C8NA 2B4JA 4CGDA 4EP4A 4OPJA 4W5TA 1LW2A 3ZSOA 4CGIA 4GVMA 3TR8A 4Z4CA 1ITGA 3RMAA 4KPYA 3OJUA 3RRHA 2G8VA 4FJ5A 1HYVA 4O5BA 3S3NA 3AVKA 4BACA 4DTPA 1SL1A 1VSKA 4EZ6A 1BI4A 2IDOA 2G8KA 3TAQA 3MECA 4OKKA 2HNZA 3ZT3A 3NHGA 5CYQA 4AHCA 1JKHA 1CXQA 4IG0A 3BDPA 1CZBA 2HMIA 4ZTFA 4M3TA 2BGGA 1ZYQA 4QCLA 4FZYA 4KAZA 1RNHA 2VG6A 3AO3A 1U45A 1KLMA 3TABA 4W5QA 3QEWA 4KHNA 2E6MA 4E7IA 3RTVA 3MAQA 4R5PA 5C25A 4B9VA 3CYMA 1RT6A 3ALYA 1ZBUA 1TKDA 1YTAA 3P83D 5CYMA 4FLTA 4ELUA 3NE6A 1QSYA 1JL2A 3LANA 1DLOA 2WOMA 4DLGA 3NH2A 4CEFA 1QSSA 1WSIA 4TSXA 3RMCA 4OJRA 2G8HA 3WNGA 1D9FA 4FJMA 2XY7A 3LALA 3SQ2A 2A1RA 1A5WA 1GOBA 3OYBA 4LD0A 3SZ2A 3OYGA 3QO9A 3WNFA 4DU3A 4LSLA 1BCOA 3VQ8A 4ELVA 5JS1A 1U49A 3QEXA 1NJXA 1IKYA 1S1UA 4HUFA 3AVLA 2X6SA 1S1VA 3KKSA 5SWMA 5HP1A 4E0DA 1NK7A 1N5YA 1JLBA 3V1OA 1KSPA 2F96A 3AVGA 2HHQA 4RW9A 1WAJA 1QSLA 1LWEA 4HUGA 3C94A 4DSLA 3OYJA 4FJHA 3V9WA 1TAUA 4F2SA 3QNNA 3ZT1A 3KKRA 1YVUA 4KKOA 5KI6A 3M8RA 4DSKA 3AVFA 4NYNA 3LP1A 3WNEA 1NOZA 4C8MA 4W5RA 4H4MA 3OYEA 4NCBA 3NFAA 3O3FA 1HYZA 4Q5VA 1TV6A 1JLAA 3EYZA 3LDSA 4JRPA 4E7KA 3HSTB 3PX6A 1BIZA 1IG9A 2WONA 2YNIA 2B6AA 1QQCA 5KRSA 2FC0A 3MEDA 3V81A 4BE2A 1NK8A 4CGJA 1GOCA 4Z4EA 3HPOA 1D5AA 1Q9YA 1ASWA 4CHPA 1IH7A 3C6UA 3LAMA 3SI6A 1NJYA 1WN7A 2D0BA 4BE1A 1S5JA 1UA1A 3PO4A 4FJ9A 2IAJA 3M8PA 2Y1JA 3DLBA 1YTUA 1RTDA 3E01A 3VQAA 4DTOA 4DSIA 1RDBA 3LZIA 2HHXA 3VA3A 4FK0A 1JLFA 3DM2A 2EX3A 4CFBA 1RT7A 1MU2A 1L3TA 1WSGA 2DTUA 1NOYA 4FZXC 2XHBA 3AO1A 5DK5A 3V9UA 4E1MA 3OYNA 3NBPA 1I3AA 3QINA 3VQPA 2ATQA 1NJZA 1IKVA 4FK2A 5SZTA 3HO1A 3TAPA 4FLYA 4KHSA 4IFYA 4AH9A 3L3UA 1TKTA 3T3FA 1BI4B 3SPYA 3MXIA 3L3VA 3AVNA 3IRXA 3DRPA 3SV3A 3QERA 4RW4A 1LWFA 2XO7A 2X74A 4HVJA 3ULDA 2GUIA 3AA2A 3SQ4A 2IC3A 2YKMA 3ZT0A 1WSEA 2OPRA 3NGYA 4NYFA 4OKJA 4KB1A 2GV9A 4C8OA 3ZSVA 2DFHA 2Z1JA 4CHNA 4DQQA 4KV8A 1SUQA 3SQ1A 2HHTA 4IBNA 3AO2A 4BWMA 3UIQA 2ZE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C0UA 1RBUA 4XH4A 1UAXA 4RG8A 3A5NC 1ZBIA 4WQ4A 4CFAA 5EOYA 1IKWA 1TK5A 4MFBA 4BDPA 1HKCA 1EXQA 1NLVA 3HPHA 5C12A 1O13A 4CERA 4L8RB 4DKWA 3RR7A 3OYIA 1RTIA 3LP2A 4DLEA 3OYDA 5FRMA 4PKIA 4CD3A 3C6TA 3MK6A 4EAHD 3CFRA 4YFUA 1UA0A 3J7YP 4E1NA 2B5JA 3CFOA 1VSIA 3AVBA 3QLHA 4MLHA 4DQSA 4C1NI 3H6EA 2V7ZA 3P38A 1NKCA 2X78A 1BWFO 1H1VA 5AZJB 1LOTB 1RDUA 5CZ2A 2NRHA 3ULEB 2P9SA 3MN6A 4BDYA 3N4QA 3IAYA 3L6QA 4I2PA 2A5XA 2NRRA 4DQPA 2GX9A 3ZSZA 1HNZK 1S6QA 3E9OA 3THXA 4FM0A 3ZEUB 4B8CA 4XH5A 2F7TA 5AQLA 1VK0A 3DYAA 2O4GA 3CJCA 3ZX3A 1RTHA 2FBXA 1VQON 1VQ6N 1HRHA 2XY8A 1GLEG 3MWPA 3CJ1A 2RN2A 3MMVA 4K43A 4O8KA 5BPNA 2ZGZA 3GBTA 2ZJQL 4DCHA 3AVAA 3MN7A 5ELZA 3BY5A 1HYSA 4FVUA 4B1VA 4DFMA 4CJQA 1XNQK 1X9WA 4H5RA 3F2KA 4KTWA 1ATSA 1NWKA 1RDDA 2FF6A 4A57A 4BRIA 3KK1A 4NXNK 2D0PA 5BREA 4M3XA 4NO7A 5AZIA 4CEBA 1YT3A 2RE2A 1OH8A 4JYAK 3SQ0A 4Z0UA 4OLBA 1F21A 2UUAK 3NVKA 3CCEN 4NLBA 4H8KA 4MO4A 4CZLA 3VESA 5KGXA 2Z1HA 4FJJA 1B9DA 4DV3K 1X9JA 4B9NA 4M3RA 3OJSA 5F1XA 1X3NA 3DLRA 3VQEA 2XY6A 3V9SA 4DWIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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