3I8DA

The pairing geometry of the hydrophobic thymine analog 2,4-difluorotoluene in duplex dna as analyzed by x-ray crystallography
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Pairing geometry of the hydrophobic thymine analogue 2,4-difluorotoluene in duplex DNA as analyzed by X-ray crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Bacillus halodurans
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2009-07-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3i8dA00
4CJRA 3RMBA 5HLFA 1QHTA 1WAFA 1HMVA 1Z26A 1RBSA 1GOAA 4BDPA 2IS3A 4AH9A 4FJJA 3KLFA 4K8XA 4I7FA 4FJ7A 1WSIA 5FDLA 4BWJA 4Q5VA 5C42A 2KFNA 2XO7A 3L2VA 2PY5A 4C8KA 3DRRA 4B9VA 2ZQBA 4B3OA 4NCGA 4CF2A 3NF7A 2OPQA 5CZ1A 3T3FA 3SUNA 1ZBUA 5KRTA 4OPJA 4FM1A 1VSDA 4O55A 4OLAA 3PX0A 4B9TA 4M42A 2YNGA 3NH2A 1FKPA 3VQPA 2O4GA 3PUFA 3VQ8A 4KI6A 4EZ9A 3U3YA 5J2NA 5KGXA 4DU4A 3CM5A 3LPTA 3DI6A 5DMRA 3V1QA 3ZSOA 5HRNA 1HYZA 3MXJA 4CK1A 3KJVA 3AVGA 1RT2A 2P1JA 4CEDA 1J53A 5FRNA 1C1CA 3OS0A 5C24A 3OYGA 4CF9A 4KTQA 3SCXA 1JLFA 3NH1A 2ZD1A 3CG7A 3OYDA 2B4JA 3CQ8A 3CFOA 1D8YA 1VSEA 5T7BA 4EZ6A 2WOMA 4Z4EA 2F8SA 4CFBA 3TAFA 5CZ2A 3ISNC 1S1TA 3DLKA 4CJQA 4PUOA 1FK9A 4FW2A 2FBXA 3DOKA 1BIUA 3V4IA 4DG1A 3K57A 4E7KA 4DSIA 4N47A 3VQ6A 1X9WA 3RRHA 3QEIA 1KLMA 3AV9A 3EYZA 3TANA 3LANA 1TVRA 3L3UA 3ZSVA 2YKMA 5C25A 3HSTB 3OYNA 3ZSWA 3ULDA 4DTOA 3LP1A 4F2SA 4RW9A 4FJ8A 2XRIA 3ZSRA 2BANA 4CGIA 3HO1A 3WNHA 1BI4A 3P5JA 4FJXA 3VQ9A 4TSXA 3VQAA 3TAGA 1RBVA 4DTPA 3LP3A 4Y1DA 1C0UA 1TKZA 1ZYQA 4FLWA 1JLEA 4CHNA 2AJQA 1KVBA 3VQ7A 3TWHA 2B6AA 4IFVA 5I42A 4KHQA 1U47A 1SL1A 3KKSA 3C95A 1J9AA 1ZBLA 4HUEA 4FJHA 3HJFA 1KSPA 4CERA 4ZHRA 4KV8A 3LWMA 4OPKA 1WSJA 3M8PA 3OJUA 4HCBA 3KK2A 4FJLA 1BQNA 3V9XA 1IKVA 4EP5A 2QXFA 2IC3A 3V9SA 4DF8A 4FVMA 3K5NA 4KHYA 1GOCA 4M45A 4FK0A 1ASVA 1S1XA 2HNDA 3RMAA 4IDKA 1GOBA 4KO0A 4DS5A 4C8OA 5J2PA 4CFCA 3SUPA 3ZT4A 4G1QA 2RPIA 3D45A 2Y1JA 3AVMA 4B9SA 1NKCA 4E3SA 3AVBA 1RT4A 2YV0X 1NJYA 4ZTJA 1XI1A 2QKBA 1Q8IA 4YFUA 4JS4A 1VSFA 4O5BA 2RKIA 4E1MA 4R5PA 3TI0A 2GV9A 4M3YA 2BGGA 3DLRA 4BE1A 3OYFA 3KK1A 3AVLA 4M3ZA 4E7HA 3G10A 1A5WA 1EP4A 3T19A 1T7PA 3CYMA 4DQPA 1T03A 3KIOA 5SWMA 4AHUA 3NAEA 2QKKA 4ELTA 2Q3SA 1Q9YA 1VSJA 4CJVA 3BGRA 2DFEA 1DTQA 4CK3A 1B92A 3L8BA 5HBMA 4E7IA 4DS4A 2HW3A 3F73A 2KZMA 4IG0A 1VSHA 1T8EA 4BE2A 2I5JA 3NF9A 4W5OA 4ZTFA 1BL3A 1JXEA 1SV5A 2KFZA 1JLGA 4ELVA 1IKXA 3RRGA 5JS2A 3G0ZA 2DTUA 3D0PA 3B6OA 2P51A 4OKKA 3V9UA 3NGZA 2JLEA 5KI6A 1IKYA 3SI6A 1WNSA 1NJWA 4OVLA 2VG7A 2X6SA 3V1RA 3HXMA 4J2BA 4HHTA 1I3AA 4N76A 3ASMA 1NK6A 4OKEA 1RBUA 3SZ2A 2VG5A 4E7JA 4CJ5A 2Z1GA 4CGDA 3ZSXA 1KTQA 4AHTA 3VQBA 4QOZB 5J2QA 1JL2A 2HHWA 1HYVA 2IGIA 3TAQA 4Z4IA 4XIUA 2FBVA 4Z4GA 1HYSA 1LV5A 4H4MA 1UA0A 4CEFA 4E19A 3V9ZA 3KD1E 1TAUA 1J54A 3OY9A 1JL1A 4Q0BA 1JKHA 1WLJA 1U4BA 4KREA 2VWJA 4DLGA 4CFDA 3KLEA 1RDBA 1LWCA 5KRSA 3MAQA 4C8LA 3L3VA 1U48A 3IAYA 4AHCA 4DLEA 4FLXA 3KK3A 4DTMA 1W9HA 4KB1A 1VRTA 4OGEA 3QEVA 4Y1CA 4CJPA 4F3OA 4N5SA 2IDOA 3SYZA 3RR8A 4JLHA 4CJLA 1MU2A 1WSGA 3KKRA 4LSLA 3O3HA 4ID5A 4CJWA 4CIGA 3RMCA 4J2EA 5CY4A 3SQ4A 1CXQA 4N56A 4FJMA 2GBZA 4ELUA 4CEAA 2XY5A 4QAGA 3QETA 3O4NA 3HVTA 1LW2A 3MEGA 2FBYA 4FM2A 1JLCA 3HPHA 1KFSA 4FJGA 4W5TA 1YVUA 3ZT3A 2VG6A 1CXUA 4IBNA 4O4GA 4DF4A 1L3TA 1WAJA 1JXBA 4LH4A 4RW7A 3K5OA 1G15A 1L5UA 2Z1IA 3DYAA 1RT5A 4FLUA 3JYTA 3AO2A 3C94A 3T1AA 1QQCA 4CFAA 2YNFA 4W5NA 1IO2A 3O3GA 3SUOA 3O4QA 1U04A 4HUGA 3PY8A 3VQEA 3SPZA 1I39A 4B9MA 1X9SA 1SKRA 1TK0A 1SKWA 4CF0A 1L3VA 1DLOA 2YHBA 4NCBA 1S9EA 4RW6A 4CIFA 1NJXA 3AVNA 1TV6A 3PX4A 2XY7A 4FW1A 4I9LA 1KLNA 2PZSA 1JLQA 3KD5E 2G8WA 4W5QA 4I2PA 4MFBA 4AILC 1ZBHA 1RT3A 2D5RA 4CF8A 3NHGA 4DU1A 4KTWA 3OYHA 1XC9A 3NE6A 2X78A 2G8HA 2KZZA 2Z1JA 1RT7A 4ID1A 3AA2A 4JRQA 3ZSQA 1O1WA 2IAJA 2D0CA 3AA3A 3O3FA 1NK4A 3SV3A 3HT3A 2HNZA 4FYDA 4Z4CA 4YNQA 2KW4A 1BCOA 1D9DA 4IFYA 3WNFA 3OYBA 4FK4A 3EY1A 3DLGA 1RT1A 3SNNA 1X9MA 2D0BA 4DSJA 1L3UA 1TKDA 2HNYA 2LSNA 5CYQA 4FLZA 2X74A 5JS1A 3VA0A 3SPYA 4AHVA 2ATQA 4B08A 2BE2A 1NK9A 1YT3A 4PA1A 3RTVA 1SL0A 1KVAA 4CESA 2EX3A 2OPSA 3SUQA 3THVA 3TR8A 4W5RA 3NGIA 1W0HA 3LWLA 2HHQA 2ITGA 2HHSA 1ASWA 2P5GA 3AO4A 3S9HA 4DTRA 1HPZA 3HVRA 1XWLA 4F4KA 1C1AA 4DSLA 3OYKA 1TK5A 3K5MA 3TAEA 3DOLA 4DMNA 1RDDA 2HB5A 3PX6A 4AHRA 4DQIA 3ZT1A 1N6QA 1B9DA 1QE1A 4RG8A 3IG1A 1ZBFA 3V9WA 1L3SA 5EU7A 1YTUA 2HHTA 1R0AA 4DQQA 3F9KA 3LP2A 4C8MA 1RT6A 3SQ2A 1B9FA 3K2PA 3NCIA 1XHXA 4KHUA 1XHZA 1UA1A 3VQ5A 2G8IA 3VN5A 3K58A 3ZT2A 1S1VA 1BGXT 1S1WA 4DTSA 2XY8A 1HJRA 3WNEA 1BI4B 1VSLA 4DTXA 4M3TA 3LDSA 2G8UA 2E6MA 5HP1A 2KQ2A 5FRMA 3SV4A 3BDPA 1F21A 4GMJB 1RDAA 4KTZA 2OZSA 4CHOA 4FLVA 2FBTA 4BE0A 1ZBIA 3AVAA 2X6NA 4DTUA 1YTAA 3A2FA 4CHPA 4O0JA 4CIEA 3OYCA 3CM6A 3EZ5A 1LWFA 3RWUA 3DLBA 3MECA 4WE1A 1IG9A 3PV8A 4KAZA 4H4OA 1QSLA 4CJ3A 3LZIA 1EX4A 4IG3A 3ZT0A 1NK5A 1TGOA 1QSSA 4EP4A 4F8RA 2JGUA 3HP9A 3QNNA 4FXDA 2YKNA 4LD0A 3LAKA 4B8AB 5HROA 4CJ4A 3DLHA 2HHUA 1RILA 3RR7A 3L2UA 4F2RA 4JRPA 3LZJA 3ZSYA 1TL3A 3NGYA 4E7LA 3IS9A 3SJJA 3UIQA 3V81A 1WN7A 3HPGA 2XY6A 5E41A 1S5JA 3AVKA 4OLBA 3MEEA 3I8DA 1JLAA 3AVHA 1LW0A 3OYLA 3AVIA 1C6VA 1WSHA 3LAMA 5HRPA 4BDYA 3QEWA 4L8RB 2HVIA 1HNIA 4CJSA 1QS4A 3MXMA 4FCYA 3M8QA 4CJFA 5I3UA 2O4IA 3NBPA 4FZYA 3B6PA 1JLBA 4RW8A 4CCHA 2QK9A 1S9GA 3VQDA 4B9NA 1HQUA 4KPYA 3QEXA 1C0MA 1TAQA 4FJ9A 1RBRA 5DK5A 3AA5X 4NYNA 5HRRA 3ZCMA 1VRUA 3ITHA 4NYFA 3P1GA 4KI4A 4FJIA 1C1BA 4Z0UA 3QO9A 4DFPA 2G8VA 4B9UA 2RF2A 3DRSA 1C0TA 3P83D 4RW4A 3DRPA 1BQMA 3AVJA 5FROA 4CHYA 4PQUA 2YNIA 2YHAA 4KKOA 3OS1A 3DMJA 3HK2A 3RMDA 3FFIA 4KRFA 4KFBA 1T05A 3AO3A 3KLIA 4DFJA 1QTMA 2DY4A 4M41A 1SUQA 4C8NA 4M3UA 4B9LA 4K8ZA 4HCCA 1LAVA 1RDCA 1TKXA 3HM9A 1RNHA 2NUBA 2OPPA 1RTHA 2A1SA 5KGWA 1NK7A 2VWKA 1VSMA 3LPUA 4CJKA 3M8RA 3TABA 3SQ0A 4DSFA 1J5OA 4F3TA 1LWEA 3LP0A 3HPOA 3KTQA 1WSEA 4LY7A 1Y97A 3QIPA 3V1OA 2XHBA 4FM0A 3S3MA 4LSNA 3DLEA 4O44A 2HMIA 3PO4A 1D5AA 2ETJA 1Z25A 1REVA 1VK0A 3ZSZA 4FZXC 3I0RA 4ICLA 2DFHA 1FXXA 4E1NA 3TAPA 1X1PA 1K6YA 3U3GA 3DM2A 4J2AA 1RTIA 4BACA 4FK2A 2ZE2A 2HVHA 1HRHA 3CFRA 4CE9A 3QEPA 2GUIA 5HRSA 3L2RA 3VA3A 5D3GA 1N5YA 2Z1HA 1KCFA 2WONA 4M3WA 4KHNA 1TL1A 3HP6A 4DQRA 1U45A 1RBTA 3KLGA 1NKBA 4M3XA 3WNGA 1VSIA 3HYFA 4Z4FA 2IOCA 1KVCA 4DQSA 1U49A 2A1RA 1RCHA 3ALYA 1Q9XA 2OPRA 3NH0A 2KTQA 3PO5A 3SQ1A 1D9FA 4IKFA 4E89A 1NKEA 3NFAA 1CZBA 2PYLA 1CZ9A 1NK8A 4NCAA 3VQCA 1TKTA 1UOCA 1UWBA 3OYJA 4KHWA 3OYAA 1RTDA 4DFMA 4FJKA 3M8SA 2P5OA 2F8TA 4FJNA 3I0SA 3AO5A 4OKJA 3VQ4A 4UQGA 3V6DA 4KHSA 4CEBA 4OJRA 4H8KA 4CGJA 2YNHA 1CLQA 4GVMA 1EETA 3S3NA 4JS5A 2B5JA 1A5XA 3C6TA 3OYIA 4MQ3A 2BDPA 4E0DA 4CHQA 2OA8A 1UAXA 1DTTA 2FC0A 2E4LA 4DSEA 3MXIA 3S3OA 4CEOA 2OZMA 1FKOA 1BISA 4FLYA 3AVCA 4FLTA 1IKWA 1KFDA 4QCLA 1BHLA 4PWDA 3C6UA 3AO1A 3VQQA 4N41A 5CYMA 4CK2A 4DSKA 3TARA 1S6QA 4CHZA 1TK8A 4CGFA 2W42A 2RN2A 1HQEA 4CGGA 4DTJA 4CEEA 4DWIA 5KTQA 4FZZA 1VSKA 1BIZA 4I2QA 4CECA 4HVJA 3MEDA 4FJ5A 4BWMA 2OYQA 4OGCA 4CJUA 1QSYA 3JSMA 4HTUA 4CJEA 3HL8A 1NOZA 4B8CA 3TAMA 4J2DA 3H08A 1IH7A 4CF1A 4HUFA 4CEQA 1LAWA 1NJZA 2F96A 3CFPA 4DFKA 1BCMA 3U6FA 3E01A 4O0IA 3NDKA 4CEZA 1S6PA 1RTJA 4AHSA 3KLHA 3L2QA 4BDZA 4DTNA 5J2MA 1NK0A 3NF8A 3OVNA 5SZTA 1KRPA 3OYMA 3IRXA 4Z4HA 3OJSA 2PYJA 2G8KA 1EKEA 4I9QA 2EHGA 3OS2A 3K5LA 5K14A 1ITGA 4DU3A 4CGHA 4GW6A 3QESA 2D0AA 1SKSA 3NF6A 3QLHA 4CJTA 1NOYA 3OYEA 3AVFA 1S1UA 3QIOA 4PY5A 2HHXA 2Y1IA 4KB0A 4M3RA 1WSFA 2R7YA 5J1EA 3QINA 2HHVA 1ASUA 1HNVA 3QNOA 3AA4A 3L2WA 1A5VA 1SL2A 3QERA 2E6LA 4LH5A 2DFFA 3K59A 2G8FA 1EXQA 3LALA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HLFA 1Z26A 1RBSA 1GOAA 4FJJA 4FJ7A 3KLFA 4BWJA 5C42A 3CCLN 4C8KA 1LOTB 3MN7A 2OPQA 3B8AX 5CZ1A 2QWOA 3T3FA 5KRTA 4UY8O 2V7YA 2VGMA 5HL7L 3PLAA 4C1NI 1GLAG 3AGRA 4DR1K 2YNGA 3NH2A 3DI6A 5JICA 2QA4N 3MXJA 2F7TA 1RT2A 2P1JA 3AVGA 4DR3K 3OS0A 5AQSA 5C24A 5IWAK 5ELZA 5H1SQ 3CFOA 2F8SA 4CFBA 5CZ2A 5BR8K 4CJQA 2IVOA 3DOKA 3WXJA 2F9WA 4DG1A 4N47A 3VQ6A 3RRHA 3TANA 1KLMA 2Q36A 1JCFA 2E2NA 2E1ZA 2YKMA 4DTOA 3GE1A 1GLEG 2BANA 2QTDA 4FJXA 3P5JA 1SAZA 3TAGA 4Y1DA 1TKZA 3P38A 1QHAA 4IOAL 1SL1A 4BQLA 1J9AA 3HJFA 5GAHP 4YORA 3M8PA 4HCBA 1BQNA 4YOWA 2IC3A 3V9SA 4JI6K 3D6RA 4M45A 1VQNN 3THYB 1JCGA 2V52B 2P9SA 4IDKA 4C8OA 3CPWM 2HMPA 5AQNA 3AVBA 4LFBK 2UU9K 4O5BA 4E1MA 2GV9A 4XEIA 5BN8A 3TPQA 4BR4A 3LM9A 4AHUA 2Q3SA 3WXLA 1VSJA 1Q9YA 2HW3A 2KZMA 4K41A 4YOXA 1VQ7N 2V51B 2BUPA 1JXEA 2UUAK 1JLGA 1S3XA 3RRGA 2HF4A 4GKJK 4EAHD 3TTDA 3V9UA 2O8BA 3NGZA 3WXIA 4JI5K 2X6SA 4N76A 5BPMA 3ID6A 3ENBA 1P8ZA 4K25A 2Z1GA 3VTIA 1KTQA 3VQBA 4WCEL 2GELA 1NMNA 4Q0BA 4FVUA 3GDQA 4LF7K 2VWJA 1ZC6A 3UE5A 3OTOK 4DLGA 4B3RK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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