The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
62
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sequence length |
203
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structure length |
203
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Chain Sequence |
AGLVAEAEAVAAGWMLDFLCLSLCRAFRDGRSEDFRRTRNSAEAIIHGLSSLTACQLRTIYICQFLTRIAAGKTLDAQFENDERITPLESALMIWGSIEKEHDKLHEEIQNLIKIQAIAVCMENGNFKEAEEVFERIFGDPNSHMPFKSKLLMIISQKDTFHSFFQHFSYNHMMEKIKSYVNYVLSEKSSTFLMKAAAKVVES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Basis of Selective Ubiquitination of TRF1 by SCF(Fbx4)
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Cell cycle
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Telomeric repeat-binding factor 1
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| total genus |
62
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| structure length |
203
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| sequence length |
203
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-12-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BUA A; 3L82 A; 1H6P A; 1H6O A; 4RQI A; 3BU8 A; 3BQO A; 4M7C A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5C2Y A; 3S7B A; 1P5Q A; 4NQ0 A; 1SW6 A; 3FFL A; 5KNG A; 1DNP A; 4JHK A; 5CCL A; 2YQ8 A; 3HIZ A; 2GRP B; 1N95 A; 5CHE E; 3W9G A; 2AJA A; 3PRZ A; 3F6Q A; 3RSE G; 1TNU A; 3HYM B; 1E8Y A; 2WMO A; 1L5J A; 2P9I G; 4U0S A; 1EDU A; 1EYH A; 3MKQ B; 2WMN A; 1JCQ A; 4E85 A; 3U9W A; 1MQS A; 3ZPJ A; 3Q79 A; 2XZD G; 3C72 A; 4WNG A; 1K8K G; 2GRN B; 1X5B A; 3I4R B; 4ATZ D; 4C9B B; 4GYY A; 5JJ7 A; 1INZ A; 3ZXS A; 4FA6 A; 3L6A A; 2CHZ A; 1JCS A; 4EHM A; 4APF A; 3UT8 A; 4UI9 C; 5BUZ A; 3BG1 B; 3HRA A; 5G05 J; 4U63 A; 2XEN A; 3LPZ A; 4ME2 A; 3ZU7 B; 1N9A A; 4I6J A; 3ZYL A; 4TRQ A; 1H6K A; 3LVQ E; 4GYO A; 3ZKJ A; 2LXM A; 2PNN A; 4C0M A; 1TN8 A; 1SQM A; 2CG3 A; 3DBS A; 4HLL A; 4U07 A; 4K03 A; 5ENO D; 1JUQ A; 1ELK A; 3MV2 B; 3BUA A; 3ZFW A; 2R03 A; 5KCM A; 1BI8 B; 3IV0 A; 1TNY A; 3APC A; 3IXE A; 4GTR A; 2CFZ A; 1IXV A; 2WM9 A; 2Y4U A; 3G2S A; 4HRM B; 3PEU B; 1OWP A; 5ARF A; 5KJL A; 3DEO A; 1HG2 A; 2RFA A; 5G04 C; 4JZY A; 4DPR A; 3PZ3 A; 3RRU A; 2XEE A; 4F7A A; 4I1O B; 4PDX A; 4XEI G; 3SHF A; 1HZ4 A; 4EZL A; 4CRW A; 3BQO A; 4F3V A; 2IJG X; 3EDT B; 4HOQ A; 4KT6 B; 3AG3 E; 1Z5S C; 3QOU A; 3AS5 A; 3WG7 E; 1NP7 A; 2XZT G; 5CEC B; 3JQ0 A; 2WXG A; 1PAQ A; 2M63 A; 3TWW A; 5CMW A; 2I1J A; 3CR3 A; 1V54 E; 2BF0 X; 3PNL B; 5ITZ F; 1N0Q A; 4JW1 A; 3W9F A; 2I6H A; 3PZ2 A; 5LCW C; 2P2C P; 3CIA A; 2R05 A; 4RSY A; 3PS6 A; 4U8Y D; 3CKC A; 4AJW A; 2UY1 B; 3APF A; 3B95 A; 3UTM A; 3ABL E; 3RO2 A; 3ZEF A; 4GTO A; 1O5M A; 1H2U A; 1U3C A; 2JEK A; 3O48 A; 4ANV A; 4Y6W A; 4OAV B; 1KT1 A; 3KEZ A; 3EJN A; 2OND A; 5E76 A; 1LD7 A; 2LAI A; 4J8D A; 3TWV A; 4DRX E; 4DK5 A; 1N4P A; 2V5F A; 1O1R A; 2NSZ A; 4UWL A; 4GTP A; 4LNU D; 4U04 A; 4CYM D; 3ABM E; 3TG4 A; 1GW6 A; 3R7Q A; 3QKY A; 3DSS A; 5M72 A; 3R9A B; 3MZL B; 2WQ6 A; 2DZO A; 2IOL A; 1NA3 A; 2OEV A; 4L1B A; 3MYV A; 2Q7F A; 4BFR A; 2X6F A; 2GRR B; 5LP0 A; 3NF1 A; 3FUI A; 4GZD A; 1UN9 A; 1TJC A; 3T8M A; 4DX6 D; 5B3S E; 3PUK A; 4AIF A; 4I1M A; 1RW2 A; 3L13 A; 3VLD A; 2KCL A; 5FJY A; 1Y6I A; 2GGF A; 2DVW A; 2PM7 A; 2WVI A; 1E7U A; 3DRA A; 4GZ6 A; 1O1T A; 3LEW A; 2IO3 C; 4B94 A; 4DLO A; 1QZ2 A; 4FHK A; 2OEW A; 2R02 A; 4JPS A; 4LUN U; 4DUI A; 4RG9 A; 1UJJ A; 5HKP A; 3OTN A; 3KEA A; 3SFX A; 4YVQ C; 3MJW A; 2F8X K; 2L6J A; 3SZ7 A; 3I5P A; 1E8X A; 1HU3 A; 2P9P G; 3CVW A; 3KSL A; 2I9C A; 2VGX A; 5DBK A; 1IKN D; 2PM6 A; 4TXP A; 1WG0 A; 3FU0 A; 1HXI A; 3FTX A; 4BEP A; 5EKQ D; 4KYO B; 3UI2 A; 4EQF A; 4AY5 A; 3RU0 A; 3G2W A; 2GRO B; 3Q49 B; 2WXJ A; 3CHP A; 1HO8 A; 4BES A; 4F1P A; 2J07 A; 2X3M A; 3VTY A; 2VSX E; 4AXH A; 3DEP A; 1N4Q A; 3B7R L; 3KD7 A; 4J8F A; 4ZFH A; 4DX2 A; 3B7S A; 3EU9 A; 4B89 A; 3FH5 A; 4CDR A; 3OXF A; 2EIL E; 4ATG A; 3L82 A; 2IY0 C; 4BER A; 1JCR A; 1LF8 A; 4HLE A; 2F8Y A; 3BEE A; 4CT0 A; 2MHK A; 5JMN D; 1N4S A; 4DX1 A; 3ENE A; 4JHR A; 4EPZ A; 2X6H A; 2P9N G; 1E8W A; 4HI8 A; 2IEJ A; 3SD5 A; 4G2V A; 3Q75 A; 1YMP A; 3EIJ A; 3I3N A; 2XCB A; 2VJ8 A; 3HDX A; 3L17 A; 4DJA A; 3FH7 A; 5ENQ D; 4N2S A; 3RAU A; 2IFU A; 4AM9 A; 1S63 A; 3ASD A; 2XHE A; 3DSX A; 5AQ7 A; 4BT9 A; 3QC1 A; 4P29 A; 4J8E A; 2V4H C; 3ML8 A; 4U0Z A; 4TXQ A; 1HG5 A; 2J08 A; 5FQ7 A; 4YND A; 5FIN A; 1MYO A; 4LEU A; 3CGH A; 2CG2 A; 5FIO A; 1MHQ A; 3FUH A; 3V79 K; 4XZ4 A; 1KPS B; 4L23 A; 4A1S A; 4N5Q A; 1DVP A; 2FEZ A; 3D9P A; 4MS6 A; 5EIL A; 2L0T B; 4HRL A; 3SQV A; 1Z6T A; 2BTD A; 2RD0 A; 5CBN A; 4URK A; 4R7L A; 2YHE A; 2J4B A; 4U8H A; 1OWM A; 3SGH A; 1UW4 B; 4D10 C; 3MKQ A; 4W9R A; 3S2A A; 3S7D A; 3DSW A; 4FLB A; 4WAF A; 3LVR E; 3VLF A; 1HX8 A; 4GYW A; 5CEA A; 4BSX A; 3SFY A; 2EIN E; 3GZ2 A; 3GW4 A; 3Q5M A; 5KJM A; 2BED A; 4I6E A; 3TWX A; 3UIN C; 3MKR A; 4AVX A; 3D9M A; 1N4R A; 2VGE A; 2P58 C; 1FVH A; 4GAA A; 4G1T A; 3PNT B; 4E6H A; 5A6C A; 3FTW A; 1K3Z D; 2MRI A; 2R59 A; 2QFC A; 3CVL A; 4M3O A; 4H7Y A; 4GU5 A; 1H0A A; 1Z3X A; 2JAB A; 4J8S A; 4GTS A; 2A5E A; 3ESK A; 3TWR A; 3ZUV B; 5T4Y A; 1K1B A; 3Q7A A; 3FUJ A; 4GMJ A; 1Y8M A; 2F37 A; 4L2L A; 1UJK A; 5T3R A; 4N3A A; 3QDN A; 4CGV A; 3TAX A; 3CST A; 1SVX A; 3JUI A; 4FAD A; 3T5V A; 4LCT A; 4C0E A; 1HH8 A; 1MZC A; 3CSF A; 1OCC E; 4O60 A; 5BV1 A; 3IBE A; 2P9U G; 1ZU2 A; 4CGW A; 4JC8 A; 1OT8 A; 3IHY A; 4J8Y A; 4HS2 A; 2WQ7 A; 1ELW A; 4BSZ B; 4HFG A; 4ANU A; 5D0Q D; 1LD8 A; 5ENR D; 3SNX A; 2FF4 A; 4O6F A; 5CER B; 2XS1 A; 1QNF A; 4TUU A; 3FEY A; 1V55 E; 3C3Q A; 2NYJ A; 3IKO B; 3PUJ A; 5KBA A; 3L54 A; 2UY1 A; 3FTY A; 2GW1 A; 2L0I A; 2L6B A; 4EBA A; 1SZ9 A; 4GTM A; 4NUR A; 5ARG A; 5FQ6 A; 5G05 C; 1BPO A; 2H6G A; 1EF1 C; 5ANR A; 3FUD A; 3LJN A; 1IYG A; 2ZXW E; 3NOG D; 2E2E A; 3LY8 A; 2F0Y A; 2KCV A; 3B13 A; 2DWZ A; 4PS7 A; 3VTX A; 2ILR A; 3CK8 A; 3FUF A; 1TN7 A; 4I43 A; 4WNE A; 1Q2Z A; 2Y3A A; 2KAT A; 1OY3 D; 3ULQ A; 1TNO A; 1RZ4 A; 4NAC A; 2VSY A; 1WDY A; 4DI3 A; 4GCO A; 5LCW J; 3ESL A; 4QQI A; 4ZHB A; 4ILI A; 3CV0 A; 4J0U A; 3T5X A; 1D9S A; 1A5E A; 2XQ0 A; 2X38 A; 3Q4A B; 3RIB A; 4TUM A; 3LYA A; 2BKK B; 1FT1 A; 3PH0 C; 2BUG A; 4GA0 A; 3DXK G; 2WXR A; 1E96 B; 5EIB E; 4WWO A; 5JHA A; 3UIP C; 3ZYK A; 4F1S A; 3HG0 D; 3UPV A; 1U2V G; 4GA2 A; 4U96 D; 4A55 A; 3Q73 A; 1H2V C; 4HB5 A; 3Q15 A; 2R2L A; 3QAQ A; 3UKR G; 2Y4T A; 2WXF A; 4YVO A; 2LAH A; 2KM4 A; 3FUE A; 1BD8 A; 5A23 A; 3CEQ A; 1S64 A; 5D66 A; 5H7P A; 3NQP A; 4DLQ A; 3ASH A; 5G55 A; 4RLY A; 5DIZ A; 4G26 A; 5FT9 A; 4DX7 D; 4UQZ A; 3FTZ A; 3NOC D; 4UUC A; 2HYZ A; 2H6F A; 5T8I A; 4L9P A; 3DSU A; 1UOH A; 3QNK A; 3T8K A; 4XI9 A; 4JVS A; 1UN8 A; 2OOE A; 3HXE A; 1IQR A; 4XI0 A; 4QFV A; 5EID A; 3RJV A; 2XGM A; 5CED B; 1ZBP A; 4I17 A; 2WXH A; 2WPV A; 2RFM A; 4GML A; 2C0L A; 5EN5 D; 2FBN A; 3HXC A; 3AU5 A; 3DSV A; 4N39 A; 4BY6 A; 1N11 A; 2AXV A; 3EHQ A; 3FUM A; 5BPP A; 2FI7 A; 4C48 B; 4IN3 B; 2L9B A; 1K1A A; 3ASO E; 3C3R A; 1BI7 B; 3D9J A; 3TG5 A; 1MJ0 A; 4OVV A; 3VLE A; 2FO1 E; 4KBQ A; 3MA5 A; 3MV3 B; 4UI9 K; 2HE0 A; 4JL0 A; 3UM1 A; 5AJL A; 5EYP F; 2PQR A; 2H6I A; 3CHS A; 2C0M A; 2ZGG A; 3PZ4 A; 4MKT A; 2XS8 A; 4CDM A; 2E0I A; 4L2Y A; 4XE0 A; 2RKK A; 2OCC E; 2A4Z A; 2QZA A; 2KCK A; 5AQB A; 3D9K A; 2P9L G; 4NIK A; 3GZ1 A; 3Q7F A; 3KS2 A; 4JXT A; 4G25 A; 5C1D A; 5BT1 A; 1TR4 A; 3T9K A; 2WXM A; 1AWC B; 5LX8 A; 2KBX A; 5AAO A; 4Y6C A; 3P1U A; 3RK6 A; 4I6G A; 2EIM E; 3PEV B; 2XPZ A; 1TNB A; 1H19 A; 2ETA A; 3ML9 A; 1PC2 A; 3UMV A; 2KZT B; 5FTP A; 4PUC A; 1JWG A; 2V0P A; 3FU5 A; 5J90 A; 1D8E A; 3G2T A; 4LG6 A; 4AEZ C; 5ANL A; 2XEV A; 2IO2 C; 1JWF A; 3AAA C; 5AAR A; 3FU3 A; 2X6I A; 2EQX A; 2HR2 A; 4UQX A; 4LER A; 2J49 A; 4O1O A; 2PZI A; 4NRH B; 1MX6 A; 4FHJ A; 3B7T A; 1FPP A; 3CHM A; 3D9I A; 3Q78 A; 3QWW A; 3TXM A; 5BNW A; 1FCH A; 3KSQ A; 1PY1 A; 2J09 A; 1A17 A; 4XX5 A; 4U7E B; 4UWF A; 4PH4 B; 3L08 A; 2DYR E; 3EHM A; 1BLX B; 2EIK E; 2RG8 A; 5JHB A; 2LXL A; 3UT4 A; 2WXK A; 1BU9 A; 3EHR A; 3U64 A; 4KVM A; 4KMO A; 1OWL A; 1YA0 A; 3DXM G; 4BTB A; 4K5A B; 2V8S E; 3TWU A; 4ILG A; 3ZRH A; 4I2W A; 2ION A; 5AIJ A; 4BTA A; 2IF4 A; 4UQY A; 3CHR A; 3UQ3 A; 4A63 B; 3PVL A; 3NBN B; 1HF8 A; 1N54 A; 3I4G A; 1QYM A; 3TWS A; 3QAR A; 2YIN A; 4KXK B; 1NA0 A; 4N3B A; 2VSO E; 1DCE A; 3CLJ A; 5LFA A; 3C3O A; 5HI7 A; 1X81 A; 2VYI A; 4FLH A; 3P2B A; 3ZHE B; 2J8S D; 4XIF A; 4G8K A; 2VTB B; 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1SA4 A; 5CRV A; 5D0O D; 2P9K G; 4JB8 P; 3E30 A; 3DPD A; 2HM8 A; 3HVE B; 4N3C A; 1WM5 A; 5ENT D; 4AOF A; 2LSV A; 2WXI A; 3LJ3 A; 3ULY A; 3HXB A; 3PE4 A; 3S7F A; 1DC2 A; 3DPY A; 2UWJ G; 5CRU A; 1H6O A; 5A7D B; 4FJZ A; 4MLP A; 5FZR A; 3NAW A; 5AN8 A; 1NL4 A; 4LRZ A; 4BET A; 1XNF A; 4M7C A; 4EBA G; 3FHE A; 2GRQ B; 4ILH B; 3FTU A; 3D9H A; 3EIQ C; 2BKG A; 1DCQ A; 1O1S A; 1AP7 A; 3TWT A; 4F6R D; 3EHN A; 2NC9 A; 3QK0 A; 4G8L A; 4FJY A; 2AW6 A; 3ONL A; 1EPU A; 1OUV A; 3SO8 A; 1KLX A; 2NXP A; 4LSZ E; 4YDY A; 1YYH A; 3NZS A; 3R9M A; 3AJI A; 2Y0B G; 3CQC B; 2DCP A; 3QB2 A; 3TL5 A; 3G2U A; 4CDN A; 2DBA A; 2VGY A; 4YDO A; 2CFU A; 3LY9 A; 2OV8 A; 3NB2 A; 2AVP A; 2XGO A; 3FU6 A; 5HS0 A; 3Q9N C; 4AY6 A; 3J5P A; 5B1A E; 3FY4 A; 3LDZ A; 3RO3 A; 4L7T A; 5CBO A; 2FUL A; 1N52 A; 5LOZ A; 1OXJ A; 2JLB A; 4CT4 A; 4UWH A; 2PQN A; 2IQC A; 4EEC A; 3PZ1 A; 2WXL A; 3CHO A; 3V2X A; 4I9E A; 3V31 A; 4JD2 G; 3JQ1 A; 3QWV A; 1QQE A; 3FUL A; 4JEU A; 3RRM B; 4F53 A; 3V2O A; 5EX3 A; 3AG4 E; 3CVX A; 1NFI E; 4G24 A; 3SI5 A; 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