3LDPA

Crystal structure of human grp78 (70kda heat shock protein 5 / bip) atpase domain in complex with small molecule inhibitor
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
DVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGTFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Adenosine-Derived Inhibitors of 78 kDa Glucose Regulated Protein (Grp78) ATPase: Insights into Isoform Selectivity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 117
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2010-01-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.30.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Defensin A-like Defensin A-like 3ldpA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3ldpA03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3ldpA04
5E84A 1HKCA 2IVNA 5AQYA 1JCEA 3L0QA 4MO5A 1TUUA 4O8KA 2P9LA 4BR7A 2V51B 3A8YA 4PKIA 3IMXA 4BGBA 3EKUA 3MDQA 4PKGA 3H1VX 4IZ9A 3R8EA 1BG3A 3DXKB 5EOYA 3MMVA 3GDQA 3TPQA 5TKYA 4BC3A 2ZF5O 5LJVA 3ZETA 4BC2A 5I9EB 3HM8A 1NM1A 1YAGA 3UKUB 5KPZA 3IFRA 4H0PA 4EHTA 3P4IA 1Z05A 2V52B 3A5LC 2P9KA 3BEXA 2IIRA 3QICA 5AFUA 1NGGA 5AZJA 1RFQA 1GLJO 3LM2A 5LJWA 5FPEA 5BRFA 3DXMB 2CH5A 1SAZA 3GG4A 2Q36A 4B9QA 1S3XA 3A5MC 1WOQA 3VGKA 5BPMA 5BN9A 3QDKA 4FWMA 4EHUA 3RSEA 5AQXA 4I6MA 3D2EB 3J8AA 2QWPA 4K43A 1CZAN 5AZIA 3CJ1A 1R59O 3L4IA 2FLOA 4Y0WA 3VEXA 2V7ZA 4H0XB 5AQGA 4M7XA 3L6QA 3AAQA 4MLEA 4XH4A 4B1UB 4BG9A 4BGAA 2FSKA 1ATRA 3ULEB 2FXUA 4A2BA 1YUWA 4BRPA 1Q18A 3FFKB 2VYPA 2FSNA 3MCPA 4ISFA 4HWIA 4BR9A 5AQHA 4BVPA 3FLCO 1HKGA 4QS9A 4BR5A 2PBDA 2ZWHA 1DEJA 4B1ZA 4JNEA 4IXCA 3VF2A 3U9ZA 4BRAA 3ZX0A 1RDWX 5AQPA 4K25A 1HX1A 4BRNA 3UB5A 2BUPA 3VF6A 3O4WA 2OANA 2Q1NA 1U2VB 3WXKA 4CBWA 2CGJA 2ZGZA 4B1YB 3WT0A 1MA9B 1BWFO 1ATNA 1QZ5A 1S22A 3GOIA 1ATSA 2P9PB 4BVOA 1BUPA 2CGLA 2GWJA 3VEVA 3UKRB 1X3MA 2P9IA 2YHWA 4C23A 3LDLA 2ZGYA 5KQ8A 2W41A 2QWRA 1KAYA 3ZX3A 4CZJA 4DQ8A 5LY3A 4CZHA 1JCFA 3O08A 2E20A 4IO8A 3LDPA 2FSJA 2QM1A 3ZEUA 3O80A 3MN9A 3A0IX 5AQWA 5AQSA 4DCHA 1YVNA 4H5NA 5F2RA 1QQNA 3QFPA 1NBWA 2QXLA 5AQOA 3EKSA 1XUPO 5KPTA 2UYTA 4LC9B 3IDHA 3O5BA 1EQYA 3KVGA 1HUXA 2GWKA 3WQUA 5BR9A 2I7PA 4YDUA 3QBWA 4BRDA 3ENOA 1QQMA 3O6WA 3DXKA 4RCHA 1NGEA 2V7YA 3JS6A 4ISGA 4Z94A 5AR0A 1MWKA 2WUSA 2GELA 3BP8A 3B8AX 3FZFA 3VERA 1NGBA 3CERA 3WXLA 1KAXA 5AQRA 5AFUH 3M1FA 4FWSA 3AARA 4EIAA 4H0OA 4WQ5A 3FGUA 3WQTA 3ATVA 4FL9A 3QBXA 3DXMA 1K8KB 5AQVA 4ISEA 4CBXA 4K41A 4BQZA 3O1WA 2YJFA 1BDGA 1XQSC 4BRHA 3D2EA 1NWKA 1HLUA 1DGKN 1C0GA 2E2OA 4EAHD 3FZMA 3EL2A 1TYQB 5E26A 4JD2A 3FZLA 4CZLA 1Y64A 1NGAA 1D4XA 1J6ZA 3VGLA 5BN8A 4H0TB 4H5RA 1T44A 3EO3A 4CZKA 1BA0A 2J4RA 4FPAA 5AQZA 3ULEA 3MN6A 5ELZA 3AAPA 4BR4A 2IVOA 5ADXA 2A41A 2YHXA 3LDQA 4JD2B 1IJJA 3GL1A 1HKBA 3CJ7A 3VEOA 4BRMA 2A42A 3VESA 4FWPA 4H5WA 1GLAG 4B1VA 4JAXA 4FOIA 3D2FB 5FPMA 2Q97A 4WQ4A 1ZBSA 2VCPA 2ASPA 2CH6A 1GLCG 4MLHA 1NGJA 5AQKA 1E4FT 1JCGA 1U2VA 3MN5A 4IWVA 4H0YB 3HBTA 1LOTB 2HF4A 3WEEA 5AQUA 2D0PA 3O1BA 3BUZB 4FWKA 4BC5A 4CZGA 4BRCA 5AQQA 4BC4A 2P9PA 3CETA 3CIPA 3WUHA 2YJEA 4JHDB 3UKRA 4BRQA 5AQMA 5KQDA 3LDNA 4GNIA 2A40A 2A5XA 2NZTA 5CE3A 4FWOA 2D4WA 3CJAA 3WXJA 3H6EA 3O8MA 2IVPA 2P9SB 3ENHA 3WEEB 4CI6A 4BR2A 2E8AA 2ITMA 3LL3A 3VEZA 1V4SA 1KAZA 2GEMA 4DB3A 1G99A 3SLCA 1NGFA 1H1VA 5FPNA 1C0FA 4FWLA 4M7YA 4BRIA 2W40A 2YHYA 4RTFD 1NGDA 3SJHA 4BROA 2AA4A 1SQKA 3CI5A 4IJNA 4EFHA 4KBOA 2YCHA 2P9UA 3VGMA 4MO4A 4YDUC 3DAWA 3HZ6A 1WUAA 4FWQA 4QS7A 5BPNA 2Q0RA 3CQYA 3FZHA 1HJOA 4FPBA 4E1JA 5AQLA 3H3NO 3SMPA 1IG8A 2KHOA 3QB0A 2QWMA 4QS8A 2F9WA 3CJ9A 4RWTA 3F9MA 2ASMA 3HTVA 4WQ5C 1K8KA 2P9UB 3VENA 5JICA 3BF1A 5BRHA 3KZBA 3JXUA 3QFUA 2E1YA 2AP1A 4CZIA 3QMLA 3R9PA 4GY2B 4FWNA 4AM6A 3LM9A 1GLFO 2Q31A 3MN7A 3A5NC 1TYQA 1QQOA 4O5FA 4XH5A 3SK3A 5F0XA 1Z6RA 3LDOA 3C7NB 3IUCA 4CBUA 1QZ6A 2QW9A 4FSVA 2H3GX 2GUPA 4XH1A 3H3OB 2E2NA 4FWRA 3SMSA 3OHRA 1BOTO 5FPDA 2E2PA 2A6AA 3GE1A 1NMDA 5ADXH 4H0VB 3D2FA 3D7EO 3A5OC 4WQ4C 5EXWA 1X3NA 2GTDA 5BPLA 5AQFA 3DWLA 3FE1A 1LCUA 4WYBA 5BRDA 1DKGD 2QWLA 2P9LB 3HI0A 1YXQA 2FF3B 4FO0A 4XEIA 3ATUA 4PKHA 1SZ2A 4JHDA 1GLEG 1GLLO 5AQNA 3ZETB 4BG8A 3VF4A 2HF3A 4BRGA 1OKJA 4BRLA 4J8FA 1E4GT 4PL8A 1MWMA 2P9KB 3CJCA 4A62A 2P9SA 1NGCA 3VOVA 3VETA 3BF3A 5AZJB 2EWSA 4A61A 3EZWA 2NRHA 1BA1A 4M63C 3CQXA 2HMPA 2Q0UA 1ZC6A 3U9DA 3MK6A 3H46O 2HOEA 5KPRA 3ZX2A 1NGHA 4B1XB 2E2QA 3RSEB 2E88A 2F9TA 4I6MB 4A2AA 1RGIA 1U6ZA 1ESVA 4PL7A 2D0OA 5EX5A 2VWBA 2YI1A 3VEWA 3W3DA 5BREA 5AZIB 5B8HA 4CZFA 2QWOA 4K42A 4DHYA 2BTFA 5AQIA 3WXIA 1KXPA 3H1QA 2ASOA 4L3QA 1ZXOA 2FF6A 3U4LA 3I8BA 3W0LA 1X9JA 3G25A 2CGKA 4BR0A 1XC3A 4BRKA 1NGIA 3HSCA 2NLXA 3CHWA 3KHYA 1V4TA 4JN4A 4H03B 5EVZA 1T6CA 3M6GA 4CD3A 4F9OA 4CD1A 3CJBA 1MDUB 4IJAA 3C0BA 4AM7A 5F1XA 1GLDG 4FOEA 5EY4A 1BO5O 4HTLA 1P8ZA 3EN9A 5JLHA 3VPZA 2D1KA 4BQLA 2Q2RA 4BRFA 3C7NA 5JLFA 1HPMA 3FR0A 3UE5A 4NB4A 1TUYA 2I7NA 4CJ7A 2P9NA 2QWNA 3H45C 3R6MA 2P9IB 1BU6O 2DPNA 4CZMA 1QHAA 3I33A 3ID8A 5AQTA 3FZKA 3AY9A 4H5TA 4B1WB 5JMVA 5AQJA 4H5VA 4BREA 3S41A 1GLBG 2PAVA 2QWQA 3TU5A 3ZEUB 3M3ZA 1T6DA 2A3ZA 3U8XA 3GBTA 3VEYA 2E1ZA 3DJCA 2P9NB 4CZEA 1NLVA 4NO7A 3UKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CEFA 4O0IA 2IVNA 4B9VA 1NOZA 1DLOA 4BR7A 5M1QA 3L2UA 2D5RA 2O4IA 4PKIA 3IMXA 4JRPA 3DI6A 3MDQA 4PKGA 3H1VX 4IZ9A 3DXKB 3KOWA 3GDQA 1HQUA 4BE0A 4K8XA 5TKYA 2W42A 4M42A 3HM8A 4JLHA 1U49A 4FVUA 4YFUA 1T03A 4IG3A 2MN5A 4H0PA 1WN7A 2KJAA 4OPJA 1Z05A 2V52B 3A5LC 2BGGA 1N32K 3QICA 3RVCA 2OPQA 1NJZA 4KHWA 2RPIA 5FPEA 3V9SA 1SAZA 2E4LA 1S3XA 3A5MC 4B9QA 4FWMA 3RSEA 5AQXA 1LQHA 4FLUA 3WNGA 3J8AA 4FLYA 3AVLA 3O9RA 3ITHA 5AZIA 3L4IA 5KGWA 3VMFB 2AJQA 1WAJA 2V7ZA 4H0XB 3NF6A 3OJSA 3AAQA 5BR8K 3O4NA 3KTQA 3CYMA 3VQ5A 1GPSA 4DTJA 4KHYA 4BGAA 5C25A 3CCJN 2UXCK 1C0UA 2WBNA 3HO1A 2KZMA 4DV6K 4MDAA 2JWLA 4DUYK 4DLEA 4A2BA 4BRPA 3DM2A 3P1GA 3ZSZA 2A7TA 4CK3A 5AQHA 2B3CA 3THYA 3B6OA 4B1ZA 2G8KA 4BRNA 3O4WA 4M3ZA 2YNFA 2OANA 1Q82O 1W9HA 3KC6A 1JXCA 4CBWA 2XHBA 1NJIO 1MA9B 1HQEA 3K58A 3VQBA 3BK3C 2CGLA 3MEDA 3UKRB 3CC7N 2YHWA 4Z4EA 3LDLA 3NH0A 4LFAK 1WSJA 3CMAN 3MEEA 1XRSB 1ITGA 4B9UA 3EEQA 3MX5A 3C6AA 2BE2A 2VY6A 3DYAA 4CZHA 2GL1A 5HLFA 1NRAA 4ELTA 3VN5A 4DR2K 3ZEUA 3O80A 4GVMA 1HNZK 5AQWA 1F21A 1YVNA 3HOTA 3QFPA 3MX2A 2IS3A 1L3SA 3C6TA 1NBWA 2UU9K 3SZ2A 3TI0A 5KPTA 3SF4D 3KP1A 1HUXA 3WQUA 2GWKA 1MU2A 5BR9A 4DR1K 3ZSRA 3DXKA 4DF8A 1QSSA 1NGEA 3L56A 3JS6A 2LR3A 4JKCA 3CCSN 4DSLA 1WSHA 1S1WA 3BP8A 4ID1A 2HHVA 3B8AX 3FZFA 1KCFA 4DFMA 1NGBA 3WXLA 3NHGA 4FWSA 2RF2A 3T1HK 4OLBA 4CBXA 2G8IA 5TKWA 3PIOL 4CQKA 1RDCA 4OO1J 2YJFA 1R0AA 3NH2A 4BRHA 4CJFA 3V9UA 2D0BA 1HLUA 4EAHD 1TI5A 1RDBA 3FZMA 3EL2A 5C42A 1TYQB 4CJEA 2LKBA 2VWJA 3KK1A 4CZLA 1J6ZA 5BN8A 4DU3A 2E5LK 3HPHA 4AAZA 4FPAA 5AQZA 3SQ4A 1KTQA 5M1FA 3AAPA 2I61A 2XY6A 5ADXA 2A41A 4JD2B 5C2FA 3QESA 3CW4A 2D0AA 4B1VA 1KC8O 4PHTX 1RT1A 1VQ7N 2NY9X 1ZBSA 4Z4IA 5KRTA 2CH6A 3L3UA 4B3TK 3E9LA 1YVUA 1E4FT 4RW4A 3SQ1A 2ETJA 2PYLA 3DLLL 1ILYA 1TK0A 1FH3A 1C1AA 2YEOA 3VTIA 4N76A 4OPAA 1S1XA 3Q7BA 1BMRA 5AQQA 4BRCA 4DV4K 3UKRA 3PIPL 3LDNA 5M1NA 2D4WA 3CJAA 3PX6A 2O8DB 4LY7A 4OGEA 3H6EA 5JENA 2IVPA 4KFBA 3ENHA 1S1UA 4AHUA 4Q5VA 1JXBA 4IOAL 2HVIA 4KHNA 2FBXA 4FVMA 1B92A 4CK2A 2YHYA 4BROA 4CHOA 5C2DA 4KV8A 4WFAL 2GX9A 3G4SN 1PTXA 2P9UA 3RR7A 1WUAA 4QS7A 4I9QA 5BPNA 4CERA 4B3MK 4FPBA 1ZBFA 2HNDA 3D45A 5C15A 4CEQA 1TV6A 4HCBA 2B5JA 4B9MA 4NYFA 4YNQA 4B8AB 4QS8A 4ZHRA 2ASMA 4Z4HA 5GINA 2XO7A 4FLZA 3M8QA 5JICA 3BF1A 3LAMA 2O8FB 3QMLA 4FK2A 1GOBA 4BE7B 4AILC 4Z4GA 1WSIA 2PY5A 4ELUA 3A5NC 3KLHA 1TYQA 1TAUA 3SK3A 4DUZK 2UXDK 3C7NB 4CBUA 3IRXA 2KFNA 4JI6K 5SZTA 3CD6N 3SUQA 4I2PA 1DT9A 4C8NA 1QSYA 3A2FA 4B9NA 1DTTA 3TTDA 1FXXA 4CE9A 4FJXA 3LPTA 1OH8A 3K5MA 2YHAA 3GE1A 3KHWA 1NMDA 1QSLA 3PUFA 1L4VA 3E9OA 2HBJA 5EXWA 3VTHA 4CHYA 3SI6A 4X62K 4IKFA 4FJNA 1WWNA 4JK9A 3AO3A 4NYNA 1RDUA 1Q86O 3BDPA 1B7DA 1YXQA 5FDLA 4XEIA 4LF4K 3PSMA 2LN8A 2W6LA 4KHSA 1KVBA 3KLIA 4PKHA 4B3OA 3K0SA 1FK9A 3HJFA 1J54A 4BG8A 5LMUK 1WSFA 4YY3K 2HHSA 4J8FA 1E4GT 1ZBIA 3J7ZO 2O8DA 5JS2A 4M3YA 3VQ8A 3V9XA 3VQ9A 2OZMA 1ZYVA 1HYVA 3BF3A 1QVGM 4A61A 1BIZA 4M63C 3VQ4A 4DS4A 2HMPA 3U9DA 2N69A 3PSIA 3ZSWA 2F4VK 4GV3A 5KPRA 3ZX2A 1NGHA 1T7EA 4B1XB 2F9TA 4N47A 3BZKA 5I42A 3AGKA 3LP2A 2D0OA 5EX5A 2VWBA 3TWHA 1Z25A 5B8HA 2QWOA 1S9GA 4K42A 5GAGP 1K73O 5AQIA 3EYZA 3H1QA 1S5JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CEF A;  4O0I A;  2IVN A;  4B9V A;  1NOZ A;  1DLO A;  4BR7 A;  5M1Q A;  3L2U A;  2D5R A;  2O4I A;  4PKI A;  3IMX A;  4JRP A;  3DI6 A;  3MDQ A;  4PKG A;  3H1V X;  4IZ9 A;  3DXK B;  3KOW A;  3GDQ A;  1HQU A;  4BE0 A;  4K8X A;  5TKY A;  2W42 A;  4M42 A;  3HM8 A;  4JLH A;  1U49 A;  4FVU A;  4YFU A;  1T03 A;  4IG3 A;  2MN5 A;  4H0P A;  1WN7 A;  2KJA A;  4OPJ A;  1Z05 A;  2V52 B;  3A5L C;  2BGG A;  1N32 K;  3QIC A;  3RVC A;  2OPQ A;  1NJZ A;  4KHW A;  2RPI A;  5FPE A;  3V9S A;  1SAZ A;  2E4L A;  1S3X A;  3A5M C;  4B9Q A;  4FWM A;  3RSE A;  5AQX A;  1LQH A;  4FLU A;  3WNG A;  3J8A A;  4FLY A;  3AVL A;  3O9R A;  3ITH A;  5AZI A;  3L4I A;  5KGW A;  3VMF B;  2AJQ A;  1WAJ A;  2V7Z A;  4H0X B;  3NF6 A;  3OJS A;  3AAQ A;  5BR8 K;  3O4N A;  3KTQ A;  3CYM A;  3VQ5 A;  1GPS A;  4DTJ A;  4KHY A;  4BGA A;  5C25 A;  3CCJ N;  2UXC K;  1C0U A;  2WBN A;  3HO1 A;  2KZM A;  4DV6 K;  4MDA A;  2JWL A;  4DUY K;  4DLE A;  4A2B A;  4BRP A;  3DM2 A;  3P1G A;  3ZSZ A;  2A7T A;  4CK3 A;  5AQH A;  2B3C A;  3THY A;  3B6O A; 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