3M3LA

Pepa bound to the ligand binding domain of glua2 (flop form)
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of flop selectivity and subsite recognition for an AMPA receptor allosteric modulator: structures of GluA2 and GluA3 in complexes with PEPA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 84
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D, G
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3m3lA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3m3lA02
2D3IA 1D3KA 2F35A 3UORA 1NNPA 1SDXA 5ITPA 5CMBA 3IAZA 1LAGE 3TCHA 4ELRA 4YKKA 1L5TA 2AYSA 4GL8A 4LA9A 3IOWA 1IXCA 2Z22A 4YKIA 3SKPA 3LSLA 4IGRA 3PGFA 4GQOA 4EQ9A 3HHGA 3KEIA 4R9FA 3CRBA 4F3SA 1HSJA 5DTBA 4LZ7A 2XXIA 3KJ7A 4FIMA 5I59A 3N6UA 4MBPA 4QHQA 1NMUA 4G8NA 4Q0CA 1O7TA 2QMXA 3GXAA 3T96B 3CG1A 3OO9A 3KN7A 3V89B 2E1SA 2XX8A 5I2NA 4PFTA 1GGGA 1WVJA 2H25A 2R71A 3KOTA 5I2NB 2Y84A 3SEVA 5DVJA 3MWBA 2ESNA 3RGYA 3THIA 1MM7A 2HZKA 1MDQA 4I9DA 3T66A 2DVCA 3SESA 1XOCA 3TAJA 4ECFA 4NF8B 2DE2A 3UIFA 2FYIA 4Z0IA 3HN0A 4ISUA 5KCJB 3H4ZA 4X9TA 2KLFA 2G93A 2M8CA 1URDA 2O7IA 3L6GA 3SETA 2OBGA 5JTYB 1TFDA 5TPAB 1J1NA 3LBSA 2D21A 3FV1A 5AA2A 3IOUA 2YPNA 1Y1MA 4RYAA 4EUOA 3C32A 3K00A 4OFOA 3ZKKA 3C4MA 3DP8A 1JEVA 1VFEA 1D4NA 1QUIA 4F2QA 2DYXA 5AA2D 4LP2B 1NH7A 3T9VA 2UVHA 4KYSA 4OFLA 1N84A 4ZE9A 3HV1A 4U22A 1BP5A 3C31A 1PB9A 2XXQA 4L17A 3T93B 2QS3A 2UVJA 2F6PA 1B7ZA 3IK6B 2H9BA 4DCXA 1LBBA 3OOAA 5B70A 4RA1A 4YKJA 1CE2A 2VHAA 3MC2A 5TP9B 1PDAA 4IO5A 4G77A 3N26A 1LGBC 3A09A 1B5JA 4NWCA 4G68C 2DE3A 4PE5B 4LQ2A 1Z7ME 3G3KA 4R6KA 3CFZA 4F3GA 4QFKA 2QJEA 3S9NC 4XKQA 4YAHX 1LCTA 3PPOA 4RNSA 1B46A 3FVKA 5ELVA 2LAOA 3FV2A 3KFMA 5I56A 1QKAA 1B52A 3U8QA 1Y3NA 1MRPA 1B4ZA 4C0RA 3K1MA 3LUYA 5H8NB 3B6TA 1QKBA 3T9UA 3RPWA 4ZE8A 4QFNA 5I84A 4P0GA 3C33A 1PB7A 4I62A 2D5WA 4ZDMA 3PMWA 4O3CA 2F5XA 3G3GA 2PT2A 3PPRA 4YB5A 4AB5A 2F97A 3VXCA 3JV9A 2Y7PA 1SQYA 5AA1A 1FCKA 4Q30B 3CSGA 4Q5TA 1RYXA 5K2XA 4IY6A 4LZ8A 4JXIA 4EF1A 4YB7A 5F7VA 5I58B 1S9TA 5H8QB 4NF5B 1IXIA 3VE1B 3H06B 4NF4B 4U4SA 4XKRA 4GIZA 1M5DA 4LQ5A 3DP4A 2GRVA 1O64A 3VVDA 1Z7NE 2E0SA 2Z23A 4RK9A 1ATGA 5A5XA 1WODA 4H0WA 5CMKA 3GBBA 1QJMA 2GFEA 3K6UA 2I49A 3MW0A 1B40A 3MPKA 5KDTA 2O1MA 1H76A 5FHMA 3M3KA 4XTCQ 3G3IA 3P7IA 1DPPA 3MPLA 1MDP1 4U4XA 3JYRA 3O6IA 3S9EA 3UA8A 2AL5A 4Q8RA 1XVYA 1B51A 4ELPA 4KFQA 1I69A 2HFBA 4NEDA 1H43A 3K01A 4ZS9A 2I4BA 1Y20A 4RPOA 4GXSB 4XKNA 3OXNA 3QUFA 1JQFA 3UK4A 1B32A 3IB2A 2P0SA 3ODBA 3CI8A 4BDLA 3TODA 2F36A 3QAXA 2RC8A 3FJMA 1LB8A 3VDFA 1HSLA 2UXAA 5H8FA 2XHDA 4R72A 2A5TA 2OLBA 1XT8A 2ANJA 1GV8A 1B0LA 2O7UA 4GXAA 3EN3A 1MY0A 3W9VA 2Q9TA 3N6TA 4DXUA 4G68B 2HAUA 2IA4A 4F3PA 3D4GA 4OEUA 2DP8A 5K2YA 4E0WA 3I3VA 5ICQA 4P0IA 3KN8A 1YPNA 3EQ1A 3KZGA 1XVXA 1AL3A 3KSJA 3R26A 2VGQA 2Q8JA 1MY4A 4WXJA 4G8MA 4R73A 2XXXA 5DYHA 3PPPA 4QSDA 3EHSA 4X1BA 4POWA 2ZMBA 4QF9A 4YB6A 1OVTA 1URSA 1BTJA 2P2AA 1SW4A 5FTIA 1P1QA 4JWXA 3KOSA 2G29A 2Z8EA 1BIYA 2R6GE 3RT6B 4EQBA 4F22A 2ABHA 2F6GA 3B6QA 2V93A 1M5EA 2W7YA 4IY5A 3O2AA 3S4UA 1OLCA 1MXWA 2H98A 4F18A 4LATA 1KWHA 3G7WA 2ALUA 3SEWA 4R9GA 3TZAA 2Y7WA 2F7CA 3W15C 2QPQA 1DSNA 3ILTB 4IGTA 4R2BA 1Y1ZA 4DXBA 3TTMA 2DWAA 4EQ7A 4OWDA 2XXRA 3V8XB 4Z7EA 2YJPA 2DQVA 4M1VA 3G3HA 1BLFA 2XX7A 4BDNA 4DCYA 4OEVA 3PD9A 1NL5A 1XHYA 3CIJA 1B7UA 2RC7A 1JW5A 1POTA 3QYTA 4KI0E 3RN8A 1B2HA 2F7AA 3HO7A 5B7DA 1N04A 1S7YA 3RTFB 3TPAA 3VLUA 1MXVA 1ZJLA 4U1OA 3QIMA 5H8SA 4OENA 1YTVA 1FQDA 3E13X 3O6HA 1LSTA 2I0BA 1ZBMA 3T22A 2THIA 2RC9A 1B7HA 3LC8A 1I6BA 1A55A 4PFYA 4YKPA 4FATA 3B6WA 3IL1B 2I0CA 1A7LA 1MY3A 5L9OA 3WAFA 3TDJA 1B9JA 1M5CA 4TOZA 1XS5A 3ZSFA 4GRKA 3M3FA 3U92A 2Q88A 2VD3A 5BUUA 2F34A 3U1OA 1GVCA 3CVGA 4NF8A 4ZECA 2PYYA 2VP1A 1UTBB 3ZKLA 2I4CA 4LONB 2I48A 3VFJA 4JDFA 1B5HA 1MH3A 1TT1A 5I2KB 4BDRA 4QSCA 3K1PA 2HZLA 5CBSA 5KCJA 1TWYA 3TTNA 2RCBA 1A99A 3KG2A 3Q27A 4GD5A 4ELQA 5JTYA 5CMMA 5TPAA 1PBPA 5F1QA 2H99A 3BBRA 3K0VA 4KPTA 1D9VA 2UYEA 1II5A 1MPBA 5DT6A 4X48A 3E9XA 2QS1A 2B3FA 4NTLA 1USYE 1MQJA 4DIGA 1MXZA 3FIRA 3MBPA 2WKYA 3KGCA 3MJNA 3MP1A 4JBZA 3IO6A 3RLFE 1Y4TA 3TMGA 5ITOA 1ANFA 3VV5A 3TUSA 3C36A 4ZEFA 4FECA 3C9HA 3VVEA 3TTKA 5TP9A 2XXWA 1P1OA 4H1XA 3TKDA 3IORA 4NE4A 1Q35A 4WEDA 4YMAA 1OQGA 2NXOA 2B65A 1JEUA 2I58A 3A3CA 5H8HB 2Q2AA 1UIUA 1N3XA 4GFRA 4G4PA 4KR5A 1WDNA 1RKMA 4U2RA 1S50A 1EZOA 4F1YA 4KYEA 2Z8FA 1ZLQA 2AIXA 4U21A 3DM0A 3SEUA 1A54A 1USYH 3BFTA 3GLBA 1B0HA 1F9BA 2O69A 4R6HA 1ZU0A 5H8NA 2QMWA 4HCWA 1LLSA 3ECRA 2I6EA 4OZ9A 3RY3A 3QSLA 2REJA 3EHUA 5KZTA 1H45A 4ZZEA 1LFHA 1MS7A 1FQEA 3EF7A 3RT8A 1GR2A 2ZYOA 2RCAA 1B3GA 1B1HA 2H4IA 3GZGA 3IJXB 1MQGA 2HCAA 4F2OA 1B05A 5M2VA 2Y7RA 3USDA 2V3TA 1D9YA 2DWHA 5I58A 5H8QA 4NF5A 1NNTA 3N5LA 4NF4A 3U93A 4TQUQ 4WEPA 3MVZA 2F78A 4FEDA 3K6WA 4DE8A 1EU8A 1FTJA 2V3UA 2OZZA 4BLAA 3OSRA 3G3JA 3HSTA 4X1DA 1ZIUA 4R6YA 1MPDA 5L9SA 4ONYA 1Y3PA 2NUVA 1EZ9A 4G2ZA 4XXUA 4YZZA 1SI1A 2GHBA 5HM4B 3KJTA 4F1VA 5IAIA 3UGWA 2R9JA 4EXKA 1QVSA 2X7QA 1QW0A 2REGA 4F29A 3M3LA 5JEIA 3IX1A 4QFPA 4U23A 3VXBA 3I5OA 3ZS6A 3PU5A 4YU0A 1IEJA 2DSFA 5HPQA 1NNFA 1QUKA 2Y7KA 3OEKA 5AA4B 3TTLA 3UP9A 4R75A 4ESXA 4THIA 1US4A 4H8IA 2XX9A 3TCFA 1RYOA 4K3FA 4O3AA 4NF6B 3OSQA 2XXHA 1B58A 4FORA 5EYFA 1JW4A 2PBWA 3OO6A 1FQCA 3O6GA 4GWOA 2ZYKA 1UTHB 4GLIA 4FE8A 3VLWA 4G68A 5CBRA 3U94A 1H3DA 3H3GA 1LAFE 4IO2A 1N7XA 1MQIA 1MQHA 4N07A 4JSOA 1OMPA 1OIBA 5EHSA 2GH9A 1LB9A 3MVXA 1B4HA 5I57A 3KSXA 2DE4A 3GBAA 2Z8DA 3CSBA 1FQAA 4QSEA 5DEXB 3WAEA 2UYFA 2HQ0A 3LR1A 4PP0A 5I57B 1I6AA 1IUDA 1YAEA 4IB2A 3O28A 1FQBA 4C1TA 2RINA 3S9LC 1MM6A 2I3WA 3PUVE 2ZYMA 1B1XA 4M4GA 3FVOA 4HS7A 2ZNUA 4OMBA 2XXPA 2H5YA 4QFLA 3HHFA 4DLDA 2DWJA 1DOTA 1IZ1A 4BDQA 3H6WA 3Q28A 2O51A 1B3FA 2X26A 2BJJX 4XKPA 2A5SA 5L9MA 3N94A 4LUBA 3LSXA 1R6ZA 1R1NA 5AE4A 3QK6A 1SYHA 4KCCA 1PC3A 1EZPA 3O66A 4AQ4A 1VSOA 4G8HA 1OLAA 4OFJA 2DS9A 3FATA 1N0TA 1UQWA 4BDMA 5L8DA 2OWSA 1R9LA 4PETA 1Y3QA 5ISUA 2QL3A 2Y7IA 4DZ1A 4E0XA 1N3WA 3O9PA 1NKXA 3LSFB 3S9MC 2O6AA 3Q29A 3EPEA 3Q26A 3O29A 1ZKBA 4C1UA 1MY2A 3B7DA 3FASA 3DP6A 2VOZA 3A3UA 3MAMA 1VE4A 3Q25A 3ILUB 4H65A 2DWIA 5BWJA 3H6TA 3DLNA 4RXLA 1I6QA 4PQJA 3TFLA 2CZLA 1OVBA 3K6XA 3TTRA 2DVZA 1LAXA 1B6HA 2AL4A 1MPCA 2NOOA 1FTKA 2PT1A 4RJZA 2QRYA 3PUYE 4NMYA 4WKMA 5I59B 2PX1A 3H6UA 1MXYA 3FJGA 1Q1KA 4R74A 4MLQA 5FHOA 1IXGA 1UTBA 2UVIA 4H67A 3K2DA 4UACA 2FA7A 3CG3A 3OELA 5I2KA 4EXLA 4P11A 1QUJA 3PUZE 1MXXA 4KQPA 2Q2CA 3TQLA 4RK2A 1M5BA 3MVWA 4OERA 2ONSA 3PD8A 5HBCA 4F1UA 2YLNA 4LVQA 4GF8A 4JB7A 3OENA 1POY1 4F31B 3MP6A 3QXMA 1R9QA 5IKBA 1MQDA 1P99A 1YCJA 3K02A 3FUZA 4UA8A 3HCQA 3MP8A 4OHNA 4I8CA 3IB1A 1JNFA 4ZEIA 3VVFA 2ZXTA 1IIWA 2X7PA 1A40A 2ZYNA 4U1ZA 3EHTA 2FNCA 1M5FA 2OK2A 3MZ9A 4MLVA 1DTZA 3TEPA 3V83A 5CC2A 4RY1A 3MZBA 4OVJA 4IO7A 5AA2B 3FJ7A 3BFUA 3CFXA 2XD3A 1FTMA 4GOTA 1N76A 1UIVA 3C34A 2DOJA 3SEXA 3MZ1A 3PPQA 3TELA 2QS2A 3K6VA 3W9WA 1LFGA 1JVXA 5H8HA 1B5IA 5CRYA 3OO7A 4JSDA 1B3LA 1DPEA 1SW5A 2VD2A 1BKAA 1OQHA 5CM6A 4QFOA 4MF3A 4F39A 3S2VA 2HAVA 3E3KA 3SEYA 2PVUA 2HEUA 2B3BA 3QUJA 3CFLA 4HW8A 5J1DA 1IXHA 3KBRA 3RNNA 1SI0A 3K1NA 3UN6A 3PV0E 4JWOA 3C35A 4OQOA 3TYHA 1SW1A 2NVUB 2I3VA 3L6HA 4MFIA 2P1SA 2OCUA 2O84X 1PBQA 4POXA 3RQTA 3FVNA 5ICTA 3LSWA 4XIGQ 2CMOA 4ZEDA 3V5AA 4DXCA 2ZNTA 1FQFA 1NNKA 3IOTA 2F8DA 3E4RA 3D4CA 2F7BA 3H7MA 3U72A 5I56B 4FEBA 3OEMA 1IITA 1TFAA 3I6VA 3FXRA 1Y9UA 1LCFA 4RPNA 4NWDA 4H6DA 2HXWA 4EDPA 3JZJA 4IO3A 3F11A 4OYVA 3M8UA 4ELOA 4JWYA 4ND9A 4TLMB 4R2FA 2IEEA 3T9HB 4IO4A 4H5GA 3K4UA 1JW1A 1SD3A 4KD5A 4ESWA 5TU0A 4N13A 4OTEA 5DVFA 1SW2A 1DMBA 2XXYA 1GTKA 3TQWA 2OWTA 2XXUA 1XC1A 3PMXA 3OD7A 1FW0A 1EH3A 4PFUA 1O63A 4ZZAA 1MH4A 3HPIA 3FGSA 1JETA 4KCDA 1IQ7A 2QS4A 1PEBA 1B3HA 2RF1A 1NFTA 4YMBA 1P1NA 1AMFA 1AH5A 1LBCA 5A5XB 1CB6A 5AA3A 1VFDA 2NWJA 4YICA 2Q89A 3R7XA 1P1WA 2DXRA 1HSEA 4MH5A 5EHMA 1QULA 5KDTB 1A8EA 4BDOA 4KHZE 4TLLB 5AA4A 2UVGA 3VLVA 4FJPA 4IO6A 2O1LA 3IB0A 3KN3A 4NF6A 3FD3A 4GVOA 4H8JA 2V84A 3BKIB 3SERA 4DDDA 1A8FA 3IJOB 1ZTYA 5CI5A 3FZVA 1AOVA 1UTHA 1MY1A 3AXFA 4PFWA 4HTGA 4KYDA 4F19A 5CMCA 3T9XB 5DVIA 3TCGA 1SVXB 3ONMA 1ELJA 4H5FA 5FTHA 1ZMGA 1SBPA 5DEXA 5FHNA 3PPNA 4OETA 1FTLA 2QSXA 1NH8A 1MXUA 1P1UA 1TXFA 2XXTA 3IOVA 3PUXE 5H8FB 4OESA 2A5TB 2RKMA 2O68A 2DXYA 3G3FA 2V3QA 3FXUA 4LZ5A 1Y4CA 5LOMA 3MUQA 1FTOA 2GHAA 1JVYA 4AB6A 1PB8A 4HCYA 5JK4A 3IO4A 2V25A 3OO8A 3DELB 3FXQA 1AIVA 3MVYA 3RTWB 1SYIA 4O3BA 2OJTA 4EF2A 4F3BA 3PMVA 1MG1A 4QRZA 3OMBA 1URGA 1LFIA 3O97A 4ZEKA 3CR9A 4ZEBA 4N6PA 3H6VA 2XD2A 1T0KA 1N7WA 2ONRA 3IR1A 2PMSA 3H03A 4FAJA 1VR5A 2XXVA 4GL0A 1H44A 3MQ9A 2ONKE 3FVGA 3R6UA 1DTGA 1B3EA 4I1DA 1LAHE 4OXVA 3PUWE 3RUMA 2ZNSA 1US5A 3SDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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